ओलिंक नेक्स्टसेक 2000 एक्सप्लोर सीक्वेंसिंग सिस्टम
दस्तावेज़ नोट
ओलिंक® एक्सप्लोर यूजर मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1153, अप्रचलित है, और इसे निम्नलिखित दस्तावेजों से बदल दिया गया है:
- ओलिंक® एक्सप्लोर ओवरview उपयोगकर्ता मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1187
- ओलिंक® एक्सप्लोर 384 उपयोगकर्ता मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1188
- ओलिंक® एक्सप्लोर 4 x 384 उपयोगकर्ता मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1189
- ओलिंक® एक्सप्लोर 1536 और एक्सपेंशन यूजर मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1190
- ओलिंक® एक्सप्लोर 3072 उपयोगकर्ता मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1191
- Olink® NextSeq 550 उपयोगकर्ता मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1192 का उपयोग करके अनुक्रमण का अन्वेषण करें
- Olink® NextSeq 2000 उपयोगकर्ता मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1193 का उपयोग करके अनुक्रमण का अन्वेषण करें
- Olink® NovaSeq 6000 उपयोगकर्ता मैनुअल, डॉक्टर एनआर 1194 का उपयोग करके अनुक्रमण का अन्वेषण करें
परिचय
उपयोग का उद्देश्य
ओलिंक® एक्सप्लोर मानव प्रोटीन बायोमार्कर खोज के लिए एक मल्टीप्लेक्स इम्यूनोएसे प्लेटफॉर्म है। उत्पाद केवल अनुसंधान उपयोग के लिए अभिप्रेत है, न कि नैदानिक प्रक्रियाओं में उपयोग के लिए। प्रयोगशाला का काम केवल प्रशिक्षित प्रयोगशाला कर्मचारियों द्वारा ही चलाया जाएगा। डाटा प्रोसेसिंग केवल प्रशिक्षित कर्मचारियों द्वारा किया जाएगा। परिणाम शोधकर्ताओं द्वारा अन्य नैदानिक या प्रयोगशाला निष्कर्षों के संयोजन में उपयोग किए जाने के लिए हैं।
इस मैनुअल के बारे में
यह उपयोगकर्ता पुस्तिका Illumina® NextSeq™ 2000 पर Olink® एक्सप्लोर लाइब्रेरी को अनुक्रमित करने के लिए आवश्यक निर्देश प्रदान करती है। निर्देशों का कड़ाई से और स्पष्ट रूप से पालन किया जाना चाहिए। प्रयोगशाला चरणों के दौरान किसी भी विचलन के परिणामस्वरूप बिगड़ा हुआ डेटा हो सकता है। प्रयोगशाला कार्यप्रवाह शुरू करने से पहले, Olink® एक्सप्लोर ओवर देखेंview प्लेटफ़ॉर्म के परिचय के लिए उपयोगकर्ता पुस्तिका, जिसमें अभिकर्मकों, उपकरण और आवश्यक दस्तावेज़ीकरण के बारे में जानकारी शामिल है, एक ओवरview वर्कफ़्लो के साथ-साथ प्रयोगशाला दिशानिर्देश। ओलिंक® एक्सप्लोर रिएजेंट किट को चलाने के तरीके के बारे में निर्देशों के लिए, लागू ओलिंक® एक्सप्लोर यूजर मैनुअल देखें। Olink® एक्सप्लोर अनुक्रम परिणामों के डेटा प्रोसेसिंग और विश्लेषण के लिए, Olink® MyData क्लाउड उपयोगकर्ता मार्गदर्शिका देखें। इस सामग्री में निहित सभी ट्रेडमार्क और कॉपीराइट ओलिंक® प्रोटिओमिक्स एबी की संपत्ति हैं, जब तक कि अन्यथा न कहा गया हो।
तकनीकी समर्थन
तकनीकी सहायता के लिए ओलिंक प्रोटिओमिक्स से संपर्क करें: support@olink.com.
प्रयोगशाला निर्देश
यह अध्याय NextSeq™ 2000/1000 P2000 अभिकर्मकों (2 चक्र) v100 का उपयोग करके NextSeq™ 3 पर Olink लाइब्रेरी को अनुक्रमित करने के तरीके के बारे में निर्देश प्रदान करता है। अनुक्रमण के लिए उपयोग किया जाने वाला प्रोटोकॉल Illumina® NextSeq™ 2000 के लिए Illumina® मानक NGS वर्कफ़्लो का एक अनुकूलन है। अनुक्रमण के लिए आगे बढ़ने से पहले, सुनिश्चित करें कि शुद्ध Olink लाइब्रेरी की गुणवत्ता सत्यापित की गई है। गुणवत्ता नियंत्रण के बारे में निर्देशों के लिए लागू Olink Explore उपयोगकर्ता मैनुअल देखें।
अनुक्रमण रन की योजना बनाएं
एक ओलिंक लाइब्रेरी को प्रति NextSeq™ 2000 P2 फ्लो सेल और प्रति रन अनुक्रमित किया जा सकता है। विभिन्न ओलिंक एक्सप्लोर रिएजेंट किट को अनुक्रमित करने के लिए आवश्यक P2 फ्लो सेल और रन की संख्या तालिका 1 में वर्णित है। यदि एक से अधिक रन की आवश्यकता है, तो इस मैनुअल में वर्णित निर्देशों को दोहराएं।
तालिका 1 अनुक्रमण चलाने की योजना बना
| Olink® एक्सप्लोर रीएजेंट किट | ओलिंक पुस्तकालयों की संख्या | फ्लो सेल की संख्या और रन |
| Olink® 384 रीएजेंट किट एक्सप्लोर करें | 1 | 1 |
| Olink® एक्सप्लोर 4 x 384 रिएजेंट किट | 4 | 4 |
| Olink® 1536 रीएजेंट किट एक्सप्लोर करें | 4 | 4 |
| Olink® विस्तार अभिकर्मक किट एक्सप्लोर करें | 4 | 4 |
| Olink® 3072 रीएजेंट किट एक्सप्लोर करें | 8 | 8 |
Olink® कस्टम रेसिपी इंस्टॉल करें
Olink कस्टम रेसिपी xml सहेजें-file उपयुक्त उपकरण फ़ोल्डर में Olink_NSQ2K_P2_V1।
टिप्पणी: Olink कस्टम नुस्खा केवल NextSeq™ 1000/2000 P2 अभिकर्मकों (100 चक्र) v3 किट और NextSeq™ 1000/2000 नियंत्रण सॉफ़्टवेयर v1.2 या v1.4 के साथ काम करेगा।
अनुक्रमण अभिकर्मकों को तैयार करें
इस चरण के दौरान, क्लस्टरिंग और अनुक्रमण अभिकर्मकों वाले अभिकर्मक कारतूस को पिघलाया जाता है और प्रवाह सेल तैयार किया जाता है।
चेतावनी: अभिकर्मक कार्ट्रिज में संभावित खतरनाक रसायन होते हैं। पर्याप्त सुरक्षात्मक उपकरण पहनें और लागू मानकों के अनुसार इस्तेमाल किए गए अभिकर्मकों को त्याग दें। अधिक जानकारी के लिए, Illumina NextSeq 1000 और 2000 सिस्टम गाइड (दस्तावेज़ #1000000109376) देखें।
अभिकर्मक कारतूस तैयार करें
बंद कारतूस को तीन अलग-अलग तरीकों से पिघलाया जा सकता है: कमरे के तापमान पर, नियंत्रित पानी के स्नान में या रेफ्रिजरेटर में।
बेंच तैयार करें
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 अभिकर्मक कार्ट्रिज (100 चक्र)
निर्देश
- तालिका 2में वर्णित अभिकर्मक कार्ट्रिज को गला लें।
तालिका 2. अभिकर्मक कार्ट्रिज विगलन विधियाँ
| गलाने की विधि | निर्देश |
| कमरे के तापमान पर |
|
| पानी के स्नान में |
|
| रेफ्रिजरेटर में |
|
टिप्पणी: पिघले हुए कार्ट्रिज को फिर से जमाया नहीं जा सकता है और इसे अधिकतम 4 घंटों के लिए 72 डिग्री सेल्सियस पर संग्रहित किया जाना चाहिए।
फ्लो सेल तैयार करें
बेंच तैयार करें
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 फ्लो सेल
निर्देश
- प्रशीतित प्रवाह सेल को 10-15 मिनट के लिए कमरे के तापमान पर लाएं।
अनुक्रमण के लिए ओलिंक® लाइब्रेरी तैयार करें
इस चरण के दौरान, शुद्ध और गुणवत्ता नियंत्रित ओलिंक लाइब्रेरी को अंतिम लोडिंग सांद्रता तक पतला किया जाता है। ध्यान दें कि लाइब्रेरी विकृतीकरण उपकरण पर स्वचालित रूप से किया जाता है।
बेंच तैयार करें
- लिब ट्यूब, लागू ओलिंक एक्सप्लोर यूजर मैनुअल के अनुसार तैयार किया गया
- ट्वीन 1 के साथ 20x आरएसबी
- मिलीक्यू पानी
- 2x माइक्रोसेंट्रीफ्यूज ट्यूब (1.5 एमएल)
- मैनुअल पिपेट (10, 100 और 1000 μL)
- फ़िल्टर पिपेट युक्तियाँ
आपके शुरू करने से पहले
- अगर जमी हो तो लिब ट्यूब को पिघला लें।
- 20 मिनट के लिए कमरे के तापमान पर ट्वीन 10 के साथ जमे हुए आरएसबी को पिघलाएं। उपयोग करने तक +4 डिग्री सेल्सियस पर स्टोर करें।
- निम्नानुसार दो नए 1.5 एमएल माइक्रोसेंट्रीफ्यूज ट्यूबों को चिह्नित करें:
- एक ट्यूब पर "दिल" लगाएं (1:100 डाइल्यूटेड लाइब्रेरी के लिए)
- एक ट्यूब "Seq" (लाइब्रेरी लोड करने के लिए तैयार के लिए) चिह्नित करें
निर्देश
- Dil Tube में 495 μL MilliQ पानी डालें।
- लिब ट्यूब को वोर्टेक्स करें और इसे संक्षिप्त रूप से स्पिन करें।
- मैन्युअल रूप से 5 μL को लिब ट्यूब से दिल ट्यूब में स्थानांतरित करें।
- भंवर दिल ट्यूब और इसे संक्षेप में नीचे स्पिन।
- ट्वीन 20 के साथ आरबीएस के 20 माइक्रोन को सेक ट्यूब में जोड़ें।
- दिल ट्यूब से Seq ट्यूब में मैन्युअल रूप से 20 μL स्थानांतरित करें।
- Seq ट्यूब को भंवर करें और इसे संक्षेप में नीचे घुमाएं।
- तुरंत 2.5 लोड प्रवाह सेल और Olink® लाइब्रेरी अभिकर्मक कारतूस में जारी रखें।
टिप्पणी: संभावित पुन: चलाने के मामले में -20 डिग्री सेल्सियस पर लिब ट्यूब (ओं) को स्टोर करें।
रीएजेंट कार्ट्रिज में फ्लो सेल और ओलिंक® लाइब्रेरी लोड करें
इस चरण के दौरान, प्रवाह सेल और पतला ओलिंक लाइब्रेरी को पिघले हुए अभिकर्मक कार्ट्रिज में लोड किया जाता है।
बेंच तैयार करें
- 1x पिघला हुआ NextSeq™ 1000/2000 P2 अभिकर्मक कारतूस (100 चक्र), पिछले चरण में तैयार किया गया
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 फ्लो सेल, पिछले चरण में तैयार किया गया
- सीक ट्यूब (लोड करने के लिए तैयार पतला ओलिंक लाइब्रेरी के साथ), पिछले चरण में तैयार किया गया
- मैनुअल पिपेट (100 μL)
- पिपेट टिप (1 एमएल)
कारतूस तैयार करें
- सिल्वर फॉइल बैग से कार्ट्रिज निकालें।
- पिघले हुए अभिकर्मकों को अच्छी तरह से मिलाने के लिए कार्ट्रिज को दस बार पलटें।
टिप्पणी: आंतरिक घटकों को झनझनाहट सुनना सामान्य है।
प्रवाह सेल को कारतूस में लोड करें
- फ्लो सेल को कार्ट्रिज में लोड करने के लिए तैयार होने पर, फ्लो सेल को पैकेज से हटा दें। टैब पर लेबल को ऊपर की ओर रखते हुए फ्लो सेल को धूसर टैब के पास पकड़ें। प्रवाह सेल की कांच की सतह को दूषित करने से बचने के लिए नए पाउडर मुक्त दस्ताने का प्रयोग करें।
- कार्ट्रिज के सामने फ्लो सेल स्लॉट में फ्लो सेल डालें। एक श्रव्य क्लिक इंगित करता है कि प्रवाह कक्ष सही ढंग से रखा गया है।
- ग्रे टैब को खींचकर निकालें।
Olink® लाइब्रेरी को कार्ट्रिज में लोड करें
- लाइब्रेरी जलाशय को साफ 1 एमएल पिपेट टिप से पियर्स करें।
- Seq ट्यूब से Olink लाइब्रेरी के 20 μL को लाइब्रेरी जलाशय के तल में लोड करें।
ओलिंक® सीक्वेंसिंग रन करें
इस चरण के दौरान, लोडेड फ्लो सेल और ओलिंक लाइब्रेरी के साथ बफर कार्ट्रिज को नेक्स्टसेक™ 2000 में लोड किया जाता है, और ओलिंक रेसिपी का उपयोग करके सीक्वेंसिंग रन शुरू किया जाता है।
बेंच तैयार करें
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 अभिकर्मक कारतूस (100 चक्र) NextSeq™ 1000/2000 P2 प्रवाह सेल और पिछले चरण में तैयार पतला ओलिंक लाइब्रेरी के साथ लोड किया गया।
रन मोड को कॉन्फ़िगर करें
- नियंत्रण सॉफ्टवेयर मेनू से, सेटिंग्स का चयन करें।
- बेसस्पेस सीक्वेंस हब सर्विसेज एंड प्रोएक्टिव सपोर्ट के तहत, लोकल रन सेटअप चुनें।
- अतिरिक्त सेटिंग्स के रूप में केवल सक्रिय समर्थन का चयन करें। इस फ़ंक्शन के लिए इंटरनेट कनेक्शन की आवश्यकता होती है।
- अपने डेटा के लिए होस्टिंग स्थान का चयन करें। होस्टिंग स्थान आपके क्षेत्र में या उसके आस-पास होना चाहिए।
- वर्तमान रन रॉ डेटा के लिए आउटपुट फ़ोल्डर स्थान सेट करें। नेविगेट करने के लिए चुनें का चयन करें और आउटपुट फ़ोल्डर का चयन करें।
- उपकरण पर लाइब्रेरी को स्वचालित रूप से विकृत करने और पतला करने के लिए डेन्चर और डाइल्यूट ऑन बोर्ड चेकबॉक्स का चयन करें।
- कारतूस के खर्च किए गए अभिकर्मकों के डिब्बे में अप्रयुक्त अभिकर्मकों को स्वचालित रूप से शुद्ध करने के लिए पर्ज अभिकर्मक कार्ट्रिज चेकबॉक्स का चयन करें।
- सॉफ़्टवेयर अपडेट (वैकल्पिक) के लिए स्वचालित रूप से जाँच करने के लिए सॉफ़्टवेयर अपडेट के लिए ऑटोचेक चेकबॉक्स चुनें। इस फ़ंक्शन के लिए इंटरनेट कनेक्शन की आवश्यकता होती है।
- सहेजें चुनें.
रन पैरामीटर सेट करें
टिप्पणी: यह निर्देश NextSeq™ 1.4/1000 नियंत्रण सॉफ़्टवेयर के संस्करण 2000 पर लागू होता है। संस्करण v1.2 का उपयोग करते समय नीचे वर्णित चरणों में से कुछ भिन्न हो सकते हैं
- नियंत्रण सॉफ़्टवेयर मेनू से, प्रारंभ करें का चयन करें।
- मैन्युअली सेट अप न्यू रन चुनें और सेटअप दबाएं।
- रन सेटअप पेज में, रन पैरामीटर को निम्नानुसार सेट करें:
- रन नाम फ़ील्ड में, एक अद्वितीय प्रयोग आईडी दर्ज करें।
- पठन प्रकार ड्रॉप-डाउन सूची में, एकल पठन विकल्प चुनें।
- चक्रों की संख्या इस प्रकार दर्ज करें:
- 1 पढ़ें: 24
- सूचकांक 1: 0
- सूचकांक 2: 0
- 2 पढ़ें: 0
टिप्पणी: यह महत्वपूर्ण है कि रीड 1 को 24 पर सेट किया जाए, अन्यथा पूरा रन विफल हो जाएगा। चक्रों की संख्या दर्ज करते समय चेतावनी संदेशों को अनदेखा करें।
- कस्टम प्राइमर वेल्स ड्रॉप-डाउन सूची में, नहीं चुनें।
- कस्टम रेसिपी (वैकल्पिक) फ़ील्ड में, नेविगेट करने के लिए चुनें चुनें और कस्टम रेसिपी XML चुनें file ओलिंक_NSQ2K_P2_V1. ओपन का चयन करें।
- S आयात न करेंampले शीट।
- सुनिश्चित करें कि आउटपुट फ़ोल्डर स्थान सही है। अन्यथा, नेविगेट करने के लिए चुनें का चयन करें और वांछित आउटपुट फ़ोल्डर स्थान का चयन करें।
- डेन्चर और डाइल्यूट ऑनबोर्ड फ़ील्ड में, ड्रॉप-डाउन सूची से सक्षम का चयन करें।
- तैयारी का चयन करें।
लोडेड कार्ट्रिज लोड करें
- लोड का चयन करें। यंत्र का छज्जा खुल जाता है और ट्रे बाहर निकल जाती है।
- लोड किए गए कार्ट्रिज को ट्रे पर इस प्रकार रखें कि लेबल ऊपर की ओर हो और फ्लो सेल उपकरण के अंदर हो।
- बंद करें चुनें.
- एक बार कार्ट्रिज ठीक से लोड हो जाने के बाद, रन पैरामीटर्स को सत्यापित करें और अनुक्रम का चयन करें। उपकरण उपकरण और तरल पदार्थ के लिए प्री-रन चेक करता है।
- टिप्पणी: फ्लुइडिक्स जांच के दौरान, कई पॉपिंग आवाजें सुनने की उम्मीद है।
- सुनिश्चित करें कि रन स्वचालित प्री-रन चेक पूरा होने के बाद शुरू होता है (~15 मिनट)। अनुक्रमण चलाने का समय लगभग 10h30 मिनट है।
- टिप्पणी: किसी भी प्री-रन चेक विफलता के लिए, निर्माता के निर्देशों को देखें। अनुक्रमण रन के दौरान NextSeq™ 2000 से टकराने या अन्यथा उसे परेशान न करने के लिए सावधान रहें। यह उपकरण कंपन के प्रति संवेदनशील है।
- कार्य क्षेत्र को साफ करें।
मॉनिटर रन प्रगति
ओलिंक एस में दिए गए प्रोटीन की एकाग्रता का अनुमान लगाने के लिए ज्ञात अनुक्रम की मात्रा को मापने के लिए एनजीएस को रीडआउट के रूप में उपयोग करता हैampलेस (अन्य एस के सापेक्षampलेस). प्रत्येक एक्सप्लोर सीक्वेंसिंग रन से डेटा की गुणवत्ता मुख्य रूप से ओलिंक तकनीक के लिए अद्वितीय QC मापदंडों द्वारा निर्धारित की जाती है। इसलिए, क्यू-स्कोर जैसे पारंपरिक एनजीएस में उपयोग किए जाने वाले मानक गुणवत्ता नियंत्रण मेट्रिक्स कम महत्वपूर्ण हैं।
चलाने के बाद कारतूस को बाहर निकालें और फेंक दें
चेतावनी: अभिकर्मकों के इस सेट में संभावित खतरनाक रसायन होते हैं। पर्याप्त सुरक्षात्मक उपकरण पहनें और लागू मानकों के अनुसार इस्तेमाल किए गए अभिकर्मकों को त्याग दें। अधिक जानकारी के लिए, Illumina NextSeq 1000 और 2000 सिस्टम गाइड (दस्तावेज़ #1000000109376) देखें।
- रन पूरा होने पर, कार्ट्रिज इजेक्ट करें चुनें।
- टिप्पणी: फ्लो सेल सहित उपयोग किए गए कार्ट्रिज को अगले रन तक छोड़ा जा सकता है, लेकिन 3 दिनों से अधिक नहीं।
- ट्रे से कार्ट्रिज निकाल लें।
- लागू मानकों के अनुसार अभिकर्मकों का निपटान।
- क्लोज डोर चुनें। ट्रे को फिर से लोड किया जाता है।
- होम स्क्रीन पर लौटने के लिए होम का चयन करें।
- टिप्पणी: चूंकि कार्ट्रिज में सिस्टम को चलाने के लिए सभी तंत्र होते हैं, साथ ही उपयोग किए गए अभिकर्मकों को इकट्ठा करने के लिए एक जलाशय होता है, चलाने के बाद उपकरण धोने की कोई आवश्यकता नहीं होती है।
संशोधन इतिहास
| संस्करण | तारीख | विवरण |
| 1.0 | 2021-12-01 | नया |
केवल अनुसंधान उपयोग के लिए। नैदानिक प्रक्रियाओं के उपयोग में नहीं।
इस उत्पाद में ओलिंक उत्पादों के गैर-वाणिज्यिक उपयोग के लिए लाइसेंस शामिल है। वाणिज्यिक उपयोगकर्ताओं को अतिरिक्त लाइसेंस की आवश्यकता हो सकती है। कृपया विवरण के लिए ओलिंक प्रोटिओमिक्स एबी से संपर्क करें। कोई भी वारंटी, व्यक्त या निहित नहीं है, जो इस विवरण से परे हो। ओलिंक प्रोटिओमिक्स एबी इस उत्पाद के कारण होने वाली संपत्ति की क्षति, व्यक्तिगत चोट या आर्थिक नुकसान के लिए उत्तरदायी नहीं है। निम्नलिखित ट्रेडमार्क ओलिंक प्रोटिओमिक्स एबी के स्वामित्व में है: ओलिंक®। यह उत्पाद कई पेटेंट और पेटेंट आवेदनों द्वारा कवर किया गया है जो यहां उपलब्ध हैं https://www.olink.com/patents/.
© कॉपीराइट 2021 ओलिंक प्रोटिओमिक्स एबी। सभी तृतीय-पक्ष ट्रेडमार्क उनके संबंधित स्वामियों की संपत्ति हैं।
ओलिंक प्रोटिओमिक्स, डैग हैमरस्कॉल्ड्स वाग 52बी, एसई-752 37 उप्साला, स्वीडन
1193, v1.0, 2021-12-01
दस्तावेज़ / संसाधन
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ओलिंक नेक्स्टसेक 2000 एक्सप्लोर सीक्वेंसिंग सिस्टम [पीडीएफ] उपयोगकर्ता पुस्तिका NextSeq 2000, एक्सप्लोर सीक्वेंसिंग सिस्टम, NextSeq 2000 एक्सप्लोर सीक्वेंसिंग सिस्टम |
