Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Заўвага да дакумента

Кіраўніцтва карыстальніка Olink® Explore, дакумент № 1153, састарэла і было заменена наступнымі дакументамі:

• Olink® Explore Overview Кіраўніцтва карыстальніка, дакумент № 1187
• Кіраўніцтва карыстальніка Olink® Explore 384, дакумент № 1188
• Кіраўніцтва карыстальніка Olink® Explore 4 x 384, дакумент № 1189
• Кіраўніцтва карыстальніка Olink® Explore 1536 & Expansion, дакумент № 1190
• Кіраўніцтва карыстальніка Olink® Explore 3072, дакумент № 1191
• Olink® Explore Sequencing with NextSeq 550 Кіраўніцтва карыстальніка, дакумент № 1192
• Olink® Explore Sequencing with NextSeq 2000 Кіраўніцтва карыстальніка, дакумент № 1193
• Olink® Explore Sequencing with NovaSeq 6000 Кіраўніцтва карыстальніка, дакумент № 1194

Уводзіны

Выкарыстанне па прызначэнні

Olink® Explore - гэта мультыплексная платформа імунааналізу для выяўлення біямаркераў чалавечага бялку. Прадукт прызначаны толькі для даследчага выкарыстання, а не для выкарыстання ў дыягнастычных працэдурах. Лабараторныя работы павінны праводзіцца толькі навучаным персаналам лабараторыі. Апрацоўка дадзеных павінна праводзіцца толькі навучаным персаналам. Вынікі прызначаны для выкарыстання даследчыкамі ў спалучэнні з іншымі клінічнымі або лабараторнымі вынікамі.

Аб гэтым дапаможніку

Гэта Кіраўніцтва карыстальніка змяшчае інструкцыі, неабходныя для секвеніравання бібліятэк Olink® Explore на Illumina® NextSeq™ 2000. Інструкцыі неабходна строга і выразна выконваць. Любыя адхіленні на працягу лабараторных этапаў могуць прывесці да пагаршэння дадзеных. Перш чым пачаць лабараторны працоўны працэс, пракансультуйцеся з Olink® Explore Overview Кіраўніцтва карыстальніка для азнаямлення з платформай, уключаючы інфармацыю аб рэагентах, неабходным абсталяванні і дакументацыі, аглядview працоўнага працэсу, а таксама лабараторныя рэкамендацыі. Каб атрымаць інструкцыі па запуску набораў рэагентаў Olink® Explore, звярніцеся да адпаведнага Кіраўніцтва карыстальніка Olink® Explore. Для апрацоўкі даных і аналізу вынікаў паслядоўнасці Olink® Explore звярніцеся да Кіраўніцтва карыстальніка Olink® MyData Cloud. Усе гандлёвыя маркі і аўтарскія правы, якія змяшчаюцца ў гэтым матэрыяле, з'яўляюцца ўласнасцю Olink® Proteomics AB, калі не пазначана іншае.

Тэхнічная падтрымка

Па пытаннях тэхнічнай падтрымкі звяртайцеся ў Olink Proteomics па адрасе: support@olink.com.

Лабараторныя інструкцыі

У гэтым раздзеле прыводзяцца інструкцыі па секвеніраванні бібліятэк Olink на NextSeq™ 2000 з выкарыстаннем рэагентаў NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 цыклаў) v3. Пратакол, які выкарыстоўваецца для секвенирования, з'яўляецца адаптацыяй стандартнага працоўнага працэсу Illumina® NGS для Illumina® NextSeq™ 2000. Перш чым прыступіць да секвенирования, пераканайцеся, што якасць вычышчанай бібліятэкі Olink была праверана. Інструкцыі па кантролі якасці звярніцеся да адпаведнага Кіраўніцтва карыстальніка Olink Explore.

Сплануйце запуск паслядоўнасці

Адна бібліятэка Olink можа быць секвеніравана на праточную ячэйку NextSeq™ 2000 P2 і на прагон. Колькасць праточных ячэек P2 і серый, неабходных для паслядоўнасці розных набораў рэагентаў Olink Explore, апісана ў Табліцы 1. Калі патрабуецца некалькі серый, паўтарыце інструкцыі, апісаныя ў гэтым кіраўніцтве.

Табліца 1. Планаванне серыі секвенирования

Набор рэагентаў Olink® Explore	Колькасць бібліятэк Olink	Колькасць праточных ячэек і прагонаў
Набор рэагентаў Olink® Explore 384	1	1
Набор рэагентаў Olink® Explore 4 x 384	4	4
Набор рэагентаў Olink® Explore 1536	4	4
Набор рэагентаў для пашырэння Olink® Explore	4	4
Набор рэагентаў Olink® Explore 3072	8	8

Усталюйце карыстальніцкі рэцэпт Olink®

Захавайце карыстальніцкі рэцэпт Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 у адпаведнай тэчцы інструмента.

УВАГА: Індывідуальны рэцэпт Olink будзе працаваць толькі з наборам рэагентаў NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 цыклаў) v3 і праграмным забеспячэннем кіравання NextSeq™ 1000/2000 v1.2 або v1.4.

Прыгатуйце рэагенты для секвенирования

Падчас гэтага этапу картрыдж з рэагентамі, які змяшчае рэагенты для кластарызацыі і секвенирования, размарожваецца, і праточная ячэйка рыхтуецца.

ПАПЯРЭДЖАННЕ: Картрыдж з рэагентам змяшчае патэнцыйна небяспечныя хімікаты. Апранайце адпаведнае ахоўнае абсталяванне і выкідвайце выкарыстаныя рэагенты ў адпаведнасці з дзеючымі стандартамі. Для атрымання дадатковай інфармацыі звярніцеся да Illumina NextSeq 1000 і 2000 System Guide (дакумент № 1000000109376).

Падрыхтуйце картрыдж з рэагентам

Размарозіць нераскрыты картрыдж можна трыма рознымі спосабамі: пры пакаёвай тэмпературы, на вадзяной лазні з кантраляваным рэжымам або ў халадзільніку.

Падрыхтуйце лаўку

• 1 картрыдж з рэагентам NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 цыклаў)

Інструкцыя

1. Размарозьце картрыдж з рэагентам, як апісана ў табліцы 2.

Табліца 2. Спосабы размарожвання картрыджа з рэагентам

Спосаб размарожвання	Інструкцыя
Пры пакаёвай тэмпературы	Не адкрываючы пакет з срэбнай фальгі, пакладзеце замарожаны картрыдж з рэагентам на лаўку і размарозіце яго пры пакаёвай тэмпературы на працягу 9 гадзін. Не больш за 16 гадзін. Упэўніцеся, што ярлык пакета накіраваны ўверх і паветра можа цыркуляваць вакол картрыджа.
На вадзяной лазні	Не адкрываючы пакет з срэбнай фальгі, змесціце замарожаны картрыдж з рэагентам напалову пагружаным у вадзяную лазню з кантраляванай тэмпературай 25 °C і дайце яму адтаць на працягу 6 гадзін. Не больш за 8 гадзін. Упэўніцеся, што этыкетка пакета звернута ўверх і што картрыдж не пераварочваецца падчас адтавання. Старанна высушыце картрыдж папяровым ручніком.
У халадзільніку	Не адкрываючы пакет з срэбнай фальгі, пакладзеце картрыдж на лаўку і размарозіце яго пры пакаёвай тэмпературы на працягу 6 гадзін. Упэўніцеся, што ярлык пакета накіраваны ўверх і паветра можа цыркуляваць вакол картрыджа. Скончыце размарожванне картрыджа ў халадзільніку на 12 гадзін. Не перавышайце 72 гадзін. Перад запускам дастаньце размарожаны нераскрыты картрыдж з халадзільніка і дайце яму нагрэцца да пакаёвай тэмпературы не менш за 15 хвілін, але не больш за 1 гадзіну.

УВАГА: Размарожаныя картрыджы нельга замарожваць паўторна і павінны захоўвацца пры тэмпературы 4 °C максімум 72 гадзіны.

Падрыхтуйце праточную ячэйку

Падрыхтуйце лаўку

• 1x праточная ячэйка NextSeq™ 1000/2000 P2

Інструкцыя

1. Давядзіце астуджаную праточную ячэйку да пакаёвай тэмпературы на 10-15 хвілін.

Падрыхтуйце бібліятэку Olink® для секвенирования

На гэтым этапе вычышчаная бібліятэка Olink з кантролем якасці разводзіцца да канчатковай загрузнай канцэнтрацыі. Звярніце ўвагу, што дэнатурацыя бібліятэкі выконваецца аўтаматычна на борце прыбора.

Падрыхтуйце лаўку

• Lib Tube, падрыхтаваны ў адпаведнасці з адпаведным Кіраўніцтвам карыстальніка Olink Explore
• 1x RSB з Tween 20
• Вада MilliQ
• 2x мікрацэнтрыфужныя прабіркі (1.5 мл)
• Ручная піпетка (10, 100 і 1000 мкл)
• Наканечнікі піпеткі фільтра

Перш чым пачаць

• Размарозьце Lib Tube, калі ён замарожаны.
• Размарозіце замарожаны RSB з Tween 20 пры пакаёвай тэмпературы на працягу 10 хвілін. Да выкарыстання захоўваць пры тэмпературы +4 °C.
• Адзначце дзве новыя мікрацэнтрыфужныя прабіркі аб'ёмам 1.5 мл наступным чынам:
  • Пазначце адну прабірку "Dil" (для разведзенай бібліятэкі 1:100)
  • Пазначце адну трубку "Seq" (для гатовай да загрузкі бібліятэкі)

Інструкцыя

1. Дадайце 495 мкл вады MilliQ у Dil Tube.
2. Правядзіце Lib Tube на вортэксе і ненадоўга закруціце яго.
3. Уручную перанясіце 5 мкл з прабіркі Lib у прабірку Dil.
4. Змяшайце трубку Dil і ненадоўга закруціце яе ўніз.
5. Дадайце 20 мкл RBS з Tween 20 у Seq Tube.
6. Уручную перанясіце 20 мкл з прабіркі Dil у прабірку Seq.
7. Прабірку Seq Tube размяшайце на вортэксе і ненадоўга закруціце.
8. Неадкладна перайдзіце да 2.5. Загрузіце праточную ячэйку і бібліятэку Olink® у картрыдж з рэагентамі.

УВАГА: Захоўвайце прабірку(-і) Lib пры -20 °C на выпадак магчымага паўторнага(-ых) запуску(-аў).

Загрузіце праточную ячэйку і бібліятэку Olink® у картрыдж з рэагентамі

Падчас гэтага этапу праточная ячэйка і разведзеная бібліятэка Olink загружаюцца ў картрыдж з размарожаным рэагентам.

Падрыхтуйце лаўку

• 1 размарожаны картрыдж з рэагентам NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 цыклаў), падрыхтаваны на папярэднім этапе
• 1x праточная ячэйка NextSeq™ 1000/2000 P2, падрыхтаваная на папярэднім этапе
• Seq Tube (з гатовай да загрузкі разведзенай бібліятэкай Olink), падрыхтаванай на папярэднім этапе
• Ручная піпетка (100 мкл)
• Наканечнік піпеткі (1 мл)

Падрыхтуйце патрон

1. Дастаньце картрыдж з пакета з срэбнай фальгі.
2. Перавярніце картрыдж дзесяць разоў, каб старанна перамяшаць размарожаныя рэагенты.

УВАГА: Чуць звон унутраных кампанентаў - гэта нармальна.

Загрузіце праточную ячэйку ў картрыдж

1. Калі вы будзеце гатовыя загрузіць праточную ячэйку ў картрыдж, выміце яе з упакоўкі. Трымайце праточную ячэйку за шэры язычок этыкеткай на язычку ўверх. Каб пазбегнуць забруджвання шкляной паверхні праточнай камеры, выкарыстоўвайце новыя пальчаткі без пудры.
2. Устаўце праточную ячэйку ў слот для праточнай ячэйкі ў пярэдняй частцы картрыджа. Гукавы пстрычка паказвае, што праточная ячэйка правільна размешчана.
3. Зніміце шэры язычок, выцягнуўшы яго.

Загрузіце бібліятэку Olink® у картрыдж

1. Праткніце рэзервуар для бібліятэкі чыстым наканечнікам піпеткі аб'ёмам 1 мл.
2. Загрузіце 20 мкл бібліятэкі Olink з прабіркі Seq на дно рэзервуара для бібліятэкі.

Выканайце запуск паслядоўнасці Olink®

Падчас гэтага кроку буферны картрыдж з загружанай праточнай ячэйкай і бібліятэкай Olink загружаецца ў NextSeq™ 2000, і паслядоўнасць запускаецца з выкарыстаннем рэцэпту Olink.

Падрыхтуйце лаўку

• 1 картрыдж з рэагентам NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 цыклаў), загружаны праточнай ячэйкай NextSeq™ 1000/2000 P2 і разведзенай бібліятэкай Olink, падрыхтаванай на папярэднім этапе.

Наладзьце рэжым запуску

1. У меню праграмнага забеспячэння кіравання выберыце Налады.
2. У раздзеле BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support выберыце «Лакальная ўстаноўка запуску».
3. У якасці дадатковых параметраў выберыце «Толькі прэвентыўная падтрымка». Для гэтай функцыі патрабуецца падключэнне да Інтэрнэту.
4. Выберыце месца хостынгу для вашых даных. Размяшчэнне хостынгу павінна быць у вашым рэгіёне або побач з ім.
5. Усталюйце месцазнаходжанне папкі вываду для неапрацаваных даных бягучага запуску. Абярыце Выберыце для навігацыі і абярыце тэчку вываду.
6. Усталюйце сцяжок Denature and Dilute On Board, каб аўтаматычна дэнатураваць і разбавіць бібліятэку на борце прыбора.
7. Усталюйце сцяжок Purge Reagent Cartridge, каб аўтаматычна ачышчаць нявыкарыстаныя рэагенты ў адсек картрыджа для адпрацаваных рэагентаў.
8. Усталюйце сцяжок «Аўтаматычная праверка абнаўленняў праграмнага забеспячэння», каб аўтаматычна правяраць наяўнасць абнаўленняў праграмнага забеспячэння (неабавязкова). Для гэтай функцыі патрабуецца падключэнне да Інтэрнэту.
9. Выберыце Захаваць.

Наладзьце параметры запуску

УВАГА: Гэтая інструкцыя адносіцца да версіі 1.4 праграмы кіравання NextSeq™ 1000/2000. Некаторыя крокі, апісаныя ніжэй, могуць адрознівацца пры выкарыстанні версіі v1.2

1. У меню праграмнага забеспячэння кіравання абярыце Пуск.
2. Абярыце "Наладзіць новы запуск уручную" і націсніце "Настройка".
3. На старонцы Run Setup задайце параметры запуску наступным чынам:
   • У полі «Назва запуску» увядзіце унікальны ідэнтыфікатар эксперыменту.
   • У выпадальным спісе «Тып чытання» абярыце опцыю «Адзіночнае чытанне».
   • Увядзіце колькасць цыклаў наступным чынам:
     • Прачытайце 1: 24
     • Індэкс 1: 0
     • Індэкс 2: 0
     • Прачытайце 2: 0

УВАГА: Вельмі важна, каб Read 1 быў усталяваны на 24, у адваротным выпадку ўвесь запуск будзе няўдалым. Ігнаруйце папераджальныя паведамленні пры ўводзе колькасці цыклаў.

• У выпадальным спісе Custom Primer Wells выберыце No.
• У полі «Карыстальніцкі рэцэпт» (неабавязкова) выберыце «Выбраць для навігацыі» і выберыце XML-карыстальніцкі рэцэпт file Olink_NSQ2K_P2_V1. Выберыце Адкрыць.
• Не імпартуйце Sampле Ліст.
• Пераканайцеся, што размяшчэнне папкі вываду правільнае. У адваротным выпадку выберыце «Выбраць для навігацыі» і выберыце патрэбнае размяшчэнне папкі вываду.
• У полі Denature and Dilute Onboard выберыце Enabled з выпадальнага спісу.
• Выберыце Prep.

Загрузіце зараджаны патрон

1. Выберыце Загрузіць. Казырок прыбора адкрываецца, і паддон выкідваецца.
2. Змесціце загружаны картрыдж на латок этыкеткай уверх і праточнай ячэйкай у прыбор.
3. Выберыце Зачыніць.
4. Пасля правільнай загрузкі картрыджа праверце параметры запуску і абярыце Паслядоўнасць. Прыбор выконвае перад запускам праверкі прыбора і вадкасці.
   • УВАГА: Чакаецца, што падчас праверкі вадкасці можна будзе пачуць некалькі гукаў.
5. Пераканайцеся, што запуск пачынаецца пасля завяршэння аўтаматычных перадзапускных праверак (~15 хвілін). Працягласць секвенирования складае прыкладна 10 гадзін 30 хвілін.
   • УВАГА: Для любых памылак пры праверцы перад запускам звярніцеся да інструкцый вытворцы. Будзьце асцярожныя, каб не натыкнуцца на NextSeq™ 2000 і не патурбаваць яго іншым чынам падчас секвеніравання. Прыбор адчувальны да вібрацыі.
6. Ачысціце працоўную зону.

Сачыце за ходам выканання

Olink выкарыстоўвае NGS у якасці счытвання для колькаснага вызначэння колькасці вядомай паслядоўнасці, каб ацаніць канцэнтрацыю дадзенага бялку ў сampлес (адносна іншых сampлес). Якасць даных з кожнага запуску секвенирования Explore у асноўным вызначаецца параметрамі кантролю якасці, унікальнымі для тэхналогіі Olink. Такім чынам, стандартныя паказчыкі кантролю якасці, якія выкарыстоўваюцца ў звычайным NGS, такія як Q-бал, менш крытычныя.

Дастаньце і выкіньце картрыдж пасля запуску

ПАПЯРЭДЖАННЕ: Гэты набор рэагентаў змяшчае патэнцыйна небяспечныя хімічныя рэчывы. Апранайце адпаведнае ахоўнае абсталяванне і выкідвайце выкарыстаныя рэагенты ў адпаведнасці з дзеючымі стандартамі. Для атрымання дадатковай інфармацыі звярніцеся да Illumina NextSeq 1000 і 2000 System Guide (дакумент № 1000000109376).

1. Пасля завяршэння запуску выберыце «Выняць картрыдж».
   • УВАГА: Выкарыстаны картрыдж з праточнай ячэйкай можна пакінуць на месцы да наступнага запуску, але не больш чым на 3 дні.
2. Выміце картрыдж з латка.
3. Утылізуйце рэагенты ў адпаведнасці з дзеючымі стандартамі.
4. Абярыце "Зачыніць дзверы". Латок перазагружаецца.
5. Выберыце Галоўная, каб вярнуцца на Галоўны экран.
   • УВАГА: Паколькі картрыдж утрымлівае ўсе механізмы для працы сістэмы, а таксама рэзервуар для збору выкарыстаных рэагентаў, няма неабходнасці прамываць інструмент пасля запуску.

Гісторыя версій

Версія	Дата	Апісанне
1.0	2021-12-01	Новы

www.olink.com

Толькі для даследчага выкарыстання. Не для выкарыстання ў дыягнастычных працэдурах.

Гэты прадукт уключае ліцэнзію на некамерцыйнае выкарыстанне прадуктаў Olink. Камерцыйным карыстальнікам могуць спатрэбіцца дадатковыя ліцэнзіі. Калі ласка, звяжыцеся з Olink Proteomics AB для атрымання падрабязнай інфармацыі. Няма ніякіх гарантый, відавочных або пэўных, якія выходзяць за межы гэтага апісання. Olink Proteomics AB не нясе адказнасці за шкоду маёмасці, цялесныя пашкоджанні або эканамічныя страты, выкліканыя гэтым прадуктам. Наступная гандлёвая марка належыць Olink Proteomics AB: Olink®. На гэты прадукт распаўсюджваецца некалькі патэнтаў і патэнтавых заяў, даступных на https://www.olink.com/patents/.

© Аўтарскае права, 2021 Olink Proteomics AB. Усе гандлёвыя маркі трэціх асоб з'яўляюцца ўласнасцю іх адпаведных уладальнікаў.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Uppsala, Швецыя

1193, v1.0, 2021-12-01

Дакументы / Рэсурсы

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdfКіраўніцтва карыстальніка NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Спасылкі

• Кіраўніцтва карыстальніка