Olink NextSeq 2000 Jelajahi Panduan Pengguna Sistem Pengurutan

Olink® Explore adalah platform immunoassay multipleks untuk penemuan biomarker protein manusia. Produk ini ditujukan hanya untuk Penggunaan Riset, dan bukan untuk digunakan dalam prosedur diagnostik. Pekerjaan laboratorium hanya boleh dijalankan oleh staf laboratorium terlatih. Pemrosesan data hanya boleh dilakukan oleh staf terlatih. Hasilnya dimaksudkan untuk digunakan oleh para peneliti dalam hubungannya dengan temuan klinis atau laboratorium lainnya.

Tentang manual ini

Panduan Pengguna ini memberikan instruksi yang diperlukan untuk mengurutkan Olink® Explore Libraries di Illumina® NextSeq™ 2000. Instruksi harus diikuti secara ketat dan eksplisit. Penyimpangan apa pun selama langkah-langkah laboratorium dapat mengakibatkan data yang rusak. Sebelum memulai alur kerja laboratorium, konsultasikan dengan Olink® Explore Overview Panduan Pengguna untuk pengenalan platform, termasuk informasi tentang reagen, peralatan, dan dokumentasi yang diperlukan, dan seterusnyaview alur kerja, serta pedoman laboratorium. Untuk instruksi tentang cara menjalankan Kit Reagen Olink® Explore, lihat Panduan Pengguna Olink® Explore yang berlaku. Untuk pemrosesan data dan analisis hasil urutan Olink® Explore, lihat Panduan Pengguna Olink® MyData Cloud. Semua merek dagang dan hak cipta yang terkandung dalam materi ini adalah milik Olink® Proteomics AB, kecuali dinyatakan lain.

Dukungan teknis

Untuk dukungan teknis, hubungi Olink Proteomics di: dukungan@olink.com.

instruksi laboratorium

Bab ini memberikan instruksi tentang cara mengurutkan Perpustakaan Olink pada NextSeq™ 2000 menggunakan Reagen NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 Siklus) v3. Protokol yang digunakan untuk pengurutan adalah adaptasi dari alur kerja NGS standar Illumina® untuk Illumina® NextSeq™ 2000. Sebelum melanjutkan pengurutan, pastikan kualitas Perpustakaan Olink yang dimurnikan telah diverifikasi. Lihat Panduan Pengguna Olink Explore yang berlaku untuk instruksi tentang kontrol kualitas.

Rencanakan proses pengurutan

Satu Perpustakaan Olink dapat diurutkan per sel aliran NextSeq™ 2000 P2 dan per proses. Jumlah sel aliran P2 dan proses yang diperlukan untuk mengurutkan Kit Reagen Olink Explore yang berbeda dijelaskan dalam Tabel 1. Jika diperlukan lebih dari satu proses, ulangi instruksi yang dijelaskan dalam manual ini.

Tabel 1. Perencanaan run sequencing

Kit Reagen Olink® Explore	Jumlah Perpustakaan Olink	Jumlah sel aliran dan proses
Kit Reagen Olink® Explore 384	1	1
Kit Reagen Olink® Explore 4 x 384	4	4
Kit Reagen Olink® Explore 1536	4	4
Kit Reagen Ekspansi Olink® Explore	4	4
Kit Reagen Olink® Explore 3072	8	8

Instal resep khusus Olink®

Simpan resep khusus Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 di folder instrumen yang sesuai.

CATATAN: Resep khusus Olink hanya akan berfungsi dengan kit NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 dan perangkat lunak kontrol NextSeq™ 1000/2000 v1.2 atau v1.4.

Siapkan reagen pengurutan

Selama langkah ini, kartrid reagen yang berisi reagen pengelompokan dan pengurutan dicairkan dan sel aliran disiapkan.

PERINGATAN: Kartrid reagen mengandung bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Kenakan alat pelindung yang memadai dan buang reagen bekas sesuai dengan standar yang berlaku. Untuk informasi selengkapnya, lihat Panduan Sistem Illumina NextSeq 1000 dan 2000 (dokumen #1000000109376).

Siapkan kartrid reagen

Mencairkan kartrid yang belum dibuka dapat dilakukan dengan menggunakan tiga metode berbeda: pada suhu kamar, dalam bak air terkontrol, atau dalam lemari es.

Siapkan bangku

1x Kartrid Reagen NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 siklus)

Instruksi

Cairkan kartrid reagen seperti yang dijelaskan pada Tabel 2.

Tabel 2. Metode pencairan kartrid reagen

Metode pencairan	Instruksi
Pada suhu ruangan	Tanpa membuka kantong foil perak, letakkan kartrid reagen beku di atas meja dan cairkan pada suhu kamar selama 9 jam. Jangan melebihi 16 jam. Pastikan label kantong menghadap ke atas dan udara dapat bersirkulasi di sekitar kartrid.
Di pemandian air	Tanpa membuka kantong foil perak, masukkan kartrid reagen beku setengah terendam dalam penangas air bersuhu 25 °C dan biarkan mencair selama 6 jam. Jangan melebihi 8 jam. Pastikan label kantong menghadap ke atas dan kartrid tidak terbalik selama pencairan. Keringkan kartrid secara menyeluruh dengan handuk kertas.
Di dalam lemari es	Tanpa membuka kantong foil perak, letakkan kartrid di atas meja dan cairkan pada suhu kamar selama 6 jam. Pastikan label kantong menghadap ke atas dan udara dapat bersirkulasi di sekitar kartrid. Selesaikan pencairan kartrid di lemari es selama 12 jam. Jangan melebihi 72 jam. Sebelum dijalankan, keluarkan kartrid yang belum dibuka dan dicairkan dari lemari es dan biarkan mencapai suhu kamar selama minimal 15 menit, tetapi tidak lebih dari 1 jam.

CATATAN: Kartrid yang telah dicairkan tidak dapat dibekukan kembali dan harus disimpan pada suhu 4 °C, untuk waktu maksimum 72 jam.

Siapkan sel aliran

Siapkan bangku

1x Sel Aliran NextSeq™ 1000/2000 P2

Instruksi

Bawa sel aliran yang didinginkan ke suhu kamar selama 10-15 menit.

Persiapkan Perpustakaan Olink® untuk pengurutan

Selama langkah ini, Perpustakaan Olink yang dimurnikan dan dikontrol kualitasnya diencerkan hingga konsentrasi pemuatan akhir. Perhatikan bahwa denaturasi Perpustakaan dilakukan secara otomatis di dalam instrumen.

Siapkan bangku

Lib Tube, disiapkan sesuai dengan Panduan Pengguna Olink Explore yang berlaku
1x RSB dengan Tween 20
Air miliQ
2x tabung Microcentrifuge (1.5 mL)
Pipet manual (10, 100 dan 1000 μL)
Ujung pipet filter

Sebelum Anda memulai

Cairkan Lib Tube jika membeku.
Cairkan RSB beku dengan Tween 20 pada suhu kamar selama 10 menit. Simpan pada suhu +4 °C hingga digunakan.
Tandai kedua tabung mikrosentrifus 1.5 mL yang baru sebagai berikut:
- Tandai satu tabung "Dil" (untuk Perpustakaan encer 1:100)
- Tandai satu tabung "Seq" (untuk Perpustakaan yang siap memuat)

Instruksi

Tambahkan 495 μL air MilliQ ke Tabung Dil.

Vortex the Lib Tube dan putar ke bawah sebentar.
Transfer 5 μL secara manual dari Tabung Lib ke Tabung Dil.
Vortex Tabung Dil dan putar sebentar.

Tambahkan 20 μL RBS dengan Tween 20 ke Seq Tube.
Transfer 20 μL secara manual dari Dil Tube ke Seq Tube.
Vortex Tabung Seq dan putar sebentar.

Segera lanjutkan ke 2.5 Muatkan flow cell dan Olink® Library ke dalam kartrid reagen.

CATATAN: Simpan Lib Tube pada suhu -20 °C jika ada kemungkinan pengoperasian ulang.

Muat flow cell dan Olink® Library ke dalam kartrid reagen

Selama langkah ini, flow cell dan Olink Library yang telah diencerkan dimuat ke dalam kartrid reagen yang telah dicairkan.

Siapkan bangku

1x Kartrid Reagen NextSeq™ 1000/2000 P2 yang dicairkan (100 siklus), disiapkan pada langkah sebelumnya
1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, disiapkan pada langkah sebelumnya

Seq Tube (dengan Perpustakaan Olink yang siap dimuat), disiapkan pada langkah sebelumnya
Pipet manual (100 μL)
Ujung pipet (1 mL)

Siapkan kartrid

Keluarkan kartrid dari kantong foil perak.
Balikkan kartrid sepuluh kali untuk mencampur reagen yang telah dicairkan secara menyeluruh.

CATATAN: Mendengar gemerincing komponen internal adalah hal yang normal.

Masukkan sel aliran ke dalam kartrid

Saat siap memuat flow cell ke dalam kartrid, keluarkan flow cell dari kemasannya. Pegang flow cell pada tab abu-abu, dengan label pada tab menghadap ke atas. Gunakan sarung tangan bebas bedak baru untuk menghindari kontaminasi permukaan kaca sel aliran.
Masukkan sel aliran ke dalam slot sel aliran di bagian depan kartrid. Sebuah klik terdengar menunjukkan bahwa sel aliran ditempatkan dengan benar.

Hapus tab abu-abu dengan menariknya keluar.

Muat Perpustakaan Olink® ke dalam kartrid

Tusuk reservoir Perpustakaan dengan ujung pipet 1 mL yang bersih.

Muat 20 μL Perpustakaan Olink dari Seq Tube ke bagian bawah reservoir perpustakaan.

Lakukan proses pengurutan Olink®

Selama langkah ini, kartrid Buffer dengan sel aliran yang dimuat dan Perpustakaan Olink dimuat ke NextSeq™ 2000, dan proses pengurutan dimulai menggunakan resep Olink.

Siapkan bangku

1x Kartrid Reagen NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 siklus) diisi dengan Sel Aliran NextSeq™ 1000/2000 P2 dan Perpustakaan Olink yang diencerkan, disiapkan pada langkah sebelumnya.

Konfigurasikan Mode Jalankan

Dari menu perangkat lunak kontrol, pilih Pengaturan.

Di bawah Layanan BaseSpace Sequence Hub & Dukungan Proaktif, pilih Local Run Setup.
Pilih Hanya Dukungan Proaktif sebagai pengaturan tambahan. Fungsi ini membutuhkan koneksi internet.
Pilih Lokasi Hosting untuk data Anda. Lokasi Hosting harus berada di atau dekat dengan wilayah Anda.

Tetapkan lokasi Folder Keluaran untuk data mentah yang dijalankan saat ini. Pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih folder keluaran.
Pilih kotak centang Denature and Dilute On Board untuk mengubah sifat dan mengencerkan Library pada instrumen secara otomatis.
Pilih kotak centang Purge Reagent Cartridge untuk secara otomatis membuang reagen yang tidak terpakai ke kompartemen reagen yang sudah habis pada kartrid.

Pilih kotak centang Periksa otomatis untuk pembaruan perangkat lunak untuk memeriksa pembaruan perangkat lunak secara otomatis (opsional). Fungsi ini membutuhkan koneksi internet.
Pilih Simpan.

Siapkan parameter operasi

CATATAN: Instruksi ini berlaku untuk perangkat lunak kontrol NextSeq™ 1.4/1000 versi 2000. Beberapa langkah yang dijelaskan di bawah ini mungkin berbeda saat menggunakan versi v1.2

Dari menu perangkat lunak kontrol, pilih Mulai.
Pilih Manually Set Up New Run dan tekan Setup.
Di halaman Run Setup, atur parameter run sebagai berikut:
- Di kolom Run Name, masukkan ID eksperimen unik.
- Di daftar drop-down Jenis Baca, pilih opsi Baca Tunggal.
- Masukkan jumlah siklus sebagai berikut:
  - Baca 1: 24
  - Indeks 1: 0
  - Indeks 2: 0
  - Baca 2: 0

CATATAN: Sangat penting bahwa Baca 1 diatur ke 24, jika tidak seluruh proses akan gagal. Abaikan pesan peringatan saat memasukkan jumlah siklus.

Di daftar drop-down Custom Primer Wells, pilih No.

Di bidang Resep Khusus (opsional), pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih XML resep khusus file Olink_NSQ2K_P2_V1. Pilih Buka.
Jangan impor SampLembar.
Pastikan lokasi Folder Keluaran sudah benar. Jika tidak, pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih lokasi folder keluaran yang diinginkan.

Di bidang Denature and Dilute Onboard, pilih Enabled dari daftar drop-down.
Pilih Persiapan.

Muat kartrid yang dimuat

Pilih Muat. Visor instrumen terbuka dan baki dikeluarkan.
Tempatkan kartrid yang dimuat ke dalam baki dengan label menghadap ke atas dan sel aliran di dalam instrumen.
Pilih Tutup.

Setelah kartrid dimuat dengan benar, verifikasikan parameter proses dan pilih Urutan. Instrumen melakukan pemeriksaan pra-jalan untuk instrumen dan fluidik.
- CATATAN: Selama pemeriksaan fluidics, diharapkan akan terdengar beberapa suara letupan.
Pastikan proses dimulai setelah pemeriksaan pra-operasi otomatis selesai (~15 menit). Waktu proses pengurutan adalah sekitar 10 jam 30 menit.
- CATATAN: Untuk kegagalan pemeriksaan pra-jalankan, lihat instruksi pabriknya. Berhati-hatilah agar tidak menabrak atau mengganggu NextSeq™ 2000 selama proses pengurutan berlangsung. Instrumen ini sensitif terhadap getaran.
Bersihkan area kerja.

Pantau Kemajuan Lari

Olink menggunakan NGS sebagai pembacaan untuk mengukur jumlah urutan yang diketahui untuk memperkirakan konsentrasi protein yang diberikan dalam sample (relatif terhadap sampfile). Kualitas data dari setiap proses pengurutan Explore ditentukan terutama oleh parameter QC yang unik untuk teknologi Olink. Oleh karena itu, metrik kontrol kualitas standar yang digunakan dalam NGS konvensional, seperti Q-score, kurang kritis.

Keluarkan dan buang kartrid setelah dijalankan

PERINGATAN: Set reagen ini mengandung bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Kenakan alat pelindung yang memadai dan buang reagen bekas sesuai dengan standar yang berlaku. Untuk informasi selengkapnya, lihat Panduan Sistem Illumina NextSeq 1000 dan 2000 (dokumen #1000000109376).

Saat proses selesai, pilih Eject Cartridge.
- CATATAN: Kartrid bekas termasuk sel aliran dapat dibiarkan di tempatnya hingga proses berikutnya, tetapi tidak lebih dari 3 hari.
Keluarkan kartrid dari baki.
Buang reagen sesuai dengan standar yang berlaku.

Pilih Tutup Pintu. Baki dimuat ulang.
Pilih Beranda untuk kembali ke layar Beranda.
- CATATAN: Karena kartrid berisi semua mekanisme untuk menjalankan sistem, serta reservoir untuk mengumpulkan reagen bekas, tidak perlu mencuci instrumen setelah dijalankan.

Riwayat revisi

Versi	Tanggal	Keterangan
1.0	Telepon: 2021-12-01	Baru

www.olink.com

Hanya Untuk Penelitian. Tidak untuk Digunakan dalam Prosedur Diagnostik.

Produk ini mencakup lisensi untuk penggunaan non-komersial produk Olink. Pengguna komersial mungkin memerlukan lisensi tambahan. Silakan hubungi Olink Proteomics AB untuk detailnya. Tidak ada jaminan, tersurat maupun tersirat, yang melampaui uraian ini. Olink Proteomics AB tidak bertanggung jawab atas kerusakan properti, cedera diri, atau kerugian ekonomi yang disebabkan oleh produk ini. Merek dagang berikut dimiliki oleh Olink Proteomics AB: Olink®. Produk ini dilindungi oleh beberapa paten dan permohonan paten yang tersedia di https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Swedia

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokumen / Sumber Daya

Olink NextSeq 2000 Jelajahi Sistem Urutan [Bahasa Indonesia:] Panduan Pengguna
NextSeq 2000, Jelajahi Sistem Urutan, NextSeq 2000 Jelajahi Sistem Urutan

Referensi

Panduan Pengguna

Olink NextSeq 2000 Jelajahi Sistem Urutan

Catatan dokumen

Perkenalan

Dukungan teknis

instruksi laboratorium

Siapkan reagen pengurutan

Siapkan kartrid reagen

Siapkan sel aliran

Persiapkan Perpustakaan Olink® untuk pengurutan

Muat flow cell dan Olink® Library ke dalam kartrid reagen

Masukkan sel aliran ke dalam kartrid

Lakukan proses pengurutan Olink®

Siapkan parameter operasi

Keluarkan dan buang kartrid setelah dijalankan

Riwayat revisi

Dokumen / Sumber Daya

Referensi

Tinggalkan komentar

Batalkan balasan