Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Փաստաթղթի նշում

Olink® Explore Օգտագործողի ձեռնարկը, doc nr 1153, հնացած է և փոխարինվել է հետևյալ փաստաթղթերով.

• Olink® Explore Overview Օգտագործողի ձեռնարկ, doc nr 1187
• Olink® Explore 384 Օգտագործողի ձեռնարկ, doc nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 Օգտվողի ձեռնարկ, doc nr 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion Օգտագործողի ձեռնարկ, doc nr 1190
• Olink® Explore 3072 Օգտագործողի ձեռնարկ, doc nr 1191
• Olink® Հետազոտել հաջորդականությունը՝ օգտագործելով NextSeq 550 Օգտագործողի ձեռնարկը, doc nr 1192
• Olink® Հետազոտել հաջորդականությունը՝ օգտագործելով NextSeq 2000 Օգտագործողի ձեռնարկը, doc nr 1193
• Olink® Հետազոտել հաջորդականությունը՝ օգտագործելով NovaSeq 6000 Օգտագործողի ձեռնարկ, doc nr 1194

Ներածություն

Նախատեսված օգտագործումը

Olink® Explore-ը մուլտիպլեքսային իմունային վերլուծության հարթակ է մարդու սպիտակուցի բիոմարկերի հայտնաբերման համար: Ապրանքը նախատեսված է միայն հետազոտական ​​օգտագործման համար, և ոչ ախտորոշիչ ընթացակարգերում օգտագործելու համար: Լաբորատոր աշխատանքը պետք է իրականացվի միայն վերապատրաստված լաբորատոր անձնակազմի կողմից: Տվյալների մշակումը պետք է իրականացվի միայն վերապատրաստված անձնակազմի կողմից: Արդյունքները նախատեսված են հետազոտողների կողմից այլ կլինիկական կամ լաբորատոր արդյունքների հետ համատեղ օգտագործելու համար:

Այս ձեռնարկի մասին

Այս Օգտագործողի ձեռնարկը տրամադրում է հրահանգներ, որոնք անհրաժեշտ են Olink® Explore գրադարանների հաջորդականացման համար Illumina® NextSeq™ 2000-ում: Հրահանգները պետք է խստորեն և հստակորեն հետևվեն: Լաբորատոր քայլերի ընթացքում ցանկացած շեղում կարող է հանգեցնել տվյալների վատթարացման: Նախքան լաբորատոր աշխատանքի ընթացքը սկսելը, խորհրդակցեք Olink® Explore Over-ի հետview Օգտագործողի ձեռնարկ՝ հարթակին ծանոթանալու համար, ներառյալ ռեակտիվների, սարքավորումների և անհրաժեշտ փաստաթղթերի մասին տեղեկությունները,view աշխատանքի ընթացքը, ինչպես նաև լաբորատոր ուղեցույցները: Olink® Explore ռեագենտների փաթեթները գործարկելու հրահանգների համար տեսեք կիրառելի Olink® Explore Օգտագործողի ձեռնարկը: Olink® Explore-ի հաջորդականության արդյունքների տվյալների մշակման և վերլուծության համար տես Olink® MyData Cloud Օգտագործողի ուղեցույցը: Այս նյութում պարունակվող բոլոր ապրանքային նշանները և հեղինակային իրավունքները Olink® Proteomics AB-ի սեփականությունն են, եթե այլ բան նշված չէ:

Տեխնիկական աջակցություն

Տեխնիկական աջակցության համար դիմեք Olink Proteomics-ին հետևյալ հասցեով. support@olink.com.

Լաբորատոր ցուցումներ

Այս գլխում տրված են հրահանգներ, թե ինչպես կարելի է հաջորդականացնել Olink գրադարանները NextSeq™ 2000-ում՝ օգտագործելով NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3: Հերթականացման համար օգտագործվող արձանագրությունը Illumina® ստանդարտ NGS աշխատանքային հոսքի հարմարեցումն է Illumina® NextSeq™ 2000-ի համար: Նախքան հաջորդականությանը անցնելը, համոզվեք, որ մաքրված Olink գրադարանի որակը ստուգված է: Տեսեք կիրառելի Olink Explore Օգտագործողի ձեռնարկը որակի վերահսկման վերաբերյալ հրահանգների համար:

Պլանավորեք հաջորդականության վազքը

Մեկ Olink գրադարանը կարող է հաջորդականացվել մեկ NextSeq™ 2000 P2 հոսքի բջջի և մեկ գործարկման համար: P2 հոսքի բջիջների և գործարկումների քանակը, որոնք անհրաժեշտ են Olink Explore ռեագենտների տարբեր փաթեթների հաջորդականության համար, նկարագրված է Աղյուսակ 1-ում: Եթե մեկից ավելի գործարկում է պահանջվում, կրկնեք այս ձեռնարկում նկարագրված հրահանգները:

Աղյուսակ 1. Գործողության հաջորդականության պլանավորում

Olink® Explore Reagent Kit	Olink գրադարանների թիվը	Հոսքի բջիջ(ներ) և գործարկում(ներ)
Olink® Explore 384 ռեագենտների հավաքածու	1	1
Olink® Explore 4 x 384 ռեագենտների հավաքածու	4	4
Olink® Explore 1536 ռեագենտների հավաքածու	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 ռեագենտների հավաքածու	8	8

Տեղադրեք Olink® մաքսային բաղադրատոմսը

Պահպանեք Olink մաքսային բաղադրատոմսը xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 համապատասխան գործիքի թղթապանակում:

ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Olink-ի հատուկ բաղադրատոմսը կաշխատի միայն NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 հավաքածուի և NextSeq™ 1000/2000 կառավարման ծրագրաշարի v1.2 կամ v1.4-ի հետ:

Պատրաստել հաջորդականության ռեակտիվներ

Այս քայլի ընթացքում ռեագենտի քարթրիջը, որը պարունակում է կլաստերավորման և հաջորդականության ռեակտիվներ, հալվում է և պատրաստվում է հոսքի բջիջը:

ԶԳՈՒՇԱՑՈՒՄ. Ռեագենտի քարթրիջը պարունակում է պոտենցիալ վտանգավոր քիմիական նյութեր: Հագեք համապատասխան պաշտպանիչ սարքավորումներ և դեն նետեք օգտագործված ռեակտիվները՝ կիրառելի ստանդարտներին համապատասխան: Լրացուցիչ տեղեկությունների համար տես Illumina NextSeq 1000 և 2000 համակարգի ուղեցույցը (փաստաթուղթ #1000000109376):

Պատրաստեք ռեագենտի քարթրիջը

Չբացված քարթրիջը հալեցնելը կարող է իրականացվել երեք տարբեր եղանակներով՝ սենյակային ջերմաստիճանում, վերահսկվող ջրային բաղնիքում կամ սառնարանում:

Պատրաստել նստարան

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ռեակտիվ քարթրիջ (100 ցիկլ)

Հրահանգներ

1. Հալեցրեք ռեագենտի քարթրիջը, ինչպես նկարագրված է Աղյուսակ 2-ում:

Աղյուսակ 2. Ռեագենտի քարթրիջների հալեցման մեթոդները

Հալեցման մեթոդ	Հրահանգներ
Սենյակային ջերմաստիճանում	Առանց արծաթե փայլաթիթեղի տոպրակը բացելու, սառեցված ռեագենտի քարթրիջը դրեք նստարանի վրա և հալեցրեք այն սենյակային ջերմաստիճանում 9 ժամ: Չգերազանցեք 16 ժամը: Համոզվեք, որ պայուսակի պիտակը դեմքով դեպի վեր է, և որ օդը կարող է շրջանառվել փամփուշտի շուրջը:
Ջրային բաղնիքում	Առանց արծաթե փայլաթիթեղի պարկը բացելու, սառեցված ռեագենտի քարթրիջը կիսով չափ ընկղմված դրեք 25 °C վերահսկվող ջրային բաղնիքում և թողեք այն հալվի 6 ժամ: Մի գերազանցեք 8 ժամը: Համոզվեք, որ տոպրակի պիտակը դեմքով դեպի վեր է, և որ քարթրիջը հալվելու ժամանակ չի շրջվում: Քարտրիջը մանրակրկիտ չորացրեք թղթե սրբիչով:
Սառնարանում	Առանց արծաթե փայլաթիթեղի տոպրակը բացելու, փամփուշտը դրեք նստարանի վրա և 6 ժամ հալեցրեք սենյակային ջերմաստիճանում։ Համոզվեք, որ պայուսակի պիտակը դեմքով դեպի վեր է, և որ օդը կարող է շրջանառվել փամփուշտի շուրջը: Ավարտեք քարթրիջի հալեցումը սառնարանում 12 ժամով։ Չգերազանցեք 72 ժամը: Վազքից առաջ հանեք հալված չբացված քարթրիջը սառնարանից և թողեք, որ այն հասնի սենյակային ջերմաստիճանի առնվազն 15 րոպե, բայց ոչ ավելի, քան 1 ժամ:

ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Հալված փամփուշտները հնարավոր չէ նորից սառեցնել և պետք է պահվեն 4 °C ջերմաստիճանում, առավելագույնը 72 ժամ:

Պատրաստել հոսքի բջիջը

Պատրաստել նստարան

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 հոսքի բջիջ

Հրահանգներ

1. Սառնարանային հոսքի խցիկը 10-15 րոպեով հասցրեք սենյակային ջերմաստիճանի:

Պատրաստեք Olink® գրադարանը հաջորդականության համար

Այս քայլի ընթացքում մաքրված և որակով վերահսկվող Olink գրադարանը նոսրացվում է մինչև բեռնման վերջնական կոնցենտրացիան: Նկատի ունեցեք, որ Գրադարանի դենատուրացիան ավտոմատ կերպով կատարվում է գործիքի վրա:

Պատրաստել նստարան

• Lib Tube, պատրաստված ըստ կիրառելի Olink Explore Օգտագործողի ձեռնարկի
• 1x RSB Tween 20-ով
• MilliQ ջուր
• 2x միկրոցենտրիֆուգային խողովակներ (1.5 մլ)
• Ձեռքով խողովակ (10, 100 և 1000 մկլ)
• Ֆիլտրի խողովակների հուշումներ

Նախքան սկսելը

• Հալեցրեք Lib խողովակը, եթե սառեցված է:
• Սառեցված RSB-ը Tween 20-ով հալեցրեք սենյակային ջերմաստիճանում 10 րոպե: Պահել +4 °C ջերմաստիճանում մինչև օգտագործումը:
• Նշեք երկու նոր 1.5 մլ միկրոցենտրիֆուգային խողովակները հետևյալ կերպ.
  • Նշեք մեկ խողովակ «Dil» (1:100 նոսրացված գրադարանի համար)
  • Նշեք մեկ խողովակ «Seq» (գրադարանի բեռնման համար պատրաստ)

Հրահանգներ

1. Dil Tube-ին ավելացրեք 495 մլ MilliQ ջուր:
2. Պտտեցնել Lib խողովակը և կարճ պտտել այն դեպի ներքեւ:
3. Ձեռքով փոխանցեք 5 μL Lib Tube-ից Dil Tube:
4. Պտտեք Dil Tube-ը և կարճ պտտեք այն ցած:
5. Seq խողովակին ավելացրեք 20 μL RBS Tween 20-ով:
6. Ձեռքով փոխանցեք 20 μL Dil Tube-ից Seq Tube:
7. Պտտեք Seq խողովակը և հակիրճ պտտեք այն:
8. Անմիջապես շարունակեք 2.5 Բեռնել հոսքի բջիջը և Olink® գրադարանը ռեագենտի քարթրիջի մեջ:

ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Պահպանեք Lib Tube(ներ)ը -20 °C ջերմաստիճանում, հնարավոր կրկնության դեպքում:

Ներբեռնեք հոսքի բջիջը և Olink® գրադարանը ռեագենտի քարթրիջի մեջ

Այս քայլի ընթացքում հոսքի բջիջը և նոսրացված Olink գրադարանը բեռնվում են հալված ռեագենտի քարթրիջի մեջ:

Պատրաստել նստարան

• 1 անգամ հալված NextSeq™ 1000/2000 P2 ռեակտիվ քարթրիջ (100 ցիկլ), պատրաստված նախորդ քայլում
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, պատրաստված նախորդ քայլում
• Seq Tube (ներբեռնման պատրաստ նոսրացված Olink գրադարանով), պատրաստված նախորդ քայլում
• Ձեռքով պիպետտ (100 մկլ)
• Պիպետտի ծայր (1 մլ)

Պատրաստեք քարթրիջը

1. Հեռացրեք քարթրիջը արծաթե փայլաթիթեղի պայուսակից:
2. Քարթրիջը տասը անգամ շրջեք՝ մեջը հալված ռեակտիվները մանրակրկիտ խառնելու համար:

ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Նորմալ է ներքին բաղադրիչների զնգոց լսելը:

Բեռնեք հոսքի բջիջը քարթրիջի մեջ

1. Երբ պատրաստ եք հոսքի բջիջը բեռնել փամփուշտի մեջ, հեռացրեք հոսքի բջիջը փաթեթից: Հոսքի բջիջը պահեք մոխրագույն ներդիրով, ներդիրի պիտակը դեպի վեր: Օգտագործեք նոր առանց փոշի ձեռնոցներ՝ հոսքի խցիկի ապակե մակերեսը աղտոտելուց խուսափելու համար:
2. Տեղադրեք հոսքի բջիջը փամփուշտի առջևի մասում գտնվող հոսքի խցիկի մեջ: Լսելի սեղմումը ցույց է տալիս, որ հոսքի բջիջը ճիշտ է տեղադրված:
3. Հեռացրեք մոխրագույն ներդիրը՝ այն դուրս քաշելով:

Տեղադրեք Olink® գրադարանը քարթրիջի մեջ

1. Ծակեք Գրադարանի ջրամբարը մաքուր 1 մլ պիպետտի ծայրով:
2. Բեռնեք Olink գրադարանի 20 մկլ Seq խողովակից գրադարանի ջրամբարի հատակը:

Կատարեք Olink® հաջորդականության գործարկումը

Այս քայլի ընթացքում բուֆերային քարթրիջը բեռնված հոսքի բջիջով և Olink գրադարանով բեռնվում է NextSeq™ 2000-ում, և հաջորդականության գործարկումը սկսվում է՝ օգտագործելով Olink բաղադրատոմսը:

Պատրաստել նստարան

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ռեագենտի քարթրիջ (100 ցիկլ)՝ լիցքավորված NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Բջջով և նոսրացված Olink գրադարանով, պատրաստված նախորդ քայլում:

Կարգավորեք Run Mode-ը

1. Կառավարման ծրագրաշարի ընտրացանկից ընտրեք Կարգավորումներ:
2. BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support բաժնում ընտրեք Local Run Setup:
3. Որպես լրացուցիչ կարգավորումներ ընտրեք «Միայն պրոակտիվ աջակցություն»: Այս գործառույթը պահանջում է ինտերնետ կապ:
4. Ընտրեք հոսթինգի գտնվելու վայրը ձեր տվյալների համար: Հոսթինգի գտնվելու վայրը պետք է լինի ձեր տարածաշրջանում կամ մոտ:
5. Սահմանեք ելքային թղթապանակի գտնվելու վայրը ընթացիկ գործարկվող չմշակված տվյալների համար: Ընտրեք Ընտրել՝ նավարկելու համար և ընտրեք ելքային թղթապանակը:
6. Ընտրեք Denature and Dilute On Board վանդակը՝ գործիքի վրա գտնվող Գրադարանը ավտոմատ կերպով ապամոնտաժելու և նոսրացնելու համար:
7. Ընտրեք «Purge Reagent Cartridge» վանդակը՝ չօգտագործված ռեակտիվները ինքնաբերաբար մաքրելու փամփուշտի սպառված ռեագենտների խցիկում:
8. Ընտրեք «Ավտոստուգում ծրագրային ապահովման թարմացումների համար» վանդակը՝ ծրագրային ապահովման թարմացումների ավտոմատ ստուգման համար (ըստ ցանկության): Այս գործառույթը պահանջում է ինտերնետ կապ:
9. Ընտրեք Պահպանել:

Կարգավորեք գործարկման պարամետրերը

ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Այս հրահանգը վերաբերում է NextSeq™ 1.4/1000 կառավարման ծրագրաշարի 2000 տարբերակին: Ստորև նկարագրված որոշ քայլեր կարող են տարբեր լինել v1.2 տարբերակն օգտագործելիս

1. Կառավարման ծրագրաշարի ընտրացանկից ընտրեք Սկսել:
2. Ընտրեք Manually Set Up New Run և սեղմեք Setup:
3. Run Setup էջում կարգավորեք գործարկման պարամետրերը հետևյալ կերպ.
   • Run Name դաշտում մուտքագրեք փորձի եզակի ID:
   • Ընթերցման տեսակը բացվող ցանկում ընտրեք «Մեկ ընթերցում» տարբերակը:
   • Մուտքագրեք ցիկլերի քանակը հետևյալ կերպ.
     • Կարդացեք 1: 24
     • Ինդեքս 1: 0
     • Ինդեքս 2: 0
     • Կարդացեք 2: 0

ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Շատ կարևոր է, որ Read 1-ը սահմանվի 24-ի, հակառակ դեպքում ամբողջ գործարկումը կձախողվի: Անտեսեք նախազգուշական հաղորդագրությունները ցիկլերի քանակը մուտքագրելիս:

• Custom Primer Wells բացվող ցանկում ընտրեք No.
• Պատվերով բաղադրատոմս (ըստ ցանկության) դաշտում ընտրեք Ընտրեք նավարկելու համար և ընտրեք հատուկ բաղադրատոմսը XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Ընտրեք Բացել:
• Մի ներմուծեք Սample Sheet.
• Համոզվեք, որ ելքային թղթապանակի գտնվելու վայրը ճիշտ է: Հակառակ դեպքում ընտրեք Ընտրել՝ նավարկելու համար և ընտրեք ելքային թղթապանակի ցանկալի վայրը:
• Denature and Dilute Onboard դաշտում բացվող ցանկից ընտրեք Enabled:
• Ընտրեք Prep.

Լիցքավորեք լիցքավորված քարթրիջը

1. Ընտրեք Բեռնում: Գործիքի երեսկալը բացվում է, և սկուտեղը դուրս է մղվում:
2. Տեղադրեք լիցքավորված քարթրիջը սկուտեղի վրա՝ պիտակը դեմքով դեպի վեր, իսկ հոսքի խցիկը գործիքի ներսում:
3. Ընտրեք Փակել:
4. Քարթրիջը պատշաճ կերպով լիցքավորվելուց հետո ստուգեք գործարկման պարամետրերը և ընտրեք հաջորդականություն: Գործիքը կատարում է գործիքի և հեղուկների նախնական ստուգումներ:
   • ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Հեղուկի ստուգման ժամանակ ակնկալվում է, որ կլսվեն մի քանի թրթռացող ձայներ:
5. Համոզվեք, որ վազքը սկսվում է ավտոմատ նախնական ստուգումների ավարտից հետո (~15 րոպե): Հերթական աշխատանքի ժամանակը մոտավորապես 10h30 րոպե է:
   • ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Նախնական ստուգման ցանկացած ձախողման դեպքում դիմեք արտադրողի հրահանգներին: Զգույշ եղեք, որ հաջորդականության գործարկման ընթացքում չբախվեք կամ այլ կերպ չխանգարեք NextSeq™ 2000-ին: Գործիքը զգայուն է թրթռումների նկատմամբ:
6. Մաքրել աշխատանքային տարածքը.

Monitor Run Progress-ը

Օլինկն օգտագործում է NGS որպես ընթերցում` քանակականացնելու հայտնի հաջորդականության քանակը, որպեսզի գնահատի տվյալ սպիտակուցի կոնցենտրացիան s-ում:amples (համեմատած այլ սamples): Յուրաքանչյուր Explore հաջորդականության գործարկման տվյալների որակը հիմնականում որոշվում է Olink տեխնոլոգիային բնորոշ QC պարամետրերով: Հետևաբար, սովորական NGS-ում օգտագործվող որակի վերահսկման ստանդարտ չափորոշիչները, ինչպիսիք են Q-score-ը, ավելի քիչ կարևոր են:

Վազքից հետո հանեք և դեն նետեք քարթրիջը

ԶԳՈՒՇԱՑՈՒՄ. Ռեակտիվների այս հավաքածուն պարունակում է պոտենցիալ վտանգավոր քիմիական նյութեր: Հագեք համապատասխան պաշտպանիչ սարքավորումներ և դեն նետեք օգտագործված ռեակտիվները՝ կիրառելի ստանդարտներին համապատասխան: Լրացուցիչ տեղեկությունների համար տես Illumina NextSeq 1000 և 2000 համակարգի ուղեցույցը (փաստաթուղթ #1000000109376):

1. Երբ գործարկումն ավարտված է, ընտրեք Eject Cartridge:
   • ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Օգտագործված քարթրիջը, ներառյալ հոսքի բջիջը, կարող է մնալ տեղում մինչև հաջորդ գործարկումը, բայց ոչ ավելի, քան 3 օր:
2. Հեռացրեք քարթրիջը սկուտեղից:
3. Վերացնել ռեակտիվները՝ կիրառելի ստանդարտներին համապատասխան:
4. Ընտրեք Փակել դուռը: Սկուտեղը կրկին լիցքավորված է:
5. Հիմնական էկրան վերադառնալու համար ընտրեք Գլխավոր էջ:
   • ԾԱՆՈԹՈՒԹՅՈՒՆ. Քանի որ քարթրիջը պարունակում է համակարգը գործարկելու բոլոր մեխանիզմները, ինչպես նաև օգտագործված ռեակտիվները հավաքելու ջրամբար, գործարկումից հետո գործիքների լվացման կարիք չկա:

Վերանայման պատմություն

Տարբերակ	Ամսաթիվ	Նկարագրություն
1.0	2021-12-01	Նոր

www.olink.com

Միայն հետազոտական ​​օգտագործման համար: Չի օգտագործվում ախտորոշման ընթացակարգերում:

Այս ապրանքը ներառում է Olink արտադրանքի ոչ առևտրային օգտագործման լիցենզիա: Առևտրային օգտվողները կարող են պահանջել լրացուցիչ լիցենզիաներ: Մանրամասների համար խնդրում ենք կապվել Olink Proteomics AB-ի հետ: Չկան երաշխիքներ, արտահայտված կամ ենթադրյալ, որոնք դուրս են գալիս այս նկարագրությունից: Olink Proteomics AB-ն պատասխանատվություն չի կրում այս արտադրանքի պատճառած գույքային վնասի, անձնական վնասվածքի կամ տնտեսական կորստի համար: Հետևյալ ապրանքային նշանը պատկանում է Olink Proteomics AB-ին. Olink®: Այս ապրանքը ծածկված է մի քանի արտոնագրերով և արտոնագրային հայտերով, որոնք հասանելի են այստեղ https://www.olink.com/patents/.

© Հեղինակային իրավունք 2021 Olink Proteomics AB. Բոլոր երրորդ կողմի ապրանքային նշանները իրենց համապատասխան սեփականատերերի սեփականությունն են:

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Փաստաթղթեր / ռեսուրսներ

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] Օգտագործողի ձեռնարկ NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Հղումներ

• Օգտագործողի ձեռնարկ