Olink NextSeq 2000 Archwilio System Dilyniannu

Nodyn dogfen

Mae llawlyfr defnyddiwr Olink® Explore, doc nr 1153, wedi darfod, ac mae'r dogfennau canlynol wedi'i ddisodli:

• Olink® Explore Overview Llawlyfr Defnyddiwr, dogfen ger 1187
• Llawlyfr Defnyddiwr Olink® Explore 384, dogfen ger 1188
• Llawlyfr Defnyddiwr Olink® Explore 4 x 384, doc ger 1189
• Olink® Explore 1536 & Llawlyfr Defnyddiwr Ehangu, doc ger 1190
• Llawlyfr Defnyddiwr Olink® Explore 3072, dogfen ger 1191
• Dilyniannu Olink® Explore gan ddefnyddio Llawlyfr Defnyddiwr NextSeq 550, doc ger 1192
• Dilyniannu Olink® Explore gan ddefnyddio Llawlyfr Defnyddiwr NextSeq 2000, doc ger 1193
• Dilyniannu Olink® Explore gan ddefnyddio Llawlyfr Defnyddiwr NovaSeq 6000, doc ger 1194

Rhagymadrodd

Defnydd bwriedig

Mae Olink® Explore yn blatfform imiwno-assay amlblecs ar gyfer darganfod biomarcwr protein dynol. Mae'r cynnyrch wedi'i fwriadu at Ddefnydd Ymchwil yn Unig, ac nid ar gyfer ei ddefnyddio mewn gweithdrefnau diagnostig. Dim ond staff labordy hyfforddedig fydd yn rhedeg y gwaith labordy. Dim ond staff hyfforddedig fydd yn prosesu data. Bwriedir i'r canlyniadau gael eu defnyddio gan ymchwilwyr ar y cyd â chanfyddiadau clinigol neu labordy eraill.

Am y llawlyfr hwn

Mae'r Llawlyfr Defnyddiwr hwn yn darparu'r cyfarwyddiadau sydd eu hangen i ddilyniannu Olink® Explore Libraries ar Illumina® NextSeq™ 2000. Rhaid dilyn y cyfarwyddiadau yn llym ac yn benodol. Gall unrhyw wyriadau trwy gydol y camau labordy arwain at nam ar y data. Cyn dechrau llif gwaith y labordy, ymgynghorwch â'r Olink® Explore Overview Llawlyfr Defnyddiwr ar gyfer cyflwyniad i'r platfform, gan gynnwys gwybodaeth am adweithyddion, offer a dogfennaeth sydd eu hangen, drosoddview y llif gwaith, yn ogystal â chanllawiau labordy. I gael cyfarwyddiadau ar sut i redeg Pecynnau Adweithydd Olink® Explore, cyfeiriwch at y Llawlyfr Defnyddiwr Olink® Explore perthnasol. Ar gyfer prosesu data a dadansoddi canlyniadau dilyniant Olink® Explore, cyfeiriwch at Ganllaw Defnyddiwr Cwmwl Olink® MyData. Mae'r holl nodau masnach a hawlfraint a gynhwysir yn y deunydd hwn yn eiddo i Olink® Proteomics AB, oni nodir yn wahanol.

Cefnogaeth dechnegol

I gael cymorth technegol, cysylltwch â Olink Proteomics yn: cefnogaeth@olink.com.

Cyfarwyddiadau labordy

Mae’r bennod hon yn rhoi cyfarwyddiadau ar sut i ddilyniannu Olink Libraries ar NextSeq™ 2000 gan ddefnyddio Adweithyddion P1000 NextSeq™ 2000/2 (100 Cycles) v3. Mae'r protocol a ddefnyddir ar gyfer dilyniannu yn addasiad o lif gwaith safonol Illumina® NGS ar gyfer Illumina® NextSeq™ 2000. Cyn symud ymlaen i ddilyniant, gwnewch yn siŵr bod ansawdd y Llyfrgell Olink wedi'i buro wedi'i wirio. Cyfeiriwch at y Llawlyfr Defnyddiwr Olink Explore perthnasol am gyfarwyddiadau ar reoli ansawdd.

Cynlluniwch y rhediad dilyniannu

Gellir dilyniannu un Llyfrgell Olink fesul cell llif NextSeq™ 2000 P2 ac fesul rhediad. Disgrifir nifer y celloedd llif P2 a'r rhediadau sydd eu hangen i ddilyniannu'r gwahanol Becynnau Adweithydd Olink Explore yn Nhabl 1. Os oes angen mwy nag un rhediad, ailadroddwch y cyfarwyddiadau a ddisgrifir yn y llawlyfr hwn.

Tabl 1. Cynllunio rhediad dilyniannu

Pecyn Adweithydd Archwilio Olink®	Nifer y Llyfrgelloedd Olink	Nifer y cell(iau) llif a rhediad(au)
Pecyn Adweithydd Olink® Explore 384	1	1
Pecyn Adweithydd Olink® Explore 4 x 384	4	4
Pecyn Adweithydd Olink® Explore 1536	4	4
Pecyn Adweithydd Ehangu Olink® Explore	4	4
Pecyn Adweithydd Olink® Explore 3072	8	8

Gosodwch rysáit arferiad Olink®

Arbedwch rysáit arferiad Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 mewn ffolder offer priodol.

NODYN: Bydd rysáit arferiad Olink ond yn gweithio gyda phecyn NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 a meddalwedd rheoli NextSeq™ 1000/2000 v1.2 neu v1.4.

Paratoi adweithyddion dilyniannu

Yn ystod y cam hwn, mae'r cetris adweithydd sy'n cynnwys clystyru a dilyniannu adweithyddion yn cael ei ddadmer ac mae'r gell llif yn cael ei pharatoi.

RHYBUDD: Mae cetris yr adweithydd yn cynnwys cemegau a allai fod yn beryglus. Gwisgwch offer amddiffynnol digonol a thaflwch adweithyddion a ddefnyddiwyd yn unol â safonau cymwys. Am ragor o wybodaeth, cyfeiriwch at Ganllaw System Illumina NextSeq 1000 a 2000 (dogfen #1000000109376).

Paratoi cetris adweithydd

Gellir dadmer y cetris heb ei hagor gan ddefnyddio tri dull gwahanol: ar dymheredd yr ystafell, mewn baddon dŵr rheoledig, neu yn yr oergell.

Paratoi mainc

• Cetris adweithydd 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cylch)

Cyfarwyddiadau

1. Dadmer y cetris adweithydd fel y disgrifir yn Nhabl 2.

Tabl 2. Dulliau dadmer cetris adweithydd

Dull dadmer	Cyfarwyddiadau
Ar dymheredd ystafell	Heb agor y bag ffoil arian, rhowch y cetris adweithydd wedi'i rewi ar y fainc a'i ddadmer ar dymheredd yr ystafell am 9 awr. Peidiwch â bod yn fwy na 16 awr. Gwnewch yn siŵr bod label y bag yn wynebu i fyny a bod aer yn gallu cylchredeg o amgylch y cetris.
Mewn baddon dwr	Heb agor y bag ffoil arian, rhowch y cetris adweithydd wedi'i rewi wedi'i hanner-soddi mewn baddon dŵr 25 ° C wedi'i reoli a gadewch iddo ddadmer am 6 awr. Peidiwch â bod yn fwy na 8 awr. Sicrhewch fod label y bag yn wynebu i fyny ac nad yw'r cetris yn gwrthdroi yn ystod dadmer. Sychwch y cetris yn drylwyr gyda thywel papur.
Yn yr oergell	Heb agor y bag ffoil arian, rhowch y cetris ar y fainc a'i ddadmer ar dymheredd yr ystafell am 6 awr. Gwnewch yn siŵr bod label y bag yn wynebu i fyny a bod aer yn gallu cylchredeg o amgylch y cetris. Gorffennwch ddadmer y cetris yn yr oergell am 12 awr. Peidiwch â bod yn fwy na 72 awr. Cyn y rhediad, tynnwch y cetris heb ei ddadmer o'r oergell a'i ganiatáu i gyrraedd tymheredd yr ystafell am o leiaf 15 munud, ond dim mwy nag 1 awr.

NODYN: Ni ellir ail-rewi cetris wedi'u dadmer a rhaid eu storio ar 4 ° C, am uchafswm o 72 awr.

Paratoi cell llif

Paratoi mainc

• Cell Llif 1x NextSeq™ 1000/2000 P2

Cyfarwyddiadau

1. Dewch â'r gell llif oergell i dymheredd ystafell am 10-15 munud.

Paratoi Llyfrgell Olink® ar gyfer dilyniannu

Yn ystod y cam hwn, mae'r Llyfrgell Olink wedi'i buro a'i reoli gan ansawdd yn cael ei wanhau i'r crynodiad llwytho terfynol. Sylwch fod dadnatureiddio'r Llyfrgell yn cael ei berfformio'n awtomatig ar fwrdd yr offeryn.

Paratoi mainc

• Lib Tube, a baratowyd yn unol â Llawlyfr Defnyddiwr Olink Explore perthnasol
• 1x RSB gyda Tween 20
• MilliQ dwfr
• Tiwbiau microcentrifuge 2x (1.5 mL)
• Pibed â llaw (10, 100 a 1000 μL)
• Hidlo awgrymiadau pibed

Cyn i chi ddechrau

• Dadmer y Lib Tube os yw wedi rhewi.
• Dadmer yr RSB wedi'i rewi gyda Tween 20 ar dymheredd ystafell am 10 munud. Storio ar +4 ° C nes ei ddefnyddio.
• Marciwch y ddau diwb microcentrifuge 1.5 mL newydd fel a ganlyn:
  • Marciwch un tiwb “Dil” (ar gyfer y Llyfrgell wanhau 1:100)
  • Marciwch un tiwb “Seq” (ar gyfer y Llyfrgell barod i'w llwytho)

Cyfarwyddiadau

1. Ychwanegu 495 μL o ddŵr MilliQ i'r Tiwb Dil.
2. Vortex y Lib Tube a'i droelli i lawr yn fyr.
3. Trosglwyddwch 5 μL â llaw o'r Lib Tube i'r Tiwb Dil.
4. Vortecsiwch y Dil Tube a'i droelli i lawr yn fyr.
5. Ychwanegwch 20 μL o RBS gyda Tween 20 i'r Seq Tube.
6. Trosglwyddwch 20 μL â llaw o'r Tiwb Dil i'r Tiwb Seq.
7. Vortecsiwch y Seq Tube a'i droelli i lawr yn fyr.
8. Parhewch ar unwaith i 2.5 Llwytho cell llif a Llyfrgell Olink® i mewn i cetris adweithydd.

NODYN: Storio'r Tube(s) Lib ar -20 °C rhag ofn y bydd ailrediad(au) posibl.

Llwytho cell llif a Llyfrgell Olink® i'r cetris adweithydd

Yn ystod y cam hwn, mae'r gell llif a'r Llyfrgell Olink gwanedig yn cael eu llwytho i'r cetris adweithydd dadmer.

Paratoi mainc

• 1x wedi dadmer Cetris Adweithydd P1000 NextSeq™ 2000/2 (100 cylch), a baratowyd yn y cam blaenorol
• Cell Llif 1x NextSeq™ 1000/2000 P2, a baratowyd yn y cam blaenorol
• Seq Tube (gyda Llyfrgell Olink wedi'i gwanhau yn barod i'w llwytho), a baratowyd yn y cam blaenorol
• Pibed â llaw (100 μL)
• Awgrym pibed (1 mL)

Paratowch y cetris

1. Tynnwch y cetris o'r bag ffoil arian.
2. Gwrthdroi'r cetris ddeg gwaith i gymysgu'n drylwyr yr adweithyddion dadmer oddi mewn.

NODYN: Mae'n arferol clywed cydrannau mewnol yn jingling.

Llwythwch y gell llif i'r cetris

1. Pan fydd yn barod i lwytho'r gell llif i'r cetris, tynnwch y gell llif o'r pecyn. Daliwch y gell llif ger y tab llwyd, gyda'r label ar y tab yn wynebu i fyny. Defnyddiwch fenig newydd heb bowdr i osgoi halogi wyneb gwydr y gell llif.
2. Mewnosodwch y gell llif yn y slot cell llif ar flaen y cetris. Mae clic clywadwy yn dangos bod y gell llif wedi'i gosod yn gywir.
3. Tynnwch y tab llwyd trwy ei dynnu allan.

Llwythwch Lyfrgell Olink® i'r cetris

1. Tyllu cronfa ddŵr y Llyfrgell gyda blaen pibed glân 1 ml.
2. Llwythwch 20 μL o'r Llyfrgell Olink o'r Seq Tube i waelod cronfa ddŵr y llyfrgell.

Perfformio rhediad dilyniannu Olink®

Yn ystod y cam hwn, mae'r cetris Clustogi gyda'r gell llif llwythog a Llyfrgell Olink yn cael ei lwytho i mewn i NextSeq ™ 2000, a dechreuir y rhediad dilyniannu gan ddefnyddio rysáit Olink.

Paratoi mainc

• Cetris Adweithydd 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cylch) wedi'i lwytho â Cell Llif NextSeq ™ 1000/2000 P2 a'r Llyfrgell Olink gwanedig, a baratowyd yn y cam blaenorol.

Ffurfweddu'r Modd Rhedeg

1. O'r ddewislen meddalwedd rheoli, dewiswch Gosodiadau.
2. O dan BaseSpace Sequence Hub Services & Support Proactive, dewiswch Local Run Setup.
3. Dewiswch Cymorth Rhagweithiol yn Unig fel gosodiadau ychwanegol. Mae'r swyddogaeth hon yn gofyn am gysylltiad rhyngrwyd.
4. Dewiswch y Lleoliad Hosting ar gyfer eich data. Dylai Lleoliad Lletya fod yn eich rhanbarth neu'n agos ato.
5. Gosodwch leoliad y Ffolder Allbwn ar gyfer y data crai rhedeg cyfredol. Dewiswch Dewiswch i lywio a dewiswch y ffolder allbwn.
6. Dewiswch y blwch ticio Denature a Dilute On Board i ddadnatureiddio a gwanhau'r Llyfrgell ar yr offeryn yn awtomatig.
7. Dewiswch y blwch ticio Cetris Adweithydd Carthu i lanhau adweithyddion nas defnyddiwyd yn awtomatig i adran adweithyddion darfodedig y cetris.
8. Dewiswch y blwch ticio Autocheck for software updates i wirio yn awtomatig am ddiweddariadau meddalwedd (dewisol). Mae'r swyddogaeth hon yn gofyn am gysylltiad rhyngrwyd.
9. Dewiswch Cadw.

Sefydlu paramedrau rhedeg

NODYN: Mae'r cyfarwyddyd hwn yn berthnasol i fersiwn 1.4 o feddalwedd rheoli NextSeq™ 1000/2000. Gall rhai o'r camau a ddisgrifir isod fod yn wahanol wrth ddefnyddio fersiwn v1.2

1. O'r ddewislen meddalwedd rheoli, dewiswch Start.
2. Dewiswch Gosod Rhedeg Newydd â Llaw a gwasgwch Setup.
3. Yn y dudalen Run Setup, gosodwch y paramedrau rhedeg fel a ganlyn:
   • Yn y maes Enw Rhedeg, rhowch ID arbrawf unigryw.
   • Yn y gwymplen Darllen Math, dewiswch yr opsiwn Darllen Sengl.
   • Nodwch nifer y cylchoedd fel a ganlyn:
     • Darllen 1: 24
     • Mynegai 1: 0
     • Mynegai 2: 0
     • Darllen 2: 0

NODYN: Mae'n hanfodol bod Darllen 1 wedi'i osod i 24, fel arall bydd y rhediad cyfan yn methu. Anwybyddwch y negeseuon rhybudd wrth nodi nifer y cylchoedd.

• Yn y gwymplen Custom Primer Wells, dewiswch Na.
• Yn y maes Rysáit Custom (dewisol), dewiswch Dewis llywio a dewis y rysáit arferiad XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Dewiswch Agor.
• Peidiwch â mewnforio Sample Taflen.
• Sicrhewch fod lleoliad y Ffolder Allbwn yn gywir. Fel arall, dewiswch Dewiswch i lywio a dewiswch y lleoliad ffolder allbwn a ddymunir.
• Yn y maes Denature and Dilute Onboard , dewiswch Galluogi o'r gwymplen.
• Dewiswch Prep.

Llwythwch y cetris wedi'i lwytho

1. Dewiswch Llwyth. Mae fisor yr offeryn yn agor ac mae'r hambwrdd yn cael ei daflu allan.
2. Rhowch y cetris wedi'i llwytho ar yr hambwrdd gyda'r label yn wynebu i fyny a'r gell llif y tu mewn i'r offeryn.
3. Dewiswch Cau.
4. Unwaith y bydd y cetris wedi'i lwytho'n iawn, gwiriwch y paramedrau rhedeg a dewiswch Sequence. Mae'r offeryn yn cynnal gwiriadau cyn-redeg ar gyfer yr offeryn a'r hylifeg.
   • NODYN: Yn ystod y gwiriad fluidics, disgwylir iddo glywed sawl synau popping.
5. Sicrhewch fod y rhediad yn cychwyn ar ôl i'r gwiriadau cyn-redeg awtomatig gael eu cwblhau (~15 munud). Mae'r amser rhedeg dilyniannu tua 10h30 munud.
   • NODYN: Ar gyfer unrhyw fethiannau gwirio cyn rhedeg, cyfeiriwch at gyfarwyddiadau'r gwneuthurwr. Byddwch yn ofalus i beidio â tharo i mewn i NextSeq™ 2000 nac aflonyddu arno fel arall yn ystod y rhediad dilyniannu. Mae'r offeryn yn sensitif i ddirgryniadau.
6. Glanhewch yr ardal waith.

Monitro Cynnydd Rhedeg

Mae Olink yn defnyddio NGS fel allddarlleniad i fesur maint dilyniant hysbys er mwyn amcangyfrif crynodiad protein penodol mewn samples (o'i gymharu ag eraill samples). Mae ansawdd data o bob rhediad dilyniannu Explore yn cael ei bennu'n bennaf gan baramedrau QC sy'n unigryw i dechnoleg Olink. Felly, mae metrigau rheoli ansawdd safonol a ddefnyddir mewn NGS confensiynol, megis sgôr Q, yn llai hanfodol.

Taflwch a thaflwch y cetris ar ôl rhedeg

RHYBUDD: Mae'r set hon o adweithyddion yn cynnwys cemegau a allai fod yn beryglus. Gwisgwch offer amddiffynnol digonol a thaflwch adweithyddion a ddefnyddiwyd yn unol â safonau cymwys. Am ragor o wybodaeth, cyfeiriwch at Ganllaw System Illumina NextSeq 1000 a 2000 (dogfen #1000000109376).

1. Pan fydd y rhediad wedi'i gwblhau, dewiswch Eject Cartridge.
   • NODYN: Gellir gadael y cetris a ddefnyddir gan gynnwys cell llif yn ei le tan y rhediad nesaf, ond dim mwy na 3 diwrnod.
2. Tynnwch y cetris o'r hambwrdd.
3. Gwaredu'r adweithyddion yn unol â safonau cymwys.
4. Dewiswch Cau Drws. Mae'r hambwrdd yn cael ei ail-lwytho.
5. Dewiswch Cartref i ddychwelyd i'r sgrin Cartref.
   • NODYN: Gan fod y cetris yn cynnwys yr holl fecanweithiau i redeg y system, yn ogystal â chronfa ddŵr i gasglu adweithyddion a ddefnyddir, nid oes angen golchi offer ar ôl y rhediad.

Hanes adolygu

Fersiwn	Dyddiad	Disgrifiad
1.0	2021-12-01	Newydd

www.olink.com

At Ddefnydd Ymchwil yn Unig. Ddim i'w Ddefnyddio mewn Gweithdrefnau Diagnostig.

Mae'r cynnyrch hwn yn cynnwys trwydded ar gyfer defnydd anfasnachol o gynhyrchion Olink. Efallai y bydd angen trwyddedau ychwanegol ar ddefnyddwyr masnachol. Cysylltwch â Olink Proteomics AB am fanylion. Nid oes unrhyw warantau, wedi'u mynegi neu eu hawgrymu, sy'n ymestyn y tu hwnt i'r disgrifiad hwn. Nid yw Olink Proteomics AB yn atebol am ddifrod i eiddo, anaf personol, neu golled economaidd a achosir gan y cynnyrch hwn. Mae'r nod masnach canlynol yn eiddo i Olink Proteomics AB: Olink®. Mae'r cynnyrch hwn wedi'i gwmpasu gan nifer o batentau a cheisiadau patent sydd ar gael yn https://www.olink.com/patents/.

© Hawlfraint 2021 Olink Proteomics AB. Mae pob nod masnach trydydd parti yn eiddo i'w perchnogion priodol.

Proteomeg Olink, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Dogfennau / Adnoddau

Olink NextSeq 2000 Archwilio System Dilyniannu [pdfLlawlyfr Defnyddiwr NextSeq 2000, Archwilio System Dilyniannu, NextSeq 2000 Archwilio System Dilyniannu

Cyfeiriadau

• Llawlyfr Defnyddiwr