Olink NextSeq 2000 एक्सप्लोर सिक्वेन्सिंग सिस्टम
दस्तऐवज नोट
Olink® एक्सप्लोर यूजर मॅन्युअल, doc nr 1153, अप्रचलित आहे आणि खालील कागदपत्रांनी बदलले आहे:
- Olink® एक्सप्लोर ओव्हरview वापरकर्ता मॅन्युअल, doc nr 1187
- Olink® एक्सप्लोर 384 वापरकर्ता मॅन्युअल, doc nr 1188
- Olink® एक्सप्लोर 4 x 384 वापरकर्ता मॅन्युअल, doc nr 1189
- Olink® एक्सप्लोर 1536 आणि विस्तार वापरकर्ता मॅन्युअल, doc nr 1190
- Olink® एक्सप्लोर 3072 वापरकर्ता मॅन्युअल, doc nr 1191
- ओलिंक® नेक्स्टसेक 550 वापरकर्ता मॅन्युअल, डॉक एनआर 1192 वापरून अनुक्रम एक्सप्लोर करा
- ओलिंक® नेक्स्टसेक 2000 वापरकर्ता मॅन्युअल, डॉक एनआर 1193 वापरून अनुक्रम एक्सप्लोर करा
- Olink® NovaSeq 6000 वापरकर्ता मॅन्युअल, doc nr 1194 वापरून एक्सप्लोर करा
परिचय
अभिप्रेत वापर
ऑलिंक® एक्सप्लोर हे मानवी प्रोटीन बायोमार्कर शोधासाठी एक मल्टीप्लेक्स इम्युनोसे प्लॅटफॉर्म आहे. उत्पादन केवळ संशोधनाच्या वापरासाठी आहे, आणि निदान प्रक्रियेत वापरण्यासाठी नाही. प्रयोगशाळेचे काम केवळ प्रशिक्षित प्रयोगशाळेतील कर्मचाऱ्यांद्वारेच चालवले जाईल. डेटा प्रक्रिया केवळ प्रशिक्षित कर्मचार्यांकडूनच केली जाईल. परिणाम संशोधकांनी इतर नैदानिक किंवा प्रयोगशाळेतील निष्कर्षांच्या संयोगाने वापरायचे आहेत.
या मॅन्युअल बद्दल
हे वापरकर्ता मॅन्युअल Illumina® NextSeq™ 2000 वर Olink® एक्सप्लोर लायब्ररी अनुक्रमित करण्यासाठी आवश्यक असलेल्या सूचना प्रदान करते. सूचनांचे काटेकोरपणे आणि स्पष्टपणे पालन करणे आवश्यक आहे. प्रयोगशाळेच्या संपूर्ण पायऱ्यांमधील कोणत्याही विचलनामुळे डेटा खराब होऊ शकतो. प्रयोगशाळेचा कार्यप्रवाह सुरू करण्यापूर्वी, Olink® Explore Over चा सल्ला घ्याview प्लॅटफॉर्मच्या परिचयासाठी वापरकर्ता मॅन्युअल, अभिकर्मक, उपकरणे आणि आवश्यक दस्तऐवजीकरण, एक ओव्हर याविषयी माहितीसहview वर्कफ्लो, तसेच प्रयोगशाळा मार्गदर्शक तत्त्वे. Olink® Explore Reagent Kits कसे चालवायचे यावरील सूचनांसाठी, लागू Olink® एक्सप्लोर यूजर मॅन्युअल पहा. Olink® एक्सप्लोर अनुक्रम परिणामांच्या डेटा प्रक्रिया आणि विश्लेषणासाठी, Olink® MyData क्लाउड वापरकर्ता मार्गदर्शक पहा. या सामग्रीमध्ये असलेले सर्व ट्रेडमार्क आणि कॉपीराइट हे Olink® Proteomics AB ची मालमत्ता आहेत, अन्यथा नमूद केल्याशिवाय.
तांत्रिक समर्थन
तांत्रिक समर्थनासाठी, Olink Proteomics शी येथे संपर्क साधा: support@olink.com.
प्रयोगशाळेच्या सूचना
हा धडा NextSeq™ 2000/1000 P2000 Reagents (2 Cycles) v100 वापरून NextSeq™ 3 वर Olink लायब्ररींची क्रमवारी कशी लावायची याबद्दल सूचना पुरवतो. सिक्वेन्सिंगसाठी वापरलेला प्रोटोकॉल हा Illumina® NextSeq™ 2000 साठी Illumina® मानक NGS वर्कफ्लोचे रूपांतर आहे. क्रमाने पुढे जाण्यापूर्वी, शुद्ध केलेल्या ओलिंक लायब्ररीची गुणवत्ता सत्यापित केली गेली आहे याची खात्री करा. गुणवत्ता नियंत्रणाच्या सूचनांसाठी लागू Olink एक्सप्लोर वापरकर्ता मॅन्युअल पहा.
सिक्वेन्सिंग रनची योजना करा
एक ओलिंक लायब्ररी प्रत्येक नेक्स्टसेक™ 2000 P2 फ्लो सेल आणि प्रति रन अनुक्रमित केली जाऊ शकते. वेगवेगळ्या ओलिंक एक्सप्लोर रिएजंट किट्सचा क्रम लावण्यासाठी आवश्यक असलेल्या P2 फ्लो सेल आणि रनची संख्या तक्ता 1 मध्ये वर्णन केली आहे. एकापेक्षा जास्त रन आवश्यक असल्यास, या मॅन्युअलमध्ये वर्णन केलेल्या सूचनांची पुनरावृत्ती करा.
तक्ता 1. क्रमाने धावण्याचे नियोजन
Olink® एक्सप्लोर अभिकर्मक किट | ओलिंक लायब्ररींची संख्या | फ्लो सेल(से) आणि रन(चे) ची संख्या |
Olink® एक्सप्लोर 384 अभिकर्मक किट | 1 | 1 |
Olink® एक्सप्लोर 4 x 384 अभिकर्मक किट | 4 | 4 |
Olink® एक्सप्लोर 1536 अभिकर्मक किट | 4 | 4 |
ओलिंक® एक्सप्लोर एक्सपेन्शन अभिकर्मक किट | 4 | 4 |
Olink® एक्सप्लोर 3072 अभिकर्मक किट | 8 | 8 |
Olink® सानुकूल कृती स्थापित करा
ऑलिंक सानुकूल रेसिपी xml- जतन कराfile योग्य इन्स्ट्रुमेंट फोल्डरमध्ये Olink_NSQ2K_P2_V1.
टीप: Olink कस्टम रेसिपी फक्त NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 kit आणि NextSeq™ 1000/2000 कंट्रोल सॉफ्टवेअर v1.2 किंवा v1.4 सह कार्य करेल.
सिक्वेन्सिंग अभिकर्मक तयार करा
या चरणादरम्यान, क्लस्टरिंग आणि सिक्वेन्सिंग अभिकर्मक असलेले अभिकर्मक काडतूस वितळले जाते आणि फ्लो सेल तयार केला जातो.
चेतावणी: अभिकर्मक कार्ट्रिजमध्ये संभाव्य घातक रसायने असतात. पुरेशी संरक्षक उपकरणे घाला आणि लागू असलेल्या मानकांनुसार वापरलेले अभिकर्मक टाकून द्या. अधिक माहितीसाठी, Illumina NextSeq 1000 आणि 2000 सिस्टम मार्गदर्शक (दस्तऐवज #1000000109376) पहा.
अभिकर्मक काडतूस तयार करा
न उघडलेले काडतूस वितळणे तीन वेगवेगळ्या पद्धती वापरून केले जाऊ शकते: खोलीच्या तपमानावर, नियंत्रित पाण्याच्या बाथमध्ये किंवा रेफ्रिजरेटरमध्ये.
खंडपीठ तयार करा
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 अभिकर्मक काडतूस (100 सायकल)
सूचना
- तक्ता 2 मध्ये वर्णन केल्याप्रमाणे अभिकर्मक काडतूस वितळवा.
तक्ता 2. अभिकर्मक काडतूस वितळण्याच्या पद्धती
वितळण्याची पद्धत | सूचना |
खोलीच्या तपमानावर |
|
पाणी बाथ मध्ये |
|
रेफ्रिजरेटर मध्ये |
|
टीप: विरघळलेली काडतुसे पुन्हा गोठविली जाऊ शकत नाहीत आणि जास्तीत जास्त 4 तासांसाठी 72 डिग्री सेल्सिअस तापमानात साठवली पाहिजेत.
फ्लो सेल तयार करा
खंडपीठ तयार करा
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 फ्लो सेल
सूचना
- रेफ्रिजरेटेड फ्लो सेलला खोलीच्या तपमानावर 10-15 मिनिटे आणा.
क्रमवारीसाठी Olink® लायब्ररी तयार करा
या चरणादरम्यान, शुद्ध आणि गुणवत्ता नियंत्रित ओलिंक लायब्ररी अंतिम लोडिंग एकाग्रतेसाठी पातळ केली जाते. लक्षात ठेवा की लायब्ररी विकृतीकरण इन्स्ट्रुमेंटवर स्वयंचलितपणे केले जाते.
खंडपीठ तयार करा
- लिब ट्यूब, लागू असलेल्या ओलिंक एक्सप्लोर युजर मॅन्युअलनुसार तयार
- Tween 1 सह 20x RSB
- मिलीक्यू पाणी
- 2x मायक्रोसेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (1.5 मिली)
- मॅन्युअल पिपेट (10, 100 आणि 1000 μL)
- पिपेट टिपा फिल्टर करा
आपण सुरू करण्यापूर्वी
- गोठलेली असल्यास लिब ट्यूब वितळवा.
- 20 मिनिटांसाठी खोलीच्या तपमानावर Tween 10 सह गोठलेले RSB वितळवा. वापर होईपर्यंत +4 डिग्री सेल्सियस वर साठवा.
- दोन नवीन 1.5 एमएल मायक्रोसेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब खालीलप्रमाणे चिन्हांकित करा:
- एक ट्यूब "दिल" चिन्हांकित करा (1:100 पातळ केलेल्या लायब्ररीसाठी)
- एक ट्यूब "Seq" चिन्हांकित करा (लायब्ररी लोड करण्यासाठी तयार आहे)
सूचना
- Dil Tube मध्ये 495 μL MilliQ पाणी घाला.
- लिब ट्यूब व्होर्टेक्स करा आणि थोडक्यात खाली फिरवा.
- लिब ट्यूबमधून दिल ट्यूबमध्ये 5 μL व्यक्तिचलितपणे हस्तांतरित करा.
- दिल ट्यूब व्होर्टेक्स करा आणि थोडक्यात खाली फिरवा.
- Seq ट्यूबमध्ये ट्वीन 20 सह 20 μL RBS जोडा.
- दिल ट्यूबमधून सेक ट्यूबमध्ये 20 μL व्यक्तिचलितपणे हस्तांतरित करा.
- Seq ट्यूब व्होर्टेक्स करा आणि थोडक्यात खाली फिरवा.
- ताबडतोब 2.5 फ्लो सेल आणि Olink® लायब्ररीला अभिकर्मक काडतूस मध्ये लोड करणे सुरू ठेवा.
टीप: संभाव्य पुनरावृत्तीच्या बाबतीत लिब ट्यूब (ने) -20 डिग्री सेल्सिअस तापमानात साठवा.
अभिकर्मक काडतूस मध्ये प्रवाह सेल आणि Olink® लायब्ररी लोड करा
या चरणादरम्यान, फ्लो सेल आणि पातळ केलेले ओलिंक लायब्ररी वितळलेल्या अभिकर्मक कार्ट्रिजमध्ये लोड केले जातात.
खंडपीठ तयार करा
- 1x वितळलेले NextSeq™ 1000/2000 P2 अभिकर्मक काडतूस (100 सायकल), मागील चरणात तयार
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 फ्लो सेल, मागील चरणात तयार
- Seq ट्यूब (लोड करण्यासाठी सज्ज ओलिंक लायब्ररी पातळ केलेले), मागील चरणात तयार
- मॅन्युअल पिपेट (100 μL)
- पिपेट टीप (1 एमएल)
काडतूस तयार करा
- चांदीच्या फॉइलच्या पिशवीतून काडतूस काढा.
- आत वितळलेले अभिकर्मक पूर्णपणे मिसळण्यासाठी काडतूस दहा वेळा उलटा.
टीप: अंतर्गत घटकांचा आवाज ऐकणे सामान्य आहे.
फ्लो सेल कार्ट्रिजमध्ये लोड करा
- कार्ट्रिजमध्ये फ्लो सेल लोड करण्यासाठी तयार असताना, फ्लो सेल पॅकेजमधून काढा. फ्लो सेलला राखाडी टॅबने धरून ठेवा, टॅबवरील लेबल वरच्या बाजूला ठेवा. फ्लो सेलच्या काचेच्या पृष्ठभागावर दूषित होऊ नये म्हणून नवीन पावडर मुक्त हातमोजे वापरा.
- कार्ट्रिजच्या समोरील फ्लो सेल स्लॉटमध्ये फ्लो सेल घाला. एक ऐकू येण्याजोगा क्लिक सूचित करतो की फ्लो सेल योग्यरित्या ठेवला आहे.
- ग्रे टॅब बाहेर खेचून काढा.
ओलिंक® लायब्ररी कार्ट्रिजमध्ये लोड करा
- स्वच्छ 1 एमएल पिपेट टीपसह लायब्ररी जलाशयाला छिद्र करा.
- ओलिंक लायब्ररीचे 20 μL Seq ट्यूबमधून लायब्ररी जलाशयाच्या तळाशी लोड करा.
Olink® सिक्वेन्सिंग रन करा
या चरणादरम्यान, लोडेड फ्लो सेल आणि ओलिंक लायब्ररीसह बफर काडतूस नेक्स्टसेक™ 2000 मध्ये लोड केले जाते आणि ओलिंक रेसिपी वापरून क्रमवारी सुरू केली जाते.
खंडपीठ तयार करा
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 अभिकर्मक काडतूस (100 सायकल) नेक्स्टसेक™ 1000/2000 P2 फ्लो सेलसह लोड केलेले आणि आधीच्या चरणात तयार केलेले ओलिंक लायब्ररी.
रन मोड कॉन्फिगर करा
- नियंत्रण सॉफ्टवेअर मेनूमधून, सेटिंग्ज निवडा.
- BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support अंतर्गत, लोकल रन सेटअप निवडा.
- केवळ अतिरिक्त सेटिंग्ज म्हणून सक्रिय समर्थन निवडा. या कार्यासाठी इंटरनेट कनेक्शन आवश्यक आहे.
- तुमच्या डेटासाठी होस्टिंग स्थान निवडा. होस्टिंग स्थान तुमच्या प्रदेशात किंवा जवळ असावे.
- वर्तमान रन रॉ डेटासाठी आउटपुट फोल्डर स्थान सेट करा. नेव्हिगेट करण्यासाठी निवडा निवडा आणि आउटपुट फोल्डर निवडा.
- इन्स्ट्रुमेंट ऑनबोर्ड लायब्ररी आपोआप डिनेचर आणि पातळ करण्यासाठी डिनेचर आणि डायल्युट ऑन बोर्ड चेकबॉक्स निवडा.
- काड्रिजच्या खर्च केलेल्या अभिकर्मकांच्या डब्यात न वापरलेले अभिकर्मक आपोआप शुद्ध करण्यासाठी पर्ज अभिकर्मक कार्ट्रिज चेकबॉक्स निवडा.
- सॉफ्टवेअर अद्यतनांसाठी स्वयंचलितपणे तपासण्यासाठी सॉफ्टवेअर अद्यतनांसाठी ऑटोचेक चेकबॉक्स निवडा (पर्यायी). या कार्यासाठी इंटरनेट कनेक्शन आवश्यक आहे.
- सेव्ह निवडा.
रन पॅरामीटर्स सेट करा
टीप: ही सूचना NextSeq™ 1.4/1000 कंट्रोल सॉफ्टवेअरच्या आवृत्ती 2000 वर लागू होते. आवृत्ती v1.2 वापरताना खाली वर्णन केलेल्या काही पायऱ्या वेगळ्या असू शकतात
- नियंत्रण सॉफ्टवेअर मेनूमधून, प्रारंभ निवडा.
- मॅन्युअली सेट अप नवीन रन निवडा आणि सेटअप दाबा.
- रन सेटअप पृष्ठामध्ये, रन पॅरामीटर्स खालीलप्रमाणे सेट करा:
- रन नेम फील्डमध्ये, एक अद्वितीय प्रयोग आयडी प्रविष्ट करा.
- वाचन प्रकार ड्रॉप-डाउन सूचीमध्ये, सिंगल रीड पर्याय निवडा.
- खालीलप्रमाणे चक्रांची संख्या प्रविष्ट करा:
- १ वाचा: 24
- अनुक्रमणिका 1: 0
- अनुक्रमणिका 2: 0
- १ वाचा: 0
टीप: हे महत्वाचे आहे की रीड 1 24 वर सेट केला आहे, अन्यथा संपूर्ण रन अयशस्वी होईल. चक्रांची संख्या प्रविष्ट करताना चेतावणी संदेशांकडे दुर्लक्ष करा.
- सानुकूल प्राइमर वेल्स ड्रॉप-डाउन सूचीमध्ये, क्रमांक निवडा.
- सानुकूल रेसिपी (पर्यायी) फील्डमध्ये, नेव्हिगेट करण्यासाठी निवडा आणि सानुकूल रेसिपी XML निवडा. file Olink_NSQ2K_P2_V1. उघडा निवडा.
- एस आयात करू नकाampले शीट.
- आउटपुट फोल्डरचे स्थान योग्य असल्याची खात्री करा. अन्यथा, नेव्हिगेट करण्यासाठी निवडा निवडा आणि इच्छित आउटपुट फोल्डर स्थान निवडा.
- डेनचर आणि डायल्यूट ऑनबोर्ड फील्डमध्ये, ड्रॉप-डाउन सूचीमधून सक्षम निवडा.
- तयारी निवडा.
लोड केलेले काडतूस लोड करा
- लोड निवडा. इन्स्ट्रुमेंट व्हिझर उघडतो आणि ट्रे बाहेर काढला जातो.
- लोड केलेले काडतूस ट्रेवर ठेवा ज्याचे लेबल वरच्या बाजूस असेल आणि इन्स्ट्रुमेंटच्या आत फ्लो सेल ठेवा.
- बंद करा निवडा.
- काडतूस योग्यरित्या लोड झाल्यावर, रन पॅरामीटर्स सत्यापित करा आणि अनुक्रम निवडा. इन्स्ट्रुमेंट इन्स्ट्रुमेंट आणि फ्लुइडिक्ससाठी प्री-रन चेक करते.
- टीप: फ्लुइडिक्स तपासणी दरम्यान, अनेक पॉपिंग आवाज ऐकणे अपेक्षित आहे.
- स्वयंचलित प्री-रन चेक पूर्ण झाल्यानंतर रन सुरू होईल याची खात्री करा (~15 मिनिटे). अनुक्रम रन टाइम अंदाजे 10h30 मिनिटे आहे.
- टीप: प्री-रन चेक अयशस्वी होण्यासाठी, निर्मात्याच्या सूचना पहा. सिक्वेन्सिंग रन दरम्यान NextSeq™ 2000 मध्ये टक्कर न देण्याची किंवा अन्यथा अडथळा न येण्याची काळजी घ्या. इन्स्ट्रुमेंट कंपनांना संवेदनशील आहे.
- कामाचे क्षेत्र स्वच्छ करा.
रन प्रगतीचे निरीक्षण करा
ओलिंक s मध्ये दिलेल्या प्रथिनाच्या एकाग्रतेचा अंदाज घेण्यासाठी ज्ञात अनुक्रमाचे प्रमाण मोजण्यासाठी रीडआउट म्हणून NGS चा वापर करते.amples (इतर s च्या सापेक्षampलेस). प्रत्येक एक्सप्लोर सिक्वेन्सिंग रनमधील डेटा गुणवत्ता मुख्यतः Olink तंत्रज्ञानासाठी अद्वितीय QC पॅरामीटर्सद्वारे निर्धारित केली जाते. म्हणून, पारंपरिक NGS मध्ये वापरलेले मानक गुणवत्ता नियंत्रण मेट्रिक्स, जसे की Q-स्कोअर, कमी गंभीर आहेत.
धावल्यानंतर काडतूस बाहेर काढा आणि टाकून द्या
चेतावणी: अभिकर्मकांच्या या संचामध्ये संभाव्य घातक रसायने असतात. पुरेशी संरक्षक उपकरणे घाला आणि लागू असलेल्या मानकांनुसार वापरलेले अभिकर्मक टाकून द्या. अधिक माहितीसाठी, Illumina NextSeq 1000 आणि 2000 सिस्टम मार्गदर्शक (दस्तऐवज #1000000109376) पहा.
- रन पूर्ण झाल्यावर, Eject Cartridge निवडा.
- टीप: फ्लो सेलसह वापरलेले काडतूस पुढील धावेपर्यंत जागेवर सोडले जाऊ शकते, परंतु 3 दिवसांपेक्षा जास्त नाही.
- ट्रेमधून काडतूस काढा.
- लागू मानकांनुसार अभिकर्मकांची विल्हेवाट लावा.
- क्लोज डोअर निवडा. ट्रे रीलोड केली आहे.
- होम स्क्रीनवर परत येण्यासाठी होम निवडा.
- टीप: कारट्रिजमध्ये सिस्टीम चालविण्यासाठी सर्व यंत्रणा, तसेच वापरलेले अभिकर्मक गोळा करण्यासाठी एक जलाशय असल्याने, रन केल्यानंतर इन्स्ट्रुमेंट वॉशची आवश्यकता नाही.
पुनरावृत्ती इतिहास
आवृत्ती | तारीख | वर्णन |
1.0 | ५७४-५३७-८९०० | नवीन |
केवळ संशोधनासाठी वापरा. डायग्नोस्टिक प्रक्रियांमध्ये वापरण्यासाठी नाही.
या उत्पादनामध्ये ओलिंक उत्पादनांच्या गैर-व्यावसायिक वापरासाठी परवाना समाविष्ट आहे. व्यावसायिक वापरकर्त्यांना अतिरिक्त परवान्यांची आवश्यकता असू शकते. तपशिलांसाठी कृपया Olink Proteomics AB शी संपर्क साधा. कोणतीही हमी, व्यक्त किंवा निहित नाही, जी या वर्णनाच्या पलीकडे विस्तारित आहे. Olink Proteomics AB या उत्पादनामुळे मालमत्तेचे नुकसान, वैयक्तिक इजा किंवा आर्थिक नुकसानीसाठी जबाबदार नाही. खालील ट्रेडमार्क Olink Proteomics AB च्या मालकीचे आहे: Olink®. हे उत्पादन अनेक पेटंट्स आणि पेटंट ऍप्लिकेशन्समध्ये उपलब्ध आहे https://www.olink.com/patents/.
© कॉपीराइट 2021 Olink Proteomics AB. सर्व तृतीय-पक्ष ट्रेडमार्क त्यांच्या संबंधित मालकांची मालमत्ता आहेत.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden
1193, v1.0, 2021-12-01
कागदपत्रे / संसाधने
![]() |
Olink NextSeq 2000 एक्सप्लोर सिक्वेन्सिंग सिस्टम [pdf] वापरकर्ता मॅन्युअल NextSeq 2000, एक्सप्लोर सिक्वेन्सिंग सिस्टम, NextSeq 2000 एक्सप्लोर सिक्वेन्सिंग सिस्टम |