Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Skjalathugasemd

Olink® Explore notendahandbókin, skjal nr. 1153, er úrelt og hefur verið skipt út fyrir eftirfarandi skjöl:

• Olink® Explore Overview Notendahandbók, skjal nr 1187
• Olink® Explore 384 notendahandbók, skjal nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 notendahandbók, skjal nr 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion notendahandbók, skjal nr 1190
• Olink® Explore 3072 notendahandbók, skjal nr 1191
• Olink® kanna raðgreiningu með því að nota NextSeq 550 notendahandbók, skjal nr 1192
• Olink® kanna raðgreiningu með því að nota NextSeq 2000 notendahandbók, skjal nr 1193
• Olink® Explore Sequencing með NovaSeq 6000 notendahandbók, skjal nr 1194

Inngangur

Fyrirhuguð notkun

Olink® Explore er margfeldi ónæmisprófunarvettvangur fyrir uppgötvun próteina lífmerkja manna. Varan er eingöngu ætluð til rannsóknarnotkunar og ekki til notkunar í greiningaraðgerðum. Rannsóknarstofustarfið skal eingöngu rekið af þjálfuðu starfsfólki rannsóknarstofu. Vinnsla gagna skal einungis fara fram af þjálfuðu starfsfólki. Niðurstöðurnar eru ætlaðar til að nota af vísindamönnum í tengslum við aðrar klínískar niðurstöður eða rannsóknarstofur.

Um þessa handbók

Þessi notendahandbók veitir leiðbeiningarnar sem þarf til að raða Olink® Explore Libraries á Illumina® NextSeq™ 2000. Leiðbeiningunum verður að fylgja nákvæmlega og afdráttarlaust. Öll frávik á rannsóknarstofunni geta leitt til skerðingar á gögnum. Áður en vinnuflæði rannsóknarstofu er hafið skaltu hafa samband við Olink® Explore Overview Notendahandbók fyrir kynningu á pallinum, þar á meðal upplýsingar um hvarfefni, búnað og skjöl sem þarf, yfirview verkflæðisins, sem og leiðbeiningar á rannsóknarstofu. Fyrir leiðbeiningar um hvernig á að keyra Olink® Explore hvarfefnissettin, sjá viðeigandi Olink® Explore notendahandbók. Fyrir gagnavinnslu og greiningu á niðurstöðum Olink® Explore röð, skoðaðu Olink® MyData Cloud notendahandbókina. Öll vörumerki og höfundarréttur sem er að finna í þessu efni eru eign Olink® Proteomics AB, nema annað sé tekið fram.

Tæknileg aðstoð

Fyrir tæknilega aðstoð, hafðu samband við Olink Proteomics á: support@olink.com.

Leiðbeiningar á rannsóknarstofu

Þessi kafli veitir leiðbeiningar um hvernig á að raða Olink bókasöfnum á NextSeq™ 2000 með því að nota NextSeq™ 1000/2000 P2 hvarfefni (100 lotur) v3. Samskiptareglan sem notuð er við raðgreiningu er aðlögun á Illumina® staðlaða NGS vinnuflæðinu fyrir Illumina® NextSeq™ 2000. Áður en haldið er áfram að raða skal ganga úr skugga um að gæði hreinsaðs Olink safnsins hafi verið staðfest. Sjá viðeigandi Olink Explore notendahandbók fyrir leiðbeiningar um gæðaeftirlit.

Skipuleggðu röðunina

Hægt er að raða einu Olink safni fyrir hverja NextSeq™ 2000 P2 flæðisfrumu og hverja keyrslu. Fjöldi P2 flæðisfrumna og keyrslur sem þarf til að raða mismunandi Olink Explore hvarfefnissettum er lýst í töflu 1. Ef þörf er á fleiri en einni keyrslu, endurtakið leiðbeiningarnar sem lýst er í þessari handbók.

Tafla 1. Áætlanagerð um röðun keyrslu

Olink® Explore hvarfefnissett	Fjöldi Olink bókasöfnum	Fjöldi flæðifruma og hlaupa
Olink® Explore 384 hvarfefnissett	1	1
Olink® Explore 4 x 384 hvarfefnissett	4	4
Olink® Explore 1536 hvarfefnissett	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 hvarfefnissett	8	8

Settu upp Olink® sérsniðna uppskrift

Vistaðu Olink sérsniðna uppskrift xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 í viðeigandi hljóðfæramöppu.

ATH: Sérsniðna Olink uppskriftin mun aðeins virka með NextSeq™ 1000/2000 P2 hvarfefni (100 lotum) v3 settinu og NextSeq™ 1000/2000 stýrihugbúnaðinum v1.2 eða v1.4.

Undirbúið raðgreiningarhvarfefni

Á þessu skrefi er hvarfefnishylkið sem inniheldur klasa- og raðgreiningarhvarfefni þiðnað og flæðisfruman er undirbúin.

VIÐVÖRUN: Hvarfefnishylkjan inniheldur hugsanlega hættuleg efni. Notið fullnægjandi hlífðarbúnað og fargið notuðum hvarfefnum í samræmi við gildandi staðla. Nánari upplýsingar er að finna í Illumina NextSeq 1000 og 2000 System Guide (skjal #1000000109376).

Undirbúðu hvarfefnishylki

Þíða má óopnaða rörlykjuna með þremur mismunandi aðferðum: við stofuhita, í stýrðu vatnsbaði eða í kæli.

Undirbúa bekkinn

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 hvarfefnishylki (100 lotur)

Leiðbeiningar

1. Þiðið hvarfefnishylkið eins og lýst er í töflu 2.

Tafla 2. Aðferðir til að þíða hvarfefnishylki

Þíðingaraðferð	Leiðbeiningar
Við stofuhita	Án þess að opna silfurþynnupokann skaltu setja frosna hvarfefnishylkið á bekkinn og þíða það við stofuhita í 9 klukkustundir. Ekki fara yfir 16 klst. Gakktu úr skugga um að merkimiðinn á pokanum snúi upp og að loft geti streymt um rörlykjuna.
Í vatnsbaði	Án þess að opna silfurþynnupokann, setjið frosna hvarfefnishylkið hálf á kafi í stýrt 25 °C vatnsbað og látið það þiðna í 6 klst. Ekki fara yfir 8 klst. Gakktu úr skugga um að merkimiðinn á poka snúi upp og að rörlykjan snúist ekki við við þíðingu. Þurrkaðu rörlykjuna vandlega með pappírshandklæði.
Í ísskápnum	Án þess að opna silfurpappírspokann skaltu setja rörlykjuna á bekkinn og þíða hana við stofuhita í 6 klukkustundir. Gakktu úr skugga um að merkimiðinn á pokanum snúi upp og að loft geti streymt um rörlykjuna. Ljúktu við að þíða rörlykjuna í kæliskápnum í 12 klst. Ekki fara yfir 72 klst. Áður en þú keyrir skaltu fjarlægja þíða óopnaða rörlykjuna úr kæliskápnum og leyfa því að ná stofuhita í að minnsta kosti 15 mínútur, þó ekki lengur en 1 klukkustund.

ATH: Þíddar rörlykjur má ekki frysta aftur og verða að geyma þær við 4°C, að hámarki í 72 klst.

Undirbúa flæði klefi

Undirbúa bekkinn

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Leiðbeiningar

1. Komdu kældu flæðisklefanum í stofuhita í 10-15 mínútur.

Undirbúðu Olink® Library fyrir raðgreiningu

Í þessu skrefi er hreinsað og gæðastýrt Olink safn þynnt út í endanlega hleðslustyrk. Athugaðu að safneðlun fer fram sjálfkrafa um borð í tækinu.

Undirbúa bekkinn

• Lib Tube, útbúinn samkvæmt viðeigandi Olink Explore notendahandbók
• 1x RSB með Tween 20
• MilliQ vatn
• 2x örskilvindu rör (1.5 ml)
• Handvirk pípetta (10, 100 og 1000 μL)
• Síu pípettu ábendingar

Áður en þú byrjar

• Þiðið Lib Tube ef það er frosið.
• Þíðaðu frosna RSB með Tween 20 við stofuhita í 10 mínútur. Geymið við +4 °C fram að notkun.
• Merktu tvö nýju 1.5 ml örskilvinduglösin sem hér segir:
  • Merktu eitt rör „Dil“ (fyrir 1:100 þynnt safn)
  • Merktu eitt rör „Seq“ (til að hlaða bókasafnið)

Leiðbeiningar

1. Bætið 495 μL af MilliQ vatni í Dil rörið.
2. Vortex Lib Tube og snúðu því niður í stutta stund.
3. Flyttu handvirkt 5 μL úr Lib Tube yfir í Dil Tube.
4. Vortex Dil Tube og snúðu því niður í stutta stund.
5. Bætið 20 μL af RBS með Tween 20 í Seq Tube.
6. Flyttu handvirkt 20 μL úr Dil rörinu yfir í Seq rörið.
7. Vortex Seq Tube og snúðu því niður í stutta stund.
8. Haltu strax áfram í 2.5. Hlaða flæðisfrumu og Olink® Library í hvarfefnishylki.

ATH: Geymið Lib Tube(r) við -20 °C ef hugsanlegt er að endursýningar verði endurteknar.

Settu flæðisfrumu og Olink® Library í hvarfefnishylki

Í þessu skrefi er flæðisklefanum og þynntu Olink safninu hlaðið í þíða hvarfefnishylkið.

Undirbúa bekkinn

• 1x þídd NextSeq™ 1000/2000 P2 hvarfefnishylki (100 lotur), útbúið í fyrra skrefi
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 flæðisfrumur, útbúinn í fyrra skrefi
• Seq Tube (með tilbúið til að hlaða þynntu Olink Library), útbúið í fyrra skrefi
• Handvirk pípetta (100 μL)
• Pipettuoddur (1 ml)

Undirbúðu rörlykjuna

1. Fjarlægðu rörlykjuna úr silfurpappírspokanum.
2. Hvolfið rörlykjunni tíu sinnum til að blanda þíða hvarfefnin vandlega inn í.

ATH: Það er eðlilegt að heyra innri íhluti hljóma.

Hladdu flæðisklefanum í rörlykjuna

1. Þegar þú ert tilbúinn til að hlaða flæðisklefanum í rörlykjuna skaltu fjarlægja flæðisklefann úr pakkningunni. Haltu flæðiklefanum við gráa flipann, með merkimiðann á flipanum snúi upp. Notaðu nýja duftlausa hanska til að forðast að menga gleryfirborð flæðisfrumunnar.
2. Settu flæðisklefann í flæðisrafina framan á rörlykjunni. Heyranlegur smellur gefur til kynna að flæðisreiturinn sé rétt staðsettur.
3. Fjarlægðu gráa flipann með því að draga hann út.

Settu Olink® bókasafnið í hylkin

1. Stingið í gegnum safngeyminn með hreinum 1 ml pípettuodda.
2. Hlaðið 20 μL af Olink bókasafninu úr Seq rörinu í botn safngeymisins.

Framkvæma Olink® raðgreiningu

Á þessu skrefi er Buffer hylkin með hlaðna flæðisreitnum og Olink Library hlaðið inn í NextSeq™ 2000 og raðgreiningin er hafin með því að nota Olink uppskriftina.

Undirbúa bekkinn

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 hvarfefnishylki (100 lotur) hlaðið með NextSeq™ 1000/2000 P2 flæðisfrumu og þynntu Olink safninu, útbúið í fyrra skrefi.

Stilltu Run Mode

1. Í valmynd stýrihugbúnaðar, veldu Stillingar.
2. Undir BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, veldu Local Run Setup.
3. Veldu Proactive Support Only sem viðbótarstillingar. Þessi aðgerð krefst nettengingar.
4. Veldu hýsingarstað fyrir gögnin þín. Hýsingarstaður ætti að vera á eða nálægt þínu svæði.
5. Stilltu staðsetningu úttaksmöppunnar fyrir núverandi hrágögn sem keyrt er. Veldu Veldu til að fletta og veldu úttaksmöppuna.
6. Veljið gátreitinn Denature and Dilute On Board til að deature og þynna bókasafnið um borð í tækinu sjálfkrafa.
7. Veljið gátreitinn Purge Reagent Cartridge til að hreinsa ónotuð hvarfefni sjálfkrafa yfir í hólfið fyrir notaða hvarfefni í rörlykjunni.
8. Veljið gátreitinn Sjálfvirk leit að hugbúnaðaruppfærslum til að leita sjálfkrafa eftir hugbúnaðaruppfærslum (valfrjálst). Þessi aðgerð krefst nettengingar.
9. Veldu Vista.

Settu upp keyrslubreytur

ATH: Þessi leiðbeining á við útgáfu 1.4 af NextSeq™ 1000/2000 stýrihugbúnaðinum. Sum skrefin sem lýst er hér að neðan gætu verið öðruvísi þegar útgáfa v1.2 er notuð

1. Í stjórnhugbúnaðarvalmyndinni skaltu velja Start.
2. Veldu Manually Set Up New Run og ýttu á Setup.
3. Á síðunni Run Setup skaltu setja upp keyrslufæribreyturnar sem hér segir:
   • Í reitnum Run Name skal slá inn einstakt tilraunaauðkenni.
   • Í Read Type fellilistanum, veldu Single Read valmöguleikann.
   • Sláðu inn fjölda lota sem hér segir:
     • Lestu 1: 24
     • Vísitala 1: 0
     • Vísitala 2: 0
     • Lestu 2: 0

ATH: Það skiptir sköpum að Read 1 sé stillt á 24, annars mistekst allt keyrslan. Hunsa viðvörunarboðin þegar fjöldi lota er sleginn inn.

• Í Custom Primer Wells fellilistanum skaltu velja No.
• Í reitnum Sérsniðin uppskrift (valfrjálst) skaltu velja Veldu til að fletta og velja sérsniðna uppskrift XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Veldu Opna.
• Ekki flytja inn Sample Blað.
• Gakktu úr skugga um að staðsetning Output Folder sé rétt. Annars skaltu velja Veldu til að fletta og veldu staðsetningu úttaksmöppunnar.
• Í reitnum Denature and Dilute Onboard skaltu velja Virkt úr fellilistanum.
• Veldu Prep.

Hladdu hlaðna rörlykjunni

1. Veldu Hlaða. Hljóðhlífin opnast og bakkann kastast út.
2. Settu hlaðna rörlykjuna á bakkann með merkimiðann upp og flæðisklefann inni í tækinu.
3. Veldu Loka.
4. Þegar hylkin er rétt hlaðin skaltu staðfesta keyrslubreyturnar og velja Röð. Tækið framkvæmir forkeyrslupróf fyrir tækið og vökvakerfið.
   • ATH: Meðan á vökvaprófinu stendur er búist við að það heyrist nokkur hvellhljóð.
5. Gakktu úr skugga um að keyrslan hefjist eftir að sjálfvirku forkeyrsluprófunum hefur verið lokið (~15 mínútur). Röðunartíminn er um það bil 10h30 mín.
   • ATH: Sjá leiðbeiningar framleiðanda um allar bilanir í eftirliti fyrir keyrslu. Gættu þess að rekast ekki á eða trufla á annan hátt NextSeq™ 2000 meðan á raðgreiningu stendur. Tækið er viðkvæmt fyrir titringi.
6. Hreinsaðu vinnusvæðið.

Fylgjast með framvindu keyrslu

Olink notar NGS sem útlestur til að mæla magn af þekktri röð til að áætla styrk tiltekins próteins í samples (miðað við önnur samples). Gagnagæði frá hverri Explore raðgreiningu eru aðallega ákvörðuð af QC breytum sem eru einstakar fyrir Olink tækni. Þess vegna eru staðlaðar gæðaeftirlitsmælingar sem notaðar eru í hefðbundnum NGS, eins og Q-stig, minna mikilvægar.

Kastaðu og fargaðu rörlykjunni eftir hlaupið

VIÐVÖRUN: Þetta sett af hvarfefnum inniheldur hugsanlega hættuleg efni. Notið fullnægjandi hlífðarbúnað og fargið notuðum hvarfefnum í samræmi við gildandi staðla. Nánari upplýsingar er að finna í Illumina NextSeq 1000 og 2000 System Guide (skjal #1000000109376).

1. Þegar keyrslunni er lokið skaltu velja Eject Cartridge.
   • ATH: Notaða hylkið ásamt flæðishólfi má vera á sínum stað þar til næsta keyrt er, þó ekki lengur en í 3 daga.
2. Fjarlægðu rörlykjuna úr bakkanum.
3. Fargið hvarfefnum í samræmi við gildandi staðla.
4. Veldu Loka dyrum. Bakkinn er endurhlaðinn.
5. Veldu Heim til að fara aftur á heimaskjáinn.
   • ATH: Þar sem rörlykjan inniheldur öll tæki til að keyra kerfið, auk geymi til að safna notuðum hvarfefnum, er engin þörf á tækjaþvotti eftir keyrsluna.

Endurskoðunarsaga

Útgáfa	Dagsetning	Lýsing
1.0	2021-12-01	Nýtt

www.olink.com

Aðeins til rannsóknarnotkunar. Ekki til notkunar í greiningaraðferðum.

Þessi vara felur í sér leyfi fyrir notkun á Olink vörum sem ekki eru í viðskiptalegum tilgangi. Atvinnunotendur gætu þurft viðbótarleyfi. Vinsamlegast hafðu samband við Olink Proteomics AB fyrir frekari upplýsingar. Það eru engar ábyrgðir, tjáðar eða gefnar í skyn, sem ná lengra en þessa lýsingu. Olink Proteomics AB ber ekki ábyrgð á eignatjóni, líkamstjóni eða efnahagslegu tjóni af völdum þessarar vöru. Eftirfarandi vörumerki er í eigu Olink Proteomics AB: Olink®. Þessi vara fellur undir nokkur einkaleyfi og einkaleyfisumsóknir sem fáanlegar eru á https://www.olink.com/patents/.

© Höfundarréttur 2021 Olink Proteomics AB. Öll vörumerki þriðja aðila eru eign viðkomandi eigenda.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Svíþjóð

1193, v1.0, 2021-12-01

Skjöl / auðlindir

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdfNotendahandbók NextSeq 2000, Kanna raðkerfi, NextSeq 2000 Kanna raðkerfi

Heimildir

• Notendahandbók