Olink NextSeq 2000 Gundua Mfumo wa Kufuatana
Dokezo la hati
Mwongozo wa Mtumiaji wa Olink® Explore, doc nr 1153, umepitwa na wakati, na nafasi yake imechukuliwa na hati zifuatazo:
- Olink® Gundua Zaidiview Mwongozo wa Mtumiaji, hati nr 1187
- Olink® Gundua Mwongozo wa Mtumiaji wa 384, hati nr 1188
- Olink® Gundua Mwongozo wa Mtumiaji wa 4 x 384, hati nr 1189
- Olink® Gundua 1536 & Mwongozo wa Mtumiaji wa Upanuzi, doc nr 1190
- Olink® Gundua Mwongozo wa Mtumiaji wa 3072, hati nr 1191
- Olink® Gundua Mfuatano kwa kutumia Mwongozo wa Mtumiaji wa NextSeq 550, hati nr 1192
- Olink® Gundua Mfuatano kwa kutumia Mwongozo wa Mtumiaji wa NextSeq 2000, hati nr 1193
- Olink® Gundua Mfuatano kwa kutumia Mwongozo wa Mtumiaji wa NovaSeq 6000, hati nr 1194
Utangulizi
Matumizi yaliyokusudiwa
Olink® Gundua ni jukwaa la upimaji kinga maradufu kwa ugunduzi wa alama za kibayolojia za protini za binadamu. Bidhaa imekusudiwa kwa Matumizi ya Utafiti Pekee, na sio kutumika katika taratibu za uchunguzi. Kazi ya maabara itaendeshwa tu na wafanyikazi waliofunzwa wa maabara. Usindikaji wa data utafanywa tu na wafanyikazi waliofunzwa. Matokeo yanakusudiwa kutumiwa na watafiti kwa kushirikiana na matokeo mengine ya kliniki au maabara.
Kuhusu mwongozo huu
Mwongozo huu wa Mtumiaji unatoa maagizo yanayohitajika ili kupanga Olink® Gundua Maktaba kwenye Illumina® NextSeq™ 2000. Maagizo lazima yafuatwe kwa uthabiti na kwa uwazi. Mkengeuko wowote katika hatua zote za maabara unaweza kusababisha data kuharibika. Kabla ya kuanza mtiririko wa kazi wa maabara, wasiliana na Olink® Explore Overview Mwongozo wa Mtumiaji kwa ajili ya utangulizi wa jukwaa, ikiwa ni pamoja na taarifa kuhusu vitendanishi, vifaa na nyaraka zinazohitajikaview ya mtiririko wa kazi, pamoja na miongozo ya maabara. Kwa maagizo kuhusu jinsi ya kutumia Vifaa vya Kuchunguza Vitendanishi vya Olink®, rejelea Mwongozo wa Mtumiaji wa Olink® unaotumika. Kwa usindikaji na uchambuzi wa data ya matokeo ya mfuatano wa Olink® Gundua, rejelea Mwongozo wa Mtumiaji wa Wingu wa Olink® MyData. Alama zote za biashara na hakimiliki zilizo katika nyenzo hii ni mali ya Olink® Proteomics AB, isipokuwa kama itaelezwa vinginevyo.
Usaidizi wa kiufundi
Kwa usaidizi wa kiufundi, wasiliana na Olink Proteomics kwa: support@olink.com.
Maagizo ya maabara
Sura hii inatoa maagizo ya jinsi ya kupanga Maktaba za Olink kwenye NextSeq™ 2000 kwa kutumia NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (Mizunguko 100) v3. Itifaki inayotumika kupanga mpangilio ni urekebishaji wa mtiririko wa kazi wa kawaida wa Illumina® NGS kwa Illumina® NextSeq™ 2000. Kabla ya kuendelea na mpangilio, hakikisha kwamba ubora wa Maktaba ya Olink iliyosafishwa umethibitishwa. Rejelea Mwongozo wa Mtumiaji wa Olink unaotumika kwa maagizo kuhusu udhibiti wa ubora.
Panga kukimbia kwa mpangilio
Maktaba moja ya Olink inaweza kupangwa kwa kila seli ya mtiririko ya NextSeq™ 2000 P2 na kwa kila kukimbia. Idadi ya seli za mtiririko wa P2 na ukimbiaji unaohitajika ili kupanga Vifurushi tofauti vya Olink Explore Reagent imefafanuliwa katika Jedwali la 1. Ikiwa zaidi ya kukimbia moja inahitajika, rudia maagizo yaliyoelezwa katika mwongozo huu.
Jedwali 1. Mpangilio wa mipango ya kukimbia
| Olink® Gundua Regent Kit | Idadi ya Maktaba za Olink | Idadi ya seli za mtiririko na endesha (s) |
| Olink® Gundua 384 Regent Kit | 1 | 1 |
| Olink® Gundua 4 x 384 Regent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Gundua 1536 Regent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Gundua Kitendanishi cha Upanuzi | 4 | 4 |
| Olink® Gundua 3072 Regent Kit | 8 | 8 |
Sakinisha kichocheo maalum cha Olink®
Hifadhi kichocheo maalum cha Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 katika folda ya chombo kinachofaa.
KUMBUKA: Kichocheo maalum cha Olink kitafanya kazi tu na NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (Mizunguko 100) v3 na programu ya udhibiti ya NextSeq™ 1000/2000 v1.2 au v1.4.
Tayarisha vitendanishi vya mpangilio
Wakati wa hatua hii, cartridge ya kitendanishi iliyo na vitendanishi vya kuunganisha na kupanga huyeyuka na seli ya mtiririko inatayarishwa.
ONYO: Cartridge ya reagent ina kemikali zinazoweza kuwa hatari. Vaa vifaa vya kutosha vya kujikinga na utupe vitendanishi vilivyotumika kwa mujibu wa viwango vinavyotumika. Kwa habari zaidi, rejelea Mwongozo wa Mfumo wa Illumina NextSeq 1000 na 2000 (hati #1000000109376).
Kuandaa cartridge ya reagent
Kufuta cartridge isiyofunguliwa inaweza kufanywa kwa kutumia njia tatu tofauti: kwa joto la kawaida, katika umwagaji wa maji uliodhibitiwa, au kwenye jokofu.
Kuandaa benchi
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (mizunguko 100)
Maagizo
- Safisha katriji ya kitendanishi kama ilivyoelezwa katika Jedwali 2.
Jedwali 2. Njia za kuyeyusha cartridge ya reagent
| Mbinu ya kuyeyusha | Maagizo |
| Kwa joto la kawaida |
|
| Katika umwagaji wa maji |
|
| Katika jokofu |
|
KUMBUKA: Cartridges zilizoyeyushwa haziwezi kugandishwa tena na lazima zihifadhiwe kwa 4 ° C, kwa muda wa juu wa masaa 72.
Tayarisha seli ya mtiririko
Kuandaa benchi
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell
Maagizo
- Kuleta kiini cha mtiririko wa friji kwa joto la kawaida kwa dakika 10-15.
Tayarisha Maktaba ya Olink® kwa mpangilio
Wakati wa hatua hii, Maktaba ya Olink iliyosafishwa na kudhibitiwa ubora hupunguzwa hadi mkusanyiko wa mwisho wa upakiaji. Kumbuka kuwa uchanganuzi wa Maktaba unafanywa kiotomatiki kwenye chombo.
Kuandaa benchi
- Lib Tube, iliyotayarishwa kulingana na Mwongozo wa Mtumiaji wa Olink Explore husika
- 1x RSB na Kati ya 20
- Maji ya MilliQ
- mirija 2x ya Microcentrifuge (1.5 mL)
- Pipette ya mwongozo (10, 100 na 1000 μL)
- Chuja vidokezo vya pipette
Kabla ya kuanza
- Safisha Lib Tube ikiwa imeganda.
- Kuyeyusha RSB iliyogandishwa na Kati ya 20 kwenye joto la kawaida kwa dakika 10. Hifadhi kwa +4 °C hadi utumike.
- Weka alama kwenye mirija miwili mipya ya mililita 1.5 kama ifuatavyo:
- Weka alama kwenye bomba moja "Dil" (kwa Maktaba iliyochanganywa 1:100)
- Weka alama kwenye bomba moja "Seq" (ili kuwa tayari kupakia Maktaba)
Maagizo
- Ongeza 495 μL ya maji ya MilliQ kwenye Dil Tube.
- Vortex Lib Tube na uinamishe chini kwa muda mfupi.
- Hamisha wewe mwenyewe 5 μL kutoka Lib Tube hadi Dil Tube.
- Vuta Tube ya Dil na uizungushe chini kwa muda mfupi.
- Ongeza 20 μL ya RBS na Kati ya 20 kwenye Seq Tube.
- Hamisha wewe mwenyewe 20 μL kutoka kwa Dil Tube hadi Seq Tube.
- Vortex Seq Tube na uizungushe chini kwa muda mfupi.
- Endelea hadi kisanduku 2.5 cha mtiririko wa Pakia na Maktaba ya Olink® kwenye cartridge ya kitendanishi.
KUMBUKA: Hifadhi Lib Tube kwa -20 °C ikiwa kuna uwezekano wa kurudia.
Pakia seli ya mtiririko na Maktaba ya Olink® kwenye cartridge ya kitendanishi
Wakati wa hatua hii, seli ya mtiririko na Maktaba ya Olink iliyopunguzwa hupakiwa kwenye cartridge ya reagent iliyoyeyuka.
Kuandaa benchi
- 1x iliyoyeyushwa ya NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (mizunguko 100), iliyotayarishwa katika hatua ya awali
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, iliyotayarishwa katika hatua ya awali
- Seq Tube (iliyo tayari kupakia Maktaba ya Olink iliyopunguzwa), iliyoandaliwa katika hatua ya awali
- Bomba la mikono (100 μL)
- Kidokezo cha pipette (mL 1)
Kuandaa cartridge
- Ondoa cartridge kutoka kwenye mfuko wa foil ya fedha.
- Geuza cartridge mara kumi ili kuchanganya vizuri vitendanishi vya thawed ndani.
KUMBUKA: Ni kawaida kusikia sehemu za ndani zikipiga.
Pakia kiini cha mtiririko kwenye cartridge
- Wakati tayari kupakia kiini cha mtiririko kwenye cartridge, ondoa kiini cha mtiririko kutoka kwenye mfuko. Shikilia seli ya mtiririko kwa kichupo cha kijivu, na lebo kwenye kichupo ikitazama juu. Tumia glavu mpya zisizo na poda ili kuepusha kuchafua uso wa glasi wa seli ya mtiririko.
- Ingiza kiini cha mtiririko kwenye sehemu ya seli ya mtiririko mbele ya cartridge. Mbofyo unaosikika unaonyesha kuwa seli ya mtiririko imewekwa kwa usahihi.
- Ondoa kichupo cha kijivu kwa kuivuta nje.
Pakia Maktaba ya Olink® kwenye katriji
- Toboa hifadhi ya Maktaba kwa ncha safi ya mililita 1 ya bomba.
- Pakia 20 μL ya Maktaba ya Olink kutoka kwa Seq Tube hadi chini ya hifadhi ya maktaba.
Tekeleza utekelezaji wa mpangilio wa Olink®
Wakati wa hatua hii, katriji ya Buffer iliyo na kisanduku cha mtiririko kilichopakiwa na Maktaba ya Olink hupakiwa kwenye NextSeq™ 2000, na utekelezaji wa mpangilio unaanza kwa kutumia kichocheo cha Olink.
Kuandaa benchi
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (mizunguko 100) iliyopakiwa na NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell na Maktaba ya Olink iliyochanganywa, iliyoandaliwa katika hatua ya awali.
Sanidi Modi ya Kuendesha
- Kutoka kwa menyu ya programu ya kudhibiti, chagua Mipangilio.
- Chini ya Huduma za Kitovu cha Mfuatano wa BaseSpace na Usaidizi Inayotumika, chagua Usanidi wa Uendeshaji wa Ndani.
- Chagua Usaidizi Inayotumika Pekee kama mipangilio ya ziada. Kitendaji hiki kinahitaji muunganisho wa intaneti.
- Chagua Mahali pa Kukaribisha kwa data yako. Eneo la Kupangisha linapaswa kuwa ndani au karibu na eneo lako.
- Weka eneo la Folda ya Pato kwa data ghafi ya sasa. Teua Chagua kuabiri na uchague folda ya towe.
- Teua kisanduku cha kuteua cha Denature na Dilute On Board ili kugeuza kiotomatiki na kupunguza Maktaba iliyo kwenye kifaa.
- Teua kisanduku tiki cha Safisha Katuni ili kuondoa vitendanishi visivyotumika kiotomatiki kwenye sehemu ya vitendanishi vilivyotumika vya katriji.
- Teua kisanduku cha kuteua cha Kukagua Kiotomatiki kwa masasisho ya programu ili kuangalia kiotomatiki masasisho ya programu (si lazima). Kitendaji hiki kinahitaji muunganisho wa intaneti.
- Chagua Hifadhi.
Weka vigezo vya kukimbia
KUMBUKA: Maagizo haya yanatumika kwa toleo la 1.4 la programu ya udhibiti ya NextSeq™ 1000/2000. Baadhi ya hatua zilizoelezwa hapa chini zinaweza kuwa tofauti unapotumia toleo la v1.2
- Kutoka kwa menyu ya programu ya kudhibiti, chagua Anza.
- Chagua mwenyewe Weka Uendeshaji Mpya na ubonyeze Mipangilio.
- Katika ukurasa wa Run Setup, weka vigezo vya kukimbia kama ifuatavyo:
- Katika sehemu ya Run Name, weka kitambulisho cha kipekee cha majaribio.
- Katika orodha kunjuzi ya Aina ya Soma, chagua chaguo la Kusoma Moja.
- Ingiza idadi ya mizunguko kama ifuatavyo:
- Soma 1: 24
- Kielezo cha 1: 0
- Kielezo cha 2: 0
- Soma 2: 0
KUMBUKA: Ni muhimu kwamba Soma 1 imewekwa hadi 24, vinginevyo utendakazi wote utashindwa. Puuza jumbe za onyo unapoingiza idadi ya mizunguko.
- Katika orodha kunjuzi ya Custom Primer Wells, chagua No.
- Katika sehemu ya Kichocheo Maalum (cha hiari), chagua Chagua kuabiri na uchague kichocheo maalum cha XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Chagua Fungua.
- Usiingize Sample Karatasi.
- Hakikisha kuwa eneo la Folda ya Pato ni sahihi. Vinginevyo, chagua Chagua kuabiri na uchague eneo la folda ya towe unayotaka.
- Katika uga wa Ubao wa Denature na Dilute, chagua Imewezeshwa kutoka kwenye orodha kunjuzi.
- Chagua Maandalizi.
Pakia cartridge iliyopakiwa
- Chagua Mzigo. Visor ya chombo hufungua na tray hutolewa.
- Weka cartridge iliyopakiwa kwenye trei na lebo ikitazama juu na seli ya mtiririko ndani ya chombo.
- Chagua Funga.
- Mara baada ya cartridge kupakiwa vizuri, thibitisha vigezo vya kukimbia na uchague Mlolongo. Chombo hufanya ukaguzi wa kabla ya kukimbia kwa chombo na majimaji.
- KUMBUKA: Wakati wa ukaguzi wa majimaji, inatarajiwa kusikia sauti kadhaa zinazojitokeza.
- Hakikisha kwamba kukimbia kunaanza baada ya ukaguzi wa otomatiki wa kukimbia kabla kukamilika (~dakika 15). Muda wa utekelezaji wa mpangilio ni takriban dakika 10h30.
- KUMBUKA: Kwa hitilafu zozote za ukaguzi wa kabla ya kukimbia, rejelea maagizo ya mtengenezaji. Kuwa mwangalifu usigonge au kusumbua NextSeq™ 2000 wakati wa utekelezaji wa mpangilio. Chombo ni nyeti kwa vibrations.
- Safisha eneo la kazi.
Fuatilia Maendeleo ya Mbio
Olink hutumia NGS kama usomaji kukadiria kiwango cha mlolongo unaojulikana ili kukadiria mkusanyiko wa protini fulani katika s.amples (kuhusiana na sampchini). Ubora wa data kutoka kwa kila utekelezaji wa mpangilio wa Chunguza hubainishwa zaidi na vigezo vya QC vilivyo kipekee kwa teknolojia ya Olink. Kwa hivyo, vipimo vya udhibiti wa ubora vinavyotumika katika NGS za kawaida, kama vile alama ya Q, sio muhimu sana.
Ondoa na uondoe cartridge baada ya kukimbia
ONYO: Seti hii ya vitendanishi ina kemikali zinazoweza kuwa hatari. Vaa vifaa vya kutosha vya kujikinga na utupe vitendanishi vilivyotumika kwa mujibu wa viwango vinavyotumika. Kwa habari zaidi, rejelea Mwongozo wa Mfumo wa Illumina NextSeq 1000 na 2000 (hati #1000000109376).
- Uendeshaji ukikamilika, chagua Eject Cartridge.
- KUMBUKA: Cartridge iliyotumiwa ikiwa ni pamoja na seli ya mtiririko inaweza kuachwa mahali hadi kukimbia kwa pili, lakini si zaidi ya siku 3.
- Ondoa cartridge kutoka kwenye tray.
- Tupa vitendanishi kwa mujibu wa viwango vinavyotumika.
- Chagua Funga Mlango. Trei imepakiwa upya.
- Chagua Nyumbani ili kurudi kwenye Skrini ya kwanza.
- KUMBUKA: Kwa kuwa cartridge ina taratibu zote za kuendesha mfumo, pamoja na hifadhi ya kukusanya reagents zilizotumiwa, hakuna haja ya kuosha chombo baada ya kukimbia.
Historia ya marekebisho
| Toleo | Tarehe | Maelezo |
| 1.0 | 2021-12-01 | Mpya |
Kwa Matumizi ya Utafiti Pekee. Haitumiki katika Taratibu za Uchunguzi.
Bidhaa hii inajumuisha leseni ya matumizi yasiyo ya kibiashara ya bidhaa za Olink. Watumiaji wa kibiashara wanaweza kuhitaji leseni za ziada. Tafadhali wasiliana na Olink Proteomics AB kwa maelezo. Hakuna dhamana, zilizoonyeshwa au kudokezwa, ambazo zinaenea zaidi ya maelezo haya. Olink Proteomics AB haiwajibikiwi kwa uharibifu wa mali, majeraha ya kibinafsi au hasara ya kiuchumi inayosababishwa na bidhaa hii. Alama ya biashara ifuatayo inamilikiwa na Olink Proteomics AB: Olink®. Bidhaa hii inafunikwa na hataza kadhaa na programu za hataza zinazopatikana https://www.olink.com/patents/.
© Hakimiliki 2021 Olink Proteomics AB. Alama zote za biashara za wahusika wengine ni mali ya wamiliki husika.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Uswidi
1193, v1.0, 2021-12-01
Nyaraka / Rasilimali
 |
Olink NextSeq 2000 Gundua Mfumo wa Kufuatana [pdf] Mwongozo wa Mtumiaji NextSeq 2000, Gundua Mfumo wa Kufuatana, NextSeq 2000 Gundua Mfumo wa Kufuatana |
