Olink NextSeq 2000 Системаи пайдарпайро омӯзед
Қайд кардани ҳуҷҷат
Дастури истифодабарандаи Olink® Explore, doc nr 1153, кӯҳна шудааст ва бо ҳуҷҷатҳои зерин иваз карда шудааст:
- Olink® Explore Overview Дастури корбар, ҳуҷҷати № 1187
- Olink® Explore 384 Manual User, doc nr 1188
- Olink® Explore 4 x 384 дастури корбар, ҳуҷҷати № 1189
- Olink® Explore 1536 & Дастури истифодабарандаи васеъшавӣ, ҳуҷҷати № 1190
- Olink® Explore 3072 Manual User, doc nr 1191
- Olink® Explore Sequencing бо истифода аз NextSeq 550 дастури корбар, ҳуҷҷати № 1192
- Olink® Explore Sequencing бо истифода аз NextSeq 2000 дастури корбар, ҳуҷҷати № 1193
- Olink® Explore Sequencing бо истифода аз дастури корбар NovaSeq 6000, ҳуҷҷати № 1194
Муқаддима
Истифодаи пешбинишуда
Olink® Explore як платформаи мултиплекси иммуноассай барои кашфи биомаркер сафедаи инсон мебошад. Маҳсулот танҳо барои истифодаи тадқиқот пешбинӣ шудааст, на барои истифода дар расмиёти ташхис. Корҳои лабораторӣ бояд танҳо аз ҷониби кормандони ботаҷрибаи лабораторӣ анҷом дода шаванд. Коркарди маълумот бояд танҳо аз ҷониби кормандони омӯзонидашуда анҷом дода шавад. Натиҷаҳо барои муҳаққиқон дар якҷоягӣ бо дигар бозёфтҳои клиникӣ ё лабораторӣ истифода мешаванд.
Дар бораи ин дастур
Ин Дастури корбар дастурҳоро барои пайдарпайии Olink® Explore Libraries дар Illumina® NextSeq™ 2000 пешниҳод мекунад. Дастурҳо бояд ба таври қатъӣ ва дақиқ риоя карда шаванд. Ҳама гуна инҳироф дар тамоми марҳилаҳои лабораторӣ метавонад боиси вайрон шудани маълумот гардад. Пеш аз оғози ҷараёни кории лабораторӣ, бо Olink® Explore Over машварат кунедview Дастури корбар барои шиносоӣ бо платформа, аз ҷумла маълумот дар бораи реактивҳо, таҷҳизот ва ҳуҷҷатҳои зарурӣ,view ҷараёни кор, инчунин дастурҳои лабораторӣ. Барои дастурҳо дар бораи чӣ гуна кор кардани маҷмӯаҳои Reagent Olink® Explore, ба дастури корбарии Olink® Explore муроҷиат кунед. Барои коркарди маълумот ва таҳлили натиҷаҳои пайдарпайии Olink® Explore, ба дастури корбари Olink® MyData Cloud муроҷиат кунед. Ҳама тамғаҳои молӣ ва ҳуқуқҳои муаллифии дар ин мавод мавҷудбуда моликияти Olink® Proteomics AB мебошанд, агар тартиби дигаре пешбинӣ нашуда бошад.
Пуштибонии фаннӣ
Барои дастгирии техникӣ бо Olink Proteomics дар тамос шавед: support@olink.com.
Дастурҳои лабораторӣ
Ин боб дастурҳоро дар бораи чӣ гуна тартиб додани китобхонаҳои Olink дар NextSeq™ 2000 бо истифода аз NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3. Протоколе, ки барои пайдарпайсозӣ истифода мешавад, мутобиқсозии ҷараёни кории стандартии Illumina® NGS барои Illumina® NextSeq™ 2000 мебошад. Пеш аз гузаштан ба пайдарпай, боварӣ ҳосил кунед, ки сифати Китобхонаи тозашудаи Olink тасдиқ шудааст. Барои дастурҳо оид ба назорати сифат ба дастури корбарии Olink Explore муроҷиат кунед.
Давраи пайдарпайро ба нақша гиред
Як китобхонаи Olink метавонад дар як ҳуҷайраи ҷараёни NextSeq ™ 2000 P2 ва дар як иҷро пайдарпай ҷойгир карда шавад. Миқдори ҳуҷайраҳои ҷараёни P2 ва давраҳое, ки барои пайдарпайии маҷмӯаҳои гуногуни реагентҳои Olink Explore лозиманд, дар ҷадвали 1 тавсиф шудаанд. Агар зиёда аз як давидан лозим бошад, дастурҳои дар ин дастур тавсифшударо такрор кунед.
Љадвали 1. Банақшагирии иҷроиши пайдарпай
| Olink® Explore Reagent Kit | Шумораи китобхонаҳои Olink | Шумораи ҳуҷайраҳои ҷараён (ҳо) ва иҷро(ҳо) |
| Маҷмӯаи Reagent Olink® Explore 384 | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 маҷмӯаи реагент | 4 | 4 |
| Маҷмӯаи Reagent Olink® Explore 1536 | 4 | 4 |
| Olink® Explore Reagent Expansion Kit | 4 | 4 |
| Маҷмӯаи Reagent Olink® Explore 3072 | 8 | 8 |
Дорухатҳои фармоишии Olink® насб кунед
Захира кардани рецепти фармоишии Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 дар папкаи асбоби мувофиқ.
ШАРҲ: Дорухатҳои фармоишии Olink танҳо бо маҷмӯаи NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 ва нармафзори назоратии NextSeq™ 1000/2000 v1.2 ё v1.4 кор мекунанд.
Реагентҳои пайдарпайро омода кунед
Дар ин марҳила, картриджи реагент, ки дорои реагентҳои кластерӣ ва пайдарпайӣ мебошад, об карда мешавад ва ҳуҷайраи ҷараён омода мешавад.
Огоҳӣ: Картриджи реактив дорои моддаҳои кимиёвии эҳтимолан хатарнок аст. Таҷҳизоти муҳофизатии мувофиқро пӯшед ва реагентҳои истифодашударо мувофиқи стандартҳои мувофиқ партоед. Барои маълумоти иловагӣ, ба дастури системавии Illumina NextSeq 1000 ва 2000 муроҷиат кунед (ҳуҷҷати №1000000109376).
Картриджи реактивро тайёр кунед
Об кардани картриджи кушоданашударо бо се усули гуногун метавон анҷом дод: дар ҳарорати хонагӣ, дар ваннаи обии назоратшаванда ё дар яхдон.
Суфра тайёр кунед
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 картриджи реагент (100 давра)
Дастурҳо
- Картриджи реагентро тавре ки дар ҷадвали 2 тавсиф шудааст, об кунед.
Ҷадвали 2. Усулҳои обшавии картриджҳои реактивӣ
| Усули оббозӣ | Дастурҳо |
| Дар ҳарорати хонагӣ |
|
| Дар ванна об |
|
| Дар яхдон |
|
ШАРҲ: Картриджҳои обшуда аз нав ях кардан мумкин нест ва онҳо бояд дар ҳарорати 4 °C то 72 соат нигоҳ дошта шаванд.
Ҳуҷайраи ҷараёнро омода кунед
Суфра тайёр кунед
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ҳуҷайраи ҷараёни
Дастурҳо
- Ҳуҷраи ҷараёни яхдонро ба ҳарорати хонагӣ барои 10-15 дақиқа расонед.
Китобхонаи Olink® -ро барои пайдарпай омода кунед
Дар ин марҳила, китобхонаи Olink тозашуда ва сифатан назоратшаванда то консентратсияи ниҳоии боркунӣ ҳал карда мешавад. Дар хотир доред, ки денатуратсияи китобхона ба таври худкор дар асбоб анҷом дода мешавад.
Суфра тайёр кунед
- Lib Tube, ки мувофиқи дастури корбарии Olink Explore таҳия шудааст
- 1x RSB бо Tween 20
- MilliQ об
- 2х найчаи микроцентрифуга (1.5 мл)
- Пипеткаи дастӣ (10, 100 ва 1000 мкл)
- Маслиҳатҳои пипеткаи филтр
Пеш аз он ки шумо оғоз кунед
- Tube Lib-ро дар ҳолати яхкарда об кунед.
- RSB-и яхкардаро бо Tween 20 дар ҳарорати хонагӣ барои 10 дақиқа об кунед. То истифода бурдан дар ҳарорати +4 °C нигоҳ доред.
- Ду найчаи нави микроцентрифугаи 1.5 млро ба таври зерин қайд кунед:
- Як найчаи "Дил" -ро қайд кунед (барои китобхонаи 1:100 маҳлулшуда)
- Як найчаи "Seq" -ро қайд кунед (барои омода кардани боркунии Китобхона)
Дастурҳо
- Ба Дил Tube 495 мкл оби MilliQ илова кунед.
- Tube Lib-ро гирд кунед ва онро ба таври мухтасар гардонед.
- 5 мкЛ-ро дастӣ аз Tube Lib ба Dil Tube интиқол диҳед.
- Tube-ро гирд кунед ва ба муддати кӯтоҳ онро ба поён гардонед.
- Ба Tube Seq 20 мкл RBS бо Tween 20 илова кунед.
- 20 мкЛ-ро аз Дил Tube ба Seq Tube дастӣ интиқол диҳед.
- Tube Seq-ро гирд оваред ва онро ба таври мухтасар гардонед.
- Дарҳол ба 2.5 Боркунии ҳуҷайраи ҷараёни ва Olink® Library ба картриджи реагент идома диҳед.
ШАРҲ: Tube(ҳо)-и Lib-ро дар -20 °C дар ҳолати такрории эҳтимолӣ нигоҳ доред.
Ҳуҷайраи ҷараён ва Китобхонаи Olink®-ро ба картриджи реагент бор кунед
Дар ин марҳила, ҳуҷайраи ҷараён ва китобхонаи обшудаи Olink ба картриджи реагенти обшуда бор карда мешавад.
Суфра тайёр кунед
- 1x картриджи реагенти NextSeq™ 1000/2000 P2 обшуда (100 давра), ки дар қадами қаблӣ омода шудааст
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, ки дар қадами қаблӣ омода шудааст
- Seq Tube (бо омода барои бор кардани Китобхонаи обшудаи Olink), ки дар қадами қаблӣ омода шудааст
- Пипеткаи дастӣ (100 мкл)
- Нӯги пипетка (1 мл)
Картриджро тайёр кунед
- Картриджро аз халтаи фолгаи нуқра хориҷ кунед.
- Картриджро даҳ маротиба иваз кунед, то реагентҳои обшудаи дохили онро бодиққат омехта кунед.
ШАРҲ: Гӯшидани ҷузъҳои дохилӣ муқаррарӣ аст.
Ҳуҷайраи ҷараёнро ба картридж бор кунед
- Вақте ки барои бор кардани ҳуҷайраи ҷараён ба картридж омода аст, ҳуҷайраи ҷараёнро аз баста хориҷ кунед. Ячейкаи ҷараёнро аз лавҳаи хокистарӣ нигоҳ доред ва нишона дар ҷадвал ба боло нигаронида шудааст. Барои пешгирӣ кардани олудашавии сатҳи шишаи ҳуҷайраи ҷараён дастпӯшакҳои нави хокаро истифода баред.
- Ҳуҷайраи ҷараёнро ба ковокии ҳуҷайраи ҷараён дар пеши картридж ҷойгир кунед. Клики шунавоӣ нишон медиҳад, ки ҳуҷайраи ҷараён дуруст ҷойгир шудааст.
- Ҷадвали хокистариро бо кашидани он хориҷ кунед.
Китобхонаи Olink®-ро ба картридж бор кунед
- Обанбори Китобхонаро бо нӯги пипеткаи тозаи 1 мл сӯрох кунед.
- 20 мкл Китобхонаи Олинкро аз Tube Seq ба поёни обанбори китобхона бор кунед.
Иҷрои пайдарпайии Olink®
Дар ин қадам, картриджи буферӣ бо ячейкаи ҷараёни пурбор ва Китобхонаи Olink ба NextSeq™ 2000 бор карда мешавад ва иҷроиши пайдарпай бо истифода аз рецепти Olink оғоз мешавад.
Суфра тайёр кунед
- 1x картриджи реагенти NextSeq ™ 1000/2000 P2 (100 давра), ки бо ҳуҷайраи ҷараёни NextSeq ™ 1000/2000 P2 ва китобхонаи обшудаи Olink бор карда шудааст, ки дар қадами қаблӣ омода шудааст.
Ҳолати иҷроро танзим кунед
- Аз менюи нармафзори идоракунӣ, Танзимотро интихоб кунед.
- Дар доираи BaseSpace Sequence Hub Services & Support Proactive, Setup Run Local -ро интихоб кунед.
- Танҳо Дастгирии проактивиро ҳамчун танзимоти иловагӣ интихоб кунед. Ин функсия пайвасти интернетро талаб мекунад.
- Ҷойгоҳи хостингро барои маълумоти худ интихоб кунед. Ҷойгоҳи хостинг бояд дар минтақаи шумо ё наздик бошад.
- Ҷойгиршавии Папкаи баромадро барои маълумоти хоми ҷорӣ таъин кунед. Интихоб кунед барои паймоиш ва ҷузвдони баромадро интихоб кунед.
- Барои ба таври худкор денатуратсия кардан ва маҳлул кардани Китобхона дар борти асбоб, қуттии қайдкуниро интихоб кунед.
- Барои ба таври худкор тоза кардани реагентҳои истифоданашуда ба қисмати реагентҳои истифодашудаи картридж қуттии тасдиқкуниро интихоб кунед.
- Барои худкор санҷидани навсозиҳои нармафзор (ихтиёрӣ) қуттии санҷиши навсозии нармафзорро интихоб кунед. Ин функсия пайвасти интернетро талаб мекунад.
- Захира-ро интихоб кунед.
Параметрҳои иҷроро танзим кунед
ШАРҲ: Ин дастур ба версияи 1.4 нармафзори назоратии NextSeq™ 1000/2000 дахл дорад. Баъзе аз қадамҳои дар зер тавсифшуда ҳангоми истифодаи версияи v1.2 метавонанд гуногун бошанд
- Аз менюи нармафзори идоракунӣ Оғоз-ро интихоб кунед.
- Иҷрои навро ба таври дастӣ насб кунед ва Setup-ро пахш кунед.
- Дар саҳифаи Run Setup, параметрҳои иҷроро ба таври зерин насб кунед:
- Дар майдони Номи иҷро, ID-и беназири озмоишро ворид кунед.
- Дар рӯйхати афтанда Намуди Хондан, хосият Хониши ягонаро интихоб кунед.
- Шумораи давраҳоро ба таври зерин ворид кунед:
- 1-ро хонед: 24
- Индекс 1: 0
- Индекс 2: 0
- 2-ро хонед: 0
ШАРҲ: Муҳим аст, ки Read 1 ба 24 муқаррар карда шавад, вагарна тамоми давидан ноком мешавад. Ҳангоми ворид кардани шумораи давраҳо ба паёмҳои огоҳкунанда аҳамият надиҳед.
- Дар рӯйхати афтанда Primer Wells Custom, Не -ро интихоб кунед.
- Дар майдони Рецепт фармоишӣ (ихтиёрӣ) Интихоб кунед барои паймоиш ва XML-и фармоишии дорухатро интихоб кунед file Olink_NSQ2K_P2_V1. Кушодан-ро интихоб кунед.
- S.-ро ворид накунедample Leet.
- Боварӣ ҳосил кунед, ки ҷойгиршавии Папкаи баромад дуруст аст. Дар акси ҳол, Интихоб кунед барои паймоиш ва макони папкаи баромади дилхоҳро интихоб кунед.
- Дар майдони денатура ва маҳлули борт, аз рӯйхати афтанда Фаъол -ро интихоб кунед.
- Омодагӣ -ро интихоб кунед.
Картриджи пуршударо бор кунед
- Боркуниро интихоб кунед. Висори асбоб кушода мешавад ва табақа бароварда мешавад.
- Картриджи пуршударо бо нишони боло ва ҳуҷайраи ҷараён дар дохили асбоб ба табақа ҷойгир кунед.
- Пӯшиданро интихоб кунед.
- Пас аз он ки картридж дуруст бор карда мешавад, параметрҳои иҷрошударо тафтиш кунед ва пайдарпайро интихоб кунед. Асбоб санҷиши пешакии асбоб ва моеъҳоро анҷом медиҳад.
- ШАРҲ: Ҳангоми санҷиши моеъҳо, интизор меравад, ки якчанд садои попушӣ шунида шавад.
- Боварӣ ҳосил кунед, ки давидан пас аз анҷом ёфтани санҷишҳои автоматии пеш аз давидан оғоз меёбад (~15 дақиқа). Давомнокии амал тақрибан 10 соат 30 дақиқа аст.
- ШАРҲ: Барои ҳар гуна нокомии санҷиши пешакӣ, ба дастурҳои истеҳсолкунанда муроҷиат кунед. Эҳтиёт бошед, ки дар ҷараёни секвенсия ба NextSeq™ 2000 дучор нашавед ё ба таври дигар халал нарасонед. Асбоб ба ларзиш ҳассос аст.
- Майдони корро тоза кунед.
Мониторинги пешрафти иҷро
Олинк NGS-ро ҳамчун хониш барои муайян кардани миқдори пайдарпаии маълум барои ҳисоб кардани консентратсияи сафедаи додашуда дар s истифода мебарад.amples (нисбат ба дигар сamples). Сифати маълумот аз ҳар як ҷараёни пайдарпайии Explore асосан аз рӯи параметрҳои QC, ки ба технологияи Olink хос аст, муайян карда мешавад. Аз ин рӯ, меъёрҳои стандартии назорати сифат, ки дар NGS анъанавӣ истифода мешаванд, ба монанди Q-score, камтар муҳиманд.
Пас аз кор, картриджро бароред ва партоед
Огоҳӣ: Ин маҷмӯи реактивҳо дорои моддаҳои кимиёвии эҳтимолан хатарнок мебошанд. Таҷҳизоти муҳофизатии мувофиқро пӯшед ва реагентҳои истифодашударо мувофиқи стандартҳои мувофиқ партоед. Барои маълумоти иловагӣ, ба дастури системавии Illumina NextSeq 1000 ва 2000 муроҷиат кунед (ҳуҷҷати №1000000109376).
- Вақте ки кор ба анҷом мерасад, Картриджро бароварданро интихоб кунед.
- ШАРҲ: Картриджи истифодашуда, аз ҷумла ҳуҷайраи ҷараёнро то давраи навбатӣ дар ҷои худ гузоштан мумкин аст, аммо на бештар аз 3 рӯз.
- Картриджро аз табақ хориҷ кунед.
- Реактивҳоро мувофиқи стандартҳои амалкунанда партов кунед.
- Пӯшидани дарро интихоб кунед. Табақ аз нав бор карда мешавад.
- Барои баргаштан ба экрани асосӣ Home-ро интихоб кунед.
- ШАРҲ: Азбаски картридж дорои тамоми механизмҳои ба кор андохтани система ва инчунин обанбор барои ҷамъоварии реагентҳои истифодашуда мавҷуд аст, пас аз кор шустани асбобҳо лозим нест.
Таърихи ревизия
| Версия | Сана | Тавсифи |
| 1.0 | 2021-12-01 | Нав |
Танҳо барои истифодаи тадқиқотӣ. На барои истифода дар расмиёти ташхис.
Ин маҳсулот дорои иҷозатнома барои истифодаи ғайритиҷоратии маҳсулоти Olink мебошад. Истифодабарандагони тиҷоратӣ метавонанд иҷозатномаҳои иловагӣ талаб кунанд. Лутфан барои тафсилот бо Olink Proteomics AB тамос гиред. Ҳеҷ гуна кафолатҳои баёншуда ё дар назар дошташуда вуҷуд надоранд, ки аз ин тавсиф фаротаранд. Olink Proteomics AB барои хисороти молӣ, осеби шахсӣ ё талафоти иқтисодӣ, ки аз ин маҳсулот расонида шудааст, масъулият надорад. Тамғаи молии зерин ба Olink Proteomics AB тааллуқ дорад: Olink®. Ин маҳсулот аз ҷониби якчанд патентҳо ва дархостҳои патентӣ, ки дар он дастрасанд, фаро гирифта шудааст https://www.olink.com/patents/.
© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Ҳама тамғаҳои молии шахсони сеюм моликияти соҳибони мувофиқ мебошанд.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Uppsala, Шветсия
1193, v1.0, 2021-12-01
Ҳуҷҷатҳо / Сарчашмаҳо
 |
Olink NextSeq 2000 Системаи пайдарпайро омӯзед [pdf] Дастури корбар NextSeq 2000, Explore System Sequencing, NextSeq 2000 Explore System Sequencing |
