Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Құжат жазбасы

Olink® Explore пайдаланушы нұсқаулығы, doc nr 1153 ескірген және келесі құжаттармен ауыстырылған:

• Olink® Explore Overview Пайдаланушы нұсқаулығы, құжат № 1187
• Olink® Explore 384 пайдаланушы нұсқаулығы, № 1188 құжат
• Olink® Explore 4 x 384 пайдаланушы нұсқаулығы, № 1189 құжат
• Olink® Explore 1536 және кеңейту пайдаланушы нұсқаулығы, құжат № 1190
• Olink® Explore 3072 пайдаланушы нұсқаулығы, № 1191 құжат
• NextSeq 550 пайдаланушы нұсқаулығы арқылы Olink® Explore Sequencing, doc nr 1192
• NextSeq 2000 пайдаланушы нұсқаулығы арқылы Olink® Explore Sequencing, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing NovaSeq 6000 пайдаланушы нұсқаулығы, құжат № 1194

Кіріспе

Мақсатты пайдалану

Olink® Explore – адам ақуызының биомаркерін ашуға арналған мультиплексті иммундық талдау платформасы. Өнім диагностикалық процедураларда қолдануға емес, тек зерттеуге арналған. Зертханалық жұмысты тек оқытылған зертхана қызметкерлері жүргізеді. Деректерді өңдеуді тек оқытылған қызметкерлер ғана орындауы керек. Нәтижелерді зерттеушілер басқа клиникалық немесе зертханалық нәтижелермен бірге пайдалануға арналған.

Осы нұсқаулық туралы

Бұл пайдаланушы нұсқаулығы Illumina® NextSeq™ 2000 жүйесінде Olink® Explore Libraries реттілігі үшін қажетті нұсқауларды береді. Нұсқауларды қатаң және анық орындау керек. Зертханалық қадамдардағы кез келген ауытқу деректердің бұзылуына әкелуі мүмкін. Зертханалық жұмыс процесін бастамас бұрын Olink® Explore Over бағдарламасымен кеңесіңізview Реагенттер, жабдық және қажетті құжаттама туралы ақпаратты қамтитын платформаға кіріспеге арналған пайдаланушы нұсқаулығы.view жұмыс процесі, сондай-ақ зертханалық нұсқаулар. Olink® Explore реагент жинақтарын іске қосу туралы нұсқауларды тиісті Olink® Explore пайдаланушы нұсқаулығынан қараңыз. Деректерді өңдеу және Olink® Explore реттілігі нәтижелерін талдау үшін Olink® MyData Cloud пайдаланушы нұсқаулығын қараңыз. Осы материалдағы барлық сауда белгілері мен авторлық құқықтар, егер басқаша көрсетілмесе, Olink® Proteomics AB компаниясының меншігі болып табылады.

Техникалық көмек

Техникалық қолдау алу үшін Olink Proteomics компаниясына хабарласыңыз: support@link.com.

Зертханалық нұсқаулар

Бұл тарауда NextSeq™ 2000/1000 P2000 реагенттері (2 цикл) v100 көмегімен NextSeq™ 3 жүйесінде Olink кітапханаларын ретке келтіру туралы нұсқаулар берілген. Реттеу үшін пайдаланылатын протокол Illumina® NextSeq™ 2000 үшін Illumina® стандартты NGS жұмыс үрдісінің бейімделуі болып табылады. Тізбектілікке кіріспес бұрын, тазартылған Olink кітапханасының сапасы тексерілгеніне көз жеткізіңіз. Сапаны бақылау туралы нұсқауларды тиісті Olink Explore пайдаланушы нұсқаулығынан қараңыз.

Тізбектелген жүгірісті жоспарлаңыз

Бір Olink кітапханасын NextSeq™ 2000 P2 ағыны ұяшығына және бір іске қосуға ретке келтіруге болады. Әртүрлі Olink Explore реагент жинақтарын реттілікке келтіру үшін қажет P2 ағынының ұяшықтары мен жүгірістерінің саны 1-кестеде сипатталған. Егер бірнеше іске қосу қажет болса, осы нұсқаулықта сипатталған нұсқауларды қайталаңыз.

Кесте 1. Орындауды жоспарлауды реттілік

Olink® Explore реагент жинағы	Olink кітапханаларының саны	Ағын ұяшықтары мен жүгіру(лер) саны
Olink® Explore 384 реагент жинағы	1	1
Olink® Explore 4 x 384 реагент жинағы	4	4
Olink® Explore 1536 реагент жинағы	4	4
Olink® Explore кеңейту реагент жинағы	4	4
Olink® Explore 3072 реагент жинағы	8	8

Olink® арнаулы рецептін орнатыңыз

Olink пайдаланушы рецептін сақтаңыз xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 сәйкес құрал қалтасында.

ЕСКЕРТУ: Olink реттелетін рецепті тек NextSeq™ 1000/2000 P2 реагенттері (100 цикл) v3 жинағымен және NextSeq™ 1000/2000 басқару бағдарламалық құралының v1.2 немесе v1.4 құрылғысымен ғана жұмыс істейді.

Секвенирлеу реагенттерін дайындаңыз

Бұл қадамда кластерлеу және реттілік реагенттері бар реагент картриджі ерітіліп, ағын ұяшығы дайындалады.

ЕСКЕРТУ: Реагент картриджінде ықтимал қауіпті химиялық заттар бар. Сәйкес қорғаныс құралдарын киіңіз және қолданылған реагенттерді қолданыстағы стандарттарға сәйкес тастаңыз. Қосымша ақпаратты Illumina NextSeq 1000 және 2000 жүйелік нұсқаулығынан қараңыз (құжат №1000000109376).

Реагент картриджін дайындаңыз

Ашылмаған картриджді еріту үш түрлі әдісті қолдану арқылы жүзеге асырылады: бөлме температурасында, бақыланатын су моншасында немесе тоңазытқышта.

Орындық дайындаңыз

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 реагент картриджі (100 цикл)

Нұсқаулар

1. Реагент картриджін 2-кестеде сипатталғандай ерітіңіз.

Кесте 2. Реагент картридждерін еріту әдістері

Еріту әдісі	Нұсқаулар
Бөлме температурасында	Күміс фольга пакетін ашпай, мұздатылған реагент картриджін орындыққа қойып, оны бөлме температурасында 9 сағат бойы ерітіңіз. 16 сағаттан аспаңыз. Сөмке жапсырмасы жоғары қаратылғанын және ауаның картридждің айналасында айналуын қамтамасыз етіңіз.
Су моншасында	Күміс фольга қапшығын ашпай, мұздатылған реагент картриджін жартылай суға батырылған күйде бақыланатын 25 °C су моншасына салып, оны 6 сағат бойы ерітуге қалдырыңыз. 8 сағаттан аспаңыз. Сөмке жапсырмасы жоғары қарағанына және еріту кезінде картридждің төңкерілмейтініне көз жеткізіңіз. Картриджді қағаз сүлгімен жақсылап құрғатыңыз.
Тоңазытқышта	Күміс фольга пакетін ашпай, картриджді орындыққа қойып, оны бөлме температурасында 6 сағат бойы ерітіңіз. Сөмке жапсырмасы жоғары қаратылғанын және ауаның картридждің айналасында айналуын қамтамасыз етіңіз. Картриджді тоңазытқышта 12 сағат бойы ерітуді аяқтаңыз. 72 сағаттан аспаңыз. Жүгіру алдында тоңазытқыштан еріген, ашылмаған картриджді алып тастаңыз және оны кем дегенде 15 минут, бірақ 1 сағаттан аспайтын уақыт ішінде бөлме температурасына дейін жеткізіңіз.

ЕСКЕРТУ: Ерітілген картридждерді қайта мұздату мүмкін емес және оларды 4 °C температурада, ең көбі 72 сағат бойы сақтау керек.

Ағын ұяшығын дайындаңыз

Орындық дайындаңыз

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Нұсқаулар

1. Тоңазытылған ағын ұяшығын бөлме температурасына 10-15 минутқа жеткізіңіз.

Olink® кітапханасын реттілікке дайындаңыз

Бұл қадам барысында тазартылған және сапасы бақыланатын Olink кітапханасы соңғы жүктеу концентрациясына дейін сұйылтылады. Кітапхананың денатурациясы құралдың бортында автоматты түрде орындалатынын ескеріңіз.

Орындық дайындаңыз

• Қолданыстағы Olink Explore пайдаланушы нұсқаулығына сәйкес дайындалған Lib Tube
• Tween 1 бар 20x RSB
• MilliQ су
• 2x микроцентрифуга түтіктері (1.5 мл)
• Қол тамшуыр (10, 100 және 1000 мкл)
• Сүзгі тамшуырының ұштары

Бастамас бұрын

• Мұздатылған болса, Lib түтігін ерітіңіз.
• Мұздатылған RSB Tween 20 қосылған бөлме температурасында 10 минут бойы ерітіңіз. Қолданғанға дейін +4 °C температурада сақтаңыз.
• Екі жаңа 1.5 мл микроцентрифуга түтігін келесідей белгілеңіз:
  • Бір түтікті «Dil» деп белгілеңіз (1:100 сұйылтылған кітапхана үшін)
  • Бір түтікті «Seq» деп белгілеңіз (кітапхананы жүктеуге дайын болу үшін)

Нұсқаулар

1. Dil түтігіне 495 мкл MilliQ су қосыңыз.
2. Либ түтігін құйып, оны қысқаша айналдырыңыз.
3. Lib түтігінен Dil түтігіне 5 мкл қолмен тасымалдаңыз.
4. Dil түтігін шайқаңыз және оны қысқаша айналдырыңыз.
5. Seq Tube ішіне Tween 20 бар 20 мкл RBS қосыңыз.
6. Dil түтігінен Seq түтігіне 20 мкл қолмен тасымалдаңыз.
7. Seq Tube-ді шайқаңыз және оны қысқаша айналдырыңыз.
8. Бірден 2.5 Ағын ұяшығы мен Olink® кітапханасын реагент картриджіне жүктеңіз.

ЕСКЕРТУ: Либ түтіктерін/түтіктерін ықтимал қайта іске қосу жағдайында -20 °C температурада сақтаңыз.

Ағын ұяшығы мен Olink® кітапханасын реагент картриджіне салыңыз

Бұл қадам барысында ағын ұяшығы және сұйылтылған Olink кітапханасы еріген реагент картриджіне жүктеледі.

Орындық дайындаңыз

• 1x ерітілген NextSeq™ 1000/2000 P2 реагент картриджі (100 цикл), алдыңғы қадамда дайындалған
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ағындық ұяшық, алдыңғы қадамда дайындалған
• Алдыңғы қадамда дайындалған Seq Tube (сұйылтылған Olink кітапханасын жүктеуге дайын).
• Қол тамшуыр (100 мкл)
• Тамшуыр ұшы (1 мл)

Картриджді дайындаңыз

1. Күміс фольгадан жасалған қапшықтан картриджді алыңыз.
2. Ішіндегі еріген реагенттерді мұқият араластыру үшін картриджді он рет төңкеріңіз.

ЕСКЕРТУ: Ішкі компоненттердің шырылдағанын есту қалыпты жағдай.

Ағын ұяшығын картриджге салыңыз

1. Ағын ұяшығын картриджге салуға дайын болғанда, ағын ұяшығын қаптамадан шығарыңыз. Ағын ұяшығын қойындысындағы жапсырманы жоғары қаратып, сұр тілшеден ұстаңыз. Ағын ұяшығының шыны бетін ластамау үшін жаңа ұнтақсыз қолғаптарды пайдаланыңыз.
2. Ағын ұяшығын картридждің алдыңғы жағындағы ағын ұяшығы ұясына салыңыз. Дыбыстық шерту ағын ұяшығының дұрыс орналастырылғанын көрсетеді.
3. Сұр құлақшаны тартып шығарып алыңыз.

Olink® кітапханасын картриджге салыңыз

1. Кітапхана резервуарын таза 1 мл тамшуыр ұшымен тесіңіз.
2. Seq Tube ішінен 20 мкл Olink кітапханасын кітапхана резервуарының түбіне салыңыз.

Olink® секвенирлеуді іске қосыңыз

Бұл қадам барысында жүктелген ағын ұяшығы және Olink кітапханасы бар буфер картриджі NextSeq™ 2000 жүйесіне жүктеледі және Olink рецепті арқылы реттілік іске қосылады.

Орындық дайындаңыз

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 реагент картриджі (100 цикл) NextSeq™ 1000/2000 P2 ағын ұяшығымен және алдыңғы қадамда дайындалған сұйылтылған Olink кітапханасымен жүктелген.

Іске қосу режимін конфигурациялаңыз

1. Басқару бағдарламалық құралы мәзірінен Параметрлер тармағын таңдаңыз.
2. BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support астында Жергілікті іске қосуды орнату параметрін таңдаңыз.
3. Қосымша параметрлер ретінде Тек проактивті қолдауды таңдаңыз. Бұл функция интернет байланысын қажет етеді.
4. Деректеріңіз үшін хостинг орнын таңдаңыз. Хостинг орны сіздің аймағыңызда немесе оған жақын болуы керек.
5. Ағымдағы іске қосылған бастапқы деректер үшін Шығыс қалтасының орнын орнатыңыз. Шарлау үшін Таңдауды таңдаңыз және шығыс қалтаны таңдаңыз.
6. Құрал бортындағы Кітапхананы автоматты түрде денатурациялау және сұйылту үшін Денатура және Бортта сұйылту құсбелгісін қойыңыз.
7. Пайдаланылмаған реагенттерді картридждің пайдаланылған реагенттер бөліміне автоматты түрде тазалау үшін «Реагент картриджін тазалау» құсбелгісін қойыңыз.
8. Бағдарламалық құрал жаңартуларын автоматты түрде тексеру үшін (қосымша) бағдарламалық құрал жаңартуларын автоматты тексеру құсбелгісін қойыңыз. Бұл функция интернет байланысын қажет етеді.
9. Сақтау опциясын таңдаңыз.

Іске қосу параметрлерін орнатыңыз

ЕСКЕРТУ: Бұл нұсқаулық NextSeq™ 1.4/1000 басқару бағдарламалық құралының 2000 нұсқасына қолданылады. Төменде сипатталған кейбір қадамдар v1.2 нұсқасын пайдаланған кезде басқаша болуы мүмкін

1. Басқару бағдарламалық құралы мәзірінен Бастау тармағын таңдаңыз.
2. Жаңа іске қосуды қолмен орнату опциясын таңдап, Орнату түймесін басыңыз.
3. Run Setup бетінде іске қосу параметрлерін келесідей орнатыңыз:
   • Іске қосу аты өрісіне бірегей эксперимент идентификаторын енгізіңіз.
   • Оқу түрі ашылмалы тізімінде Бір рет оқу опциясын таңдаңыз.
   • Цикл санын келесідей енгізіңіз:
     • 1 оқыңыз: 24
     • Индекс 1: 0
     • Индекс 2: 0
     • 2 оқыңыз: 0

ЕСКЕРТУ: 1-оқу 24-ке орнатылғаны өте маңызды, әйтпесе бүкіл орындау сәтсіз болады. Цикл санын енгізген кезде ескерту хабарларын елемеңіз.

• Теңшелетін праймер ұңғымалары ашылмалы тізімінде Жоқ параметрін таңдаңыз.
• Пайдаланушы рецепті (қосымша) өрісінде шарлау үшін Таңдауды таңдаңыз және реттелетін рецепт XML таңдаңыз file Olink_NSQ2K_P2_V1. Ашу опциясын таңдаңыз.
• S импорттамаңызample Парақ.
• Шығыс қалтасының орны дұрыс екеніне көз жеткізіңіз. Әйтпесе, шарлау үшін Таңдауды таңдаңыз және қажетті шығыс қалтасының орнын таңдаңыз.
• Борттық денатура және сұйылту өрісінде ашылмалы тізімнен Қосылған параметрін таңдаңыз.
• Дайындық опциясын таңдаңыз.

Жүктелген картриджді салыңыз

1. Жүктеу опциясын таңдаңыз. Құрал қалқаны ашылып, науа шығарылады.
2. Жүктелген картриджді науаға жапсырмасын жоғары қаратып, ағын ұяшығын құралдың ішіне қойыңыз.
3. Жабу опциясын таңдаңыз.
4. Картридж дұрыс жүктелгеннен кейін, іске қосу параметрлерін тексеріп, Sequence таңдаңыз. Құрал құралды және сұйықтықтарды алдын ала тексеруді жүзеге асырады.
   • ЕСКЕРТУ: Сұйықтықты тексеру кезінде бірнеше дыбыстар естіледі деп күтілуде.
5. Орындаудың автоматты алдын ала тексерулер аяқталғаннан кейін басталатынына көз жеткізіңіз (~15 минут). Тізбектелген орындалу уақыты шамамен 10 сағат 30 минутты құрайды.
   • ЕСКЕРТУ: Кез келген алдын ала тексеру ақаулары үшін өндірушінің нұсқауларын қараңыз. Тізбектеуді іске қосу кезінде NextSeq™ 2000 құрылғысына соғылып қалмау немесе оны басқа жолмен бұзбау үшін сақ болыңыз. Құрал дірілге сезімтал.
6. Жұмыс аймағын тазалаңыз.

Орындалу барысын бақылау

Олинк берілген белоктың s-дегі концентрациясын бағалау үшін белгілі тізбектің мөлшерін анықтау үшін NGS-ті оқу құралы ретінде пайдаланады.amples (басқа s қатыстыamples). Әрбір Explore секвенирлеуінің деректер сапасы негізінен Olink технологиясына тән QC параметрлерімен анықталады. Демек, Q-балы сияқты кәдімгі NGS-де қолданылатын стандартты сапаны бақылау өлшемдері маңызды емес.

Жұмыс аяқталғаннан кейін картриджді шығарып, тастаңыз

ЕСКЕРТУ: Бұл реагенттер жинағында ықтимал қауіпті химиялық заттар бар. Сәйкес қорғаныс құралдарын киіңіз және қолданылған реагенттерді қолданыстағы стандарттарға сәйкес тастаңыз. Қосымша ақпаратты Illumina NextSeq 1000 және 2000 жүйелік нұсқаулығынан қараңыз (құжат №1000000109376).

1. Орындау аяқталғанда, Картриджді шығару опциясын таңдаңыз.
   • ЕСКЕРТУ: Пайдаланылған картриджді, соның ішінде ағын ұяшығын келесі іске дейін орнында қалдыруға болады, бірақ 3 күннен аспауы керек.
2. Картриджді науадан шығарыңыз.
3. Реагенттерді қолданыстағы стандарттарға сәйкес тастаңыз.
4. Есікті жабу опциясын таңдаңыз. Науа қайта жүктелді.
5. Негізгі экранға оралу үшін Басты опциясын таңдаңыз.
   • ЕСКЕРТУ: Картриджде жүйені іске қосу үшін барлық механизмдер, сондай-ақ пайдаланылған реагенттерді жинауға арналған резервуар бар болғандықтан, жұмыстан кейін құралды жуудың қажеті жоқ.

Қайта қарау тарихы

Нұсқа	Күн	Сипаттама
1.0	2021-12-01	Жаңа

www.link.com

Тек зерттеуге арналған. Диагностикалық процедураларда қолдануға арналмаған.

Бұл өнім Olink өнімдерін коммерциялық емес пайдалануға лицензияны қамтиды. Коммерциялық пайдаланушылар қосымша лицензияларды талап етуі мүмкін. Толық ақпарат алу үшін Olink Proteomics AB компаниясына хабарласыңыз. Осы сипаттамадан тыс айқын немесе жанама кепілдіктер жоқ. Olink Proteomics AB компаниясы осы өнімнен туындаған мүліктік зақым, жеке жарақат немесе экономикалық шығын үшін жауапты емес. Келесі сауда белгісі Olink Proteomics AB компаниясына тиесілі: Olink®. Бұл өнім бірнеше патенттер мен патенттік өтінімдермен қамтылған https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Барлық үшінші тарап сауда белгілері олардың тиісті иелерінің меншігі болып табылады.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Швеция

1193, v1.0, 2021-12-01

Құжаттар / Ресурстар

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] Пайдаланушы нұсқаулығы NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Анықтамалар

• Пайдаланушы нұсқаулығы