Olink NextSeq 2000 Esploru Sekvencan Sistemon

Dokumenta noto

La Olink® Explore Uzantmanlibro, doc nr 1153, estas malnoviĝinta, kaj estis anstataŭigita per la sekvaj dokumentoj:

• Olink® Esploru Superview Uzantmanlibro, dok nr 1187
• Olink® Explore 384 UzantManlibro, doc nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 Uzanta Manlibro, doc nr 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
• Olink® Explore 3072 UzantManlibro, doc nr 1191
• Olink® Esploru Sekvencadon uzante NextSeq 550-Uzantmanlibron, doc nr 1192
• Olink® Esploru Sekvencadon uzante NextSeq 2000-Uzantmanlibron, doc nr 1193
• Olink® Esplori Sekvencadon per NovaSeq 6000 UzantManlibro, doc nr 1194

Enkonduko

Intencita uzo

Olink® Explore estas plurksa imunanaza platformo por malkovro de homa proteina biosigno. La produkto estas destinita Nur por Esplora Uzo, kaj ne por uzo en diagnozaj proceduroj. La laboratoria laboro devas esti prizorgita nur de edukita laboratoriopersonaro. Datumtraktado devas esti farita nur de edukita dungitaro. La rezultoj estas intencitaj esti uzataj de esploristoj kune kun aliaj klinikaj aŭ laboratoriaj trovoj.

Pri ĉi tiu manlibro

Ĉi tiu UzantManlibro provizas la instrukciojn necesajn por sekvenco Olink® Esplori Bibliotekojn sur Illumina® NextSeq™ 2000. La instrukcioj devas esti strikte kaj eksplicite sekvitaj. Ajnaj devioj tra la laboratoriaj paŝoj povas rezultigi difektitajn datumojn. Antaŭ komenci la laborfluon de laboratorio, konsultu la Olink® Explore Overview Uzanta Manlibro por enkonduko al la platformo, inkluzive de informoj pri reakciiloj, ekipaĵo kaj dokumentado bezonata, kaj superview de la laborfluo, same kiel laboratoriogvidlinioj. Por instrukcioj pri kiel ruli la Olink® Explore Reagent Kits, raportu al la aplikebla Olink® Explore Uzan Manlibro. Por datumtraktado kaj analizo de la Olink® Explore-sekvencrezultoj, raportu al la Olink® MyData Cloud User Guide. Ĉiuj varmarkoj kaj kopirajtoj enhavitaj en ĉi tiu materialo estas la posedaĵo de Olink® Proteomics AB, krom se alie dirite.

Teknika subteno

Por teknika subteno, kontaktu Olink Proteomics ĉe: support@olink.com.

Laboratoriaj instrukcioj

Ĉi tiu ĉapitro provizas instrukciojn pri kiel sekvenco Olink Bibliotekoj sur NextSeq™ 2000 uzante la NextSeq™ 1000/2000 P2 Reakciiloj (100 Cikloj) v3. La protokolo uzata por sekvencado estas adapto de la fluo de laboro Illumina® norma NGS por Illumina® NextSeq™ 2000. Antaŭ ol daŭrigi la sekvencon, certigu, ke la kvalito de la purigita Olink Biblioteko estis kontrolita. Konsultu la uzantan manlibron de Olink Explore por instrukcioj pri kvalito-kontrolo.

Planu la sinsekvan kuron

Unu Olink Biblioteko povas esti sekvencita per NextSeq™ 2000 P2 fluĉelo kaj per kuro. La nombro da P2-fluaj ĉeloj kaj kuroj bezonataj por sekvenci la malsamajn Olink Explore Reagent Kits estas priskribita en Tabelo 1. Se pli ol unu kuroj necesas, ripetu la instrukciojn priskribitajn en ĉi tiu manlibro.

Tabelo 1. Sekvenca kurplanado

Olink® Explore Reagent Kit	Nombro de Olink Bibliotekoj	Nombro de fluĉelo(j) kaj kuroj
Olink® Esploru 384-Reakciilo-Kion	1	1
Olink® Esploru 4 x 384 Reakciilo-Kion	4	4
Olink® Esploru 1536-Reakciilo-Kion	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Esploru 3072-Reakciilo-Kion	8	8

Instalu Olink® kutiman recepton

Konservu la kutiman recepton de Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 en taŭga instrumenta dosierujo.

NOTO: La kutima recepto de Olink nur funkcios kun la ilaro NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 kaj la kontrolprogramaro NextSeq™ 1000/2000 v1.2 aŭ v1.4.

Preparu sekvencaj reakciiloj

Dum ĉi tiu paŝo, la reakciaĵkartoĉo enhavanta amasigadon kaj sekvencaj reakciiloj estas degelita kaj la fluĉelo estas preparita.

AVERTO: La reakciaĵkartoĉo enhavas eble danĝerajn kemiaĵojn. Portu taŭgan protektan ekipaĵon kaj forĵetu uzitajn reakcilojn laŭ aplikeblaj normoj. Por pliaj informoj, raportu al la Sistema Gvidilo Illumina NextSeq 1000 kaj 2000 (dokumento #1000000109376).

Preparu reakcian kartoĉon

Degeli la nemalfermitan kartoĉon povas esti farita per tri malsamaj metodoj: ĉe ĉambra temperaturo, en kontrolita akvobano aŭ en la fridujo.

Preparu benkon

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reakciga Kartoĉo (100 cikloj)

Instrukcioj

1. Degelu la reakcian kartoĉon kiel priskribite en Tabelo 2.

Tabelo 2. Metodoj de degelo de la kartoĉoj de reaktivaj

Degela metodo	Instrukcioj
Ĉe ĉambra temperaturo	Sen malfermi la arĝentan folian sakon, metu la frostitan reakcian kartoĉon sur la benkon kaj degelu ĝin ĉe ĉambra temperaturo dum 9 horoj. Ne superu 16 horojn. Certigu, ke la sako-etikedo turniĝas supren kaj ke aero povas cirkuli ĉirkaŭ la kartoĉo.
En akva bano	Sen malfermi la arĝentan folian sakon, metu la frostitan reakcian kartoĉon duone subakvitan en kontrolitan akvobanon je 25 °C kaj lasu ĝin degeli dum 6 horoj. Ne superu 8 horojn. Certigu, ke la etikedo de la sako estas direktita supren kaj ke la kartoĉo ne renversiĝas dum degelo. Sekigu la kartoĉon plene per papertuko.
En la fridujo	Sen malfermi la arĝentan folian sakon, metu la kartoĉon sur la benkon kaj degelu ĝin ĉe ĉambra temperaturo dum 6 horoj. Certigu, ke la sako-etikedo turniĝas supren kaj ke aero povas cirkuli ĉirkaŭ la kartoĉo. Finu degeli la kartoĉon en la fridujo dum 12 horoj. Ne superu 72 horojn. Antaŭ la kuro, forigu la degelitan nemalfermitan kartoĉon el la fridujo kaj lasu ĝin atingi ĉambran temperaturon dum almenaŭ 15 minutoj, sed ne pli ol 1 horo.

NOTO: Degelitaj kartoĉoj ne povas esti refrostaj kaj devas esti konservitaj je 4 °C, dum maksimuma tempo de 72 horoj.

Preparu fluĉelon

Preparu benkon

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flua Ĉelo

Instrukcioj

1. Alportu la fridigitan fluoĉelon al ĉambra temperaturo dum 10-15 minutoj.

Preparu Olink® Library por sekvencado

Dum ĉi tiu paŝo, la purigita kaj kvalite kontrolita Olink Biblioteko estas diluita al la fina ŝarĝa koncentriĝo. Notu, ke Biblioteko-malnaturado estas farita aŭtomate surŝipe de la instrumento.

Preparu benkon

• Lib Tube, preparita laŭ la aplikebla Olink Explore UzantManlibro
• 1x RSB kun Tween 20
• MilliQ-akvo
• 2x Mikrocentrifugaj tuboj (1.5 ml)
• Manlibropipeto (10, 100 kaj 1000 μL)
• Filtrila pipetkonsiletoj

Antaŭ ol vi komencu

• Degelu la Lib Tubon se frostigite.
• Degelu la frostitan RSB kun Tween 20 ĉe ĉambra temperaturo dum 10 minutoj. Konservu je +4 °C ĝis uzo.
• Marku la du novajn 1.5 mL mikrocentrifugajn tubojn jene:
  • Marku unu tubon "Dil" (por la 1:100 diluita Biblioteko)
  • Marku unu tubon "Seq" (por la preta ŝargi Biblioteko)

Instrukcioj

1. Aldonu 495 μL da MilliQ-akvo al la Dil-Tubo.
2. Vortigu la Lib Tubon kaj ŝpinu ĝin mallonge.
3. Mane translokigu 5 μL de la Lib-Tubo al la Dil-Tubo.
4. Vortex la Dil Tubo kaj ŝpinu ĝin mallonge.
5. Aldonu 20 μL da RBS kun Tween 20 al la Seq Tube.
6. Mane translokigu 20 μL de la Dil-Tubo al la Seq-Tubo.
7. Vortigu la Seq-Tubon kaj ŝpinu ĝin mallonge.
8. Tuj daŭrigu 2.5 Ŝarĝu fluĉelon kaj Olink® Bibliotekon en reakcian kartoĉon.

NOTO: Konservu la Lib Tube(j)n je -20 °C en kazo de eventuala(j) rerulado(j).

Ŝarĝu fluĉelon kaj Olink® Library en reakciaĵkartoĉon

Dum ĉi tiu paŝo, la fluĉelo kaj la diluita Olink Library estas ŝarĝitaj en la degeligitan reakciaĵkartoĉon.

Preparu benkon

• 1x degelinta NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Kartoĉo (100 cikloj), preparita en antaŭa paŝo
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flua Ĉelo, preparita en antaŭa paŝo
• Seq Tube (kun preta por ŝargi diluita Biblioteko Olink), preparita en antaŭa paŝo
• Manlibropipeto (100 μL)
• Pipetpinto (1 ml)

Preparu la kartoĉon

1. Forigu la kartoĉon el la arĝenta folisako.
2. Inversu la kartoĉon dek fojojn por ĝisfunde miksi la degelitajn reactivojn ene.

NOTO: Estas normale aŭdi internajn komponantojn tinti.

Ŝarĝu la fluoĉelon en la kartoĉon

1. Kiam pretas ŝargi la fluĉelon en la kartoĉon, forigu la fluĉelon el la pakaĵo. Tenu la fluĉelon ĉe la griza langeto, kun la etikedo sur la langeto supren. Uzu novajn pulvorajn gantojn por eviti polui la vitran surfacon de la fluĉelo.
2. Enigu la fluĉelon en la fluĉelon-fendeton ĉe la fronto de la kartoĉo. Aŭdebla klako indikas, ke la fluĉelo estas ĝuste metita.
3. Forigu la grizan langeton eltiri ĝin.

Ŝarĝu la Bibliotekon Olink® en la kartoĉon

1. Trapiku la Bibliotekan rezervujon per pura 1 mL pipetpinto.
2. Ŝarĝu 20 μL de la Biblioteko Olink el la Seq-Tubo en la fundon de la biblioteko-rezervujo.

Faru Olink®-sekvencan kuron

Dum ĉi tiu paŝo, la Buffer-kartoĉo kun la ŝarĝita fluĉelo kaj Olink Library estas ŝarĝita en la NextSeq™ 2000, kaj la sinsekva kuro komenciĝas uzante la Olink-recepton.

Preparu benkon

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cikloj) ŝarĝita kun la NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell kaj la diluita Olink Biblioteko, preparita en la antaŭa paŝo.

Agordu la Kuran Reĝimon

1. El la menuo de kontrola programaro, elektu Agordojn.
2. Sub BaseSpace Sequence Hub Servoj & Proaktiva Subteno, elektu Loka Kura Agordo.
3. Elektu Proaktiva Subteno Nur kiel aldonaj agordoj. Ĉi tiu funkcio postulas interretan konekton.
4. Elektu la Gastigantan Lokon por viaj datumoj. Gastiganta Loko devus esti en aŭ proksime al via regiono.
5. Agordu la Eligo-dosierujon por la nunaj kuritaj krudaj datumoj. Elektu Elektu por navigi kaj elektu la eligan dosierujon.
6. Elektu la markobutonon Denature kaj Dilute On Board por aŭtomate denaturigi kaj dilui la Bibliotekon surŝipe de la instrumento.
7. Elektu la markobutonon Purigi Reagent Cartridge por aŭtomate purigi neuzatajn reakcilojn al la eluzitaj reakciiloj-sekcio de la kartoĉo.
8. Elektu la markobutonon Aŭtokontrolo por programaj ĝisdatigoj por aŭtomate kontroli programajn ĝisdatigojn (laŭvola). Ĉi tiu funkcio postulas interretan konekton.
9. Elektu Konservi.

Agordu kurajn parametrojn

NOTO: Ĉi tiu instrukcio validas por versio 1.4 de la kontrolprogramaro NextSeq™ 1000/2000. Kelkaj el la paŝoj priskribitaj malsupre povas esti malsamaj kiam vi uzas version v1.2

1. El la menuo de kontrola programaro, elektu Komencu.
2. Elektu Mane Agordu Novan Kuron kaj premu Agordu.
3. En la paĝo de Kuro-Agordo, agordu la kurajn parametrojn jene:
   • En la kampo Kura Nomo, enigu unikan eksperimentan ID.
   • En la fallisto de Lego-Tipo, elektu la opcion Ununura Legado.
   • Enigu la nombron da cikloj jene:
     • Legu 1: 24
     • Indekso 1: 0
     • Indekso 2: 0
     • Legu 2: 0

NOTO: Gravas, ke Read 1 estas agordita al 24, alie la tuta kuro malsukcesos. Ignoru la avertajn mesaĝojn kiam vi enigas la nombron da cikloj.

• En la menuolisto Propra Primer Wells, elektu Ne.
• En la kampo Propra Recepto (laŭvola), elektu Elektu por navigi kaj elektu la kutiman recepton XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Elektu Malfermu.
• Ne importu Sample Sheet.
• Certigu, ke la loko de Eligo-dosierujo estas ĝusta. Alie, elektu Elektu por navigi kaj elektu la deziratan eligan dosierujon.
• En la kampo Denature and Dilute Onboard, elektu Ebligita el la fallisto.
• Elektu Prep.

Ŝarĝu la ŝarĝitan kartoĉon

1. Elektu Ŝarĝi. La instrumenta viziero malfermiĝas kaj la pleto estas elĵetita.
2. Metu la ŝarĝitan kartoĉon sur la pleton kun la etikedo supren kaj la fluĉelo ene de la instrumento.
3. Elektu Fermi.
4. Post kiam la kartoĉo estas ĝuste ŝarĝita, kontrolu la kurajn parametrojn kaj elektu Sekvencon. La instrumento elfaras antaŭkuratajn kontrolojn por la instrumento kaj la fluidiko.
   • NOTO: Dum la fluidikkontrolo, ĝi estas atendita aŭdi plurajn krevigajn sonojn.
5. Certiĝu, ke la kurado komenciĝas post kiam la aŭtomataj antaŭkuraj kontroloj finiĝis (~15 minutoj). La sinsekva rultempo estas proksimume 10h30 min.
   • NOTO: Por ajnaj antaŭ-kontrolaj fiaskoj, raportu al la instrukcioj de la fabrikanto. Atentu ne enpuŝi aŭ alie ĝeni la NextSeq™ 2000 dum la sinsekva kuro. La instrumento estas sentema al vibroj.
6. Purigu la laborareon.

Monitor Run Progreso

Olink utiligas NGS kiel legaĵon por kvantigi la kvanton de konata sekvenco por taksi la koncentriĝon de antaŭfiksita proteino en s.amples (rilate al aliaj samples). Datuma kvalito de ĉiu Esploru-sekvenca kuro estas ĉefe determinita de QC-parametroj unikaj al Olink-teknologio. Tial, normaj kvalitkontrolaj metrikoj uzitaj en konvenciaj NGS, kiel ekzemple Q-poentaro, estas malpli kritikaj.

Elĵetu kaj forĵetu la kartoĉon post la kurado

AVERTO: Ĉi tiu aro de reakciiloj enhavas eble danĝerajn kemiaĵojn. Portu taŭgan protektan ekipaĵon kaj forĵetu uzitajn reakcilojn laŭ aplikeblaj normoj. Por pliaj informoj, raportu al la Sistema Gvidilo Illumina NextSeq 1000 kaj 2000 (dokumento #1000000109376).

1. Kiam la kurado finiĝos, elektu Elĵeti Kartoĉon.
   • NOTO: La uzita kartoĉo inkluzive de fluĉelo povas esti lasita en loko ĝis la sekva kuro, sed ne pli ol 3 tagojn.
2. Forigu la kartoĉon el la pleto.
3. Forĵetu la reactivojn laŭ aplikeblaj normoj.
4. Elektu Fermi Pordon. La pleto estas reŝargita.
5. Elektu Hejmo por reveni al la Hejma ekrano.
   • NOTO: Ĉar la kartoĉo enhavas ĉiujn mekanismojn por funkcii la sistemon, same kiel rezervujon por kolekti uzitajn reakcilojn, ne necesas instrumentlavado post la kuro.

Historio de revizioj

Versio	Dato	Priskribo
1.0	2021-12-01	Nova

www.olink.com

Nur Por Esplora Uzo. Ne por Uzo en Diagnozaj Proceduroj.

Ĉi tiu produkto inkluzivas permesilon por la nekomerca uzo de Olink-produktoj. Komercaj uzantoj povas postuli pliajn permesilojn. Bonvolu kontakti Olink Proteomics AB por detaloj. Ne ekzistas garantioj, esprimitaj aŭ implicitaj, kiuj etendiĝas preter ĉi tiu priskribo. Olink Proteomics AB ne respondecas pri posedaĵdamaĝo, persona vundo aŭ ekonomia perdo kaŭzita de ĉi tiu produkto. La sekva varmarko estas posedata de Olink Proteomics AB: Olink®. Ĉi tiu produkto estas kovrita de pluraj patentoj kaj patentpetoj disponeblaj ĉe https://www.olink.com/patents/.

© Kopirajto 2021 Olink Proteomics AB. Ĉiuj triapartneraj varmarkoj estas la posedaĵo de siaj respektivaj posedantoj.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Upsalo, Svedio

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokumentoj/Rimedoj

Olink NextSeq 2000 Esploru Sekvencan Sistemon [pdf] Uzanto-manlibro NextSeq 2000, Esploru Sekvenca Sistemo, NextSeq 2000 Esplori Sekvencan Sistemon

Referencoj

• Uzanto Manlibro