FLEX Opentrons Flex Open Source robot na manipuláciu s kvapalinami
“
Opentrons Flex
špecifikácie:
- Všeobecné špecifikácie: Lorem ipsum dolor sit
amet, consectetur adipiscing elita. Sed do eiusmod tempor incididunt
ut labore et dolore magna aliqua. - Špecifikácie prostredia: Lorem ipsum
dolor sit amet, consectetur adipiscing elita. Sed do eiusmod tempor
incididunt ut labore et dolore magna aliqua. - certifikácie: Lorem ipsum dolor sit amet,
consectetur adipiscing elita. Sed do eiusmod tempor incididunt ut
labore et dolore magna aliqua. - sériové číslo: XXX-XXXX-XXXX
Návod na použitie produktu:
1. Inštalácia a kalibrácia prístroja:
Postupujte podľa krokov uvedených v príručke pre pipetu a chápadlo
inštalácia.
2. Premiestnenie:
Pre krátke pohyby si pozrite časť 2.5 v príručke. Pre
pohyby na dlhé vzdialenosti, postupujte podľa uvedených pokynov. Všeobecné sťahovanie
k dispozícii je aj poradenstvo.
3. Spojenia:
Zaistite správne pripojenie napájania, ako je uvedené v príručke.
Podľa potreby pripojte USB a prídavné zariadenia. Sieťové pripojenia
by mali byť stanovené podľa pokynov.
4. Návrhár protokolu:
Pochopte požiadavky na Protocol Designer a naučte sa ako
navrhnúť nové protokoly alebo upraviť existujúce podľa vášho laboratória
požiadavky.
5. Python Protocol API:
Preskúmajte písanie a spúšťanie skriptov pomocou Python Protocol API.
Objavte funkcie exkluzívne pre Python pre vylepšené funkcie.
6. Protokoly OT-2:
Získajte informácie o protokoloch OT-2 Python, protokoloch OT-2 JSON a
Protokoly magnetického modulu pre rôzne typy experimentov.
Často kladené otázky (FAQ):
Otázka: Ako môžem vyriešiť problém, ak sa robot nepohybuje ako?
očakávané?
Odpoveď: Skontrolujte pripojenie napájania a zabezpečte správnu kalibráciu
prístrojov a overte, či sa v nich nenachádzajú žiadne prekážky
cesta robota.
Otázka: Môžem používať vlastné pipety s Opentrons Flex?
Odpoveď: Opentrons odporúča používať kompatibilné pipety na dosiahnutie optimálneho stavu
výkon a presnosť.
“
Opentrons Flex
Návod na použitie
Opentrons Labworks Inc.
decembra 2023
© OPENTRONS 2023 Opentrons FlexTM (Opentrons Labworks, Inc.) Registrované názvy, ochranné známky atď. použité v tomto dokumente, aj keď nie sú takto špecificky označené, sa nepovažujú za nechránené zákonom.
Obsah
Predslov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9 Štruktúra tohto návodu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 Poznámky a varovania . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Kapitola 1: Úvod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 1.1 Vitajte v Opentrons Flex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 Čo je nové vo Flex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 Flex pracovné stanice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 1.2 Bezpečnostné informácie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 Bezpečnostné symboly. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 Varovania týkajúce sa elektrickej bezpečnosti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 Ďalšie bezpečnostné upozornenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .18 Bezpečnostné upozornenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .18 Biologická bezpečnosť . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 Toxické výpary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 Horľavé kvapaliny . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 1.3 Súlad s predpismi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 Bezpečnosť . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 Elektromagnetická kompatibilita . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 Varovania a poznámky FCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 Súlad Kanady s ISED . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 Environmentálne varovanie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 Predbežná certifikácia Wi-Fi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Kapitola 2: Inštalácia a premiestnenie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 2.1 Bezpečnostné a prevádzkové požiadavky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .22 Kam umiestniť Opentrons Flex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .22 Spotreba energie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24 Podmienky prostredia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24 2.2 Rozbalenie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25 Potrebné úsilie a čas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25 Prepravka a baliaci materiál . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25 Prvky produktu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26 Časť 1: Odstránenie prepravky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27 Časť 2: Uvoľnite ohyb. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .29 Časť 3: Konečná montáž a zapnutie . . . . . . . . . . . . . . . . . . .32
2.3 Prvé spustenie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 Zapnutie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 Pripojenie k sieti alebo počítaču . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36 Inštalácia aktualizácií softvéru . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .37 Pripevnenie prívesku núdzového zastavenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 Pomenujte svojho robota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
2.4 Inštalácia a kalibrácia prístroja . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 Inštalácia pipety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39 Inštalácia chápadla . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .40
2.5 Premiestnenie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .40 Krátke pohyby. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Presuny na dlhé vzdialenosti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Všeobecné rady týkajúce sa pohybu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .42 Záverečné úvahy o sťahovaní. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Kapitola 3: Popis systému. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 3.1 Fyzické komponenty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45 Rám a kryt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .46 Paluba a pracovná plocha . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 Stagoblasť . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .47 Zariadenia paluby. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 Odpadový žľab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 Stagsloty pre oblasť . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49 Systém pohybu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51 Dotyková obrazovka a LED displeje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51 3.2 Pipety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 Špecifikácie pipety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 Kalibrácia pipety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 Adaptér stojana na špičky pipiet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 Čiastočné vyberanie hrotu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .56 Pipetové senzory. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .56 Aktualizácie firmvéru pipety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .57 3.3 Uchopovač . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .57 Špecifikácie chápadla . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 Kalibrácia uchopovača . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 Aktualizácie firmvéru uchopovača . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 3.4 Prívesok núdzového zastavenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59 Kedy použiť E-stop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59 Zapnutie a uvoľnenie E-stop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .60
3.5 Pripojenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 Pripojenie napájania . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 USB a prídavné pripojenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .62 Sieťové pripojenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .62
3.6 Špecifikácie systému. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63 Všeobecné špecifikácie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63 Špecifikácie prostredia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .64 Certifikáty. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .64 Sériové číslo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .64
Kapitola 4: Moduly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66 4.1 Podporované moduly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66 4.2 Modulový nosičový systém . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .67 4.3 Kalibrácia modulu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .68 Kedy kalibrovať moduly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69 Ako kalibrovať moduly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69 4.4 Modul ohrievača-trepačky GEN1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .70 Funkcie ohrievača-trepačky. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .70 Špecifikácie ohrievača-trepačky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .72 4.5 Magnetický blok GEN1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .73 Vlastnosti magnetického bloku. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .73 Špecifikácie magnetického bloku . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .74 4.6 Teplotný modul GEN2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .75 Vlastnosti teplotného modulu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .75 Špecifikácie teplotného modulu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .77 4.7 Modul termocykléra GEN2. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .77 Vlastnosti termocykléra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .78 Špecifikácie termocykléra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .79
Kapitola 5: Labware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80 5.1 Pojmy Labware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .80 Labvér ako hardvér . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .80 Labware ako dáta . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .80 Vlastný laboratórny softvér . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .81 5.2 Nádrže . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .82 Jednojamkové zásobníky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .82 Viacjamkové zásobníky. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .82 Zásobníky a definície API . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 Laboratórny prístroj na zákazku. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 5.3 Jamkové platne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
6-jamkové platne. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 12-jamkových doštičiek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 24-jamkových doštičiek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 48-jamkových doštičiek. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 96-jamkových doštičiek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85 384-jamkových doštičiek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .86 Adaptéry na platňu studne. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .86 Doštičky s jamkami a definície API. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .87 Laboratórny prístroj na špeciálne jamkové platne. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .87 5.4 Tipy a stojany na hroty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 Stojany na hroty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 Kompatibilita s hrotmi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 Adaptér stojana na hroty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 5.5 Skúmavky a stojany na skúmavky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .90 Kombinácie rúrok a stojanov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 Stojany na 6 rúr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 10-trubkové stojany. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 Stojany na 15 rúr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .92 Stojany na 24 rúr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .92 Definície API stojana na skúmavky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .92 Vlastný laboratórny stojan na rúrky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .93 5.6 Hliníkové bloky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .93 Plochá spodná doska . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .93 24-jamkový hliníkový blok . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .94 96-jamkový hliníkový blok . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .94 Samostatné adaptéry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .94 Kombinácie hliníkového bloku laboratórneho vybavenia . . . . . . . . . . . . . . . .94 Kombinácie 24-jamkového hliníkového bloku laboratórneho vybavenia . . . . . . . . .95 Kombinácie 96-jamkového hliníkového bloku laboratórneho vybavenia . . . . . . . . .95 5.7 Labware a Opentrons Flex Gripper . . . . . . . . . . . . . . .96 5.8 Vlastné definície laboratórneho softvéru . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .96 Vytvorenie vlastných definícií laboratórneho softvéru . . . . . . . . . . . . . . . . . . .97 Schéma laboratórneho softvéru JSON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .99 Definície laboratórneho softvéru JSON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 Kapitola 6: Vývoj protokolu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .105 6.1 Vopred pripravené protokoly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 Knižnica protokolov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 Služba vývoja vlastného protokolu . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2 Návrhár protokolu. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 Požiadavky na návrhára protokolu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 Návrh protokolu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 Úprava existujúcich protokolov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
6.3 Python Protocol API . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 Písanie a spúšťanie skriptov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 Funkcie exkluzívne pre Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
6.4 Protokoly OT-2. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 OT-2 Python protokoly. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 Protokoly OT-2 JSON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 Protokoly magnetického modulu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
Kapitola 7: Softvér a prevádzka. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 7.1 Obsluha dotykovej obrazovky. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 Prístrojová doska robota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 Správa protokolov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 Podrobnosti protokolu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 Spustenie nastavenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 Kontrola polohy Labware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128 Priebeh behu. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130 Dokončenie behu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 Správa prístrojov. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132 Nastavenia robota. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 Konfigurácia decku . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 7.2 Aplikácia Opentrons. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 Inštalácia aplikácie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 Prenos protokolov do Flex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 Stav modulu a ovládacie prvky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 Nedávne spustenia protokolu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 7.3 Pokročilá prevádzka . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 Zápisník Jupyter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 Prevádzka príkazového riadka cez SSH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Kapitola 8: Údržba a servis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .147 8.1 Čistenie vášho Flex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147 Skôr ako začnete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147 Čo môžete vyčistiť . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147 Čistiace roztoky. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148 Čistenie rámu a okenných panelov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148 Čistenie paluby . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
Čistenie portálov. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 Čistenie odpadového žľabu. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 8.2 Čistenie pipiet a špičiek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 Dekontaminácia pipetou . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150 Čistenie špičiek pipiet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151 8.3 Čistenie chápadla . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152 8.4 Čistiace moduly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153 Všeobecné čistenie modulu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153 Tesnenia termocykléra. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154 8.5 Laboratórny prístroj bezpečný v autokláve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154 8.6 Servis Flex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155 Služby Opentrons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155 Kvalifikácia inštalácie a prevádzková kvalifikácia . . . 155 Preventívna údržba . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156 Záruka . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157 Príloha A: Slovník . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .158 Príloha B: Dodatočná dokumentácia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .170 B.1 Centrum znalostí Opentrons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170 B.2 Dokumentácia API protokolu Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170 B.3 Odkaz na API Opentrons HTTP. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171 B.4 Dokumentácia pre vývojárov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171 Príloha C: Softvér s otvoreným zdrojom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .172 C.1 Opentrons na GitHub . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172 C.2 Opentrons monorepo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173 C.3 Ostatné archívy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175 Príloha D: Podpora a kontaktné informácie . . . . . . . . . . . . . . .176 D.1 Predaj . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176 Podpora D.2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176 D.3 Obchodné informácie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Predslov
Vitajte v návode na použitie robota na manipuláciu s kvapalinami Opentrons Flex. Táto príručka vás prevedie takmer všetkým, čo potrebujete vedieť na nastavenie a používanie Flex, so zameraním na témy, ktoré sú najrelevantnejšie pre každodenných používateľov Flex v laboratórnom prostredí.
Štruktúra tohto návodu
Opentrons Flex je komplexný systém, takže existuje mnoho rôznych ciest, ako sa naučiť všetko, čo dokáže. Neváhajte a skočte priamo na kapitolu, ktorá sa venuje akejkoľvek téme, ktorá vás zaujíma! NaprampAk už máte vo svojom laboratóriu nastavený Flex, môžete preskočiť kapitolu Inštalácia a premiestnenie.
Ak uprednostňujete riadený prístup, táto príručka je štruktúrovaná, aby ste ju mohli sledovať od začiatku do konca.
Prečítajte si o Flex. Charakteristické črty Flex sú uvedené v kapitole 1: Úvod. Úvod obsahuje aj dôležité bezpečnostné a regulačné informácie.
Začnite s Flex. Ak potrebujete nastaviť Flex, postupujte podľa podrobných pokynov v kapitole 2: Inštalácia a premiestnenie. Potom sa oboznámte s komponentmi Flex v kapitole 3: Opis systému.
Nastavte si palubu. Konfigurácia paluby umožňuje rôzne vedecké aplikácie na Flex. Kapitola 4: Moduly popisuje periférne zariadenia Opentrons, ktoré môžete nainštalovať do alebo na vrchnú časť balíka, aby ste mohli vykonávať špecifické vedecké úlohy. Kapitola 5: Labware vysvetľuje, ako pracovať so zariadením na uchovávanie tekutín.
Spustite protokol. Základným využitím Flex je spustenie štandardizovaných vedeckých postupov, známych ako protokoly. Kapitola 6: Vývoj protokolov ponúka niekoľko spôsobov, ako získať hotové protokoly alebo si ich sami navrhnúť. Ak chcete spustiť svoj protokol, postupujte podľa pokynov v kapitole 7: Softvér a prevádzka, ktorá obsahuje aj pokyny na vykonávanie iných úloh a prispôsobenie nastavení vášho robota.
Udržujte Flex spustený. Postupujte podľa rád v kapitole 8: Údržba a servis, aby ste udržali svoj Flex čistý a fungoval optimálne. Alebo sa prihláste do niektorej z uvedených služieb Opentrons a nechajte nás, aby sme sa o Flex postarali za vás.
Naučte sa ešte viac. Potrebujete ešte niečo? Pozrite si prílohy. Príloha A: Slovník definuje pojmy súvisiace s Flex. Príloha B: Dodatočná dokumentácia vás poukazuje na ešte viac zdrojov pre produkty Opentrons a písanie kódu na ovládanie Flex.
OPENTRONS FLEX
9
PREDSLOV
Príloha C: Softvér s otvoreným zdrojom vysvetľuje, ako je softvér Opentrons hosťovaný na GitHub ako zdroj pre vývojárov aj nevývojárov.
Príloha D: Informácie o podpore a kontaktoch uvádza, ako sa dostať do kontaktu s Opentrons, ak potrebujete pomoc nad rámec toho, čo poskytuje naša dokumentácia.
Poznámky a upozornenia
V tejto príručke nájdete špeciálne naformátované bloky poznámok a upozornení. Poznámky poskytujú užitočné informácie, ktoré nemusia byť zrejmé pri bežnom používaní Flex. Venujte zvláštnu pozornosť upozorneniam – používajú sa iba v situáciách, keď riskujete zranenie osôb, poškodenie zariadenia, stratu alebo poškodenieampalebo reagencie, stratu údajov alebo iné poškodenie. Poznámky a upozornenia vyzerajú takto:
SampPoznámka: Toto by ste mali vedieť, ale nepredstavuje to žiadne nebezpečenstvo.
Sample Upozornenie: Toto je niečo, čo potrebujete vedieť, pretože je s tým spojené riziko.
10
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 1
Úvod
Táto kapitola vám predstaví ekosystém Opentrons Flex vrátane celkového návrhu systému a dostupných konfigurácií pracovných staníc. Obsahuje tiež dôležité informácie o zhode a bezpečnosti, ktoré by ste si mali zopakovaťview pred nastavením robota Opentrons Flex. Ďalšie podrobnosti o funkciách Opentrons Flex nájdete v kapitole Popis systému.
1.1 Vitajte v Opentrons Flex
Opentrons Flex je robot na manipuláciu s kvapalinami navrhnutý pre vysokú priepustnosť a zložité pracovné postupy. Robot Flex je základom modulárneho systému, ktorý zahŕňa pipety, uchopovač laboratórneho vybavenia, príslušenstvo na palube, moduly na palube a laboratórny softvér – to všetko si môžete sami vymeniť. Flex je navrhnutý s dotykovou obrazovkou, takže s ním môžete pracovať priamo na laboratórnom stole, alebo ho môžete ovládať z celého laboratória pomocou aplikácie Opentrons alebo našich API s otvoreným zdrojom.
Pracovné stanice Flex sa dodávajú so všetkým vybavením – robotom, hardvérom a laboratórnym softvérom – ktoré potrebujete na začatie automatizácie bežných laboratórnych úloh. Pre ostatné aplikácie Opentrons Flex beží na plne open source softvéri a firmvéri a je agnostický s reagenciami a laboratórnymi softvérmi, čo vám dáva kontrolu nad tým, ako navrhujete a spúšťate svoje protokoly.
Čo je nové vo Flex
Opentrons Flex je súčasťou série robotov Opentrons na manipuláciu s kvapalinami. Používatelia Opentrons Flex možno poznajú Opentrons OT-2, náš osobný pipetovací robot. Flex presahuje možnosti OT-2 v niekoľkých kľúčových oblastiach, pričom poskytuje vyššiu priepustnosť a čas potrebný na prechod.
Funkcia Priepustnosť pipety
Kapacita pipety a špičky
Popis
Flex pipety majú 1, 8 alebo 96 kanálov. 96-kanálová pipeta pracuje s 12-krát väčším počtom jamiek naraz ako najväčšia pipeta OT-2.
Pipety Flex majú väčší rozsah objemu (1 µL, 50 5 µL) a všetky môžu pracovať s akýmkoľvek objemom špičiek Opentrons Flex. Ide o zlepšenie oproti pipetám OT-1000, ktoré majú menšie rozsahy a musia používať špičky so zodpovedajúcim rozsahom objemu.
OPENTRONS FLEX
11
KAPITOLA 1: ÚVOD
Uchopovač Automatická kalibrácia Nosiče modulu dotykovej obrazovky Súradnice slotu na palube Pohyblivý odpad Veľkosť a hmotnosť
Opentrons Flex Gripper zdvíha a presúva laboratórne predmety po palube automaticky, bez zásahu používateľa. Uchopovač umožňuje komplexnejšie pracovné postupy v rámci jedného chodu protokolu.
Polohová kalibrácia pipiet Flex a chápadla je plne automatizovaná. Stlačte jedno tlačidlo a prístroj sa presunie k presne opracovaným bodom na palube, aby určil svoju presnú polohu, pričom tieto údaje uloží na použitie vo vašich protokoloch.
Flex má svoje vlastné dotykové rozhranie, ktoré vám umožňuje ovládať ho priamo, navyše pomocou aplikácie Opentrons. Pomocou dotykovej obrazovky môžete spustiť protokoly, skontrolovať stav úlohy a zmeniť nastavenia priamo na robote.
Flex moduly sa hodia do nosičov, ktoré zaberajú priestor pod palubou. Nosiče umiestnia váš laboratórny riad bližšie k povrchu paluby a umožňujú vedenie káblov pod palubou. Nosiče umožňujú ešte viac konfigurácií modulov a laboratórnych zariadení na palube.
Sloty paluby na Flex sú očíslované súradnicovým systémom (A1D4), ktorý je podobný tomu, ako sú očíslované jamky na laboratórnom vybavení.
Odpadkový kôš môže byť umiestnený na viacerých miestach na palube na Flex. Predvolené umiestnenie (zásuvka A3) je odporúčaná poloha. Môžete tiež použiť chápadlo na likvidáciu odpadu vo voliteľnom odpadovom žľabe.
Flex je o niečo väčší a oveľa ťažší ako OT-2. Inštalačné úlohy na Flex vyžadujú asistenciu laboratórneho partnera.
Podrobné porovnanie technických špecifikácií robota je k dispozícii na Opentrons webstránky.
Roboty Flex aj OT-2 bežia na našom softvéri s otvoreným zdrojovým kódom a aplikácia Opentrons dokáže ovládať oba typy robotov naraz. Aj keď protokoly OT-2 nemožno spustiť priamo na Flex, je jednoduché ich prispôsobiť (podrobnosti nájdete v časti Protokoly OT-2 v kapitole Vývoj protokolov).
Flex pracovné stanice
Pracovné stanice Opentrons Flex zahŕňajú robot Flex, príslušenstvo, pipety a chápadlo, moduly na palube a laboratórny softvér potrebný na automatizáciu konkrétnej aplikácie. Všetky komponenty pracovnej stanice sú modulárne. Ak potrebujete zmeniť aplikácie, môžete pridať alebo vymeniť iný hardvér Flex a kompatibilný spotrebný materiál.
12
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 1: ÚVOD
PRACOVNÁ STANICA NGS
Opentrons Flex NGS Workstation automatizuje prípravu knižnice NGS. Dokáže zautomatizovať pracovné postupy predbežného sekvenovania pomocou akéhokoľvek špičkového reagenčného systému, vrátane fragmentácie a tagpríprava knižnice založená na mentácii.
Okrem robota Flex obsahuje pracovná stanica NGS:
Gripper Voľba konfigurácie pipety
Dve 8-kanálové pipety (1 µL a 50 5 µL) 1000-kanálová pipeta (96 5 µL) Teplotný modul s magnetickým blokom na odpadový žľab Modul termocykléra Labware kit s filtračnými hrotmi, mikrocentrifugačnými skúmavkami, zásobníkmi a doštičkami PCR
PRACOVNÁ STANICA PCR
Opentrons Flex PCR Workstation automatizuje nastavenie PCR a termocyklovanie pracovných postupov až na 96 samples. Môže alikvotovať chladené činidlá a sampdo 96-jamkovej PCR platne. S pridaním automatického modulu termocykléra použite chápadlo na vloženie platne do termocykléra a potom spustite vybraný program PCR.
Okrem robota Flex obsahuje pracovná stanica PCR:
Gripper Voľba konfigurácie pipety
1-kanálová pipeta (1 µL) a 50-kanálová pipeta (8 µL) 1-kanálová pipeta (50 µL) Modul teploty odpadového žľabu Labware kit s filtračnými hrotmi, mikrocentrifugačnými skúmavkami, zásobníkmi a doštičkami PCR
OPENTRONS FLEX
13
KAPITOLA 1: ÚVOD
PRACOVNÁ STANICA NA EXTRAKCIU NUKLEOVÝCH KYSELIN
Pracovná stanica na extrakciu nukleových kyselín Opentrons Flex automatizuje izoláciu a purifikáciu DNA/RNA. Používa magnetický blok na separáciu magnetických guľôčok a Heater-Shaker pre sample lýza a resuspendovanie magnetických guľôčok.
Okrem robota Flex obsahuje pracovná stanica na extrakciu nukleových kyselín:
Gripper Voľba konfigurácie pipety
1-kanálová pipeta (5 1000 µL) a 8-kanálová pipeta (5 1000 µL) 96-kanálová pipeta (5 1000 µL) Modul Labware s modulom ohrievača a trepačky s magnetickým blokom a žľabom na odpad s filtračnými špičkami, zásobníkmi, PCR platňami a doštičkami s hlbokými jamkami
PRACOVNÁ STANICA NA ČISTENIE PROTEÍNOV MAGNETICKÝCH KORÚČOK
Opentrons Flex Magnetic Bead Protein Purification Workstation automatizuje čistenie proteínov a proteomiku v malom meradle.ample príprava až 96 samples. Je kompatibilný s mnohými populárnymi činidlami na báze magnetických guľôčok.
Okrem robota Flex obsahuje pracovná stanica na čistenie bielkovín:
Gripper Voľba konfigurácie pipety
1-kanálová pipeta (5 1000 µL) a 8-kanálová pipeta (5 1000 µL) 96-kanálová pipeta (5 1000 µL) Modul Labware s modulom ohrievača a trepačky s magnetickým blokom a žľabom na odpad s filtračnými špičkami, zásobníkmi, PCR platňami a doštičkami s hlbokými jamkami
PRACOVNÁ STANICA FLEX PREP
Opentrons Flex Prep Workstation automatizuje jednoduché pipetovacie pracovné postupy. Nakonfigurujte pracovnú stanicu s 1-kanálovými a 8-kanálovými pipetami na vykonávanie úloh, ako sú napr.ample transfer, sample duplikácia, a
14
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 1: ÚVOD
alikvótovanie činidla. Nakonfigurujte pracovnú stanicu s 96-kanálovou pipetou, aby ste mohli vykonávať vysokovýkonné alikvóty reagencií a st.amping.
Okrem robota Flex obsahuje pracovná stanica Flex Prep Workstation:
Výber konfigurácie pipety: 1-kanálová pipeta (5 µL) a 1000-kanálová pipeta (8 µL) 5-kanálová pipeta (1000 µL)
Súprava laboratórneho vybavenia s filtračnými špičkami, mikrocentrifugačnými skúmavkami a zásobníkmi
PRACOVNÁ STANICA NA PRÍPRAVU PLAZMID
Pracovná stanica Opentrons Flex Plasmid Prep Workstation automatizuje pracovné postupy extrakcie a purifikácie plazmidov na báze magnetických guľôčok. Táto pracovná stanica je vybavená veľkoobjemovými pipetami, modulom Heater-Shaker a magnetickým blokom na prispôsobenie sa väčšine chémie na báze guľôčok.
Okrem robota Flex obsahuje plazmová prípravná pracovná stanica:
Uchopovacia 1-kanálová pipeta (5 1000 µL) a 8-kanálová pipeta (5 1000 µL) Odpadový žľab s modulom ohrievača a trepačky s magnetickým blokom Labware kit s filtračnými hrotmi, mikrocentrifugačnými skúmavkami, zásobníkmi, PCR platňami a doštičkami s hlbokými jamkami
PRACOVNÁ STANICA SYNBIO
Opentrons Flex SynBio Workstation automatizuje rôzne pracovné postupy syntetickej biológie, ako je syntéza DNA a klonovanie. Používa magnetický blok a teplotný modul na podporu väčšiny chémie na báze guľôčok. Pridajte modul termocykléra, aby ste mohli vykonávať inkubácie vyhrievaného veka a amppovolenia.
Okrem robota Flex obsahuje pracovná stanica SynBio:
Modul teploty magnetického bloku s 1-kanálovou pipetou (5 1000 µL) a 8-kanálovou pipetou (5 1000 µL)
OPENTRONS FLEX
15
KAPITOLA 1: ÚVOD
Súprava laboratória s bežnými a filtračnými špičkami, mikrocentrifugačné skúmavky, zásobníky, PCR platne a platne s hlbokými jamkami
1.2 Bezpečnostné informácie
Robot na manipuláciu s kvapalinami Opentrons Flex bol navrhnutý pre bezpečnú prevádzku. Pozrite si špecifikácie a pokyny na dodržiavanie predpisov v tejto časti, aby ste zaistili bezpečné používanie vášho Flex. Tieto pokyny pokrývajú bezpečné používanie vstupných a výstupných pripojení produktu vrátane napájacích a dátových pripojení, ako aj výstražné štítky nachádzajúce sa na robote Flex a súvisiacom hardvéri. Používanie zariadenia iným spôsobom, ako je uvedené v tomto návode, môže ohroziť používateľa a zariadenie.
Bezpečnostné symboly
Rôzne štítky na Flex a v tomto návode vás upozorňujú na zdroje možného zranenia alebo poškodenia.
Symbol
Popis
Varovanie: Upozorňuje používateľov na potenciálne nebezpečné podmienky. Činnosti, ktoré môžu spôsobiť zranenie alebo smrť.
Upozornenie: Varuje používateľov pred poškodením zariadenia. Stratené alebo poškodené dáta. Nenávratné prerušenie vykonávanej operácie.
Úraz elektrickým prúdom: Identifikuje súčasti prístroja, ktoré môžu predstavovať riziko úrazu elektrickým prúdom, ak sa s prístrojom nesprávne zaobchádza.
Horúci povrch: Označuje súčasti prístroja, ktoré pri nesprávnej manipulácii s prístrojom predstavujú riziko poranenia osôb v dôsledku vysokej teploty/teploty.
Bod zovretia: Identifikuje súčasti prístroja, ktoré môžu predstavovať riziko zranenia pri pohybe.
16
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 1: ÚVOD
Na Flex nájdete nasledujúce štítky:
Štítky duševného vlastníctva Štítky s predpismi (napr. ETL) Štítky s elektrickým nebezpečenstvom Štítky so všeobecnými výstrahami Štítky výrobkov Štítky s bodom privretia High voltage štítky Štítky s menovitým výkonom
Varovania týkajúce sa elektrickej bezpečnosti
Vždy dodržiavajte nasledujúce elektrické bezpečnostné varovania:
Symbol
Popis
Zapojte robota do uzemneného obvodu triedy 1. Pozrite si časť Pripojenie napájania v kapitole Popis systému.
Nepripájajte (nepripájajte), neodpájajte (neodpájajte) ani nepoužívajte napájacie káble striedavého prúdu, ak: Kábel je rozstrapkaný alebo poškodený. Ostatné pripojené káble, šnúry alebo zásuvky sú rozstrapkané alebo poškodené.
Používanie poškodených napájacích káblov môže spôsobiť úraz elektrickým prúdom, ktorý môže spôsobiť vážne zranenie alebo poškodenie robota.
Nevymieňajte napájací kábel striedavého prúdu, pokiaľ to nie je v smere od Opentrons Support.
Ďalšie informácie o elektrických požiadavkách nájdete v časti Spotreba energie v kapitole Inštalácia a premiestnenie.
OPENTRONS FLEX
17
KAPITOLA 1: ÚVOD
Ďalšie bezpečnostné upozornenia
Vždy dodržiavajte nasledujúce dodatočné bezpečnostné upozornenia:
Symbol
Popis
Opentrons Flex nebol certifikovaný na použitie s výbušnými alebo horľavými kvapalinami. Do robota nevkladajte taniere, skúmavky alebo fľaštičky obsahujúce výbušné alebo horľavé kvapaliny ani inak neprevádzkujte prístroj s výbušnými alebo horľavými kvapalinami v kryte.
Pri práci s chemikáliami používajte správnu laboratórnu prax a dodržiavajte opatrenia výrobcu. Opentrons nezodpovedá ani neručí za žiadne škody spôsobené alebo v dôsledku použitia nebezpečných chemikálií.
Flex váži 88.5 kg (195 libier). V dôsledku toho si vyžaduje dve osoby, aby ho bezpečne zdvíhali a presúvali. Pozrite si časť Premiestnenie v kapitole Inštalácia a premiestnenie.
Flex by mal byť umiestnený na povrchu, ktorý unesie jeho hmotnosť 88.5 kg (195 libier) s dostatočnou plochou na umiestnenie robota plus jeho minimálna voľná vzdialenosť (20 cm/8 palcov). Pozrite si časť Bezpečnostné a prevádzkové požiadavky v kapitole Inštalácia a premiestnenie.
Flex môže počas prevádzky vydávať vibrácie. Umiestnite robota na povrch, ktorý je pevný, rovný a odolný voči vode s priečnymi výstuhami alebo zváranými spojmi. Pozrite si časť Bezpečnostné a prevádzkové požiadavky v kapitole Inštalácia a premiestnenie.
Bezpečnostné upozornenia
Aby ste ochránili Flex pred poškodením, dodržujte tieto preventívne opatrenia:
18
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 1: ÚVOD
Symbol
Popis
Používajte laboratórny softvér, ktorý je v súlade s ANSI/SLAS alebo je schválený spoločnosťou Opentrons. Pozrite si kapitolu Labware.
Udržujte korozívne materiály, činidlá alebo inak poškodzujúce materiály mimo dosahu robota.
Biologická bezpečnosť
So vzorkami a činidlami obsahujúcimi materiály odobraté ľuďom zaobchádzajte ako s potenciálne infekčnými agens. Opentrons odporúča používať bezpečné laboratórne postupy, ako je vysvetlené v Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories (BMBL) 6th Edition.
Za normálnych okolností Flex nevytvára detekovateľné aerosóly zo zdrojových kvapalín. Za určitých podmienok je však možné vytvárať aerosóly zo zdrojových kvapalín. Pri prevádzke so zdrojovými kvapalinami úrovne biologickej bezpečnosti 2 alebo vyššej zvážte prijatie opatrení proti expozícii aerosólom v súlade s vašimi miestnymi regulačnými orgánmi. Aby ste minimalizovali potenciálne riziko expozície aerosólom z robota, uistite sa, že:
Vykonajte údržbu podľa popisu v kapitole Údržba a servis. Správne nainštalujte a zaistite všetky kryty prístrojov, pipety, moduly a laboratórne vybavenie. Na zmiernenie aerosólov používajte správnu techniku pipetovania.
Toxické výpary
Ak pracujete s prchavými rozpúšťadlami alebo toxickými látkami, použite účinný laboratórny ventilačný systém na odstránenie všetkých výparov, ktoré sa môžu vytvárať.
Horľavé kvapaliny
Flex nebol hodnotený na použitie s horľavými kvapalinami a nemal by sa používať s horľavými kvapalinami.
OPENTRONS FLEX
19
KAPITOLA 1: ÚVOD
1.3 Súlad s predpismi
Opentrons Flex spĺňa všetky príslušné požiadavky nasledujúcich bezpečnostných a elektromagnetických noriem.
Bezpečnosť
ID pravidla IEC/UL/CSA 61010-1 IEC/UL/CSA 61010-2-051
Názov
Bezpečnostné požiadavky na elektrické zariadenia na meranie, riadenie a laboratórne použitie Časť 1: Všeobecné požiadavky
Osobitné požiadavky na laboratórne vybavenie na miešanie a miešanie
Elektromagnetická kompatibilita
ID pravidla EN/BSI 61326-1
FCC 47 CFR časť 15 podčasť B triedy A IC ICES-003
Názov
Elektrické zariadenia na meranie, riadenie a laboratórne použitie Požiadavky EMC Časť 1: Všeobecné požiadavky Neúmyselné radiátory
Správa frekvenčného spektra a telekomunikačné zariadenia spôsobujúce rušenie Štandardné zariadenia informačných technológií (vrátane digitálnych prístrojov)
Varovania a poznámky FCC
Varovanie: Zmeny alebo úpravy tejto jednotky, ktoré nie sú výslovne schválené spoločnosťou Opentrons, môžu zrušiť oprávnenie používateľa prevádzkovať toto zariadenie.
Toto zariadenie je v súlade s časťou 15 pravidiel FCC. Prevádzka podlieha nasledujúcim podmienkam:
20
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 1: ÚVOD
Toto zariadenie nesmie spôsobovať škodlivé rušenie. Toto zariadenie musí akceptovať akékoľvek prijaté rušenie, vrátane rušenia, ktoré môže spôsobiť nežiaduce
prevádzka.
Poznámka: Toto zariadenie bolo testované a bolo zistené, že vyhovuje limitom pre digitálne zariadenie triedy A podľa časti 15 pravidiel FCC. Tieto limity sú navrhnuté tak, aby poskytovali primeranú ochranu pred škodlivým rušením pri prevádzke zariadenia v komerčnom prostredí. Toto zariadenie generuje, používa a môže vyžarovať rádiofrekvenčnú energiu a ak nie je nainštalované a používané v súlade s návodom na použitie, môže spôsobiť škodlivé rušenie rádiovej komunikácie. Prevádzka tohto zariadenia v obytnej oblasti pravdepodobne spôsobí škodlivé rušenie. V takom prípade bude používateľ musieť na vlastné náklady odstrániť rušenie.
Kanada súlad s ISED
Kanada ICES-003(A) / NMB-003(A)
Tento produkt spĺňa príslušné technické špecifikácie Kanady pre inovácie, vedu a hospodársky rozvoj.
Súčasný produkt je v súlade s technickými špecifikáciami aplikovateľnými d'Innovation, Sciences et Développement économique Canada.
Environmentálne varovanie
Varovanie: Rakovina a poškodenie reprodukcie www.P65Warnings.ca.gov
Predcertifikácia Wi-Fi
Wi-Fi modul je vopred certifikovaný na použitie v mnohých regiónoch:
Spojené štáty americké (FCC): Identifikátor FCC UAY-W8997-M1216 Európsky hospodársky priestor (CE): Žiadny verejný identifikátor (vlastné vyhlásenie) Kanada (IC): Identifikačné číslo verzie hardvéru W8997-M1216 Japonsko (TELEC): Certifikované číslo 020-170034 India (WPC): Registračné číslo ETA-SD-20191005525 (vlastné vyhlásenie)
OPENTRONS FLEX
21
KAPITOLA 2
Inštalácia a premiestnenie
Táto kapitola popisuje, ako pripraviť svoje laboratórium na Opentrons Flex, ako nastaviť robota a ako ho v prípade potreby premiestniť. Pred prevzatím vášho Flex sa uistite, že vaše laboratórium alebo zariadenie spĺňa všetky kritériá v časti Bezpečnostné a prevádzkové požiadavky. Keď je čas uviesť váš Flex do prevádzky, postupujte podľa podrobných pokynov v častiach Rozbalenie, Prvé spustenie a Inštalácia a kalibrácia prístroja alebo použite službu Opentrons Onsite Support Set Up. A ak budete niekedy potrebovať presunúť svoj Flex na nové miesto, blízko alebo ďaleko, postupujte podľa krokov v časti Premiestnenie.
2.1 Bezpečnostné a prevádzkové požiadavky
Kam umiestniť Opentrons Flex
Priestor je cennou komoditou takmer v každom laboratóriu. Váš Flex bude potrebovať trochu – ale nie príliš veľa, pretože je navrhnutý tak, aby sa zmestil na polovicu štandardného laboratórneho stola. Uistite sa, že máte priestor, ktorý spĺňa nasledujúce kritériá.
Povrch lavice: Stacionárny, pevný, rovný, vodeodolný povrch. Stoly alebo lavice s kolieskami (dokonca aj s aretačnými kolieskami) sa neodporúčajú. Flex sa pohybuje rýchlo a má veľkú hmotnosť, ktorá môže otriasť alebo narušiť rovnováhu ľahkých alebo pohyblivých stolov.
Nosnosť: Samotný robot váži 88.5 kg (195 lb) a mali by ho zdvíhať len dvaja ľudia, ktorí pracujú spoločne. Umiestnite robota na povrch, ktorý ľahko unesie jeho hmotnosť plus hmotnosť akýchkoľvek modulov, laboratórneho vybavenia, tekutín alebo iného laboratórneho vybavenia, ktoré sa má použiť vo vašich aplikáciách.
Operačný priestor: Rozmery základne robota sú 87 cm Š x 69 cm H x 84 cm V (približne 34″ x 27″ x 33″). Flex potrebuje 20 cm (8″) bočného a zadného priestoru pre káble, USB pripojenia a odvádzanie výfukových plynov z modulov, ktoré sa zahrievajú a chladia.
Varovanie: Neumiestňujte bočné alebo zadné strany Flex zarovnané so stenou.
22
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
84 cm 33 ″
87 cm 34 ″
Rozmery základne Opentrons Flex.
69 cm 27 ″
20 cm 8 ″
20 cm 8 ″
20 cm 8 ″
Hore view Opentrons Flex s minimálnou bočnou a zadnou vôľou.
OPENTRONS FLEX
23
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Spotreba energie
Opentrons Flex by mal byť pripojený k zásuvke na stene alebo blízko miesta, kde ho inštalujete. Flex pripájajte len k obvodom, ktoré dokážu zabezpečiť maximálny odber energie:
Vstupný výkon: 36 V DC, 6.1 A Spotreba pri nečinnosti: 30 W Typická spotreba: 40 W (počas chodu protokolu) Maximálna spotreba: Približne 50 W
Presná spotreba energie závisí od:
Množstvo a typ pohybu vykonaného počas protokolu. Čas, ktorý robot strávi nečinný. Stav svetiel na robote. Koľko nástrojov je pripojených.
Nezabudnite vziať do úvahy inú elektroniku, ktorá spotrebúva energiu na rovnakom okruhu, vrátane modulov Flex s vlastnými zdrojmi napájania. NaprampModul Thermocycler má maximálnu spotrebu energie (630 W), ktorá je oveľa väčšia ako samotný robot Flex. V prípade potreby sa poraďte s manažérom vášho zariadenia, aby ste sa uistili, že spĺňa požiadavky na napájanie vášho zariadenia.
Podmienky prostredia
Podmienky prostredia pre odporúčané použitie, prijateľné použitie a skladovanie sa líšia:
Odporúča sa pre prevádzku systému
Prijateľné pre prevádzku systému
Teplota okolia +20 až +25 °C
+2 až +40 °C
Relatívna vlhkosť Nadmorská výška
40 %, nekondenzujúca
Približne 500 m nad morom
30 %, nekondenzujúca (pod 80 °C)
Do 2000 m nad morom
Skladovanie a preprava
-10 až +60 °C
10 %, nekondenzujúca (pod 85 °C)
Do 2000 m nad morom
24
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Spoločnosť Opentrons overila výkonnosť Opentrons Flex v podmienkach odporúčaných pre prevádzku systému a prevádzka v týchto podmienkach by mala poskytovať optimálne výsledky. Flex je bezpečné používať v podmienkach prijateľných pre prevádzku systému, ale výsledky sa môžu líšiť. Nezapínajte ani nepoužívajte Flex v podmienkach mimo týchto hraníc. Podmienky skladovania a prepravy platia len vtedy, keď je robot úplne odpojený od napájania a iných zariadení.
2.2 Rozbalenie
Gratulujem! Váš Opentrons Flex dorazil a vy ste preň pripravili priestor vo vašom laboratóriu. Otvorme tú prepravku s príšerami, odstráňte robota a pripravme ho na prevádzku. Informácie v tejto časti poskytujú zoznam dielov a pokyny, ktoré vás prevedú krokmi potrebnými na to, aby ste Flex rozbalili, nastavili a pripravili na použitie. Postup nastavenia sme rozdelili do troch častí:
Časť 1 sa týka demontáže prepravky. Časť 2 sa týka odpojenia Flex od prepravky a jej premiestnenia na miesto konečnej montáže. Časť 3 sa týka konečnej montáže a prvého zapnutia robota.
Potrebné úsilie a čas
Budete chcieť požiadať partnera v laboratóriu, aby vám pomohol s procesom vybaľovania, zdvíhania, presúvania a montáže. Na toto úsilie si budete musieť vyčleniť približne 30 minút až hodinu.
Poznámka: Na správne zdvihnutie Flex vyžaduje dve osoby. Zdvíhanie a prenášanie Flex za jeho rukoväte je tiež najlepší spôsob, ako s robotom pohybovať.
Prepravka a baliaci materiál
Po vybalení Flexu získate úžasného robota, no zároveň vám zostane niekoľko veľkých panelov prepravky spolu s rôznymi prepravnými komponentmi a výplňou. Aj keď môžete tento materiál zlikvidovať, odporúčame vám ponechať si tieto položky, ak je k dispozícii úložný priestor. Obal je opakovane použiteľný, čo pomáha pripraviť váš Flex na odoslanie, ak ho niekedy v budúcnosti budete potrebovať poslať niekam inam (napr. na konferenciu alebo do nového zariadenia).
OPENTRONS FLEX
25
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Prvky produktu
Flex sa dodáva s komponentmi uvedenými nižšie. Pipety, chápadlo a moduly sa dodávajú v samostatnom balení z hlavnej prepravky Flex, aj keď ste ich kúpili spolu ako pracovnú stanicu.
(1) Robot Opentrons Flex
(1) Kábel USB
(1) Napájací kábel
(1) Ethernetový kábel
(5) L-kľúče (12 mm 1.5, 2.5 mm 3, XNUMX mm XNUMX, XNUMX mm XNUMX,
T10 Torx)
(1) Prívesok na núdzové zastavenie
(1) Slot na palubu s laboratórnymi svorkami
(4) Náhradné svorky na laboratórne vybavenie
(1) Pipetová kalibračná sonda
(4) Rukoväte a uzávery
(1) Panel horného okna
(4) Bočné okenné panely
(1) 2.5 mm šesťhranný skrutkovač
(1) 19 mm kľúč
(16 + náhradné diely) Okenné skrutky (M4x8 mm s plochou hlavou)
26
(10) Skrutky do drážky pre náhradnú plošinu (M4x10 mm nástrčná hlava)
(12) Náhradné skrutky príchytky palubnej dosky (M3x6 mm nástrčná hlava)
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Časť 1: Odstráňte prepravku
Opentrons dodáva váš Flex v pevnej preglejkovej prepravke. Prepravná prepravka používa hák a západku clamps na pripevnenie horného, bočného a spodného panelu k sebe. Použitie západiek namiesto klincov alebo skrutiek znamená, že na rozobratie prepravky nebudete potrebovať páčidlo (alebo veľkú silu) a v prípade potreby ju môžete neskôr znova zložiť.
Poznámka: Okraje prepravky sa môžu počas prepravy zdrsniť. Možno budete chcieť použiť pracovné rukavice na ochranu rúk pred drevenými trieskami.
Ak chcete západky uvoľniť, otočte západku nahor a otočte ju doľava (proti smeru hodinových ručičiek). Táto akcia presunie klamp rameno z jeho zodpovedajúcej prídržnej konzoly. Potom môžete odklopiť rameno západky z prepravky.
1 Odomknite osem západiek, ktoré držia hornú časť po stranách.
2 Po uvoľnení západiek odstráňte horný panel.
OPENTRONS FLEX
27
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE 3 Otvorte modrý prepravný vak, odstráňte tieto položky z vypchávky a odložte ich:
Používateľská súprava Napájacie, ethernetové a USB káble Prívesok núdzového zastavenia
4 Odstráňte hornú časť penovej výplne, aby ste odkryli okenné panely. Polstrovanie chráni bočné a horné panely.
5 Odstráňte okenné panely a odložte ich nabok. Tieto pripojíte neskôr.
28
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
6 Odomknite zvyšných 16 západiek, ktoré držia bočné panely k sebe a k základni prepravky. 7 Odstráňte bočné panely a odložte ich nabok.
Časť 2: Uvoľnite ohyb
Po dokončení krokov v časti 1 by ste teraz mali vidieť robota, ktorý je v ochrannom vrecku a je pripevnený k oranžovým oceľovým montážnym komponentom. Taška obklopuje robota a chráni ho pred vonkajším prostredím. Oceľové konzoly upevňujú robota k spodnej časti prepravky. Dva prepravné rámy podopierajú robota, rovnomerne rozkladajú jeho hmotnosť a udržujú ho pevný, aby sa počas prepravy nedeformoval. Pokračujte v rozbaľovaní Flex a vyberte ho zo základne prepravky.
8 Pomocou 19 mm kľúča z užívateľskej súpravy odskrutkujte konzoly zo spodnej časti prepravky. Zátvorky môžete zlikvidovať alebo si ich uložiť pre budúce použitie.
OPENTRONS FLEX
29
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE 9 Potiahnite alebo zrolujte prepravný vak úplne nadol, aby ste odkryli celý robot.
10 S pomocou svojho laboratórneho partnera uchopte držadlá v oranžových prepravných rámoch na oboch stranách základne robota, zdvihnite Flex zo základne prepravky a položte ho na podlahu. Uložte alebo zlikvidujte základňu prepravky a prepravný rám.
30
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE 11 Pomocou 12 mm šesťhranného L-kľúča z užívateľskej súpravy odstráňte štyri skrutky, ktoré držia prepravné rámy.
Flex. Uložte alebo zlikvidujte rámy a skrutky.
12 Odstráňte štyri hliníkové rukoväte z užívateľskej súpravy. Naskrutkujte rukoväte na rovnaké miesta, na ktorých boli pripevnené 12 mm skrutky prepravného rámu.
OPENTRONS FLEX
31
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
13 S pomocou svojho laboratórneho partnera zdvihnite Flex za držadlá a presuňte ho na pracovný stôl na konečnú montáž.
Časť 3: Konečná montáž a zapnutie
Po presťahovaní Flex do dočasného pracovného priestoru alebo jeho trvalého domova je čas dokončiť váš nový robot.
14 Ak ste robot presunuli na jeho konečné pracovné miesto, odstráňte rukoväte na prenášanie a nahraďte ich koncovými uzávermi. Čiapočky uzatvárajú otvory rukoväte v ráme a dodávajú robotovi čistý vzhľad. Vráťte rukoväte do používateľskej súpravy na uskladnenie.
32
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
15 Po odstránení vrchnej časti prepravky vyberte horné a bočné panely z baliacej peny, ktorú ste si odložili.
16 Nasaďte okenné panely na Flex podľa označenia na prednej ochrannej fólii. Potom odstráňte ochrannú fóliu.
17 Pomocou skosených okenných skrutiek a 2.5 mm skrutkovača z užívateľskej súpravy pripevnite okenné panely k Flex. Uistite sa, že skosené otvory (v tvare V) v okenných paneloch smerujú von (smerom k vám). To umožňuje, aby skrutky lícovali s povrchom okna.
Upozornenie: Nesprávna orientácia panelov môže viesť k poškodeniu. Nadmerný krútiaci moment skrutky môže panely prasknúť. Rukou uťahujte skrutky, kým nie sú okenné panely primerane zaistené. Toto nie je skúška sily.
OPENTRONS FLEX
33
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE 18 Pomocou 2.5 mm skrutkovača z užívateľskej súpravy odstráňte zaisťovacie skrutky z portálu. Títo
skrutky zabraňujú pohybu portálu počas prepravy. Zaisťovacie skrutky portálu sa nachádzajú: Na ľavej bočnej koľajnici v blízkosti prednej časti robota. Pod zvislým portálovým ramenom. Na pravej bočnej koľajnici blízko prednej časti robota v oranžovej konzole. Sú tu dve skrutky.
Po odstránení všetkých prepravných skrutiek sa portál ľahko pohybuje rukou. 19 Odrežte a odstráňte dve gumičky, ktoré držia odpadkový kôš na mieste počas prepravy.
34
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
20 Pripojte napájací kábel k Flex a zapojte ho do elektrickej zásuvky. Uistite sa, že plocha paluby je bez prekážok. Prepnite vypínač na zadnej ľavej strane robota. Po zapnutí sa portál presunie na svoje domovské miesto a na dotykovej obrazovke sa zobrazia ďalšie konfiguračné pokyny.
Teraz, keď je váš Flex vybalený a pripravený na použitie, pokračujte do sekcie Prvé spustenie nižšie.
2.3 Prvé spustenie
Pred pripojením akéhokoľvek iného hardvéru k vášmu Flex vykonajte základné nastavenie na dotykovej obrazovke. Robot vás prevedie pripojením k vašej laboratórnej sieti, aktualizáciou na najnovší softvér a prispôsobením Flex tým, že mu dá názov.
Zapnite
Po zapnutí Flex sa na dotykovej obrazovke zobrazí logo Opentrons. Po chvíli sa zobrazí obrazovka „Vitajte vo vašom Opentrons Flex“.
Uvítacia obrazovka Opentrons Flex. Túto obrazovku by ste mali vidieť len pri prvom spustení Flex.
OPENTRONS FLEX
35
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Pripojte sa k sieti alebo počítaču
Postupujte podľa pokynov na dotykovej obrazovke a pripojte svoj robot, aby mohol skontrolovať aktualizácie softvéru a prijať protokol files. Existujú tri spôsoby pripojenia: Wi-Fi, Ethernet a USB.
Možnosti sieťového pripojenia. Na nastavenie Flex potrebujete internetové pripojenie. Wi-Fi: Pomocou dotykovej obrazovky sa pripojte k sieťam Wi-Fi, ktoré sú zabezpečené osobným overením WPA2 (do tejto kategórie patrí väčšina sietí, ktoré na pripojenie vyžadujú iba heslo).
Poznámka: Flex nepodporuje prihlasovacie portály (siete, ktoré nemajú heslo, ale načítavajú a webna overenie používateľov po pripojení).
Môžete sa tiež pripojiť k otvorenej sieti Wi-Fi, ale to sa neodporúča.
Upozornenie: Pripojenie k otvorenej sieti Wi-Fi umožní komukoľvek v dosahu sieťového signálu ovládať váš robot Opentrons Flex bez autentifikácie.
Ak sa potrebujete pripojiť k sieti Wi-Fi, ktorá využíva podnikovú autentifikáciu (vrátane „eduroam“ a podobných akademických sietí, ktoré vyžadujú používateľské meno a heslo), najprv sa pripojte k aplikácii Opentrons cez Ethernet alebo USB a dokončite počiatočné nastavenie. Potom sa pripojte k podnikovej sieti Wi-Fi v nastaveniach siete pre váš Flex. Prístup k nastaveniam siete:
36
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
1. Kliknite na Zariadenia na ľavom bočnom paneli aplikácie Opentrons. 2. Kliknite na trojbodkovú ponuku () pre váš Flex a vyberte Nastavenia robota. 3. Kliknite na kartu Networking.
Vyberte svoju sieť z rozbaľovacej ponuky alebo zvoľte „Pripojiť sa k inej sieti...“ a zadajte jej SSID. Vyberte metódu podnikovej autentifikácie, ktorú používa vaša sieť. Podporované metódy sú:
EAP-TTLS s TLS EAP-TTLS s MS-CHAP v2 EAP-TTLS s MD5 EAP-PEAP s MS-CHAP v2 EAP-TLS
Každá z týchto metód vyžaduje používateľské meno a heslo av závislosti od presnej konfigurácie siete môže vyžadovať certifikát files alebo iné možnosti. Podrobnosti o nastavení siete nájdete v dokumentácii IT vášho zariadenia alebo kontaktujte svojho IT manažéra.
Ethernet: Pripojte svoj robot k sieťovému prepínaču alebo rozbočovaču pomocou ethernetového kábla. Môžete sa tiež pripojiť priamo k ethernetovému portu na vašom počítači, počnúc verziou robotického systému 7.1.0.
USB: Pripojte dodaný kábel USB A-B do portu USB-B robota a do otvoreného portu na vašom počítači. Ak váš počítač nemá port USB-A, použite kábel USB B-to-C alebo adaptér USB A-C-C.
Ak chcete pokračovať v nastavovaní, pripojený počítač musí mať nainštalovanú a spustenú aplikáciu Opentrons. Podrobnosti o inštalácii aplikácie Opentrons nájdete v časti Inštalácia aplikácie v kapitole Softvér a prevádzka.
Nainštalujte aktualizácie softvéru
Teraz, keď ste sa pripojili k sieti alebo počítaču, robot môže skontrolovať aktualizácie softvéru a firmvéru a v prípade potreby ich stiahnuť. Ak existuje aktualizácia, jej inštalácia môže trvať niekoľko minút. Po dokončení aktualizácie sa robot reštartuje.
OPENTRONS FLEX
37
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Pripojte prívesok núdzového zastavenia
Pripojte priložený prívesok núdzového zastavenia (E-stop) k pomocnému portu (AUX-1 alebo AUX-2) na zadnej strane robota.
Pred a po pripojení prívesku núdzového zastavenia.
Pripojenie a aktivácia E-stop je povinná pre pripojenie nástrojov a spúšťanie protokolov na Flex. Ďalšie informácie o používaní núdzového zastavenia počas prevádzky robota nájdete v časti Prívesok núdzového zastavenia v kapitole Popis systému.
Dajte svojmu robotovi meno
Pomenovanie vášho robota vám umožní ľahko ho identifikovať vo vašom laboratórnom prostredí. Ak máte vo svojej sieti viacero robotov Opentrons, nezabudnite im dať jedinečné mená. Po potvrdení mena vášho robota sa dostanete na svoj Opentrons Flex Dashboard. Pravdepodobne ďalším krokom, ktorý budete chcieť urobiť, je pripevnenie nástrojov, ktoré je uvedené v ďalšej časti.
2.4 Inštalácia a kalibrácia prístroja
Po počiatočnom nastavení robota je ďalším krokom pripojenie nástrojov k robotu a ich kalibrácia.
Ak chcete nainštalovať nástroj, najprv klepnite na Instruments na dotykovej obrazovke alebo prejdite do časti Pipety a moduly na obrazovke s podrobnosťami o zariadení v aplikácii Opentrons. Vyberte prázdny držiak a vyberte buď Pripojiť pipetu alebo Pripojiť uchopovač. Ak je držiak, ktorý chcete použiť, už obsadený, musíte najskôr odpojiť pipetu alebo chápadlo.
38
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Poznámka: Celkový proces inštalácie je rovnaký bez ohľadu na to, či používate dotykovú obrazovku alebo aplikáciu Opentrons. Bez ohľadu na to, na ktorom zariadení začnete, bude proces inštalácie riadiť, kým ho nedokončíte alebo nezrušíte.
Ak začnete na dotykovej obrazovke, aplikácia zobrazí robota ako „zaneprázdneného“. Ak začnete v aplikácii, na dotykovej obrazovke sa zobrazí modálny údaj, že prebieha inštalácia prístroja.
Presný proces inštalácie sa líši v závislosti od nástroja, ktorý pripájate, ako je uvedené v častiach nižšie. Všetky prístroje majú automatizovaný postup kalibrácie, ktorý by ste mali vykonať ihneď po inštalácii.
Inštalácia pipety
Keď inštalujete pipetu, na dotykovej obrazovke alebo v aplikácii Opentrons vás prevedú nasledujúce kroky.
1. VYBERTE TYP PIPETY Vyberte si medzi 1- alebo 8-kanálovou pipetou a 96-kanálovou pipetou. Pripojenie 96-kanálovej pipety si vyžaduje niekoľko ďalších krokov, pretože sa pripája k špeciálnej montážnej doske, ktorá preklenuje oba držiaky pipety.
2. PRIPRAVTE SA NA INŠTALÁCIU Odstráňte laboratórny riad z plošiny a vyčistite pracovnú oblasť, aby ste uľahčili pripevnenie a kalibráciu. Pripravte si aj potrebné vybavenie, ako je kalibračná sonda, šesťhranný skrutkovač a montážna doska (pre 96-kanálovú pipetu).
3. PRIPOJTE A ZABEZPEČTE PIPETU Portál sa presunie do prednej časti robota, aby ste mohli pripojiť pipetu.
1- a 8-kanálové pipety sa pripájajú priamo k držiaku na pipetu. 96-kanálová pipeta vyžaduje montážnu dosku. Aby ste mohli pripevniť montážnu dosku, musíte najskôr odpojiť vozík osi z pre pravý držiak pipety.
OPENTRONS FLEX
39
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Pripojte pipetu k zvolenému držiaku na pipetu a zaistite jej skrutky.
4. SPUSTITE AUTOMATICKÚ KALIBRÁCIU Na kalibráciu pipety pripojte kalibračnú sondu k príslušnej pipetovej dýze. Pipeta sa automaticky posunie tak, aby sa dotkla určitých bodov na doske a tieto kalibračné hodnoty si uloží pre budúce použitie. Po dokončení kalibrácie a odstránení sondy bude pipeta pripravená na použitie v protokoloch.
Inštalácia chápadla
Keď nainštalujete uchopovač, na dotykovej obrazovke alebo v aplikácii Opentrons vás prevedú nasledujúce kroky.
1. PRIPRAVTE SA NA INŠTALÁCIU Odstráňte laboratórny riad z plošiny a vyčistite pracovnú oblasť, aby ste uľahčili pripevnenie a kalibráciu. Zoberte si tiež potrebný šesťhranný skrutkovač a uistite sa, že je kalibračný kolík vo svojom úložnom priestore na chápadle.
2. PRIPOJTE A ZABEZPEČTE CHAPAČ Portál sa presunie do prednej časti robota, aby ste mohli pripojiť chápadlo. Pripojte chápadlo k predlžovaciemu držiaku a zaistite jeho skrutky.
3. SPUSTIŤ AUTOMATICKÚ KALIBRÁCIU Na kalibráciu chápadla vložte kalibračný kolík do prednej čeľuste. Uchopovač sa automaticky posunie tak, aby sa dotkol určitých bodov na plošine a tieto kalibračné hodnoty uloží pre budúce použitie. Potom zopakujte rovnaký postup s kalibračným kolíkom v zadnej čeľusti. Po dokončení kalibrácie a vrátení kolíka na miesto uloženia bude uchopovač pripravený na použitie v protokoloch.
2.5 Premiestnenie
Táto časť poskytuje rady a pokyny, ako premiestňovať robota Opentrons Flex na krátke a dlhé vzdialenosti.
40
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Krátke pohyby
Krátky pohyb zahŕňa množstvo vzdialeností od „poďme to trochu presunúť“ až po laboratórium, chodbu alebo iné poschodie vašej budovy. V týchto prípadoch môžete svoj Flex presúvať ručne. Dobrou možnosťou je aj preprava na ručnom vozíku.
Upozornenie: Flex váži 88.5 kg. V dôsledku toho si vyžaduje dve osoby, aby ho bezpečne zdvíhali a presúvali.
Znova pripojte zdvíhacie rukoväte a premiestnite svoj Flex na nové, blízke miesto. Zdvíhanie a prenášanie Flex za jeho rukoväte je správny spôsob, ako presunúť robota na krátke vzdialenosti. Po dokončení presunu odstráňte rukoväte a uložte ich do používateľskej súpravy. Aby ste zabránili poškodeniu robota, vždy ho nadvihnite a premiestnite pomocou zdvíhacích rukovätí. Pri zdvíhaní alebo presúvaní robota nechytajte rám.
Pohyby na dlhé vzdialenosti
Presun na veľkú vzdialenosť prepraví váš Flex z areálu vašej univerzity, zariadenia alebo inštitúcie. Cez mesto, do nového mesta, štátu, provincie alebo krajiny sú examppohyb na dlhé vzdialenosti. V takom prípade budete musieť Flex zabaliť, aby ste ho ochránili pred živlami, otrasmi a hrubými pohybmi, ktoré sa môžu vyskytnúť počas prepravy.
Ak ste si odložili prepravnú prepravku a vnútorné podpery, ktoré boli dodané s vaším Flex, môžete ho znova zabaliť do týchto materiálov a prepraviť sa na dlhé vzdialenosti. Postupujte podľa krokov rozbalenia v opačnom poradí a pripravte svoj Flex na presun na veľkú vzdialenosť. V zásade by ste mali:
Odpojte napájací a sieťový kábel, ak je pripojený. Odstráňte všetok pripojený hardvér a laboratórny softvér. Znovu pripevnite palubné dosky. Zamknite portál (pozrite si časť Všeobecné rady pri premiestňovaní nižšie). Odstráňte a uložte okenné panely.
Ak ste si ponechali pôvodnú prepravku:
Znovu pripevnite prepravný rám k Flex a zaistite ho k základni palety pomocou L-držiakov. Pridajte výplň a znova zložte prepravnú prepravku.
OPENTRONS FLEX
41
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Ak nemáte originálnu prepravku a súvisiaci materiál, obráťte sa na serióznu prepravnú spoločnosť. Môžu za vás riadiť proces balenia, prepravy a doručenia.
Všeobecné rady pri sťahovaní
ODPOJTE NAPÁJANIE A SIEŤOVÉ KÁBLE Pred premiestnením vášho Flex nezabudnite: Vypnite napájanie a odpojte ho od zdroja napájania. Odpojte ethernetový alebo USB kábel, ak sa používa.
ZAMKNENIE GANTRY Pred premiestnením vášho Flex znova vložte zaisťovacie skrutky, aby ste držali portál na mieste. Uzamykacie body portálu sa nachádzajú: Na ľavej bočnej koľajnici v blízkosti prednej časti robota. Pod zvislým portálovým ramenom. Na pravej bočnej koľajnici blízko prednej časti robota. Uzamknutie tejto časti portálu vyžaduje malý
oranžový držiak a dve zaisťovacie skrutky.
42
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
DOMOV GANTRY Možno nebudete chcieť zamknúť portál, ak robota iba presúvate na blízke miesto. Ak sa ho rozhodnete nezamknúť, použite aspoň dotykovú obrazovku alebo aplikáciu Opentrons na odoslanie portálu do východiskovej polohy pred jeho vypnutím. Ak chcete portál vrátiť cez dotykovú obrazovku, klepnite na trojbodkovú ponuku () a potom klepnite na Domovský portál. Ak chcete domov portál cez aplikáciu Opentrons: Kliknite na Zariadenia. Kliknite na svoj Flex v zozname zariadení. Kliknite na ponuku s tromi bodkami () a potom kliknite na položku Domovská brána.
ODSTRÁŇTE MODULY Palubné moduly a ďalšie prídavné zariadenia zvyšujú váhu vášho Flex. Ovplyvňujú aj ťažisko robota, čo môže spôsobiť, že sa pri zdvíhaní bude „naklápať“. Aby ste robota odľahčili a vyvážili, pred zdvihnutím odstráňte všetky pripojené nástroje a laboratórne vybavenie.
ZNOVA NAINŠTALUJTE DRÁŽKY NA DALÚNIA Pri presune na veľké vzdialenosti odporúčame znovu pripojiť štrbiny na palube. Zabezpečenie slotov na ich pôvodných miestach pomáha predchádzať náhodnej strate. Opätovné pripojenie štrbín paluby na krátke pohyby po laboratóriu je voliteľné.
REALIBRÁCIA PO MOVE Po preinštalovaní by ste mali prekalibrovať všetky nástroje a moduly. Viac podrobností o kalibrácii modulu nájdete v kapitole Moduly.
OPENTRONS FLEX
43
KAPITOLA 2: INŠTALÁCIA A PREMIESTNENIE
Záverečné úvahy o sťahovaní
Váš Flex je robustný a dobre skonštruovaný stroj, ale je to aj presný vedecký prístroj navrhnutý na presné tolerancie. V dôsledku toho by ste s ním mali zaobchádzať opatrne, keď ho premiestňujete v rámci miestnej pracovnej oblasti alebo ho posielate po celej krajine. To znamená dodržiavať tu uvedené pokyny a používať svoj vlastný zdravý rozum o tom, ako prepravovať drahé laboratórne vybavenie. Zrátané a podčiarknuté: pri premiestňovaní vášho Flex buďte opatrní a extra polstrovanie.
Ak máte otázky alebo obavy týkajúce sa premiestnenia vášho Flex, kontaktujte nás na adrese support@opentrons.com.
44
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3
Popis systému
Táto kapitola popisuje hardvérové systémy Opentrons Flex, ktoré sú základom jeho základných funkcií automatizácie laboratórií. Palubné, portálové a prístrojové držiaky Opentrons Flex umožňujú použitie presných komponentov na manipuláciu s kvapalinou a laboratórnym vybavením. Dotyková obrazovka na zariadení umožňuje spúšťanie protokolov a kontrolu stavu robota bez toho, aby ste museli priniesť počítač do laboratória. Káblové a bezdrôtové pripojenie umožňuje dodatočné ovládanie z aplikácie Opentrons (podrobnosti nájdete v kapitole Softvér a obsluha) a rozšírenie funkcií systému pripojením periférií (pozri kapitolu Moduly).
3.1 Fyzické komponenty
Fotoaparát
Stavové svetlo
Dotykový displej
Rám
Portálová paluba
Predné dvere
Umiestnenie fyzických komponentov Opentrons Flex.
Bočné kryty kľučiek okien
OPENTRONS FLEX
45
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Rám a kryt
Rám robota Opentrons Flex poskytuje tuhosť a konštrukčnú podporu jeho palube a portálu. Všetky mechanické podsystémy sú umiestnené a namontované na hlavnom ráme. Rám je konštruovaný predovšetkým z plechu a hliníkových výliskov.
Kovový rám má otvory pre bočné okná a predné dvere vyrobené z priehľadného polykarbonátu, ktoré vám umožňujú vidieť, čo sa deje vo vnútri Flex. Závesy predných dverí sa otvárajú pre prístup do vnútra systému. Pri otvorených predných dvierkach môžete pripojiť nástroje, moduly a príslušenstvo paluby; pripraviť palubu pred protokolom; alebo manipulovať so stavom balíčka počas protokolu.
Biele LED pásiky na vnútorných horných okrajoch rámu poskytujú softvérovo ovládateľné osvetlenie okolia. 2-megapixlový fotoaparát dokáže odfotografovať palubu a pracovnú oblasť pre záznam a sledovanie vykonávania protokolu.
Paluba a pracovná plocha
Paluba je opracovaný hliníkový povrch, na ktorom sa vykonávajú automatizované vedecké protokoly. Balík má 12 hlavných slotov vo formáte ANSI/SLAS, ktoré možno prekonfigurovať tak, aby obsahovali laboratórny softvér, moduly a spotrebný materiál. Sloty paluby sú identifikované súradnicovým systémom, pričom slot A1 je vľavo vzadu a slot D3 vpravo vpredu.
Pracovná plocha rozširujúceho slotu (pre termocykler).
Stagoblasť
Oblasti paluby v rámci Flex.
46
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Pracovná oblasť je fyzický priestor nad palubou, ktorý je prístupný na pipetovanie. Laboratórny softvér umiestnený v slotoch A1 až D3 je v pracovnej oblasti.
Opentrons Flex sa dodáva s odnímateľnými slotmi pre všetkých 12 pozícií v pracovnej oblasti. Každý otvor na palube má rohové svorky na laboratórne vybavenie na bezpečné umiestnenie laboratórneho riadu na palubu.
Dosku môžete prekonfigurovať nahradením slotov inými zariadeniami paluby, vrátane pohyblivého odpadkového koša, odpadového žľabu a modulových nosičov. Rozširujúci slot za A1 sa používa iba na vytvorenie dodatočného miesta pre modul termocykléra, ktorý zaberá sloty A1 a B1.
Poznámka: Sloty paluby sú zameniteľné v rámci stĺpca (1, 2 alebo 3), ale nie naprieč stĺpcami; Sloty stĺpca 1 a stĺpca 3 sú odlišné časti napriek ich podobnej veľkosti. Do ktorého stĺpca sa slot dostane, zistíte tak, že modrý labware klip nasmerujete doľava vzadu.
Sloty na palube by ste mali nechať nainštalované na miestach, kde chcete umiestniť samostatný laboratórny softvér. Doska a predmety na nej umiestnené zostávajú statické, pokiaľ sa nepohybujú chápadlom alebo ručným zásahom.
Stagoblasti
Staging area je dodatočný priestor pozdĺž pravej strany paluby. Na tomto mieste môžete uložiť laboratórny softvér po inštalácii stagsloty pre oblasť. Labware umiestnené v slotoch A4 až D4 sú v stagoblasti. Flex pipety sa nedostanú do stagoblasti, ale chápadlo môže zdvihnúť a premiestniť laboratórny prístroj do az tohto miesta. Pridanie ďalších slotov pomáha udržiavať pracovnú oblasť dostupnú pre zariadenia používané vo vašich automatizovaných protokoloch.
StagSloty pre oblasť sú súčasťou určitých konfigurácií pracovných staníc a sú tiež k dispozícii na zakúpenie na https://shop.opentrons.com.
OPENTRONS FLEX
47
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Stagoblasť s nainštalovanými slotmi
Zariadenia paluby
Svietidlá sú hardvérové položky, ktoré nahrádzajú štandardné palubné sloty. Umožňujú vám prispôsobiť rozloženie paluby a pridať funkcie do vášho Flex. V súčasnosti patrí medzi vybavenie paluby stagštrbiny v oblasti, vnútorný odpadkový kôš a vonkajší odpadový žľab. Svietidlá môžete nainštalovať iba do niekoľkých konkrétnych slotov na palube. Nasledujúca tabuľka uvádza umiestnenie deckov pre každé zariadenie.
Svietidlo Stagštrbiny v oblasti odpadkového koša Odpadový žľab Odpadový žľab s stagslot pre oblasť
Sloty A3D3 A1D1 a A3-D3 D3 len D3
Svietidlá sú bez napájania. Neobsahujú elektronické ani mechanické komponenty, ktoré robotovi oznamujú ich aktuálny stav a polohu paluby. To znamená, že musíte použiť funkciu konfigurácie paluby, aby ste dali Flex vedieť, aké zariadenia sú pripevnené k palube a kde sa nachádzajú.
48
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
K nastaveniam konfigurácie paluby môžete pristupovať z dotykovej obrazovky prostredníctvom ponuky s tromi bodkami () az aplikácie Opentrons. Informácie o konfigurácii decku z dotykovej obrazovky nájdete v časti Konfigurácia decku v kapitole Softvér a obsluha.
Odpadový žľab
Odpadový žľab Opentrons Flex prenáša tekutiny, hroty, stojany na hroty a platne s jamkami z krytu Flex do nádoby na odpadky umiestnenej pod vonkajším otvorom. Odpadový žľab sa pripája k adaptéru palubnej dosky, ktorý zapadá do otvoru D3. Dodáva sa tiež so špeciálnym polovičným panelom okna, ktorý umožňuje vysúvanie žľabu von z prednej časti robota.
Komponenty odpadového žľabu.
Adaptér krycej dosky
Odpadový žľab
Adaptér palubnej dosky s Stagoblasť
Stagsloty pre oblasť
StagSloty pre oblasť sú kompatibilné s ANSI/SLAS, ktoré nahrádzajú štandardné sloty v stĺpci 3 a pridávajú nové sloty do staging area — to všetko bez straty miesta v pracovnej oblasti. Môžete nainštalovať jeden slot alebo maximálne štyri sloty, aby ste vytvorili nový stĺpec (A4 až D4) pozdĺž pravej strany balíčka. Upozorňujeme však, že výmena štrbiny A3 vyžaduje premiestnenie odpadkového koša. Pridaním stagVďaka priestorovým otvorom na palube môže váš robot Flex uložiť viac laboratórneho vybavenia a pracovať efektívnejšie.
OPENTRONS FLEX
Spoločnosť Flex stagslot pre oblasť.
49
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
INŠTALÁCIA SLOTU
Ak chcete nainštalovať, odstráňte skrutky, ktoré pripevňujú štandardný slot k plošine a nahraďte ho stagslot pre oblasť. Po inštalácii pomocou dotykovej obrazovky alebo aplikácie Opentrons povedzte robotovi, ktorého ste pridalitaging area slot na palubu.
Inštaluje sa akotagslot pre oblasť.
KOMPATIBILITA SLOTU StagSloty pre oblasť sú kompatibilné s nástrojmi Flex, modulmi a laboratórnymi zariadeniami uvedenými nižšie.
Moduly chápadiel pre flexibilné komponenty
Labware
Stagkompatibilita oblasti
Flex Gripper môže premiestňovať laboratórny prístroj do alebo z staging area slots.
Flex pipety nemôžu dosiahnuť stagoblasti. Pomocou chápadla premiestnite stojany na hroty a laboratórne nádoby zo stagpred pipetovaním do pracovnej oblasti.
Magnetický blok GEN1 môže byť umiestnený v stĺpci 3 na vrchu astagslot pre oblasť. Moduly nie sú podporované v stĺpci 4.
Poháňané moduly ako Heater-Shaker a Temperature Module sa zmestia do nosičov, ktoré možno umiestniť do stĺpca 3. Nemôžete pridať akotagslot oblasti do pozície obsadenej modulovým nosičom.
Stagštrbiny majú rovnaké rozmery ANSI/SLAS ako štandardné štrbiny. Použite laboratórny prístroj kompatibilný s uchopovačom v stagalebo manuálne pridať a odstrániť laboratórny softvér z tohto umiestnenia.
50
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Pohybový systém
K rámu je pripevnený portál, ktorý je systémom pohybu a polohovania robota. Portál sa pohybuje oddelene pozdĺž osi x a y, aby umiestnil pipety a chápadlo na presné miesta na vykonanie protokolu. Pohyb pozdĺž týchto osí je presný s presnosťou na 0.1 mm. Portál je riadený hybridnými bipolárnymi krokovými motormi 36 V DC. Na portáli sú zase pripevnené držiaky na pipety a predlžovací držiak. Tieto sa pohybujú pozdĺž osi z, aby umiestnili pipety a chápadlo na presné miesta na vykonanie protokolu. Pohyb pozdĺž tejto osi je riadený hybridnými bipolárnymi krokovými motormi 36 V DC. Elektronika obsiahnutá v portáli poskytuje 36 V jednosmerný prúd a komunikáciu pre pipety a chápadlo, keď sú pripojené.
Portál
Držiaky na pipety
Predlžovací držiak
Umiestnenie držiakov prístroja na Flex.
Dotykový displej a LED displeje
Primárnym používateľským rozhraním je 7-palcový dotykový LCD displej, ktorý sa nachádza na pravej prednej strane robota. Dotykový displej je pokrytý sklom Gorilla Glass 3, ktoré je odolné voči poškriabaniu a poškodeniu. Získajte prístup k mnohým funkciám Flex priamo na dotykovej obrazovke, vrátane:
OPENTRONS FLEX
51
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Správa protokolov Nastavenie, vykonávanie a monitorovanie protokolu Správa labwaru Nastavenia robota Aktualizácie systémového softvéru a firmvéru Prevádzkové denníky a upozornenia na chyby
Ďalšie informácie o používaní Flex prostredníctvom dotykovej obrazovky nájdete v časti Obsluha dotykovej obrazovky v kapitole Softvér a obsluha.
Stavové svetlo je pás LED pozdĺž hornej prednej časti robota, ktorý poskytuje okamžité informácie o robotovi. Rôzne farby a vzory osvetlenia môžu komunikovať rôzne úspechy, zlyhania alebo stavy nečinnosti:
Farba LED Biela Neutrálne stavy
Zelená Normálne stavy
Modrá Povinné stavy Žltá Abnormálne stavy Červená Núdzové stavy
Vzor LED Svieti pulzujúca
Dvakrát zabliká
Pevné pulzujúce pulzovanie
Stav robota
Je zapnutý a nebeží protokol Robot je zaneprázdnený (napr. aktualizácia softvéru alebo firmvéru, nastavenie spustenia protokolu, zrušenie spustenia protokolu) Akcia je dokončená (napr. protokol uložený, softvér aktualizovaný, prístroj pripojený alebo odpojený) Protokol je spustený Protokol je dokončený Protokol je pozastavený
Pevné
Chyba softvéru
Zabliká trikrát, opakovane
Fyzická chyba (napr. zlyhanie prístroja)
Stavovú kontrolku je možné vypnúť aj v nastaveniach robota.
52
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
3.2 Pipety
Pipety Opentrons sú konfigurovateľné zariadenia používané na pohyb kvapalín v pracovnej oblasti počas vykonávania protokolov. Existuje niekoľko pipiet Opentrons Flex, ktoré dokážu spracovať objemy od 1 µl do 1000 1 µl v 8, 96 alebo XNUMX kanáloch:
Opentrons Flex 1-kanálová pipeta (1 µL) Opentrons Flex 50-kanálová pipeta (1 µL) Opentrons Flex 5-kanálová pipeta (1000 µL) Opentrons Flex 8-kanálová pipeta (1 µL) Opentrons µL Flex 50Chanová pipeta 8-Chan
Pipety sa pripevňujú na portál pomocou skrutiek so zapustenou hlavou na prednej strane pipety. 1-kanálové a 8-kanálové pipety, každá zaberá jeden držiak na pipetu (ľavý alebo pravý); 96-kanálová pipeta zaberá oba držiaky. Podrobnosti o inštalácii pipiet nájdete v časti Inštalácia a kalibrácia prístroja.
Zajatá príloha
Skrutky
Upevňovacie skrutky
vypuzovatel
Trysky (vymeniteľné O-krúžky)
Trysky (pevné O-krúžky)
Umiestnenie komponentov 1-, 8- a 96-kanálových pipiet.
vypuzovatel
OPENTRONS FLEX
53
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Pipety zachytávajú jednorazové plastové špičky ich pritlačením na dýzy pipety a potom špičky používajú na nasávanie a dávkovanie tekutín. Množstvo celkovej sily potrebnej na uchopenie sa zvyšuje, keď sa súčasne zachytí viac hrotov. Pri menších počtoch špičiek pipeta pripája špičky zatlačením každej pipetovej trysky nadol do špičky. Aby sa dosiahla potrebná sila na nabratie plného stojana so špičkami, 96-kanálová pipeta tiež vytiahne špičky smerom nahor na trysky. Toto ťahanie vyžaduje umiestnenie stojanov na hroty do adaptéra stojana na hroty, a nie priamo do štrbiny na palube. Ak chcete špičky odhodiť (alebo ich vrátiť do stojana), mechanizmus vyhadzovania pipiet odtlačí špičky z trysiek.
Špecifikácie pipety
Pipety Opentrons Flex sú navrhnuté tak, aby zvládli široký rozsah objemov. Kvôli ich širokému celkovému rozsahu môžu používať rôzne veľkosti hrotov, ktoré ovplyvňujú ich vlastnosti pri manipulácii s kvapalinou. Spoločnosť Opentrons testovala pipety Flex na presnosť a precíznosť v množstve kombinácií špičky a objemu kvapaliny:
Pipetujte
Flex 1-kanál
50 ul
Flex 1-kanál
1000 ul
Flex 8-kanál
50 ul
Flex 8-kanál
1000 ul
Kapacita hrotu 50 µL 50 µL 50 µL 50 µL 50 µL 200 µL 1000 µL 50 µL 50 µL 50 µL 50 µL 50 µL 200 µL 1000 µL
Testovaný objem 1 µL 10 µL 50 µL 5 µL 50 µL
200 ul 1000 ul
1 µL 10 µL 50 µL 5 µL 50 µL 200 µL 1000 µL
Presnosť %D 8.00 % 1.50 % 1.25 % 5.00 % 0.50 % 0.50 % 0.50 % 10.00 % 2.50 % 1.25 % 8.00 % 2.50 % 1.00 % 0.70 %
Presnosť %CV 7.00 % 0.50 % 0.40 % 2.50 % 0.30 % 0.15 % 0.15 % 8.00 % 1.00 % 0.60 % 4.00 % 0.60 % 0.25 % 0.15 %
54
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Flex 96-kanál
1000 ul
50 ul 50 ul 200 ul 1000 ul
5 ul 50 ul 200 ul 1000 ul
10.00% 2.50% 1.50% 1.50%
5.00% 1.25% 1.25% 1.50%
Majte na pamäti tieto informácie o presnosti pri výbere špičiek pre vašu pipetu. Vo všeobecnosti platí, že na dosiahnutie najlepších výsledkov by ste mali používať najmenšie hroty, ktoré spĺňajú potreby vášho protokolu.
Poznámka: Opentrons vykonáva objemové testovanie pipiet Flex, aby sa uistil, že spĺňajú vyššie uvedené špecifikácie presnosti a presnosti. Pred použitím nemusíte kalibrovať objem, ktorý vaše pipety dávkujú. Musíte vykonať iba polohovú kalibráciu. Podrobnosti nájdete v ďalšej časti, ako aj v časti Inštalácia pipety v kapitole Inštalácia a premiestnenie.
Služby Opentrons Care a Opentrons Care Plus zahŕňajú každoročnú výmenu pipiet a certifikáty o kalibrácii. Podrobnosti nájdete v časti Servis Flex v kapitole Údržba a servis.
Kalibrácia pipety
Používateľská súprava obsahuje kovovú pipetovú kalibračnú sondu, ktorú používate počas polohovej kalibrácie. Počas protokolových chodov bezpečne uložte sondu na magnetický držiak na prednom stĺpiku robota. Počas procesu kalibrácie pripojte sondu k príslušnej tryske a zaistite ju na mieste. Robot presunie sondu do kalibračných bodov na doske, aby zmeral presnú polohu pipety.
Adaptér stojana na špičky pipety
96-kanálová pipeta Opentrons Flex sa dodáva so štyrmi adaptérmi na stojany na špičky. Ide o precízne tvarované hliníkové držiaky, ktoré umiestnite na palubu. Adaptéry obsahujú stojany na špičky Flex 50 L, 200 L a 1000 µL.
OPENTRONS FLEX
55
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Kvôli vynaloženej sile vyžaduje 96-kanálová pipeta adaptér na správne pripevnenie plného stojana na špičky. Počas postupu pripevnenia sa pipeta presunie cez adaptér, spustí sa na upevňovacie kolíky a natiahne špičky na pipety zdvihnutím adaptéra a stojana na špičky. Ťahanie špičiek namiesto tlačenia poskytuje pákový efekt potrebný na zaistenie špičiek k pipetám a zabraňuje deformácii povrchu dosky. Po dokončení 96-kanálová pipeta spustí adaptér a prázdny stojan na špičky na dosku. Ďalšie informácie nájdete v časti Tipy a stojany na špičky v kapitole Labware.
Čiastočné vyberanie sprepitného
96-kanálová pipeta dokáže zachytiť plný stojan na špičky alebo menší počet špičiek. Tým sa zvyšuje počet aplikácií, ktoré môžete vykonať s 96-kanálovou pipetou, pretože zaberá oba držiaky na pipetu.
V súčasnosti 96-kanálová pipeta podporuje čiastočné naberanie špičiek pre 8 špičiek v usporiadaní stĺpcov. V tejto konfigurácii pipeta používa buď svoje najľavejšie dýzy na naberanie hrotov sprava doľava zo stojana na hroty, alebo dýzy úplne vpravo na naberanie hrotov zľava doprava zo stojana na hroty.
Pri vyberaní menej ako 96 špičiek zo stojana na špičky musí byť stojan umiestnený priamo na podložke, nie v adaptéri stojana na špičky.
Pipetové senzory
Pipety Opentrons Flex majú množstvo senzorov, ktoré zisťujú a zaznamenávajú údaje o stave pipety a akýchkoľvek špičkách, ktoré zachytila.
KAPACITAČNÉ SNÍMAČE
V kombinácii s kovovou sondou alebo vodivým hrotom kapacitné senzory detegujú, kedy sa pipeta s niečím dotkne. Detekcia kontaktu medzi kovovou sondou a doskou sa používa pri automatizovaných procesoch kalibrácie pipiet a modulov.
1-kanálové pipety majú jeden kapacitný senzor, zatiaľ čo viackanálové pipety majú dva: na kanáloch 1 a 8 8-kanálových pipiet a na kanáloch 1 a 96 (pozície A1 a H12) 96-kanálovej pipety.
56
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
OPTICKÉ SNÍMAČE PRÍTOMNOSTI HROTU
Prepínač fotoprerušovača zisťuje polohu mechanizmu vyhadzovania špičiek pipety a potvrdzuje, či boli špičky úspešne zdvihnuté alebo spadnuté. 1-kanálové, 8-kanálové a 96-kanálové pipety majú všetky jeden optický senzor, ktorý monitoruje pripevnenie špičky vo všetkých kanáloch.
Aktualizácie firmvéru pipety
Opentrons Flex automaticky aktualizuje firmvér pipety, aby bol synchronizovaný s verziou softvéru robota. Aktualizácie firmvéru pipety sú zvyčajne rýchle a vyskytujú sa vždy, keď:
Pripojíte pipetu. Robot sa reštartuje.
Ak sa z akéhokoľvek dôvodu vaša verzia firmvéru pipety a softvéru robota nesynchronizuje, môžete firmvér aktualizovať manuálne v aplikácii Opentrons.
1. Kliknite na položku Zariadenia. 2. Kliknite na svoj Flex v zozname zariadení. 3. V časti Instruments and Modules (Nástroje a moduly) sa na nesynchronizovanej pipete zobrazí varovný nápis
"K dispozícii je aktualizácia firmvéru." Kliknutím na Aktualizovať teraz spustíte aktualizáciu.
Môžete view aktuálne nainštalovanú verziu firmvéru ľubovoľnej pripojenej pipety. Na dotykovej obrazovke prejdite na Nástroje a klepnite na názov pipety. V aplikácii Opentrons nájdite pipetovú kartu v časti Nástroje a moduly, kliknite na trojbodkovú ponuku () a potom kliknite na O pipete.
3.3 Uchopovač
Uchopovač pohybuje laboratórnymi pomôckami po celej pracovnej oblasti a stagoblasti pri vykonávaní protokolov. Uchopovač sa pripája k predlžovaciemu držiaku, ktorý je oddelený od držiakov na pipety; chápadlo je možné použiť s akoukoľvek konfiguráciou pipety. Podrobnosti o inštalácii chápadla nájdete v časti Inštalácia a kalibrácia prístroja.
Uchopovač môže presúvať laboratórne predmety cez palubu a na moduly alebo z nich. Uchopovač môže manipulovať s určitými platňami s úplne obrubou, platňami s hlbokými jamkami a stojanmi na špičky. Viac podrobností o tom, akým laboratórnym softvérom môže uchopovač pohybovať, nájdete v časti Labware a Opentrons Flex Gripper v kapitole Labware alebo si pozrite knižnicu Opentrons Labware Library.
OPENTRONS FLEX
57
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Špecifikácie chápadla
Čeľuste vykonávajú primárny pohyb chápadla, ktorým je otváranie alebo zatváranie dvoch paralelných lopatiek, aby sa aplikovala alebo uvoľnila sila na boky laboratórneho náčinia. Pohyb čeľustí je riadený 36 V jednosmerným kartáčovaným motorom pripojeným k systému ozubených kolies.
Ak chcete presunúť kus laboratórneho vybavenia, ktorý bol uchopený čeľusťami, portál zdvihne uchopovač pozdĺž osi z, posunie ho do strany a potom ho spustí do novej polohy laboratórneho vybavenia.
Umiestnenie komponentov chápadla.
Upevňovacie skrutky
Kalibračný kolík Čeľuste Paddles
Kalibrácia uchopovača
Súčasťou chápadla je kovový kalibračný kolík. Kalibračný kolík je umiestnený v zapustenej odkladacej ploche na spodnej časti chápadla. Magnet drží špendlík na mieste. Ak chcete odstrániť kalibračný kolík, uchopte ho prstami a jemne potiahnite. Ak chcete kolík vymeniť, vložte ho späť do úložného slotu. Keď zapadne na miesto, budete vedieť, že je v bezpečí.
Pri kalibrácii chápadla pripevnite kolík postupne ku každej čeľusti. Robot presunie kolík do kalibračných bodov na plošine, aby zmeral presnú polohu chápadla.
Počas chodu protokolu umiestnite špendlík do úložného priestoru na bezpečné uchovanie. Ak stratíte kalibračný kolík, kontaktujte nás na adrese support@opentrons.com.
Aktualizácie firmvéru uchopovača
Opentrons Flex automaticky aktualizuje firmvér chápadla, aby bol synchronizovaný s verziou softvéru robota. Aktualizácie firmvéru uchopovača sú zvyčajne rýchle a vyskytujú sa vždy, keď:
58
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Pripevníte chápadlo. Robot sa reštartuje.
Ak sa z akéhokoľvek dôvodu váš firmvér chápadla a softvér robota nesynchronizujú, môžete firmvér aktualizovať manuálne v aplikácii Opentrons.
1. Kliknite na položku Zariadenia. 2. Kliknite na svoj Flex v zozname zariadení. 3. V časti Nástroje a moduly sa na nesynchronizovanom uchopovači zobrazí nápis s varovaním
"K dispozícii je aktualizácia firmvéru." Kliknutím na Aktualizovať teraz spustíte aktualizáciu.
Môžete view aktuálne nainštalovanú verziu firmvéru chápadla. Na dotykovej obrazovke prejdite do časti Nástroje a klepnite na chápadlo. V aplikácii Opentrons nájdite kartu uchopovača v časti Nástroje a moduly, kliknite na trojbodkovú ponuku () a potom kliknite na položku O uchopovači.
3.4 Prívesok núdzového zastavenia
Prívesok núdzového zastavenia (E-stop) je špeciálne hardvérové tlačidlo na rýchle zastavenie pohybu robota. Opentrons Flex vyžaduje, aby bol vždy pripojený funkčný, odpojený E-stop. Keď stlačíte tlačidlo zastavenia, Flex čo najrýchlejšie zruší akýkoľvek spustený protokol alebo pracovný postup nastavenia a zabráni väčšine pohybu robota.
Kedy použiť E-stop
Možno budete musieť stlačiť tlačidlo E-stop:
Keď existuje bezprostredné riziko zranenia alebo poškodenia používateľa. Keď hrozí bezprostredné riziko poškodenia robota alebo iného hardvéru. Keď sampalebo reagencie sú v bezprostrednom nebezpečenstve kontaminácie. Po zrážke hardvéru.
V ideálnom prípade by ste nikdy nemali stlačiť tlačidlo E-stop (okrem občasného testovania kvality hardvéru).
Nepoužívajte E-stop na zrušenie bežných očakávaných operácií. Namiesto toho použite softvérové tlačidlo na dotykovej obrazovke alebo v aplikácii Opentrons. Pozastavenie pomocou softvéru vám umožní obnoviť alebo zrušiť váš protokol, zatiaľ čo stlačením tlačidla E-stop sa protokol vždy okamžite zruší.
OPENTRONS FLEX
59
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Zapnutie a uvoľnenie E-stop
E-stop má mechanizmus zatlačenia a uvoľnenia otočením.
Zapojenie: Pevne zatlačte na červené tlačidlo. Flex prejde do zastaveného stavu. Vyriešiť: Po zastavení bezpečne vyriešte všetky problémy v pracovnej oblasti, ako je odstránenie rozliatych látok,
odstránenie laboratórneho vybavenia alebo premiestnenie portálu (mal by sa voľne a ľahko pohybovať rukou). Uvoľnenie: Otočte tlačidlo v smere hodinových ručičiek. Vyskočí do odpojenej polohy. Reset: Na dotykovej obrazovke alebo v aplikácii Opentrons potvrďte, že ste pripravení na obnovenie Flex
pohybu. Portál sa vráti do svojej domovskej polohy a činnosť modulu sa obnoví.
V zastavenom stave sa Flex a pripojený hardvér budú správať nasledovne:
Hardvérové portálové pipety
Uchopovač
Modul ohrievača-trepačky
Modul teploty Stavová kontrolka modulu termocykléra Dotyková obrazovka
Správanie
Automatizovaný horizontálny pohyb je zastavený. Ručný horizontálny pohyb je povolený.
Vertikálny pohyb pipiet je zastavený. Brzdy motora na vertikálnych osiach sú zapnuté, aby sa zabránilo
pipety pred pádom. Pohyb piestu a zachytávanie hrotu je zastavené.
Vertikálny pohyb chápadla je zastavený. Brzda motora na zvislej osi je zapnutá, aby sa zabránilo
chápadlo pred pádom. Čeľusťové motory, ktoré vyvíjajú uchopovaciu silu, zostávajú aktívne, takže
chápadlo nespadne laboratórny riad, ktorý môže niesť.
Šejker sa zastaví a vráti sa domov. Západka laboratórneho softvéru sa otvorí. Kúrenie je vypnuté.
Vykurovanie alebo chladenie je vypnuté.
Vykurovanie alebo chladenie je vypnuté.
Svetlo sa zmení na červenú.
Na obrazovke sa objaví správa o zrušení. Indikátor na obrazovke ukazuje, keď ste úspešne vykonali
deaktivoval tlačidlo zastavenia.
60
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
3.5 Pripojenia
Prepínač zapnutia/vypnutia
Bočné kryty
Porty USB-A
IEC napájací vstup
Porty AUX-1, AUX-2, USB-B, Ethernet
Pripojenie napájania
Opentrons Flex sa pripája k zdroju energie cez štandardný vstup IEC-C14. Robot obsahuje interný plnorozsahový AC/DC napájací zdroj, ktorý akceptuje 100 VAC, 240/50 Hz vstup a konvertuje ho na 60 V DC. Všetka ostatná interná elektronika je napájaná 36 V DC napájaním.
Upozornenie: Používajte iba napájací kábel dodaný s robotom. Nepoužívajte napájací kábel s nedostatočným prúdom alebo objtage hodnotenia.
Udržujte napájací kábel bez prekážok, aby ste ho mohli v prípade potreby vybrať.
K dispozícii je tiež gombíková batéria CR1220 na napájanie hodín reálneho času robota, keď nie je pripojený k elektrickej sieti. Batéria je umiestnená vo vnútri krytu dotykovej obrazovky. Ak si myslíte, že je potrebné vymeniť batériu, kontaktujte podporu Opentrons.
OPENTRONS FLEX
61
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
USB a prídavné pripojenia
Opentrons Flex má celkovo 10 USB portov umiestnených v rôznych oblastiach robota, ktoré slúžia na rôzne účely.
8 zadných portov USB-A (číslované USB-1 až USB-8) a 2 pomocné porty (konektory M12 očíslované AUX-1 a AUX-2) slúžia na pripojenie modulov Opentrons a príslušenstva. Viac informácií o pripojení týchto zariadení a ich používaní vo vašich protokoloch nájdete v kapitole Moduly. Zadný port USB-B slúži na pripojenie robota k notebooku alebo stolnému počítaču na nadviazanie komunikácie s aplikáciou Opentrons spustenou na pripojenom počítači. Predný port USB-A (USB-9), ktorý sa nachádza pod dotykovým displejom, má rovnakú funkčnosť ako zadné porty USB-A.
Poznámka: USB porty sú napájané, aby chránili robota a pripojené zariadenia. Napájanie je interne rozdelené do troch skupín portov: ľavý zadný port USB-A (USB-1 až USB-4), pravý zadný port USB-A (USB-5 až USB-8) a predný USB-A prístav. Každá z týchto skupín dodá do pripojených zariadení kompatibilných s USB 500 maximálne 2.0 mA.
Sieťové pripojenia
Opentrons Flex sa môže pripojiť k lokálnej sieti prostredníctvom káblového (Ethernet) alebo bezdrôtového (Wi-Fi) pripojenia.
Ethernetový port sa nachádza na zadnej strane robota. Pripojte ho k rozbočovaču Ethernet alebo zapnite sieť. Alebo počnúc od verzie robotického systému 7.1.0 ho pripojte priamo k ethernetovému portu na vašom počítači. Interný Wi-Fi modul podporuje siete 802.11 ac/a/b/g/n s dvojpásmovou 2.4/5 GHz anténou.
62
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
3.6 Špecifikácie systému
Všeobecné špecifikácie
Rozmery Hmotnosť Palubné sloty
Dotykový displej
Wi-Fi Ethernet USB
Napájanie kamerového robota
Napájanie zo siete objtagkolísanie e Kolísanie frekvencie napájania siete Rozvodná sústava Skratový napájací prúd Skladba rámu Skladba okien Požiadavky na vetranie
87 × 69 × 84 cm / 34.25 × 27 × 33 palcov (Š, H, V)
88.5 kg / 195 lb 12 slotov kompatibilných s ANSI/SLAS v pracovnej oblasti
(prístupné pre pipety) 4 prídavné sloty pre stagtipy a laboratórne vybavenie
(dostupný iba pre uchopovač) 7-palcový dotykový LCD displej s odolným sklom Gorilla Glass 3 odolným voči poškriabaniu a poškodeniu
802.11 ac/a/b/g/n dvojpásmové (2.4/5 GHz)
100 Mbps 9 portov USB-A 1 port USB-B Rýchlosť USB 2.0
2MP, foto a video 100 VAC, 240 Hz, 50 60 A/1 VAC, 4.0 A/115 VAC
± 10 %
± 5 %
TN-S
6.3 A
Pevná oceľ a CNC hliníkové prevedenie
Odnímateľné polykarbonátové bočné okná a predné dvere Minimálne 20 cm / 8 cm medzi jednotkou a stenou
OPENTRONS FLEX
63
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Požiadavky na pripojený počítač
Aplikácia Opentrons beží na: Windows 10 alebo novšom macOS 10.10 alebo novšom Ubuntu 12.04 alebo novšom
Špecifikácie prostredia
Podmienky prostredia Teplota okolia Relatívna vlhkosť Stupeň znečistenia
Iba vnútorné použitie +20 až +25 °C (odporúčané) 40 %, nekondenzujúce (odporúčané) 60 (len nevodivé znečistenie)
Ďalšie informácie o prijateľných podmienkach prostredia na používanie a prepravu nájdete v časti Podmienky prostredia v kapitole Inštalácia a premiestnenie.
Certifikácie
Certifikáty dokončené Nie je certifikované/overené
CE, ETL, FCC, ISO 9001 IVD, GMP
Súhrn certifikačných informácií je vytlačený na nálepke na zadnej strane Flex, v blízkosti vypínača. Podrobné informácie o certifikácii a zhode nájdete v časti Súlad s predpismi v Úvode.
Sériové číslo
Každý Flex má jedinečné sériové číslo. Formát sériového čísla poskytuje ďalšie informácie vrátane dátumu výroby robota. Napríkladample, sériové číslo FLXA1020231007001 by označovalo:
64
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 3: POPIS SYSTÉMU
Postavy FLX A10 2023 10 07 001
Kategória Model Verzia Rok Mesiac Deň Jednotka
Význam Robot je Opentrons Flex. Kód pre produkčnú verziu robota. Robot bol vyrobený v roku 2023. Robot bol vyrobený v októbri. Robota bola vykonaná 7. deň v mesiaci. Jedinečné číslo pre roboty vyrobené v určitý deň.
Sériové číslo vášho Flex nájdete:
Na certifikačnej nálepke na zadnej strane Flex, v blízkosti vypínača. Na zadnej strane dotykovej obrazovky (smerom k pracovnej oblasti). V aplikácii Opentrons v časti Zariadenia > váš Flex > Nastavenia robota > Rozšírené.
OPENTRONS FLEX
65
KAPITOLA 4
Moduly
Opentrons Flex sa integruje s množstvom hardvérových modulov Opentrons. Všetky moduly sú periférne zariadenia, ktoré zaberajú sloty na palube, a väčšina z nich je ovládaná robotom cez USB pripojenie.
Táto kapitola popisuje funkcie a fyzické špecifikácie modulov, ktoré sú kompatibilné so systémom Opentrons Flex, ako aj spôsob ich pripojenia a kalibrácie. Ďalšie podrobnosti o nastavení a používaní modulu nájdete v návodoch k jednotlivým modulom. Podrobnosti o integrácii modulov do vašich protokolov nájdete v časti Návrhár protokolov v kapitole Vývoj protokolu alebo v online dokumentácii rozhrania Python Protocol API.
4.1 Podporované moduly
Opentrons Flex je kompatibilný so štyrmi typmi modulov Opentrons na palube:
Modul Heater-Shaker poskytuje ohrev na palube a orbitálne trasenie. Modul sa môže zahriať na 95 °C a môže pretrepávať sampmenej od 200 do 3000 ot./min.
Magnetický blok je pasívne zariadenie, ktoré drží laboratórny prístroj blízko svojich neodymových magnetov s vysokou pevnosťou. Magnetické moduly OT-2 GEN1 a GEN2, ktoré aktívne pohybujú svojimi magnetmi nahor a nadol vzhľadom na laboratórny softvér, nie sú podporované na Opentrons Flex.
Teplotný modul je modul horúcej a studenej dosky, ktorý je schopný udržiavať ustálenú teplotu medzi 4 a 95 °C.
Modul termocykléra poskytuje plne automatizované termocyklovanie na palube, čo umožňuje automatizáciu krokov pracovného toku pred a po prúde. Termocykler GEN2 je plne kompatibilný s chápadlom. Termocykler GEN1 nemožno použiť s chápadlom, a preto nie je podporovaný na Opentrons Flex.
Niektoré moduly pôvodne navrhnuté pre OT-2 sú kompatibilné s Flex, ako je zhrnuté v tabuľke nižšie. Značka začiarknutia označuje kompatibilitu a znak X označuje nekompatibilitu.
66
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 4: MODULY
Typ a generácia zariadenia Modul ohrievača a trepačky Magnetický modul GEN1 Magnetický modul GEN1 Magnetický modul GEN2 Magnetický blok GEN1 Modul teploty GEN1 Modul teploty GEN2 Modul termocykléra GEN1 Modul termocykléra GEN2 Modul GENXNUMX HEPA
OT-2
Flex
×
×
×
×
×
×
4.2 Modulový nosičový systém
Kompatibilné moduly sú navrhnuté tak, aby sa zmestili do vozíkov, ktoré zaberajú priestor pod palubou. Tento systém umožňuje, aby laboratórne vybavenie na vrchu modulov zostalo bližšie k povrchu paluby, a tiež umožňuje vedenie káblov pod palubou, takže paluba zostane počas chodu vášho protokolu uprataná.
Nosiče pre moduly ohrievača-trepačky, teploty a termocykléra.
OPENTRONS FLEX
67
KAPITOLA 4: MODULY
Aby sa modul namontoval na povrch paluby, musí sa najskôr umiestniť do zodpovedajúceho nosiča modulu. Každý typ kompatibilného modulu má svoj vlastný dizajn nosiča, ktorý presne zarovná modul a laboratórny prístroj s okolitou palubou. (Výnimkou je magnetický blok, ktorý nevyžaduje napájanie ani vedenie USB kábla, a preto sedí priamo na povrchu paluby.) Nosiče pre moduly, ktoré zaberajú jeden slot, môžu byť umiestnené kdekoľvek v stĺpci 1 alebo 3; termocykler je možné umiestniť iba do štrbín A1 a B1 súčasne.
Vo všeobecnosti, ako nainštalovať modulový nosič:
1. Odstráňte všetky sloty z miesta, kam pôjde modul. 2. Usaďte modul do nosiča a utiahnite jeho kotvy. 3. Veďte napájacie káble modulu a USB cez bočné kryty, nahor cez prázdnu štrbinu na palube a
pripojte ich k modulu. 4. Umiestnite nosič modulu do slotu a priskrutkujte ho na miesto.
Presné pokyny na inštaláciu nájdete v príručke pre rýchly štart alebo v príručke s pokynmi pre konkrétny modul. Káblové pripojenia a spôsob pripevnenia k vozíku sa líšia podľa modulu.
4.3 Kalibrácia modulu
Keď prvýkrát nainštalujete modul na Flex, musíte spustiť automatickú kalibráciu polohy. Tento proces je podobný pozičnej kalibrácii pre nástroje a zaisťuje, že sa Flex presunie na presné správne miesta pre optimálny výkon protokolu. Počas kalibrácie sa Flex presunie na miesta na adaptéri na kalibráciu modulu, ktorý vyzerá podobne ako kalibračné štvorčeky, ktoré sú súčasťou odnímateľných otvorov na palube.
Kalibračné adaptéry pre moduly Heater-Shaker, Temperature a Thermocycler.
Kalibrácia modulu sa vyžaduje pre všetky moduly, ktoré sa inštalujú cez nosič: moduly Heater-Shaker, Temperature a Thermocycler. Magnetický blok nevyžaduje kalibráciu a je pripravený na použitie hneď, ako ho umiestnite na palubu.
68
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 4: MODULY
Kedy kalibrovať moduly
Flex vás automaticky vyzve na vykonanie kalibrácie, keď pripojíte a zapnete modul, ktorý nemá uložené žiadne kalibračné údaje. (Túto výzvu môžete zrušiť, ale nebudete môcť spúšťať protokoly s modulom, kým ho nenakalibrujete.)
Po dokončení kalibrácie si Flex uloží kalibračné údaje a sériové číslo modulu pre budúce použitie. Flex vás nevyzve na prekalibrovanie, pokiaľ nevymažete kalibračné údaje pre daný modul v nastaveniach robota. Modul môžete ľubovoľne zapínať a vypínať, alebo ho dokonca presunúť do iného slotu na palube, bez toho, aby ste ho museli prekalibrovať. Ak chcete prekalibrovať, môžete proces spustiť kedykoľvek z karty modulu v aplikácii Opentrons. (Rekalibrácia nie je dostupná z dotykovej obrazovky.)
Ako kalibrovať moduly
Pokyny na dotykovej obrazovke alebo v aplikácii Opentrons vás prevedú postupom kalibrácie. Vo všeobecnosti sú tieto kroky:
1. Pripravte si požadované vybavenie vrátane adaptéra na kalibráciu modulu a sondy na kalibráciu pipety. 2. Položte kalibračný adaptér na povrch modulu a uistite sa, že je úplne vyrovnaný.
Niektoré moduly môžu vyžadovať pripevnenie adaptéra k modulu. 3. Pripojte kalibračnú sondu k pipete. 4. Flex sa automaticky posunie tak, aby sa dotkol určitých bodov na kalibračnom adaptéri a uložil ich
kalibračné hodnoty pre budúce použitie.
Po dokončení kalibrácie a odstránení adaptéra a sondy bude modul pripravený na použitie v protokoloch.
Kedykoľvek môžete view a spravujte svoje kalibračné údaje modulu v aplikácii Opentrons. Prejdite do Nastavenia robota pre váš Flex a kliknite na kartu Kalibrácia.
OPENTRONS FLEX
69
KAPITOLA 4: MODULY
4.4 Modul ohrievača-trepačky GEN1
Funkcie ohrievača-Shaker
OHRIEVANIE A TREPANIE
Heater-Shaker poskytuje ohrev na palube a orbitálne trasenie. Modul je možné zahriať na 95 °C s nasledujúcou teplotou profile:
Teplotný rozsah: 37 °C Presnosť teploty: ±95 °C pri 0.5 °C Rovnomernosť teploty: ±55 °C pri 0.5 °CRamp rýchlosť: 10 °C/min
Modul môže triasť sampmenej od 200 do 3000 otáčok za minútu, s nasledujúcim trepaním proffile:
Priemer obežnej dráhy: 2.0 mm Smer obežnej dráhy: V smere hodinových ručičiek Rozsah otáčok: 200 3000 ot./min. Presnosť otáčok: ±25 ot./min.
Modul má napájanú laboratórnu západku na pripevnenie platní k modulu pred zatrasením.
70
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 4: MODULY
TEPELNÉ ADAPTÉRY Na pridanie laboratórneho vybavenia do ohrievača-Shaker je potrebný kompatibilný tepelný adaptér. Adaptéry je možné zakúpiť priamo od Opentrons na https://shop.opentrons.com. Aktuálne dostupné tepelné adaptéry zahŕňajú:
Univerzálny plochý adaptér
PCR adaptér
Adaptér pre hlboké studne
96 Adaptér s plochým dnom
OVLÁDANIE SOFTVÉRU
Heater-Shaker je plne programovateľný v Protocol Designer a Python Protocol API. Rozhranie Python API navyše umožňuje paralelné vykonávanie ďalších krokov protokolu, keď je aktívny Heater-Shaker. Podrobnosti o pridávaní paralelných krokov do vašich protokolov nájdete v časti Neblokujúce príkazy v dokumentácii API.
Mimo protokolov môže aplikácia Opentrons zobraziť aktuálny stav ohrievača-Shaker a môže priamo ovládať ohrievač, trepačku a západku laboratórneho prístroja.
OPENTRONS FLEX
71
KAPITOLA 4: MODULY
Špecifikácie ohrievača-trepačky
Rozmery Hmotnosť Príkon modulu Vstup napájacieho adaptéra Sieťové napájanie objtage fluktuácia Overvoltage Spotreba energie
152 × 90 × 82 mm (D/Š/V) 1.34 kg 36 V DC, 6.1 A 100 VAC, 240/50 Hz ±60 % Kategória II nečinnosť: 10 W
Typické: Trepanie: 4 W Ohrev: 11 W Ohrev a trepanie: 10 W
Podmienky prostredia Teplota okolia Relatívna vlhkosť Nadmorská výška Stupeň znečistenia
Maximum: 125 W Použitie v interiéri 130 °C Až 20 %, bez kondenzácie Až 25 80 m nad morom 2,000
72
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 4: MODULY
4.5 Magnetický blok GEN1
Vlastnosti magnetického bloku
Opentrons Magnetic Block GEN1 je magnetický držiak doštičiek s 96 jamkami. Magnetické bloky sa používajú v protokoloch, ktoré sa spoliehajú na magnetizmus na vytiahnutie častíc zo suspenzie a ich zadržanie v platniach s jamkami počas umývania, oplachovania alebo iných elučných postupov. Naprample, automatizovaná príprava NGS; čistenie genómovej a mitochondriálnej DNA, RNA alebo proteínov; a ďalšie extrakčné postupy sú všetky prípady použitia, ktoré môžu zahŕňať magnetické bloky.
MAGNETICKÉ KOMPONENTY
Magnetický blok je bez napájania, neobsahuje žiadne elektronické súčiastky a nepohybuje magnetickými guľôčkami nahor ani nadol v roztoku. Nádobky pozostávajú z 96 vysoko pevných neodýmových prstencových magnetov upevnených na pružinovom lôžku, čo pomáha udržiavať tolerancie medzi blokom a pipetami pri prevádzke automatizovaných protokolov.
OVLÁDANIE SOFTVÉRU
Magnetický blok GEN1 je plne programovateľný v Protocol Designer a Python Protocol API.
OPENTRONS FLEX
73
KAPITOLA 4: MODULY
Mimo protokolov však dotyková obrazovka a aplikácia Opentrons nevedia a nemôžu zobraziť aktuálny stav magnetického bloku GEN1. Toto je nenapájaný modul. Neobsahuje elektronické ani mechanické komponenty, ktoré môžu komunikovať s robotom Flex. Magnetický blok „ovládate“ prostredníctvom protokolov, ktoré používajú Opentrons Flex Gripper na pridávanie a odstraňovanie laboratórneho softvéru z tohto modulu.
Špecifikácie magnetického bloku
Rozmery Hmotnosť Výkon modulu Kvalita magnetu Podmienky prostredia Teplota okolia Relatívna vlhkosť Nadmorská výška Stupeň znečistenia
136
74
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 4: MODULY
4.6 Teplotný modul GEN2
Vlastnosti teplotného modulu
VYKUROVANIE A CHLADENIE
Opentrons Temperature Module GEN2 je modul horúcej a studenej platne. Často sa používa v protokoloch, ktoré vyžadujú zahrievanie, chladenie alebo zmeny teploty. Modul dokáže dosiahnuť a udržiavať teploty v rozsahu od 4 °C do 95 °C v priebehu niekoľkých minút, v závislosti od konfigurácie a obsahu modulu.
TEPELNÉ BLOKY
Na udržiavanie laboratórneho vybavenia pri teplote modul používa hliníkové tepelné bloky. Modul je dodávaný s 24-jamkovým a 96-jamkovým tepelným blokom. Nosič teplotného modulu sa dodáva s blokom hlbokej studne a plochým spodným blokom určeným na použitie s Flex Gripper. Bloky obsahujú skúmavky s objemom 1.5 ml a 2.0 ml, 96-jamkové doštičky PCR, prúžky PCR, platne s hlbokými jamkami a platne s plochým dnom.
OPENTRONS FLEX
75
KAPITOLA 4: MODULY
Poznámka: Modul sa dodáva aj s plochým spodným blokom pre OT-2. Nepoužívajte blok OT-2 s Flex. Plochý spodný blok pre Flex má na svojom hornom povrchu nápis „Opentrons Flex“. Ten pre OT-2 nie.
24-jamkový tepelný blok
96-jamkový tepelný blok
Hlboký tepelný blok
Termoblok s plochým dnom pre Flex
VODNÉ KÚPELE A KÚRENIE
Pretože vzduch je dobrým tepelným izolantom, medzery medzi laboratórnym vybavením a tepelným blokom môžu ovplyvniť výkon teplotného modulu v závislosti od teploty. Umiestnenie trochy vody do 24- alebo 96-jamkových tepelných blokov eliminuje vzduchové medzery a zlepšuje účinnosť vykurovania. Ideálne množstvo vody závisí od tepelného bloku a laboratórneho vybavenia. Ďalšie odporúčania nájdete v bielej knihe o teplotnom module.
OVLÁDANIE SOFTVÉRU
Temperature Module je plne programovateľný v Protocol Designer a Python Protocol API.
Mimo protokolov môže aplikácia Opentrons zobraziť aktuálny stav teplotného modulu a môže priamo ovládať teplotu povrchovej dosky.
76
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 4: MODULY
Špecifikácie teplotného modulu
Rozmery Hmotnosť Výkon modulu
Podmienky prostredia Teplota okolia Relatívna vlhkosť Nadmorská výška Stupeň znečistenia
194 × 90 × 84 mm (D/Š/V) 1.5 kg Vstup: 100 240 VAC, 50/60 Hz, 4.0 A Výstup: 36 V DC, 6.1 A, 219.6 W max Vnútorné použitie len <22 °C (odporúča sa pre optimálne chladenie ) Do 60 %, nekondenzujúca Do 2000 m nad morom 2
4.7 Modul termocykléra GEN2
OPENTRONS FLEX
77
KAPITOLA 4: MODULY
Vlastnosti termocykléra
Opentrons Thermocycler Module GEN2 je plne automatizovaný termocykler na palube, ktorý poskytuje hands-free PCR vo formáte 96-jamkovej platne. Jeho vyhrievané veko a jednorazové tesnenie tesne priliehajú k tanieru a zaisťujú efektívne sampzahrievanie a minimálne vyparovanie.
KÚRENIE A CHLADENIE Blok termocykléra sa môže zohrievať a chladiť a jeho veko sa môže zohrievať s nasledujúcou teplotou profile: Teplotný rozsah termobloku: 4 °C Maximálny ohrev termobloku ramp rýchlosť: 4.25 °C/s od okolia GEN2 do 95 °C Maximálne chladenie tepelného bloku ramp rýchlosť: 2.0 °C/s od 95 °C do okolia Rozsah teplôt veka: 37 °C Presnosť teploty veka: ±110 °C Automatizované veko je možné počas vykonávania protokolu otvárať alebo zatvárať podľa potreby.
THERMOCYCLER PROFILES Termocykler môže vykonávať profiles: automatické cyklovanie cez sekvenciu teplôt bloku na uskutočnenie reakcií citlivých na teplo.
GUMOVÉ TESNENIA AUTOMATIZÁCIE Termocykler sa dodáva s gumenými automatickými tesneniami, ktoré pomáhajú znižovať odparovanie. Každé tesnenie musí byť pred použitím sterilizované a môže sa použiť na niekoľko cyklov. Ďalšie tesnenia je možné zakúpiť priamo od Opentrons na https://shop.opentrons.com.
OVLÁDANIE SOFTVÉRU Termocykler je plne programovateľný v protokolovom návrhári a Python Protocol API. Mimo protokolov môže aplikácia Opentrons zobraziť aktuálny stav termocykléra a môže priamo ovládať teplotu bloku, teplotu veka a polohu veka.
78
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 4: MODULY
Špecifikácie termocykléra
Rozmery (otvorené veko) Rozmery (zatvorené veko) Hmotnosť (vrátane zadného potrubia) Napájací adaptér objtage Prúd napájacieho adaptéra Overvoltage Podmienky prostredia Teplota okolia Relatívna vlhkosť Nadmorská výška Požiadavky na vetranie
244.95 × 172 × 310.1 mm (D/Š/V) 244.95 × 172 × 170.35 mm (D/Š/V) 8.4 kg 100 V pri 240/50 Hz 60 A Kategória II Iba vnútorné použitie (ideálne 8.5 °C); 5 °C (prijateľné) 20 %, bez kondenzácie Do 25 m nad morom Najmenej 2 cm / 40 medzi jednotkou a stenou
OPENTRONS FLEX
79
KAPITOLA 5
Labware
Táto kapitola obsahuje položky v knižnici Opentrons Labware Library, ktoré môžete použiť s Opentrons Flex a Opentrons Flex Gripper. Zahŕňa tiež vlastný laboratórny softvér a pre našich skúsených používateľov spája komponenty laboratórneho softvéru s ich zodpovedajúcim JSON file definície.
Laboratórny softvér si môžete zakúpiť od originálnych výrobcov zariadení alebo v obchode Opentrons na https://shop.opentrons.com. A Opentrons vždy pracuje na overovaní nových definícií labvéru. Najnovšie zoznamy nájdete v knižnici Labware Library (prepojená vyššie).
5.1 Pojmy Labware
Labware zahŕňa viac než len predmety umiestnené na palube a používané v protokole. Aby sme vám pomohli pochopiť labware Opentrons, preskúmajme túto tému z troch rôznych perspektív. V prípade Opentrons Flex zahŕňa laboratórny softvér položky v našej knižnici Labware, údaje, ktoré definujú každý kus laboratórneho softvéru, a vlastný laboratórny softvér.
Labware ako hardvér
Knižnica Labware obsahuje všetko, čo môžete štandardne používať s Opentrons Flex. Ide o odolné komponenty a spotrebný materiál, s ktorými pracujete, opakovane ich používate alebo ich likvidujete počas prevádzky protokolu. Na prácu s položkami v knižnici Labware Library nemusíte podnikať žiadne špeciálne kroky. Robot Flex vie pracovať so všetkým v knižnici automaticky.
Labware ako dáta
Informácie o laboratóriu sú uložené v objektovej notácii Javascript (JSON) files s .json file rozšírenia. JSON file zahŕňa priestorové rozmery (dĺžka, šírka, výška), objemovú kapacitu (L, ml) a ďalšie metriky, ktoré definujú povrchové prvky, ich tvary a umiestnenie. Pri spustení protokolu číta Flex tieto súbory .json filevedieť, aký laboratórny softvér je na palube a ako s ním pracovať.
80
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
Vlastný laboratórny softvér
Vlastný laboratórny softvér je laboratórny softvér, ktorý nie je zahrnutý v knižnici Labware alebo je laboratórny softvér vytvorený Custom Labware Creator. Niekedy je však myšlienka vlastného laboratórneho softvéru zaťažená predstavami o zložitosti, nákladoch alebo ťažkostiach. Vlastný laboratórny softvér by však nemal byť ťažké pochopiť alebo vytvoriť. Venujme chvíľu rozbaleniu konceptu vlastného laboratórneho softvéru.
Ako exampOpentrons Labware Library obsahuje 96-jamkové platne (200 l) od Corning a BioRad, ale tieto platničky vyrábajú aj iní výrobcovia. A vďaka bežne uznávaným priemyselným štandardom sú rozdiely medzi týmito všadeprítomnými laboratórnymi položkami malé. Avšak obyčajná 200 l, 96-jamková platňa od Stellar Scientific, Oxford Lab alebo Krackeler Scientific (alebo akéhokoľvek iného dodávateľa v tomto prípade) je pre Flex „vlastným laboratórnym softvérom“, pretože nie je preddefinovaná v našej knižnici Labware Library. . Okrem toho menšie rozdiely v rozmeroch laboratórneho softvéru môžu mať drastický vplyv na úspešnosť spustenia vášho protokolu. Z tohto dôvodu je dôležité mať presnú definíciu laboratórneho softvéru pre každý laboratórny softvér, ktorý chcete použiť vo svojom protokole.
Aj keď vlastný laboratórny softvér môže byť ezoterickou, jednorazovou súpravou, väčšinou sú to len špičky, taniere, skúmavky a stojany používané každý deň v laboratóriách po celom svete. Opäť, jediný rozdiel medzi Opentrons labware a custom labware je ten, že nová položka nie je preddefinovaná v softvéri, ktorý poháňa robota. Flex môže a pracuje s inými základnými položkami laboratórneho softvéru alebo niečím jedinečným, ale musíte zaznamenať vlastnosti tejto položky v definícii laboratórneho softvéru JSON. file a importujte tieto údaje do aplikácie Opentrons. Viac informácií nájdete v časti Definície vlastného labwaru nižšie.
Aby som to zhrnul, laboratórny softvér zahŕňa:
Všetko v knižnici Opentrons Labware Library. Definície Labware: údaje v JSON file ktorý definuje tvary, veľkosti a možnosti jednotlivých položiek
ako sú platničky, hroty, zásobníky atď. Vlastný laboratórny softvér, čo sú položky, ktoré nie sú zahrnuté v knižnici Labware.
Po reviewNa základe týchto dôležitých pojmov sa pozrime na kategórie a položky v knižnici Opentrons Labware Library. Potom kapitolu dokončíme koncomview dátových komponentov laboratórneho softvéru file a zhrňte funkcie a služby Opentrons, ktoré vám pomôžu vytvoriť vlastný laboratórny softvér.
OPENTRONS FLEX
81
KAPITOLA 5: LABWARE
5.2 Nádrže
Opentrons Flex štandardne funguje s jedno- a viacjamkovými zásobníkmi uvedenými nižšie. Používanie týchto nádrží pomáha znížiť vaše pracovné zaťaženie pri príprave, pretože sú pripravené na automatizáciu hneď po vybalení z krabice. Informácie o nádrži sú dostupné aj v knižnici Opentrons Labware Library.
Jednojamkové nádrže
Špecifikácie výrobcu
Agilent
290 ml V dno
Axygen
90 ml s plochým dnom
NEST
195 ml s plochým dnom
290 ml V dno
Názov načítania API
agilient_1_ zásobník_290 ml
axygen_1_ zásobník_90ml
nest_1_ rezervoár_195ml
nest_1_ rezervoár_290ml
Viacjamkové nádrže
Špecifikácie výrobcu
NEST
12 jamiek 15 ml/jamka V dno
USA Scientific
12 jamiek 22 ml/jamka V dno
Názov záťaže API nest_12_ rezervoár_15ml
usascientific_12_ zásobník_22ml
82
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
Zásobníky a definície API
Opentrons Labware Library definuje charakteristiky zásobníkov uvedených vyššie v samostatnom JSON files. Robot a Opentrons Python API sa spoliehajú na tieto definície JSON pri práci s laboratórnym softvérom používaným vašimi protokolmi. NaprampKeď pracujete s API, funkcia ProtocolContext.load_labware akceptuje tieto názvy labwaru ako platné parametre vo vašom kóde. Názvy prepojených záťaží API sa pripájajú k definíciám laboratória zásobníka v úložisku Opentrons GitHub.
Laboratórny prístroj na zákazku
Ak tu nie je uvedený zásobník, ktorý by ste chceli použiť, skúste vytvoriť vlastnú definíciu laboratórneho softvéru pomocou Opentrons Labware Creator. Vlastná definícia kombinuje všetky dimenzie, metadáta, tvary, objemovú kapacitu a ďalšie informácie v JSON file. Opentrons Flex potrebuje tieto informácie, aby pochopil, ako pracovať s vašim vlastným laboratórnym softvérom. Viac informácií nájdete v časti Definície vlastného labwaru.
5.3 Doštičky s jamkami
Opentrons Flex štandardne funguje s platničkami s jamkami uvedenými nižšie. Používanie týchto platní na jamky pomáha znížiť vaše pracovné zaťaženie pri príprave, pretože sú pripravené na automatizáciu hneď po vybalení z krabice. Informácie o platni jamiek sú dostupné aj v knižnici Opentrons Labware Library.
OPENTRONS FLEX
83
KAPITOLA 5: LABWARE
6-jamkové platne
Výrobca Corning
Špecifikácie
6 jamiek 16.8 ml/jamka Kruhové jamky, ploché dno
Názov zaťaženia API corning_6_wellplate_16.8ml_flat
12-jamkové platne
Výrobca Corning
Špecifikácie
12 jamiek 6.9 ml/jamka Kruhové jamky, ploché dno
Názov zaťaženia API corning_12_wellplate_6.9ml_flat
24-jamkové platne
Výrobca Corning
Špecifikácie
24 jamiek 3.4 ml/jamka Kruhové jamky, ploché dno
Názov zaťaženia API corning_24_wellplate_3.4ml_flat
48-jamkové platne
Výrobca Corning
Špecifikácie
48 jamiek 1.6 ml/jamka Kruhové jamky, ploché dno
Názov zaťaženia API corning_48_wellplate_1.6ml_flat
84
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
96-jamkové platne
Výrobca Bio-Rad Corning NEST
Opentrons Thermo Scientific
USA Scientific
Špecifikácie
96 jamiek 200 ul/jamka Kruhové jamky, V dno
96 jamiek 360 µl/jamka Kruhové jamky, ploché dno
96 jamiek 100 ul/jamka Kruhové jamky, V spodnej časti PCR plný plášť
96 jamiek 200 µl/jamka Kruhové jamky, ploché dno
96 hlbokých jamiek 2000 ul/jamka Štvorcové jamky, V dno
Pevné 96 jamiek 200 µl/jamka Kruhové jamky, V spodnej časti PCR plný plášť
Nunc 96 hlbokých jamiek 1300 ul/jamka Kruhové jamky, U dno
Nunc 96 hlbokých jamiek 2000 ul/jamka Kruhové jamky, U dno
96 hlbokých jamiek 2.4 ml/jamka Štvorcové jamky, U dno
Názov zaťaženia API biorad_96_wellplate_200ul_pcr
corning_96_wellplate_360ul_flat
nest_96_wellplate_100ul_pcr_full_skirt
nest_96_wellplate_200ul_flat
nest_96_wellplate_2ml_deep
sukňa opentrons_96_wellplate_200ul_pcr_full_
thermoscientificnunc_96_wellplate_ 1300ul thermoscientificnunc_96_wellplate_ 2000ul usascientific_96_wellplate_2.4ml_deep
OPENTRONS FLEX
85
KAPITOLA 5: LABWARE
384-jamkové platne
Výrobca Applied Biosystems Bio-Rad
Corning
Špecifikácie
384 jamiek 40 ul/jamka Kruhové jamky, V dno
384 jamiek 50 ul/jamka Kruhové jamky, V dno
384 jamiek 112 µl/jamka Štvorcové jamky, ploché dno
Názov načítania API applybiosystemsmicroamp_384_wellplate_40ul biorad_384_wellplate_50ul
corning_384_wellplate_112ul_flat
Adaptéry pre studne
Nižšie uvedené hliníkové platne sú tepelné adaptéry pre modul Opentrons Heater-Shaker GEN1. Tieto samostatné definície adaptérov môžete použiť na načítanie Opentrons overeného alebo vlastného laboratórneho softvéru na vrchnú časť Heater-Shaker.
Typ adaptéra Opentrons Univerzálny adaptér plochého ohrievača a trepačky Opentrons 96 Adaptér ohrievača a trepačky PCR Opentrons 96 Adaptér ohrievača a trepačky s hlbokými jamkami Opentrons 96 Adaptér ohrievača a trepačky s plochým dnom
Názov načítania rozhrania API opentrons_universal_flat_adapter opentrons_96_pcr_adapter opentrons_96_deep_well_adapter opentrons_96_flat_bottom_adapter
Môžete tiež načítať adaptér aj laboratórny softvér s jednou definíciou. Naša knižnica Labware Library obsahuje niekoľko predkonfigurovaných kombinácií tepelného adaptéra a laboratórneho softvéru, vďaka ktorým je ohrievač-Shaker pripravený na použitie hneď po vybalení z krabice.
86
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
Poznámka: Nepoužívajte kombinovanú definíciu, ak potrebujete počas protokolu premiestniť laboratórny prístroj na vyhrievaciu trepačku alebo z nej, či už pomocou chápadla alebo ručne. Namiesto toho použite definíciu samostatného adaptéra.
Kombinácia adaptér/laboratórny softvér
Názov načítania API
Opentrons 96 adaptér na vyhrievanie a trepačku s hlbokými jamkami s platňou NEST s hlbokými jamkami 2 ml
opentrons_96_deep_well_adapter_nest_ wellplate_2ml_deep
Adaptér ohrievača a trepačky s plochým dnom Opentrons s 96 jamkami NEST 96 µl plochý
opentrons_96_flat_bottom_adapter_nest_ wellplate_200ul_flat
Adaptér Opentrons 96 PCR Heater-Shaker s platňou NEST Well 100 µL
opentrons_96_pcr_adapter_nest_wellplate_ 100ul_pcr_full_skirt
Opentrons Univerzálny plochý ohrievač-trepačový adaptér s Corning 384-jamkovou platňou 112 µL plochá
opentrons_universal_flat_adapter_corning_384_ wellplate_112ul_flat
Adaptéry je možné zakúpiť priamo od Opentrons na https://shop.opentrons.com.
Jamkové platne a definície API
Opentrons Labware Library definuje charakteristiky platní s jamkami uvedené vyššie v samostatnom JSON files. Robot Flex a Opentrons Python API sa spoliehajú na tieto definície JSON pri práci s laboratórnym softvérom používaným vašimi protokolmi. NaprampKeď pracujete s API, funkcia ProtocolContext.load_labware akceptuje tieto názvy labwaru ako platné parametre vo vašom kóde. Názvy prepojených záťaží API sa pripájajú k definíciám laboratórneho softvéru platní s jamkami v úložisku Opentrons GitHub.
Laboratórny riad na mieru
Ak tu nie je uvedená platňa s jamkami, ktorú by ste chceli použiť, skúste použiť Opentrons Labware Creator na vytvorenie vlastnej definície laboratórneho softvéru. Vlastná definícia kombinuje všetky dimenzie, metadáta, tvary, objemovú kapacitu a ďalšie informácie v JSON file. Opentrons Flex číta tieto informácie, aby pochopil, ako pracovať s vašim vlastným laboratórnym softvérom. Viac informácií nájdete v časti Definície vlastného labwaru.
OPENTRONS FLEX
87
KAPITOLA 5: LABWARE
5.4 Hroty a stojany na hroty
Špičky Opentrons Flex sa dodávajú vo veľkostiach 50 µl, 200 µl a 1000 96 µl. Sú to číre, nevodivé polypropylénové hroty, ktoré sú dostupné s filtrami alebo bez nich. Sú balené sterilne v stojanoch, ktoré obsahujú XNUMX hrotov a neobsahujú DNázu, RNázu, proteázu, pyrogény, ľudskú DNA, endotoxíny a inhibítory PCR. Stojany tiež obsahujú čísla šarží a dátumy spotreby.
Pipetové špičky Flex fungujú s pipetami Opentrons Flex 50 µL a 1000 µL v 1-, 8- a 96-kanálovej konfigurácii. Aj keď môžete na 50 l a 1000 XNUMX l pipety nasadiť ktorúkoľvek zo špičiek Flex, skúste špičku prispôsobiť menovitej kapacite pipety. Napríkladample, môže byť zvláštne nasadiť 1000 l špičku na 50 l pipetu. Pre 1000 L pipetu by ste určite mohli použiť 50 L, 200 L alebo 1000 L špičku.
Stojany na hroty
Nefiltrované a filtrované hroty sú zbalené do stojana, ktorý pozostáva z opakovane použiteľnej základnej dosky, strednej dosky, ktorá obsahuje 96 hrotov, a veka.
Stojan na hrot podľa objemu 50 ul 200 ul 1000 ul
Názov načítania API
Nefiltrované: opentrons_flex_96_tiprack_50ul Filtrované: opentrons_flex_96_filtertiprack_50ul
Nefiltrované: opentrons_flex_96_tiprack_200ul Filtrované: opentrons_flex_96_filtertiprack_200ul
Nefiltrované: opentrons_flex_96_tiprack_1000ul Filtrované: opentrons_flex_96_filtertiprack_1000ul
Na uľahčenie identifikácie sú stredné dosky stojana na špičky farebne označené podľa veľkosti špičky:
50 ul: purpurová 200 1000: žltá XNUMX ul: modrá
88
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
Pri objednávaní alebo opätovnom objednávaní sa hroty a stojany dodávajú v dvoch rôznych balených konfiguráciách:
Stojany: Pozostávajú zo samostatne zabalených stojanov na hroty (základná doska, stredná doska s hrotmi a veko). Stojanové konfigurácie sú najlepšie, keď je čistota prvoradá, aby sa predišlo krížovej kontaminácii, alebo keď vaše protokoly neumožňujú opätovné použitie základnej dosky alebo komponentov.
Náplne: Pozostávajú z jedného kompletného stojana na hroty (základná doska, stredná doska s hrotmi a veko) a jednotlivých nádob na hroty. Konfigurácie doplňovania sú najlepšie, keď vaše protokoly umožňujú opätovné použitie základnej dosky alebo komponentov.
Kompatibilita s hrotmi
Pipetové špičky Flex sú navrhnuté pre pipety Opentrons Flex. Špičky Flex nie sú spätne kompatibilné s pipetami Opentrons OT-2, ani špičky OT-2 nemôžete použiť na pipetách Flex.
S pipetami Flex môžu fungovať aj iné štandardné špičky, ale to sa neodporúča. Na zaistenie optimálneho výkonu by ste mali používať iba špičky Opentrons Flex s pipetami Flex.
Adaptér stojana na hroty
96-kanálová pipeta vyžaduje adaptér na správne pripevnenie plného stojana na špičky. Počas postupu pripevnenia sa pipeta presunie cez adaptér, spustí sa na upevňovacie kolíky a natiahne špičky na pipety zdvihnutím adaptéra a stojana na špičky.
OPENTRONS FLEX
89
KAPITOLA 5: LABWARE
Poznámka: Adaptér stojana na hroty používajte iba vtedy, keď naraz zbierate plný stojan na hroty. Keď zbierate menej hrotov, umiestnite stojany na hroty priamo na dosku.
Varovanie: Nebezpečenstvo privretia. Držte ruky mimo adaptéra stojana na špičky, kým pipeta pripája špičky.
Typ adaptéra Opentrons Flex 96 Tip Rack adaptér
Názov načítania API opentrons_flex_96_tiprack_adapter
Adaptér stojana na špičky je kompatibilný s Opentrons Flex Gripper. Uchopovač môžete použiť na umiestnenie stojanov na čerstvé špičky na adaptér alebo na zdvihnutie a presun použitých stojanov na špičky do odpadového žľabu.
5.5 Skúmavky a stojany na skúmavky
Systém Opentrons 4-v-1 Tube Rack štandardne funguje s Opentrons Flex. Používanie stojana na skúmavky 4 v 1 pomáha znížiť vaše pracovné zaťaženie pri príprave, pretože kombinácie, ktoré poskytuje, sú pripravené na automatizáciu hneď po vybalení. Ďalšie informácie sú dostupné aj v knižnici Opentrons Labware Library.
90
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
Kombinácie rúr a stojanov
Stojan na skúmavky Opentrons 4 v 1 podporuje širokú škálu veľkostí skúmaviek, jednotlivo alebo v rôznych kombináciách veľkostí (objemov). Patrí medzi ne: stojan so 6 skúmavkami pre 50 ml skúmavky (6 x 50 ml). Kombinovaný stojan na 10 skúmaviek pre štyri 50 ml skúmavky a šesť 15 ml skúmaviek (4 x 50 ml, 6 x 15 ml). Stojan na 15 skúmaviek pre 15 ml skúmavky (15 x 15 ml). Stojan na 24 skúmaviek pre 0.5 ml, 1.5 ml alebo 2 ml skúmavky (24 x 0.5 ml, 1.5 ml, 2 ml).
Poznámka: Všetky rúrky sú valcové s dnom v tvare V (kónické), pokiaľ nie je uvedené inak.
6-trubkové stojany
Typ skúmavky 6 Falcon 50 ml 6 NEST 50 ml
10-trubkové stojany
Skúmavka typu 4 Falcon 50 ml 6 Falcon 15 ml 4 Hniezdo 50 ml 6 HNO 15 ml
Názov načítania API opentrons_6_tuberack_falcon_50ml_conical opentrons_6_tuberack_nest_50ml_conical
API load name opentrons_10_tuberack_falcon_4x50ml_6x15ml_conical opentrons_10_tuberack_nest_4x50ml_6x15ml_conical
OPENTRONS FLEX
91
KAPITOLA 5: LABWARE
15-trubkové stojany
Typ skúmavky 15 Falcon 15 ml 15 NEST 15 ml
Názov načítania API opentrons_15_tuberack_falcon_15ml_conical opentrons_15_tuberack_nest_15ml_conical
24-trubkové stojany
Typ trubice
24 Eppendorf Safe-Lock 1.5 ml 24 Eppendorf Safe-Lock 2 ml, dno v tvare U 24 generický 2 ml skrutkovací uzáver 24 NEST 0.5 ml skrutkový uzáver 24 NEST 1.5 ml skrutkový uzáver 24 NEST 1.5 ml zaskakovací uzáver 24 NEST 2 ml skrutkovací uzáver 24 NEST 2 ml uzáver, dno v tvare U
Názov načítania API opentrons_24_tuberack_eppendorf_1.5ml_safelock_snapcap opentrons_24_tuberack_eppendorf_2ml_safelock_snapcap
opentrons_24_tuberack_generic_2ml_screwcap opentrons_24_tuberack_nest_0.5ml_screwcap opentrons_24_tuberack_nest_1.5ml_screwcap opentrons_24_tuberack_nest_1.5ml_snapcap opentrons_24_tuberack_nest_2ml_screwcap opentrons_24_tuberack_nest_2ml_snapcap
Definície API stojana na rúrky
Opentrons Labware Library definuje charakteristiky stojanov na skúmavky uvedené vyššie v samostatnom JSON files. Robot Flex a Opentrons Python API sa spoliehajú na tieto definície JSON pri práci s laboratórnym softvérom používaným vašimi protokolmi. NaprampKeď pracujete s API, funkcia ProtocolContext.load_labware akceptuje tieto názvy labwaru ako platné parametre vo vašom kóde. Názvy prepojených záťaží API sa pripájajú k definíciám laboratória stojana na skúmavky v úložisku Opentrons GitHub.
92
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
Vlastný laboratórny stojan na rúrky
Ak tu nie je uvedená kombinácia skúmavky a stojana, ktorú by ste chceli použiť, skúste vytvoriť vlastnú definíciu laboratórneho softvéru pomocou Opentrons Labware Creator. Vlastná definícia kombinuje všetky dimenzie, metadáta, tvary, objemovú kapacitu a ďalšie informácie v JSON file. Opentrons Flex číta tieto informácie, aby pochopil, ako pracovať s vašim vlastným laboratórnym softvérom. Viac informácií nájdete v časti Definície vlastného labwaru.
5.6 Hliníkové bloky
Hliníkové bloky sa dodávajú s teplotným modulom GEN2 a možno ich zakúpiť samostatne ako trojdielnu sadu. Súprava obsahuje platňu s plochým dnom, 24-jamkový blok a 96-jamkový blok.
Opentrons Flex používa hliníkové bloky na uchytenie sampskúmavky a platne s jamkami na teplotnom module alebo priamo na palube. Pri použití s teplotným modulom môžu hliníkové bloky udržať vaše sampskúmavky, prúžky PCR alebo platne pri konštantnej teplote medzi 4 °C a 95 °C.
Plochá spodná doska
Plochá spodná doska pre Flex sa dodáva s nosičom teplotného modulu a je kompatibilná s rôznymi ANSI/SLAS štandardnými jamkovými platňami. Táto plochá doska sa líši od dosky, ktorá sa dodáva so samotným teplotným modulom alebo so samostatnou trojdielnou súpravou. Má širšiu pracovnú plochu a skosené rohové spony. Tieto funkcie pomáhajú zlepšiť výkon Opentrons Flex Gripper pri premiestňovaní laboratórneho vybavenia na platňu alebo z nej.
Môžete povedať, akú plochú spodnú dosku máte, pretože tá pre Flex má na svojom hornom povrchu nápis „Opentrons Flex“. Ten pre OT-2 nie.
OPENTRONS FLEX
93
KAPITOLA 5: LABWARE
24-jamkový hliníkový blok
24-jamkový blok sa používa s jednotlivými sample fľaštičky. Naprample, prijíma sample fľaštičky, ktoré:
Majú dno v tvare V alebo U. Zaistite obsah pomocou zaskakovacích uzáverov alebo skrutkovacích uzáverov. Podržte kvapalinu v objemoch 0.5 ml, 1.5 ml a 2 ml.
96-jamkový hliníkový blok
96-jamkový blok podporuje širokú škálu typov doštičiek s jamkami. Napríkladample, prijíma platničky, ktoré sú:
Od hlavných výrobcov platní ako Bio-Rad a NEST.
Navrhnuté s dnami v tvare V, U alebo plochými dnami.
Navrhnuté so 100 ul alebo 200 ul jamkami.
Je tiež kompatibilný s generickými prúžkami PCR.
Samostatné adaptéry
Termoblok Flex s plochým dnom 24-jamkový hliníkový blok 96-jamkový hliníkový blok
Názov načítania API opentrons_aluminium_flat_bottom_plate Pozrite si nižšie uvedené kombinácie laboratórneho softvéru. opentrons_96_well_aluminium_block
Kombinácie hliníkového bloku laboratórneho vybavenia
Opentrons Labware Library podporuje nasledujúce kombinácie blokov, liekoviek a jamkových platní, ktoré sú tiež definované v samostatnej definícii laboratórneho softvéru JSON files. Robot Flex a Opentrons Python API
94
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
spoliehajte sa na tieto definície JSON pri práci s laboratórnym softvérom používaným vašimi protokolmi. NaprampKeď pracujete s API, funkcia ProtocolContext.load_labware akceptuje tieto názvy labwaru ako platné parametre vo vašom kóde. Tabuľky nižšie uvádzajú predvolené kombinácie blokov/kontajnerov a súvisiace názvy načítania API. Odkazy sa pripájajú k zodpovedajúcim definíciám JSON v úložisku Opentrons GitHub.
Poznámka: Všetky skúmavky majú dno v tvare V, pokiaľ nie je uvedené inak.
24-jamkové kombinácie hliníkových blokov
Obsah 24-jamkového bloku Všeobecný 2 ml skrutkovací uzáver NEST 0.5 ml skrutkovací uzáver NEST 1.5 ml skrutkový uzáver NEST 1.5 ml zaklapávací uzáver NEST 2 ml skrutkový uzáver NEST 2 ml zaklapávací uzáver, dno v tvare U
Názov API opentrons_24_aluminumblock_generic_2ml_screwcap opentrons_24_aluminumblock_nest_0.5ml_screwcap opentrons_24_aluminumblock_nest_1.5ml_screwcap opentrons_24_aluminumblock_nest_1.5mlumblock_nest_24ml uzáver opentrons_2_aluminumblock_nest_24ml_snapcap
96-jamkové kombinácie hliníkových blokov
Obsah 96-jamkového bloku Bio-Rad doštička s jamkami 200 µL Generic PCR strip 200 µL NEST doštička s jamkami 100 µL
Názov zaťaženia API opentrons_96_aluminumblock_biorad_wellplate_200uL opentrons_96_aluminumblock_generic_pcr_strip_200uL opentrons_96_aluminumblock_nest_wellplate_100uL
OPENTRONS FLEX
95
KAPITOLA 5: LABWARE
5.7 Labware a Opentrons Flex Gripper
Hoci Opentrons Flex funguje so všetkým inventárom v knižnici Labware, Opentrons Flex Gripper je kompatibilný len so špecifickými položkami laboratórneho softvéru. V súčasnosti je Gripper optimalizovaný na použitie s nasledujúcimi laboratórnymi položkami.
Kategória laboratórneho prístroja Platne s hlbokými jamkami Plne obložené 96 jamkové platne
Stojany na špičky (nefiltrované a filtrované špičky)
Značky
NEST 96 doštička s hlbokými jamkami 2 ml
Tvrdá 96-jamková doštička Opentrons 200 µL PCR Full Skirt NEST 96-jamková doska 200 µL plochá
Stojan na hroty Opentrons Flex 96 50 µL Stojan na hroty Opentrons Flex 96 200 µL Stojan na hroty Opentrons Flex 96 1000 µL
Poznámka: Najlepšie výsledky dosiahnete, ak použijete Flex Gripper iba s vyššie uvedeným laboratórnym vybavením. Flex Gripper môže pracovať s iným laboratórnym zariadením vyhovujúcim ANSI/SLAS, ale neodporúča sa to.
5.8 Definície vlastného laboratórneho softvéru
Ako je uvedené na začiatku tejto kapitoly, vlastný laboratórny softvér je laboratórny softvér, ktorý nie je uvedený v knižnici Opentrons Labware Library. S Flex môžete použiť iné bežné alebo jedinečné laboratórne položky presným meraním a zaznamenávaním charakteristík daného objektu a ukladaním týchto údajov do JSON. file. Po importovaní do aplikácie používa Flex a API tieto údaje JSON na interakciu s vaším laboratórnym softvérom. Opentrons poskytuje nástroje a služby, ktoré preskúmame nižšie, aby vám pomohli používať Flex s vlastným laboratórnym softvérom.
96
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
Vytváranie vlastných definícií laboratórneho softvéru
Nástroje a služby Opentrons vám pomôžu umiestniť vlastný laboratórny softvér na dosah. Tieto funkcie prispôsobujú rôzne úrovne zručností a spôsoby práce. Vytvorenie vlastného laboratórneho softvéru a jeho používanie s Opentrons Flex pomáha urobiť z robota všestranný a výkonný doplnok do vášho laboratória.
TVORCA LABWARE NA MIERU
Custom Labware Creator je bez kódu, webnástroj, ktorý používa grafické rozhranie, ktoré vám pomôže vytvoriť definíciu laboratórneho softvéru file. Labware Creator vytvára definíciu laboratórneho softvéru JSON file ktoré importujete do aplikácie Opentrons. Potom je váš vlastný laboratórny softvér dostupný pre robota Flex a Python API.
SLUŽBY LABWARE NA MIERU
Kontaktujte nás, ak laboratórny softvér, ktorý by ste chceli použiť, nie je dostupný v knižnici, ak si nemôžete vytvoriť vlastné definície, alebo preto, že vlastná položka obsahuje rôzne tvary, veľkosti alebo iné nepravidelnosti opísané nižšie.
Labware môžete definovať v Labware Creator
; Jamky a skúmavky sú jednotné a identické. ; Všetky riadky sú rovnomerne rozmiestnené
(medzera medzi riadkami je rovnaká).
; Všetky stĺpce sú rovnomerne rozmiestnené (medzera medzi stĺpcami je rovnaká).
; Perfektne sa zmestí do jedného palubného slotu.
Labware Opentrons potrebuje definovať ; Tvary studní a rúr sa líšia. ; Riadky nie sú rovnomerne rozmiestnené.
; Stĺpce nie sú rovnomerne rozmiestnené.
; Menší ako jeden slot na palube (vyžaduje adaptér) alebo zahŕňa viacero slotov na palube.
OPENTRONS FLEX
97
KAPITOLA 5: LABWARE
Tu je niekoľko diagramov, ktoré vám pomôžu predstaviť si exampvyššie popísané. Pravidelné Všetky stĺpce sú rovnomerne rozmiestnené a všetky riadky sú rovnomerne rozmiestnené. Stĺpce nemusia mať rovnaké rozostupy ako riadky.
Pravidelné Mriežka nemusí byť v strede laboratórneho vybavenia.
Nepravidelné riadky sú rozmiestnené rovnomerne, ale stĺpce nie sú rovnomerne rozmiestnené.
Nepravidelné Stĺpce/riadky sú rovnomerne rozmiestnené, ale jamky nie sú identické.
Nepravidelné Existuje viac ako jedna mriežka.
Náš tím pre laboratórny softvér sa bude snažiť pochopiť vaše potreby a navrhnúť pre vás vlastné definície laboratórneho softvéru. Ďalšie informácie nájdete v článkoch podpory Žiadosť o definíciu vlastného labwaru a Formulár žiadosti o vlastný labware. Toto je spoplatnená služba.
98
OPENTRONS FLEX
KAPITOLA 5: LABWARE
PYTHON API
Hoci nemôžete vytvoriť vlastný laboratórny softvér pomocou nášho API, môžete použiť vlastný laboratórny softvér s dostupnými metódami API. Najprv však musíte definovať svoj vlastný laboratórny softvér a importovať ho do aplikácie Opentrons. Po pridaní svojho laboratórneho softvéru do aplikácie Opentrons je k dispozícii pre Python API a robot. Viac informácií nájdete v časti Definície vlastného labwaru v dokumentácii k Python API. Informácie o písaní protokolových skriptov pomocou API nájdete v časti Python Protocol API v kapitole Vývoj protokolu.
Schéma laboratórneho softvéru JSON
JSON file je plán pre štandardný a vlastný laboratórny softvér Opentrons. Toto file obsahuje a organizuje údaje laboratória podľa špecifikácií návrhu nastavených predvolenou schémou.
Schéma je rámec
Dokumenty / zdroje
![]() |
opentrons FLEX FLEX Opentrons Flex Open Source robot na manipuláciu s kvapalinami [pdfNávod na obsluhu FLEX Opentrons Flex Open Source robot na manipuláciu s tekutinami, FLEX, Opentrons Flex Open Source robot na manipuláciu s tekutinami, Flex Open Source robot na manipuláciu s tekutinami, Open Source robot na manipuláciu s tekutinami, Robot na manipuláciu so zdrojovými tekutinami, Robot na manipuláciu s tekutinami, Robot na manipuláciu, Robot |