Olink NextSeq 2000 Ye Sequencing System

Akọsilẹ iwe

Iwe afọwọkọ olumulo Olink® Explore, doc nr 1153, jẹ ti atijo, ati pe o ti rọpo nipasẹ awọn iwe aṣẹ wọnyi:

• Olink® Ye Loriview Ilana olumulo, doc nr 1187
• Olink® Ṣawari 384 Itọsọna olumulo, doc nr 1188
• Olink® Ṣawari 4 x 384 Itọsọna olumulo, doc nr 1189
• Olink® Ṣawari 1536 & Ilana Imugboroosi olumulo, doc nr 1190
• Olink® Ṣawari 3072 Itọsọna olumulo, doc nr 1191
• Olink® Ṣewadii Titosi ni lilo NextSeq 550 Afọwọṣe olumulo, doc nr 1192
• Olink® Ṣewadii Titosi ni lilo NextSeq 2000 Afọwọṣe olumulo, doc nr 1193
• Olink® Ṣewadii Tito-tẹle nipa lilo NovaSeq 6000 Itọsọna olumulo, doc nr 1194

Ọrọ Iṣaaju

Lilo ti a pinnu

Olink® Explore jẹ pẹpẹ imunoassay multiplex fun iṣawari biomarker amuaradagba eniyan. Ọja naa jẹ ipinnu fun Lilo Iwadi Nikan, kii ṣe fun lilo ninu awọn ilana iwadii aisan. Iṣẹ ile-iyẹwu yoo jẹ ṣiṣe nipasẹ awọn oṣiṣẹ ile-iṣẹ ti oṣiṣẹ nikan. Ṣiṣẹ data yoo ṣee ṣe nipasẹ oṣiṣẹ oṣiṣẹ nikan. Awọn abajade jẹ itumọ lati jẹ lilo nipasẹ awọn oniwadi ni apapo pẹlu awọn iwadii ile-iwosan miiran tabi yàrá.

Nipa yi Afowoyi

Itọsọna Olumulo yii n pese awọn ilana ti o nilo lati tẹle Olink® Ṣawari Awọn ile-ikawe lori Illumina® NextSeq™ 2000. Awọn ilana gbọdọ wa ni muna ati tẹle ni gbangba. Eyikeyi iyapa jakejado awọn igbesẹ yàrá le ja si data ailagbara. Ṣaaju ki o to bẹrẹ iṣan-iṣẹ yàrá, kan si Olink® Explore Overview Itọsọna olumulo fun ifihan si pẹpẹ, pẹlu alaye nipa awọn reagents, itanna ati iwe ti nilo, ohun pariview ti iṣan-iṣẹ, bi daradara bi awọn itọnisọna yàrá. Fun awọn ilana lori bi o ṣe le ṣiṣẹ Olink® Explore Reagent Kits, tọka si Itọsọna olumulo Olink® Ṣawari ti o wulo. Fun sisẹ data ati itupalẹ awọn abajade atẹle Olink® Ṣawari, tọka si Itọsọna Olumulo Awọsanma MyData Olink. Gbogbo awọn aami-išowo ati awọn aṣẹ lori ara ti o wa ninu ohun elo yii jẹ ohun-ini ti Olink® Proteomics AB, ayafi bibẹẹkọ ti sọ.

Oluranlowo lati tun nkan se

Fun atilẹyin imọ-ẹrọ, kan si Olink Proteomics ni: support@olink.com.

Awọn ilana yàrá

Ori yii n pese awọn itọnisọna lori bi o ṣe le tẹle awọn ile-ikawe Olink lori NextSeq™ 2000 ni lilo NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3. Ilana ti a lo fun tito-tẹle jẹ aṣamubadọgba ti iṣan-iṣẹ iṣan-iṣẹ Illumina® boṣewa NGS fun Illumina® NextSeq ™ 2000. Ṣaaju ki o to tẹsiwaju si ọkọọkan, rii daju pe didara ile-ikawe Olink mimọ ti jẹri. Tọkasi Itọsọna Olumulo Olink Ṣawari ti o wulo fun awọn itọnisọna nipa iṣakoso didara.

Gbero ṣiṣe ṣiṣe atẹle naa

Ile-ikawe Olink kan le ṣe tito lẹsẹsẹ fun NextSeq™ 2000 P2 sẹẹli sisan ati fun ṣiṣe. Nọmba awọn sẹẹli sisan P2 ati awọn ṣiṣe ti o nilo lati tẹle awọn oriṣiriṣi Olink Explore Reagent Kits ti wa ni apejuwe ninu Table 1. Ti o ba nilo ṣiṣe ju ọkan lọ, tun awọn ilana ti a ṣalaye ninu iwe afọwọkọ yii ṣe.

Table 1. Sequencing run igbogun

Olink® Ye Reagent Apo	Nọmba ti Olink Library	Nọmba awọn sẹẹli ṣiṣan ati ṣiṣe (s)
Olink® Ye 384 Reagent Apo	1	1
Olink® Ye 4 x 384 Reagent Kit	4	4
Olink® Ye 1536 Reagent Apo	4	4
Olink® Ye Imugboroosi Reagent Apo	4	4
Olink® Ye 3072 Reagent Apo	8	8

Fi sori ẹrọ ilana aṣa aṣa Olink

Ṣafipamọ ilana aṣa aṣa Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 ninu folda irinse ti o yẹ.

AKIYESI: Ohunelo aṣa Olink yoo ṣiṣẹ nikan pẹlu NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 kit ati NextSeq ™ 1000/2000 sọfitiwia iṣakoso v1.2 tabi v1.4.

Mura lesese reagents

Lakoko igbesẹ yii, katiriji reagent ti o ni iṣupọ ati awọn reagents atẹle jẹ yo ati sẹẹli sisan ti mura.

IKILO: Katiriji reagent ni awọn kemikali ti o lewu ninu. Wọ ohun elo aabo to pe ki o sọ awọn reagenti ti a lo ni ibamu pẹlu awọn iṣedede to wulo. Fun alaye diẹ sii, tọka si Illumina NextSeq 1000 ati Itọsọna Eto 2000 (iwe #1000000109376).

Mura reagent katiriji

Gbigbe katiriji ti ko ṣii le ṣee ṣe ni lilo awọn ọna oriṣiriṣi mẹta: ni iwọn otutu yara, ni iwẹ omi ti a ṣakoso, tabi ni firiji.

Mura ibujoko

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Katiriji (awọn iyipo 100)

Awọn ilana

1. Di katiriji reagent bi a ti ṣalaye ninu Tabili 2.

Table 2. Reagent katiriji thawing awọn ọna

Ọna gbigbẹ	Awọn ilana
Ni iwọn otutu yara	Laisi ṣiṣi apo bankanje fadaka, gbe katiriji reagent tio tutunini lori ibujoko ki o tu ni iwọn otutu yara fun wakati 9. Maṣe kọja wakati 16. Rii daju pe aami apo dojukọ si oke ati pe afẹfẹ le tan kaakiri katiriji naa.
Ninu iwẹ omi	Laisi ṣiṣi apo bankanje fadaka, gbe katiriji reagent tio tutunini ni idaji-sinu iwẹ omi 25 °C ti iṣakoso ati jẹ ki o yo fun awọn wakati 6. Maṣe kọja wakati 8. Rii daju pe aami apo dojukọ si oke ati pe katiriji ko yipada lakoko gbigbona. Gbẹ katiriji naa daradara pẹlu toweli iwe.
Ninu firiji	Laisi ṣiṣi apo bankanje fadaka, gbe katiriji sori ibujoko ki o tu ni iwọn otutu yara fun wakati 6. Rii daju pe aami apo dojukọ si oke ati pe afẹfẹ le tan kaakiri katiriji naa. Pari thawing katiriji ninu firiji fun wakati 12. Maṣe kọja awọn wakati 72. Ṣaaju ṣiṣe, yọ katiriji ti a ko ṣii kuro ninu firiji ki o jẹ ki o de iwọn otutu yara nigba o kere ju iṣẹju 15, ṣugbọn kii ṣe ju wakati 1 lọ.

AKIYESI: Awọn katiriji ti a yo ko le tun di tutu ati pe o gbọdọ wa ni ipamọ ni 4 °C, fun akoko ti o pọju ti awọn wakati 72.

Mura sisan sẹẹli

Mura ibujoko

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Awọn ilana

1. Mu sẹẹli sisan ti o tutu si iwọn otutu yara fun iṣẹju 10-15.

Mura Ile-ikawe Olink® fun tito lẹsẹsẹ

Lakoko igbesẹ yii, ile-ikawe Olink ti a sọ di mimọ ati didara ti wa ni ti fomi si ifọkansi ikojọpọ ikẹhin. Ṣe akiyesi pe denaturation ile-ikawe ni a ṣe laifọwọyi lori inu ohun elo naa.

Mura ibujoko

• Lib Tube, ti a pese sile ni ibamu si Ilana Olumulo Olink Ṣawari
• 1x RSB pẹlu Tween 20
• MiliQ omi
• 2x Awọn tubes Microcentrifuge (1.5 milimita)
• Pipette afọwọṣe (10, 100 ati 1000 μL)
• Filter pipette awọn italolobo

Ṣaaju ki o to bẹrẹ

• Thaw awọn Lib Tube ti o ba ti di aotoju.
• Yọ RSB tio tutunini pẹlu Tween 20 ni iwọn otutu yara fun iṣẹju mẹwa 10. Fipamọ ni +4 °C titi ti lilo.
• Samisi awọn tubes microcentrifuge 1.5 milimita tuntun bi atẹle:
  • Samisi tube kan “Dil” (fun Ile-ikawe ti a fomi 1:100)
  • Samisi tube kan "Seq" (fun setan lati gbe ile-ikawe)

Awọn ilana

1. Fi 495 μL ti omi MilliQ si Dil Tube.
2. Vortex awọn Lib Tube ki o si yi lọ si isalẹ ni soki.
3. Gbigbe 5 μL pẹlu ọwọ lati Lib Tube si Dil Tube.
4. Vortex awọn Dil Tube ati yiyi o si isalẹ ni soki.
5. Ṣafikun 20 μL ti RBS pẹlu Tween 20 si Seq Tube.
6. Gbigbe 20 μL pẹlu ọwọ lati Dil Tube si Seq Tube.
7. Vortex awọn Seq Tube ki o si yi lọ si isalẹ ni soki.
8. Lẹsẹkẹsẹ tẹsiwaju si sẹẹli ṣiṣan fifuye 2.5 ati Ile-ikawe Olink® sinu katiriji reagent.

AKIYESI: Tọju tube (s) Lib ni -20 °C ni ọran ti awọn atunwi ti o pọju.

Fifuye sisan cell ati Olink® Library sinu reagent katiriji

Lakoko igbesẹ yii, sẹẹli sisan ati Ile-ikawe Olink ti fomi ni a kojọpọ sinu katiriji reagent thawed.

Mura ibujoko

• 1x thawed NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (awọn iyipo 100), ti pese sile ni igbesẹ iṣaaju
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, pese sile ni igbesẹ ti tẹlẹ
• Seq Tube (pẹlu setan lati fifuye ile-ikawe Olink ti fomi), ti pese sile ni igbesẹ ti tẹlẹ
• Pipette afọwọṣe (100 μL)
• Pipette sample (1 milimita)

Ṣetan katiriji naa

1. Yọ katiriji kuro ninu apo bankanje fadaka.
2. Yi katiriji pada ni igba mẹwa lati dapọ awọn reagents thawed daradara laarin.

AKIYESI: O jẹ deede lati gbọ jingling awọn paati inu.

Gbe awọn sẹẹli sisan sinu katiriji

1. Nigbati o ba ṣetan lati fifuye sẹẹli sisan sinu katiriji, yọ sẹẹli sisan kuro ninu package. Mu sẹẹli sisan mu nipasẹ taabu grẹy, pẹlu aami lori taabu ti nkọju si oke. Lo awọn ibọwọ ọfẹ lulú tuntun lati yago fun idoti dada gilasi ti sẹẹli sisan.
2. Fi sẹẹli sisan sinu iho sẹẹli sisan ni iwaju katiriji naa. Titẹ ti o gbọ n tọka si pe sẹẹli sisan ti wa ni titọ gbe.
3. Yọ taabu grẹy kuro nipa fifaa jade.

Gbe ile-ikawe Olink® sinu katiriji naa

1. Gigun ifiomipamo ile-ikawe pẹlu itọpa pipette 1 milimita mimọ.
2. Fifuye 20 μL ti Ile-ikawe Olink lati Seq Tube sinu isalẹ ti ibi ipamọ ile-ikawe naa.

Ṣe Olink® ṣiṣe ṣiṣe

Lakoko igbesẹ yii, katiriji Buffer pẹlu sẹẹli sisan ti kojọpọ ati Ile-ikawe Olink ti wa ni ti kojọpọ sinu NextSeq ™ 2000, ati ṣiṣe ṣiṣe atẹle naa bẹrẹ ni lilo ohunelo Olink.

Mura ibujoko

• 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (awọn iyipo 100) ti kojọpọ pẹlu NextSeq ™ 1000/2000 P2 Flow Cell ati Ile-ikawe Olink ti fomi, ti pese sile ni igbesẹ iṣaaju.

Tunto Ipo Ṣiṣe

1. Lati akojọ iṣakoso software, yan Eto.
2. Labẹ BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, yan Ṣiṣeto Ṣiṣe Agbegbe.
3. Yan Atilẹyin Iṣeduro Nikan gẹgẹbi awọn eto afikun. Iṣẹ yii nilo asopọ intanẹẹti kan.
4. Yan awọn alejo ipo fun data rẹ. Ipo alejo gbigba yẹ ki o wa ni tabi sunmọ agbegbe rẹ.
5. Ṣeto ipo folda Ijade fun data aise ṣiṣe lọwọlọwọ. Yan Yan lati lilö kiri ko si yan folda ti o wu jade.
6. Yan apoti ayẹwo Denature ati Dilute On Board lati ṣe denature laifọwọyi ati dilute Ile-ikawe inu ohun elo naa.
7. Yan apoti apoti Katiriji Purge Reagent lati nu laifọwọyi awọn reagents ti a ko lo si apakan awọn reagents ti o lo ti katiriji naa.
8. Yan Autocheck fun awọn imudojuiwọn sọfitiwia apoti lati ṣayẹwo laifọwọyi fun awọn imudojuiwọn sọfitiwia (aṣayan). Iṣẹ yii nilo asopọ intanẹẹti kan.
9. Yan Fipamọ.

Ṣeto awọn paramita ṣiṣe

AKIYESI: Ilana yii kan si ẹya 1.4 ti sọfitiwia iṣakoso NextSeq™ 1000/2000. Diẹ ninu awọn igbesẹ ti a ṣalaye ni isalẹ le yatọ nigba lilo ẹya v1.2

1. Lati akojọ iṣakoso software, yan Bẹrẹ.
2. Yan Fi ọwọ Ṣeto Ṣiṣe Tuntun ki o tẹ Eto.
3. Ni oju-iwe Ṣiṣe Ṣiṣe, ṣeto awọn aye ṣiṣe bi atẹle:
   • Ni awọn Run Name aaye, tẹ a oto ṣàdánwò ID.
   • Ni awọn Ka Iru jabọ-silẹ akojọ, yan awọn Nikan Ka aṣayan.
   • Tẹ nọmba awọn iyika sii bi atẹle:
     • Ka 1: 24
     • Atọka 1: 0
     • Atọka 2: 0
     • Ka 2: 0

AKIYESI: O ṣe pataki pe Ka 1 ti ṣeto si 24, bibẹẹkọ gbogbo ṣiṣe yoo kuna. Foju awọn ifiranṣẹ ikilọ nigba titẹ nọmba awọn iyipo sii.

• Ni Aṣa Primer Wells atokọ jabọ-silẹ, yan Bẹẹkọ.
• Ni aaye Ohunelo Aṣa (aṣayan), yan Yan lati lilö kiri ati yan ohunelo aṣa XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Yan Ṣii.
• Maṣe gbe Sample Sheet.
• Rii daju pe ipo folda Ijade tọ. Bibẹẹkọ, yan Yan lati lilö kiri ati yan ipo folda ti o wu ti o fẹ.
• Ni aaye Denature ati Dilute Onboard, yan Ṣiṣẹ lati inu akojọ-isalẹ.
• Yan Igbaradi.

Kojọpọ katiriji ti kojọpọ

1. Yan Fifuye. Visor irinse yoo ṣii ati pe atẹwe naa ti jade.
2. Gbe katiriji ti kojọpọ sori atẹ pẹlu aami ti nkọju si oke ati sẹẹli sisan inu ohun elo naa.
3. Yan Pade.
4. Ni kete ti katiriji ti kojọpọ daradara, ṣayẹwo awọn aye ṣiṣe ati yan Ọkọọkan. Ohun elo naa n ṣe awọn sọwedowo iṣaaju-ṣiṣe fun ohun elo ati awọn olomi.
   • AKIYESI: Lakoko ayẹwo ṣiṣan omi, o nireti lati gbọ ọpọlọpọ awọn ohun yiyo.
5. Rii daju pe ṣiṣe bẹrẹ lẹhin ti awọn sọwedowo iṣaaju-ṣiṣe laifọwọyi ti pari (~ iṣẹju 15). Akoko ṣiṣe ṣiṣe ilana jẹ isunmọ 10h30 min.
   • AKIYESI: Fun eyikeyi awọn ikuna ayẹwo iṣaaju-ṣiṣe, tọka si awọn itọnisọna olupese. Ṣọra ki o maṣe kọlu tabi bibẹẹkọ ṣe idamu NextSeq™ 2000 lakoko ṣiṣe ilana-tẹle. Ohun elo naa jẹ ifarabalẹ si awọn gbigbọn.
6. Mọ agbegbe iṣẹ.

Bojuto Run Progress

Olink nlo NGS gẹgẹbi kika kika lati ṣe iwọn iye ti ọna ti a mọ lati le ṣe iṣiro ifọkansi ti amuaradagba ti a fun ni s.amples (i ibatan si awọn samples). Didara data lati ọkọọkan Ṣawari ṣiṣe ṣiṣe atẹle jẹ ipinnu nipataki nipasẹ awọn aye QC alailẹgbẹ si imọ-ẹrọ Olink. Nitorinaa, awọn metiriki iṣakoso didara boṣewa ti a lo ni NGS ti aṣa, gẹgẹbi Q-score, ko ṣe pataki.

Jade ati sọ katiriji naa silẹ lẹhin ṣiṣe

IKILO: Eto ti awọn reagents ni awọn kemikali ti o lewu ninu. Wọ ohun elo aabo to pe ki o sọ awọn reagenti ti a lo ni ibamu pẹlu awọn iṣedede to wulo. Fun alaye diẹ sii, tọka si Illumina NextSeq 1000 ati Itọsọna Eto 2000 (iwe #1000000109376).

1. Nigbati ṣiṣe ba ti pari, yan Katiriji Kọ jade.
   • AKIYESI: Katiriji ti a lo pẹlu sẹẹli sisan le fi silẹ ni aaye titi di igba ti o tẹle, ṣugbọn ko ju ọjọ mẹta lọ.
2. Yọ katiriji kuro ninu atẹ.
3. Sọ awọn reagents silẹ ni ibamu pẹlu awọn iṣedede to wulo.
4. Yan Titi ilẹkun. Ti gbe atẹ naa pada.
5. Yan Ile lati pada si Iboju ile.
   • AKIYESI: Niwọn igba ti katiriji naa ni gbogbo awọn ọna ṣiṣe lati ṣiṣe eto naa, bakanna bi ifiomipamo lati gba awọn reagents ti a lo, ko si iwulo fun fifọ ohun elo lẹhin ṣiṣe.

Àtúnyẹwò itan

Ẹya	Ọjọ	Apejuwe
1.0	2021-12-01	Tuntun

www.olink.com

Fun Lilo Iwadi Nikan. Kii ṣe fun Lilo ninu Awọn ilana Aisan.

Ọja yii pẹlu iwe-aṣẹ fun lilo kii ṣe ti owo ti awọn ọja Olink. Awọn olumulo ti iṣowo le nilo awọn iwe-aṣẹ afikun. Jọwọ kan si Olink Proteomics AB fun awọn alaye. Ko si awọn atilẹyin ọja, ti a fihan tabi mimọ, eyiti o fa kọja apejuwe yii. Olink Proteomics AB ko ṣe oniduro fun ibajẹ ohun-ini, ipalara ti ara ẹni, tabi ipadanu eto-ọrọ aje ti o ṣẹlẹ nipasẹ ọja yii. Aami-iṣowo atẹle jẹ ohun ini nipasẹ Olink Proteomics AB: Olink®. Ọja yii ni aabo nipasẹ ọpọlọpọ awọn itọsi ati awọn ohun elo itọsi ti o wa ni https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Gbogbo awọn aami-išowo ẹnikẹta jẹ ohun-ini ti awọn oniwun wọn.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Awọn iwe aṣẹ / Awọn orisun

Olink NextSeq 2000 Ye Sequencing System [pdf] Afowoyi olumulo NextSeq 2000, Ṣewadii Eto Atẹlesẹ, NextSeq 2000 Ṣewadii Eto Atẹle

Awọn itọkasi

• Itọsọna olumulo