Olink NextSeq 2000 Explore szekvenáló rendszer

Dokumentum feljegyzés

Az Olink® Explore felhasználói kézikönyv, doc nr 1153, elavult, és a következő dokumentumok váltották fel:

• Olink® Explore Overview Felhasználói kézikönyv, 1187. sz
• Olink® Explore 384 felhasználói kézikönyv, doc nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 felhasználói kézikönyv, doc nr 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion felhasználói kézikönyv, doc nr 1190
• Olink® Explore 3072 felhasználói kézikönyv, doc nr 1191
• Olink® Explore szekvenálás a NextSeq 550 felhasználói kézikönyvével, doc nr 1192
• Olink® Explore szekvenálás a NextSeq 2000 felhasználói kézikönyvével, doc nr 1193
• Olink® Fedezze fel a szekvenálást a NovaSeq 6000 felhasználói kézikönyvével, doc nr 1194

Bevezetés

Rendeltetésszerű használat

Az Olink® Explore egy multiplex immunológiai vizsgálati platform az emberi fehérje biomarkerek felfedezéséhez. A termék kizárólag kutatási célra készült, diagnosztikai eljárásokhoz nem. A laboratóriumi munkát csak képzett laboratóriumi személyzet végezheti. Az adatkezelést csak képzett személyzet végezheti. Az eredményeket a kutatók más klinikai vagy laboratóriumi leletekkel együtt kívánják felhasználni.

Erről a kézikönyvről

Ez a felhasználói kézikönyv tartalmazza az Olink® Explore Libraries sorrendbe állításához szükséges utasításokat az Illumina® NextSeq™ 2000-en. Az utasításokat szigorúan és kifejezetten követni kell. Bármilyen eltérés a laboratóriumi lépések során, az adatok károsodásához vezethet. A laboratóriumi munkafolyamat megkezdése előtt forduljon az Olink® Explore Overhezview Felhasználói kézikönyv a platform bevezetéséhez, beleértve a reagensekre, a felszerelésre és a szükséges dokumentációra vonatkozó információkat isview a munkafolyamat, valamint a laboratóriumi irányelvek. Az Olink® Explore reagenskészletek használatára vonatkozó utasításokat a vonatkozó Olink® Explore felhasználói kézikönyvben találja. Az Olink® Explore sorozat eredményeinek adatfeldolgozásához és elemzéséhez lásd az Olink® MyData Cloud felhasználói kézikönyvet. Az ebben az anyagban található védjegyek és szerzői jogok az Olink® Proteomics AB tulajdonát képezik, hacsak nincs másképp jelezve.

Technikai támogatás

Technikai támogatásért forduljon az Olink Proteomicshoz a következő címen: support@olink.com.

Laboratóriumi utasítások

Ez a fejezet útmutatást ad az Olink Libraries szekvenciájáról a NextSeq™ 2000-en a NextSeq™ 1000/2000 P2 reagensek (100 ciklus) v3 használatával. A szekvenáláshoz használt protokoll az Illumina® szabványos NGS munkafolyamat Illumina® NextSeq™ 2000-hez való adaptációja. Mielőtt folytatná a szekvenálást, győződjön meg arról, hogy a tisztított Olink Library minőségét ellenőrizték. A minőségellenőrzéssel kapcsolatos utasításokért tekintse meg a vonatkozó Olink Explore felhasználói kézikönyvet.

Tervezze meg a sorozatfutást

Egy Olink Library szekvenálható NextSeq™ 2000 P2 áramlási cellánként és futtatásonként. A különböző Olink Explore reagenskészletek sorrendbe állításához szükséges P2 áramlási cellák és futtatások számát az 1. táblázat írja le. Ha egynél több futtatásra van szükség, ismételje meg az ebben a kézikönyvben leírt utasításokat.

1. táblázat: Sorozatfutás tervezése

Olink® Explore reagenskészlet	Olink-könyvtárak száma	Áramlási cella(k) és futás(ok) száma
Olink® Explore 384 reagenskészlet	1	1
Olink® Explore 4 x 384 reagenskészlet	4	4
Olink® Explore 1536 reagenskészlet	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 reagenskészlet	8	8

Telepítse az Olink® egyedi receptjét

Mentse el az Olink egyedi receptjét xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 egy megfelelő műszermappában.

JEGYZET: Az Olink egyedi receptúra ​​csak a NextSeq™ 1000/2000 P2 reagensek (100 ciklus) v3 készlettel és a NextSeq™ 1000/2000 v1.2 vagy v1.4 vezérlőszoftverrel működik.

Készítse elő a szekvenáló reagenseket

Ebben a lépésben a klaszterező és szekvenáló reagenseket tartalmazó reagens kazettát felengedik, és előkészítik az áramlási cellát.

FIGYELMEZTETÉS: A reagens kazetta potenciálisan veszélyes vegyi anyagokat tartalmaz. Viseljen megfelelő védőfelszerelést, és dobja ki a használt reagenseket a vonatkozó szabványoknak megfelelően. További információkért tekintse meg az Illumina NextSeq 1000 és 2000 rendszerútmutatót (1000000109376. számú dokumentum).

Készítse elő a reagens kazettát

A bontatlan patron felolvasztása három különböző módszerrel történhet: szobahőmérsékleten, ellenőrzött vízfürdőben vagy hűtőszekrényben.

Készítse elő a padot

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reagens kazetta (100 ciklus)

Utasítás

1. Olvassa fel a reagens kazettát a 2. táblázatban leírtak szerint.

2. táblázat A reagenspatron felolvasztásának módszerei

Felengedési módszer	Utasítás
Szobahőmérsékleten	Az ezüstfóliazacskó kinyitása nélkül helyezze a fagyasztott reagenspatront a munkaasztalra, és szobahőmérsékleten 9 órán át olvasztja fel. Ne haladja meg a 16 órát. Győződjön meg arról, hogy a tasak címkéje felfelé néz, és hogy a levegő keringhet a patron körül.
Vízfürdőben	Az ezüstfóliazacskó kinyitása nélkül helyezze a fagyasztott reagenspatront félig alámerítve egy ellenőrzött 25 °C-os vízfürdőbe, és hagyja 6 órán át kiolvadni. Ne haladja meg a 8 órát. Ügyeljen arra, hogy a tasak címkéje felfelé nézzen, és a kazetta ne forduljon fel a felengedés során. Alaposan szárítsa meg a patront papírtörlővel.
A hűtőben	Az ezüst fóliazacskó kinyitása nélkül helyezze a patront a padra, és olvassa fel szobahőmérsékleten 6 órán keresztül. Győződjön meg arról, hogy a tasak címkéje felfelé néz, és hogy a levegő keringhet a patron körül. Fejezze fel a patron felolvasztását a hűtőszekrényben 12 órán keresztül. Ne haladja meg a 72 órát. Futás előtt vegye ki a felolvadt bontatlan patront a hűtőszekrényből, és hagyja szobahőmérsékletűre melegedni legalább 15 percig, de legfeljebb 1 órán keresztül.

JEGYZET: A felolvasztott patronokat nem lehet újra lefagyasztani, és 4 °C-on kell tárolni, legfeljebb 72 óráig.

Készítse elő az áramlási cellát

Készítse elő a padot

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 áramlási cella

Utasítás

1. Melegítse a hűtött áramlási cellát szobahőmérsékletre 10-15 percre.

Készítse elő az Olink® Library-t a szekvenáláshoz

Ebben a lépésben a tisztított és minőségellenőrzött Olink Library-t a végső töltési koncentrációra hígítják. Vegye figyelembe, hogy a könyvtár denaturálása automatikusan megtörténik a készülék fedélzetén.

Készítse elő a padot

• Lib Tube, a vonatkozó Olink Explore felhasználói kézikönyv szerint elkészítve
• 1x RSB Tween 20-zal
• MilliQ víz
• 2x mikrocentrifuga cső (1.5 ml)
• Kézi pipetta (10, 100 és 1000 μL)
• Szűrő pipettahegyek

Mielőtt elkezdené

• Olvassa fel a Lib Tube-t, ha fagyott.
• Olvassa fel a fagyasztott RSB-t Tween 20-zal szobahőmérsékleten 10 percig. Felhasználásig +4 °C-on tárolandó.
• Jelölje meg a két új 1.5 ml-es mikrocentrifugacsövet az alábbiak szerint:
  • Jelöljön meg egy csövet „Dil” (az 1:100 arányban hígított könyvtárhoz)
  • Jelöljön meg egy csövet „Seq” (a betöltésre kész könyvtárhoz)

Utasítás

1. Adjon hozzá 495 μL MilliQ vizet a Dil csőhöz.
2. Vortexelje a Lib Tube-t, és röviden forgassa le.
3. Manuálisan töltsön át 5 μL-t a Lib csőből a Dil csőbe.
4. Vortexelje a Dil csövet, és röviden forgassa le.
5. Adjon hozzá 20 μL RBS-t Tween 20-zal a Seq Tube-hoz.
6. Töltsön át kézzel 20 μL-t a Dil-csőből a Seq-csőbe.
7. Vortexelje a Seq Tube-t, és röviden forgassa le.
8. Azonnal folytassa a következővel: 2.5 Töltse be az áramlási cellát és az Olink® Library-t a reagens kazettába.

JEGYZET: Tárolja a Lib-csöve(ke)t -20 °C-on az esetleges ismétlés(ek) esetére.

Töltse be az áramlási cellát és az Olink® Library-t a reagens kazettába

Ebben a lépésben az áramlási cellát és a hígított Olink Library-t betöltik a felolvasztott reagens kazettába.

Készítse elő a padot

• 1x felolvasztott NextSeq™ 1000/2000 P2 reagens kazetta (100 ciklus), az előző lépésben elkészítve
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, az előző lépésben elkészítve
• Seq Tube (betöltésre kész hígított Olink könyvtárral), amelyet az előző lépésben készítettünk el
• Kézi pipetta (100 μL)
• Pipetta hegye (1 ml)

Készítse elő a patront

1. Vegye ki a patront az ezüstfóliatasakból.
2. Tízszer fordítsa meg a patront, hogy a benne lévő felolvasztott reagensek alaposan összekeveredjenek.

JEGYZET: Normális, ha belső alkatrészek csilingelését halljuk.

Töltse be az áramlási cellát a patronba

1. Ha készen áll az áramlási cella betöltésére a kazettába, vegye ki az áramlási cellát a csomagolásból. Tartsa az áramlási cellát a szürke fülnél úgy, hogy a fülön lévő címke felfelé nézzen. Használjon új púdermentes kesztyűt, hogy elkerülje az áramlási cella üvegfelületének szennyeződését.
2. Helyezze be az áramlási cellát a kazetta elején található áramlási cella nyílásába. Egy hallható kattanás jelzi, hogy az áramlási cella megfelelően van elhelyezve.
3. Távolítsa el a szürke fület a kihúzással.

Töltse be az Olink® Library-t a kazettába

1. Szúrja át a Library tartályt egy tiszta 1 ml-es pipettahegy segítségével.
2. Töltsön 20 μl Olink Library-t a Seq Tube-ból a könyvtár tartályának aljába.

Hajtsa végre az Olink® szekvenálási futtatást

E lépés során a betöltött áramlási cellával és Olink Library-vel ellátott pufferkazetta betöltődik a NextSeq™ 2000-be, és az Olink-recept alapján elindul a szekvenálás.

Készítse elő a padot

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reagens kazetta (100 ciklus), amely az előző lépésben elkészített NextSeq™ 1000/2000 P2 áramlási cellával és a hígított Olink könyvtárral van feltöltve.

Konfigurálja a Futási módot

1. A vezérlőszoftver menüjében válassza a Beállítások lehetőséget.
2. A BaseSpace Sequence Hub Szolgáltatások és proaktív támogatás alatt válassza a Helyi futtatás beállítása lehetőséget.
3. További beállításokként válassza a Csak proaktív támogatás lehetőséget. Ehhez a funkcióhoz internetkapcsolat szükséges.
4. Válassza ki az adatok tárolási helyét. A tárhelynek az Ön régiójában vagy annak közelében kell lennie.
5. Állítsa be a kimeneti mappa helyét az aktuális futtatott nyers adatokhoz. Válassza a Kiválasztás lehetőséget a navigáláshoz, és válassza ki a kimeneti mappát.
6. Jelölje be a Denature and Dilute On Board jelölőnégyzetet a műszeren lévő Könyvtár automatikus denaturálásához és hígításához.
7. Jelölje be a Reagenskazetta tisztítása jelölőnégyzetet, hogy a fel nem használt reagenseket automatikusan a kazetta elhasznált reagensrekeszébe ürítse.
8. Jelölje be a Szoftverfrissítések automatikus ellenőrzése jelölőnégyzetet a szoftverfrissítések automatikus ellenőrzéséhez (opcionális). Ehhez a funkcióhoz internetkapcsolat szükséges.
9. Válassza a Mentés lehetőséget.

Állítsa be a futási paramétereket

JEGYZET: Ez az utasítás a NextSeq™ 1.4/1000 vezérlőszoftver 2000-es verziójára vonatkozik. Az alább leírt lépések némelyike ​​eltérhet a 1.2-es verzió használatakor

1. A vezérlőszoftver menüjében válassza a Start lehetőséget.
2. Válassza az Új futtatás kézi beállítása lehetőséget, és nyomja meg a Beállítás gombot.
3. A Run Setup oldalon állítsa be a futtatási paramétereket a következők szerint:
   • A Futtatás neve mezőben adjon meg egy egyedi kísérletazonosítót.
   • Az Olvasás típusa legördülő listában válassza az Egyszeri olvasás lehetőséget.
   • Adja meg a ciklusok számát az alábbiak szerint:
     • Olvassa el az 1-et: 24
     • 1. index: 0
     • 2. index: 0
     • Olvassa el az 2-et: 0

JEGYZET: Nagyon fontos, hogy a Read 1 értéke 24 legyen, különben a teljes futtatás meghiúsul. Hagyja figyelmen kívül a figyelmeztető üzeneteket a ciklusok számának megadásakor.

• A Custom Primer Wells legördülő listában válassza a Nem lehetőséget.
• Az Egyéni recept (nem kötelező) mezőben válassza a Kiválasztás lehetőséget a navigáláshoz, és válassza ki az egyéni recept XML-t file Olink_NSQ2K_P2_V1. Válassza a Megnyitás lehetőséget.
• Ne importáljon S-tample Lap.
• Győződjön meg arról, hogy a kimeneti mappa helye megfelelő. Ellenkező esetben válassza a Kiválasztás lehetőséget a navigáláshoz, és válassza ki a kívánt kimeneti mappa helyét.
• A Denature and Dilute Onboard mezőben válassza az Engedélyezve lehetőséget a legördülő listából.
• Válassza a Prep.

Töltse be a betöltött patront

1. Válassza a Betöltés lehetőséget. A műszerellenző kinyílik, és a tálca kilökődik.
2. Helyezze a betöltött kazettát a tálcára úgy, hogy a címke felfelé nézzen, az áramlási cella pedig a műszer belsejében.
3. Válassza a Bezárás lehetőséget.
4. Ha a kazetta megfelelően be van töltve, ellenőrizze a futtatási paramétereket, és válassza a Sorozat lehetőséget. A műszer futás előtti ellenőrzéseket végez a műszer és a folyadékok számára.
   • JEGYZET: A folyadékok ellenőrzése során várhatóan több pukkanó hang hallható.
5. Győződjön meg arról, hogy a futás az automatikus futás előtti ellenőrzések befejezése után indul el (kb. 15 perc). A szekvenálás lefutási ideje körülbelül 10 óra 30 perc.
   • JEGYZET: A futás előtti ellenőrzés hibáival kapcsolatban olvassa el a gyártó utasításait. Ügyeljen arra, hogy ne ütközzen bele, vagy más módon ne zavarja meg a NextSeq™ 2000-et a szekvenálás során. A műszer érzékeny a rezgésekre.
6. Tisztítsa meg a munkaterületet.

A Futtatás folyamatának figyelése

Olink az NGS-t használja leolvasóként egy ismert szekvencia mennyiségének számszerűsítésére, hogy megbecsülje egy adott fehérje koncentrációját másodpercbenamples (más samples). Az egyes Explore szekvenálási futtatások adatminőségét főként az Olink technológiára jellemző minőségellenőrzési paraméterek határozzák meg. Ezért a hagyományos NGS-ben használt szabványos minőség-ellenőrzési mérőszámok, mint például a Q-score, kevésbé kritikusak.

A futtatás után vegye ki és dobja ki a patront

FIGYELMEZTETÉS: Ez a reagenskészlet potenciálisan veszélyes vegyi anyagokat tartalmaz. Viseljen megfelelő védőfelszerelést, és dobja ki a használt reagenseket a vonatkozó szabványoknak megfelelően. További információkért tekintse meg az Illumina NextSeq 1000 és 2000 rendszerútmutatót (1000000109376. számú dokumentum).

1. Ha a futtatás befejeződött, válassza a Patron kiadása lehetőséget.
   • JEGYZET: A használt patron az áramlási cellával együtt a következő futtatásig, de legfeljebb 3 napig a helyén hagyható.
2. Vegye ki a patront a tálcából.
3. A reagenseket a vonatkozó szabványoknak megfelelően ártalmatlanítsa.
4. Válassza az Ajtó bezárása lehetőséget. A tálca újra van töltve.
5. A Kezdőképernyőre való visszatéréshez válassza a Kezdőlap lehetőséget.
   • JEGYZET: Mivel a kazetta tartalmazza a rendszer működtetéséhez szükséges összes mechanizmust, valamint egy tartályt a használt reagensek összegyűjtésére, nincs szükség műszermosásra a futtatás után.

Revíziótörténet

Változat	Dátum	Leírás
1.0	2021-12-01	Új

www.olink.com

Csak kutatási célra. Diagnosztikai eljárásokban nem használható.

Ez a termék licencet tartalmaz az Olink termékek nem kereskedelmi célú felhasználására. A kereskedelmi felhasználóknak további licencekre lehet szükségük. A részletekért forduljon az Olink Proteomics AB-hez. Nincsenek kifejezett vagy hallgatólagos garanciák, amelyek túlmutatnak ezen a leíráson. Az Olink Proteomics AB nem vállal felelősséget a termék által okozott anyagi károkért, személyi sérülésekért vagy gazdasági veszteségekért. A következő védjegy az Olink Proteomics AB tulajdona: Olink®. Erre a termékre számos szabadalom és szabadalmi bejelentés vonatkozik, amelyek a következő címen érhetők el https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Minden harmadik fél védjegye a megfelelő tulajdonosok tulajdona.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Svédország

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokumentumok / Források

Olink NextSeq 2000 Explore szekvenáló rendszer [pdf] Felhasználói kézikönyv NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Hivatkozások

• Felhasználói kézikönyv