Олинк НектСек 2000 Екплоре Секуенцинг Систем
Напомена о документу
Упутство за употребу Олинк® Екплоре, док. бр. 1153, је застарело и замењено је следећим документима:
- Олинк® Екплоре Оверview Упутство за употребу, документ бр. 1187
- Упутство за употребу Олинк® Екплоре 384, документ бр. 1188
- Упутство за употребу Олинк® Екплоре 4 к 384, документ бр. 1189
- Олинк® Екплоре 1536 & Екпансион упутство за употребу, документ бр. 1190
- Упутство за употребу Олинк® Екплоре 3072, документ бр. 1191
- Олинк® Екплоре Секуенцинг користећи НектСек 550 Усер Мануал, доц нр 1192
- Олинк® Екплоре Секуенцинг користећи НектСек 2000 Усер Мануал, доц нр 1193
- Олинк® Екплоре Секуенцинг усинг НоваСек 6000 Усер Мануал, доц нр 1194
Увод
Наменска употреба
Олинк® Екплоре је мултиплексна платформа за имунотестирање за откривање биомаркера хуманих протеина. Производ је намењен само за истраживачку употребу, а не за употребу у дијагностичким процедурама. Лабораторијски рад може да води само обучено лабораторијско особље. Обраду података врши само обучено особље. Резултате треба да користе истраживачи у комбинацији са другим клиничким или лабораторијским налазима.
О овом приручнику
Овај кориснички приручник пружа упутства потребна за секвенционирање Олинк® Екплоре библиотека на Иллумина® НектСек™ 2000. Упутства се морају стриктно и експлицитно поштовати. Било каква одступања током лабораторијских корака могу довести до умањених података. Пре него што започнете ток рада у лабораторији, консултујте Олинк® Екплоре Оверview Кориснички приручник за увод у платформу, укључујући информације о реагенсима, опреми и потребној документацији, прекоview тока посла, као и лабораторијске смернице. За упутства о томе како да покренете Олинк® Екплоре комплете реагенса, погледајте одговарајући Олинк® Екплоре кориснички приручник. За обраду података и анализу резултата секвенце Олинк® Екплоре, погледајте Олинк® МиДата Цлоуд кориснички водич. Сви заштитни знакови и ауторска права садржана у овом материјалу су власништво Олинк® Протеомицс АБ, осим ако није другачије наведено.
Техничка подршка
За техничку подршку контактирајте Олинк Протеомицс на: суппорт@олинк.цом.
Лабораторијска упутства
Ово поглавље пружа упутства о томе како да секвенцирате Олинк библиотеке на НектСек™ 2000 помоћу НектСек™ 1000/2000 П2 реагенса (100 циклуса) в3. Протокол који се користи за секвенцирање је адаптација Иллумина® стандардног НГС радног тока за Иллумина® НектСек™ 2000. Пре него што наставите са секвенцирањем, уверите се да је квалитет пречишћене Олинк библиотеке верификован. Погледајте одговарајући приручник за кориснике Олинк Екплоре за упутства о контроли квалитета.
Планирајте секвенцирање
Једна Олинк библиотека се може секвенцирати по НектСек™ 2000 П2 проточној ћелији и по циклусу. Број П2 проточних ћелија и циклуса потребних за секвенцирање различитих комплета реагенса Олинк Екплоре описан је у табели 1. Ако је потребно више од једног циклуса, поновите упутства описана у овом приручнику.
Табела 1. Планирање секвенцирања
| Олинк® Екплоре комплет реагенса | Број Олинк библиотека | Број проточних ћелија и циклуса |
| Комплет реагенса Олинк® Екплоре 384 | 1 | 1 |
| Олинк® Екплоре 4 к 384 комплет реагенса | 4 | 4 |
| Комплет реагенса Олинк® Екплоре 1536 | 4 | 4 |
| Олинк® Екплоре комплет реагенса за проширење | 4 | 4 |
| Комплет реагенса Олинк® Екплоре 3072 | 8 | 8 |
Инсталирајте Олинк® прилагођени рецепт
Сачувајте Олинк прилагођени рецепт кмл-file Олинк_НСК2К_П2_В1 у одговарајућој фасцикли инструмента.
НАПОМЕНА: Олинк прилагођени рецепт ће радити само са НектСек™ 1000/2000 П2 реагенсима (100 циклуса) в3 комплетом и НектСек™ 1000/2000 контролним софтвером в1.2 или в1.4.
Припремите реагенсе за секвенцирање
Током овог корака, кертриџ за реагенс који садржи реагенсе за груписање и секвенционирање се одмрзава и припрема се проточна ћелија.
УПОЗОРЕЊЕ: Картриџ за реагенс садржи потенцијално опасне хемикалије. Носите адекватну заштитну опрему и одбаците коришћене реагенсе у складу са важећим стандардима. За више информација погледајте Системски водич за Иллумина НектСек 1000 и 2000 (документ #1000000109376).
Припремите кертриџ за реагенс
Одмрзавање неотвореног кертриџа може се обавити на три различите методе: на собној температури, у контролисаном воденом купатилу или у фрижидеру.
Припремите клупу
- 1к НектСек™ 1000/2000 П2 кертриџ са реагенсом (100 циклуса)
Упутства
- Одмрзните кертриџ са реагенсом као што је описано у табели 2.
Табела 2. Методе одмрзавања кертриџа за реагенс
| Метода одмрзавања | Упутства |
| На собној температури |
|
| У воденом купатилу |
|
| У фрижидеру |
|
НАПОМЕНА: Одмрзнути кертриџи се не могу поново замрзнути и морају се чувати на 4 °Ц, максимално 72 сата.
Припремите проточну ћелију
Припремите клупу
- 1к НектСек™ 1000/2000 П2 проточна ћелија
Упутства
- Охлађену проточну ћелију ставити на собну температуру 10-15 минута.
Припремите Олинк® библиотеку за секвенцирање
Током овог корака, пречишћена и квалитетно контролисана Олинк библиотека се разблажи до коначне концентрације пуњења. Имајте на уму да се денатурација библиотеке врши аутоматски на инструменту.
Припремите клупу
- Либ цев, припремљена у складу са важећим упутством за употребу Олинк Екплоре
- 1к РСБ са Твеен 20
- МиллиК вода
- 2к епрувете за микроцентрифугу (1.5 мЛ)
- Ручна пипета (10, 100 и 1000 μЛ)
- Врхови пипете за филтер
Пре него што почнете
- Одмрзните Либ Тубе ако је замрзнута.
- Одмрзните замрзнути РСБ са Твеен 20 на собној температури 10 минута. Чувати на +4 °Ц до употребе.
- Означите две нове епрувете за микроцентрифугу од 1.5 мЛ на следећи начин:
- Означите једну епрувету „Дил“ (за разблажену библиотеку 1:100)
- Означите једну епрувету „Сек“ (за библиотеку спремну за учитавање)
Упутства
- Додајте 495 μЛ МиллиК воде у Дил епрувету.
- Вортек тхе Либ Тубе и накратко је завртите.
- Ручно пренесите 5 μЛ из Либ епрувете у Дил епрувету.
- Завртите Дил цев и накратко је завртите.
- Додајте 20 μЛ РБС-а са Твеен 20 у Сек епрувету.
- Ручно пренесите 20 μЛ из Дил епрувете у Сек епрувету.
- Завртите цев Сек и накратко је завртите.
- Одмах пређите на 2.5 Убаците проточну ћелију и Олинк® библиотеку у кертриџ за реагенс.
НАПОМЕНА: Чувајте Либ епрувету(е) на -20 °Ц у случају потенцијалног понављања(а).
Убаците проточну ћелију и Олинк® библиотеку у кертриџ за реагенс
Током овог корака, проточна ћелија и разблажена Олинк библиотека се стављају у кертриџ за одмрзнути реагенс.
Припремите клупу
- 1к одмрзнути НектСек™ 1000/2000 П2 реагенс кертриџ (100 циклуса), припремљен у претходном кораку
- 1к НектСек™ 1000/2000 П2 проточна ћелија, припремљена у претходном кораку
- Сек епрувета (са разблаженом Олинк библиотеком која је спремна за пуњење), припремљена у претходном кораку
- Ручна пипета (100 μЛ)
- Врх пипете (1 мЛ)
Припремите кертриџ
- Извадите кертриџ из врећице од сребрне фолије.
- Окрените кертриџ десет пута да бисте добро измешали одмрзнути реагенси унутра.
НАПОМЕНА: Нормално је чути звецкање унутрашњих компоненти.
Убаците проточну ћелију у кертриџ
- Када сте спремни да убаците проточну ћелију у кертриџ, извадите проточну ћелију из паковања. Држите проточну ћелију за сиви језичак, са етикетом на језичку окренутом нагоре. Користите нове рукавице без пудера да бисте избегли контаминацију стаклене површине проточне ћелије.
- Уметните проточну ћелију у отвор за проточну ћелију на предњој страни кертриџа. Звучни клик означава да је проточна ћелија правилно постављена.
- Уклоните сиви језичак тако што ћете га извући.
Убаците Олинк® библиотеку у кертриџ
- Пробушите резервоар библиотеке чистим врхом пипете од 1 мЛ.
- Убаците 20 μЛ Олинк библиотеке из Сек епрувете на дно резервоара библиотеке.
Извршите Олинк® секвенцирање
Током овог корака, Буффер кертриџ са напуњеном ћелијом протока и Олинк библиотеком се учитава у НектСек™ 2000, а секвенцирање почиње коришћењем Олинк рецепта.
Припремите клупу
- 1к НектСек™ 1000/2000 П2 кертриџ са реагенсом (100 циклуса) напуњен НектСек™ 1000/2000 П2 проточном ћелијом и разблаженом Олинк библиотеком, припремљеном у претходном кораку.
Конфигуришите режим рада
- У менију контролног софтвера изаберите Подешавања.
- У оквиру БасеСпаце Секуенце Хуб услуге и проактивна подршка изаберите Подешавање локалног покретања.
- Изаберите Само проактивна подршка као додатна подешавања. Ова функција захтева интернет везу.
- Изаберите локацију за хостовање за своје податке. Локација хостовања треба да буде у вашем региону или близу њега.
- Подесите локацију излазне фасцикле за тренутне необрађене податке. Изаберите Изабери за навигацију и изаберите излазну фасциклу.
- Означите поље за потврду Денатуре анд Дилуте Он Боард да бисте аутоматски денатурирали и разблажили библиотеку на инструменту.
- Означите поље за потврду Пурге Реагент Цартридге да бисте аутоматски очистили неискоришћене реагенсе у одељак за истрошене реагенсе у кертриџу.
- Означите поље за потврду Аутоматска провера ажурирања софтвера да бисте аутоматски проверавали ажурирања софтвера (опционо). Ова функција захтева интернет везу.
- Изаберите Сачувај.
Подесите параметре покретања
НАПОМЕНА: Ово упутство се односи на верзију 1.4 контролног софтвера НектСек™ 1000/2000. Неки од доле описаних корака могу бити другачији када користите верзију в1.2
- У менију контролног софтвера изаберите Старт.
- Изаберите Мануалли Сет Уп Нев Рун и притисните Сетуп.
- На страници Рун Сетуп подесите параметре покретања на следећи начин:
- У поље Назив покретања унесите јединствени ИД експеримента.
- У падајућој листи Врста читања изаберите опцију Појединачно читање.
- Унесите број циклуса на следећи начин:
- Прочитај 1: 24
- Индекс 1: 0
- Индекс 2: 0
- Прочитај 2: 0
НАПОМЕНА: Од кључне је важности да Реад 1 буде подешен на 24, иначе цео циклус неће успети. Занемарите поруке упозорења када уносите број циклуса.
- У падајућој листи Цустом Пример Веллс изаберите Не.
- У пољу Прилагођени рецепт (опционо) изаберите Изабери за навигацију и изаберите КСМЛ прилагођени рецепт file Олинк_НСК2К_П2_В1. Изаберите Отвори.
- Немојте увозити Сampле Схеет.
- Уверите се да је локација излазне фасцикле тачна. У супротном, изаберите Изабери за навигацију и изаберите жељену локацију излазне фасцикле.
- У пољу Денатуре анд Дилуте Онбоард изаберите Енаблед са падајуће листе.
- Изаберите Преп.
Убаците напуњени кертриџ
- Изаберите Учитај. Визир инструмента се отвара и лежиште се избацује.
- Поставите напуњени кертриџ на лежиште тако да налепница буде окренута нагоре и проточна ћелија унутар инструмента.
- Изаберите Затвори.
- Када је кертриџ правилно напуњен, проверите параметре покретања и изаберите Секуенце. Инструмент врши провере пре рада за инструмент и флуиде.
- НАПОМЕНА: Током провере флуида, очекује се да ће се чути неколико звукова пуцања.
- Уверите се да трчање почиње након што се заврше аутоматске провере пре покретања (~15 минута). Време секвенцирања је приближно 10х30мин.
- НАПОМЕНА: За све грешке приликом провере пре покретања, погледајте упутства произвођача. Пазите да не ударите или на други начин не ометате НектСек™ 2000 током секвенцирања. Инструмент је осетљив на вибрације.
- Очистите радно подручје.
Монитор Рун Прогресс
Олинк користи НГС као очитавање да квантификује количину познате секвенце како би проценио концентрацију датог протеина у сampлес (у односу на друге сampлес). Квалитет података из сваког циклуса Екплоре секвенцирања углавном је одређен параметрима КЦ јединственим за Олинк технологију. Стога су стандардне метрике контроле квалитета које се користе у конвенционалним НГС, као што је К-сцоре, мање критичне.
Избаците и одбаците кертриџ након трчања
УПОЗОРЕЊЕ: Овај сет реагенаса садржи потенцијално опасне хемикалије. Носите адекватну заштитну опрему и одбаците коришћене реагенсе у складу са важећим стандардима. За више информација погледајте Системски водич за Иллумина НектСек 1000 и 2000 (документ #1000000109376).
- Када се рад заврши, изаберите Ејецт Цартридге.
- НАПОМЕНА: Коришћени кертриџ укључујући проточну ћелију може се оставити на месту до следећег рада, али не дуже од 3 дана.
- Уклоните кертриџ из лежишта.
- Одложите реагенсе у складу са важећим стандардима.
- Изаберите Затвори врата. Тацна се поново пуни.
- Изаберите Почетна страница да бисте се вратили на почетни екран.
- НАПОМЕНА: Пошто кертриџ садржи све механизме за покретање система, као и резервоар за сакупљање употребљених реагенса, нема потребе за прањем инструмента након рада.
Историја ревизија
| Версион | Датум | Опис |
| 1.0 | 2021-12-01 | Ново |
Само за истраживачку употребу. Није за употребу у дијагностичким процедурама.
Овај производ укључује лиценцу за некомерцијалну употребу Олинк производа. Комерцијалним корисницима могу бити потребне додатне лиценце. За детаље контактирајте Олинк Протеомицс АБ. Не постоје никакве гаранције, изражене или подразумеване, које се протежу даље од овог описа. Олинк Протеомицс АБ није одговоран за штету на имовини, личне повреде или економски губитак изазван овим производом. Следећи заштитни знак је у власништву Олинк Протеомицс АБ: Олинк®. Овај производ је покривен са неколико патената и патентних пријава доступних на https://www.olink.com/patents/.
© Цопиригхт 2021 Олинк Протеомицс АБ. Сви заштитни знакови трећих страна власништво су њихових власника.
Олинк Протеомицс, Даг Хаммарскјолдс ваг 52Б , СЕ-752 37 Упсала, Шведска
1193, v1.0, 2021-12-01
Документи / Ресурси
 |
Олинк НектСек 2000 Екплоре Секуенцинг Систем [пдф] Упутство за употребу НектСек 2000, Екплоре Секуенцинг Систем, НектСек 2000 Екплоре Секуенцинг Систем |
