Olink NextSeq 2000 Explore System

הערת מסמך

המדריך למשתמש של Olink® Explore, מסמך מס' 1153, מיושן, והוחלף במסמכים הבאים:

• Olink® Explore Overview מדריך למשתמש, מסמך מס' 1187
• מדריך למשתמש של Olink® Explore 384, מסמך מס' 1188
• מדריך למשתמש של Olink® Explore 4 x 384, מסמך מס' 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
• מדריך למשתמש של Olink® Explore 3072, מסמך מס' 1191
• Olink® Explore Sequencing באמצעות NextSeq 550 Manual, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing באמצעות NextSeq 2000 Manual, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing באמצעות NovaSeq 6000 Manual, doc nr 1194

מָבוֹא

שימוש מיועד

Olink® Explore היא פלטפורמת בדיקות אימונו מרובות לגילוי סמנים ביולוגיים של חלבון אנושי. המוצר מיועד לשימוש מחקר בלבד, ולא לשימוש בהליכי אבחון. עבודת המעבדה תבוצע רק על ידי צוות מעבדה מיומן. עיבוד הנתונים יבוצע רק על ידי צוות מיומן. התוצאות נועדו לשמש את החוקרים בשילוב עם ממצאים קליניים או מעבדתיים אחרים.

לגבי מדריך זה

מדריך למשתמש זה מספק את ההוראות הדרושות לרצף Olink® Explore Libraries ב-Illumina® NextSeq™ 2000. יש לעקוב אחר ההוראות באופן קפדני ומפורש. כל סטייה לאורך שלבי המעבדה עלולה לגרום לפגיעה בנתונים. לפני התחלת זרימת העבודה במעבדה, עיין ב-Olink® Explore Overview מדריך למשתמש להיכרות עם הפלטפורמה, כולל מידע על ריאגנטים, ציוד ותיעוד הדרוש, סוףview של זרימת העבודה, כמו גם הנחיות מעבדה. להוראות כיצד להפעיל את ערכות הריאגנטים של Olink® Explore, עיין במדריך למשתמש הרלוונטי של Olink® Explore. לעיבוד נתונים וניתוח של תוצאות רצף Olink® Explore, עיין במדריך למשתמש של Olink® MyData Cloud. כל הסימנים המסחריים וזכויות היוצרים הכלולים בחומר זה הם קניינה של Olink® Proteomics AB, אלא אם צוין אחרת.

תמיכה טכנית

לתמיכה טכנית, צור קשר עם Olink Proteomics בכתובת: support@olink.com.

הוראות מעבדה

פרק זה מספק הוראות כיצד לרצף ספריות Olink ב-NextSeq™ 2000 באמצעות ריאגנטים NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 מחזורים) v3. הפרוטוקול המשמש לרצף הוא התאמה של זרימת העבודה הסטנדרטית של Illumina® NGS עבור Illumina® NextSeq™ 2000. לפני שתמשיך לרצף, ודא שהאיכות של ספריית Olink המטוהרת אומתה. עיין במדריך למשתמש הרלוונטי של Olink Explore לקבלת הוראות לגבי בקרת איכות.

תכנן את ריצת הרצף

ניתן לרצף ספריית Olink אחת לכל תא זרימה של NextSeq™ 2000 P2 ולכל הפעלה. מספר תאי זרימת ה-P2 והריצות הנדרשות לרצף ערכות הריאגנטים השונות של Olink Explore מתואר בטבלה 1. אם נדרשת יותר מהרצה אחת, חזור על ההוראות המתוארות במדריך זה.

טבלה 1. תכנון ריצה ברצף

התקן מתכון מותאם אישית של Olink®

שמור את המתכון המותאם אישית של Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 בתיקיית מכשירים מתאימה.

פֶּתֶק: המתכון המותאם אישית של Olink יעבוד רק עם ערכת NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 מחזורים) v3 ותוכנת הבקרה NextSeq™ 1000/2000 v1.2 או v1.4.

הכן ריאגנטים לרצף

במהלך שלב זה, מחסנית המגיב המכילה ריאגנטים מקבץ ורצף מופשרת ותא הזרימה מוכן.

אַזהָרָה: מחסנית המגיב מכילה כימיקלים שעלולים להיות מסוכנים. ללבוש ציוד מגן הולם ולהשליך ריאגנטים משומשים בהתאם לתקנים החלים. למידע נוסף, עיין במדריך המערכת של Illumina NextSeq 1000 ו-2000 (מסמך מס' 1000000109376).

הכן מחסנית מגיב

הפשרה של המחסנית שלא נפתחה יכולה להיעשות בשלוש שיטות שונות: בטמפרטורת החדר, באמבט מים מבוקר או במקרר.

הכן ספסל

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ריאגנט מחסנית (100 מחזורים)

הוראות

1. הפשר את מחסנית המגיב כמתואר בטבלה 2.

טבלה 2. שיטות הפשרה של מחסנית ריאגנטים

פֶּתֶק: לא ניתן להקפיא מחדש מחסניות מופשרות ויש לאחסן אותן ב-4 מעלות צלזיוס, למשך זמן מקסימלי של 72 שעות.

הכן תא זרימה

הכן ספסל

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 תא זרימה

הוראות

1. הביאו את תא הזרימה הקירור לטמפרטורת החדר למשך 10-15 דקות.

הכן את ספריית Olink® לרצף

במהלך שלב זה, ספריית Olink המטוהרת והמבוקרת מדוללת לריכוז הטעינה הסופי. שימו לב שדנטורציה של הספרייה מתבצעת באופן אוטומטי על גבי המכשיר.

הכן ספסל

• Lib Tube, הוכן לפי מדריך המשתמש הרלוונטי של Olink Explore
• 1x RSB עם Tween 20
• מים MilliQ
• 2x צינורות מיקרוצנטריפוגה (1.5 מ"ל)
• פיפטה ידנית (10, 100 ו-1000 μL)
• סנן קצות פיפטה

לפני שמתחילים

• הפשירו את ה-Lib Tube אם קפוא.
• הפשר את ה-RSB הקפוא עם Tween 20 בטמפרטורת החדר למשך 10 דקות. יש לאחסן ב-+4 מעלות צלזיוס עד לשימוש.
• סמן את שתי הצינורות החדשים של 1.5 מ"ל מיקרוצנטריפוגה באופן הבא:
  • סמן שפופרת אחת "Dil" (לספרייה בדילול 1:100)
  • סמן צינור אחד "Seq" (עבור הספרייה המוכנה לטעינה)

הוראות

1. הוסף 495 μL של מים MilliQ לצינור Dil.
2. מערבלים את ה-Lib Tube וסובב אותו לזמן קצר.
3. העבר ידנית 5 μL מצינור ליב לצינור דיל.
4. מערבלים את צינור הדיל וסובבו אותו לזמן קצר.
5. הוסף 20 μL של RBS עם Tween 20 ל-Seq Tube.
6. העבר ידנית 20 μL מצינור Dil לצינור Seq.
7. מערבלים את ה-Seq Tube וסובבו אותו לזמן קצר.
8. המשך מיד ל-2.5 טען תא זרימה וספריית Olink® לתוך מחסנית מגיב.

פֶּתֶק: אחסן את ה-Lib Tube(ים) ב-20 מעלות צלזיוס במקרה של הרצה חוזרת.

טען את תא הזרימה ואת ספריית Olink® לתוך מחסנית מגיב

במהלך שלב זה, תא הזרימה וספריית Olink המדולל נטענים לתוך מחסנית הגיב המופשר.

הכן ספסל

• 1x מחסנית מגיב של NextSeq™ 1000/2000 P2 מופשרת (100 מחזורים), שהוכנה בשלב הקודם
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, שהוכן בשלב הקודם
• צינור Seq (עם ספריית Olink מדוללת מוכנה לטעינה), שהוכן בשלב הקודם
• פיפטה ידנית (100 μL)
• קצה פיפטה (1 מ"ל)

הכן את המחסנית

1. הסר את המחסנית משקית נייר הכסף.
2. הפוך את המחסנית עשר פעמים כדי לערבב היטב את הריאגנטים המופשרים בתוכם.

פֶּתֶק: זה נורמלי לשמוע רכיבים פנימיים מצלצלים.

טען את תא הזרימה לתוך המחסנית

1. כאשר מוכן לטעון את תא הזרימה לתוך המחסנית, הסר את תא הזרימה מהאריזה. החזק את תא הזרימה בלשונית האפורה, כשהתווית בלשונית פונה כלפי מעלה. השתמש בכפפות חדשות ללא אבקה כדי למנוע זיהום משטח הזכוכית של תא הזרימה.
2. הכנס את תא הזרימה לתוך חריץ תא הזרימה בקדמת המחסנית. לחיצה נשמעת מציינת שתא הזרימה ממוקם נכון.
3. הסר את הלשונית האפורה על ידי משיכתה החוצה.

טען את ספריית Olink® לתוך המחסנית

1. נקב את מאגר הספרייה עם קצה פיפטה נקי של 1 מ"ל.
2. טען 20 μL של ספריית Olink מ-Seq Tube לתחתית מאגר הספרייה.

בצע ריצת רצף Olink®

במהלך שלב זה, מחסנית המאגר עם תא הזרימה הטעון וספריית Olink נטענת ל-NextSeq™ 2000, והרצת הרצף מתחילה באמצעות מתכון Olink.

הכן ספסל

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ריאגנט מחסנית (100 מחזורים) טעון עם NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell וספריית Olink המדוללת, שהוכנה בשלב הקודם.

הגדר את מצב ההפעלה

1. מתפריט תוכנת הבקרה, בחר הגדרות.
2. תחת שירותי BaseSpace Sequence Hub ותמיכה יזומה, בחר הגדרת הפעלה מקומית.
3. בחר תמיכה יזומה בלבד כהגדרות נוספות. פונקציה זו דורשת חיבור לאינטרנט.
4. בחר את מיקום האירוח עבור הנתונים שלך. מיקום האירוח צריך להיות באזור שלך או קרוב אליו.
5. הגדר את מיקום תיקיית הפלט עבור הנתונים הגולמיים של הריצה הנוכחיים. בחר בחר כדי לנווט ובחר את תיקיית הפלט.
6. סמן את תיבת הסימון Denature and Dilute On Board כדי לדלל אוטומטית את הספרייה על גבי המכשיר.
7. בחר בתיבת הסימון Purge Reagent Cartridge כדי לטהר אוטומטית ריאגנטים שאינם בשימוש אל תא הריאגנטים המבזבזים של המחסנית.
8. בחר בתיבת הסימון בדיקה אוטומטית של עדכוני תוכנה כדי לבדוק באופן אוטומטי אם יש עדכוני תוכנה (אופציונלי). פונקציה זו דורשת חיבור לאינטרנט.
9. בחר שמור.

הגדר פרמטרי ריצה

פֶּתֶק: הוראה זו חלה על גרסה 1.4 של תוכנת הבקרה NextSeq™ 1000/2000. חלק מהשלבים המתוארים להלן עשויים להיות שונים בעת שימוש בגרסה v1.2

1. מתפריט תוכנת הבקרה, בחר התחל.
2. בחר באפשרות הגדר הפעלה חדשה ידנית ולחץ על הגדרות.
3. בדף הגדרת הפעלה, הגדר את פרמטרי ההפעלה באופן הבא:
   • בשדה שם הפעלה, הזן מזהה ניסוי ייחודי.
   • ברשימה הנפתחת סוג קריאה, בחר באפשרות קריאה בודדת.
   • הזן את מספר המחזורים באופן הבא:
     • קרא 1: 24
     • אינדקס 1: 0
     • אינדקס 2: 0
     • קרא 2: 0

פֶּתֶק: זה חיוני ש-Read 1 יוגדר ל-24, אחרת הריצה כולה תיכשל. התעלם מהודעות האזהרה בעת הזנת מספר המחזורים.

• ברשימה הנפתחת Custom Primer Wells, בחר לא.
• בשדה מתכון מותאם אישית (אופציונלי), בחר בחר כדי לנווט ובחר ב-XML של המתכון המותאם אישית file Olink_NSQ2K_P2_V1. בחר פתח.
• אין לייבא Sample Sheet.
• ודא שמיקום תיקיית הפלט נכון. אחרת, בחר בחר כדי לנווט ובחר את מיקום תיקיית הפלט הרצוי.
• בשדה Denature and Dilute Onboard, בחר מופעל מהרשימה הנפתחת.
• בחר הכנה.

טען את המחסנית הטעונה

1. בחר טען. מגן המכשיר נפתח והמגש נפלט.
2. הנח את המחסנית הטעונה על המגש כשהתווית פונה כלפי מעלה ותא הזרימה בתוך המכשיר.
3. בחר סגור.
4. לאחר שהמחסנית נטענת כהלכה, אמת את פרמטרי ההפעלה ובחר רצף. המכשיר מבצע בדיקות קדם-הפעלה עבור המכשיר והנוזלים.
   • פֶּתֶק: במהלך בדיקת הנוזלים, הוא צפוי לשמוע מספר צלילי קפיצה.
5. ודא שהריצה מתחילה לאחר השלמת הבדיקות האוטומטיות לפני הריצה (~15 דקות). זמן הריצה ברצף הוא בערך 10h30 דקות.
   • פֶּתֶק: לכל כשל בבדיקה מוקדמת, עיין בהוראות היצרן. היזהר לא להיתקל או להפריע בדרך אחרת ל-NextSeq™ 2000 במהלך ריצת הרצף. המכשיר רגיש לרעידות.
6. נקה את אזור העבודה.

עקוב אחר התקדמות הריצה

Olink משתמש ב-NGS כקריאה כדי לכמת את הכמות של רצף ידוע על מנת להעריך את הריכוז של חלבון נתון ב-samples (ביחס לסעיפים אחריםamples). איכות הנתונים מכל ריצת רצף Explore נקבעת בעיקר על ידי פרמטרי QC הייחודיים לטכנולוגיית Olink. לפיכך, מדדי בקרת איכות סטנדרטיים המשמשים ב-NGS קונבנציונאלי, כגון Q-score, פחות קריטיים.

הוצא והשליך את המחסנית לאחר הריצה

אַזהָרָה: סט ריאגנטים זה מכיל כימיקלים שעלולים להיות מסוכנים. ללבוש ציוד מגן הולם ולהשליך ריאגנטים משומשים בהתאם לתקנים החלים. למידע נוסף, עיין במדריך המערכת של Illumina NextSeq 1000 ו-2000 (מסמך מס' 1000000109376).

1. בסיום הריצה, בחר הוצא מחסנית.
   • פֶּתֶק: ניתן להשאיר את המחסנית המשומשת כולל תא זרימה במקומה עד להרצה הבאה, אך לא יותר מ-3 ימים.
2. הסר את המחסנית מהמגש.
3. השלך את הריאגנטים בהתאם לתקנים החלים.
4. בחר סגור דלת. המגש נטען מחדש.
5. בחר בית כדי לחזור למסך הבית.
   • פֶּתֶק: מכיוון שהמחסנית מכילה את כל המנגנונים להפעלת המערכת, כמו גם מאגר לאיסוף ריאגנטים משומשים, אין צורך בשטיפת מכשירים לאחר הריצה.

היסטוריית גרסאות

www.olink.com

לשימוש מחקר בלבד. לא לשימוש בהליכי אבחון.

מוצר זה כולל רישיון לשימוש לא מסחרי במוצרי Olink. משתמשים מסחריים עשויים לדרוש רישיונות נוספים. אנא צור קשר עם Olink Proteomics AB לפרטים. אין אחריות, מפורשת או משתמעת, החורגת מעבר לתיאור זה. Olink Proteomics AB אינה אחראית לנזק לרכוש, פציעה אישית או הפסד כלכלי שנגרם על ידי מוצר זה. הסימן המסחרי הבא נמצא בבעלות Olink Proteomics AB: Olink®. מוצר זה מכוסה במספר פטנטים ובקשות לפטנטים הזמינים ב https://www.olink.com/patents/.

© זכויות יוצרים 2021 Olink Proteomics AB. כל הסימנים המסחריים של צד שלישי הם רכושם של בעליהם בהתאמה.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, שוודיה

1193, v1.0, 2021-12-01

מסמכים / משאבים

Olink NextSeq 2000 Explore System [pdfמדריך למשתמש NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore System Sequencing

הפניות

• מדריך למשתמש