FLEX Opentrons Flex odprtokodni robot za ravnanje s tekočinami
“
Opentrons Flex
Tehnični podatki:
- Splošne specifikacije: Lorem ipsum dolor sit
amet, consectetur adipiscing elit. Sed do eiusmod tempor incididunt
ut labore et dolore magna aliqua. - Okoljske specifikacije: Lorem ipsum
dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Sed do eiusmod tempor
incididunt ut labore et dolore magna aliqua. - Certifikati: Lorem ipsum dolor sit amet,
consectetur adipiscing elit. Sed do eiusmod tempor incididunt ut
labore et dolore magna aliqua. - Serijska številka: XXX-XXXX-XXXX
Navodila za uporabo izdelka:
1. Namestitev in kalibracija instrumenta:
Sledite korakom, opisanim v priročniku za pipeto in prijemalo
namestitev.
2. Selitev:
Za kratke premike glejte razdelek 2.5 v priročniku. Za
selitve na dolge razdalje, upoštevajte navedena navodila. Splošna selitev
na voljo tudi nasvet.
3. Povezave:
Zagotovite pravilno povezavo z električno energijo, kot je opisano v priročniku.
Po potrebi priključite USB in pomožne naprave. Omrežne povezave
je treba vzpostaviti po navodilih.
4. Oblikovalec protokola:
Spoznajte zahteve za Protocol Designer in se naučite, kako
za oblikovanje novih protokolov ali spreminjanje obstoječih glede na vaš laboratorij
zahteve.
5. API protokola Python:
Raziščite pisanje in izvajanje skriptov z API-jem Python Protocol.
Odkrijte ekskluzivne funkcije Pythona za izboljšano funkcionalnost.
6. Protokoli OT-2:
Več o protokolih OT-2 Python, protokolih OT-2 JSON in
Protokoli magnetnega modula za različne vrste poskusov.
Pogosto zastavljena vprašanja (FAQ):
V: Kako naj odpravim težavo, če se robot ne premika tako
pričakovano?
O: Preverite napajalni priključek, zagotovite pravilno kalibracijo
instrumente in preverite, da ni nobenih ovir v
robotova pot.
V: Ali lahko uporabljam pipete po meri z Opentrons Flex?
O: Opentrons za optimalno priporoča uporabo združljivih pipet
zmogljivost in natančnost.
“`
Opentrons Flex
Navodila za uporabo
Opentrons Labworks Inc.
december 2023
© OPENTRONS 2023 Opentrons FlexTM (Opentrons Labworks, Inc.) Registrirana imena, blagovne znamke itd., uporabljena v tem dokumentu, tudi če niso posebej označena kot taka, se ne štejejo za nezaščitena z zakonom.
Kazalo
Predgovor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9 Struktura tega priročnika . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 Opombe in opozorila . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Poglavje 1: Uvod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 1.1 Dobrodošli v Opentrons Flex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 Kaj je novega v Flexu. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 Flex delovne postaje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 1.2 Varnostne informacije . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 Varnostni simboli. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 Opozorila glede električne varnosti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 Dodatna varnostna opozorila . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .18 Varnostna opozorila . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .18 Biološka varnost . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 Strupeni hlapi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 Vnetljive tekočine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 1.3 Skladnost s predpisi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 Varnost . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 Elektromagnetna združljivost . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 Opozorila in opombe FCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 Skladnost s Kanado ISED . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 Okoljsko opozorilo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 Predhodna potrditev Wi-Fi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Poglavje 2: Namestitev in premestitev . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 2.1 Zahteve glede varnosti in delovanja . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .22 Kam postaviti Opentrons Flex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .22 Poraba energije . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24 Okoljski pogoji . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24 2.2 Razpakiranje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25 Potreben trud in čas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25 Zaboji in embalažni material . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25 Elementi izdelka . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26 1. del: Odstranite zaboj . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27 2. del: Spustite Flex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .29 3. del: Končna montaža in vklop . . . . . . . . . . . . . . . . . . .32
2.3 Prva vožnja . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 Vklop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 Povežite se z omrežjem ali računalnikom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36 Namestitev posodobitev programske opreme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .37 Pritrditev obeska za zaustavitev v sili . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 Poimenujte svojega robota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
2.4 Namestitev in kalibracija instrumenta . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 Namestitev pipete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39 Namestitev prijemala . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .40
2.5 Selitev . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .40 Kratke poteze. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Selitve na dolge razdalje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Splošni nasveti za selitev . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .42 Končne misli o selitvi. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Poglavje 3: Opis sistema. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 3.1 Fizične komponente . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45 Okvir in ohišje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .46 Krov in delovno območje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .46 Stagobmočje ing. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .47 Oprema za palubo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 Žleb za smeti. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49 Staging območja slotov. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49 Sistem gibanja . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51 Zasloni na dotik in LED zasloni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51 3.2 Pipete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 Specifikacije pipete. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 Kalibracija pipete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 Adapter stojala za konico pipete. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 Delno pobiranje konice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .56 Senzorji pipet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .56 Posodobitve vdelane programske opreme pipete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .57 3.3 Prijemalo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .57 Specifikacije prijemala . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 Kalibracija prijemala . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 Posodobitve vdelane programske opreme prijemala . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 3.4 Obesek za zaustavitev v sili . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59 Kdaj uporabiti E-stop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59 Vklop in sprostitev E-stop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .60
3.5 Povezave . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 Napajalni priključek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 USB in pomožni priključki . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .62 Omrežne povezave . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .62
3.6 Sistemske specifikacije. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63 Splošne specifikacije . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63 Okoljske specifikacije . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .64 Certifikati. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .64 Serijska številka . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .64
Poglavje 4: Moduli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66 4.1 Podprti moduli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66 4.2 Sistem modularnega nosilca . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .67 4.3 Kalibracija modula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .68 Kdaj umeriti module. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69 Kako umeriti module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69 4.4 Modul grelec-stresalnik GEN1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .70 Funkcije grelnika-tresalnika. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .70 Specifikacije grelnika-stresalca . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .72 4.5 Magnetni blok GEN1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .73 Funkcije magnetnega bloka. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .73 Specifikacije magnetnega bloka . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .74 4.6 Temperaturni modul GEN2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .75 Funkcije temperaturnega modula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .75 Specifikacije temperaturnega modula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .77 4.7 Termociklični modul GEN2. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .77 Funkcije termociklerja . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .78 Specifikacije termociklerja . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .79
Poglavje 5: Laboratorijska oprema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80 5.1 Koncepti laboratorijske opreme. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .80 Laboratorijska oprema kot strojna oprema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .80 Laboratorijska oprema kot podatek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .80 Laboratorijska oprema po meri . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .81 5.2 Rezervoarji . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .82 Rezervoarji z eno vrtino . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .82 Rezervoarji z več vrtinami. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .82 Definicije rezervoarjev in API . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 Laboratorijska oprema rezervoarjev po meri. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 5.3 Plošče z vdolbinicami . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
Plošče s 6 jamicami. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 Plošče z 12 vdolbinicami . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 Plošče z 24 vdolbinicami . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 plošče z 48 vdolbinicami. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 Plošče z 96 vdolbinicami . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85 Plošče z 384 vdolbinicami . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .86 Adapterji za plošče z vodnjaki. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .86 Plošče z vdolbinicami in definicije API. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .87 Laboratorijska oprema za plošče z vdolbinicami po meri. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .87 5.4 Konice in stojala za konice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 Stojala za nasvete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 Združljivost tippipet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 Adapter stojala za konice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 5.5 Epruvete in stojala za epruvete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .90 Kombinacije cevi in stojala . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 Stojala za 6 cevi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 Stojala za 10 cevi. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 Stojala za 15 cevi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .92 Stojala za 24 cevi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .92 Definicije API-jev stojala za cevi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .92 Laboratorijska oprema stojala za epruvete po meri . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .93 5.6 Aluminijasti bloki . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .93 Plošča z ravnim dnom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .93 Aluminijasti blok s 24 jamicami . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .94 Aluminijasti blok s 96 jamicami . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .94 Samostojni adapterji . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .94 Kombinacije laboratorijske opreme iz aluminijastih blokov . . . . . . . . . . . . . . . .94 Kombinacije laboratorijske opreme iz aluminijastih blokov s 24 jamicami . . . . . . . . .95 Kombinacije laboratorijske opreme iz aluminijastih blokov s 96 jamicami . . . . . . . . .95 5.7 Laboratorijska oprema in prijemalo Opentrons Flex . . . . . . . . . . . . . . .96 5.8 Definicije laboratorijske opreme po meri . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .96 Ustvarjanje definicij laboratorijske opreme po meri . . . . . . . . . . . . . . . . . . .97 Shema laboratorijske opreme JSON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .99 Definicije laboratorijske opreme JSON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 Poglavje 6: Razvoj protokola . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .105 6.1 Vnaprej narejeni protokoli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 Knjižnica protokolov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 Storitev razvoja protokola po meri . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2 Oblikovalec protokola. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 Zahteve za oblikovalca protokola . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 Oblikovanje protokola . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 Spreminjanje obstoječih protokolov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
6.3 API protokola Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 Pisanje in izvajanje skriptov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 Ekskluzivne funkcije za Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
6.4 Protokoli OT-2. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 OT-2 protokoli Python. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 Protokoli OT-2 JSON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 Protokoli magnetnega modula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
Poglavje 7: Programska oprema in delovanje. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 7.1 Delovanje zaslona na dotik. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 Armaturna plošča robota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 Upravljanje protokola . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 Podrobnosti protokola . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 Zaženite nastavitev . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 Preverjanje položaja laboratorijske opreme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128 Napredek teka. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130 Zaključek izvajanja . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 Upravljanje instrumentov. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132 Nastavitve robota. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 Konfiguracija krova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 7.2 Aplikacija Opentrons. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 Namestitev aplikacije . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 Prenos protokolov v Flex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 Status modula in kontrolniki . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 Nedavna izvajanja protokola . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 7.3 Napredno delovanje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 Jupyter Notebook . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 Delovanje ukazne vrstice prek SSH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Poglavje 8: Vzdrževanje in servis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .147 8.1 Čiščenje vašega Flexa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147 Preden začnete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147 Kaj lahko očistite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147 Čistilne raztopine. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148 Čiščenje okvirjev in okenskih plošč . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148 Čiščenje krova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
Čiščenje portala. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 Čiščenje žleba za smeti. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 8.2 Čiščenje pipet in konic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 Dekontaminacija s pipeto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150 Čiščenje konic pipet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151 8.3 Čiščenje prijemala . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152 8.4 Čiščenje modulov. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153 Splošno čiščenje modula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153 Tesnila termociklerja. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154 8.5 Laboratorijska oprema, varna v avtoklavu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154 8.6 Servisiranje Flexa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155 Storitve Opentrons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155 Kvalifikacija namestitve in delovanja . . . 155 Preventivno vzdrževanje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156 Garancija . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157 Dodatek A: Glosar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .158 Dodatek B: Dodatna dokumentacija . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .170 B.1 Središče znanja Opentrons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170 B.2 Dokumentacija Python Protocol API . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170 B.3 Referenca Opentrons HTTP API. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171 B.4 Dokumentacija razvijalca . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171 Dodatek C: Odprtokodna programska oprema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .172 C.1 Opentrons na GitHub . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172 C.2 Opentrons monorepo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173 C.3 Drugi repozitoriji . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175 Dodatek D: Podpora in kontaktni podatki . . . . . . . . . . . . . . .176 D.1 Prodaja . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176 D.2 Podpora . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176 D.3 Poslovne informacije . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Predgovor
Dobrodošli v priročniku z navodili za robota za ravnanje s tekočinami Opentrons Flex. Ta priročnik vas vodi skozi skoraj vse, kar morate vedeti za nastavitev in uporabo Flexa, s poudarkom na temah, ki so najpomembnejše za vsakdanje uporabnike Flexa v laboratorijskem okolju.
Struktura tega priročnika
Opentrons Flex je zapleten sistem, zato obstaja veliko različnih poti, da se naučite vsega, kar zmore. Lahko skočite naravnost na poglavje, ki obravnava katero koli temo, ki vas zanima! Na primerample, če že imate Flex v svojem laboratoriju, lahko preskočite poglavje Namestitev in premestitev.
Če imate raje voden pristop, je ta priročnik strukturiran tako, da ga lahko spremljate od začetka do konca.
Več o Flexu. Značilnosti programa Flex so navedene v 1. poglavju: Uvod. Uvod vključuje tudi pomembne varnostne in regulativne informacije.
Začnite uporabljati Flex. Če morate nastaviti svoj Flex, sledite podrobnim navodilom v 2. poglavju: Namestitev in premestitev. Nato se seznanite s komponentami programa Flex v 3. poglavju: Opis sistema.
Nastavite svoj špil. Konfiguriranje paketa omogoča različne znanstvene aplikacije na Flexu. Poglavje 4: Moduli opisuje zunanje naprave Opentrons, ki jih lahko namestite v ali na vrh krova za izvajanje določenih znanstvenih nalog. Poglavje 5: Laboratorijska oprema pojasnjuje, kako delati z opremo za zadrževanje tekočin.
Zaženite protokol. Osnovna uporaba Flexa je izvajanje standardiziranih znanstvenih postopkov, znanih kot protokoli. Poglavje 6: Razvoj protokola ponuja več načinov, kako dobiti že pripravljene protokole ali jih oblikovati sami. Če želite zagnati svoj protokol, sledite navodilom v 7. poglavju: Programska oprema in delovanje, ki vsebuje tudi navodila za izvajanje drugih nalog in prilagajanje nastavitev vašega robota.
Naj Flex deluje. Upoštevajte nasvete v 8. poglavju: Vzdrževanje in servis, da bo vaš Flex čist in optimalno deloval. Ali pa se prijavite za eno od tam navedenih storitev Opentrons in nam prepustite skrb za Flex namesto vas.
Naučite se še več. Še vedno potrebujete kaj drugega? Oglejte si priloge. Dodatek A: Glosar opredeljuje izraze, povezane s Flexom. Dodatek B: Dodatna dokumentacija vas usmeri na še več virov za izdelke Opentrons in pisanje kode za nadzor Flexa.
OPENTRONS FLEX
9
PREDGOVOR
Dodatek C: Odprtokodna programska oprema pojasnjuje, kako programska oprema Opentrons gostuje na GitHubu kot vir za razvijalce in nerazvijalce.
Dodatek D: Podpora in kontaktni podatki navaja, kako stopiti v stik z Opentronsom, če potrebujete pomoč, ki presega to, kar ponuja naša dokumentacija.
Opombe in opozorila
V tem priročniku boste našli posebej oblikovane bloke opomb in opozoril. Opombe nudijo koristne informacije, ki morda niso očitne pri običajni uporabi Flexa. Bodite posebno pozorni na opozorila – uporabljajo se le v situacijah, ko tvegate telesne poškodbe, poškodbe opreme, izgubo ali kvarjenje sampdatotek ali reagentov, izgube podatkov ali druge škode. Opombe in opozorila izgledajo takole:
Sample Opomba: To je nekaj, kar bi morali vedeti, vendar ne predstavlja nobene nevarnosti.
Sample Opozorilo: To je nekaj, kar morate vedeti, ker je s tem povezano tveganje.
10
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 1
Uvod
To poglavje vam predstavlja ekosistem Opentrons Flex, vključno s celotno zasnovo sistema in razpoložljivimi konfiguracijami delovne postaje. Vključuje tudi pomembne informacije o skladnosti in varnosti, ki jih morate preučitiview preden nastavite svojega robota Opentrons Flex. Za več podrobnosti o funkcijah Opentrons Flex glejte poglavje Opis sistema.
1.1 Dobrodošli v Opentrons Flex
Opentrons Flex je robot za ravnanje s tekočinami, zasnovan za visoko zmogljivost in zapletene poteke dela. Robot Flex je osnova modularnega sistema, ki vključuje pipete, prijemalo za laboratorijsko opremo, pritrdilne elemente na krovu, module na krovu in laboratorijsko opremo – vse to lahko zamenjate sami. Flex je zasnovan z zaslonom na dotik, tako da lahko z njim delate neposredno na laboratorijski mizi ali pa ga lahko upravljate iz celotnega laboratorija z aplikacijo Opentrons ali našimi odprtokodnimi API-ji.
Delovne postaje Flex so opremljene z vso opremo – robotom, strojno opremo in laboratorijsko opremo – ki jo potrebujete za začetek avtomatizacije običajnih laboratorijskih opravil. Za druge aplikacije Opentrons Flex deluje na popolnoma odprtokodni programski opremi in vdelani programski opremi ter je neodvisen od reagenta in laboratorijske opreme, kar vam omogoča nadzor nad tem, kako oblikujete in izvajate svoje protokole.
Kaj je novega v Flexu
Opentrons Flex je del serije robotov za obdelavo tekočin Opentrons. Uporabniki Opentrons Flex morda poznajo Opentrons OT-2, našega osebnega robota za pipetiranje. Flex presega zmožnosti OT-2 na več ključnih področjih in zagotavlja večjo prepustnost in čas prehoda.
Funkcija Pretok pipete
Kapaciteta pipete in konice
Opis
Flex pipete imajo 1, 8 ali 96 kanalov. 96-kanalna pipeta deluje na 12-krat več vdolbinicah hkrati kot največja pipeta OT-2.
Flex pipete imajo večje prostornine (1 µL, 50 µL) in vse lahko delujejo s poljubno prostornino konic Opentrons Flex. To je izboljšava v primerjavi s pipetami OT-5, ki imajo manjše razpone in morajo uporabljati konice z ustreznim obsegom volumna.
OPENTRONS FLEX
11
POGLAVJE 1: UVOD
Prijemalo Samodejna kalibracija Zaslon na dotik Modul Caddies Koordinate reže na krovu Premični koš za smeti Velikost in teža
Opentrons Flex Gripper samodejno pobere in premika laboratorijsko opremo po krovu, brez posredovanja uporabnika. Prijemalo omogoča bolj zapletene poteke dela znotraj enega samega protokola.
Pozicijska kalibracija pipet Flex in prijemala je popolnoma avtomatizirana. Pritisnite en gumb in instrument se bo premaknil na natančno obdelane točke na plošči, da določi svoj natančen položaj in shrani te podatke za uporabo v vaših protokolih.
Flex ima lasten vmesnik zaslona na dotik, ki vam omogoča neposredno upravljanje, poleg uporabe aplikacije Opentrons. Uporabite zaslon na dotik za začetek izvajanja protokola, preverjanje statusa opravila in spreminjanje nastavitev neposredno na robotu.
Flex moduli se prilegajo v caddyje, ki zasedajo prostor pod krovom. Caddies postavi vašo laboratorijsko opremo bližje površini krova in omogoči napeljavo kablov pod krovom. Caddy omogoča še več konfiguracij modulov in laboratorijske opreme na krovu.
Reže za plošče na Flexu so oštevilčene s koordinatnim sistemom (A1D4), ki je podoben oštevilčenju vdolbinic na laboratorijski opremi.
Koš za smeti lahko postavite na več krovov na Flexu. Privzeto mesto (reža A3) je priporočeno mesto. Prijemalo lahko uporabite tudi za odlaganje smeti v izbirni žleb za smeti.
Flex je nekoliko večji in veliko težji od OT-2. Namestitev na Flex zahteva pomoč laboratorijskega partnerja.
Podrobna primerjava tehničnih specifikacij robota je na voljo na Opentrons webmesto.
Tako robota Flex kot OT-2 delujeta na naši odprtokodni programski opremi, aplikacija Opentrons pa lahko krmili obe vrsti robotov hkrati. Medtem ko protokolov OT-2 ni mogoče izvajati neposredno na Flexu, jih je preprosto prilagoditi (za podrobnosti glejte razdelek Protokoli OT-2 v poglavju Razvoj protokola).
Flex delovne postaje
Delovne postaje Opentrons Flex vključujejo robota Flex, dodatke, pipete in prijemala, module na krovu in laboratorijsko opremo, potrebno za avtomatizacijo določene aplikacije. Vse komponente delovne postaje so modularne. Če morate spremeniti aplikacije, lahko dodate ali zamenjate drugo strojno opremo Flex in združljiv potrošni material.
12
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 1: UVOD
DELOVNA POSTAJA NGS
Delovna postaja Opentrons Flex NGS avtomatizira pripravo knjižnice NGS. Lahko avtomatizira poteke dela pred sekvenciranjem z uporabo katerega koli vodilnega sistema reagentov, vključno z fragmentacijo in tagknjižnica, ki temelji na mentaciji, prep.
Delovna postaja NGS poleg robota Flex vključuje:
Prijemalo Izbira konfiguracije pipete
Dve 8-kanalni pipeti (1 µL in 50 µL) 5-kanalna pipeta (1000 µL) Žleb za odpadke Magnetni blok Temperaturni modul Modul termociklerja Komplet laboratorijske opreme s konicami filtrov, mikrocentrifugirnimi epruvetami, rezervoarji in ploščami za PCR
PCR DELOVNA POSTAJA
Delovna postaja Opentrons Flex PCR avtomatizira nastavitev PCR in poteke dela termocikliranja do 96 samples. Lahko alikvotira ohlajene reagente in sampv PCR ploščo s 96 vdolbinicami. Z dodatkom avtomatiziranega modula Thermocycler uporabite prijemalo za nalaganje plošče v Thermocycler in nato zaženite izbrani program PCR.
Delovna postaja PCR poleg robota Flex vključuje:
Prijemalo Izbira konfiguracije pipete
1-kanalna pipeta (1 µL) in 50-kanalna pipeta (8 µL) 1-kanalna pipeta (50 µL) Laboratorijski modul temperaturnega modula za odpadke
OPENTRONS FLEX
13
POGLAVJE 1: UVOD
DELOVNA POSTAJA ZA EKSTRAKCIJO NUKLEINSKIH KISLIN
Opentrons Flex Nucleic Acid Extraction Workstation avtomatizira izolacijo in čiščenje DNA/RNA. Uporablja magnetni blok za ločevanje magnetnih kroglic in grelni stresalnik za sampliza in resuspenzija magnetnih kroglic.
Delovna postaja za ekstrakcijo nukleinske kisline poleg robota Flex vključuje:
Prijemalo Izbira konfiguracije pipete
1-kanalna pipeta (5 µL) in 1000-kanalna pipeta (8 µL) 5-kanalna pipeta (1000 µL) Žleb za odpadke Magnetni blok Grelnik-stresalnik Modul Komplet laboratorijske opreme s konicami filtrov, rezervoarji, ploščami za PCR in ploščami z globokimi jamicami
DELOVNA POSTAJA ZA ČIŠČENJE BELJAKOVIN Z MAGNETNIMI KROGLICAMI
Opentrons Flex Magnetic Bead Protein Purification Workstation avtomatizira čiščenje beljakovin v majhnem obsegu in proteomiko sample priprava do 96 samples. Združljiv je s številnimi priljubljenimi reagenti na osnovi magnetnih kroglic.
Delovna postaja za čiščenje beljakovin poleg robota Flex vključuje:
Prijemalo Izbira konfiguracije pipete
1-kanalna pipeta (5 µL) in 1000-kanalna pipeta (8 µL) 5-kanalna pipeta (1000 µL) Žleb za odpadke Magnetni blok Grelnik-stresalnik Modul Komplet laboratorijske opreme s konicami filtrov, rezervoarji, ploščami za PCR in ploščami z globokimi jamicami
DELOVNA POSTAJA FLEX PREP
Opentrons Flex Prep Workstation avtomatizira preproste delovne tokove pipetiranja. Konfigurirajte delovno postajo z 1-kanalnimi in 8-kanalnimi pipetami za izvajanje nalog, kot so sample prenos, sample podvajanje in
14
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 1: UVOD
alikvotiranje reagenta. Konfigurirajte delovno postajo s 96-kanalno pipeto za izvajanje visoko zmogljivega alikvotiranja reagenta in plošče.amping.
Poleg robota Flex delovna postaja Flex Prep vključuje:
Izbira konfiguracije pipete: 1-kanalna pipeta (5 µL) in 1000-kanalna pipeta (8 µL) 5-kanalna pipeta (1000 µL)
Komplet laboratorijske opreme s konicami filtrov, mikrocentrifugirnimi epruvetami in rezervoarji
DELOVNA POSTAJA ZA PRIPRAVO PLAZMIDA
Opentrons Flex Plasmid Prep Workstation avtomatizira ekstrakcijo in čiščenje plazmidov na osnovi magnetnih kroglic. Ta delovna postaja je opremljena s pipetami z velikim volumnom, modulom grelec-stresalnik in magnetnim blokom za prilagoditev večini kemije na osnovi kroglic.
Delovna postaja Plasmid Prep Workstation poleg robota Flex vključuje:
Gripper 1-kanalna pipeta (5 µL) in 1000-kanalna pipeta (8 µL) Žleb za odpadke Magnetni blok Grelec-stresalnik Modul Komplet laboratorijske opreme s konicami filtrov, mikrocentrifugirnimi epruvetami, rezervoarji, ploščami za PCR in ploščami z globokimi jamicami
SYNBIO DELOVNA POSTAJA
Delovna postaja Opentrons Flex SynBio avtomatizira različne poteke dela sintetične biologije, kot sta sinteza DNK in kloniranje. Uporablja magnetni blok in temperaturni modul za podporo večini kemije na osnovi kroglic. Dodajte modul Thermocycler za izvajanje inkubacije z ogrevanim pokrovom in amplifikacije.
Delovna postaja SynBio poleg robota Flex vključuje:
Gripper 1-kanalna pipeta (5 µL) in 1000-kanalna pipeta (8 µL) Magnetni blok Temperaturni modul
OPENTRONS FLEX
15
POGLAVJE 1: UVOD
Komplet laboratorijske opreme z običajnimi in filtrirnimi konicami, mikrocentrifugirnimi epruvetami, rezervoarji, ploščami za PCR in ploščami z globokimi jamicami
1.2 Varnostne informacije
Robot za ravnanje s tekočinami Opentrons Flex je zasnovan za varno delovanje. Oglejte si specifikacije in smernice za skladnost v tem razdelku, da zagotovite varno uporabo vašega Flexa. Te smernice zajemajo varno uporabo vhodnih in izhodnih povezav za izdelek, vključno z napajalnimi in podatkovnimi povezavami, ter opozorilne oznake na robotu Flex in pripadajoči strojni opremi. Uporaba naprave na način, ki ni naveden v tem priročniku, lahko ogrozi uporabnika in opremo.
Varnostni simboli
Različne oznake na napravi Flex in v tem priročniku vas opozarjajo na vire možnih poškodb ali poškodb.
Simbol
Opis
Opozorilo: uporabnike opozori na potencialno nevarne razmere. Dejanja, ki lahko povzročijo telesne poškodbe ali smrt.
Pozor: uporabnike svari pred poškodbami opreme. Izgubljeni ali poškodovani podatki. Nepopravljiva prekinitev izvajane operacije.
Električni udar: Označuje komponente instrumenta, ki bi lahko predstavljale nevarnost električnega udara, če z instrumentom ravnate nepravilno.
Vroča površina: Označuje komponente instrumenta, ki predstavljajo tveganje za telesne poškodbe zaradi visoke vročine/temperatur, če z instrumentom ravnate nepravilno.
Pinch point: Označuje sestavne dele instrumenta, ki lahko med premikanjem predstavljajo tveganje za telesne poškodbe.
16
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 1: UVOD
Na Flexu boste našli naslednje oznake:
Oznake intelektualne lastnine Oznake skladnosti s predpisi (npr. ETL) Oznake za nevarnost električnega toka Oznake splošnih opozoril Oznake izdelkov Oznake pinch point High voltage nalepke Nalepke z nazivno močjo
Opozorila glede električne varnosti
Vedno upoštevajte naslednja opozorila o električni varnosti:
Simbol
Opis
Robota priključite na ozemljeno vezje razreda 1. Glejte razdelek Napajalna povezava v poglavju Opis sistema.
Napajalnih kablov ne priklapljajte (priključujte), odklapljajte (odklapljajte) ali uporabljajte, če: je kabel obrabljen ali poškodovan. Drugi priključeni kabli, kabli ali vtičnice so obrabljeni ali poškodovani.
Uporaba poškodovanih napajalnih kablov lahko povzroči nevarnost električnega udara, ki povzroči resne poškodbe ali poškodbe robota.
Ne zamenjajte napajalnega kabla za izmenični tok, razen po navodilih podpore Opentrons.
Za več informacij o električnih zahtevah glejte razdelek Poraba energije v poglavju Namestitev in premestitev.
OPENTRONS FLEX
17
POGLAVJE 1: UVOD
Dodatna varnostna opozorila
Vedno upoštevajte naslednja dodatna varnostna opozorila:
Simbol
Opis
Opentrons Flex ni certificiran za uporabo z eksplozivnimi ali vnetljivimi tekočinami. V robota ne nalagajte plošč, epruvet ali vial, ki vsebujejo eksplozivne ali vnetljive tekočine, ali kako drugače upravljajte instrumenta z eksplozivnimi ali vnetljivimi tekočinami v ohišju.
Pri delu s kemikalijami uporabljajte dobre laboratorijske prakse in previdnostne ukrepe proizvajalca. Opentrons ni odgovoren ali odgovoren za kakršno koli škodo zaradi ali kot posledica uporabe nevarnih kemikalij.
Flex tehta 88.5 kg (195 lbs). Posledično sta za varno dvigovanje in premikanje potrebni dve osebi. Glejte razdelek Premestitev v poglavju Namestitev in premestitev.
Flex je treba postaviti na površino, ki lahko prenese njegovo težo 88.5 kg (195 lbs), z zadostno površino za namestitev robota in njegovo najmanjšo razdaljo (20 cm/8 in). Glejte razdelek Varnostne in delovne zahteve v poglavju Namestitev in premestitev.
Flex lahko med delovanjem oddaja tresljaje. Robota postavite na trdno, ravno in vodoodporno površino s prečnimi ali varjenimi spoji. Glejte razdelek Varnostne in delovne zahteve v poglavju Namestitev in premestitev.
Varnostna opozorila
Za zaščito naprave Flex pred poškodbami upoštevajte naslednje varnostne ukrepe:
18
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 1: UVOD
Simbol
Opis
Uporabljajte laboratorijsko opremo, ki je skladna z ANSI/SLAS ali jo je odobril Opentrons. Glejte poglavje Labware.
Korozivnih materialov, sredstev ali drugače škodljivih materialov hranite proč od robota.
Biološka varnost
Z vzorci in reagenti, ki vsebujejo materiale, odvzete ljudem, ravnajte kot s potencialno povzročitelji okužb. Opentrons priporoča uporabo varnih laboratorijskih postopkov, kot je razloženo v 6. izdaji Biološke varnosti v mikrobioloških in biomedicinskih laboratorijih (BMBL).
V normalnih okoliščinah Flex ne ustvarja zaznavnih aerosolov iz izvornih tekočin. Vendar pa je pod določenimi pogoji mogoče ustvariti aerosole iz izvornih tekočin. Pri delu z izvornimi tekočinami 2. ali višje stopnje biološke varnosti upoštevajte previdnostne ukrepe proti izpostavljenosti aerosolu v skladu z lokalnimi upravnimi organi. Če želite zmanjšati morebitno tveganje izpostavljenosti aerosolu robota, zagotovite, da:
Opravite vzdrževanje, kot je opisano v poglavju Vzdrževanje in servis. Pravilno namestite in zavarujte vse pokrove instrumentov, pipete, module in laboratorijsko opremo. Uporabite pravilno tehniko pipetiranja za pomoč pri ublažitvi aerosolov.
Strupeni hlapi
Če delate s hlapljivimi topili ali strupenimi snovmi, uporabite učinkovit laboratorijski prezračevalni sistem, da odstranite vse hlape, ki lahko nastanejo.
Vnetljive tekočine
Flex ni bil ocenjen za uporabo z vnetljivimi tekočinami in se ga ne sme uporabljati z vnetljivimi tekočinami.
OPENTRONS FLEX
19
POGLAVJE 1: UVOD
1.3 Skladnost s predpisi
Opentrons Flex izpolnjuje vse veljavne zahteve naslednjih varnostnih in elektromagnetnih standardov.
Varnost
ID pravila IEC/UL/CSA 61010-1 IEC/UL/CSA 61010-2-051
Naslov
Varnostne zahteve za električno opremo za merjenje, krmiljenje in laboratorijsko uporabo 1. del: Splošne zahteve
Posebne zahteve za laboratorijsko opremo za mešanje
Elektromagnetna združljivost
ID pravila EN/BSI 61326-1
FCC 47 CFR, del 15, poddel B, razred A ICES-003
Naslov
Električna oprema za merjenje, krmiljenje in laboratorijsko uporabo Zahteve EMC 1. del: Splošne zahteve Nenamerni radiatorji
Oprema za upravljanje spektra in telekomunikacijske motnje, ki povzročajo standardno opremo informacijske tehnologije (vključno z digitalnimi aparati)
Opozorila in opombe FCC
Opozorilo: Spremembe ali modifikacije te enote, ki jih Opentrons izrecno ne odobri, lahko razveljavijo uporabnikovo pooblastilo za upravljanje opreme.
Ta naprava je skladna s 15. delom pravil FCC. Delovanje je odvisno od naslednjega:
20
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 1: UVOD
Ta naprava morda ne povzroča škodljivih motenj. Ta naprava mora sprejeti vse prejete motnje, vključno z motnjami, ki lahko povzročijo neželene
delovanje.
Opomba: Ta oprema je bila preizkušena in ugotovljeno je bilo, da je skladna z omejitvami za digitalne naprave razreda A v skladu s 15. delom pravil FCC. Te omejitve so zasnovane tako, da zagotavljajo primerno zaščito pred škodljivimi motnjami, ko oprema deluje v komercialnem okolju. Ta oprema ustvarja, uporablja in lahko oddaja radiofrekvenčno energijo in, če ni nameščena in uporabljena v skladu z navodili za uporabo, lahko povzroči škodljive motnje radijskih komunikacij. Delovanje te opreme v stanovanjskem območju bo verjetno povzročilo škodljive motnje, v tem primeru pa bo moral uporabnik odpraviti motnje na lastne stroške.
Skladnost s Kanado ISED
Kanada ICES-003(A) / NMB-003(A)
Ta izdelek ustreza veljavnim tehničnim specifikacijam Kanade za inovacije, znanost in gospodarski razvoj.
Trenutni produkt je skladen s tehničnimi specifikacijami, ki se uporabljajo za inovacije, znanost in gospodarski razvoj Kanade.
Okoljsko opozorilo
Opozorilo: Rak in reproduktivna škoda www.P65Warnings.ca.gov
Predhodna potrditev Wi-Fi
Modul Wi-Fi je predhodno certificiran za uporabo v številnih regijah:
Združene države (FCC): Identifikator FCC UAY-W8997-M1216 Evropski gospodarski prostor (CE): Brez javnega identifikatorja (samoizjava) Kanada (IC): Identifikacijska številka različice strojne opreme W8997-M1216 Japonska (TELEC): Certificirana številka 020-170034 Indija (WPC): registracijska številka ETA-SD-20191005525 (samoprijava)
OPENTRONS FLEX
21
POGLAVJE 2
Namestitev in premestitev
V tem poglavju je opisano, kako pripraviti svoj laboratorij za Opentrons Flex, kako nastaviti robota in kako ga po potrebi premakniti. Preden prevzamete vaš Flex, se prepričajte, da vaš laboratorij ali objekt izpolnjuje vsa merila v razdelku Varnostne in delovne zahteve. Ko je čas, da zaženete in zaženete vaš Flex, sledite podrobnim navodilom v razdelkih Razpakiranje, Prvi zagon ter Namestitev in umerjanje instrumentov ali uporabite storitev nastavitve podpore na mestu Opentrons. In če boste kdaj morali Flex premakniti na novo lokacijo, blizu ali daleč, sledite korakom v razdelku Premestitev.
2.1 Varnostne in obratovalne zahteve
Kam postaviti Opentrons Flex
Prostor je dragocena dobrina v skoraj vsakem laboratoriju. Vaš Flex bo potreboval nekaj – vendar ne preveč, saj je zasnovan tako, da se prilega polovici standardne laboratorijske mize. Prepričajte se, da imate prostor, ki izpolnjuje naslednje kriterije.
Površina klopi: Nepremična, čvrsta, ravna, vodoodporna površina. Mize ali klopi s kolesi (tudi z zaklepnimi kolesi) niso priporočljive. Flex se hitro premika in ima veliko mase, kar lahko strese ali poruši ravnotežje lahkih ali premičnih miz.
Nosilnost: sam robot tehta 88.5 kg (195 lb) in ga lahko dvigneta samo dve osebi, ki delata skupaj. Robota postavite na površino, ki lahko prenese njegovo težo in težo morebitnih modulov, laboratorijske opreme, tekočin ali druge laboratorijske opreme, ki jo boste uporabljali v svojih aplikacijah.
Delovni prostor: osnovne mere robota so 87 cm Š x 69 cm G x 84 cm V (približno 34" x 27" x 33"). Flex potrebuje 20 cm (8″) stranskega in zadnjega prostora za kable, povezave USB in za odvajanje izpušnih plinov iz modulov, ki grejejo in hladijo.
Opozorilo: Strani ali zadnji del Flexa ne postavljajte poravnano s steno.
22
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
84 cm 33 ″
87 cm 34 ″
Dimenzije baze Opentrons Flex.
69 cm 27 ″
20 cm 8 ″
20 cm 8 ″
20 cm 8 ″
Vrh view Opentrons Flex, ki prikazuje najmanjšo stransko in zadnjo stran.
OPENTRONS FLEX
23
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Poraba energije
Opentrons Flex je treba priključiti v stensko vtičnico na ali blizu mesta mize, kjer ga namestite. Flex priključite samo na tokokroge, ki lahko sprejmejo njegovo največjo moč:
Vhodna moč: 36 VDC, 6.1 A Poraba v mirovanju: 30 W Tipična poraba: 40 W (med izvajanjem protokola) Največja poraba: Približno 50 W
Natančna poraba energije je odvisna od:
Količina in vrsta gibanja, izvedenega med protokolom. Količina časa, ki ga robot ne uporablja. Stanje lučk na robotu. Koliko instrumentov je priloženih.
Ne pozabite upoštevati druge elektronike, ki porablja energijo v istem vezju, vključno z moduli Flex z lastnimi napajalniki. Na primerample ima modul Thermocycler največjo porabo energije (630 W), ki je veliko večja kot sam robot Flex. Po potrebi se posvetujte z upraviteljem vašega obrata, da se prepričate, ali izpolnjuje zahteve glede moči vaše opreme.
Okoljski pogoji
Okoljski pogoji za priporočeno uporabo, sprejemljivo uporabo in shranjevanje se razlikujejo:
Priporočljivo za sistemsko delovanje
Sprejemljivo za delovanje sistema
Temperatura okolja +20 do +25 °C
+2 do +40 °C
Relativna vlažnost Nadmorska višina
40%, brez kondenzacije
Približno 500 m nadmorske višine
30%, brez kondenzacije (pod 80 °C)
Do 2000 m nadmorske višine
Skladiščenje in transport
-10 do +60 °C
10%, brez kondenzacije (pod 85 °C)
Do 2000 m nadmorske višine
24
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Opentrons je potrdil delovanje Opentrons Flex v pogojih, priporočenih za delovanje sistema, in delovanje v teh pogojih bi moralo zagotoviti optimalne rezultate. Flex je varen za uporabo v pogojih, sprejemljivih za delovanje sistema, vendar se rezultati lahko razlikujejo. Ne vklapljajte in ne uporabljajte Flexa v pogojih izven teh meja. Pogoji shranjevanja in prevoza veljajo le, ko je robot popolnoma izključen iz napajanja in druge opreme.
2.2 Razpakiranje
čestitke! Vaš Opentrons Flex je prispel in zanj ste pripravili prostor v svojem laboratoriju. Odprimo zaboj s pošastmi, odstranimo robota in ga pripravimo za delovanje. Informacije v tem razdelku ponujajo seznam delov in navodila, ki vas vodijo skozi korake, ki so potrebni, da Flex odstranite iz škatle, nastavite in pripravite za uporabo. Postopek namestitve smo razdelili na tri dele:
1. del zajema razstavljanje zaboja. 2. del zajema odstranitev Flexa iz zaboja in njegovo premikanje na mesto končne montaže. 3. del zajema končno sestavljanje in prvi vklop robota.
Potreben trud in čas
Za pomoč pri razpakiranju, dvigovanju, premikanju in sestavljanju boste želeli prositi laboratorijskega partnerja. Za ta trud boste potrebovali približno 30 minut do ene ure.
Opomba: Flex potrebujeta dve osebi, da ga pravilno dvigneta. Poleg tega je dviganje in prenašanje Flexa za ročaje najboljši način za premikanje robota.
Zaboj in embalažni material
Z razpakiranjem Flexa dobite izjemnega robota, vendar vam ostane tudi več velikih plošč zaboja skupaj z izbranimi komponentami za pošiljanje in oblazinjenjem. Ta material lahko zavržete, vendar vam priporočamo, da te predmete obdržite, če je na voljo prostor za shranjevanje. Embalaža je primerna za večkratno uporabo, kar pomaga pripraviti vaš Flex za pošiljanje, če ga boste v prihodnosti kdaj morali poslati kam drugam (npr. na konferenco ali v nov objekt).
OPENTRONS FLEX
25
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Elementi izdelka
Flex je dobavljen s spodaj navedenimi komponentami. Pipete, prijemalo in moduli so v ločeni embalaži od glavnega zaboja Flex, tudi če ste jih kupili skupaj kot delovno postajo.
(1) Robot Opentrons Flex
(1) Kabel USB
(1) Napajalni kabel
(1) Ethernetni kabel
(5) L-ključi (12 mm inbus, 1.5 mm inbus, 2.5 mm inbus, 3 mm inbus,
T10 Torx)
(1) Obesek za zaustavitev v sili
(1) Reža za krov s sponkami za laboratorijsko opremo
(4) Rezervne sponke za laboratorijsko opremo
(1) Sonda za umerjanje pipete
(4) Nosilni ročaji in pokrovčki
(1) Zgornja okenska plošča
(4) Stranske okenske plošče
(1) 2.5 mm šestrobi izvijač
(1) 19 mm ključ
(16 + rezervni deli) Vijaki za okna (M4x8 mm s ploščato glavo)
26
(10) Vijaki z režo za rezervni krov (M4x10 mm inbus glava)
(12) Rezervni vijaki sponke za palubo (glava M3x6 mm)
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
1. del: Odstranite zaboj
Opentrons pošlje vaš Flex v robustnem zaboju iz vezanega lesa. Transportni zaboj uporablja kavelj in zapah klamps za pritrditev zgornje, stranske in spodnje plošče skupaj. Uporaba zapahov namesto žebljev ali vijakov pomeni, da za razstavljanje zaboja ne boste potrebovali lomne palice (ali veliko sile), po potrebi pa ga lahko pozneje znova sestavite.
Opomba: Robovi zabojev se lahko med pošiljanjem narobe. Za zaščito rok pred drobci boste morda želeli uporabiti delovne rokavice.
Za sprostitev zapahov obrnite jeziček zapaha navzgor in ga obrnite v levo (v nasprotni smeri urnega kazalca). To dejanje premakne klamp roko izvlecite iz ustreznega pritrdilnega nosilca. Nato lahko zapah obrnete stran od zaboja.
1 Odklenite osem zapahov, ki držijo zgornji del ob straneh.
2 Ko sprostite zapahe, odstranite zgornjo ploščo.
OPENTRONS FLEX
27
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV 3 Odrežite modro transportno vrečko, odstranite te predmete iz oblazinjenja in jih postavite na stran:
Uporabniški komplet Napajalni, ethernetni in USB kabli Obesek za zaustavitev v sili
4 Odstranite zgornji kos penaste podloge, da izpostavite okenske plošče. Podloga ščiti stranske in zgornje plošče.
5 Odstranite okenske plošče in jih postavite na stran. Te boste priložili pozneje.
28
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
6 Odklenite preostalih 16 zapahov, ki držijo stranske plošče med seboj in z dnom zaboja. 7 Odstranite stranske plošče in jih postavite na stran.
2. del: Spustite Flex
Ko dokončate korake v 1. delu, bi morali zdaj videti robota, ki je v zaščitni vrečki in pritrjen na oranžne jeklene pritrdilne komponente. Torba objame robota in ga ščiti pred zunanjim okoljem. Jekleni nosilci pritrdijo robota na dno zaboja. Dva transportna okvirja podpirata robota, enakomerno porazdelita njegovo težo in ga ohranjata togega, da se med transportom ne zvije. Nadaljujte z razpakiranjem Flexa in ga snemite s podnožja zaboja.
8 Z 19 mm ključem iz uporabniškega kompleta odvijte nosilce z dna zaboja. Oklepaje lahko zavržete ali pa jih shranite za prihodnjo uporabo.
OPENTRONS FLEX
29
2. POGLAVJE: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV 9 Povlecite ali zavrtite transportno vrečko do konca navzdol, da razkrijete celotnega robota.
10 S pomočjo vašega laboratorijskega partnerja zgrabite ročaje v oranžnih transportnih okvirjih na obeh straneh podstavka robota, dvignite Flex s podnožja zaboja in ga odložite na tla. Shranite ali zavrzite osnovo zaboja in transportni okvir.
30
OPENTRONS FLEX
2. POGLAVJE: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV 11 S pomočjo 12 mm šestrobega L-ključa iz uporabniškega kompleta odstranite štiri vijake, ki držijo transportne okvirje
Flex. Shranite ali zavrzite okvirje in vijake.
12 Odstranite štiri aluminijaste ročaje iz uporabniškega kompleta. Privijte ročaje na ista mesta, kjer so držali 12 mm vijake transportnega okvirja.
OPENTRONS FLEX
31
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
13 S pomočjo partnerja v laboratoriju dvignite Flex za ročaje za prenašanje in ga premaknite na delovno mizo za končno sestavljanje.
3. del: Končna montaža in vklop
Ko Flexa premaknete na začasno delovno območje ali njegov stalni dom, je čas, da na svojem novem robotu naredite še zadnje korake.
14 Če ste robota premaknili na končno, delovno mesto, odstranite ročaje za prenašanje in jih zamenjajte z zaključnimi pokrovčki. Pokrovčki zapirajo odprtine ročajev v okvirju in dajejo robotu čist videz. Vrnite ročaje v uporabniški komplet za shranjevanje.
32
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
15 Vzemite zgornje in stranske plošče iz embalažne pene, ki ste jo pustili na stran, potem ko ste odstranili vrh zaboja.
16 Namestite okenske plošče na Flex tako, da sledite informacijam na oznaki na sprednji zaščitni foliji. Nato odstranite zaščitno folijo.
17 S poševnimi okenskimi vijaki in 2.5 mm izvijačem iz uporabniškega kompleta pritrdite okenske plošče na Flex. Prepričajte se, da so poševne luknje (v obliki črke V) v okenskih ploščah obrnjene navzven (proti vam). To omogoča, da se vijaki poravnajo s površino okna.
Opozorilo: nepravilna orientacija plošč lahko povzroči poškodbe. Prevelik navor vijakov lahko poči plošče. Ročno privijte vijake, dokler okenske plošče niso primerno pritrjene. To ni preizkušanje moči.
OPENTRONS FLEX
33
2. POGLAVJE: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV 18 Z 2.5 mm izvijačem iz uporabniškega kompleta odstranite zaklepne vijake s portala. te
vijaki preprečujejo premikanje portala med prevozom. Zaklepni vijaki portala se nahajajo: Na levi stranski tirnici blizu sprednjega dela robota. Pod navpično roko portala. Na desni stranski tirnici blizu sprednjega dela robota v oranžnem oklepaju. Tukaj sta dva vijaka.
Po odstranitvi vseh transportnih vijakov se portal zlahka premakne z roko. 19 Odrežite in odstranite dve gumici, ki držita koš za smeti med pošiljanjem.
34
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
20 Priključite napajalni kabel na Flex in ga vtaknite v stensko vtičnico. Prepričajte se, da na krovu ni ovir. Obrnite stikalo za vklop na zadnji levi strani robota. Ko je vklopljen, se portal premakne na domačo lokacijo in zaslon na dotik prikaže dodatna navodila za konfiguracijo.
Zdaj, ko je vaš Flex iz škatle in pripravljen za uporabo, nadaljujte na spodnji razdelek Prvi zagon.
2.3 Prva vožnja
Izvedite osnovno nastavitev na zaslonu na dotik, preden na vaš Flex povežete katero koli drugo strojno opremo. Robot vas bo vodil skozi povezovanje z vašim laboratorijskim omrežjem, posodabljanje na najnovejšo programsko opremo in prilagajanje Flexa tako, da mu bo dal ime.
Vklop
Ko vklopite Flex, se na zaslonu na dotik prikaže logotip Opentrons. Po nekaj trenutkih se prikaže zaslon »Dobrodošli v vašem Opentrons Flex«.
Pozdravni zaslon Opentrons Flex. Ta zaslon bi morali videti šele, ko prvič zaženete Flex.
OPENTRONS FLEX
35
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Povežite se z omrežjem ali računalnikom
Sledite pozivom na zaslonu na dotik, da povežete svojega robota, da lahko preveri posodobitve programske opreme in prejme protokol files. Obstajajo trije načini povezave: Wi-Fi, Ethernet in USB.
Možnosti omrežne povezave. Za nastavitev Flexa potrebujete internetno povezavo. Wi-Fi: uporabite zaslon na dotik za povezavo z omrežji Wi-Fi, ki so zaščitena z osebno avtentikacijo WPA2 (večina omrežij, ki za pridružitev zahtevajo samo geslo, sodi v to kategorijo).
Opomba: Flex ne podpira prestreznih portalov (omrežij, ki nimajo gesla, vendar naložijo a webstran za preverjanje pristnosti uporabnikov po vzpostavitvi povezave).
Lahko se povežete tudi z odprtim omrežjem Wi-Fi, vendar to ni priporočljivo.
Opozorilo: Povezovanje z odprtim omrežjem Wi-Fi bo vsem v dosegu omrežnega signala omogočilo nadzor nad vašim robotom Opentrons Flex brez preverjanja pristnosti.
Če se morate povezati z omrežjem Wi-Fi, ki uporablja preverjanje pristnosti podjetja (vključno z »eduroam« in podobnimi akademskimi omrežji, ki zahtevajo uporabniško ime in geslo), se najprej povežite z aplikacijo Opentrons prek Etherneta ali USB, da dokončate začetno nastavitev. Nato se povežite z omrežjem Wi-Fi podjetja v omrežnih nastavitvah za vaš Flex. Za dostop do omrežnih nastavitev:
36
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
1. Kliknite Naprave v levi stranski vrstici aplikacije Opentrons. 2. Kliknite meni s tremi pikami () za vaš Flex in izberite Robot Settings. 3. Kliknite zavihek Omrežje.
V spustnem meniju izberite svoje omrežje ali izberite »Pridruži se drugemu omrežju ...« in vnesite njegovo SSID. Izberite način preverjanja pristnosti podjetja, ki ga uporablja vaše omrežje. Podprte metode so:
EAP-TTLS s TLS EAP-TTLS z MS-CHAP v2 EAP-TTLS z MD5 EAP-PEAP z MS-CHAP v2 EAP-TLS
Vsaka od teh metod zahteva uporabniško ime in geslo, odvisno od vaše natančne omrežne konfiguracije pa lahko zahteva tudi potrdilo files ali druge možnosti. Za podrobnosti o nastavitvi omrežja si oglejte IT dokumentacijo vašega objekta ali se obrnite na svojega IT upravitelja.
Ethernet: povežite svojega robota z omrežnim stikalom ali zvezdiščem z ethernetnim kablom. Z različico robotskega sistema 7.1.0 se lahko povežete tudi neposredno z vrati Ethernet na vašem računalniku.
USB: Priloženi kabel USB A-B priključite na robotova vrata USB-B in odprta vrata na vašem računalniku. Če vaš računalnik nima vrat USB-A, uporabite kabel USB B-C ali adapter USB A-C.
Za nadaljevanje namestitve mora biti v povezanem računalniku nameščena in zagnana aplikacija Opentrons. Za podrobnosti o namestitvi aplikacije Opentrons glejte razdelek Namestitev aplikacije v poglavju Programska oprema in delovanje.
Namestite posodobitve programske opreme
Zdaj, ko ste povezani z omrežjem ali računalnikom, lahko robot preveri, ali so na voljo posodobitve programske in vdelane programske opreme, ter jih po potrebi prenese. Če obstaja posodobitev, lahko namestitev traja nekaj minut. Ko je posodobitev končana, se bo robot znova zagnal.
OPENTRONS FLEX
37
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Pritrdite obesek za zaustavitev v sili
Povežite priložen obesek za zaustavitev v sili (E-stop) na pomožna vrata (AUX-1 ali AUX-2) na zadnji strani robota.
Pred in po priključitvi obeska za zaustavitev v sili.
Priključitev in omogočanje E-stop je obvezna za priklop instrumentov in izvajanje protokolov na Flex. Za več informacij o uporabi E-stop med delovanjem robota glejte razdelek Obesek za zaustavitev v sili v poglavju Opis sistema.
Dajte svojemu robotu ime
Poimenovanje vašega robota vam omogoča, da ga zlahka prepoznate v svojem laboratorijskem okolju. Če imate v omrežju več robotov Opentrons, jim dajte edinstvena imena. Ko potrdite ime svojega robota, boste preusmerjeni na nadzorno ploščo Opentrons Flex. Verjetno bo naslednji korak, ki ga boste želeli narediti, pritrditev instrumentov, kar je obravnavano v naslednjem razdelku.
2.4 Namestitev in kalibracija instrumenta
Po začetni nastavitvi robota je naslednji korak pritrditev instrumentov na robota in njihova kalibracija.
Če želite namestiti instrument, najprej tapnite Instrumenti na zaslonu na dotik ali pojdite na razdelek Pipete in moduli na zaslonu s podrobnostmi o napravi v aplikaciji Opentrons. Izberite prazen nosilec in izberite Pritrdi pipeto ali Pritrdi prijemalo. Če je nastavek, ki ga želite uporabiti, že zaseden, morate najprej odstraniti pipeto ali prijemalo.
38
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Opomba: celoten postopek namestitve je enak ne glede na to, ali uporabljate zaslon na dotik ali aplikacijo Opentrons. Ne glede na napravo, na kateri začnete, bo nadzorovala postopek namestitve, dokler je ne dokončate ali prekličete.
Če začnete na zaslonu na dotik, bo aplikacija pokazala, da je robot "zaseden". Če začnete v aplikaciji, bo na zaslonu na dotik prikazan modal, ki označuje, da namestitev instrumenta poteka.
Natančen postopek namestitve se razlikuje glede na instrument, ki ga pritrjujete, kot je opisano v spodnjih razdelkih. Vsi instrumenti imajo avtomatiziran postopek kalibracije, ki ga morate izvesti takoj po namestitvi.
Namestitev pipete
Ko namestite pipeto, boste na zaslonu na dotik ali v aplikaciji Opentrons vodeni skozi naslednje korake.
1. IZBERITE VRSTO PIPETE Izbirajte med 1- ali 8-kanalno pipeto in 96-kanalno pipeto. Pritrditev 96-kanalne pipete zahteva nekaj dodatnih korakov, ker se pritrdi na posebno montažno ploščo, ki zajema oba nosilca pipete.
2. PRIPRAVA NA NAMESTITEV Odstranite laboratorijsko opremo s krova in očistite delovno območje, da olajšate pritrditev in kalibracijo. Zberite tudi potrebno opremo, kot so kalibrirna sonda, šestrobi izvijač in montažna plošča (za 96-kanalno pipeto).
3. POVEŽITE IN ZAVARUJTE PIPETO Portal se bo premaknil na sprednji del robota, da boste lahko pritrdili pipeto.
1- in 8-kanalne pipete se priključijo neposredno na nastavek za pipeto. Za 96-kanalno pipeto je potrebna montažna plošča. Če želite pritrditi montažno ploščo, morate najprej odklopiti nosilec z-osi za desni nosilec pipete.
OPENTRONS FLEX
39
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Povežite pipeto z izbranim nosilcem pipete in pritrdite njene vijake.
4. ZAGONITE SAMODEJNO UMERJANJE Za kalibracijo pipete pritrdite kalibracijsko sondo na ustrezno šobo pipete. Pipeta se bo samodejno premaknila, da se bo dotaknila določenih točk na plošči in shranila te kalibracijske vrednosti za prihodnjo uporabo. Ko je umerjanje končano in odstranite sondo, bo pipeta pripravljena za uporabo v protokolih.
Namestitev prijemala
Ko namestite prijemalo, boste na zaslonu na dotik ali v aplikaciji Opentrons vodeni skozi naslednje korake.
1. PRIPRAVA NA NAMESTITEV Odstranite laboratorijsko opremo s krova in očistite delovno območje, da olajšate pritrditev in kalibracijo. Vzemite tudi zahtevani šestrobi izvijač in se prepričajte, da je kalibracijski zatič v svojem prostoru za shranjevanje na prijemu.
2. POVEŽITE IN ZAVARUJTE PRIJEMALO Portal se bo premaknil na sprednji del robota, da boste lahko pritrdili prijemalo. Priključite prijemalo na podaljšek in pritrdite njegove vijake.
3. ZAGENI SAMODEJNO UMERJANJE Za kalibracijo prijemala vstavite kalibracijski zatič v sprednjo čeljust. Prijemalo se bo samodejno premaknilo, da se bo dotaknilo določenih točk na krovu in shranilo te kalibracijske vrednosti za prihodnjo uporabo. Nato ponovite isti postopek s kalibrirnim zatičem v zadnji čeljusti. Ko je kalibracija končana in ko zatič spravite nazaj na njegovo mesto za shranjevanje, bo prijemalo pripravljeno za uporabo v protokolih.
2.5 Selitev
V tem razdelku so nasveti in navodila za premikanje vašega robota Opentrons Flex na kratke in dolge razdalje.
40
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Kratke poteze
Kratek premik obsega vrsto razdalj od »samo premaknimo se malo čez« do čez laboratorij, po hodniku ali drugo nadstropje v vaši stavbi. V teh primerih lahko Flex premaknete ročno. Dobra možnost je tudi prevoz na ročnem vozičku.
Opozorilo: Flex tehta 88.5 kg. Posledično sta za varno dvigovanje in premikanje potrebni dve osebi.
Znova pritrdite ročaje za dvig, da Flex premaknete na novo, bližnjo lokacijo. Dviganje in prenašanje Flexa za ročaje je pravi način za premikanje robota na kratke razdalje. Po končanem premikanju odstranite ročaje in jih shranite v uporabniški komplet. Da preprečite poškodbe robota, ga vedno dvignite in premikajte z ročaji za dviganje. Ne prijemajte okvirja, da bi dvignili ali premaknili robota.
Premiki na dolge razdalje
Selitev na dolge razdalje prepelje vaš Flex izven ozemlja vaše univerze, ustanove ali ustanove. Čez mesto, v novo mesto, državo, provinco ali državo so vsi bivšiamples selitve na dolge razdalje. V tem primeru boste morali Flex zapakirati, da ga zaščitite pred vremenskimi vplivi, udarci in grobimi premiki, do katerih lahko pride med prevozom.
Če ste obdržali transportni zaboj in notranje nosilce, ki so bili priloženi Flexu, ga lahko ponovno zapakirate v te materiale za selitev na dolge razdalje. Sledite korakom razpakiranja v obratnem vrstnem redu, da pripravite svoj Flex za selitev na dolge razdalje. V bistvu bi morali:
Odklopite napajalni in omrežni kabel, če je priložen. Odstranite vso priključeno strojno in laboratorijsko opremo. Ponovno pritrdite krovne plošče. Zaklenite portal (glejte razdelek Splošni nasveti za premikanje spodaj). Odstranite in shranite okenske plošče.
Če ste obdržali originalni zaboj:
Ponovno pritrdite transportni okvir na Flex in ga pritrdite na podnožje palete z L-nosilci. Dodajte oblazinjenje in ponovno sestavite transportni zaboj.
OPENTRONS FLEX
41
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Če nimate originalnega zaboja in pripadajočega materiala, se obrnite na ugledno ladijsko podjetje. Za vas lahko upravljajo postopek pakiranja, transporta in dostave.
Splošni nasveti za selitev
ODKLOPITE NAPAJALNE IN OMREŽNE KABLE Preden premaknete vaš Flex, ne pozabite: Izklopite napajanje in ga odklopite iz napajalnika. Odklopite kabel Ethernet ali USB, če ga uporabljate.
ZAKLEPITE POSTOLO Preden premaknete vaš Flex, ponovno vstavite zaklepne vijake, da zadržite portal na mestu. Zaklepne točke portala se nahajajo: Na levi stranski tirnici blizu sprednjega dela robota. Pod navpično roko portala. Na desni stranski ograji blizu sprednjega dela robota. Zaklepanje tega dela portala zahteva majhno
oranžni nosilec in dva zaklepna vijaka.
42
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
DOMOV POSTOLA Morda ne boste želeli zakleniti portala, če robota samo premikate na bližnjo lokacijo. Če se odločite, da ga ne boste zaklenili, uporabite vsaj zaslon na dotik ali aplikacijo Opentrons, da pošljete portal v začetni položaj, preden ga izklopite. Za zagon portala prek zaslona na dotik tapnite meni s tremi pikami () in nato tapnite Domov portal. Za dom portala prek aplikacije Opentrons: Kliknite Naprave. Kliknite svoj Flex na seznamu naprav. Kliknite meni s tremi pikami () in nato kliknite Domov portal.
ODSTRANITE MODULE Vgrajeni moduli in drugi priključki vašemu Flexu dodajo dodatno težo. Vplivajo tudi na težišče robota, zaradi česar se lahko ob dvigovanju počuti »napeto«. Da bi olajšali in uravnotežili robota, odstranite vse pritrjene instrumente in laboratorijsko opremo, preden ga dvignete.
ZNOVA NAMESTITE REŽE ZA KROV Priporočamo, da reže za krov ponovno pritrdite za premikanje na dolge razdalje. Zaščita rež na njihovih prvotnih lokacijah pomaga preprečiti nenamerno izgubo. Ponovna pritrditev rež za krov za kratke premike po laboratoriju ni obvezna.
PONOVNO UMERJANJE PO PREMIKU Vse instrumente in module morate znova umeriti, potem ko jih znova namestite. Za več podrobnosti o kalibraciji modula glejte poglavje Moduli.
OPENTRONS FLEX
43
POGLAVJE 2: NAMESTITEV IN PRESTAVITEV
Končne misli o selitvi
Vaš Flex je trden in dobro izdelan stroj, vendar je tudi natančen znanstveni instrument, zasnovan za stroge tolerance. Zato morate z njim ravnati previdno, ko ga premeščate znotraj svojega lokalnega delovnega območja ali ga pošiljate po državi. To pomeni, da sledite tukaj podanim navodilom in uporabite lastno zdravo pamet, kako prevažati drag kos laboratorijske opreme. Bistvo: ko premikate vaš Flex, bodite previdni in uporabite dodatno oblazinjenje.
Če imate vprašanja ali skrbi glede premestitve vašega Flexa, nam pišite na support@opentrons.com.
44
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3
Opis sistema
V tem poglavju so opisani sistemi strojne opreme Opentrons Flex, ki so osnova njegovih osnovnih funkcij za avtomatizacijo laboratorijev. Nosilci krova, portala in instrumentov Opentrons Flex omogočajo uporabo natančnih komponent za ravnanje s tekočinami in laboratorijsko opremo. Zaslon na dotik v napravi omogoča izvajanje protokolov in preverjanje statusa robota, ne da bi morali računalnik prinesti k laboratorijski mizi. Žična in brezžična povezljivost omogoča dodaten nadzor iz aplikacije Opentrons (za več podrobnosti glejte poglavje Programska oprema in delovanje) in razširitev funkcij sistema s priključitvijo zunanjih naprav (glejte poglavje Moduli).
3.1 Fizične komponente
Kamera
Lučka stanja
Zaslon na dotik
Okvir
Portalni krov
Vhodna vrata
Lokacije fizičnih komponent Opentrons Flex.
Pokrovi stranskih ročajev za okna
OPENTRONS FLEX
45
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Okvir in ohišje
Okvir robota Opentrons Flex zagotavlja togost in strukturno podporo za krov in portal. Vsi mehanski podsistemi so nameščeni in pritrjeni na glavni okvir. Okvir je izdelan predvsem iz pločevine in aluminijastih profilov.
Kovinski okvir ima odprtine za stranska okna in sprednja vrata iz prozornega polikarbonata, ki vam omogočajo, da vidite, kaj se dogaja znotraj Flexa. Tečaji sprednjih vrat se odprejo za dostop do notranjosti sistema. Ko so sprednja vrata odprta, lahko pritrdite instrumente, module in napeljave na krovu; pripravite krov pred protokolom; ali manipulirati s stanjem krova med protokolom.
Beli LED trakovi na zgornjih notranjih robovih okvirja zagotavljajo programsko nadzorovano ambientalno osvetlitev. Kamera z 2 milijona slikovnih pik lahko fotografira krov in delovno območje za snemanje in sledenje izvajanja protokola.
Krov in delovni prostor
Krov je strojno obdelana aluminijasta površina, na kateri se izvajajo avtomatizirani znanstveni protokoli. Krov ima 12 glavnih rež v formatu ANSI/SLAS, ki jih je mogoče preoblikovati za laboratorijsko opremo, module in potrošni material. Reže na krovu so označene s koordinatnim sistemom, z režo A1 zadaj levo in režo D3 spredaj desno.
Delovno območje razširitvene reže (za termocikler).
Stagobmočje
Območja krova znotraj Flexa.
46
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Delovno območje je fizični prostor nad krovom, ki je dostopen za pipetiranje. Laboratorijska oprema, nameščena v reže od A1 do D3, je v delovnem območju.
Opentrons Flex ima odstranljive reže za krov za vseh 12 položajev v delovnem območju. Vsaka reža na krovu ima kotne sponke za laboratorijsko opremo za varno namestitev laboratorijske opreme na krov.
Krov lahko na novo konfigurirate tako, da reže zamenjate z drugimi pritrdilnimi elementi krova, vključno s premičnim košem za smeti, žlebom za smeti in nosilci modulov. Razširitvena reža za A1 se uporablja samo za ustvarjanje dodatnega prostora za modul Thermocycler, ki zaseda reži A1 in B1.
Opomba: Reže na krovu so zamenljive znotraj stolpca (1, 2 ali 3), ne pa med stolpci; reži stolpca 1 in stolpca 3 sta različna dela kljub podobni velikosti. Lahko ugotovite, v kateri stolpec gre reža, tako da modro sponko laboratorijske opreme usmerite levo zadaj.
Na mestih, kamor želite postaviti samostojno laboratorijsko opremo, pustite nameščene reže za krove. Krov in predmeti, postavljeni nanj, ostanejo statični, razen če jih premakne prijemalo ali ročni poseg.
Staging območje
Staging območje je dodaten prostor vzdolž desne strani krova. Laboratorijsko opremo lahko shranite na to mesto po namestitvi stagzapiranje območnih rež. Laboratorijska oprema, nameščena v reže od A4 do D4, je v stagobmočje. Flex pipete ne morejo seči v stagtoda prijemalo lahko pobere in premakne laboratorijsko opremo na in s te lokacije. Dodajanje dodatnih rež pomaga ohraniti delovno območje na voljo za opremo, ki se uporablja v vaših avtomatiziranih protokolih.
Stagreže za območja so vključene v določene konfiguracije delovnih postaj in so na voljo tudi za nakup na https://shop.opentrons.com.
OPENTRONS FLEX
47
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Stagobmočje z nameščenimi režami
Naprave za krov
Napeljave so elementi strojne opreme, ki nadomeščajo standardne reže na krovu. Omogočajo vam prilagajanje postavitve krova in dodajanje funkcionalnosti vašemu Flexu. Trenutno palubna oprema vključuje stagprostorske reže, notranji koš za smeti in zunanji žleb za smeti. Napeljave lahko namestite le v nekaj posebnih rež na krovu. Naslednja tabela navaja lokacije krovov za vsako napeljavo.
Napeljava Staging area slots Koš za smeti Žleb za smeti Žleb za smeti s stagobmočje reže
Reže A3D3 A1D1 in A3-D3 Samo D3 Samo D3
Napeljave so brez napajanja. Ne vsebujejo elektronskih ali mehanskih komponent, ki robotu sporočajo svoje trenutno stanje in lokacijo na krovu. To pomeni, da morate uporabiti funkcijo konfiguracije krova, da Flexu sporočite, katere napeljave so pritrjene na krov in kje se nahajajo.
48
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Do nastavitev konfiguracije krova lahko dostopate z zaslona na dotik prek menija s tremi pikami () in iz aplikacije Opentrons. Glejte razdelek Konfiguracija plošče v poglavju Programska oprema in delovanje za informacije o tem, kako konfigurirati ploščo z zaslona na dotik.
Žleb za odpadke
Žleb za odpadke Opentrons Flex prenaša tekočine, konice, stojala za konice in plošče z vdolbinicami iz ohišja Flex v posodo za smeti, nameščeno pod zunanjo odprtino. Žleb za odpadke se pritrdi na adapter krovne plošče, ki se prilega v režo D3. Priložena je tudi posebna okenska polovična plošča, ki omogoča, da se žleb razširi iz sprednjega dela robota.
Sestavni deli žleba za odpadke.
Adapter za pokrivno ploščo
Žleb za odpadke
Adapter za krovno ploščo s Stagobmočje
Stagzapiranje območnih rež
Staging area slots so deli krova, združljivi z ANSI/SLAS, ki nadomestijo standardne reže v stolpcu 3 in dodajo nove reže v staging območja — vse brez izgube prostora v delovnem območju. Namestite lahko eno režo ali največ štiri reže, da ustvarite nov stolpec (A4 do D4) vzdolž desne strani krova. Upoštevajte pa, da zamenjava reže A3 zahteva premik koša za smeti. Z dodajanjem stagče na ploščo pripnete območne reže, lahko vaš robot Flex shrani več laboratorijske opreme in deluje učinkoviteje.
OPENTRONS FLEX
Flex stagobmočje reže.
49
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
VGRADNJA REŽ
Za namestitev odstranite vijake, ki pritrjujejo standardno režo na ploščo, in jo zamenjajte s stagobmočje reže. Po namestitvi uporabite zaslon na dotik ali aplikacijo Opentrons, da poveste robotu, ki ste ga dodalitagobmočje reže na krovu.
Namestitev kottagobmočje reže.
ZDRUŽLJIVOST REŽ Stagreže za območje so združljive s spodaj navedenimi instrumenti, moduli in laboratorijsko opremo Flex.
Flex komponentni moduli pipet Gripper
Laboratorijska oprema
Stagzdružljivost območja
Flex Gripper lahko premakne laboratorijsko opremo v ali iz staging območja slotov.
Flex pipete ne morejo doseči stagobmočje. Uporabite prijemalo, da premaknete stojala za konice in laboratorijsko opremo iz stagpred pipetiranjem približajte delovnemu območju.
Magnetni blok GEN1 lahko postavite v stolpec 3 na vrhu astagobmočje reže. Moduli niso podprti v stolpcu 4.
Napajani moduli, kot sta Heater-Shaker in Temperature Module, se prilegajo nosilcem, ki jih je mogoče postaviti v stolpec 3. Ne morete dodati kottaging območja reže na položaj, ki ga zaseda modulni nosilec.
StagReže za območje imajo enake dimenzije ANSI/SLAS kot standardne reže na krovu. Uporabite laboratorijsko opremo, združljivo s prijemali, v stagali pa ročno dodajte in odstranite laboratorijsko opremo s te lokacije.
50
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Sistem gibanja
Na okvir je pritrjen portal, ki je robotov sistem za premikanje in pozicioniranje. Portal se premika ločeno vzdolž osi x in y, da se pipete in prijemalo postavijo na točno določena mesta za izvajanje protokola. Gibanje vzdolž teh osi je natančno na 0.1 mm. Portal krmilijo 36 VDC hibridni bipolarni koračni motorji. V zameno sta na portal pritrjena nosilca pipet in nosilec podaljška. Te se premikajo vzdolž osi z, da se pipete in prijemalo postavijo na točno določena mesta za izvajanje protokola. Gibanje vzdolž te osi nadzirajo 36 VDC hibridni bipolarni koračni motorji. Elektronika v portalu zagotavlja 36 VDC napajanje in komunikacijo s pipetami in prijemalom, ko so pritrjeni.
Portal
Nosilci za pipete
Nosilec podaljška
Lokacija namestitve instrumentov na Flex.
Zaslon na dotik in LED zasloni
Primarni uporabniški vmesnik je 7-palčni LCD zaslon na dotik, ki se nahaja na sprednji desni strani robota. Zaslon na dotik je prekrit s steklom Gorilla Glass 3 za odpornost na praske in poškodbe. Dostopajte do številnih funkcij programa Flex neposredno na zaslonu na dotik, vključno z:
OPENTRONS FLEX
51
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Upravljanje protokola Nastavitev, izvajanje in spremljanje protokola Upravljanje laboratorijske opreme Nastavitve robota Posodobitve sistemske in vdelane programske opreme Dnevniki delovanja in obvestila o napakah
Za več informacij o uporabi Flex prek zaslona na dotik glejte razdelek Delovanje zaslona na dotik v poglavju Programska oprema in delovanje.
Lučka stanja je trak LED diod vzdolž zgornje sprednje strani robota, ki na prvi pogled zagotavlja informacije o robotu. Različne barve in vzorci osvetlitve lahko sporočajo različne uspehe, neuspehe ali stanja mirovanja:
LED barva Bela Nevtralna stanja
Zelena Normalna stanja
Modra Obvezna stanja Rumena Nenormalna stanja Rdeča Izredna stanja
Vzorec LED Sveti utripa
Dvakrat utripne
Trdno utripa utripa
Status robota
Vklopljen in ne izvaja protokola Robot je zaseden (npr. posodabljanje programske ali vdelane programske opreme, nastavitev izvajanja protokola, preklic izvajanja protokola) Dejanje je končano (npr. protokol shranjen, programska oprema posodobljena, instrument priključen ali odklopljen) Protokol se izvaja Protokol je dokončan Protokol je zaustavljen
Trdna
Napaka programske opreme
Utripne trikrat, večkrat
Fizična napaka (npr. zrušitev instrumenta)
Lučko stanja lahko tudi onemogočite v nastavitvah robota.
52
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
3.2 Pipete
Pipete Opentrons so konfigurabilne naprave, ki se uporabljajo za premikanje tekočin po delovnem območju med izvajanjem protokolov. Obstaja več pipet Opentrons Flex, ki lahko prenesejo količine od 1 µL do 1000 µL v 1, 8 ali 96 kanalih:
Opentrons Flex 1-kanalna pipeta (1 µL) Opentrons Flex 50-kanalna pipeta (1 µL) Opentrons Flex 5-kanalna pipeta (1000 µL) Opentrons Flex 8-kanalna pipeta (1 µL) Opentrons Flex 50-kanalna pipeta (8 µL)
Pipete pritrdite na portal z zaskočnimi vijaki na sprednji strani pipete. Vsaka 1-kanalna in 8-kanalna pipeta zasedata en nastavek za pipeto (levo ali desno); 96-kanalna pipeta zavzame oba nosilca. Za podrobnosti o namestitvi pipet glejte Namestitev in umerjanje instrumenta.
Zajetniška priloga
Vijaki
Zaskočni pritrdilni vijaki
Ejektor
Šobe (zamenljivi O-obročki)
Šobe (fiksni O-obročki)
Lokacije komponent 1-, 8- in 96-kanalnih pipet.
Ejektor
OPENTRONS FLEX
53
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Pipete poberejo plastične konice za enkratno uporabo tako, da jih pritisnejo na šobe pipete, nato pa s konicami sesajo in dozirajo tekočine. Količina skupne sile, potrebne za pobiranje, se poveča, ko se hkrati pobere več konic. Pri manjšem številu konic pipeta pritrdi konice tako, da vsako šobo pipete potisnete navzdol v konico. Da bi dosegli potrebno silo za pobiranje celotnega stojala konic, 96-kanalna pipeta potegne tudi konice navzgor na šobe. To dejanje vlečenja zahteva namestitev stojal za konice v adapter stojala za konice in ne neposredno v režo na krovu. Če želite zavreči konice (ali jih vrniti v njihovo stojalo), mehanizem za izmet pipet potisne konice stran od šob.
Specifikacije pipete
Pipete Opentrons Flex so zasnovane za obdelavo širokega spektra volumnov. Zaradi njihovega širokega splošnega razpona lahko uporabljajo več velikosti konic, kar vpliva na njihove lastnosti ravnanja s tekočino. Opentrons je preizkusil pipete Flex za točnost in natančnost v številnih kombinacijah konice in količine tekočine:
Pipeta
Flex 1-kanalni
50 µL
Flex 1-kanalni
1000 µL
Flex 8-kanalni
50 µL
Flex 8-kanalni
1000 µL
Kapaciteta nastavka 50 µL 50 µL 50 µL 50 µL 50 µL 200 µL 1000 µL 50 µL 50 µL 50 µL 50 µL 50 µL 200 µL 1000 µL
Testirana prostornina 1 µL 10 µL 50 µL 5 µL 50 µL
200 µL 1000 µL
1 µL 10 µL 50 µL 5 µL 50 µL 200 µL 1000 µL
Natančnost %D 8.00 % 1.50 % 1.25 % 5.00 % 0.50 % 0.50 % 0.50 % 10.00 % 2.50 % 1.25 % 8.00 % 2.50 % 1.00 % 0.70 %
Natančnost %CV 7.00 % 0.50 % 0.40 % 2.50 % 0.30 % 0.15 % 0.15 % 8.00 % 1.00 % 0.60 % 4.00 % 0.60 % 0.25 % 0.15 %
54
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Flex 96-kanalni
1000 µL
50 µL 50 µL 200 µL 1000 µL
5 µL 50 µL 200 µL 1000 µL
10.00% 2.50% 1.50% 1.50%
5.00% 1.25% 1.25% 1.50%
Upoštevajte te informacije o natančnosti, ko izbirate konice za svojo pipeto. Na splošno bi morali za najboljše rezultate uporabljati najmanjše konice, ki ustrezajo potrebam vašega protokola.
Opomba: Opentrons izvaja volumetrično testiranje pipet Flex, da zagotovi, da ustrezajo specifikacijam točnosti in natančnosti, navedenim zgoraj. Pred uporabo vam ni treba umeriti volumna, ki ga pipete odmerjajo. Izvesti morate samo položajno kalibracijo. Za podrobnosti glejte naslednji razdelek, kot tudi razdelek Namestitev pipete v poglavju Namestitev in premestitev.
Storitve Opentrons Care in Opentrons Care Plus vključujejo letno zamenjavo pipet in potrdila o kalibraciji. Za podrobnosti glejte razdelek Servisiranje Flexa v poglavju Vzdrževanje in servis.
Kalibracija pipete
Uporabniški komplet vključuje kovinsko kalibracijsko sondo pipete, ki jo uporabljate med pozicijsko kalibracijo. Med izvajanjem protokola varno shranite sondo na magnetno držalo na sprednjem stebru robota. Med postopkom kalibracije pritrdite sondo na ustrezno šobo in jo zaskočite. Robot premakne sondo na kalibracijske točke na krovu, da izmeri natančen položaj pipete.
Adapter stojala za konico pipete
96-kanalna pipeta Opentrons Flex je dobavljena s štirimi adapterji stojala za konice. To so natančno oblikovani aluminijasti nosilci, ki jih namestite na krov. Adapterji držijo stojala za konice Flex 50 L, 200 L in 1000 µL.
OPENTRONS FLEX
55
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Zaradi vpletene sile potrebuje 96-kanalna pipeta adapter za pravilno pritrditev stojala s polno konico. Med postopkom pritrditve se pipeta premakne čez adapter, se spusti na pritrdilne zatiče in potegne konice na pipete tako, da dvigne adapter in stojalo za konice. Vlečenje konic namesto potiskanja zagotavlja vzvod, ki je potreben za pritrditev konic na pipete in preprečuje zvijanje površine plošče. Ko končate, 96-kanalna pipeta spusti adapter in prazno stojalo za konice na ploščo. Za več informacij si oglejte razdelek Namigi in stojala za konice v poglavju Labware.
Delno pobiranje napitnine
96-kanalna pipeta lahko pobere polno stojalo konic ali manjše število konic. To poveča število aplikacij, ki jih lahko izvedete s 96-kanalno pipeto, saj zavzame oba nosilca za pipete.
Trenutno 96-kanalna pipeta podpira delno zajemanje konic za 8 konic v postavitvi kolone. V tej konfiguraciji pipeta bodisi uporablja svoje skrajne leve šobe za pobiranje konic od desne proti levi iz stojala za konice ali svoje skrajne desne šobe za pobiranje konic od leve proti desni iz stojala za konice.
Ko poberete manj kot 96 nasvetov iz stojala za nasvete, morate stojalo postaviti neposredno na ploščo, ne v adapter stojala za nasvete.
Pipetni senzorji
Pipete Opentrons Flex imajo številne senzorje, ki zaznavajo in beležijo podatke o statusu pipete in morebitnih konicah, ki jih je zajela.
KAPACITIVNI SENZORJI
V kombinaciji s kovinsko sondo ali prevodno konico kapacitivni senzorji zaznajo, kdaj pride pipeta v stik z nečim. Zaznavanje stika med kovinsko sondo in ploščo se uporablja v postopkih avtomatizirane kalibracije pipete in modula.
1-kanalne pipete imajo en senzor kapacitivnosti, večkanalne pipete pa dva: na kanalih 1 in 8 pri 8-kanalnih pipetah ter na kanalih 1 in 96 (poziciji A1 in H12) pri 96-kanalnih pipetah.
56
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
OPTIČNI SENZORJI PRISOTNOSTI KONICE
Stikalo fotoprekinitve zazna položaj mehanizma za izmet konice pipete in potrdi, ali so bile konice uspešno dvignjene ali padle. Vse 1-kanalne, 8-kanalne in 96-kanalne pipete imajo en sam optični senzor, ki spremlja pritrditev konice po vseh kanalih.
Posodobitve vdelane programske opreme pipete
Opentrons Flex samodejno posodobi vdelano programsko opremo pipete, da je sinhronizirana z različico programske opreme robota. Posodobitve vdelane programske opreme pipete so običajno hitre in se zgodijo kadar koli:
Priložiš pipeto. Robot se znova zažene.
Če se iz kakršnega koli razloga različici vdelane programske opreme pipete in programske opreme robota ne sinhronizirata, lahko ročno posodobite vdelano programsko opremo v aplikaciji Opentrons.
1. Kliknite Naprave. 2. Na seznamu naprav kliknite svoj Flex. 3. V razdelku Instrumenti in moduli bo nesinhronizirana pipeta prikazala opozorilo
»Na voljo je posodobitev vdelane programske opreme.« Za začetek posodobitve kliknite Posodobi zdaj.
Lahko view trenutno nameščeno različico vdelane programske opreme katere koli priključene pipete. Na zaslonu na dotik pojdite na Instrumenti in tapnite ime pipete. V aplikaciji Opentrons poiščite kartico za pipeto pod Instrumenti in moduli, kliknite meni s tremi pikami () in nato kliknite O pipeti.
3.3 Prijemalo
Prijemalo premika laboratorijsko opremo po celotnem delovnem območju in stagmed izvajanjem protokolov. Prijemalo se pritrdi na nosilec podaljška, ki je ločen od nosilcev za pipete; prijemalo se lahko uporablja s katero koli konfiguracijo pipete. Za podrobnosti o namestitvi prijemala glejte Namestitev in kalibracija instrumenta.
Prijemalo lahko premika laboratorijsko opremo po krovu in na module ali z njih. Prijemalo lahko manipulira z nekaterimi popolnoma obrobljenimi ploščami z vodnjaki, ploščami z globokimi vodnjaki in nosilci za konice. Za več podrobnosti o laboratorijski opremi, ki jo lahko premika prijemalo, si oglejte razdelek Labware in Opentrons Flex Gripper v poglavju Labware ali preberite Opentrons Labware Library.
OPENTRONS FLEX
57
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Specifikacije prijemala
Čeljusti izvajajo primarno gibanje prijemala, ki je odpiranje ali zapiranje dveh vzporednih lopatic za uporabo ali sprostitev sile na straneh laboratorijske opreme. Gibanje čeljusti nadzira 36 VDC brušeni motor, povezan z zobniškim sistemom z zobato letvijo.
Za premikanje kosa laboratorijske opreme, ki so ga prijele čeljusti, portal dvigne prijemalo vzdolž osi z, ga premakne bočno in nato spusti v nov položaj laboratorijske opreme.
Lokacije komponent prijemala.
Pritrdilni vijaki
Kalibracijski zatič Jaws Paddles
Kalibracija prijemala
Prijemalo vključuje kovinski kalibracijski zatič. Kalibracijski zatič se nahaja v vdolbini za shranjevanje na spodnjem delu prijemala. Magnet drži žebljiček na mestu. Če želite odstraniti kalibracijski zatič, ga primite s prsti in nežno povlecite. Če želite zamenjati zatič, ga vstavite nazaj v režo za shranjevanje. Vedeli boste, da je varno, ko se zaskoči.
Ko kalibrirate prijemalo, pritrdite zatič na vsako čeljust po vrsti. Robot premakne zatič na kalibracijske točke na krovu, da izmeri natančen položaj prijemala.
Med izvajanjem protokola shranite zatič v prostor za shranjevanje. Pišite nam na support@opentrons.com, če izgubite zatič za umerjanje.
Posodobitve vdelane programske opreme prijemala
Opentrons Flex samodejno posodobi vdelano programsko opremo prijemala, da ostane sinhronizirana z različico programske opreme robota. Posodobitve vdelane programske opreme prijemala so običajno hitre in se zgodijo kadar koli:
58
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Pritrdiš prijemalo. Robot se znova zažene.
Če se iz kakršnega koli razloga različici vdelane programske opreme prijemala in programske opreme robota ne sinhronizirata, lahko ročno posodobite vdelano programsko opremo v aplikaciji Opentrons.
1. Kliknite Naprave. 2. Na seznamu naprav kliknite svoj Flex. 3. V razdelku Instrumenti in moduli bo nesinhronizirano prijemalo prikazalo branje opozorilne pasice
»Na voljo je posodobitev vdelane programske opreme.« Za začetek posodobitve kliknite Posodobi zdaj.
Lahko view trenutno nameščena različica vdelane programske opreme prijemala. Na zaslonu na dotik pojdite na Instrumenti in tapnite prijemalo. V aplikaciji Opentrons poiščite kartico prijemala v razdelku Instrumenti in moduli, kliknite meni s tremi pikami () in nato kliknite About gripper.
3.4 Obesek za zaustavitev v sili
Obesek za zaustavitev v sili (E-stop) je namenski strojni gumb za hitro zaustavitev gibanja robota. Opentrons Flex zahteva, da je ves čas pritrjen funkcionalen, sproščen E-stop. Ko pritisnete gumb za zaustavitev, Flex čim hitreje prekliče vsak tekoči protokol ali potek dela namestitve in prepreči večino gibanja robota.
Kdaj uporabiti E-stop
Morda boste morali pritisniti E-stop:
Kadar obstaja neposredna nevarnost poškodbe ali poškodbe uporabnika. Ko obstaja neposredna nevarnost poškodbe robota ali druge strojne opreme. Ko je sampdatoteke ali reagenti so v neposredni nevarnosti kontaminacije. Po koliziji strojne opreme.
Idealno bi bilo, da vam nikoli ne bi bilo treba pritisniti E-stop (razen med redkim testiranjem kakovosti strojne opreme).
E-stop ne uporabljajte za preklic običajnih, pričakovanih operacij. Namesto tega uporabite programski gumb na zaslonu na dotik ali v aplikaciji Opentrons. Premor prek programske opreme vam bo omogočil nadaljevanje ali preklic protokola, medtem ko s pritiskom na E-stop vedno takoj prekličete protokol.
OPENTRONS FLEX
59
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Vklop in sprostitev E-stop
E-stop ima mehanizem, ki ga pritisne za vklop, zasuka in spusti.
Vklop: Trdno pritisnite rdeči gumb. Flex bo prešel v zaustavljeno stanje. Rešitev: Ko se ustavite, varno odpravite vse težave na delovnem območju, kot je čiščenje razlitja,
odstranjevanje laboratorijske opreme ali premikanje portala (mora se premikati prosto in enostavno z roko). Sprostitev: Zasukajte gumb v smeri urinega kazalca. Dvignil se bo v izklopljen položaj. Ponastavitev: Na zaslonu na dotik ali v aplikaciji Opentrons potrdite, da ste pripravljeni za nadaljevanje Flexa
gibanje. Portal se bo vrnil v začetni položaj in dejavnost modula se bo nadaljevala.
V zaustavljenem stanju se Flex in povezana strojna oprema obnašata takole:
Strojne portalne pipete
Prijemalo
Modul grelec-stresalnik
Temperaturni modul Thermocycler Module Lučka stanja Zaslon na dotik
Vedenje
Samodejno vodoravno gibanje je ustavljeno. Dovoljeno je ročno vodoravno premikanje.
Navpično gibanje pipet je ustavljeno. Motorne zavore na navpičnih oseh so vključene, da preprečijo
pipete pred padcem. Gibanje bata in pobiranje konice sta ustavljena.
Navpično gibanje prijemala je ustavljeno. Motorna zavora na navpični osi je vklopljena, da prepreči
prijemalo pred padcem. Čeljustni motorji, ki izvajajo prijemalno silo, ostanejo omogočeni, torej
prijemalo ne bo izpustilo laboratorijske opreme, ki jo morda nosi.
Stresalnik se ustavi in vrne domov. Odpre se zapah laboratorijske opreme. Ogrevanje je onemogočeno.
Ogrevanje ali hlajenje je onemogočeno.
Ogrevanje ali hlajenje je onemogočeno.
Lučka zasveti rdeče.
Na zaslonu se prikaže sporočilo o preklicu. Indikator na zaslonu pokaže, ko ste bili uspešni
izklopil gumb za zaustavitev.
60
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
3.5 Povezave
Stikalo za vklop/izklop
Stranski pokrovi
Vrata USB-A
IEC vhod za napajanje
Vrata AUX-1, AUX-2, USB-B, Ethernet
Napajalni priključek
Opentrons Flex se poveže z virom napajanja prek standardnega vhoda IEC-C14. Robot vsebuje notranji AC/DC napajalnik polnega obsega, ki sprejema 100 VAC, 240/50 Hz vhod in ga pretvarja v 60 VDC. Vso ostalo notranjo elektroniko napaja 36 VDC napajanje.
Opozorilo: uporabljajte samo napajalni kabel, ki je priložen robotu. Ne uporabljajte napajalnega kabla z nezadostnim tokom ali voltage ocene.
Napajalni kabel naj bo brez ovir, da ga lahko po potrebi odstranite.
Na voljo je tudi gumbasta baterija CR1220 za napajanje robotove ure realnega časa, ko ni priključen na električno omrežje. Baterija se nahaja znotraj ohišja zaslona na dotik. Za več informacij se obrnite na podporo Opentrons, če menite, da morate zamenjati baterijo.
OPENTRONS FLEX
61
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
USB in pomožni priključki
Opentrons Flex ima skupno 10 vrat USB, ki se nahajajo v različnih delih robota in služijo različnim namenom.
8 zadnjih vrat USB-A (oštevilčenih od USB-1 do USB-8) in 2 pomožni vrati (konektorji M12, oštevilčeni z AUX-1 in AUX-2) so namenjeni povezovanju modulov in dodatkov Opentrons. Glejte poglavje Moduli za več informacij o povezovanju teh naprav in njihovi uporabi v vaših protokolih. Zadnja vrata USB-B so namenjena povezovanju robota s prenosnim ali namiznim računalnikom za vzpostavitev komunikacije z aplikacijo Opentrons, ki se izvaja na povezanem računalniku. Sprednja vrata USB-A (USB-9), ki se nahajajo pod zaslonom na dotik, imajo enako funkcionalnost kot zadnja vrata USB-A.
Opomba: Vrata USB so zaradi zaščite robota in povezanih naprav omejena z močjo. Napajanje je notranje razdeljeno na tri skupine vrat: leva zadnja vrata USB-A (USB-1 do USB-4), desna zadnja vrata USB-A (USB-5 do USB-8) in sprednja vrata USB-A pristanišče. Vsaka od teh skupin bo zagotovila največ 500 mA priključenim napravam, združljivim z USB 2.0.
Omrežne povezave
Opentrons Flex se lahko poveže z lokalnim omrežjem prek žične (Ethernet) ali brezžične (Wi-Fi) povezave.
Vrata Ethernet se nahajajo na zadnji strani robota. Povežite ga z ethernetnim zvezdiščem ali vklopite omrežje. Ali pa ga od različice robotskega sistema 7.1.0 povežite neposredno z vrati Ethernet na vašem računalniku. Notranji modul Wi-Fi podpira omrežja 802.11 ac/a/b/g/n z dvopasovno anteno 2.4/5 GHz.
62
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
3.6 Sistemske specifikacije
Splošne specifikacije
Dimenzije Teža Deck slots
Zaslon na dotik
Wi-Fi Ethernet USB
Vhodna moč Camera Robot
Napajanje z omrežjem voltage nihanje Nihanje frekvence električnega omrežja Distribucijski sistem Napajalni tok kratkega stika Sestava okvirja Sestava oken Zahteve za prezračevanje
87 × 69 × 84 cm / 34.25 × 27 × 33 in (Š, G, V)
88.5 kg / 195 lb 12 ANSI/SLAS združljivih rež v delovnem območju
(dostopno pipetam) 4 dodatne reže za stagnamigi in laboratorijsko opremo
(dostopno le prijemalcu) 7-palčni LCD zaslon na dotik s steklom Gorilla Glass 3, odpornim na praske in poškodbe
802.11 ac/a/b/g/n dvopasovni (2.4/5 GHz)
100 Mb/s 9 vrat USB-A 1 vrata USB-B Hitrost USB 2.0
2MP, foto in video 100 VAC, 240 Hz, 50 60 A/1 VAC, 4.0 A/115 VAC
±10 %
±5 %
TN-S
6.3 A
Togo jeklo in CNC aluminijasta zasnova
Odstranljiva polikarbonatna stranska okna in sprednja vrata Vsaj 20 cm / 8 med enoto in steno
OPENTRONS FLEX
63
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Zahteve za povezan računalnik
Aplikacija Opentrons deluje na: Windows 10 ali novejši macOS 10.10 ali novejši Ubuntu 12.04 ali novejši
Okoljske specifikacije
Okoljski pogoji Temperatura okolja Relativna vlažnost Stopnja onesnaženosti
Samo za uporabo v zaprtih prostorih +20 do +25 °C (priporočeno) 40 %, brez kondenzacije (priporočeno) 60 (samo neprevodno onesnaženje)
Za dodatne informacije o sprejemljivih okoljskih pogojih za uporabo in transport glejte razdelek Okoljski pogoji v poglavju Namestitev in premestitev.
Certifikati
Certifikati končani Ni certificirano/potrjeno
CE, ETL, FCC, ISO 9001 IVD, GMP
Povzetek informacij o certifikatu je natisnjen na nalepki na zadnji strani Flexa, blizu stikala za vklop/izklop. Za podrobne informacije o certificiranju in skladnosti glejte razdelek Skladnost s predpisi v uvodu.
Serijska številka
Vsak Flex ima edinstveno serijsko številko. Oblika serijske številke zagotavlja dodatne informacije, vključno z datumom proizvodnje robota. Na primerample bi serijska številka FLXA1020231007001 označevala:
64
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 3: OPIS SISTEMA
Znaki FLX A10 2023 10 07 001
Kategorija Model Različica Leto Mesec Dan Enota
Pomen Robot je Opentrons Flex. Koda za proizvodno različico robota. Robot je bil izdelan leta 2023. Robot je bil izdelan oktobra. Robot je bil narejen 7. dan v mesecu. Edinstvena številka za robote, izdelane na določen dan.
Serijsko številko za vaš Flex lahko najdete:
Na certifikacijski nalepki na zadnji strani Flexa, blizu stikala za vklop/izklop. Na hrbtni strani zaslona na dotik (proti delovnemu območju). V aplikaciji Opentrons pod Naprave > vaš Flex > Nastavitve robota > Napredno.
OPENTRONS FLEX
65
POGLAVJE 4
Moduli
Opentrons Flex se integrira s številnimi moduli strojne opreme Opentrons. Vsi moduli so periferne naprave, ki zasedajo reže na krovu, večino pa jih nadzoruje robot prek povezave USB.
V tem poglavju so opisane funkcije in fizične specifikacije modulov, ki so združljivi s sistemom Opentrons Flex, ter kako jih pritrditi in umeriti. Za nadaljnje podrobnosti o nastavitvi in uporabi modula si oglejte priročnike za posamezne module. Za podrobnosti o integraciji modulov v vaše protokole glejte razdelek Načrtovalnik protokolov v poglavju Razvoj protokola ali spletno dokumentacijo Python Protocol API.
4.1 Podprti moduli
Opentrons Flex je združljiv s štirimi vrstami modulov Opentrons na krovu:
Modul Heater-Shaker zagotavlja ogrevanje na krovu in orbitalno stresanje. Modul se lahko segreje na 95 °C in se lahko stresaampod 200 do 3000 vrt/min.
Magnetni blok je pasivna naprava, ki drži laboratorijsko opremo blizu svojih visoko trdnih neodimovih magnetov. Magnetni modul OT-2 GEN1 in GEN2, ki aktivno premikata svoje magnete gor in dol glede na laboratorijsko opremo, nista podprta na Opentrons Flex.
Temperaturni modul je modul za toplo in hladno ploščo, ki lahko vzdržuje temperaturo v stabilnem stanju med 4 in 95 °C.
Modul Thermocycler zagotavlja popolnoma avtomatizirano termocikliranje na krovu, kar omogoča avtomatizacijo korakov delovnega toka navzgor in navzdol. Thermocycler GEN2 je popolnoma združljiv s prijemalko. Thermocycler GEN1 ni mogoče uporabljati z prijemalom in zato ni podprt na Opentrons Flex.
Nekateri moduli, prvotno zasnovani za OT-2, so združljivi s Flexom, kot je povzeto v spodnji tabeli. Kljukica označuje združljivost, X pa nezdružljivost.
66
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 4: MODULI
Vrsta in generacija naprave Modul grelnika-tresala GEN1 Magnetni modul GEN1 Magnetni modul GEN2 Magnetni blok GEN1 Temperaturni modul GEN1 Temperaturni modul GEN2 Modul termociklerja GEN1 Modul termociklerja GEN2 Modul HEPA
OT-2
Flex
×
×
×
×
×
×
4.2 Modul caddy sistem
Združljivi moduli so zasnovani tako, da se prilegajo v caddyje, ki zasedajo prostor pod krovom. Ta sistem omogoča, da laboratorijska oprema na vrhu modulov ostane bližje površini krova, prav tako pa omogoča napeljavo kablov pod krovom, tako da krov med izvajanjem protokola ostane urejen.
Podstavki za module Heater-Shaker, Temperature in Thermocycler.
OPENTRONS FLEX
67
POGLAVJE 4: MODULI
Če želite modul namestiti na površino krova, ga morate najprej namestiti v ustrezen nosilec modula. Vsaka vrsta združljivega modula ima lastno zasnovo nosilca, ki natančno poravna modul in laboratorijsko opremo z okoliškim krovom. (Izjema je magnetni blok, ki ne zahteva napeljave kabla USB ali kabla USB in je tako nameščen neposredno na površini krova.) Podstavke za module, ki zasedajo eno režo, lahko postavite kjer koli v stolpcu 1 ali 3; Thermocycler je mogoče postaviti samo v reži A1 in B1 hkrati.
Na splošno za namestitev modula Caddy:
1. Odstranite vse reže na krovu z mesta, kamor boste postavili modul. 2. Namestite modul v njegov nosilec in privijte njegova sidra. 3. Napeljite napajalni kabel modula in kabel USB skozi stranske pokrove, navzgor skozi prazno režo na krovu in
jih pritrdite na modul. 4. Namestite nosilec modula v režo in ga privijte na svoje mesto.
Za natančna navodila za namestitev si oglejte vodnik za hitri začetek ali priročnik z navodili za določen modul. Kabelske povezave in način pritrditve na caddy se razlikujejo glede na modul.
4.3 Kalibracija modula
Ko prvič namestite modul na Flex, morate zagnati samodejno umerjanje položaja. Ta postopek je podoben položajnemu umerjanju za instrumente in zagotavlja, da se Flex premakne na natančno pravilne lokacije za optimalno delovanje protokola. Med kalibracijo se bo Flex premaknil na mesta na adapterju za kalibracijo modula, ki je podoben kalibracijskim kvadratom, ki so del rež za odstranljivo ploščo.
Kalibracijski adapterji za module Heater-Shaker, Temperature in Thermocycler.
Kalibracija modula je potrebna za vse module, ki se namestijo prek nosilca: grelnik-stresalnik, modul temperature in termocikler. Magnetni blok ne potrebuje kalibracije in je pripravljen za uporabo takoj, ko ga postavite na krov.
68
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 4: MODULI
Kdaj kalibrirati module
Flex vas samodejno pozove, da izvedete kalibracijo, ko priključite in vklopite modul, ki nima shranjenih podatkov o kalibraciji. (Ta poziv lahko opustite, vendar ne boste mogli zagnati protokolov z modulom, dokler ga ne umerite.)
Ko končate kalibracijo, Flex shrani podatke o kalibraciji in serijsko številko modula za prihodnjo uporabo. Flex vas ne bo pozval k ponovni kalibraciji, razen če v nastavitvah robota izbrišete podatke o kalibraciji za ta modul. Svoj modul lahko poljubno vklopite in izklopite ali ga celo premaknete v drugo režo na krovu, ne da bi vam bilo treba ponovno umeriti. Če želite ponovno umeriti, lahko postopek kadar koli začnete s kartice modula v aplikaciji Opentrons. (Ponovno umerjanje ni na voljo z zaslona na dotik.)
Kako kalibrirati module
Navodila na zaslonu na dotik ali v aplikaciji Opentrons vas bodo vodila skozi postopek umerjanja. Na splošno so koraki naslednji:
1. Zberite potrebno opremo, vključno z adapterjem za umerjanje modula in sondo za umerjanje pipete. 2. Namestite kalibracijski adapter na površino modula in se prepričajte, da je povsem raven.
Pri nekaterih modulih boste morda morali pritrditi adapter na modul. 3. Umeritveno sondo pritrdite na pipeto. 4. Flex se bo samodejno premaknil in se dotaknil določenih točk na kalibracijskem adapterju in jih shranil
kalibracijske vrednosti za prihodnjo uporabo.
Ko je umerjanje končano in ste odstranili adapter in sondo, bo modul pripravljen za uporabo v protokolih.
Kadarkoli lahko view in upravljajte svoje podatke o kalibraciji modula v aplikaciji Opentrons. Pojdite v nastavitve robota za vaš Flex in kliknite zavihek Calibration.
OPENTRONS FLEX
69
POGLAVJE 4: MODULI
4.4 Modul grelec-stresalnik GEN1
Funkcije grelnika-tresala
OGREVANJE IN STRESANJE
Heater-Shaker zagotavlja ogrevanje na krovu in orbitalno stresanje. Modul se lahko segreje na 95 °C z naslednjim temperaturnim profile:
Temperaturno območje: 37 °C Natančnost temperature: ±95 °C pri 0.5 °C Enakomernost temperature: ±55 °C pri 0.5 °CRamp hitrost: 10 °C/min
Modul lahko strese samples od 200 do 3000 vrt/min, z naslednjim tresenjem profile:
Premer orbite: 2.0 mm Smer orbite: V smeri urinega kazalca Območje hitrosti: 200 rpm Natančnost hitrosti: ±3000 rpm
Modul ima električni zapah za laboratorijsko opremo za pritrditev plošč na modul pred stresanjem.
70
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 4: MODULI
TERMIČNI ADAPTERJI Za dodajanje laboratorijske opreme v grelni stresalnik je potreben združljiv termični adapter. Adapterje je mogoče kupiti neposredno pri Opentrons na https://shop.opentrons.com. Trenutno razpoložljivi toplotni adapterji vključujejo:
Univerzalni ploščati adapter
PCR adapter
Adapter za globok vodnjak
96 Adapter z ravnim dnom
NADZOR PROGRAMSKE OPREME
Heater-Shaker je v celoti mogoče programirati v Protocol Designerju in Python Protocol API. Python API poleg tega omogoča vzporedno izvajanje drugih korakov protokola, medtem ko je Heater-Shaker aktiven. Za podrobnosti o dodajanju vzporednih korakov vašim protokolom glejte Ukazi brez blokiranja v dokumentaciji API-ja.
Zunaj protokolov lahko aplikacija Opentrons prikaže trenutni status Heater-Shaker-ja in neposredno nadzoruje zapah grelnika, stresalnika in laboratorijske opreme.
OPENTRONS FLEX
71
POGLAVJE 4: MODULI
Specifikacije grelnika-stresalca
Mere Teža Vhodna moč modula Vhod napajalnika Voltage nihanje Overvoltage Poraba energije
152 × 90 × 82 mm (D/Š/V) 1.34 kg 36 VDC, 6.1 A 100 VAC, 240/50 Hz ±60 % Kategorija II v mirovanju: 10 W
Običajno: Stresanje: 4 W Ogrevanje: 11 W Ogrevanje in stresanje: 10 W
Okoljski pogoji Temperatura okolja Relativna vlažnost Nadmorska višina Stopnja onesnaženosti
Največ: 125 W Samo uporaba v zaprtih prostorih 130 °C Do 20 %, brez kondenzacije Do 25 m nad morsko gladino 80
72
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 4: MODULI
4.5 Magnetni blok GEN1
Lastnosti magnetnega bloka
Magnetni blok Opentrons GEN1 je magnetno držalo za plošče s 96 jamicami. Magnetni bloki se uporabljajo v protokolih, ki se opirajo na magnetizem, da potegnejo delce iz suspenzije in jih zadržijo v ploščah z vdolbinicami med pranjem, izpiranjem ali drugimi postopki eluiranja. Na primerample, avtomatizirana priprava NGS; čiščenje genomske in mitohondrijske DNA, RNA ali proteinov; in drugi postopki ekstrakcije so vsi primeri uporabe, ki lahko vključujejo magnetne bloke.
MAGNETNE KOMPONENTE
Magnetni blok je brez napajanja, ne vsebuje nobenih elektronskih komponent in ne premika magnetnih kroglic navzgor ali navzdol v raztopini. Vdolbinice so sestavljene iz 96 visoko trdnih neodimovih obročastih magnetov, pritrjenih na vzmetno obremenjeno posteljo, ki pomaga vzdrževati tolerance med blokom in pipetami med izvajanjem avtomatiziranih protokolov.
NADZOR PROGRAMSKE OPREME
Magnetni blok GEN1 je popolnoma programabilen v Protocol Designerju in Python Protocol API.
OPENTRONS FLEX
73
POGLAVJE 4: MODULI
Zunaj protokolov pa zaslon na dotik in aplikacija Opentrons ne poznata in ne moreta prikazati trenutnega stanja magnetnega bloka GEN1. To je modul brez napajanja. Ne vsebuje elektronskih ali mehanskih komponent, ki bi lahko komunicirale z robotom Flex. Magnetni blok "nadzirate" prek protokolov, ki uporabljajo Opentrons Flex Gripper za dodajanje in odstranjevanje laboratorijske opreme iz tega modula.
Specifikacije magnetnega bloka
Dimenzije Teža Moč modula Razred magneta Okoljski pogoji Temperatura okolja Relativna vlažnost Nadmorska višina Stopnja onesnaženosti
136 × 94 × 45 mm (D/Š/V) 1.13 kg Brez, modul je brez napajanja N52 neodim Samo za notranjo uporabo 20 °C 25 %, brez kondenzacije Do 30 m nadmorske višine 80
74
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 4: MODULI
4.6 Temperaturni modul GEN2
Funkcije temperaturnega modula
OGREVANJE IN HLAJENJE
Temperaturni modul Opentrons GEN2 je modul za toplo in hladno ploščo. Pogosto se uporablja v protokolih, ki zahtevajo ogrevanje, hlajenje ali temperaturne spremembe. Modul lahko doseže in vzdržuje temperature v razponu od 4 °C do 95 °C v nekaj minutah, odvisno od konfiguracije in vsebine modula.
TERMO BLOK
Za vzdrževanje temperature laboratorijske opreme modul uporablja aluminijaste termične bloke. Modul ima termalne bloke s 24 in 96 jamicami. Podstavek za temperaturni modul ima blok z globokim vodnjakom in blok z ravnim dnom, zasnovan za uporabo s prijemalom Flex Gripper. Bloki vsebujejo 1.5 ml in 2.0 ml epruvete, plošče PCR s 96 vdolbinicami, trakove PCR, plošče z globokimi vdolbinicami in plošče z ravnim dnom.
OPENTRONS FLEX
75
POGLAVJE 4: MODULI
Opomba: Modul je dobavljen tudi z ravnim spodnjim blokom za OT-2. Ne uporabljajte bloka OT-2 s Flexom. Ravni spodnji blok za Flex ima na zgornji površini napis "Opentrons Flex". Tisti za OT-2 ne.
Termalni blok s 24 jamicami
Termalni blok s 96 jamicami
Termični blok globokega vodnjaka
Termo blok z ravnim dnom za Flex
VODNE KOPELI IN GRETJE
Ker je zrak dober toplotni izolator, lahko vrzeli med laboratorijsko opremo in termalnim blokom vplivajo na delovanje temperaturnega modula med temperaturo. Če v termalne bloke s 24 ali 96 jamicami dodate malo vode, odpravite zračne reže in izboljšate učinkovitost ogrevanja. Idealna količina vode je odvisna od termičnega bloka in laboratorijske opreme. Za dodatna priporočila si oglejte belo knjigo o temperaturnem modulu.
NADZOR PROGRAMSKE OPREME
Temperaturni modul je popolnoma programabilen v Protocol Designerju in Python Protocol API.
Zunaj protokolov lahko aplikacija Opentrons prikaže trenutni status temperaturnega modula in neposredno nadzoruje temperaturo površinske plošče.
76
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 4: MODULI
Specifikacije temperaturnega modula
Mere Teža Moč modula
Okoljski pogoji Temperatura okolja Relativna vlažnost Nadmorska višina Stopnja onesnaženosti
194 × 90 × 84 mm (D/Š/V) 1.5 kg Vhod: 100 VAC, 240/50 Hz, 60 A Izhod: 4.0 VDC, 36 A, 6.1 W največ Samo uporaba v zaprtih prostorih <219.6 °C (priporočeno za optimalno hlajenje) ) Do 22 %, brez kondenzacije Do 60 m nadmorske višine 2000
4.7 Termociklični modul GEN2
OPENTRONS FLEX
77
POGLAVJE 4: MODULI
Lastnosti termociklerja
Opentrons Thermocycler Module GEN2 je popolnoma avtomatiziran termocikler na palubi, ki omogoča prostoročno PCR v obliki plošče s 96 jamicami. Njegov ogrevan pokrov in tesnilo za enkratno uporabo se tesno prilegata plošči, kar zagotavlja učinkovito sample segrevanje in minimalno izhlapevanje.
OGREVANJE IN HLAJENJE Thermocyclerjev blok lahko greje in hladi, njegov pokrov pa se lahko segreva z naslednjimi temperaturnimi profile: Temperaturno območje termobloka: 4 °C Termoblok maksimalno ogrevanje ramp hitrost: 4.25 °C/s od okolja GEN2 do 95 °C Termalni blok maksimalno hlajenje ramp hitrost: 2.0 °C/s od 95 °C do sobne Temperaturno območje pokrova: 37 °C Natančnost temperature pokrova: ±110 °C Avtomatski pokrov je mogoče odpreti ali zapreti po potrebi med izvajanjem protokola.
TERMOCIKLER PROFILES Thermocycler lahko izvede profiles: samodejno kroženje skozi zaporedje blokovnih temperatur za izvedbo temperaturno občutljivih reakcij.
GUMIJASTA AVTOMATSKA TESNILA Thermocycler je opremljena z gumijastimi avtomatskimi tesnili, ki pomagajo zmanjšati izhlapevanje. Vsako tesnilo je treba pred uporabo sterilizirati in se lahko uporablja v več serijah. Dodatna tesnila lahko kupite neposredno pri Opentrons na https://shop.opentrons.com.
NADZOR PROGRAMSKE OPREME Thermocycler je mogoče v celoti programirati v Protocol Designerju in Python Protocol API. Zunaj protokolov lahko aplikacija Opentrons prikaže trenutni status Thermocyclerja in neposredno nadzoruje temperaturo bloka, temperaturo pokrova in položaj pokrova.
78
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 4: MODULI
Specifikacije termociklerja
Mere (odprt pokrov) Mere (zaprt pokrov) Teža (vključno z zadnjim kanalom) Vol.tage Tok napajalnika Overvoltage Okoljski pogoji Temperatura okolja Relativna vlažnost Nadmorska višina Zahteve za prezračevanje
244.95 × 172 × 310.1 mm (D/Š/V) 244.95 × 172 × 170.35 mm (D/Š/V) 8.4 kg 100 V pri 240/50 Hz 60 A Kategorija II Samo uporaba v zaprtih prostorih 8.5 °C (idealno); 5 °C (sprejemljivo) 20 %, brez kondenzacije Do 25 m nadmorske višine Vsaj 2 cm / 40 med enoto in steno
OPENTRONS FLEX
79
POGLAVJE 5
Laboratorijska oprema
To poglavje zajema predmete v knjižnici Opentrons Labware Library, ki jih lahko uporabljate z Opentrons Flex in Opentrons Flex Gripper. Zajema tudi laboratorijsko opremo po meri in za naše napredne uporabnike povezuje komponente laboratorijske opreme z njihovim ustreznim JSON file definicije.
Laboratorijsko opremo lahko kupite pri proizvajalcih originalne opreme ali v trgovini Opentrons na naslovu https://shop.opentrons.com. In Opentrons si vedno prizadeva preveriti nove definicije laboratorijske opreme. Za najnovejše sezname si oglejte knjižnico Labware Library (z zgornjo povezavo).
5.1 Koncepti laboratorijske opreme
Laboratorijska oprema zajema več kot le predmete, postavljene na ploščo in uporabljene v protokolu. Da bi vam pomagali razumeti laboratorijsko opremo Opentrons, preučimo to temo s treh različnih perspektiv. Za Opentrons Flex laboratorijska oprema vključuje elemente v naši knjižnici laboratorijske opreme, podatke, ki definirajo vsak kos laboratorijske opreme, in laboratorijsko opremo po meri.
Laboratorijska oprema kot strojna oprema
Knjižnica Labware vključuje vse, kar lahko privzeto uporabite z Opentrons Flex. To so trajne komponente in potrošni material, s katerimi delate, jih ponovno uporabite ali zavržete med izvajanjem protokola. Za delo z elementi v knjižnici Labware vam ni treba narediti nobenih posebnih korakov. Robot Flex zna samodejno delati z vsem v knjižnici.
Laboratorijska oprema kot podatek
Podatki o laboratorijski opremi so shranjeni v zapisu predmeta Javascript (JSON) files z .json file razširitve. JSON file vključuje prostorske dimenzije (dolžino, širino, višino), volumetrično kapaciteto (L, mL) in druge metrike, ki določajo značilnosti površin, njihove oblike in lokacije. Pri izvajanju protokola Flex prebere te .json files vedeti, katera laboratorijska oprema je na krovu in kako z njo delati.
80
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Laboratorijska oprema po meri
Laboratorijska oprema po meri je laboratorijska oprema, ki ni vključena v knjižnico Labware Library ali je laboratorijska oprema, ki jo je ustvaril Custom Labware Creator. Vendar pa je včasih zamisel o laboratorijski opremi po meri obremenjena s pojmi kompleksnosti, stroškov ali težavnosti. Vendar laboratorijske opreme po meri ne bi smelo biti težko razumeti ali ustvariti. Vzemimo si trenutek, da razpakiramo koncept laboratorijske opreme po meri.
Kot bivšiample, Opentrons Labware Library vključuje plošče s 96 vdolbinicami (200 L) proizvajalcev Corning in BioRad, vendar te plošče z vdolbinicami izdelujejo tudi drugi proizvajalci. In zahvaljujoč splošno sprejetim industrijskim standardom so razlike med temi vseprisotnimi laboratorijskimi predmeti majhne. Vendar pa je navadna 200-litrska plošča s 96 jamicami proizvajalcev Stellar Scientific, Oxford Lab ali Krackeler Scientific (ali katerega koli drugega dobavitelja) »laboratorijska oprema po meri« za Flex, ker ni vnaprej določena v naši knjižnici laboratorijske opreme. . Poleg tega imajo lahko manjše razlike v dimenzijah laboratorijske opreme drastičen vpliv na uspešnost izvajanja vašega protokola. Zaradi tega je pomembno, da imate natančno definicijo laboratorijske opreme za vsako laboratorijsko opremo, ki jo želite uporabiti v svojem protokolu.
Čeprav je laboratorijska oprema po meri lahko ezoteričen, enkraten kos kompleta, so to večinoma samo konice, plošče, cevi in stojala, ki se vsak dan uporabljajo v laboratorijih po vsem svetu. Še enkrat, edina razlika med laboratorijsko opremo Opentrons in laboratorijsko opremo po meri je ta, da nov element ni vnaprej določen v programski opremi, ki poganja robota. Flex lahko deluje in deluje z drugimi osnovnimi elementi laboratorijske opreme ali nečim edinstvenim, vendar morate značilnosti tega elementa zabeležiti v definiciji laboratorijske opreme JSON file in te podatke uvozite v aplikacijo Opentrons. Za več informacij si oglejte spodnji razdelek Definicije laboratorijske programske opreme po meri.
Če povzamemo, laboratorijska oprema vključuje:
Vse v knjižnici Opentrons Labware Library. Definicije laboratorijske opreme: podatki v JSON file ki določa oblike, velikosti in zmogljivosti posameznih elementov
kot so plošče z vdolbinicami, konice, rezervoarji itd. Laboratorijska oprema po meri, ki so predmeti, ki niso vključeni v knjižnico laboratorijske opreme.
Po ponovnemviewPri teh pomembnih konceptih preučimo kategorije in postavke v knjižnici Opentrons Labware Library. Po tem bomo poglavje zaključili z nadpisomview podatkovnih komponent laboratorijske opreme file in povzetek funkcij in storitev Opentrons, ki vam pomagajo ustvariti laboratorijsko opremo po meri.
OPENTRONS FLEX
81
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
5.2 Rezervoarji
Opentrons Flex privzeto deluje z rezervoarji z eno in več vrtinami, navedenimi spodaj. Uporaba teh rezervoarjev pomaga zmanjšati vaše pripravljalno delo, saj so pripravljeni za avtomatizacijo takoj po izdelavi. Informacije o rezervoarju so na voljo tudi v Opentrons Labware Library.
Rezervoarji z eno vrtino
Specifikacije proizvajalca
Agilent
290 ml V dno
Axygen
90 ml Ravno dno
GNEZDO
195 ml Ravno dno
290 ml V dno
Ime nalaganja API-ja
agilient_1_ rezervoar_290ml
kisik_1_ rezervoar_90ml
gnezdo_1_ rezervoar_195ml
gnezdo_1_ rezervoar_290ml
Rezervoarji z več vrtinami
Specifikacije proizvajalca
GNEZDO
12 vdolbinic 15 ml/vdolbinico V dno
USA Scientific
12 vdolbinic 22 ml/vdolbinico V dno
Ime obremenitve API nest_12_ rezervoar_15 ml
usascientific_12_ rezervoar_22 ml
82
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Rezervoarji in definicije API
Knjižnica Opentrons Labware definira značilnosti zgoraj navedenih rezervoarjev v ločenem JSON files. Robot in Opentrons Python API se zanašata na te definicije JSON za delo z laboratorijsko opremo, ki jo uporabljajo vaši protokoli. Na primerample, ko delate z API-jem, funkcija ProtocolContext.load_labware sprejme ta imena laboratorijske opreme kot veljavne parametre v vaši kodi. Povezana imena nalaganja API-jev se povezujejo z definicijami laboratorijske opreme rezervoarja v repozitoriju Opentrons GitHub.
Laboratorijska oprema za rezervoarje po meri
Poskusite ustvariti definicijo laboratorijske opreme po meri z Opentrons Labware Creator, če rezervoar, ki ga želite uporabiti, ni naveden tukaj. Definicija po meri združuje vse dimenzije, metapodatke, oblike, volumetrično zmogljivost in druge informacije v JSON file. Opentrons Flex potrebuje te informacije, da razume, kako delati z vašo prilagojeno laboratorijsko opremo. Za več informacij glejte razdelek Definicije laboratorijske programske opreme po meri.
5.3 Plošče z vodnjaki
Opentrons Flex privzeto deluje s ploščami z jamicami, ki so navedene spodaj. Uporaba teh plošč z vdolbinicami pomaga zmanjšati obremenitev pri pripravljalnem delu, saj so pripravljene za avtomatizacijo takoj po izdelavi. Podatki o plošči z vdolbinicami so na voljo tudi v knjižnici Opentrons Labware Library.
OPENTRONS FLEX
83
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Plošče s 6 jamicami
Proizvajalec Corning
Specifikacije
6 vdolbinic 16.8 ml/vdolbinico Okrogle vdolbinice, ravno dno
Ime nalaganja API corning_6_wellplate_16.8ml_flat
Plošče s 12 jamicami
Proizvajalec Corning
Specifikacije
12 vdolbinic 6.9 ml/vdolbinico Okrogle vdolbinice, ravno dno
Ime nalaganja API corning_12_wellplate_6.9ml_flat
Plošče s 24 jamicami
Proizvajalec Corning
Specifikacije
24 vdolbinic 3.4 ml/vdolbinico Okrogle vdolbinice, ravno dno
Ime nalaganja API corning_24_wellplate_3.4ml_flat
Plošče s 48 jamicami
Proizvajalec Corning
Specifikacije
48 vdolbinic 1.6 ml/vdolbinico Okrogle vdolbinice, ravno dno
Ime nalaganja API corning_48_wellplate_1.6ml_flat
84
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Plošče s 96 jamicami
Proizvajalec Bio-Rad Corning NEST
Opentrons Thermo Scientific
USA Scientific
Specifikacije
96 vdolbinic 200 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, V dno
96 vdolbinic 360 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, ravno dno
96 vdolbinic 100 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, V dno PCR polni rob
96 vdolbinic 200 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, ravno dno
96 globokih vdolbinic 2000 µL/vdolbinico Kvadratne vdolbinice, V dno
Tough 96 vdolbinic 200 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, V dno PCR polno obrobo
Nunc 96 globokih vdolbinic 1300 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, U dno
Nunc 96 globokih vdolbinic 2000 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, U dno
96 globokih vdolbinic 2.4 ml/vdolbinico Kvadratne vdolbinice, U dno
Ime nalaganja API biorad_96_wellplate_200ul_pcr
corning_96_wellplate_360ul_flat
nest_96_wellplate_100ul_pcr_full_skirt
nest_96_wellplate_200ul_flat
nest_96_vdolbinica_2 ml_globoko
opentrons_96_wellplate_200ul_pcr_polno_ krilo
thermoscientificnunc_96_wellplate_ 1300ul thermoscientificnunc_96_wellplate_ 2000ul nasscientific_96_wellplate_2.4ml_deep
OPENTRONS FLEX
85
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Plošče s 384 jamicami
Proizvajalec Applied Biosystems Bio-Rad
Corning
Specifikacije
384 vdolbinic 40 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, V dno
384 vdolbinic 50 µL/vdolbinico Okrogle vdolbinice, V dno
384 vdolbinic 112 µL/vdolbinico Kvadratne vdolbinice, ravno dno
Ime nalaganja API-ja applybiosystemsmicroamp_384_ vdolbina_40ul biorad_384_vdolbina_50ul
corning_384_wellplate_112ul_flat
Adapterji za vodne plošče
Spodaj navedene aluminijaste plošče so termični adapterji za modul Opentrons Heater-Shaker GEN1. Te samostojne definicije adapterjev lahko uporabite za nalaganje preverjene ali prilagojene laboratorijske opreme Opentrons na vrh Heater-Shaker.
Vrsta adapterja Opentrons Univerzalni adapter za ploščati grelec-stresalnik Opentrons 96 PCR adapter za grelnik-stresalnik Opentrons 96 Adapter za globoki vodnjak za grelnik-stresalnik Opentrons 96 Adapter za grelnik-stresalnik z ravnim dnom
Ime nalaganja API opentrons_universal_flat_adapter opentrons_96_pcr_adapter opentrons_96_deep_well_adapter opentrons_96_flat_bottom_adapter
Prav tako lahko naložite adapter in laboratorijsko opremo z eno samo definicijo. Naša knjižnica laboratorijske opreme vključuje več vnaprej konfiguriranih kombinacij toplotnega adapterja in laboratorijske opreme, zaradi katerih je Heater-Shaker takoj pripravljen za uporabo.
86
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Opomba: Ne uporabljajte kombinirane definicije, če morate med svojim protokolom premakniti laboratorijsko opremo na grelnik-stresalnik ali z njega, bodisi s prijemalom ali ročno. Namesto tega uporabite definicijo samostojnega vmesnika.
Kombinacija adapterja/laboratorijske opreme
Ime nalaganja API-ja
Opentrons 96 Deep Well Heater-Shaker Adapter z NEST Deep Well Plate 2 ml
opentrons_96_deep_well_adapter_nest_ wellplate_2ml_deep
Opentrons 96 Adapter za grelec z ravnim dnom in stresalnik z NEST 96 vdolbinicami 200 µL ploščat
opentrons_96_flat_bottom_adapter_nest_ wellplate_200ul_flat
Opentrons 96 PCR adapter za grelec-stresalnik z NEST ploščo z vdolbinicami 100 µL
opentrons_96_pcr_adapter_nest_wellplate_ 100ul_pcr_full_skirt
Opentrons univerzalni ploski adapter za grelec-stresalnik s ploščo z vdolbinicami Corning 384 112 µL ploski
opentrons_universal_flat_adapter_corning_384_ wellplate_112ul_flat
Adapterje je mogoče kupiti neposredno pri Opentrons na https://shop.opentrons.com.
Plošče vodnjakov in definicije API
Opentrons Labware Library opredeljuje značilnosti zgoraj navedenih plošč z vdolbinicami v ločenem JSON files. Robot Flex in Opentrons Python API se zanašata na te definicije JSON za delo z laboratorijsko opremo, ki jo uporabljajo vaši protokoli. Na primerample, ko delate z API-jem, funkcija ProtocolContext.load_labware sprejme ta imena laboratorijske opreme kot veljavne parametre v vaši kodi. Povezana imena nalaganja API-jev se povezujejo z definicijami laboratorijske opreme plošče z vdolbinicami v repozitoriju Opentrons GitHub.
Laboratorijska oprema za plošče z vdolbinicami po meri
Poskusite uporabiti Opentrons Labware Creator, da naredite definicijo laboratorijske opreme po meri, če plošča z vdolbinicami, ki jo želite uporabiti, ni navedena tukaj. Definicija po meri združuje vse dimenzije, metapodatke, oblike, volumetrično zmogljivost in druge informacije v JSON file. Opentrons Flex prebere te informacije, da razume, kako delati z vašo prilagojeno laboratorijsko opremo. Za več informacij glejte razdelek Definicije laboratorijske programske opreme po meri.
OPENTRONS FLEX
87
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
5.4 Konice in stojala za konice
Konice Opentrons Flex so na voljo v velikostih 50 µL, 200 µL in 1000 µL. To so prozorne, neprevodne polipropilenske konice, ki so na voljo s filtri ali brez njih. Pakirani so sterilno v stojalih, ki vsebujejo 96 konic in ne vsebujejo DNaze, RNaze, proteaze, pirogenov, človeške DNK, endotoksinov in inhibitorjev PCR. Regali vključujejo tudi številke serije in datume poteka.
Flex konice za pipete delujejo s pipetami Opentrons Flex 50 µL in 1000 µL v 1-, 8- in 96-kanalni konfiguraciji. Medtem ko lahko na pipete 50 L in 1000 L namestite katero koli konico Flex, poskusite konico uskladiti z nazivno zmogljivostjo pipete. Na primerample, morda bi bilo čudno, če bi na 1000-litrsko pipeto postavili 50-litrsko konico. Za 1000 L pipeto bi zagotovo lahko uporabili 50 L, 200 L ali 1000 L konico.
Stojala za nasvete
Nefiltrirane in filtrirane konice so združene v stojalo, ki je sestavljeno iz osnovne plošče za večkratno uporabo, srednje plošče, ki drži 96 konic, in pokrova.
Stojalo za konice po prostornini 50 µL 200 µL 1000 µL
Ime nalaganja API-ja
Nefiltrirano: opentrons_flex_96_tiprack_50ul Filtrirano: opentrons_flex_96_filtertiprack_50ul
Nefiltrirano: opentrons_flex_96_tiprack_200ul Filtrirano: opentrons_flex_96_filtertiprack_200ul
Nefiltrirano: opentrons_flex_96_tiprack_1000ul Filtrirano: opentrons_flex_96_filtertiprack_1000ul
Za pomoč pri identifikaciji so sredinske plošče stojala za konice barvno kodirane glede na velikost konice:
50 µL: magenta 200 L: rumena 1000 µL: modra
88
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Pri naročanju ali prenaročanju so konice in stojala na voljo v dveh različnih pakiranih konfiguracijah:
Stojala: sestavljena iz ločeno skrčenih stojal za konice (osnovna plošča, srednja plošča s konicami in pokrov). Rack konfiguracije so najboljše, ko je čistoča najpomembnejša, da se izognete navzkrižni kontaminaciji ali ko vaši protokoli ne dovoljujejo ponovne uporabe osnovne plošče ali komponent.
Polnila: sestavljena iz enega celotnega stojala za konice (osnovna plošča, srednja plošča s konicami in pokrov) in posameznih posod za konice. Konfiguracije za ponovno polnjenje so najboljše, če vaši protokoli omogočajo ponovno uporabo osnovne plošče ali komponente.
Združljivost tippipet
Konice za pipete Flex so zasnovane za pipete Opentrons Flex. Flex konice niso združljive za nazaj s pipetami Opentrons OT-2, niti ne morete uporabljati konic OT-2 na pipetah Flex.
Druge industrijske standardne konice lahko delujejo s pipetami Flex, vendar to ni priporočljivo. Da bi zagotovili optimalno delovanje, uporabite le konice Opentrons Flex s pipetami Flex.
Adapter stojala za konico
96-kanalna pipeta potrebuje adapter za pravilno pritrditev celotnega stojala s konicami. Med postopkom pritrditve se pipeta premakne čez adapter, se spusti na pritrdilne zatiče in potegne konice na pipete tako, da dvigne adapter in stojalo za konice.
OPENTRONS FLEX
89
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Opomba: Adapter stojala za konice uporabite le, ko naenkrat pobirate polno stojalo s konicami. Stojala za napitnine postavite neposredno na krov, ko pobirate manj napitnin.
Opozorilo: nevarnost uščipnitve. Roke držite proč od adapterja stojala za konice, medtem ko pipeta pritrjuje konice pipet.
Tip adapterja Opentrons Flex 96 Tip Rack Adapter
Ime nalaganja API opentrons_flex_96_tiprack_adapter
Adapter stojala za konice je združljiv s prijemalom Opentrons Flex Gripper. Prijemalo lahko uporabite za namestitev svežih stojal za konice na adapter ali za pobiranje in premikanje rabljenih stojal za konice v žleb za odpadke.
5.5 Epruvete in stojala za epruvete
Sistem Opentrons 4-in-1 Tube Rack privzeto deluje z Opentrons Flex. Uporaba stojala za tube 4 v 1 pomaga zmanjšati vaše pripravljalno delo, saj so kombinacije, ki jih ponuja, pripravljene za avtomatizacijo takoj po izdelavi. Več informacij je na voljo tudi v Opentrons Labware Library.
90
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Kombinacije cevi in stojala
Stojalo za cevi Opentrons 4-v-1 podpira široko paleto velikosti cevi, posamezno ali v različnih kombinacijah velikosti (prostornine). Ti vključujejo: stojalo s 6 epruvetami za 50 ml epruvete (6 x 50 ml). Kombinirano stojalo z 10 epruvetami za štiri 50 ml epruvete in šest 15 ml epruvet (4 x 50 ml, 6 x 15 ml). Stojalo za 15 epruvet za 15 ml epruvete (15 x 15 ml). Stojalo s 24 epruvetami za 0.5 mL, 1.5 mL ali 2 mL epruvete (24 x 0.5 mL, 1.5 mL, 2 mL).
Opomba: vse cevi so valjaste s stožčastim dnom v obliki črke V, razen če ni drugače navedeno.
stojala za 6 cevi
Tip tube 6 Falcon 50 mL 6 NEST 50 mL
stojala za 10 cevi
Tip tube 4 Falcon 50 ml 6 Falcon 15 ml 4 NEST 50 ml 6 NEST 15 ml
Ime nalaganja API opentrons_6_tuberack_falcon_50ml_conical opentrons_6_tuberack_nest_50ml_conical
API load name opentrons_10_tuberack_falcon_4x50ml_6x15ml_conical opentrons_10_tuberack_nest_4x50ml_6x15ml_conical
OPENTRONS FLEX
91
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
stojala za 15 cevi
Tip tube 15 Falcon 15 mL 15 NEST 15 mL
Ime nalaganja API opentrons_15_tuberack_falcon_15ml_conical opentrons_15_tuberack_nest_15ml_conical
stojala za 24 cevi
Vrsta cevi
24 Eppendorf Safe-Lock 1.5 mL 24 Eppendorf Safe-Lock 2 mL, dno v obliki črke U 24 generični 2 mL pokrovček z navojem 24 NEST 0.5 mL pokrovček z navojem 24 NEST 1.5 mL pokrovček z navojem 24 NEST 1.5 mL pokrovček z navojem 24 NEST 2 mL pokrovček z navojem 24 Zaskočna zaporka NEST 2 ml, dno v obliki črke U
Ime nalaganja API opentrons_24_tuberack_eppendorf_1.5ml_safelock_snapcap opentrons_24_tuberack_eppendorf_2ml_safelock_snapcap
opentrons_24_tuberack_generic_2ml_screwcap opentrons_24_tuberack_nest_0.5ml_screwcap opentrons_24_tuberack_nest_1.5ml_screwcap opentrons_24_tuberack_nest_1.5ml_snapcap opentrons_24_tuberack_nest_2ml_screwcap opentrons_24_tuberack_nest_2ml_snapcap
Definicije API-ja za stojala za cevi
Opentrons Labware Library opredeljuje značilnosti zgoraj navedenih stojal za cevi v ločenem JSON files. Robot Flex in Opentrons Python API se zanašata na te definicije JSON za delo z laboratorijsko opremo, ki jo uporabljajo vaši protokoli. Na primerample, ko delate z API-jem, funkcija ProtocolContext.load_labware sprejme ta imena laboratorijske opreme kot veljavne parametre v vaši kodi. Povezana imena nalaganja API-jev se povezujejo z definicijami laboratorijske opreme za cevne stojala v repozitoriju Opentrons GitHub.
92
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Laboratorijska oprema za stojala za cevi po meri
Poskusite ustvariti definicijo laboratorijske opreme po meri s programom Opentrons Labware Creator, če kombinacija cevi in stojala, ki jo želite uporabiti, ni navedena tukaj. Definicija po meri združuje vse dimenzije, metapodatke, oblike, volumetrično zmogljivost in druge informacije v JSON file. Opentrons Flex prebere te informacije, da razume, kako delati z vašo prilagojeno laboratorijsko opremo. Za več informacij glejte razdelek Definicije laboratorijske programske opreme po meri.
5.6 Aluminijasti bloki
Aluminijasti bloki so dobavljeni s temperaturnim modulom GEN2 in jih je mogoče kupiti ločeno kot tridelni komplet. Komplet vključuje ploščo z ravnim dnom, blok s 24 vdolbinami in blok s 96 vdolbinami.
Opentrons Flex uporablja aluminijaste bloke za držanje sampepruvete in plošče z vdolbinicami na temperaturnem modulu ali neposredno na krovu. Pri uporabi s temperaturnim modulom lahko aluminijasti bloki ohranijo vaš sample epruvete, PCR trakove ali plošče pri konstantni temperaturi med 4 °C in 95 °C.
Plošča z ravnim dnom
Plošča z ravnim dnom za Flex je priložena nosilcu temperaturnega modula in je združljiva z različnimi ploščami s standardnimi jamicami ANSI/SLAS. Ta ravna plošča se razlikuje od plošče, ki je priložena samemu temperaturnemu modulu ali ločenemu tridelnemu kompletu. Odlikuje ga širša delovna površina in posnete vogalne sponke. Te funkcije pomagajo izboljšati učinkovitost prijemala Opentrons Flex Gripper pri premikanju laboratorijske opreme na ploščo ali z nje.
Katero ravno spodnjo ploščo imate, lahko ugotovite, ker ima plošča za Flex na zgornji površini napis "Opentrons Flex". Tisti za OT-2 ne.
OPENTRONS FLEX
93
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Aluminijasti blok s 24 jamicami
Blok s 24 jamicami se uporablja s posameznimi sample viale. Na primerample, sprejema sample viale, ki:
Imajo spodnji del v obliki črke V ali U. Zavarujte vsebino z zaskočnimi ali navojnimi zapirali. Tekočino hranite v prostorninah 0.5 ml, 1.5 ml in 2 ml.
Aluminijasti blok s 96 jamicami
Blok s 96 vdolbinicami podpira široko paleto vrst plošč z vdolbinicami. Na primerample, dobro sprejme plošče, ki so:
Od večjih proizvajalcev plošč z vodnjaki, kot sta Bio-Rad in NEST.
Zasnovan z dnom v obliki črke V, dnom v obliki črke U ali ravnim dnom.
Zasnovano s 100 µL ali 200 µL vdolbinicami.
Združljiv je tudi z generičnimi PCR trakovi.
Samostojni adapterji
Toplotni blok Flex plošča z ravnim dnom Aluminijast blok s 24 vdolbinicami Aluminijast blok s 96 vdolbinicami
Ime nalaganja API opentrons_aluminium_flat_bottom_plate Glejte kombinacije laboratorijske opreme spodaj. opentrons_96_well_aluminium_block
Kombinacije laboratorijske opreme iz aluminijastih blokov
Opentrons Labware Library podpira naslednje kombinacije blokov, vial in plošč z vdolbinicami, ki so prav tako definirane v ločeni definiciji laboratorijske opreme JSON files. Robot Flex in Opentrons Python API
94
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
zanesite se na te definicije JSON za delo z laboratorijsko opremo, ki jo uporabljajo vaši protokoli. Na primerample, ko delate z API-jem, funkcija ProtocolContext.load_labware sprejme ta imena laboratorijske opreme kot veljavne parametre v vaši kodi. V spodnjih tabelah so navedene privzete kombinacije blok/vsebnik in povezana imena nalaganja API-ja. Povezave se povezujejo z ustreznimi definicijami JSON v repozitoriju Opentrons GitHub.
Opomba: vse cevi imajo dno v obliki črke V, razen če je navedeno drugače.
Kombinacije laboratorijske opreme iz aluminijastega bloka s 24 jamicami
Vsebina bloka s 24 vdolbinicami Generični 2 ml navojni pokrovček NEST 0.5 ml navojni pokrovček NEST 1.5 ml navojni pokrovček NEST 1.5 ml navojni pokrovček NEST 2 ml navojni pokrovček NEST 2 ml navojni pokrovček, dno v obliki črke U
Ime nalaganja API opentrons_24_aluminumblock_generic_2ml_screwcap opentrons_24_aluminumblock_nest_0.5ml_screwcap opentrons_24_aluminumblock_nest_1.5ml_screwcap opentrons_24_aluminumblock_nest_1.5ml_snapcap opentrons_24_aluminumblock_nest_2ml _screwcap opentrons_24_aluminumblock_nest_2ml_snapcap
Kombinacije laboratorijske opreme iz aluminijastega bloka s 96 jamicami
Vsebina bloka s 96 vdolbinicami Bio-Rad plošča z vdolbinicami 200 µL Generic PCR trak 200 µL NEST plošča z vdolbinicami 100 µL
Ime nalaganja API opentrons_96_aluminumblock_biorad_wellplate_200uL opentrons_96_aluminumblock_generic_pcr_strip_200uL opentrons_96_aluminumblock_nest_wellplate_100uL
OPENTRONS FLEX
95
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
5.7 Laboratorijska oprema in prijemalo Opentrons Flex
Čeprav Opentrons Flex deluje z vsem inventarjem v knjižnici Labware Library, je Opentrons Flex Gripper združljiv le z določenimi elementi laboratorijske opreme. Trenutno je Gripper optimiziran za uporabo z naslednjimi predmeti laboratorijske opreme.
Kategorija laboratorijske opreme Plošče z globokimi vdolbinicami Popolnoma obrobljene plošče s 96 vdolbinicami
Stojala za konice (nefiltrirane in filtrirane konice)
Blagovne znamke
NEST 96 plošča z globokimi vdolbinicami 2 ml
Plošča s 96 vdolbinicami Opentrons Tough 200 µL PCR Full Skirt Plošča s 96 vdolbinami NEST 200 µL ravna
Stojalo za konice Opentrons Flex 96 50 µL Stojalo za konice Opentrons Flex 96 200 µL Stojalo za konice Opentrons Flex 96 1000 µL
Opomba: Za najboljše rezultate uporabljajte Flex Gripper samo z zgoraj navedeno laboratorijsko opremo. Flex Gripper lahko deluje z drugo laboratorijsko opremo, ki je skladna z avtomatizacijo ANSI/SLAS, vendar to ni priporočljivo.
5.8 Definicije laboratorijske opreme po meri
Kot smo razpravljali na začetku tega poglavja, je laboratorijska oprema po meri laboratorijska oprema, ki ni navedena v knjižnici laboratorijske opreme Opentrons. S programom Flex lahko uporabite druge običajne ali edinstvene elemente laboratorijske opreme, tako da natančno izmerite in zabeležite značilnosti tega predmeta ter te podatke shranite v JSON file. Ko sta Flex in API uvožena v aplikacijo, te podatke JSON uporabljata za interakcijo z vašo laboratorijsko opremo. Opentrons nudi orodja in storitve, ki vam bodo v pomoč pri uporabi Flexa z laboratorijsko opremo po meri, ki jih bomo preučili spodaj.
96
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Ustvarjanje definicij laboratorijske opreme po meri
Orodja in storitve Opentrons vam pomagajo postaviti laboratorijsko opremo po meri na dosegu roke. Te funkcije so prilagojene različnim nivojem spretnosti in načinom dela. Ustvarjanje lastne laboratorijske opreme in njena uporaba z Opentrons Flex pomaga, da postane robot vsestranski in zmogljiv dodatek k vašemu laboratoriju.
USTVARJALEC LABORITORSKE OPREME PO MERI
Custom Labware Creator je brez kode, weborodje, ki uporablja grafični vmesnik za pomoč pri ustvarjanju definicije laboratorijske opreme file. Labware Creator ustvari definicijo laboratorijske opreme JSON file ki jih uvozite v aplikacijo Opentrons. Po tem je vaša laboratorijska oprema po meri na voljo robotu Flex in API-ju Python.
SERVIS LABORITSKE OPREME PO MERI
Stopite v stik z nami, če laboratorijska oprema, ki jo želite uporabiti, ni na voljo v knjižnici, če ne morete ustvariti lastnih definicij ali ker izdelek po meri vključuje različne oblike, velikosti ali druge nepravilnosti, opisane spodaj.
Laboratorijska oprema, ki jo lahko definirate v programu Labware Creator
; Vdolbinice in epruvete so enotne in enake. ; Vse vrstice so enakomerno razporejene
(razmik med vrsticami je enak).
; Vsi stolpci so enakomerno razporejeni (razmik med stolpci je enak).
; Popolnoma se prilega v eno režo na krovu.
Labware Opentrons mora definirati ; Oblike vodnjakov in cevi so različne. ; Vrstice niso enakomerno razporejene.
; Stolpci niso enakomerno razporejeni.
; Manjši od ene reže na krovu (zahteva adapter) ali obsega več rež na krovu.
OPENTRONS FLEX
97
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
Tukaj je nekaj diagramov, ki vam pomagajo vizualizirati bivšegaampzgoraj opisane. Regular Vsi stolpci so enakomerno razporejeni in vse vrstice so enakomerno razporejene. Ni treba, da imajo stolpci enak razmik kot vrstice.
Regular Ni nujno, da je mreža v središču laboratorijske opreme.
Nepravilne vrstice so enakomerno razporejene, vendar stolpci niso enakomerno razporejeni.
Nepravilni stolpci/vrstice so enakomerno razporejeni, vendar vdolbinice niso enake.
Nepravilno Obstaja več kot ena mreža.
Naša ekipa za laboratorijsko opremo bo razumela vaše potrebe in za vas oblikovala definicije laboratorijske opreme po meri. Za več informacij glejte podporna članka Zahtevanje definicije laboratorijske programske opreme po meri in Obrazec za zahtevo laboratorijske programske opreme po meri. To je plačljiva storitev.
98
OPENTRONS FLEX
POGLAVJE 5: LABORITSKA OPREMA
PYTHON API
Medtem ko z našim API-jem ne morete ustvariti laboratorijske opreme po meri, lahko uporabite laboratorijsko opremo po meri z razpoložljivimi metodami API-ja. Vendar pa morate najprej definirati svojo laboratorijsko opremo po meri in jo uvoziti v aplikacijo Opentrons. Ko dodate svojo laboratorijsko opremo v aplikacijo Opentrons, je na voljo API-ju Python in robotu. Za več informacij glejte razdelek Definicije laboratorijske programske opreme po meri v dokumentaciji Python API. Za informacije o pisanju skriptov protokola z API-jem si oglejte razdelek Python Protocol API v poglavju Razvoj protokola.
Shema laboratorijske opreme JSON
JSON file je načrt za standardno in prilagojeno laboratorijsko opremo Opentrons. to file vsebuje in organizira podatke o laboratorijski opremi v skladu s specifikacijami zasnove, ki jih določa privzeta shema.
Shema je okvir
Dokumenti / Viri
![]() |
opentrons FLEX FLEX Opentrons Flex odprtokodni robot za ravnanje s tekočinami [pdf] Navodila za uporabo FLEX Opentrons Flex odprtokodni robot za ravnanje s tekočinami, FLEX, Opentrons Flex odprtokodni robot za ravnanje s tekočinami, odprtokodni robot Flex za ravnanje s tekočinami, odprtokodni robot za ravnanje s tekočinami, izvorni robot za ravnanje s tekočinami, robot za ravnanje s tekočinami, robot za ravnanje s tekočinami, robot |