Olink NextSeq 2000 探索测序系统

文件说明

Olink® Explore 用户手册，doc nr 1153，已过时，已被以下文档取代：

• Olink®探索view 用户手册，文档编号 1187
• Olink® Explore 384 用户手册，文档编号 1188
• Olink® Explore 4 x 384 用户手册，文档编号 1189
• Olink® Explore 1536 和扩展用户手册，文档编号 1190
• Olink® Explore 3072 用户手册，文档编号 1191
• Olink® 使用 NextSeq 550 用户手册探索测序，文档编号 1192
• Olink® 使用 NextSeq 2000 用户手册探索测序，文档编号 1193
• Olink® 使用 NovaSeq 6000 用户手册探索测序，文档编号 1194

介绍

预期用途

Olink® Explore 是一个用于人类蛋白质生物标志物发现的多重免疫分析平台。 该产品仅供研究使用，不得用于诊断程序。 实验室工作只能由经过培训的实验室工作人员进行。 数据处理只能由经过培训的人员进行。 结果旨在供研究人员与其他临床或实验室发现结合使用。

关于本手册

本用户手册提供了在 Illumina® NextSeq™ 2000 上对 Olink® Explore Libraries 进行测序所需的说明。必须严格明确地遵守这些说明。 整个实验室步骤的任何偏差都可能导致数据受损。 在开始实验室工作流程之前，请查阅 Olink® Explore Overview 平台介绍的用户手册，包括有关试剂、设备和所需文档的信息，以及view 的工作流程，以及实验室指南。 有关如何运行 Olink® Explore 试剂盒的说明，请参阅适用的 Olink® Explore 用户手册。 Olink® Explore 序列结果的数据处理和分析，请参考 Olink® MyData Cloud 用户指南。 除非另有说明，否则本材料中包含的所有商标和版权均为 Olink® Proteomics AB 的财产。

技术支援

如需技术支持，请联系 Olink Proteomics： support@olink.com.

实验室说明

本章提供有关如何使用 NextSeq™ 2000/1000 P2000 试剂（2 个循环）v100 在 NextSeq™ 3 上对 Olink 文库进行测序的说明。 用于测序的协议是 Illumina® NextSeq™ 2000 的 Illumina® 标准 NGS 工作流程的改编。在继续测序之前，确保纯化的 Olink 库的质量已经过验证。 有关质量控制的说明，请参阅适用的 Olink Explore 用户手册。

计划测序运行

每个 NextSeq™ 2000 P2 流动槽和每次运行都可以对一个 Olink 文库进行测序。 表 2 中描述了对不同 Olink Explore 试剂盒进行测序所需的 P1 流通池和运行次数。如果需要多次运行，请重复本手册中描述的说明。

表 1. 测序运行计划

Olink®探索试剂盒	Olink图书馆数量	流通池数量和运行次数
Olink® Explore 384 试剂盒	1	1
Olink® Explore 4 x 384 试剂盒	4	4
Olink® Explore 1536 试剂盒	4	4
Olink® Explore 扩增试剂盒	4	4
Olink® Explore 3072 试剂盒	8	8

安装 Olink® 自定义配方

保存 Olink 自定义配方 xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 在适当的仪器文件夹中。

笔记： Olink 定制配方仅适用于 NextSeq™ 1000/2000 P2 试剂（100 个循环）v3 试剂盒和 NextSeq™ 1000/2000 控制软件 v1.2 或 v1.4。

准备测序试剂

在此步骤中，包含聚类和测序试剂的试剂盒被解冻并准备好流通池。

警告： 试剂盒包含有潜在危险的化学品。 穿戴适当的防护设备并根据适用标准丢弃用过的试剂。 有关详细信息，请参阅 Illumina NextSeq 1000 和 2000 系统指南（文档 #1000000109376）。

准备试剂盒

可以使用三种不同的方法解冻未打开的墨盒：在室温下、在受控水浴中或在冰箱中。

准备工作台

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 试剂盒（100 个循环）

指示

1. 如表 2 中所述解冻试剂盒。

表 2. 试剂盒解冻方法

解冻方法	指示
室温下	不打开银箔袋，将冷冻的试剂盒放在工作台上，室温解冻9小时。 不要超过 16 小时。 确保袋子标签朝上，空气可以在墨盒周围流通。
在水浴中	在不打开银箔袋的情况下，将冷冻的试剂盒半浸入 25 °C 的受控水浴中，让它解冻 6 ​​小时。 不要超过8小时。 确保袋子标签朝上，并且在解冻过程中墨盒不会倒置。 用纸巾彻底擦干墨盒。
在冰箱里	不打开银箔袋，将墨盒放在工作台上，在室温下解冻 6 ​​小时。 确保袋子标签朝上，空气可以在墨盒周围流通。 将墨盒在冰箱中解冻 12 小时。 不要超过 72 小时。 运行前，从冰箱中取出解冻且未开封的试剂盒，使其达到室温至少 15 分钟，但不超过 1 小时。

笔记： 解冻后的试剂盒不能再冷冻，必须在 4 °C 下储存最长 72 小时。

准备流通池

准备工作台

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 流通池

指示

1. 将冷藏的流通池置于室温下 10-15 分钟。

为测序准备 Olink® 文库

在此步骤中，纯化和质量控制的 Olink 库被稀释到最终加载浓度。 请注意，文库变性是在仪器上自动执行的。

准备工作台

• Lib Tube，根据适用的 Olink Explore 用户手册准备
• 1x RSB 与吐温 20
• MilliQ水
• 2x 微量离心管 (1.5 mL)
• 手动移液器（10、100 和 1000 μL）
• 过滤移液器吸头

开始之前

• 如果冷冻，解冻 Lib 管。
• 在室温下用 Tween 20 解冻冷冻的 RSB 10 分钟。 储存在 +4 °C 直至使用。
• 将两个新的 1.5 mL 微量离心管标记如下：
  • 标记一根管子“Dil”（用于 1:100 稀释的文库）
  • 标记一个管“Seq”（用于准备加载库）

指示

1. 向稀释管中加入 495 μL MilliQ 水。
2. 涡旋 Lib 管并短暂旋转。
3. 手动将 5 μL 从 Lib 管转移到 Dil 管。
4. 涡旋稀释管并短暂旋转。
5. 将 20 μL 的 RBS 和 Tween 20 添加到 Seq 管中。
6. 手动将 20 μL 从稀释管转移到 Seq 管。
7. 涡旋 Seq Tube 并短暂旋转。
8. 立即继续执行 2.5 将流动槽和 Olink® 文库装入试剂盒。

笔记： 将 Lib 管储存在 -20 °C 以防可能重新运行。

将流动槽和 Olink® 文库装入试剂盒

在此步骤中，流动槽和稀释的 Olink 库被加载到解冻的试剂盒中。

准备工作台

• 1x 解冻的 NextSeq™ 1000/2000 P2 试剂盒（100 个循环），在上一步中准备
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 流动槽，在上一步中准备好
• Seq Tube（准备加载稀释的 Olink 库），在上一步中准备好
• 手动移液器 (100 μL)
• 移液器吸头 (1 mL)

准备墨盒

1. 从银箔袋中取出墨盒。
2. 翻转试剂盒十次以彻底混合其中解冻的试剂。

笔记： 听到内部组件发出叮当声是正常的。

将流通池装入夹盒

1. 准备好将流动槽装入夹盒时，从包装中取出流动槽。 握住流动槽的灰色标签，标签上的标签朝上。 使用新的无粉手套以避免污染流通池的玻璃表面。
2. 将流动槽插入夹盒前端的流动槽槽中。 听到咔嗒声表示流通池已正确放置。
3. 拉出灰色标签，将其取下。

将 Olink® 库加载到墨盒中

1. 用干净的 1 mL 移液器尖端刺穿文库储液器。
2. 将 20 μL 的 Olink 库从 Seq 管加载到库库底部。

执行 Olink® 测序运行

在此步骤中，装有流动槽和 Olink 文库的缓冲液盒被加载到 NextSeq™ 2000 中，并使用 Olink 配方开始测序运行。

准备工作台

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 试剂盒（100 个循环），装有 NextSeq™ 1000/2000 P2 流动槽和稀释的 Olink 文库，在上一步中准备。

配置运行模式

1. 从控制软件菜单中，选择设置。
2. 在 BaseSpace Sequence Hub 服务和主动支持下，选择本地运行设置。
3. 选择仅主动支持作为附加设置。 此功能需要互联网连接。
4. 为您的数据选择托管位置。 托管位置应位于或靠近您所在的地区。
5. 为当前运行的原始数据设置输出文件夹位置。 选择选择以导航并选择输出文件夹。
6. 选中变性和稀释板载复选框以自动变性和稀释仪器上的文库。
7. 选中 Purge Reagent Cartridge 复选框以自动将未使用的试剂清除到试剂盒的废试剂隔间。
8. 选中自动检查软件更新复选框以自动检查软件更新（可选）。 此功能需要互联网连接。
9. 选择保存。

设置运行参数

笔记： 本说明适用于 NextSeq™ 1.4/1000 控制软件的 2000 版。 使用 v1.2 版本时，下面描述的一些步骤可能会有所不同

1. 从控制软件菜单中，选择开始。
2. 选择手动设置新运行并按设置。
3. 在 Run Setup 页面中，设置运行参数如下：
   • 在运行名称字段中，输入唯一的实验 ID。
   • 在 Read Type 下拉列表中，选择 Single Read 选项。
   • 输入循环次数如下：
     • 阅读 1： 24
     • 指标一： 0
     • 指标一： 0
     • 阅读 2： 0

笔记： 将 Read 1 设置为 24 至关重要，否则整个运行将失败。 输入循环次数时忽略警告消息。

• 在 Custom Primer Wells 下拉列表中，选择 No。
• 在自定义配方（可选）字段中，选择选择导航并选择自定义配方 XML file Olink_NSQ2K_P2_V1。 选择打开。
• 不要导入 Samp乐表。
• 确保输出文件夹位置正确。 否则，选择选择以导航并选择所需的输出文件夹位置。
• 在板载变性和稀释字段中，从下拉列表中选择已启用。
• 选择准备。

加载已加载的墨盒

1. 选择加载。 仪器遮阳板打开，托盘弹出。
2. 将装载的墨盒放在托盘上，标签朝上，流通池在仪器内。
3. 选择“关闭”。
4. 正确加载墨盒后，验证运行参数并选择序列。 仪器对仪器和流体执行运行前检查。
   • 笔记： 在流体检查期间，预计会听到几声爆裂声。
5. 确保在自动运行前检查完成后（约 15 分钟）开始运行。 测序运行时间约为 10 小时 30 分钟。
   • 笔记： 对于任何运行前检查失败，请参阅制造商的说明。 在测序运行期间，小心不要撞到或以其他方式干扰 NextSeq™ 2000。 该仪器对振动敏感。
6. 清洁工作区域。

监控运行进度

Olink 使用 NGS 作为读数来量化已知序列的数量，以估计 s 中给定蛋白质的浓度amples（相对于其他 samp莱斯）。 每次 Explore 测序运行的数据质量主要取决于 Olink 技术独有的 QC 参数。 因此，传统 NGS 中使用的标准质量控制指标（例如 Q 分数）并不那么重要。

运行后弹出并丢弃墨盒

警告： 这套试剂含有潜在的危险化学品。 穿戴适当的防护设备并根据适用标准丢弃用过的试剂。 有关详细信息，请参阅 Illumina NextSeq 1000 和 2000 系统指南（文档 #1000000109376）。

1. 运行完成后，选择 Eject Cartridge。
   • 笔记： 包括流通池在内的用过的试剂盒可以留在原处，直到下一次运行，但不超过 3 天。
2. 从托盘中取出墨盒。
3. 根据适用标准处置试剂。
4. 选择关门。 托盘被重新加载。
5. 选择主页返回主屏幕。
   • 笔记： 由于试剂盒包含运行系统的所有机制，以及用于收集用过的试剂的容器，因此无需在运行后清洗仪器。

修订历史

版本	日期	描述
1.0	2021-12-01	新的

奥凌网

仅供研究使用。 不用于诊断过程。

本产品包括 Olink 产品的非商业使用许可。 商业用户可能需要额外的许可。 详情请联系 Olink Proteomics AB。 不存在超出本说明范围的任何明示或暗示的保证。 Olink Proteomics AB 对因本产品造成的财产损失、人身伤害或经济损失不承担任何责任。 以下商标归 Olink Proteomics AB 所有：Olink®。 该产品受多项专利和专利申请的保护，请访问 https://www.olink.com/patents/.

© 版权所有 2021 Olink Proteomics AB。 所有第三方商标均为其各自所有者的财产。

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 乌普萨拉, 瑞典

1193, v1.0, 2021-12-01

文件/资源

Olink NextSeq 2000 探索测序系统 [pdf] 用户手册 NextSeq 2000, Explore 测序系统, NextSeq 2000 Explore 测序系统

参考

• 用户手册