Olink NextSeq 2000 Истражете го системот за секвенционирање

Забелешка за документ

Упатството за корисникот Olink® Explore, doc nr. 1153, е застарено и е заменето со следните документи:

• Olink® Истражувај надview Упатство за употреба, доц бр. 1187
• Упатство за употреба на Olink® Explore 384, доц бр. 1188
• Упатство за употреба на Olink® Explore 4 x 384, доц бр. 1189
• Корисничко упатство за Olink® Explore 1536 & Expansion, доц бр. 1190
• Упатство за употреба на Olink® Explore 3072, доц бр. 1191
• Olink® Explore Sequencing using NextSeq 550 User Manual, doc nr. 1192
• Olink® Explore Sequencing using NextSeq 2000 User Manual, doc nr. 1193
• Olink® Explore Sequencing using NovaSeq 6000 User Manual, doc nr. 1194

Вовед

Наменета употреба

Olink® Explore е мултиплексна имунолошка платформа за откривање на биомаркери за човечки протеин. Производот е наменет само за истражувачка употреба, а не за употреба во дијагностички процедури. Лабораториската работа ќе ја води само обучен лабораториски персонал. Обработката на податоците ќе ја врши само обучен персонал. Резултатите треба да ги користат истражувачите во врска со други клинички или лабораториски наоди.

За овој прирачник

Ова упатство за употреба ги дава упатствата потребни за секвенционирање на Olink® Explore Libraries на Illumina® NextSeq™ 2000. Инструкциите мора строго и експлицитно да се следат. Секое отстапување низ лабораториските чекори може да резултира со оштетени податоци. Пред да започнете со лабораторискиот работен тек, консултирајте се со Olink® Explore Overview Упатство за употреба за вовед во платформата, вклучувајќи информации за реагенсите, потребната опрема и документација, надview на работниот тек, како и лабораториски упатства. За инструкции како да се користат комплетите за реагенси Olink® Explore, погледнете го применливото упатство за употреба на Olink® Explore. За обработка на податоци и анализа на резултатите од секвенцата на Olink® Explore, погледнете во Упатството за корисници на Olink® MyData Cloud. Сите трговски марки и авторски права содржани во овој материјал се сопственост на Olink® Proteomics AB, освен ако не е поинаку наведено.

Техничка поддршка

За техничка поддршка, контактирајте со Olink Proteomics на: support@olink.com.

Лабораториски упатства

Ова поглавје дава упатства за тоа како да се редат библиотеките Olink на NextSeq™ 2000 користејќи ги NextSeq™ 1000/2000 P2 реагенси (100 циклуси) v3. Протоколот што се користи за секвенционирање е адаптација на работниот тек на стандардниот Illumina® NGS за Illumina® NextSeq™ 2000. Пред да продолжите со секвенционирањето, проверете дали е потврден квалитетот на прочистената Olink библиотека. За инструкции за контрола на квалитетот, погледнете го применливото упатство за користење на Olink Explore.

Планирајте го секвенционирањето

Една Olink библиотека може да се секвенционира по проточна ќелија на NextSeq™ 2000 P2 и по извршување. Бројот на ќелии за проток на P2 и бегства потребни за секвенционирање на различните комплети за реагенси Olink Explore е опишан во Табела 1. Ако е потребно повеќе од едно извршување, повторете ги инструкциите опишани во ова упатство.

Табела 1. Планирање на извршување на секвенционирање

Комплет за реагенси Olink® Explore	Број на библиотеки Олинк	Број на проточни ќелии и работи
Комплет за реагенси Olink® Explore 384	1	1
Комплет за реагенси Olink® Explore 4 x 384	4	4
Комплет за реагенси Olink® Explore 1536	4	4
Комплет за експанзионен реагенс Olink® Explore	4	4
Комплет за реагенси Olink® Explore 3072	8	8

Инсталирајте го сопствениот рецепт на Olink®

Зачувајте го прилагодениот рецепт на Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 во соодветна папка со инструменти.

ЗАБЕЛЕШКА: Прилагодениот рецепт Olink ќе работи само со комплетот NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 и контролниот софтвер NextSeq™ 1000/2000 v1.2 или v1.4.

Подгответе реагенси за секвенционирање

Во текот на овој чекор, касетата со реагенс што содржи реагенси за групирање и секвенционирање се одмрзнува и ќелијата за проток се подготвува.

ПРЕДУПРЕДУВАЊЕ: Касетата за реагенс содржи потенцијално опасни хемикалии. Носете соодветна заштитна опрема и фрлете ги употребените реагенси во согласност со важечките стандарди. За повеќе информации, погледнете го системскиот водич за Illumina NextSeq 1000 и 2000 (документ #1000000109376).

Подгответе кертриџ за реагенс

Одмрзнувањето на неотворениот кертриџ може да се направи со три различни методи: на собна температура, во контролирана водена бања или во фрижидер.

Подгответе клупа

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 картриџ за реагенс (100 циклуси)

Инструкции

1. Одмрзнете ја касетата со реагенс како што е опишано во Табела 2.

Табела 2. Методи на одмрзнување на касетата со реагенс

Метод на одмрзнување	Инструкции
На собна температура	Без да ја отворите кесата со сребрена фолија, ставете ја замрзнатата касета со реагенс на клупата и одмрзнете ја на собна температура 9 часа. Не надминувајте 16 часа. Проверете дали етикетата на кесата е свртена нагоре и дека воздухот може да циркулира околу кертриџот.
Во водена бања	Без да ја отворите кесата од сребрена фолија, ставете ја замрзнатата касета со реагенс полупотопена во контролирана водена бања на 25 °C и оставете ја да се одмрзне 6 часа. Не надминувајте 8 часа. Проверете дали етикетата на кесата е свртена нагоре и дека кертриџот не се превртува за време на одмрзнувањето. Исушете го кертриџот темелно со хартиена крпа.
Во фрижидер	Без да ја отворите кесата со сребрена фолија, ставете ја патронот на клупата и одмрзнете ја на собна температура 6 часа. Проверете дали етикетата на кесата е свртена нагоре и дека воздухот може да циркулира околу кертриџот. Завршете го одмрзнувањето на кертриџот во фрижидер 12 часа. Не надминувајте 72 часа. Пред да трчате, извадете ја одмрзнатата неотворена кертриџ од фрижидерот и оставете ја да достигне собна температура најмалку 15 минути, но не повеќе од 1 час.

ЗАБЕЛЕШКА: Одмрзнатите касети не можат повторно да се замрзнат и мора да се чуваат на 4 °C, максимално време од 72 часа.

Подгответе ќелија за проток

Подгответе клупа

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Проточна ќелија

Инструкции

1. Доведете ја разладената проточна ќелија на собна температура 10-15 минути.

Подгответе Olink® библиотека за секвенционирање

За време на овој чекор, прочистената и контролирана со квалитет Olink библиотека се разредува до крајната концентрација на вчитување. Имајте предвид дека денатурацијата на библиотеката се врши автоматски на инструментот.

Подгответе клупа

• Lib Tube, подготвен во согласност со применливиот кориснички прирачник Olink Explore
• 1x RSB со Tween 20
• MilliQ вода
• 2 x микроцентрифуги цевки (1.5 mL)
• Рачна пипета (10, 100 и 1000 μL)
• Врвови за пипети за филтрирање

Пред да започнете

• Одмрзнете ја цевката Lib ако е замрзната.
• Одмрзнете го замрзнатиот RSB со Tween 20 на собна температура 10 минути. Да се ​​чува на +4 °C до употреба.
• Обележете ги двете нови микроцентрифуги од 1.5 mL на следниов начин:
  • Обележете една цевка „Дил“ (за разредена библиотека 1:100)
  • Означете една цевка „Seq“ (за библиотека подготвена за вчитување)

Инструкции

1. Додадете 495 μL MilliQ вода во Dil Tube.
2. Завртете ја цевката Lib и накратко завртете ја надолу.
3. Рачно префрлете 5 μL од Lib Tube во Dil Tube.
4. Завртете ја Dil Tube-та и завртете ја накратко.
5. Додадете 20 μL RBS со Tween 20 во Seq Tube.
6. Рачно префрлете 20 μL од Dil Tube во Seq Tube.
7. Завртете ја Seq Tube-та и завртете ја накратко.
8. Веднаш продолжете до 2.5 Ставете ја проточната ќелија и Olink® Library во касетата за реагенс.

ЗАБЕЛЕШКА: Чувајте ги Lib Tube(ите) на -20 °C во случај на потенцијално повторување(и).

Ставете ја проточната ќелија и библиотеката Olink® во кертриџот за реагенс

За време на овој чекор, ќелијата за проток и разредената Olink библиотека се вчитуваат во касетата за одмрзнат реагенс.

Подгответе клупа

• 1x одмрзнат кертриџ за реагенс NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 циклуси), подготвен во претходниот чекор
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Проточна ќелија, подготвена во претходниот чекор
• Seq Tube (со разредена Olink библиотека подготвена за вчитување), подготвена во претходниот чекор
• Рачна пипета (100 μL)
• Врв на пипета (1 mL)

Подгответе го кертриџот

1. Отстранете ја касетата од кесата со сребрена фолија.
2. Превртете го кертриџот десет пати за темелно да ги измешате одмрзнатите реагенси внатре.

ЗАБЕЛЕШКА: Нормално е да се слушне ѕвонење на внатрешните компоненти.

Ставете ја проточната ќелија во кертриџот

1. Кога сте подготвени да ја ставите проточната ќелија во кертриџот, отстранете ја проточната ќелија од пакувањето. Држете ја проточната ќелија за сивата картичка, со етикетата на јазичето свртена нагоре. Користете нови ракавици без прашок за да избегнете контаминирање на стаклената површина на ќелијата за проток.
2. Вметнете ја проточната ќелија во отворот за проточна ќелија на предниот дел од касетата. Звучен клик покажува дека ќелијата за проток е правилно поставена.
3. Отстранете го сивото јазиче со извлекување.

Ставете ја библиотеката Olink® во кертриџот

1. Прободете го резервоарот на библиотеката со чист врв на пипета од 1 ml.
2. Ставете 20 μL од библиотеката Olink од Seq Tube во дното на резервоарот на библиотеката.

Изведете секвенционирање на Olink®

За време на овој чекор, кертриџот Buffer со вчитаната проточна ќелија и Olink библиотеката се вчитува во NextSeq™ 2000, а секвенционирањето започнува со користење на рецептот Olink.

Подгответе клупа

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 картриџ за реагенс (100 циклуси) наполнет со NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow ќелијата и разредената Olink библиотека, подготвена во претходниот чекор.

Конфигурирајте го режимот на извршување

1. Од менито за контролен софтвер, изберете Поставки.
2. Под BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, изберете Local Run Setup.
3. Изберете Само проактивна поддршка како дополнителни поставки. Оваа функција бара интернет конекција.
4. Изберете ја локацијата за хостирање за вашите податоци. Локацијата на хостинг треба да биде во или блиску до вашиот регион.
5. Поставете ја локацијата на излезната папка за тековните необработени податоци. Изберете Изберете за навигација и изберете ја излезната папка.
6. Изберете го полето за избор Denature and Dilute On Board за автоматско денатурирање и разредување на библиотеката на инструментот.
7. Изберете го полето за избор Purge Reagent Cartridge за автоматски да се исчистат неискористените реагенси во одделот за потрошени реагенси на кертриџот.
8. Изберете го полето за избор Автоматска проверка за ажурирања на софтвер за автоматска проверка за ажурирања на софтверот (опционално). Оваа функција бара интернет конекција.
9. Изберете Зачувај.

Поставете параметри за извршување

ЗАБЕЛЕШКА: Ова упатство се однесува на верзијата 1.4 на контролниот софтвер NextSeq™ 1000/2000. Некои од чекорите опишани подолу може да бидат различни кога се користи верзијата v1.2

1. Од менито за контролен софтвер, изберете Start.
2. Изберете Manually Set Up New Run и притиснете Setup.
3. На страницата Run Setup, поставете ги параметрите за извршување на следниов начин:
   • Во полето Run Name, внесете единствен ID на експериментот.
   • Во паѓачката листа Тип на читање, изберете ја опцијата Еднократно читање.
   • Внесете го бројот на циклуси на следниов начин:
     • Прочитајте 1: 24
     • Индекс 1: 0
     • Индекс 2: 0
     • Прочитајте 2: 0

ЗАБЕЛЕШКА: Од клучно значење е Читање 1 да биде поставено на 24, инаку целото извршување ќе пропадне. Игнорирајте ги предупредувачките пораки кога го внесувате бројот на циклуси.

• Во паѓачката листа Custom Primer Wells, изберете No.
• Во полето Прилагоден рецепт (изборно), изберете Изберете за навигација и изберете го приспособениот рецепт XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Изберете Отвори.
• Не увезувајте SampЛе Лист.
• Проверете дали локацијата на излезната папка е точна. Во спротивно, изберете Изберете за навигација и изберете ја саканата локација на излезната папка.
• Во полето Denature and Dilute Onboard, изберете Enabled од паѓачката листа.
• Изберете Подготовка.

Ставете го наполнетиот кертриџ

1. Изберете Вчитај. Визирот на инструментот се отвора и фиоката се исфрла.
2. Ставете го наполнетиот кертриџ на фиоката со етикетата свртена нагоре и ќелијата за проток во инструментот.
3. Изберете Затвори.
4. Откако касетата е правилно наполнета, потврдете ги параметрите за извршување и изберете Секвенца. Инструментот врши проверки однапред за инструментот и флуидиката.
   • ЗАБЕЛЕШКА: За време на проверката на течности, се очекува да се слушнат неколку звуци на пукање.
5. Проверете дали трчањето започнува откако ќе се завршат автоматските проверки пред стартување (~15 минути). Времето на извршување на секвенционирањето е приближно 10h30 мин.
   • ЗАБЕЛЕШКА: За какви било неуспеси во проверката пред стартување, погледнете ги упатствата на производителот. Внимавајте да не налетате или на друг начин да го нарушите NextSeq™ 2000 за време на извршувањето на секвенционирањето. Инструментот е чувствителен на вибрации.
6. Исчистете ја работната површина.

Следете го напредокот на извршувањето

Олинк користи NGS како отчитување за да ја измери количината на позната низа со цел да ја процени концентрацијата на даден протеин во samples (во однос на другите сamples). Квалитетот на податоците од секое извршување на секвенционирање на Explore главно се определува со параметрите за QC уникатни за технологијата Olink. Оттука, стандардните метрики за контрола на квалитетот што се користат во конвенционалните NGS, како што е Q-score, се помалку критични.

Исфрлете ја и фрлете ја касетата по пуштањето

ПРЕДУПРЕДУВАЊЕ: Овој сет на реагенси содржи потенцијално опасни хемикалии. Носете соодветна заштитна опрема и фрлете ги употребените реагенси во согласност со важечките стандарди. За повеќе информации, погледнете го системскиот водич за Illumina NextSeq 1000 и 2000 (документ #1000000109376).

1. Кога ќе заврши извршувањето, изберете Извадете ја кертриџот.
   • ЗАБЕЛЕШКА: Искористениот кертриџ со проточна ќелија може да се остави на место до следното пуштање, но не повеќе од 3 дена.
2. Отстранете ја касетата од фиоката.
3. Отстранете ги реагенсите во согласност со важечките стандарди.
4. Изберете Затвори врата. Фиоката е повторно наполнета.
5. Изберете Home за да се вратите на почетниот екран.
   • ЗАБЕЛЕШКА: Бидејќи кертриџот ги содржи сите механизми за работа на системот, како и резервоар за собирање на искористените реагенси, нема потреба од миење на инструментот по испуштањето.

Историја на ревизии

Верзија	Датум	Опис
1.0	2021-12-01	Ново

www.olink.com

Само за истражувачка употреба. Не е за употреба во дијагностички процедури.

Овој производ вклучува лиценца за некомерцијална употреба на производите на Olink. Комерцијалните корисници може да бараат дополнителни лиценци. Ве молиме контактирајте со Olink Proteomics AB за детали. Нема гаранции, изразени или имплицирани, кои се протегаат надвор од овој опис. Olink Proteomics AB не е одговорен за имотна штета, лична повреда или економска загуба предизвикана од овој производ. Следната трговска марка е во сопственост на Olink Proteomics AB: Olink®. Овој производ е покриен со неколку патенти и апликации за патенти достапни на https://www.olink.com/patents/.

© Авторски права 2021 Olink Proteomics AB. Сите заштитни знаци на трети лица се сопственост на нивните соодветни сопственици.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Документи / ресурси

Olink NextSeq 2000 Истражете го системот за секвенционирање [pdf] Упатство за користење NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Референци

• Упатство за употреба