Olink NextSeq 2000 Explore el sistema de seqüenciació
Nota del document
El manual d'usuari d'Olink® Explore, doc núm. 1153, està obsolet i s'ha substituït pels documents següents:
- Olink® Explore Overview Manual d'usuari, doc nr 1187
- Olink® Explore 384 User Manual, doc nr 1188
- Olink® Explore 4 x 384 User Manual, doc nr 1189
- Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
- Olink® Explore 3072 User Manual, doc nr 1191
- Olink® Explore Sequencing amb NextSeq 550 User Manual, doc nr 1192
- Olink® Explore Sequencing amb NextSeq 2000 User Manual, doc nr 1193
- Olink® Explore Sequencing mitjançant NovaSeq 6000 User Manual, doc nr 1194
Introducció
Ús previst
Olink® Explore és una plataforma d'immunoassaig múltiple per al descobriment de biomarcadors de proteïnes humanes. El producte està pensat només per a ús en recerca i no per a procediments de diagnòstic. El treball de laboratori només serà realitzat per personal de laboratori format. El tractament de les dades només el realitzarà personal format. Els resultats estan destinats a ser utilitzats pels investigadors juntament amb altres troballes clíniques o de laboratori.
Sobre aquest manual
Aquest manual d'usuari proporciona les instruccions necessàries per seqüenciar les biblioteques Olink® Explore a Illumina® NextSeq™ 2000. Les instruccions s'han de seguir de manera estricta i explícita. Qualsevol desviació al llarg dels passos del laboratori pot donar lloc a dades deteriorades. Abans d'iniciar el flux de treball del laboratori, consulteu l'Olink® Explore Overview Manual de l'usuari per a una introducció a la plataforma, inclosa informació sobre reactius, equips i documentació necessària, i mésview del flux de treball, així com les directrius del laboratori. Per obtenir instruccions sobre com executar els kits de reactius Olink® Explore, consulteu el manual d'usuari d'Olink® Explore aplicable. Per al processament de dades i l'anàlisi dels resultats de la seqüència d'Olink® Explore, consulteu la Guia d'usuari d'Olink® MyData Cloud. Totes les marques comercials i els drets d'autor continguts en aquest material són propietat d'Olink® Proteomics AB, tret que s'indiqui el contrari.
Suport tècnic
Per obtenir suport tècnic, poseu-vos en contacte amb Olink Proteomics a: support@olink.com.
Instruccions de laboratori
Aquest capítol proporciona instruccions sobre com seqüenciar les biblioteques Olink al NextSeq™ 2000 mitjançant els reactius P1000 NextSeq™ 2000/2 (100 cicles) v3. El protocol utilitzat per a la seqüenciació és una adaptació del flux de treball NGS estàndard Illumina® per a Illumina® NextSeq™ 2000. Abans de procedir a la seqüència, assegureu-vos que s'ha verificat la qualitat de la biblioteca Olink purificada. Consulteu el manual d'usuari d'Olink Explore aplicable per obtenir instruccions sobre el control de qualitat.
Planifica l'execució de la seqüenciació
Es pot seqüenciar una biblioteca Olink per cèl·lula de flux NextSeq™ 2000 P2 i per execució. El nombre de cel·les de flux P2 i d'execucions necessàries per seqüenciar els diferents kits de reactius Olink Explore es descriu a la Taula 1. Si cal més d'una prova, repetiu les instruccions descrites en aquest manual.
Taula 1. Planificació d'execucions de seqüenciació
| Kit de reactius Olink® Explore | Nombre de biblioteques Olink | Nombre de cel·les de flux i curses |
| Kit de reactius Olink® Explore 384 | 1 | 1 |
| Kit de reactius Olink® Explore 4 x 384 | 4 | 4 |
| Kit de reactius Olink® Explore 1536 | 4 | 4 |
| Kit de reactius d'expansió Olink® Explore | 4 | 4 |
| Kit de reactius Olink® Explore 3072 | 8 | 8 |
Instal·leu la recepta personalitzada Olink®
Deseu la recepta personalitzada d'Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 en una carpeta d'instruments adequada.
NOTA: La recepta personalitzada d'Olink només funcionarà amb el kit de reactius NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cicles) v3 i el programari de control NextSeq™ 1000/2000 v1.2 o v1.4.
Preparar reactius de seqüenciació
Durant aquest pas, el cartutx de reactius que conté reactius d'agrupació i seqüenciació es descongela i es prepara la cel·la de flux.
ADVERTIMENT: El cartutx de reactiu conté productes químics potencialment perillosos. Utilitzeu l'equip de protecció adequat i descarteu els reactius utilitzats d'acord amb les normes aplicables. Per obtenir més informació, consulteu la Guia del sistema Illumina NextSeq 1000 i 2000 (document núm. 1000000109376).
Prepareu el cartutx de reactius
La descongelació del cartutx sense obrir es pot fer mitjançant tres mètodes diferents: a temperatura ambient, en un bany maria controlat o a la nevera.
Prepara el banc
- 1 cartutx de reactius NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cicles)
Instruccions
- Descongela el cartutx de reactius tal com es descriu a la Taula 2.
Taula 2. Mètodes de descongelació dels cartutxos de reactius
| Mètode de descongelació | Instruccions |
| A temperatura ambient |
|
| Al bany maria |
|
| A la nevera |
|
NOTA: Els cartutxos descongelats no es poden tornar a congelar i s'han d'emmagatzemar a 4 °C, durant un temps màxim de 72 hores.
Prepareu la cel·la de flux
Prepara el banc
- 1x Cèl·lula de flux NextSeq™ 1000/2000 P2
Instruccions
- Porteu la cel·la de flux refrigerada a temperatura ambient durant 10-15 minuts.
Prepareu la biblioteca Olink® per a la seqüenciació
Durant aquest pas, la biblioteca Olink purificada i controlada de qualitat es dilueix fins a la concentració de càrrega final. Tingueu en compte que la desnaturalització de la biblioteca es realitza automàticament a bord de l'instrument.
Prepara el banc
- Lib Tube, preparat segons el manual d'usuari d'Olink Explore aplicable
- 1x RSB amb Tween 20
- Aigua MilliQ
- 2x tubs de microcentrífuga (1.5 ml)
- Pipeta manual (10, 100 i 1000 μL)
- Filtre les puntes de pipeta
Abans de començar
- Descongela el tub Lib si està congelat.
- Descongela el RSB congelat amb Tween 20 a temperatura ambient durant 10 minuts. Emmagatzemar a +4 °C fins al seu ús.
- Marqueu els dos nous tubs de microcentrífuga d'1.5 ml de la següent manera:
- Marqueu un tub "Dil" (per a la biblioteca diluïda 1:100)
- Marqueu un tub "Seq" (per a la biblioteca llesta per carregar)
Instruccions
- Afegiu 495 μL d'aigua MilliQ al tub Dil.
- Agitar el tub Lib i girar-lo cap avall breument.
- Transferiu manualment 5 μL del tub Lib al tub Dil.
- Agitar el tub Dil i girar-lo cap avall breument.
- Afegiu 20 μL de RBS amb Tween 20 al tub Seq.
- Transferiu manualment 20 μL del tub Dil al tub Seq.
- Agitar el tub Seq i girar-lo cap avall breument.
- Continueu immediatament a 2.5 Carregueu la cel·la de flux i la biblioteca Olink® al cartutx de reactius.
NOTA: Emmagatzemeu els tubs Lib a -20 ° C en cas de possibles repeticions.
Carregueu la cel·la de flux i la biblioteca Olink® al cartutx de reactius
Durant aquest pas, la cel·la de flux i la biblioteca Olink diluïda es carreguen al cartutx de reactius descongelat.
Prepara el banc
- 1 cartutx de reactiu NextSeq™ 1000/2000 P2 descongelat (100 cicles), preparat al pas anterior
- 1x Cèl·lula de flux NextSeq™ 1000/2000 P2, preparada al pas anterior
- Seq Tube (amb biblioteca Olink diluïda a punt per carregar), preparat al pas anterior
- Pipeta manual (100 μL)
- Punta de pipeta (1 ml)
Prepareu el cartutx
- Traieu el cartutx de la bossa de paper de plata.
- Inverteix el cartutx deu vegades per barrejar bé els reactius descongelats.
NOTA: És normal escoltar els components interns tintinejant.
Carregueu la cel·la de flux al cartutx
- Quan estigui llest per carregar la cel·la de flux al cartutx, traieu la cel·la de flux del paquet. Agafeu la cel·la de flux per la pestanya grisa, amb l'etiqueta de la pestanya cap amunt. Utilitzeu guants nous sense pols per evitar contaminar la superfície de vidre de la cel·la de flux.
- Inseriu la cel·la de flux a la ranura de la cel·la de flux a la part davantera del cartutx. Un clic audible indica que la cel·la de flux està col·locada correctament.
- Traieu la pestanya grisa estirant-la.
Carregueu la biblioteca Olink® al cartutx
- Perforeu el dipòsit de la biblioteca amb una punta de pipeta neta d'1 ml.
- Carregueu 20 μL de la biblioteca Olink del tub Seq a la part inferior del dipòsit de la biblioteca.
Realitzeu l'execució de seqüenciació Olink®
Durant aquest pas, el cartutx Buffer amb la cel·la de flux carregada i la biblioteca Olink es carrega al NextSeq™ 2000 i s'inicia l'execució de seqüenciació amb la recepta Olink.
Prepara el banc
- 1 cartutx de reactius NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cicles) carregat amb la cèl·lula de flux NextSeq™ 1000/2000 P2 i la biblioteca Olink diluïda, preparada al pas anterior.
Configura el mode d'execució
- Al menú del programari de control, seleccioneu Configuració.
- A Serveis i suport proactiu de BaseSpace Sequence Hub, seleccioneu Configuració d'execució local.
- Seleccioneu Només assistència proactiva com a paràmetres addicionals. Aquesta funció requereix una connexió a Internet.
- Seleccioneu la ubicació d'allotjament per a les vostres dades. La ubicació d'allotjament hauria d'estar a la vostra regió o a prop d'ella.
- Establiu la ubicació de la carpeta de sortida per a les dades en brut de l'execució actual. Seleccioneu Tria per navegar i seleccioneu la carpeta de sortida.
- Seleccioneu la casella de selecció Desnaturalitzar i diluir a bord per desnaturalitzar i diluir automàticament la biblioteca a bord de l'instrument.
- Seleccioneu la casella de selecció Purge Reagent Cartridge per purgar automàticament els reactius no utilitzats al compartiment de reactius gastats del cartutx.
- Seleccioneu la casella de verificació automàtica d'actualitzacions de programari per comprovar automàticament si hi ha actualitzacions de programari (opcional). Aquesta funció requereix una connexió a Internet.
- Seleccioneu Desa.
Configura els paràmetres d'execució
NOTA: Aquesta instrucció s'aplica a la versió 1.4 del programari de control NextSeq™ 1000/2000. Alguns dels passos descrits a continuació poden ser diferents quan s'utilitza la versió v1.2
- Al menú del programari de control, seleccioneu Inici.
- Seleccioneu Configura manualment la nova execució i premeu Configuració.
- A la pàgina Configuració d'execució, configureu els paràmetres d'execució de la següent manera:
- Al camp Nom de l'execució, introduïu un identificador d'experiment únic.
- A la llista desplegable Tipus de lectura, seleccioneu l'opció de lectura única.
- Introduïu el nombre de cicles de la següent manera:
- Llegir 1: 24
- Índex 1: 0
- Índex 2: 0
- Llegir 2: 0
NOTA: És crucial que Read 1 estigui configurat en 24, en cas contrari, fallarà tota l'execució. Ignoreu els missatges d'advertència en introduir el nombre de cicles.
- A la llista desplegable Custom Primer Wells, seleccioneu No.
- Al camp Recepta personalitzada (opcional), seleccioneu Tria per navegar i seleccioneu l'XML de la recepta personalitzada file Olink_NSQ2K_P2_V1. Seleccioneu Obre.
- No importeu un Sample Full.
- Assegureu-vos que la ubicació de la carpeta de sortida sigui correcta. En cas contrari, seleccioneu Tria per navegar i seleccioneu la ubicació de la carpeta de sortida desitjada.
- Al camp Desnaturalitzar i diluir a bord, seleccioneu Activat a la llista desplegable.
- Seleccioneu Prep.
Carregueu el cartutx carregat
- Seleccioneu Carrega. La visera de l'instrument s'obre i la safata s'expulsa.
- Col·loqueu el cartutx carregat a la safata amb l'etiqueta cap amunt i la cel·la de flux dins de l'instrument.
- Seleccioneu Tanca.
- Un cop el cartutx estigui ben carregat, verifiqueu els paràmetres d'execució i seleccioneu Seqüència. L'instrument realitza comprovacions prèvies a l'instrument i als fluids.
- NOTA: Durant la comprovació de fluids, s'espera que s'escoltin diversos sons.
- Assegureu-vos que l'execució s'iniciï un cop s'hagin completat les comprovacions automàtiques prèvies (~15 minuts). El temps d'execució de la seqüenciació és d'aproximadament 10h30 min.
- NOTA: Per a qualsevol error de comprovació prèvia a l'execució, consulteu les instruccions del fabricant. Aneu amb compte de no topar o molestar el NextSeq™ 2000 durant l'execució de la seqüenciació. L'instrument és sensible a les vibracions.
- Netegeu la zona de treball.
Supervisar el progrés de l'execució
Olink utilitza NGS com a lectura per quantificar la quantitat d'una seqüència coneguda per estimar la concentració d'una proteïna determinada en samples (en relació amb altres samples). La qualitat de les dades de cada execució de seqüenciació d'Explore està determinada principalment pels paràmetres de control de qualitat exclusius de la tecnologia Olink. Per tant, les mètriques de control de qualitat estàndard que s'utilitzen en NGS convencionals, com ara la puntuació Q, són menys crítiques.
Expulsar i descartar el cartutx després de l'execució
ADVERTIMENT: Aquest conjunt de reactius conté productes químics potencialment perillosos. Utilitzeu l'equip de protecció adequat i descarteu els reactius utilitzats d'acord amb les normes aplicables. Per obtenir més informació, consulteu la Guia del sistema Illumina NextSeq 1000 i 2000 (document núm. 1000000109376).
- Quan s'hagi completat l'execució, seleccioneu Expulsa el cartutx.
- NOTA: El cartutx utilitzat, inclosa la cel·la de flux, es pot deixar al seu lloc fins a la següent tirada, però no més de 3 dies.
- Traieu el cartutx de la safata.
- Eliminar els reactius d'acord amb les normes aplicables.
- Seleccioneu Tanca la porta. La safata es torna a carregar.
- Seleccioneu Inici per tornar a la pantalla d'inici.
- NOTA: Atès que el cartutx conté tots els mecanismes per fer funcionar el sistema, així com un dipòsit per recollir els reactius usats, no és necessari un rentat d'instruments després de l'execució.
Historial de revisions
| Versió | Data | Descripció |
| 1.0 | 2021-12-01 | Nou |
Només per a ús de recerca. No s'utilitza en procediments de diagnòstic.
Aquest producte inclou una llicència per a l'ús no comercial dels productes Olink. Els usuaris comercials poden requerir llicències addicionals. Poseu-vos en contacte amb Olink Proteomics AB per obtenir més informació. No hi ha garanties, expresses o implícites, que s'estengui més enllà d'aquesta descripció. Olink Proteomics AB no es fa responsable dels danys a la propietat, lesions personals o pèrdues econòmiques causades per aquest producte. La següent marca comercial és propietat d'Olink Proteomics AB: Olink®. Aquest producte està cobert per diverses patents i sol·licituds de patent disponibles a https://www.olink.com/patents/.
© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Totes les marques comercials de tercers són propietat dels seus respectius propietaris.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Suècia
1193, v1.0, 2021-12-01
Documents/Recursos
 |
Olink NextSeq 2000 Explore el sistema de seqüenciació [pdfManual d'usuari NextSeq 2000, Explore el sistema de seqüenciació, NextSeq 2000 Explore el sistema de seqüenciació |
