Olink NextSeq 2000 Verken volgordestelsel
Dokument nota
Die Olink® Explore-gebruikershandleiding, dokument nr 1153, is verouderd en is deur die volgende dokumente vervang:
- Olink® Verken oorview Gebruikershandleiding, dokument nr 1187
- Olink® Explore 384 Gebruikershandleiding, dokument nr 1188
- Olink® Explore 4 x 384 gebruikershandleiding, dokument nr 1189
- Olink® Explore 1536 & Expansion Gebruikershandleiding, doc nr 1190
- Olink® Explore 3072 Gebruikershandleiding, dokument nr 1191
- Olink® Verken volgordebepaling deur NextSeq 550 Gebruikershandleiding, doc nr 1192
- Olink® Verken volgordebepaling deur NextSeq 2000 Gebruikershandleiding, doc nr 1193
- Olink® Verken volgordebepaling deur gebruik te maak van NovaSeq 6000 Gebruikershandleiding, dokument nr 1194
Inleiding
Bedoelde gebruik
Olink® Explore is 'n multipleks-immunotoetsplatform vir die ontdekking van menslike proteïenbiomerkers. Die produk is slegs bedoel vir navorsingsgebruik, en nie vir gebruik in diagnostiese prosedures nie. Die laboratoriumwerk sal slegs deur opgeleide laboratoriumpersoneel uitgevoer word. Dataverwerking sal slegs deur opgeleide personeel uitgevoer word. Die resultate is bedoel om deur navorsers gebruik te word in samewerking met ander kliniese of laboratoriumbevindings.
Oor hierdie handleiding
Hierdie gebruikershandleiding verskaf die instruksies wat nodig is om Olink® Explore Libraries op Illumina® NextSeq™ 2000 te volgorde. Die instruksies moet streng en eksplisiet gevolg word. Enige afwykings deur die laboratoriumstappe kan lei tot verswakte data. Raadpleeg die Olink® Explore Over voordat u die laboratoriumwerkvloei beginview Gebruikershandleiding vir 'n inleiding tot die platform, insluitend inligting oor reagense, toerusting en dokumentasie wat benodig word, 'n oorview van die werkvloei, sowel as laboratoriumriglyne. Vir instruksies oor hoe om die Olink® Explore-reagensstelle te laat loop, verwys na die toepaslike Olink® Explore-gebruikershandleiding. Vir dataverwerking en ontleding van die Olink® Explore-volgorderesultate, verwys na die Olink® MyData Cloud-gebruikersgids. Alle handelsmerke en kopiereg vervat in hierdie materiaal is die eiendom van Olink® Proteomics AB, tensy anders vermeld.
Tegniese ondersteuning
Vir tegniese ondersteuning, kontak Olink Proteomics by: support@olink.com.
Laboratorium instruksies
Hierdie hoofstuk verskaf instruksies oor hoe om Olink-biblioteke op NextSeq™ 2000 te volgorde deur gebruik te maak van die NextSeq™ 1000/2000 P2-reagense (100 siklusse) v3. Die protokol wat vir volgordebepaling gebruik word, is 'n aanpassing van die Illumina®-standaard NGS-werkvloei vir Illumina® NextSeq™ 2000. Voordat u met die volgorde voortgaan, maak seker dat die kwaliteit van die gesuiwerde Olink-biblioteek geverifieer is. Verwys na die toepaslike Olink Explore-gebruikershandleiding vir instruksies oor kwaliteitbeheer.
Beplan die opeenvolging
Een Olink-biblioteek kan per NextSeq™ 2000 P2-vloeisel en per lopie gerangskik word. Die aantal P2-vloeiselle en lopies wat nodig is om die verskillende Olink Explore-reagensstelle in volgorde te plaas, word in Tabel 1 beskryf. Indien meer as een lopie benodig word, herhaal die instruksies wat in hierdie handleiding beskryf word.
Tabel 1. Volgorde-loopbeplanning
| Olink® Explore Reagent Kit | Aantal Olink-biblioteke | Aantal vloeisel(s) en lopie(s) |
| Olink® Explore 384 Reagenset | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 Reagenset | 4 | 4 |
| Olink® Explore 1536 Reagenset | 4 | 4 |
| Olink® Explore Expansion Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Explore 3072 Reagenset | 8 | 8 |
Installeer Olink® pasgemaakte resep
Stoor die Olink-pasgemaakte resep xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 in 'n toepaslike instrumentlêergids.
LET WEL: Die Olink pasgemaakte resep sal net werk met die NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3-stel en die NextSeq™ 1000/2000 beheersagteware v1.2 of v1.4.
Berei volgordebepalingsreagense voor
Tydens hierdie stap word die reagenspatroon wat groeperings- en volgordebepalingsreagense bevat, ontdooi en die vloeisel word voorberei.
WAARSKUWING: Die reagenspatroon bevat potensieel gevaarlike chemikalieë. Dra voldoende beskermende toerusting en gooi gebruikte reagense weg in ooreenstemming met toepaslike standaarde. Vir meer inligting, verwys na die Illumina NextSeq 1000 en 2000 System Guide (dokument #1000000109376).
Berei reagenspatroon voor
Die ontdooiing van die onoopgemaakte patroon kan met drie verskillende metodes gedoen word: by kamertemperatuur, in 'n beheerde waterbad of in die yskas.
Berei bank voor
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2-reagenspatroon (100 siklusse)
Instruksies
- Ontdooi die reagenspatroon soos beskryf in Tabel 2.
Tabel 2. Ontdooiingsmetodes vir reagenspatroon
| Ontdooi metode | Instruksies |
| By kamertemperatuur |
|
| In 'n waterbad |
|
| In die yskas |
|
LET WEL: Ontdooide patrone kan nie weer gevries word nie en moet by 4 °C gestoor word, vir 'n maksimum tyd van 72 uur.
Berei vloeisel voor
Berei bank voor
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2-vloeisel
Instruksies
- Bring die verkoelde vloeisel vir 10-15 minute tot kamertemperatuur.
Berei Olink®-biblioteek voor vir volgordebepaling
Tydens hierdie stap word die gesuiwerde en kwaliteitbeheerde Olink-biblioteek tot die finale laaikonsentrasie verdun. Let daarop dat biblioteekdenaturering outomaties aan boord van die instrument uitgevoer word.
Berei bank voor
- Lib Tube, voorberei volgens die toepaslike Olink Explore-gebruikershandleiding
- 1x RSB met Tween 20
- MilliQ water
- 2x mikrosentrifugeerbuise (1.5 ml)
- Handpipet (10, 100 en 1000 μL)
- Filter pipetpunte
Voordat jy begin
- Ontdooi die Lib Tube as dit gevries is.
- Ontdooi die bevrore RSB met Tween 20 by kamertemperatuur vir 10 minute. Berg by +4 °C tot gebruik.
- Merk die twee nuwe 1.5 mL mikrosentrifugeerbuise soos volg:
- Merk een buis "Dil" (vir die 1:100 verdunde biblioteek)
- Merk een buis "Seq" (vir die gereed om biblioteek te laai)
Instruksies
- Voeg 495 μL MilliQ-water by die Dil-buis.
- Vortex die Lib Tube en draai dit kortliks af.
- Dra handmatig 5 μL van die Lib Tube na die Dil Tube oor.
- Vortex die Dil Tube en draai dit kortliks af.
- Voeg 20 μL RBS met Tween 20 by die Seq Tube.
- Dra handmatig 20 μL van die Dil-buis oor na die Seq-buis.
- Vortex die Seq Tube en draai dit kortliks af.
- Gaan dadelik voort na 2.5 Laai vloeisel en Olink®-biblioteek in reagenspatroon.
LET WEL: Berg die Lib Tube(s) by -20 °C in die geval van moontlike herhaling(e).
Laai vloeisel en Olink®-biblioteek in reagenspatroon
Tydens hierdie stap word die vloeisel en die verdunde Olink-biblioteek in die ontdooide reagenspatroon gelaai.
Berei bank voor
- 1x ontdooide NextSeq™ 1000/2000 P2-reagenspatroon (100 siklusse), voorberei in vorige stap
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 vloeisel, voorberei in vorige stap
- Seq Tube (met gereed om verdunde Olink-biblioteek te laai), voorberei in vorige stap
- Handpipet (100 μL)
- Pipetpunt (1 ml)
Berei die patroon voor
- Verwyder die patroon uit die silwer foelie sak.
- Keer die patroon tien keer om om die ontdooide reagense deeglik te meng.
LET WEL: Dit is normaal om interne komponente te hoor klingel.
Laai die vloeisel in die patroon
- Wanneer gereed is om die vloeisel in die patroon te laai, verwyder die vloeisel uit die verpakking. Hou die vloeisel by die grys oortjie vas, met die etiket op die oortjie na bo. Gebruik nuwe poeiervrye handskoene om te verhoed dat die glasoppervlak van die vloeisel besoedel word.
- Plaas die vloeisel in die vloeiselgleuf aan die voorkant van die patroon. 'n Hoorbare klik dui aan dat die vloeisel korrek geplaas is.
- Verwyder die grys oortjie deur dit uit te trek.
Laai die Olink®-biblioteek in die patroon
- Boor die Biblioteekreservoir met 'n skoon 1 ml pipetpunt.
- Laai 20 μL van die Olink-biblioteek vanaf die Seq-buis in die onderkant van die biblioteekreservoir.
Voer Olink®-volgordelopie uit
Tydens hierdie stap word die bufferpatroon met die gelaaide vloeisel en Olink-biblioteek in die NextSeq™ 2000 gelaai, en die opeenvolgingslopie word begin deur die Olink-resep te gebruik.
Berei bank voor
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2-reagenspatroon (100 siklusse) gelaai met die NextSeq™ 1000/2000 P2-vloeisel en die verdunde Olink-biblioteek, voorberei in die vorige stap.
Konfigureer die Run Mode
- Kies Instellings vanaf die beheersagteware-kieslys.
- Onder BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, kies Local Run Setup.
- Kies Slegs proaktiewe ondersteuning as bykomende instellings. Hierdie funksie vereis 'n internetverbinding.
- Kies die gasheerligging vir jou data. Gasheerligging moet in of naby jou streek wees.
- Stel die Uitsetgids-ligging vir die huidige rou data. Kies Kies om te navigeer en kies die uitvoergids.
- Kies die Denatureer en verdun aan boord-merkblokkie om die biblioteek aan boord van die instrument outomaties te denatureer en te verdun.
- Kies die Purge Reagent Cartridge-merkblokkie om ongebruikte reagense outomaties na die verbruikte reagens-kompartement van die patroon te suiwer.
- Kies die Outocheck vir sagteware-opdaterings-merkblokkie om outomaties te kyk vir sagteware-opdaterings (opsioneel). Hierdie funksie vereis 'n internetverbinding.
- Kies Stoor.
Stel hardloopparameters op
LET WEL: Hierdie instruksie is van toepassing op weergawe 1.4 van die NextSeq™ 1000/2000 beheersagteware. Sommige van die stappe wat hieronder beskryf word, kan anders wees wanneer weergawe v1.2 gebruik word
- Kies Begin vanaf die beheersagteware-kieslys.
- Kies Set Up New Run met die hand en druk Setup.
- In die Run Setup-bladsy, stel die hardloopparameters soos volg op:
- Voer 'n unieke eksperiment-ID in die Run Name-veld in.
- Kies die Enkellees-opsie in die Leestipe-aftreklys.
- Voer die aantal siklusse soos volg in:
- Lees 1: 24
- Indeks 1: 0
- Indeks 2: 0
- Lees 2: 0
LET WEL: Dit is van kardinale belang dat Lees 1 op 24 gestel is, anders sal die hele lopie misluk. Ignoreer die waarskuwingsboodskappe wanneer die aantal siklusse ingevoer word.
- In die Custom Primer Wells-aftreklys, kies No.
- In die Pasgemaakte resep (opsioneel) veld, kies Kies om te navigeer en kies die pasgemaakte resep XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Kies Open.
- Moenie 'n S invoer nieampdie Blad.
- Maak seker dat die Output Folder-ligging korrek is. Andersins, kies Kies om te navigeer en kies die verlangde uitsetmap-ligging.
- In die Denatureer en Verdun aan boord-veld, kies Geaktiveer uit die aftreklys.
- Kies Voorbereiding.
Laai die gelaaide patroon
- Kies Laai. Die instrumentvisier maak oop en die skinkbord word uitgewerp.
- Plaas die gelaaide patroon op die skinkbord met die etiket na bo en die vloeisel binne die instrument.
- Kies Sluit.
- Sodra die patroon behoorlik gelaai is, verifieer die hardloopparameters en kies Volgorde. Die instrument voer voorafloopkontroles vir die instrument en die vloeistowwe uit.
- LET WEL: Tydens die vloei-kontrole word daar verwag dat dit verskeie knalgeluide sal hoor.
- Maak seker dat die lopie begin nadat die outomatiese voorlopie-kontroles voltooi is (~15 minute). Die volgorde-looptyd is ongeveer 10h30 min.
- LET WEL: Verwys na die vervaardiger se instruksies vir enige pre-run kontrole mislukkings. Wees versigtig om nie teen die NextSeq™ 2000 te stamp of andersins te versteur tydens die opeenvolgingslopie nie. Die instrument is sensitief vir vibrasies.
- Maak die werkarea skoon.
Monitor Loopvordering
Olink gebruik NGS as uitlees om die hoeveelheid van 'n bekende volgorde te kwantifiseer om die konsentrasie van 'n gegewe proteïen in s te skatamples (in verhouding tot ander aamples). Datakwaliteit van elke Explore-volgordelopie word hoofsaaklik bepaal deur QC-parameters wat uniek is aan Olink-tegnologie. Gevolglik is standaard gehaltebeheermaatstawwe wat in konvensionele NGS gebruik word, soos Q-telling, minder krities.
Gooi die patroon uit en gooi dit na die hardloop weg
WAARSKUWING: Hierdie stel reagense bevat potensieel gevaarlike chemikalieë. Dra voldoende beskermende toerusting en gooi gebruikte reagense weg in ooreenstemming met toepaslike standaarde. Vir meer inligting, verwys na die Illumina NextSeq 1000 en 2000 System Guide (dokument #1000000109376).
- Wanneer die lopie voltooi is, kies Eject Cartridge.
- LET WEL: Die gebruikte patroon met vloeisel kan in plek gelaat word tot die volgende lopie, maar nie meer as 3 dae nie.
- Verwyder die patroon uit die skinkbord.
- Gooi die reagense weg in ooreenstemming met toepaslike standaarde.
- Kies Sluit deur. Die skinkbord word herlaai.
- Kies Tuis om terug te keer na die Tuisskerm.
- LET WEL: Aangesien die patroon al die meganismes bevat om die stelsel te laat loop, sowel as 'n reservoir om gebruikte reagense te versamel, is dit nie nodig vir 'n instrumentwas na die lopie nie.
Hersieningsgeskiedenis
| Weergawe | Datum | Beskrywing |
| 1.0 | 2021-12-01 | Nuut |
Slegs vir navorsingsgebruik. Nie vir gebruik in diagnostiese prosedures nie.
Hierdie produk sluit 'n lisensie vir die nie-kommersiële gebruik van Olink-produkte in. Kommersiële gebruikers mag bykomende lisensies benodig. Kontak asseblief Olink Proteomics AB vir besonderhede. Daar is geen waarborge, uitdruklik of geïmpliseer, wat verder strek as hierdie beskrywing nie. Olink Proteomics AB is nie aanspreeklik vir eiendomskade, persoonlike besering of ekonomiese verlies wat deur hierdie produk veroorsaak word nie. Die volgende handelsmerk word deur Olink Proteomics AB besit: Olink®. Hierdie produk word gedek deur verskeie patente en patentaansoeke beskikbaar by https://www.olink.com/patents/.
© Kopiereg 2021 Olink Proteomics AB. Alle derdeparty-handelsmerke is die eiendom van hul onderskeie eienaars.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Uppsala, Swede
1193, v1.0, 2021-12-01
Dokumente / Hulpbronne
 |
Olink NextSeq 2000 Verken volgordestelsel [pdfGebruikershandleiding NextSeq 2000, Verken volgordestelsel, NextSeq 2000 Verken volgordestelsel |
