Olink NextSeq 2000 Ngajalajah Sequencing System Manual Pamaké

Olink® Explore mangrupikeun platform immunoassay multiplex pikeun panemuan biomarker protéin manusa. Produk dimaksudkeun pikeun Panaliti Ngan ukur, sareng henteu dianggo dina prosedur diagnostik. Karya laboratorium ngan kedah dijalankeun ku staf laboratorium anu dilatih. Ngolah data ngan kedah dilakukeun ku staf anu dilatih. Hasilna dimaksudkeun pikeun dianggo ku panalungtik babarengan sareng temuan klinis atanapi laboratorium anu sanés.

Ngeunaan manual ieu

Buku Panduan ieu nyadiakeun pitunjuk anu diperlukeun pikeun ngaruntuykeun Olink® Explore Libraries dina Illumina® NextSeq™ 2000. Parentahna kudu diturutan sacara ketat tur eksplisit. Sakur panyimpangan sapanjang léngkah-léngkah laboratorium tiasa nyababkeun data cacad. Sateuacan ngamimitian alur kerja laboratorium, konsultasi ka Olink® Explore Overview Manual pamaké pikeun bubuka kana platform, kaasup informasi ngeunaan réagen, alat-alat jeung dokuméntasi diperlukeun, hiji leuwihview tina alur kerja, ogé pedoman laboratorium. Pikeun pitunjuk ngeunaan cara ngajalankeun Olink® Explore Reagent Kits, tingal Buku Panduan Pamaké Olink® Explore. Pikeun ngolah data jeung nganalisis hasil runtuyan Olink® Explore, tingal Olink® MyData Cloud User Guide. Sadaya merek dagang sareng hak cipta anu aya dina bahan ieu mangrupikeun hak milik Olink® Proteomics AB, kecuali dinyatakeun.

Bantosan Téknis

Kanggo dukungan téknis, hubungi Olink Proteomics di: support@olink.com.

Parentah laboratorium

Bab ieu nyayogikeun pitunjuk ngeunaan cara ngaurutkeun Perpustakaan Olink dina NextSeq™ 2000 nganggo Reagen NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 Siklus) v3. Protokol anu digunakeun pikeun ngaruntuykeun nyaéta adaptasi alur kerja NGS standar Illumina® pikeun Illumina® NextSeq™ 2000. Sateuacan neruskeun urutan, pastikeun kualitas Perpustakaan Olink anu dimurnikeun parantos diverifikasi. Rujuk kana Buku Panduan Pamaké Olink Explore pikeun pitunjuk ngeunaan kadali kualitas.

Rencanana ngajalankeun sequencing

Hiji Perpustakaan Olink tiasa diurutkeun per sél aliran NextSeq™ 2000 P2 sareng per run. Jumlah sél aliran P2 sarta ngalir diperlukeun pikeun runtuyan béda Olink Ngajalajah Reagen Kit digambarkeun dina Table 1. Lamun leuwih ti hiji ngajalankeun diperlukeun, ngulang parentah nu dijelaskeun dina Buku Panduan ieu.

meja 1. Sequencing ngajalankeun tata

Olink® Ngajalajah Reagen Kit	Jumlah Perpustakaan Olink	Jumlah sél aliran (s) jeung ngajalankeun (s)
Olink® Ngajalajah 384 Reagen Kit	1	1
Olink® Ngajalajah 4 x 384 Reagen Kit	4	4
Olink® Ngajalajah 1536 Reagen Kit	4	4
Olink® Ngajalajah ékspansi réagen Kit	4	4
Olink® Ngajalajah 3072 Reagen Kit	8	8

Pasang resep khusus Olink®

Simpen resep Olink custom xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 dina folder instrumen luyu.

CATETAN: Resep custom Olink ngan bakal tiasa dianggo sareng kit NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 sareng software kontrol NextSeq™ 1000/2000 v1.2 atanapi v1.4.

Nyiapkeun réagen urutan

Salila léngkah ieu, kartrij réagen anu ngandung réagen clustering sareng sequencing dilebur sareng sél aliran disiapkeun.

PERHATOSAN: Kartrid réagen ngandung bahan kimia anu berpotensi ngabahayakeun. Anggo alat pelindung anu cekap sareng piceun réagen anu dianggo saluyu sareng standar anu berlaku. Kanggo inpo nu leuwih lengkep, tingal Illumina NextSeq 1000 jeung 2000 System Guide (dokumen # 1000000109376).

Nyiapkeun cartridge réagen

Cairan kartrij anu henteu dibuka tiasa dilakukeun nganggo tilu metode anu béda: dina suhu kamar, dina mandi cai anu dikontrol, atanapi dina kulkas.

Nyiapkeun bangku

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagen Cartridge (100 siklus)

parentah

Ngalembereh kartrij réagen sakumaha anu dijelaskeun dina Tabel 2.

meja 2. Métode thawing cartridge réagen

Métode thawing	parentah
Dina suhu kamar	Tanpa muka kantong foil pérak, nempatkeun kartrij réagen beku dina bangku sareng ngalembereh dina suhu kamar salami 9 jam. Ulah ngaleuwihan 16 jam. Pastikeun yén labél kantong nyanghareup ka luhur jeung hawa bisa ngiderkeun sabudeureun cartridge nu.
Dina cai mandi	Tanpa muka kantong foil pérak, tempatkeun kartrij réagen beku satengah teuleum dina mandi cai 25 °C anu dikontrol sareng ngantepna ngalembereh salami 6 jam. Ulah ngaleuwihan 8 jam. Pastikeun yén labél kantong ngadep ka luhur sareng kartrij henteu dibalikkeun nalika dilebur. Tegalan cartridge tuntas ku anduk kertas.
Dina kulkas	Tanpa muka kantong foil pérak, nempatkeun kartrij dina bangku sareng ngalembereh dina suhu kamar salami 6 jam. Pastikeun yén labél kantong nyanghareup ka luhur jeung hawa bisa ngiderkeun sabudeureun cartridge nu. Rengse thawing cartridge dina kulkas salila 12 jam. Ulah ngaleuwihan 72 jam. Sateuacan ngajalankeun, cabut kartrij anu teu dibuka tina kulkas sareng ngantepkeun ka suhu kamar sahenteuna sahenteuna 15 menit, tapi henteu langkung ti 1 jam.

CATETAN: Kartrij anu dilebur teu tiasa dibekukeun sareng kedah disimpen dina suhu 4 ° C, salami waktos maksimal 72 jam.

Nyiapkeun sél aliran

Nyiapkeun bangku

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Aliran Sél

parentah

Bawa sél aliran refrigerated ka suhu kamar pikeun 10-15 menit.

Nyiapkeun Perpustakaan Olink® pikeun sequencing

Salila léngkah ieu, Perpustakaan Olink anu dimurnikeun sareng dikontrol kualitasna éncér kana konsentrasi beban akhir. Catet yén denaturasi Perpustakaan dilakukeun sacara otomatis dina alat.

Nyiapkeun bangku

Lib Tube, disiapkeun dumasar kana Manual Pamaké Olink Explore

1x RSB sareng Tween 20
MilliQ cai
2 x tabung Microcentrifuge (1.5 mL)
Pipet ukur manual (10, 100 dan 1000 μL)
Saringan pipette tips

Sateuacan Anjeun ngamimitian

Ngalembereh tabung Lib lamun beku.
Ngalembereh RSB beku kalawan Tween 20 dina suhu kamar salila 10 menit. Simpen dina +4 ° C dugi ka dianggo.
Cirian dua tabung microcentrifuge anyar 1.5 ml saperti kieu:
- Cirian hiji tabung "Dil" (pikeun Perpustakaan éncér 1:100)
- Cirian hiji tabung "Seq" (pikeun siap ngamuat Perpustakaan)

parentah

Tambahkeun 495 μL cai MilliQ kana Dil Tube.

Vortex tabung Lib sarta spin eta sakeudeung.
Mindahkeun 5 μL sacara manual tina Tabung Lib ka Tabung Dil.
Vortex Tube Dil sareng puterkeun sakedap.
Tambahkeun 20 μL RBS sareng Tween 20 kana Seq Tube.

Sacara manual mindahkeun 20 μL ti Dil Tube ka Seq Tube.
Vortex Seq Tube sareng puterkeun sakedap.
Langsung neruskeun 2.5 Beban sél aliran sarta Olink® Perpustakaan kana cartridge réagen.

CATETAN: Simpen Lib Tube (s) dina -20 °C bisi kamungkinan ulang (s).

Muat sél aliran sareng Perpustakaan Olink® kana kartrij réagen

Salila léngkah ieu, sél aliran jeung Perpustakaan Olink diluted dimuat kana cartridge réagen thawed.

Nyiapkeun bangku

1x dilebur NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 siklus), disiapkeun dina léngkah saméméhna
1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, disiapkeun dina léngkah saméméhna

Seq Tube (kalayan siap pikeun muka diluted Perpustakaan Olink), disiapkeun dina hambalan saméméhna
Pipet ukur 100 μL
Ujung pipet (1 mL)

Nyiapkeun cartridge

Cabut kartrij tina kantong foil pérak.
Balikkeun kartrid sapuluh kali pikeun nyampur sacara saksama réagen anu dilebur di jerona.

CATETAN: Biasana ngadéngé komponén internal jingling.

Muat sél aliran kana cartridge nu

Nalika siap ngamuat sél aliran kana kartrij, cabut sél aliran tina bungkusan. Tahan sél aliran ku tab abu, jeung labél dina tab nyanghareup ka luhur. Anggo sarung tangan bébas bubuk anyar pikeun nyegah kontaminasi permukaan kaca sél aliran.
Selapkeun sél aliran kana slot sél aliran di hareup cartridge nu. Hiji klik karungu nunjukkeun yén sél aliran bener disimpen.
Leupaskeun tab abu ku cara narik kaluar.

Muatkeun Perpustakaan Olink® kana kartrij

Pierce embung Perpustakaan kalawan bersih 1 ml pipette tip.
Muat 20 μL Perpustakaan Olink tina Seq Tube kana handapeun waduk perpustakaan.

Laksanakeun Olink® sequencing run

Salila léngkah ieu, kartrij panyangga kalayan sél aliran anu dimuat sareng Perpustakaan Olink dimuat kana NextSeq™ 2000, sareng urutan runutna dimimitian nganggo resep Olink.

Nyiapkeun bangku

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cycles) dieusian ku NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell sareng Olink Library anu éncér, disiapkeun dina léngkah saméméhna.

Konpigurasikeun Mode Run

Tina menu software kontrol, pilih Setélan.
Dina BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, pilih Local Run Setup.
Pilih Rojongan Proaktif Ngan salaku setélan tambahan. Pungsi ieu merlukeun sambungan internét.
Pilih Lokasi Hosting pikeun data anjeun. Lokasi Hosting kedah di atanapi caket sareng daérah anjeun.
Setel lokasi Polder Kaluaran pikeun data atah ngajalankeun ayeuna. Pilih Pilih pikeun nganapigasi tur pilih polder kaluaran.
Pilih kotak centang Denatur sareng Éncér Dina Papan pikeun otomatis denatur sareng éncér Perpustakaan dina alat.
Pilih kotak centang Purge Reagent Cartridge pikeun otomatis ngabersihkeun réagen anu henteu dianggo kana kompartemen réagen béak tina kartrij.
Pilih kotak centang Autocheck pikeun apdet software pikeun otomatis pariksa apdet software (opsional). Pungsi ieu merlukeun sambungan internét.
Pilih Simpen.

Nyetél parameter ngajalankeun

CATETAN: Parentah ieu manglaku ka versi 1.4 parangkat lunak kontrol NextSeq™ 1000/2000. Sababaraha léngkah anu dijelaskeun di handap ieu tiasa béda nalika nganggo versi v1.2

Tina menu software kontrol, pilih Mimitian.
Pilih Manually Set Up New Run terus pencét Setup.
Dina halaman Run Setup, setel parameter run sapertos kieu:
- Dina widang Run Name, asupkeun ID percobaan unik.
- Dina daptar turun-handap Tipe Baca, pilih pilihan Baca Tunggal.
- Lebetkeun jumlah siklus sapertos kieu:
  - Baca 1: 24
  - Indéks 1: 0
  - Indéks 2: 0
  - Baca 2: 0

CATETAN: Penting pisan yén Baca 1 disetel ka 24, upami henteu sadayana jalan bakal gagal. Malire pesen peringatan nalika ngasupkeun jumlah siklus.

Dina daptar drop-down Custom Primer Wells, pilih No.
Dina Resep Adat (opsional) médan, pilih Pilih pikeun nganapigasi tur pilih XML resep custom file Olink_NSQ2K_P2_V1. Pilih Buka.
Ulah ngimpor Sample Lambaran.
Pastikeun lokasi Polder Kaluaran bener. Upami teu kitu, pilih Pilih pikeun nganapigasi tur pilih lokasi folder kaluaran nu dipikahoyong.

Dina widang Denature sareng Éncér Onboard, pilih Diaktipkeun tina daptar turun-handap.
Pilih Prep.

Muatkeun kartrij anu dimuat

Pilih Beban. Visor instrumen dibuka sareng baki dikaluarkeun.
Pasang kartrij anu dimuat kana baki kalayan labélna ngadep ka luhur sareng sél aliran di jero alat.

Pilih Tutup.
Sakali kartrij dimuat leres, pariksa parameter jalankeun sareng pilih Runtuyan. Instrumén ngalakukeun pamariksaan pra-jalan pikeun alat sareng cairan.
- CATETAN: Salila pamariksaan fluidics, diperkirakeun ngadangu sababaraha sora popping.
Pastikeun yén ngajalankeun dimimitian sanggeus cék pre-run otomatis geus réngsé (~ 15 menit). Waktu ngajalankeun sequencing kira 10h30 mnt.
- CATETAN: Pikeun sagala kagagalan pamariksaan sateuacan ngajalankeun, tingal petunjuk produsén. Kade ulah nabrak atawa ngaganggu NextSeq™ 2000 salila ngajalankeun urutan. Alatna sénsitip kana geter.
Ngabersihan wewengkon gawé.

Ngawas Run kamajuan

Olink migunakeun NGS salaku readout pikeun ngitung jumlah runtuyan dipikawanoh guna estimasi konsentrasi protéin dibikeun dina s.amples (relatif ka s séjénamples). Kualitas data tina unggal Explore sequencing run utamana ditangtukeun ku parameter QC unik kana téhnologi Olink. Lantaran kitu, métrik kontrol kualitas standar anu digunakeun dina NGS konvensional, sapertos Q-skor, kirang kritis.

Ngaluarkeun jeung piceun cartridge sanggeus ngajalankeun

PERHATOSAN: Susunan réagen ieu ngandung bahan kimia anu berpotensi ngabahayakeun. Anggo alat pelindung anu cekap sareng piceun réagen anu dianggo saluyu sareng standar anu berlaku. Kanggo inpo nu leuwih lengkep, tingal Illumina NextSeq 1000 jeung 2000 System Guide (dokumen # 1000000109376).

Nalika ngajalankeun parantos réngsé, pilih Eject Cartridge.
- CATETAN: Cartridge dipaké kaasup sél aliran bisa ditinggalkeun di tempat nepi ka ngajalankeun salajengna, tapi teu leuwih ti 3 poé.
Cabut cartridge tina baki.
Buang réagen saluyu jeung standar nu lumaku.
Pilih Tutup Panto. Baki dieusian deui.
Pilih Imah pikeun mulang ka Layar Utama.
- CATETAN: Kusabab kartrij ngandung sadaya mékanisme pikeun ngajalankeun sistem, ogé waduk pikeun ngumpulkeun réagen anu dianggo, henteu peryogi nyeuseuh alat saatos ngajalankeun.

Riwayat révisi

Vérsi	titimangsa	Katerangan
1.0	2021-12-01	Anyar

www.olink.com

Pikeun Pamakéan Panalungtikan Ngan. Henteu kanggo Dianggo dina Prosedur Diagnostik.

Produk ieu kalebet lisénsi pikeun panggunaan non-komersial produk Olink. Pamaké komérsial bisa merlukeun lisénsi tambahan. Mangga wartosan Olink Proteomics AB kanggo detil. Henteu aya jaminan, dinyatakeun atanapi tersirat, anu ngalegaan saluareun pedaran ieu. Olink Proteomics AB teu nanggungjawaban kanggo karuksakan harta, tatu pribadi, atawa leungitna ékonomi disababkeun ku produk ieu. Merek dagang di handap ieu dipiboga ku Olink Proteomics AB: Olink®. produk ieu katutupan ku sababaraha patén-patén jeung aplikasi patén sadia di https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Swédia

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokumén / Sumberdaya

Olink NextSeq 2000 Ngajalajah System Sequencing [pdf] Manual pamaké
NextSeq 2000, Ngajalajah Sistem Sequencing, NextSeq 2000 Ngajalajah Sistem Sequencing

Rujukan

Manual pamaké

Olink NextSeq 2000 Ngajalajah System Sequencing

Catetan dokumén

Bubuka

Bantosan Téknis

Parentah laboratorium

Nyiapkeun réagen urutan

Nyiapkeun cartridge réagen

Nyiapkeun sél aliran

Nyiapkeun Perpustakaan Olink® pikeun sequencing

Muat sél aliran sareng Perpustakaan Olink® kana kartrij réagen

Muat sél aliran kana cartridge nu

Laksanakeun Olink® sequencing run

Nyetél parameter ngajalankeun

Ngaluarkeun jeung piceun cartridge sanggeus ngajalankeun

Riwayat révisi

Dokumén / Sumberdaya

Rujukan

Ninggalkeun komentar

Ngabolaykeun reply