Olink NextSeq 2000 Eksploroni sistemin e sekuencës

Shënim dokumenti

Manuali i përdorimit Olink® Explore, doc nr 1153, është i vjetëruar dhe është zëvendësuar nga dokumentet e mëposhtme:

• Olink® Explore Overview Manuali i përdorimit, doc nr 1187
• Manuali i përdorimit Olink® Explore 384, doc nr 1188
• Manuali i përdorimit Olink® Explore 4 x 384, doc nr 1189
• Manuali i Përdoruesit Olink® Explore 1536 & Expansion, doc nr 1190
• Manuali i përdorimit Olink® Explore 3072, doc nr 1191
• Olink® Explore Sequencing duke përdorur Manualin e Përdoruesit NextSeq 550, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing duke përdorur Manualin e Përdoruesit NextSeq 2000, doc nr 1193
• Manuali i përdoruesit Olink® Explore Sequencing duke përdorur NovaSeq 6000, doc nr 1194

Hyrje

Përdorimi i synuar

Olink® Explore është një platformë e imuno-analizimit të shumëfishtë për zbulimin e biomarkerëve të proteinave njerëzore. Produkti është menduar vetëm për përdorim kërkimor dhe jo për përdorim në procedurat diagnostike. Puna laboratorike do të drejtohet vetëm nga personeli i trajnuar i laboratorit. Përpunimi i të dhënave do të kryhet vetëm nga staf i trajnuar. Rezultatet janë menduar të përdoren nga studiuesit në lidhje me gjetjet e tjera klinike ose laboratorike.

Rreth këtij manuali

Ky manual përdorimi ofron udhëzimet e nevojshme për të renditur bibliotekat Olink® Explore në Illumina® NextSeq™ 2000. Udhëzimet duhet të ndiqen rreptësisht dhe në mënyrë eksplicite. Çdo devijim përgjatë hapave laboratorikë mund të rezultojë në të dhëna të dëmtuara. Përpara se të filloni rrjedhën e punës laboratorike, konsultohuni me Olink® Explore Overview Manuali i përdoruesit për një hyrje në platformë, duke përfshirë informacionin rreth reagentëve, pajisjet dhe dokumentacionin e nevojshëm, një mbiview të rrjedhës së punës, si dhe udhëzimet laboratorike. Për udhëzime se si të përdorni paketat e reagentëve Olink® Explore, referojuni manualit të përdorimit të Olink® Explore. Për përpunimin e të dhënave dhe analizën e rezultateve të sekuencës Olink® Explore, referojuni Udhëzuesit të Përdoruesit të Olink® MyData Cloud. Të gjitha markat tregtare dhe të drejtat e autorit të përfshira në këtë material janë pronë e Olink® Proteomics AB, përveç rasteve kur përcaktohet ndryshe.

Mbështetje teknike

Për mbështetje teknike, kontaktoni Olink Proteomics në: support@olink.com.

Udhëzime laboratorike

Ky kapitull ofron udhëzime se si të renditen bibliotekat Olink në NextSeq™ 2000 duke përdorur reagentët NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cikle) v3. Protokolli i përdorur për renditjen është një përshtatje e rrjedhës së punës standarde NGS të Illumina® për Illumina® NextSeq™ 2000. Përpara se të vazhdoni me sekuencën, sigurohuni që cilësia e bibliotekës Olink të pastruar të jetë verifikuar. Referojuni manualit të përdorimit të Olink Explore për udhëzime rreth kontrollit të cilësisë.

Planifikoni ekzekutimin e renditjes

Një Bibliotekë Olink mund të renditet për çdo qelizë rrjedhëse NextSeq™ 2000 P2 dhe për ekzekutim. Numri i qelizave të rrjedhës P2 dhe ekzekutimeve të kërkuara për të renditur grupet e ndryshme të reagentëve Olink Explore përshkruhet në Tabelën 1. Nëse kërkohet më shumë se një ekzekutim, përsëritni udhëzimet e përshkruara në këtë manual.

Tabela 1. Planifikimi i ekzekutimit të renditjes

Kompleti i reagentëve Olink® Explore	Numri i Bibliotekave Olink	Numri i qelizave të rrjedhës dhe ekzekutimit
Kompleti i reagentëve Olink® Explore 384	1	1
Kompleti i reagentëve Olink® Explore 4 x 384	4	4
Kompleti i reagentëve Olink® Explore 1536	4	4
Kompleti i reagentëve të zgjerimit Olink® Explore	4	4
Kompleti i reagentëve Olink® Explore 3072	8	8

Instaloni recetën e personalizuar të Olink®

Ruani recetën e personalizuar të Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 në një dosje të përshtatshme instrumentesh.

SHËNIM: Receta e personalizuar Olink do të funksionojë vetëm me kompletin NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cikle) v3 dhe softuerin e kontrollit NextSeq™ 1000/2000 v1.2 ose v1.4.

Përgatitni reagentët e sekuencës

Gjatë këtij hapi, fisheku i reagentit që përmban reagentët e grupimit dhe renditjes shkrihet dhe qeliza e rrjedhës përgatitet.

PARALAJMËRIM: Kutia e reagentit përmban kimikate potencialisht të rrezikshme. Vishni pajisje të përshtatshme mbrojtëse dhe hidhni reagentët e përdorur në përputhje me standardet në fuqi. Për më shumë informacion, referojuni Udhëzuesit të Sistemit të Illumina NextSeq 1000 dhe 2000 (dokumenti #1000000109376).

Përgatitni fishekun e reagentit

Shkrirja e fishekut të pahapur mund të bëhet duke përdorur tre metoda të ndryshme: në temperaturën e dhomës, në një banjë uji të kontrolluar ose në frigorifer.

Përgatitni stolin

• Fisheku i reagentit 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cikle)

Udhëzimet

1. Shkrini fishekun e reagentit siç përshkruhet në Tabelën 2.

Tabela 2. Metodat e shkrirjes së fishekut të reagentit

Metoda e shkrirjes	Udhëzimet
Në temperaturën e dhomës	Pa hapur qesen me fletë argjendi, vendoseni fishekun e reagentit të ngrirë në stol dhe shkrini në temperaturën e dhomës për 9 orë. Mos i kaloni 16 orë. Sigurohuni që etiketa e çantës të jetë e kthyer nga lart dhe që ajri të qarkullojë rreth fishekut.
Në një banjë uji	Pa hapur qesen me fletë argjendi, vendoseni fishekun e ngrirë të reagentit gjysmë të zhytur në një banjë uji të kontrolluar 25 °C dhe lëreni të shkrihet për 6 orë. Mos i kaloni 8 orë. Sigurohuni që etiketa e çantës të jetë e kthyer nga lart dhe që fisheku të mos përmbyset gjatë shkrirjes. Thajeni fishekun tërësisht me një peshqir letre.
Në frigorifer	Pa hapur qesen me fletë argjendi, vendoseni fishekun në stol dhe shkrini në temperaturën e dhomës për 6 orë. Sigurohuni që etiketa e çantës të jetë e kthyer nga lart dhe që ajri të qarkullojë rreth fishekut. Përfundoni shkrirjen e fishekut në frigorifer për 12 orë. Mos i kaloni 72 orë. Para vrapimit, hiqni fishekun e shkrirë të pahapur nga frigoriferi dhe lëreni të arrijë temperaturën e dhomës për të paktën 15 minuta, por jo më shumë se 1 orë.

SHËNIM: Fishekët e shkrirë nuk mund të ngrihen përsëri dhe duhet të ruhen në 4 °C, për një kohë maksimale prej 72 orësh.

Përgatitni qelizën e rrjedhës

Përgatitni stolin

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Udhëzimet

1. Sillni qelizën e rrjedhjes në frigorifer në temperaturën e dhomës për 10-15 minuta.

Përgatitni Olink® Library për renditje

Gjatë këtij hapi, Biblioteka Olink e pastruar dhe e kontrolluar me cilësi hollohet deri në përqendrimin përfundimtar të ngarkimit. Vini re se denatyrimi i Bibliotekës kryhet automatikisht në instrument.

Përgatitni stolin

• Lib Tube, i përgatitur sipas manualit të përdorimit të Olink Explore
• 1x RSB me Tween 20
• Ujë MilliQ
• 2 x tuba mikrocentrifuge (1.5 mL)
• Pipetë manuale (10, 100 dhe 1000 μL)
• Majat e pipetës së filtrit

Para se të filloni

• Shkrini tubin Lib nëse është i ngrirë.
• Shkrini RSB-në e ngrirë me Tween 20 në temperaturën e dhomës për 10 minuta. Ruajeni në +4°C deri në përdorim.
• Shënoni dy tubat e rinj të mikrocentrifugës 1.5 mL si më poshtë:
  • Shënoni një tub "Dil" (për Bibliotekën e holluar 1:100)
  • Shënoni një tub "Seq" (për Bibliotekën gati për t'u ngarkuar)

Udhëzimet

1. Shtoni 495 μL ujë MilliQ në tubin Dil.
2. Përzieni tubin Lib dhe rrotullojeni për pak kohë.
3. Transferoni manualisht 5 μL nga Tubi Lib në Tubën Dil.
4. Vidhosni tubin Dil dhe rrotullojeni për pak kohë.
5. Shtoni 20 μL RBS me Tween 20 në Seq Tube.
6. Transferoni manualisht 20 μL nga Tubi Dil në Tubën Seq.
7. Vidhosni tubin Seq dhe rrotullojeni për pak kohë.
8. Vazhdoni menjëherë te 2.5 Ngarkoni qelizën e rrjedhës dhe Olink® Library në fishekun e reagentit.

SHËNIM: Ruani tubin(t) Lib në -20 °C në rast të rikthimit të mundshëm.

Ngarkoni qelizën e rrjedhës dhe Olink® Library në fishekun e reagentit

Gjatë këtij hapi, qeliza e rrjedhës dhe Biblioteka e holluar Olink ngarkohen në fishekun e reagentit të shkrirë.

Përgatitni stolin

• 1x fishek i reagentit NextSeq™ 1000/2000 P2 i shkrirë (100 cikle), i përgatitur në hapin e mëparshëm
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, përgatitur në hapin e mëparshëm
• Seq Tube (me Bibliotekën Olink të holluar gati për t'u ngarkuar), përgatitur në hapin e mëparshëm
• Pipetë manuale (100 μL)
• Maja e pipetës (1 mL)

Përgatitni fishekun

1. Hiqeni fishekun nga qesja me fletë argjendi.
2. Përmbysni fishekun dhjetë herë për të përzier plotësisht reagentët e shkrirë brenda.

SHËNIM: Është normale të dëgjosh zhurmën e pjesëve të brendshme.

Ngarkoni qelizën e rrjedhës në fishek

1. Kur të jeni gati për të ngarkuar qelizën e rrjedhës në fishek, hiqni qelizën e rrjedhës nga paketa. Mbajeni qelizën e rrjedhës nga skeda gri, me etiketën në skedë të kthyer nga lart. Përdorni doreza të reja pa pluhur për të shmangur kontaminimin e sipërfaqes së qelqit të qelizës rrjedhëse.
2. Fusni qelizën e rrjedhës në folenë e qelizës rrjedhëse në pjesën e përparme të fishekut. Një klikim i dëgjueshëm tregon se qeliza e rrjedhës është vendosur saktë.
3. Hiqni skedën gri duke e tërhequr jashtë.

Ngarkoni bibliotekën Olink® në fishek

1. Shponi rezervuarin e Bibliotekës me një majë pipete të pastër 1 ml.
2. Ngarkoni 20 μL të Olink Library nga Seq Tube në fund të rezervuarit të bibliotekës.

Kryeni ekzekutimin e sekuencës Olink®

Gjatë këtij hapi, fisheku Buffer me qelizën e ngarkuar të rrjedhës dhe Olink Library ngarkohet në NextSeq™ 2000 dhe ekzekutimi i renditjes fillon duke përdorur recetën Olink.

Përgatitni stolin

• 1x Fisheku i reagentit NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cikle) i ngarkuar me qelizën e rrjedhës NextSeq™ 1000/2000 P2 dhe bibliotekën Olink të holluar, të përgatitur në hapin e mëparshëm.

Konfiguro modalitetin e ekzekutimit

1. Nga menyja e softuerit të kontrollit, zgjidhni Cilësimet.
2. Nën Shërbimet dhe Mbështetja Proaktive e Qendrës së Sekuencës BaseSpace, zgjidhni Konfigurimin e ekzekutimit lokal.
3. Zgjidhni Mbështetje Proaktive vetëm si cilësime shtesë. Ky funksion kërkon një lidhje interneti.
4. Zgjidhni vendndodhjen e pritjes për të dhënat tuaja. Vendndodhja e pritjes duhet të jetë brenda ose afër rajonit tuaj.
5. Caktoni vendndodhjen e Dosjes së daljes për të dhënat e papërpunuara të ekzekutimit aktual. Zgjidhni Zgjidhni për të lundruar dhe zgjidhni dosjen e daljes.
6. Zgjidhni kutinë e kontrollit Denature and Dilute On Board për të denatyruar dhe holluar automatikisht Bibliotekën në instrument.
7. Zgjidhni kutinë e zgjedhjes Purge Reagent Cartridge për të pastruar automatikisht reagentët e papërdorur në ndarjen e reagentëve të shpenzuar të fishekut.
8. Zgjidhni kutinë e kontrollit Autokontroll për përditësimet e softuerit për të kontrolluar automatikisht për përditësime të softuerit (opsionale). Ky funksion kërkon një lidhje interneti.
9. Zgjidhni Ruaj.

Vendosni parametrat e ekzekutimit

SHËNIM: Ky udhëzim zbatohet për versionin 1.4 të softuerit të kontrollit NextSeq™ 1000/2000. Disa nga hapat e përshkruar më poshtë mund të jenë të ndryshëm kur përdorni versionin v1.2

1. Nga menyja e softuerit të kontrollit, zgjidhni Start.
2. Zgjidhni Manual Set Up New Run dhe shtypni Setup.
3. Në faqen Run Setup, konfiguroni parametrat e ekzekutimit si më poshtë:
   • Në fushën Run Name, vendosni një ID unike të eksperimentit.
   • Në listën rënëse Lloji i leximit, zgjidhni opsionin Single Read.
   • Fusni numrin e cikleve si më poshtë:
     • Lexoni 1: 24
     • Indeksi 1: 0
     • Indeksi 2: 0
     • Lexoni 2: 0

SHËNIM: Është thelbësore që Read 1 të vendoset në 24, përndryshe i gjithë ekzekutimi do të dështojë. Injoroni mesazhet paralajmëruese kur futni numrin e cikleve.

• Në listën rënëse Custom Primer Wells, zgjidhni Nr.
• Në fushën "Receta e personalizuar" (opsionale), zgjidhni "Zgjidh" për të naviguar dhe zgjidhni recetën e personalizuar XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Zgjidhni Hap.
• Mos importoni një Sample Fletë.
• Sigurohuni që vendndodhja e Dosjes së daljes është e saktë. Përndryshe, zgjidhni Zgjidhni për të naviguar dhe zgjidhni vendndodhjen e dëshiruar të dosjes së daljes.
• Në fushën Denature and Dilute Onboard, zgjidhni Enabled nga lista rënëse.
• Zgjidhni Përgatitje.

Ngarkoni fishekun e ngarkuar

1. Zgjidhni Ngarkoni. Vizitori i instrumentit hapet dhe tabakaja nxirret.
2. Vendoseni fishekun e ngarkuar në tabaka me etiketën e kthyer nga lart dhe qelizën e rrjedhës brenda instrumentit.
3. Zgjidhni Mbyll.
4. Pasi fisheku të jetë ngarkuar siç duhet, verifikoni parametrat e ekzekutimit dhe zgjidhni Sekuenca. Instrumenti kryen kontrolle paraprake për instrumentin dhe lëngjet.
   • SHËNIM: Gjatë kontrollit të lëngjeve, pritet të dëgjohen disa tinguj kërcitës.
5. Sigurohuni që vrapimi të fillojë pasi të kenë përfunduar kontrollet automatike para ekzekutimit (~ 15 minuta). Koha e ekzekutimit të renditjes është afërsisht 10h30 min.
   • SHËNIM: Për çdo dështim të kontrollit para ekzekutimit, referojuni udhëzimeve të prodhuesit. Kini kujdes që të mos përplaseni ose të shqetësoni ndryshe NextSeq™ 2000 gjatë ekzekutimit të renditjes. Instrumenti është i ndjeshëm ndaj dridhjeve.
6. Pastroni zonën e punës.

Monitoroni progresin e ekzekutimit

Olink përdor NGS si lexim për të përcaktuar sasinë e një sekuence të njohur në mënyrë që të vlerësojë përqendrimin e një proteine ​​të caktuar në samples (në lidhje me s të tjeraamples). Cilësia e të dhënave nga çdo ekzekutim i renditjes së Eksplore përcaktohet kryesisht nga parametrat QC unike për teknologjinë Olink. Prandaj, metrikat standarde të kontrollit të cilësisë të përdorura në NGS konvencionale, të tilla si Q-score, janë më pak kritike.

Nxirrni dhe hidhni fishekun pas vrapimit

PARALAJMËRIM: Ky grup reagentësh përmban kimikate potencialisht të rrezikshme. Vishni pajisje të përshtatshme mbrojtëse dhe hidhni reagentët e përdorur në përputhje me standardet në fuqi. Për më shumë informacion, referojuni Udhëzuesit të Sistemit të Illumina NextSeq 1000 dhe 2000 (dokumenti #1000000109376).

1. Kur ekzekutimi të përfundojë, zgjidhni Nxirr fishekun.
   • SHËNIM: Fisheku i përdorur duke përfshirë qelizën rrjedhëse mund të lihet në vend deri në ekzekutimin tjetër, por jo më shumë se 3 ditë.
2. Hiqeni fishekun nga tabaka.
3. Hidhni reagentët në përputhje me standardet në fuqi.
4. Zgjidhni Mbylle derën. Tabaka është ringarkuar.
5. Zgjidhni Home për t'u kthyer në ekranin bazë.
   • SHËNIM: Meqenëse fisheku përmban të gjithë mekanizmat për të funksionuar sistemin, si dhe një rezervuar për mbledhjen e reagentëve të përdorur, nuk ka nevojë për një larje instrumenti pas përdorimit.

Historia e rishikimit

Versioni	Data	Përshkrimi
1.0	2021-12-01	E re

www.olink.com

Vetëm për përdorim kërkimor. Jo për përdorim në procedurat diagnostike.

Ky produkt përfshin një licencë për përdorim jo komercial të produkteve Olink. Përdoruesit komercialë mund të kërkojnë licenca shtesë. Ju lutemi kontaktoni Olink Proteomics AB për detaje. Nuk ka garanci, të shprehura apo të nënkuptuara, të cilat shtrihen përtej këtij përshkrimi. Olink Proteomics AB nuk është përgjegjëse për dëmtimin e pronës, dëmtimin personal ose humbjen ekonomike të shkaktuar nga ky produkt. Marka tregtare e mëposhtme është në pronësi të Olink Proteomics AB: Olink®. Ky produkt mbulohet nga disa patenta dhe aplikacione për patentë të disponueshme në https://www.olink.com/patents/.

© E drejta e autorit 2021 Olink Proteomics AB. Të gjitha markat tregtare të palëve të treta janë pronë e pronarëve të tyre përkatës.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Suedi

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokumentet / Burimet

Olink NextSeq 2000 Eksploroni sistemin e sekuencës [pdf] Manuali i Përdoruesit NextSeq 2000, Eksploroni sistemin e sekuencës, NextSeq 2000 Eksploroni sistemin e sekuencës

Referencat

• Manuali i Përdoruesit