Olink NextSeq 2000 สำรวจระบบการจัดลำดับ
บันทึกเอกสาร
คู่มือผู้ใช้ Olink® Explore เอกสาร nr 1153 ล้าสมัยและถูกแทนที่ด้วยเอกสารต่อไปนี้:
- Olink® สำรวจมากกว่าview คู่มือผู้ใช้ doc nr 1187
- คู่มือผู้ใช้ Olink® Explore 384, doc nr 1188
- คู่มือผู้ใช้ Olink® Explore 4 x 384, doc nr 1189
- คู่มือผู้ใช้ Olink® Explore 1536 & Expansion, doc nr 1190
- คู่มือผู้ใช้ Olink® Explore 3072, doc nr 1191
- Olink®สำรวจลำดับโดยใช้คู่มือผู้ใช้ NextSeq 550, doc nr 1192
- Olink®สำรวจลำดับโดยใช้คู่มือผู้ใช้ NextSeq 2000, doc nr 1193
- Olink®สำรวจลำดับโดยใช้คู่มือผู้ใช้ NovaSeq 6000, เอกสารหมายเลข 1194
การแนะนำ
จุดประสงค์การใช้
Olink® Explore เป็นแพลตฟอร์มอิมมูโนแอสเซย์แบบมัลติเพล็กซ์สำหรับการค้นพบไบโอมาร์คเกอร์โปรตีนของมนุษย์ ผลิตภัณฑ์นี้มีวัตถุประสงค์เพื่อใช้ในการวิจัยเท่านั้น ไม่ใช่สำหรับใช้ในขั้นตอนการวินิจฉัย งานในห้องปฏิบัติการจะต้องดำเนินการโดยเจ้าหน้าที่ห้องปฏิบัติการที่ได้รับการฝึกอบรมเท่านั้น การประมวลผลข้อมูลจะดำเนินการโดยเจ้าหน้าที่ที่ได้รับการฝึกอบรมเท่านั้น นักวิจัยจะใช้ผลลัพธ์นี้ร่วมกับผลการวิจัยทางคลินิกหรือห้องปฏิบัติการอื่นๆ
เกี่ยวกับคู่มือนี้
คู่มือผู้ใช้นี้มีคำแนะนำที่จำเป็นในการจัดลำดับ Olink® Explore Libraries บน Illumina® NextSeq™ 2000 ต้องปฏิบัติตามคำแนะนำอย่างเคร่งครัดและชัดเจน การเบี่ยงเบนใด ๆ ตลอดขั้นตอนในห้องปฏิบัติการอาจส่งผลให้ข้อมูลบกพร่อง ก่อนเริ่มเวิร์กโฟลว์ในห้องปฏิบัติการ โปรดปรึกษา Olink® Explore Overview คู่มือผู้ใช้สำหรับคำแนะนำเบื้องต้นเกี่ยวกับแพลตฟอร์ม รวมถึงข้อมูลเกี่ยวกับน้ำยา อุปกรณ์ และเอกสารประกอบที่จำเป็น และอื่นๆview ของขั้นตอนการทำงานตลอดจนแนวทางห้องปฏิบัติการ สำหรับคำแนะนำเกี่ยวกับวิธีเรียกใช้ Olink® Explore Reagent Kits โปรดดูคู่มือผู้ใช้ Olink® Explore ที่เกี่ยวข้อง สำหรับการประมวลผลข้อมูลและการวิเคราะห์ผลลัพธ์ลำดับ Olink® Explore โปรดดูคู่มือผู้ใช้ Olink® MyData Cloud เครื่องหมายการค้าและลิขสิทธิ์ทั้งหมดที่มีอยู่ในเนื้อหานี้เป็นทรัพย์สินของ Olink® Proteomics AB เว้นแต่จะระบุไว้เป็นอย่างอื่น
การสนับสนุนด้านเทคนิค
สำหรับการสนับสนุนทางเทคนิค ติดต่อ Olink Proteomics ได้ที่: support@olink.com.
คำแนะนำในห้องปฏิบัติการ
บทนี้ให้คำแนะนำเกี่ยวกับวิธีการจัดลำดับ Olink Libraries บน NextSeq™ 2000 โดยใช้ NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 โปรโตคอลที่ใช้สำหรับการจัดลำดับเป็นการดัดแปลงเวิร์กโฟลว์ NGS มาตรฐานของ Illumina® สำหรับ Illumina® NextSeq™ 2000 ก่อนดำเนินการจัดลำดับ ตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้ตรวจสอบคุณภาพของ Olink Library ที่บริสุทธิ์แล้ว โปรดดูคู่มือผู้ใช้ Olink Explore ที่เกี่ยวข้องสำหรับคำแนะนำเกี่ยวกับการควบคุมคุณภาพ
วางแผนการรันลำดับ
สามารถจัดลำดับไลบรารี Olink หนึ่งรายการต่อโฟลว์เซลล์ NextSeq™ 2000 P2 และต่อการรัน จำนวนของโฟลว์เซลล์ P2 และการวิ่งที่จำเป็นสำหรับการจัดลำดับชุดรีเอเจนต์สำรวจ Olink ต่างๆ ได้อธิบายไว้ในตารางที่ 1 หากต้องมีการเรียกใช้มากกว่าหนึ่งครั้ง ให้ทำซ้ำคำแนะนำที่อธิบายไว้ในคู่มือนี้
ตารางที่ 1. การวางแผนการรันลำดับ
ชุดรีเอเจนต์สำรวจ Olink® | จำนวนห้องสมุด Olink | จำนวนโฟลว์เซลล์และรัน |
ชุดรีเอเจนต์ Olink® Explore 384 | 1 | 1 |
Olink® Explore 4 x 384 ชุดรีเอเจนต์ | 4 | 4 |
ชุดรีเอเจนต์ Olink® Explore 1536 | 4 | 4 |
Olink® Explore ชุดรีเอเจนต์ส่วนขยาย | 4 | 4 |
ชุดรีเอเจนต์ Olink® Explore 3072 | 8 | 8 |
ติดตั้งสูตรที่กำหนดเองของ Olink®
บันทึกสูตรที่กำหนดเอง Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 ในโฟลเดอร์เครื่องดนตรีที่เหมาะสม
บันทึก: สูตรเฉพาะของ Olink จะใช้งานได้กับชุดรีเอเจนต์ NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 รอบ) v3 และซอฟต์แวร์ควบคุม NextSeq™ 1000/2000 v1.2 หรือ v1.4 เท่านั้น
เตรียมน้ำยาลำดับ
ในระหว่างขั้นตอนนี้ รีเอเจนต์ของรีเอเจนต์ที่มีการทำคลัสเตอร์และลำดับของรีเอเจนต์จะถูกละลายและเตรียมโฟลว์เซลล์
คำเตือน: ตลับตัวทำปฏิกิริยาประกอบด้วยสารเคมีที่อาจเป็นอันตราย สวมอุปกรณ์ป้องกันอย่างเพียงพอและทิ้งน้ำยาที่ใช้แล้วตามมาตรฐานที่บังคับใช้ สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม โปรดดูคู่มือระบบ Illumina NextSeq 1000 และ 2000 (เอกสาร #1000000109376)
เตรียมตลับน้ำยา
การละลายคาร์ทริดจ์ที่ยังไม่เปิดทำได้โดยใช้สามวิธี: ที่อุณหภูมิห้อง ในอ่างน้ำที่มีการควบคุม หรือในตู้เย็น
เตรียมม้านั่ง
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ตลับรีเอเจนต์ (100 รอบ)
คำแนะนำ
- ละลายตลับตัวทำปฏิกิริยาตามที่อธิบายไว้ในตารางที่ 2
ตารางที่ 2 วิธีการละลายตลับรีเอเจนต์
วิธีการละลาย | คำแนะนำ |
ที่อุณหภูมิห้อง |
|
ในอ่างน้ำ |
|
ในตู้เย็น |
|
บันทึก: คาร์ทริดจ์ที่ละลายแล้วไม่สามารถแช่แข็งใหม่ได้ และต้องเก็บไว้ที่อุณหภูมิ 4 °C เป็นเวลาสูงสุด 72 ชั่วโมง
เตรียมโฟลว์เซลล์
เตรียมม้านั่ง
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 โฟลว์เซลล์
คำแนะนำ
- นำโฟลว์เซลล์ที่แช่เย็นไว้ที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 10-15 นาที
เตรียม Olink® Library สำหรับการจัดลำดับ
ในระหว่างขั้นตอนนี้ Olink Library ที่บริสุทธิ์และควบคุมคุณภาพจะถูกเจือจางจนถึงความเข้มข้นของการโหลดขั้นสุดท้าย โปรดทราบว่าการเสียสภาพห้องสมุดจะดำเนินการโดยอัตโนมัติบนเครื่องมือ
เตรียมม้านั่ง
- Lib Tube จัดทำขึ้นตามคู่มือผู้ใช้ Olink Explore ที่เกี่ยวข้อง
- 1x RSB พร้อมทวีน 20
- น้ำมิลลิคิว
- 2x หลอดไมโครเซนติฟิวจ์ (1.5 มล.)
- ปิเปตแบบแมนนวล (10, 100 และ 1000 ไมโครลิตร)
- ปลายหลอดกรอง
ก่อนที่คุณจะเริ่มต้น
- ละลาย Lib Tube หากแช่แข็ง
- ละลาย RSB ที่แช่แข็งด้วย Tween 20 ที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 10 นาที เก็บที่อุณหภูมิ +4 °C จนกว่าจะใช้
- ทำเครื่องหมายหลอดไมโครเซนติฟิวจ์ขนาด 1.5 มล. ใหม่สองหลอดดังนี้:
- ทำเครื่องหมาย "Dil" หนึ่งหลอด (สำหรับ Library ที่เจือจาง 1:100)
- ทำเครื่องหมาย XNUMX หลอด “Seq” (เพื่อพร้อมโหลด Library)
คำแนะนำ
- เติมน้ำ MilliQ 495 ไมโครลิตรลงใน Dil Tube
- Vortex the Lib Tube แล้วหมุนลงชั่วครู่
- ถ่ายโอน 5 ไมโครลิตรจาก Lib Tube ไปยัง Dil Tube ด้วยตนเอง
- Vortex the Dil Tube แล้วหมุนลงชั่วครู่
- เติม RBS 20 μL ด้วย Tween 20 ลงใน Seq Tube
- ถ่ายโอน 20 ไมโครลิตรจาก Dil Tube ไปยัง Seq Tube ด้วยตนเอง
- Vortex the Seq Tube แล้วหมุนลงชั่วครู่
- ไปที่ 2.5 ทันที โหลดโฟลว์เซลล์และ Olink® Library ลงในตลับรีเอเจนต์
บันทึก: เก็บ Lib Tube ไว้ที่อุณหภูมิ -20 °C ในกรณีที่มีโอกาสเกิดซ้ำ
โหลดโฟลว์เซลล์และ Olink® Library ลงในตลับรีเอเจนต์
ในระหว่างขั้นตอนนี้ โฟลว์เซลล์และ Olink Library ที่เจือจางจะถูกโหลดลงในคาร์ทริดจ์รีเอเจนต์ที่ละลายแล้ว
เตรียมม้านั่ง
- 1x ละลาย NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 รอบ) ที่เตรียมไว้ในขั้นตอนก่อนหน้า
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell ที่เตรียมไว้ในขั้นตอนก่อนหน้า
- Seq Tube (พร้อมโหลด Olink Library แบบเจือจาง) ที่เตรียมไว้ในขั้นตอนที่แล้ว
- ปิเปตแบบแมนนวล (100 ไมโครลิตร)
- ปลายปิเปต (1 มล.)
เตรียมตลับหมึก
- นำตลับหมึกออกจากถุงฟอยล์สีเงิน
- กลับด้านตลับหมึกสิบครั้งเพื่อผสมรีเอเจนต์ที่ละลายอยู่ภายในอย่างทั่วถึง
บันทึก: เป็นเรื่องปกติที่จะได้ยินเสียงกริ๊งของส่วนประกอบภายใน
ใส่โฟลว์เซลล์ลงในคาร์ทริดจ์
- เมื่อพร้อมที่จะโหลดโฟลว์เซลล์ลงในคาร์ทริดจ์ ให้นำโฟลว์เซลล์ออกจากบรรจุภัณฑ์ ถือโฟลว์เซลล์ที่แท็บสีเทา โดยให้ฉลากบนแท็บหงายขึ้น ใช้ถุงมือใหม่แบบไม่มีแป้งเพื่อหลีกเลี่ยงการปนเปื้อนพื้นผิวแก้วของโฟลว์เซลล์
- ใส่โฟลว์เซลล์เข้าไปในช่องโฟลว์เซลล์ที่ด้านหน้าของคาร์ทริดจ์ เสียงคลิกบ่งชี้ว่าวางโฟลว์เซลล์อย่างถูกต้อง
- ดึงแถบสีเทาออกโดยดึงออก
ใส่ Olink® Library ลงในตลับหมึก
- เจาะอ่างเก็บน้ำ Library ด้วยปลายปิเปต 1 มล. ที่สะอาด
- โหลด 20 μL ของ Olink Library จาก Seq Tube ไปที่ด้านล่างของที่เก็บไลบรารี
ดำเนินการรันลำดับ Olink®
ในระหว่างขั้นตอนนี้ คาร์ทริดจ์บัฟเฟอร์ที่มีโฟลว์เซลล์ที่โหลดและไลบรารี Olink จะถูกโหลดลงใน NextSeq™ 2000 และการรันลำดับจะเริ่มต้นโดยใช้สูตร Olink
เตรียมม้านั่ง
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 รอบ) ที่บรรจุด้วย NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell และ Olink Library ที่เจือจาง ซึ่งเตรียมไว้ในขั้นตอนก่อนหน้า
กำหนดค่าโหมดการทำงาน
- จากเมนูซอฟต์แวร์ควบคุม เลือก การตั้งค่า
- ภายใต้ BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support เลือก Local Run Setup
- เลือก Proactive Support Only เป็นการตั้งค่าเพิ่มเติม ฟังก์ชันนี้ต้องการการเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ต
- เลือกตำแหน่งโฮสต์สำหรับข้อมูลของคุณ ตำแหน่งโฮสติ้งควรอยู่ในหรือใกล้กับภูมิภาคของคุณ
- ตั้งค่าตำแหน่งโฟลเดอร์ผลลัพธ์สำหรับการเรียกใช้ข้อมูลดิบในปัจจุบัน เลือก เลือก เพื่อนำทางและเลือกโฟลเดอร์ผลลัพธ์
- เลือกช่องทำเครื่องหมาย Denature and Dilute On Board เพื่อทำลายธรรมชาติและเจือจาง Library บนเครื่องมือโดยอัตโนมัติ
- เลือกช่องทำเครื่องหมาย Purge Reagent Cartridge เพื่อไล่สารรีเอเจนต์ที่ไม่ได้ใช้ไปยังช่องน้ำยารีเอเจนต์ที่ใช้แล้วของคาร์ทริดจ์โดยอัตโนมัติ
- เลือกช่องทำเครื่องหมาย Autocheck for software updates เพื่อตรวจหาการอัปเดตซอฟต์แวร์โดยอัตโนมัติ (ไม่บังคับ) ฟังก์ชันนี้ต้องการการเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ต
- เลือกบันทึก
ตั้งค่าพารามิเตอร์การวิ่ง
บันทึก: คำแนะนำนี้ใช้กับซอฟต์แวร์ควบคุม NextSeq™ 1.4/1000 เวอร์ชัน 2000 บางขั้นตอนที่อธิบายด้านล่างอาจแตกต่างออกไปเมื่อใช้เวอร์ชัน v1.2
- จากเมนูซอฟต์แวร์ควบคุม เลือก เริ่ม
- เลือก ตั้งค่ารันใหม่ด้วยตนเอง แล้วกด ตั้งค่า
- ในหน้า Run Setup ให้ตั้งค่าพารามิเตอร์ run ดังนี้:
- ในฟิลด์ชื่อการทดสอบ ให้ป้อนรหัสการทดสอบที่ไม่ซ้ำ
- ในรายการดรอปดาวน์ ประเภทการอ่าน ให้เลือกตัวเลือก อ่านครั้งเดียว
- ใส่จำนวนรอบดังนี้
- อ่าน 1: 24
- ดัชนี 1: 0
- ดัชนี 2: 0
- อ่าน 2: 0
บันทึก: สิ่งสำคัญคือต้องตั้งค่า Read 1 เป็น 24 มิฉะนั้นการรันทั้งหมดจะล้มเหลว ไม่ต้องสนใจข้อความเตือนเมื่อป้อนจำนวนรอบ
- ในรายการดรอปดาวน์ Custom Primer Wells ให้เลือก No
- ในฟิลด์ สูตรอาหารแบบกำหนดเอง (ไม่บังคับ) เลือก เลือก เพื่อนำทางและเลือก XML สูตรอาหารแบบกำหนดเอง file Olink_NSQ2K_P2_V1. เลือกเปิด
- ห้ามนำเข้าสampเลอชีท.
- ตรวจสอบให้แน่ใจว่าตำแหน่งโฟลเดอร์ผลลัพธ์ถูกต้อง มิฉะนั้น ให้เลือก เลือก เพื่อนำทางและเลือกตำแหน่งโฟลเดอร์ผลลัพธ์ที่ต้องการ
- ในฟิลด์ Denature and Dilute Onboard ให้เลือก Enabled จากรายการดรอปดาวน์
- เลือกเตรียม
ใส่ตลับหมึกที่โหลดไว้
- เลือกโหลด ที่บังแผงหน้าปัดเปิดขึ้นและเลื่อนถาดออกมา
- วางคาร์ทริดจ์ที่ใส่ไว้ในถาดโดยหงายฉลากขึ้นและโฟลว์เซลล์ด้านในเครื่องมือ
- เลือกปิด
- เมื่อโหลดคาร์ทริดจ์อย่างถูกต้องแล้ว ให้ตรวจสอบพารามิเตอร์การทำงานและเลือก Sequence เครื่องมือจะทำการตรวจสอบก่อนการทำงานสำหรับเครื่องมือและฟลูอิดิกส์
- บันทึก: ในระหว่างการตรวจสอบฟลูอิดิกส์ คาดว่าจะได้ยินเสียงดังหลายครั้ง
- ตรวจสอบให้แน่ใจว่าเริ่มทำงานหลังจากการตรวจสอบก่อนการทำงานอัตโนมัติเสร็จสิ้น (ประมาณ 15 นาที) เวลารันลำดับคือประมาณ 10h30 นาที
- บันทึก: สำหรับความล้มเหลวในการตรวจสอบก่อนรัน โปรดดูคำแนะนำจากผู้ผลิต ระวังอย่าชนหรือรบกวน NextSeq™ 2000 ในระหว่างการรันลำดับ เครื่องมือมีความไวต่อการสั่นสะเทือน
- ทำความสะอาดพื้นที่ทำงาน
ตรวจสอบความคืบหน้าในการเรียกใช้
Olink ใช้ NGS เป็นค่าที่อ่านได้เพื่อหาปริมาณของลำดับที่ทราบเพื่อประเมินความเข้มข้นของโปรตีนที่กำหนดใน samples (เทียบกับ s อื่น ๆampเลส). คุณภาพข้อมูลจากการรันลำดับ Explore แต่ละครั้งถูกกำหนดโดยพารามิเตอร์ QC เฉพาะของเทคโนโลยี Olink เป็นหลัก ดังนั้น เมตริกการควบคุมคุณภาพมาตรฐานที่ใช้ใน NGS ทั่วไป เช่น Q-score จึงมีความสำคัญน้อยกว่า
นำคาร์ทริดจ์ออกและทิ้งหลังจากการรัน
คำเตือน: น้ำยาชุดนี้ประกอบด้วยสารเคมีที่อาจเป็นอันตราย สวมอุปกรณ์ป้องกันอย่างเพียงพอและทิ้งน้ำยาที่ใช้แล้วตามมาตรฐานที่บังคับใช้ สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม โปรดดูคู่มือระบบ Illumina NextSeq 1000 และ 2000 (เอกสาร #1000000109376)
- เมื่อดำเนินการเสร็จสิ้น ให้เลือกนำคาร์ทริดจ์ออก
- บันทึก: คาร์ทริดจ์ที่ใช้แล้วรวมถึงโฟลว์เซลล์สามารถทิ้งไว้ได้จนกว่าจะใช้งานครั้งต่อไป แต่ไม่เกิน 3 วัน
- นำตลับหมึกออกจากถาด
- กำจัดรีเอเจนต์ตามมาตรฐานที่บังคับใช้
- เลือกปิดประตู ใส่ถาดใหม่แล้ว
- เลือกหน้าแรกเพื่อกลับไปที่หน้าจอหลัก
- บันทึก: เนื่องจากคาร์ทริดจ์มีกลไกทั้งหมดในการรันระบบ เช่นเดียวกับอ่างเก็บน้ำสำหรับเก็บรีเอเจนต์ที่ใช้แล้ว จึงไม่จำเป็นต้องล้างเครื่องมือหลังการทำงาน
ประวัติการแก้ไข
เวอร์ชัน | วันที่ | คำอธิบาย |
1.0 | 2021-12-01 | ใหม่ |
สำหรับใช้ในการวิจัยเท่านั้น ห้ามใช้ในขั้นตอนการวินิจฉัย
ผลิตภัณฑ์นี้มีใบอนุญาตสำหรับการใช้ผลิตภัณฑ์ Olink ที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์ ผู้ใช้เชิงพาณิชย์อาจต้องมีใบอนุญาตเพิ่มเติม โปรดติดต่อ Olink Proteomics AB สำหรับรายละเอียด ไม่มีการรับประกันใด ๆ ไม่ว่าโดยชัดแจ้งหรือโดยปริยาย ซึ่งครอบคลุมเกินกว่าคำอธิบายนี้ Olink Proteomics AB ไม่รับผิดชอบต่อความเสียหายต่อทรัพย์สิน การบาดเจ็บส่วนบุคคล หรือการสูญเสียทางเศรษฐกิจที่เกิดจากผลิตภัณฑ์นี้ เครื่องหมายการค้าต่อไปนี้เป็นของ Olink Proteomics AB: Olink® ผลิตภัณฑ์นี้อยู่ภายใต้สิทธิบัตรหลายฉบับและคำขอรับสิทธิบัตรที่ https://www.olink.com/patents/.
© ลิขสิทธิ์ 2021 Olink Proteomics AB เครื่องหมายการค้าของบุคคลที่สามทั้งหมดเป็นทรัพย์สินของเจ้าของที่เกี่ยวข้อง
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, สวีเดน
1193, v1.0, 2021-12-01
เอกสาร / แหล่งข้อมูล
![]() |
Olink NextSeq 2000 สำรวจระบบการจัดลำดับ [พีดีเอฟ] คู่มือการใช้งาน NextSeq 2000 สำรวจระบบลำดับ NextSeq 2000 สำรวจระบบลำดับ |