Olink NextSeq 2000 Khám phá Hướng dẫn sử dụng hệ thống giải trình tự

Olink® Explore là một nền tảng xét nghiệm miễn dịch ghép kênh để khám phá dấu ấn sinh học protein của con người. Sản phẩm chỉ dành cho mục đích sử dụng nghiên cứu và không được sử dụng trong các quy trình chẩn đoán. Công việc trong phòng thí nghiệm chỉ được thực hiện bởi nhân viên phòng thí nghiệm đã được đào tạo. Việc xử lý dữ liệu chỉ được thực hiện bởi nhân viên đã được đào tạo. Các kết quả này được các nhà nghiên cứu sử dụng kết hợp với các kết quả lâm sàng hoặc xét nghiệm khác.

Về hướng dẫn này

Hướng dẫn sử dụng này cung cấp các hướng dẫn cần thiết để sắp xếp các Thư viện Olink® Explore trên Illumina® NextSeq™ 2000. Các hướng dẫn phải được tuân thủ nghiêm ngặt và rõ ràng. Bất kỳ sai lệch nào trong suốt các bước trong phòng thí nghiệm đều có thể dẫn đến dữ liệu bị sai lệch. Trước khi bắt đầu quy trình làm việc trong phòng thí nghiệm, hãy tham khảo Olink® Explore Overview Hướng dẫn sử dụng để giới thiệu về nền tảng, bao gồm thông tin về thuốc thử, thiết bị và tài liệu cần thiết, trênview của quy trình làm việc cũng như các hướng dẫn trong phòng thí nghiệm. Để biết hướng dẫn về cách chạy Bộ thuốc thử Olink® Explore, hãy tham khảo Hướng dẫn sử dụng Olink® Explore hiện hành. Để xử lý và phân tích dữ liệu về kết quả trình tự Olink® Explore, hãy tham khảo Hướng dẫn sử dụng Olink® MyData Cloud. Tất cả các nhãn hiệu và bản quyền có trong tài liệu này là tài sản của Olink® Proteomics AB, trừ khi có quy định khác.

Hỗ trợ kỹ thuật

Để được hỗ trợ kỹ thuật, hãy liên hệ với Olink Proteomics tại: support@olink.com.

hướng dẫn phòng thí nghiệm

Chương này cung cấp hướng dẫn về cách sắp xếp các Thư viện Olink trên NextSeq™ 2000 bằng cách sử dụng Thuốc thử NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 chu kỳ) v3. Giao thức được sử dụng để giải trình tự là sự điều chỉnh của quy trình NGS tiêu chuẩn Illumina® cho Illumina® NextSeq™ 2000. Trước khi tiếp tục giải trình tự, hãy đảm bảo rằng chất lượng của Thư viện Olink tinh khiết đã được xác minh. Tham khảo Hướng dẫn sử dụng Olink Explore hiện hành để biết hướng dẫn về kiểm soát chất lượng.

Lập kế hoạch chạy trình tự

Một Thư viện Olink có thể được sắp xếp theo trình tự trên mỗi ô dòng NextSeq™ 2000 P2 và mỗi lần chạy. Số lượng tế bào dòng P2 và số lần chạy cần thiết để sắp xếp các Bộ thuốc thử Olink Explore khác nhau được mô tả trong Bảng 1. Nếu cần nhiều lần chạy, hãy lặp lại hướng dẫn được mô tả trong sổ tay hướng dẫn này.

Bảng 1. Lập kế hoạch chạy trình tự

Bộ thuốc thử Olink® Explore	Số Thư viện Olink	Số lượng (các) ô lưu lượng và (các) lần chạy
Bộ thuốc thử Olink® Explore 384	1	1
Bộ thuốc thử Olink® Explore 4 x 384	4	4
Bộ thuốc thử Olink® Explore 1536	4	4
Bộ thuốc thử mở rộng Olink® Explore	4	4
Bộ thuốc thử Olink® Explore 3072	8	8

Cài đặt công thức tùy chỉnh Olink®

Lưu công thức tùy chỉnh Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 trong thư mục nhạc cụ thích hợp.

GHI CHÚ: Công thức tùy chỉnh của Olink sẽ chỉ hoạt động với bộ Thuốc thử NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 Chu kỳ) v3 và phần mềm điều khiển NextSeq™ 1000/2000 v1.2 hoặc v1.4.

Chuẩn bị thuốc thử giải trình tự

Trong bước này, hộp thuốc thử chứa thuốc thử phân nhóm và giải trình tự được rã đông và tế bào dòng chảy được chuẩn bị.

CẢNH BÁO: Hộp thuốc thử chứa các hóa chất có khả năng gây nguy hiểm. Mang đầy đủ thiết bị bảo hộ và loại bỏ thuốc thử đã sử dụng theo các tiêu chuẩn hiện hành. Để biết thêm thông tin, hãy tham khảo Hướng dẫn Hệ thống Illumina NextSeq 1000 và 2000 (tài liệu #1000000109376).

Chuẩn bị hộp thuốc thử

Có thể làm tan băng hộp mực chưa mở bằng ba phương pháp khác nhau: ở nhiệt độ phòng, trong bể nước có kiểm soát hoặc trong tủ lạnh.

Chuẩn bị băng ghế dự bị

1x Hộp thuốc thử NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 chu kỳ)

Hướng dẫn

Làm tan băng hộp thuốc thử như mô tả trong Bảng 2.

Bảng 2. Phương pháp rã đông hộp thuốc thử

phương pháp rã đông	Hướng dẫn
Ở nhiệt độ phòng	Không mở túi giấy bạc, đặt hộp thuốc thử đã đông lạnh lên bàn và rã đông ở nhiệt độ phòng trong 9 giờ. Không vượt quá 16 giờ. Đảm bảo rằng nhãn túi hướng lên trên và không khí có thể lưu thông xung quanh hộp mực.
Trong bồn nước	Không mở túi giấy bạc, đặt nửa hộp thuốc thử đã đông lạnh vào nồi cách thủy có nhiệt độ 25°C được kiểm soát và để tan trong 6 giờ. Không vượt quá 8 giờ. Đảm bảo rằng nhãn túi hướng lên trên và hộp mực không bị đảo ngược trong quá trình rã đông. Lau khô hộp mực thật kỹ bằng khăn giấy.
Trong tủ lạnh	Không mở túi giấy bạc, đặt hộp mực lên bàn và rã đông ở nhiệt độ phòng trong 6 giờ. Đảm bảo rằng nhãn túi hướng lên trên và không khí có thể lưu thông xung quanh hộp mực. Hoàn tất việc rã đông hộp mực trong tủ lạnh trong 12 giờ. Không vượt quá 72 giờ. Trước khi chạy, lấy hộp mực chưa mở đã rã đông ra khỏi tủ lạnh và để hộp đạt đến nhiệt độ phòng trong ít nhất 15 phút nhưng không quá 1 giờ.

GHI CHÚ: Hộp mực đã rã đông không thể đông lạnh lại và phải được bảo quản ở 4 °C, trong thời gian tối đa là 72 giờ.

Chuẩn bị ô lưu lượng

Chuẩn bị băng ghế dự bị

1x Tế bào dòng chảy NextSeq™ 1000/2000 P2

Hướng dẫn

Đưa tế bào dòng chảy được làm lạnh đến nhiệt độ phòng trong 10-15 phút.

Chuẩn bị Thư viện Olink® để giải trình tự

Trong bước này, Thư viện Olink đã được tinh chế và kiểm soát chất lượng sẽ được pha loãng đến nồng độ nạp cuối cùng. Lưu ý rằng quá trình biến tính Thư viện được thực hiện tự động trên thiết bị.

Chuẩn bị băng ghế dự bị

Lib Tube, được chuẩn bị theo Hướng dẫn sử dụng Olink Explore hiện hành
1x RSB với Tween 20
Nước MilliQ
2x Ống siêu nhỏ (1.5 mL)
Pipet thủ công (10, 100 và 1000 μL)
Đầu lọc pipet

Trước khi bạn bắt đầu

Làm tan Ống Lib nếu bị đóng băng.
Rã đông RSB đông lạnh bằng Tween 20 ở nhiệt độ phòng trong 10 phút. Bảo quản ở nhiệt độ +4°C cho đến khi sử dụng.
Đánh dấu hai ống vi ly tâm 1.5 mL mới như sau:
- Đánh dấu một ống “Dil” (đối với Thư viện pha loãng 1:100)
- Đánh dấu một ống “Seq” (để sẵn sàng tải Thư viện)

Hướng dẫn

Thêm 495 μL nước MilliQ vào Ống Dil.

Vortex Lib Tube và xoay nó xuống một thời gian ngắn.
Chuyển thủ công 5 μL từ Ống Lib sang Ống Dil.
Vortex Dil Tube và xoay nó xuống một thời gian ngắn.

Thêm 20 μL RBS với Tween 20 vào Seq Tube.
Chuyển thủ công 20 μL từ Dil Tube sang Seq Tube.
Vortex Seq Tube và xoay nó xuống trong thời gian ngắn.

Tiếp tục ngay đến 2.5 Tải tế bào dòng chảy và Thư viện Olink® vào hộp thuốc thử.

GHI CHÚ: Bảo quản (các) Ống Lib ở -20 °C trong trường hợp (các) ống có khả năng chạy lại.

Nạp flow cell và Olink® Library vào hộp thuốc thử

Trong bước này, tế bào dòng chảy và Thư viện Olink đã pha loãng được nạp vào hộp thuốc thử đã rã đông.

Chuẩn bị băng ghế dự bị

1x Hộp thuốc thử NextSeq™ 1000/2000 P2 đã rã đông (100 chu kỳ), được chuẩn bị ở bước trước
1x Ô lưu lượng NextSeq™ 1000/2000 P2, đã chuẩn bị ở bước trước

Seq Tube (đã sẵn sàng để tải Thư viện Olink đã pha loãng), được chuẩn bị ở bước trước
Pipet thủ công (100 μL)
Đầu pipet (1 mL)

Chuẩn bị hộp mực

Lấy hộp mực ra khỏi túi giấy bạc.
Đảo ngược hộp mực mười lần để trộn kỹ thuốc thử đã rã đông bên trong.

GHI CHÚ: Việc nghe thấy tiếng leng keng của các bộ phận bên trong là điều bình thường.

Nạp tế bào dòng chảy vào hộp mực

Khi đã sẵn sàng nạp cảm biến lưu lượng vào hộp mực, hãy lấy tế bào lưu lượng ra khỏi gói. Giữ ô lưu lượng cạnh tab màu xám, với nhãn trên tab hướng lên trên. Sử dụng găng tay mới không có bột để tránh làm nhiễm bẩn bề mặt kính của flow cell.
Chèn ô lưu lượng vào khe ô lưu lượng ở phía trước hộp mực. Một tiếng click có thể nghe được cho biết rằng ô lưu lượng được đặt chính xác.

Loại bỏ tab màu xám bằng cách kéo nó ra.

Nạp Thư viện Olink® vào hộp mực

Xuyên bình chứa Thư viện bằng đầu pipet 1 mL sạch.

Nạp 20 μL Thư viện Olink từ Ống Seq vào đáy của bể chứa thư viện.

Thực hiện chạy giải trình tự Olink®

Trong bước này, Hộp đệm có ô lưu lượng đã tải và Thư viện Olink được tải vào NextSeq™ 2000 và quá trình chạy giải trình tự được bắt đầu bằng cách sử dụng công thức Olink.

Chuẩn bị băng ghế dự bị

1x Hộp thuốc thử NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 chu kỳ) được nạp Tế bào dòng NextSeq™ 1000/2000 P2 và Thư viện Olink pha loãng, được chuẩn bị ở bước trước.

Định cấu hình Chế độ chạy

Từ menu phần mềm điều khiển, chọn Cài đặt.

Trong BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, chọn Local Run Setup.
Chọn Chỉ hỗ trợ chủ động làm cài đặt bổ sung. Chức năng này yêu cầu kết nối internet.
Chọn Vị trí lưu trữ cho dữ liệu của bạn. Vị trí lưu trữ phải ở trong hoặc gần khu vực của bạn.

Đặt vị trí Thư mục đầu ra cho dữ liệu thô đang chạy hiện tại. Chọn Chọn để điều hướng và chọn thư mục đầu ra.
Chọn hộp kiểm Denature and Dilute On Board để tự động biến tính và pha loãng Thư viện trên thiết bị.
Chọn hộp kiểm Thanh lọc Hộp mực Thuốc thử để tự động thanh lọc các thuốc thử chưa sử dụng vào ngăn chứa thuốc thử đã sử dụng của hộp.

Chọn hộp kiểm Tự động kiểm tra các bản cập nhật phần mềm để tự động kiểm tra các bản cập nhật phần mềm (tùy chọn). Chức năng này yêu cầu kết nối internet.
Chọn Lưu.

Thiết lập thông số chạy

GHI CHÚ: Hướng dẫn này áp dụng cho phiên bản 1.4 của phần mềm điều khiển NextSeq™ 1000/2000. Một số bước được mô tả bên dưới có thể khác khi sử dụng phiên bản v1.2

Từ menu phần mềm điều khiển, chọn Bắt đầu.
Chọn Manually Set Up New Run và nhấn Setup.
Trong trang Run Setup, thiết lập các thông số chạy như sau:
- Trong trường Tên chạy, hãy nhập ID thử nghiệm duy nhất.
- Trong danh sách thả xuống Loại đọc, chọn tùy chọn Đọc một lần.
- Nhập số chu kỳ như sau:
  - Đọc 1: 24
  - Chỉ số 1: 0
  - Chỉ số 2: 0
  - Đọc 2: 0

GHI CHÚ: Điều quan trọng là Đọc 1 được đặt thành 24, nếu không toàn bộ quá trình chạy sẽ thất bại. Bỏ qua các thông báo cảnh báo khi nhập số chu kỳ.

Trong danh sách thả xuống Giếng mồi tùy chỉnh, chọn Không.

Trong trường Công thức tùy chỉnh (tùy chọn), chọn Chọn để điều hướng và chọn XML công thức tùy chỉnh file Olink_NSQ2K_P2_V1. Chọn Mở.
Không nhập khẩu Samptờ giấy.
Đảm bảo rằng vị trí Thư mục đầu ra là chính xác. Nếu không, hãy chọn Chọn để điều hướng và chọn vị trí thư mục đầu ra mong muốn.

Trong trường Denature and Dilute Onboard, chọn Enabled từ danh sách thả xuống.
Chọn Chuẩn bị.

Nạp hộp mực đã nạp

Chọn Tải. Tấm che thiết bị mở ra và khay được đẩy ra.
Đặt hộp đã nạp vào khay với nhãn hướng lên trên và ô lưu lượng bên trong thiết bị.
Chọn Đóng.

Sau khi hộp mực được nạp đúng cách, hãy xác minh các thông số chạy và chọn Trình tự. Thiết bị thực hiện kiểm tra trước khi chạy thiết bị và chất lỏng.
- GHI CHÚ: Trong quá trình kiểm tra chất lỏng, dự kiến sẽ nghe thấy một số âm thanh bốp.
Đảm bảo rằng quá trình chạy bắt đầu sau khi quá trình kiểm tra trước khi chạy tự động hoàn tất (~15 phút). Thời gian chạy trình tự là khoảng 10h30 phút.
- GHI CHÚ: Đối với mọi lỗi kiểm tra trước khi chạy, hãy tham khảo hướng dẫn của nhà sản xuất. Hãy cẩn thận để không va vào hoặc làm ảnh hưởng tới NextSeq™ 2000 trong quá trình chạy giải trình tự. Dụng cụ này rất nhạy cảm với rung động.
Dọn dẹp khu vực làm việc.

Theo dõi tiến độ chạy

Olink sử dụng NGS làm dữ liệu đọc để định lượng lượng trình tự đã biết nhằm ước tính nồng độ của một loại protein nhất định tính bằng samples (so với các s khácamples). Chất lượng dữ liệu từ mỗi lần chạy trình tự Khám phá chủ yếu được xác định bởi các thông số QC dành riêng cho công nghệ Olink. Do đó, các số liệu kiểm soát chất lượng tiêu chuẩn được sử dụng trong NGS thông thường, chẳng hạn như điểm Q, ít quan trọng hơn.

Đẩy và loại bỏ hộp mực sau khi chạy

CẢNH BÁO: Bộ thuốc thử này chứa các hóa chất nguy hiểm tiềm ẩn. Mang đầy đủ thiết bị bảo hộ và loại bỏ thuốc thử đã sử dụng theo các tiêu chuẩn hiện hành. Để biết thêm thông tin, hãy tham khảo Hướng dẫn Hệ thống Illumina NextSeq 1000 và 2000 (tài liệu #1000000109376).

Khi chạy xong, chọn Eject Cartridge.
- GHI CHÚ: Hộp mực đã sử dụng bao gồm cả ô lưu lượng có thể được để nguyên cho đến lần chạy tiếp theo, nhưng không quá 3 ngày.
Lấy hộp mực ra khỏi khay.
Vứt bỏ thuốc thử theo các tiêu chuẩn hiện hành.

Chọn Đóng cửa. Khay được nạp lại.
Chọn Trang chủ để quay lại Màn hình chính.
- GHI CHÚ: Vì hộp chứa tất cả các cơ chế để vận hành hệ thống, cũng như một bình chứa để thu thập thuốc thử đã sử dụng nên không cần rửa dụng cụ sau khi chạy.

Lịch sử sửa đổi

Phiên bản	Ngày	Sự miêu tả
1.0	2021-12-01	Mới

www.olink.com

Chỉ sử dụng cho nghiên cứu. Không để sử dụng trong các thủ tục chẩn đoán.

Sản phẩm này bao gồm giấy phép sử dụng phi thương mại các sản phẩm Olink. Người dùng thương mại có thể yêu cầu giấy phép bổ sung. Vui lòng liên hệ Olink Proteomics AB để biết thêm chi tiết. Không có sự bảo đảm nào, rõ ràng hay ngụ ý, vượt ra ngoài mô tả này. Olink Proteomics AB không chịu trách nhiệm về thiệt hại tài sản, thương tích cá nhân hoặc tổn thất kinh tế do sản phẩm này gây ra. Nhãn hiệu sau đây thuộc sở hữu của Olink Proteomics AB: Olink®. Sản phẩm này được bảo vệ bởi một số bằng sáng chế và đơn xin cấp bằng sáng chế có sẵn tại https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Thụy Điển

1193, v1.0, 2021-12-01

Tài liệu / Tài nguyên

Olink NextSeq 2000 Khám phá hệ thống giải trình tự [tập tin pdf] Hướng dẫn sử dụng
NextSeq 2000, Khám phá hệ thống tuần tự, NextSeq 2000 Khám phá hệ thống tuần tự

Tài liệu tham khảo

Hướng dẫn sử dụng

Olink NextSeq 2000 Khám phá hệ thống giải trình tự

ghi chú tài liệu

Giới thiệu

Hỗ trợ kỹ thuật

hướng dẫn phòng thí nghiệm

Chuẩn bị thuốc thử giải trình tự

Chuẩn bị hộp thuốc thử

Chuẩn bị ô lưu lượng

Chuẩn bị Thư viện Olink® để giải trình tự

Nạp flow cell và Olink® Library vào hộp thuốc thử

Nạp tế bào dòng chảy vào hộp mực

Thực hiện chạy giải trình tự Olink®

Thiết lập thông số chạy

Đẩy và loại bỏ hộp mực sau khi chạy

Lịch sử sửa đổi

Tài liệu / Tài nguyên

Tài liệu tham khảo

Để lại bình luận

Hủy trả lời