Olink NextSeq 2000 اكتشف نظام التسلسل

مذكرة وثيقة

دليل مستخدم Olink® Explore ، doc nr 1153 ، قديم وتم استبداله بالمستندات التالية:

• Olink® اكتشف أكثرview دليل المستخدم ، doc nr 1187
• دليل مستخدم Olink® Explore 384 ، doc nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 User Manual ، doc nr 1189
• دليل مستخدم Olink® Explore 1536 & Expansion ، doc nr 1190
• دليل مستخدم Olink® Explore 3072 ، doc nr 1191
• Olink® استكشف التسلسل باستخدام دليل مستخدم NextSeq 550 ، doc nr 1192
• Olink® استكشف التسلسل باستخدام دليل مستخدم NextSeq 2000 ، doc nr 1193
• Olink® استكشف التسلسل باستخدام دليل مستخدم NovaSeq 6000 ، doc nr 1194

مقدمة

الاستخدام المقصود

Olink® Explore عبارة عن منصة متعددة للمقايسة المناعية لاكتشاف العلامات الحيوية للبروتين البشري. المنتج مخصص للاستخدام البحثي فقط وليس للاستخدام في إجراءات التشخيص. يجب أن يتم تشغيل العمل المخبري فقط من قبل طاقم المختبر المدربين. يجب أن تتم معالجة البيانات فقط من قبل موظفين مدربين. من المفترض أن يتم استخدام النتائج من قبل الباحثين بالاقتران مع النتائج السريرية أو المختبرية الأخرى.

حول هذا الدليل

يوفر دليل المستخدم هذا الإرشادات اللازمة لتسلسل مكتبات Olink® Explore على Illumina® NextSeq ™ 2000. يجب اتباع التعليمات بدقة وصراحة. قد تؤدي أي انحرافات في جميع خطوات المختبر إلى ضعف البيانات. قبل بدء سير العمل في المختبر ، استشر Olink® Explore Overview دليل المستخدم لمقدمة إلى النظام الأساسي ، بما في ذلك معلومات حول الكواشف والمعدات والوثائق المطلوبة ، وأكثر من ذلكview سير العمل ، وكذلك إرشادات المختبر. للحصول على إرشادات حول كيفية تشغيل Olink® Explore Reagent Kits ، راجع دليل مستخدم Olink® Explore القابل للتطبيق. لمعالجة البيانات وتحليل نتائج تسلسل Olink® Explore ، راجع دليل مستخدم Olink® MyData Cloud. جميع العلامات التجارية وحقوق التأليف والنشر الواردة في هذه المواد هي ملك لشركة Olink® Proteomics AB ، ما لم ينص على خلاف ذلك.

الدعم الفني

للحصول على الدعم الفني ، اتصل بـ Olink Proteomics على: support@olink.com.

تعليمات المختبر

يقدم هذا الفصل إرشادات حول كيفية ترتيب تسلسل مكتبات Olink على NextSeq ™ 2000 باستخدام NextSeq ™ 1000/2000 P2 كواشف (100 دورة) v3. البروتوكول المستخدم للتسلسل هو تعديل لمعيار Illumina® لسير عمل NGS من أجل Illumina® NextSeq ™ 2000. قبل الشروع في التسلسل ، تأكد من التحقق من جودة مكتبة Olink المنقاة. راجع دليل مستخدم Olink Explore المعمول به للحصول على إرشادات حول مراقبة الجودة.

خطط لتشغيل التسلسل

يمكن تسلسل مكتبة Olink لكل خلية تدفق NextSeq ™ 2000 P2 ولكل تشغيل. عدد خلايا التدفق P2 والتشغيل المطلوب لتسلسل مجموعات Olink Explore المختلفة الكاشف موصوفة في الجدول 1. إذا تطلب الأمر أكثر من تشغيل واحد ، كرر الإرشادات الموضحة في هذا الدليل.

الجدول 1. تخطيط تشغيل التسلسل

أولينك® إكسبلور ريجيت كيت	عدد مكتبات Olink	عدد خلايا التدفق والتشغيل
أولينك® إكسبلور 384 كاشف كيت	1	1
أولينك إكسبلور 4 × 384 كاشف كيت	4	4
أولينك® إكسبلور 1536 كاشف كيت	4	4
Olink® Explore مجموعة الكاشف التوسعي	4	4
أولينك® إكسبلور 3072 كاشف كيت	8	8

قم بتثبيت وصفة Olink® المخصصة

احفظ وصفة Olink المخصصة xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 في مجلد أداة مناسب.

ملحوظة: لن تعمل وصفة Olink المخصصة إلا مع مجموعة NextSeq ™ 1000/2000 P2 (100 دورة) v3 وبرنامج التحكم NextSeq ™ 1000/2000 v1.2 أو v1.4.

تحضير الكواشف التسلسلية

خلال هذه الخطوة ، يتم إذابة خرطوشة الكاشف التي تحتوي على الكواشف العنقودية والمتسلسلة ويتم تحضير خلية التدفق.

تحذير: تحتوي خرطوشة الكاشف على مواد كيميائية يحتمل أن تكون خطرة. قم بارتداء معدات الحماية المناسبة وتخلص من الكواشف المستخدمة وفقًا للمعايير المعمول بها. لمزيد من المعلومات ، راجع دليل نظام Illumina NextSeq 1000 و 2000 (المستند رقم 1000000109376).

تحضير خرطوشة الكاشف

يمكن إذابة الخرطوشة غير المفتوحة بثلاث طرق مختلفة: في درجة حرارة الغرفة ، أو في حمام مائي متحكم فيه ، أو في الثلاجة.

تحضير مقاعد البدلاء

• 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2 كاشف خرطوشة (100 دورة)

تعليمات

1. قم بإذابة خرطوشة الكاشف كما هو موضح في الجدول 2.

الجدول 2. طرق إذابة خرطوشة الكاشف

طريقة الذوبان	تعليمات
في درجة حرارة الغرفة	بدون فتح كيس رقائق الفضة ، ضع خرطوشة الكاشف المجمدة على المنضدة وقم بإذابة الثلج في درجة حرارة الغرفة لمدة 9 ساعات. لا تتجاوز 16 ساعة. تأكد من أن ملصق الحقيبة متجهًا لأعلى وأنه يمكن للهواء أن يدور حول الخرطوشة.
في حمام مائي	بدون فتح كيس رقائق الفضة ، ضع خرطوشة الكاشف المجمدة نصف مغمورة في حمام مائي متحكم فيه 25 درجة مئوية واتركها تذوب لمدة 6 ساعات. لا تتجاوز 8 ساعات. تأكد من أن ملصق الكيس متجه لأعلى وأن الخرطوشة لا تنقلب أثناء الذوبان. جفف الخرطوشة جيدًا بمنشفة ورقية.
في الثلاجة	بدون فتح كيس رقائق الفضة ، ضع الخرطوشة على المنضدة وقم بإذابة الثلج في درجة حرارة الغرفة لمدة 6 ساعات. تأكد من أن ملصق الحقيبة متجهًا لأعلى وأنه يمكن للهواء أن يدور حول الخرطوشة. قم بإنهاء إذابة الخرطوشة في الثلاجة لمدة 12 ساعة. لا تتجاوز 72 ساعة. قبل التشغيل ، قم بإزالة الخرطوشة غير المفتوحة المذابة من الثلاجة واتركها تصل إلى درجة حرارة الغرفة لمدة 15 دقيقة على الأقل ، ولكن ليس أكثر من ساعة واحدة.

ملحوظة: لا يمكن إعادة تجميد الخراطيش المذابة ويجب تخزينها في 4 درجات مئوية لمدة أقصاها 72 ساعة.

تحضير خلية التدفق

تحضير مقاعد البدلاء

• خلية تدفق 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2

تعليمات

1. أحضر خلية التدفق المبردة إلى درجة حرارة الغرفة لمدة 10-15 دقيقة.

تحضير مكتبة Olink® للتسلسل

خلال هذه الخطوة ، يتم تخفيف مكتبة Olink المنقاة والمراقبة الجودة إلى تركيز التحميل النهائي. لاحظ أن تمسخ المكتبة يتم إجراؤه تلقائيًا على متن الجهاز.

تحضير مقاعد البدلاء

• Lib Tube ، مُعد وفقًا لدليل مستخدم Olink Explore المعمول به
• 1x RSB مع Tween 20
• مليك ماء
• عدد 2 من أنابيب الطرد المركزي الدقيقة (1.5 مل)
• ماصة يدوية (10 ، 100 و 1000 ميكرولتر)
• نصائح ماصة التصفية

قبل أن تبدأ

• قم بإذابة أنبوب الليب إذا تم تجميده.
• قم بإذابة الثلج RSB المجمد مع Tween 20 في درجة حرارة الغرفة لمدة 10 دقائق. يخزن في +4 درجة مئوية حتى الاستخدام.
• ضع علامة على أنابيب الطرد المركزي الدقيقة الجديدة سعة 1.5 مل على النحو التالي:
  • ضع علامة على أنبوب واحد "Dil" (للمكتبة المخففة 1: 100)
  • حدد أنبوبًا واحدًا "Seq" (للمكتبة الجاهزة للتحميل)

تعليمات

1. أضف 495 ميكرولتر من ماء MilliQ إلى أنبوب Dil.
2. دوامة أنبوب ليب وتدويره لأسفل لفترة وجيزة.
3. يدوياً نقل 5 ميكرولتر من أنبوب ليب إلى أنبوب ديل.
4. دوامة أنبوب Dil وقم بتدويره لأسفل لفترة وجيزة.
5. أضف 20 ميكرولتر من RBS مع توين 20 إلى أنبوب التسلسل.
6. انقل 20 ميكرولتر يدويًا من أنبوب Dil إلى أنبوب التسلسل.
7. دوامة أنبوب التسلسل وقم بتدويره لأسفل لفترة وجيزة.
8. تابع على الفور إلى 2.5 خلية تدفق الحمل ومكتبة Olink® في خرطوشة الكاشف.

ملحوظة: قم بتخزين أنبوب (أنابيب) Lib عند -20 درجة مئوية في حالة إعادة التشغيل المحتملة.

تحميل خلية تدفق ومكتبة Olink® في خرطوشة الكاشف

خلال هذه الخطوة ، يتم تحميل خلية التدفق ومكتبة Olink المخففة في خرطوشة كاشف مذابة.

تحضير مقاعد البدلاء

• تم إذابة 1x خرطوشة كاشف NextSeq ™ 1000/2000 P2 (100 دورة) ، تم تحضيرها في الخطوة السابقة
• 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2 Flow Cell ، تم تحضيرها في الخطوة السابقة
• أنبوب التسلسل (مع جاهز لتحميل مكتبة Olink المخففة) ، تم إعداده في الخطوة السابقة
• ماصة يدوية (100 ميكرولتر)
• رأس الماصة (1 مل)

تحضير الخرطوشة

1. قم بإزالة الخرطوشة من كيس رقائق الفضة.
2. اقلب الخرطوشة عشر مرات لمزج الكواشف المذابة تمامًا بالداخل.

ملحوظة: من الطبيعي سماع صخب المكونات الداخلية.

قم بتحميل خلية التدفق في الخرطوشة

1. عندما تكون جاهزًا لتحميل خلية التدفق في الخرطوشة ، قم بإزالة خلية التدفق من العبوة. أمسك خلية التدفق بجانب علامة التبويب الرمادية ، بحيث تكون التسمية الموجودة على علامة التبويب متجهة لأعلى. استخدم قفازات جديدة خالية من المسحوق لتجنب تلويث السطح الزجاجي لخلية التدفق.
2. أدخل خلية التدفق في فتحة خلية التدفق في مقدمة الخرطوشة. تشير النقرة المسموعة إلى وضع خلية التدفق بشكل صحيح.
3. قم بإزالة اللسان الرمادي عن طريق سحبه للخارج.

قم بتحميل مكتبة Olink® في الخرطوشة

1. بيرس خزان المكتبة بطرف ماصة نظيفة 1 مل.
2. قم بتحميل 20 ميكرولتر من مكتبة Olink من أنبوب Seq إلى أسفل خزان المكتبة.

نفذ تشغيل تسلسل Olink®

أثناء هذه الخطوة ، يتم تحميل خرطوشة المخزن المؤقت مع خلية التدفق المحملة ومكتبة Olink في NextSeq ™ 2000 ، ويبدأ تشغيل التسلسل باستخدام وصفة Olink.

تحضير مقاعد البدلاء

• 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2 كاشف خرطوشة (100 دورة) محملة بخلية تدفق NextSeq ™ 1000/2000 P2 ومكتبة Olink المخففة ، تم تحضيرهما في الخطوة السابقة.

تكوين وضع التشغيل

1. من قائمة برنامج التحكم ، حدد الإعدادات.
2. ضمن خدمات مركز تسلسل BaseSpace والدعم الاستباقي ، حدد إعداد التشغيل المحلي.
3. حدد الدعم الاستباقي فقط كإعدادات إضافية. تتطلب هذه الوظيفة اتصالاً بالإنترنت.
4. حدد موقع الاستضافة لبياناتك. يجب أن يكون موقع الاستضافة في منطقتك أو بالقرب منها.
5. قم بتعيين موقع مجلد الإخراج للبيانات الأولية التي يتم تشغيلها حاليًا. حدد اختيار للتنقل وحدد مجلد الإخراج.
6. حدد خانة الاختيار Denature and Dilute On Board لإلغاء طبيعة المكتبة الموجودة على الجهاز وتخفيفها تلقائيًا.
7. حدد خانة الاختيار Purge Reagent Cartridge لتنظيف الكواشف غير المستخدمة تلقائيًا في حجرة الكواشف المستهلكة في الخرطوشة.
8. حدد خانة الاختيار الاختيار التلقائي لتحديثات البرامج للتحقق تلقائيًا من تحديثات البرامج (اختياري). تتطلب هذه الوظيفة اتصالاً بالإنترنت.
9. حدد حفظ.

قم بإعداد معلمات التشغيل

ملحوظة: تنطبق هذه التعليمات على الإصدار 1.4 من برنامج التحكم NextSeq ™ 1000/2000. قد تختلف بعض الخطوات الموضحة أدناه عند استخدام الإصدار v1.2

1. من قائمة برنامج التحكم ، حدد ابدأ.
2. حدد يدويًا إعداد تشغيل جديد واضغط على إعداد.
3. في صفحة تشغيل الإعداد ، قم بإعداد معلمات التشغيل كما يلي:
   • في حقل اسم التشغيل ، أدخل معرف تجربة فريدًا.
   • في القائمة المنسدلة نوع القراءة ، حدد خيار قراءة واحدة.
   • أدخل عدد الدورات على النحو التالي:
     • اقرأ 1: 24
     • فهرس 1: 0
     • فهرس 2: 0
     • اقرأ 2: 0

ملحوظة: من الأهمية بمكان أن يتم تعيين Read 1 على 24 ، وإلا ستفشل الجولة بأكملها. تجاهل رسائل التحذير عند إدخال عدد الدورات.

• في القائمة المنسدلة Custom Primer Wells ، حدد No.
• في حقل Custom Recipe (اختياري) ، حدد Choose للتنقل وحدد XML للوصفة المخصصة file Olink_NSQ2K_P2_V1. حدد فتح.
• لا تستورد ملف S.ampلو شيت.
• تأكد من صحة موقع مجلد الإخراج. بخلاف ذلك ، حدد اختيار للتنقل وحدد موقع مجلد الإخراج المطلوب.
• في الحقل Denature and Dilute Onboard ، حدد ممكّن من القائمة المنسدلة.
• حدد الإعدادية.

قم بتحميل الخرطوشة المحملة

1. حدد تحميل. يفتح حاجب الجهاز ويتم إخراج الدرج.
2. ضع الخرطوشة المحملة على الدرج مع توجيه الملصق لأعلى وخلية التدفق داخل الجهاز.
3. حدد إغلاق.
4. بمجرد تحميل الخرطوشة بشكل صحيح ، تحقق من معلمات التشغيل وحدد التسلسل. تقوم الأداة بإجراء فحوصات مسبقة التشغيل للأداة والموائع.
   • ملحوظة: أثناء فحص السوائل ، من المتوقع سماع عدة أصوات فرقعة.
5. تأكد من بدء التشغيل بعد اكتمال اختبارات التشغيل المسبق التلقائية (15 دقيقة تقريبًا). وقت تشغيل التسلسل حوالي 10 ساعات و 30 دقيقة.
   • ملحوظة: بالنسبة لأي فشل في فحص التشغيل المسبق ، راجع إرشادات الشركة المصنعة. كن حذرًا حتى لا تصطدم بـ NextSeq ™ 2000 أو تزعجه بطريقة أخرى أثناء تشغيل التسلسل. الجهاز حساس للاهتزازات.
6. نظف منطقة العمل.

مراقبة تقدم التشغيل

يستخدم Olink NGS كقراءات لتحديد كمية التسلسل المعروف لتقدير تركيز بروتين معين في sampليه (نسبة إلى أخرىampليه). يتم تحديد جودة البيانات من كل تشغيل تسلسل Explore بشكل أساسي من خلال معلمات مراقبة الجودة الفريدة لتقنية Olink. وبالتالي ، فإن مقاييس مراقبة الجودة القياسية المستخدمة في NGS التقليدية ، مثل Q-Score ، أقل أهمية.

أخرج الخرطوشة وتخلص منها بعد التشغيل

تحذير: تحتوي هذه المجموعة من الكواشف على مواد كيميائية يحتمل أن تكون خطرة. قم بارتداء معدات الحماية المناسبة وتخلص من الكواشف المستخدمة وفقًا للمعايير المعمول بها. لمزيد من المعلومات ، راجع دليل نظام Illumina NextSeq 1000 و 2000 (المستند رقم 1000000109376).

1. عند اكتمال التشغيل ، حدد إخراج الكارتريدج.
   • ملحوظة: يمكن ترك الخرطوشة المستخدمة بما في ذلك خلية التدفق في مكانها حتى التشغيل التالي ، ولكن ليس أكثر من 3 أيام.
2. قم بإزالة الخرطوشة من الدرج.
3. تخلص من الكواشف وفقًا للمعايير المعمول بها.
4. حدد إغلاق الباب. يتم إعادة تحميل الدرج.
5. حدد الصفحة الرئيسية للعودة إلى الشاشة الرئيسية.
   • ملحوظة: نظرًا لأن الخرطوشة تحتوي على جميع آليات تشغيل النظام ، بالإضافة إلى خزان لتجميع الكواشف المستخدمة ، فلا داعي لغسل الأدوات بعد التشغيل.

تاريخ المراجعة

إصدار	تاريخ	وصف
1.0	2021-12-01	جديد

www.olink.com

للاستخدام البحثي فقط. ليس للاستخدام في إجراءات التشخيص.

يتضمن هذا المنتج ترخيصًا للاستخدام غير التجاري لمنتجات Olink. قد يطلب المستخدمون التجاريون تراخيص إضافية. يرجى الاتصال بـ Olink Proteomics AB للحصول على التفاصيل. لا توجد ضمانات ، صريحة أو ضمنية ، تتجاوز هذا الوصف. شركة Olink Proteomics AB غير مسؤولة عن الأضرار التي تلحق بالممتلكات أو الإصابات الشخصية أو الخسائر الاقتصادية الناجمة عن هذا المنتج. العلامة التجارية التالية مملوكة لشركة Olink Proteomics AB: Olink®. هذا المنتج مغطى بالعديد من براءات الاختراع وطلبات براءات الاختراع المتاحة في https://www.olink.com/patents/.

© حقوق الطبع والنشر 2021 Olink Proteomics AB. جميع العلامات التجارية لأطراف ثالثة هي ملك لأصحابها.

Olink Proteomics، Dag Hammarskjölds väg 52B، SE-752 37 Uppsala، Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

المستندات / الموارد

Olink NextSeq 2000 اكتشف نظام التسلسل [بي دي اف] دليل المستخدم NextSeq 2000 ، اكتشف نظام التسلسل ، NextSeq 2000 استكشف نظام التسلسل

مراجع

• دليل المستخدم