Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System
დოკუმენტის შენიშვნა
Olink® Explore მომხმარებლის სახელმძღვანელო, doc nr 1153, მოძველებულია და შეიცვალა შემდეგი დოკუმენტებით:
- Olink® Explore Overview მომხმარებლის სახელმძღვანელო, doc nr 1187
- Olink® Explore 384 მომხმარებლის სახელმძღვანელო, doc nr 1188
- Olink® Explore 4 x 384 მომხმარებლის სახელმძღვანელო, doc nr 1189
- Olink® Explore 1536 & Expansion მომხმარებლის სახელმძღვანელო, doc nr 1190
- Olink® Explore 3072 მომხმარებლის სახელმძღვანელო, doc nr 1191
- Olink® გამოიკვლიეთ თანმიმდევრობა NextSeq 550 მომხმარებლის სახელმძღვანელოს გამოყენებით, doc nr 1192
- Olink® გამოიკვლიეთ თანმიმდევრობა NextSeq 2000 მომხმარებლის სახელმძღვანელოს გამოყენებით, doc nr 1193
- Olink® გამოიკვლიეთ თანმიმდევრობა NovaSeq 6000 მომხმარებლის ინსტრუქციით, doc nr 1194
შესავალი
გამიზნული გამოყენება
Olink® Explore არის მულტიპლექსური იმუნოანალიზის პლატფორმა ადამიანის ცილის ბიომარკერების აღმოჩენისთვის. პროდუქტი განკუთვნილია მხოლოდ კვლევითი გამოყენებისთვის და არა სადიაგნოსტიკო პროცედურებში გამოსაყენებლად. ლაბორატორიული სამუშაოები უნდა ჩატარდეს მხოლოდ გაწვრთნილი ლაბორატორიის პერსონალის მიერ. მონაცემთა დამუშავება უნდა განხორციელდეს მხოლოდ გაწვრთნილი პერსონალის მიერ. შედეგები განკუთვნილია მკვლევარების მიერ სხვა კლინიკურ ან ლაბორატორიულ დასკვნებთან ერთად გამოსაყენებლად.
ამ სახელმძღვანელოს შესახებ
ეს მომხმარებლის სახელმძღვანელო შეიცავს ინსტრუქციებს, რომლებიც საჭიროა Olink® Explore ბიბლიოთეკების თანმიმდევრობისთვის Illumina® NextSeq™ 2000-ზე. ინსტრუქციები მკაცრად და ნათლად უნდა იქნას დაცული. ნებისმიერი გადახრები ლაბორატორიულ საფეხურებზე შეიძლება გამოიწვიოს მონაცემების გაუარესება. ლაბორატორიული სამუშაო პროცესის დაწყებამდე გაიარეთ კონსულტაცია Olink® Explore Over-თანview მომხმარებლის სახელმძღვანელო პლატფორმის შესავალი, მათ შორის ინფორმაცია რეაგენტების, აღჭურვილობისა და საჭირო დოკუმენტაციის შესახებ,view სამუშაო პროცესზე, ისევე როგორც ლაბორატორიულ გაიდლაინებს. ინსტრუქციებისთვის, თუ როგორ უნდა გამოიყენოთ Olink® Explore Reagent Kits, იხილეთ მოქმედი Olink® Explore მომხმარებლის სახელმძღვანელო. Olink® Explore თანმიმდევრობის შედეგების მონაცემთა დამუშავებისა და ანალიზისთვის იხილეთ Olink® MyData Cloud მომხმარებლის სახელმძღვანელო. ყველა სავაჭრო ნიშანი და საავტორო უფლება, რომელიც შეიცავს ამ მასალას, არის Olink® Proteomics AB-ის საკუთრება, თუ სხვა რამ არ არის მითითებული.
ტექნიკური მხარდაჭერა
ტექნიკური მხარდაჭერისთვის დაუკავშირდით Olink Proteomics-ს მისამართზე: support@olink.com.
ლაბორატორიული ინსტრუქციები
ამ თავში მოცემულია ინსტრუქციები იმის შესახებ, თუ როგორ უნდა დაალაგოთ Olink ბიბლიოთეკები NextSeq™ 2000-ზე NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 ციკლი) v3-ის გამოყენებით. თანმიმდევრობისთვის გამოყენებული პროტოკოლი არის Illumina® სტანდარტული NGS სამუშაო ნაკადის ადაპტაცია Illumina® NextSeq™ 2000-ისთვის. თანმიმდევრობის გაგრძელებამდე დარწმუნდით, რომ გაწმენდილი Olink ბიბლიოთეკის ხარისხი დამოწმებულია. ხარისხის კონტროლის შესახებ ინსტრუქციებისთვის იხილეთ მოქმედი Olink Explore მომხმარებლის სახელმძღვანელო.
დაგეგმეთ თანმიმდევრობის გაშვება
ერთი Olink ბიბლიოთეკის თანმიმდევრობა შესაძლებელია NextSeq™ 2000 P2 ნაკადის უჯრედზე და თითო გაშვებაზე. P2 ნაკადის უჯრედების რაოდენობა და გაშვებები, რომლებიც საჭიროა სხვადასხვა Olink Explore რეაგენტის ნაკრების თანმიმდევრობისთვის, აღწერილია ცხრილში 1. თუ საჭიროა ერთზე მეტი გაშვება, გაიმეორეთ ამ სახელმძღვანელოში აღწერილი ინსტრუქციები.
ცხრილი 1. თანმიმდევრობის გაშვების დაგეგმვა
Olink® Explore რეაგენტის ნაკრები | ოლინკის ბიბლიოთეკების რაოდენობა | ნაკადის უჯრედ(ებ)ი და გაშვება(ებ)ის რაოდენობა |
Olink® Explore 384 რეაგენტის ნაკრები | 1 | 1 |
Olink® Explore 4 x 384 რეაგენტის ნაკრები | 4 | 4 |
Olink® Explore 1536 რეაგენტის ნაკრები | 4 | 4 |
Olink® Explore გაფართოების რეაგენტის ნაკრები | 4 | 4 |
Olink® Explore 3072 რეაგენტის ნაკრები | 8 | 8 |
დააინსტალირეთ Olink® მორგებული რეცეპტი
შეინახეთ Olink მორგებული რეცეპტი xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 შესაბამის ინსტრუმენტის საქაღალდეში.
შენიშვნა: Olink-ის მორგებული რეცეპტი იმუშავებს მხოლოდ NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 კომპლექტთან და NextSeq™ 1000/2000 საკონტროლო პროგრამულ უზრუნველყოფასთან v1.2 ან v1.4.
მოამზადეთ თანმიმდევრობის რეაგენტები
ამ საფეხურის დროს რეაგენტის კარტრიჯი, რომელიც შეიცავს კლასტერირებას და თანმიმდევრობის რეაგენტებს, დნება და ნაკადის უჯრედი მზადდება.
გაფრთხილება: რეაგენტის კარტრიჯი შეიცავს პოტენციურად საშიშ ქიმიურ ნივთიერებებს. ატარეთ ადეკვატური დამცავი აღჭურვილობა და გადაყარეთ გამოყენებული რეაგენტები მოქმედი სტანდარტების შესაბამისად. დამატებითი ინფორმაციისთვის იხილეთ Illumina NextSeq 1000 და 2000 სისტემის სახელმძღვანელო (დოკუმენტი #1000000109376).
მოამზადეთ რეაგენტის კარტრიჯი
გაუხსნელი კარტრიჯის გალღობა შეიძლება განხორციელდეს სამი განსხვავებული მეთოდით: ოთახის ტემპერატურაზე, კონტროლირებად წყლის აბაზანაში ან მაცივარში.
მოამზადეთ სკამი
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 რეაგენტის კარტრიჯი (100 ციკლი)
ინსტრუქციები
- გალღეთ რეაგენტის კარტრიჯი, როგორც ეს აღწერილია ცხრილში 2.
ცხრილი 2. რეაგენტის კარტრიჯის დათბობის მეთოდები
დათბობის მეთოდი | ინსტრუქციები |
ოთახის ტემპერატურაზე |
|
წყლის აბაზანაში |
|
მაცივარში |
|
შენიშვნა: გალღობილი ვაზნების ხელახლა გაყინვა შეუძლებელია და უნდა ინახებოდეს 4 °C ტემპერატურაზე, მაქსიმუმ 72 საათის განმავლობაში.
მოამზადეთ ნაკადის უჯრედი
მოამზადეთ სკამი
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ნაკადის უჯრედი
ინსტრუქციები
- გაცივებული ნაკადის უჯრედი მიიყვანეთ ოთახის ტემპერატურაზე 10-15 წუთის განმავლობაში.
მოამზადეთ Olink® ბიბლიოთეკა თანმიმდევრობისთვის
ამ ნაბიჯის განმავლობაში, გაწმენდილი და ხარისხიანი კონტროლირებადი Olink ბიბლიოთეკა განზავებულია საბოლოო დატვირთვის კონცენტრაციამდე. გაითვალისწინეთ, რომ ბიბლიოთეკის დენატურაცია ხდება ავტომატურად ინსტრუმენტზე.
მოამზადეთ სკამი
- Lib Tube, მომზადებული მოქმედი Olink Explore მომხმარებლის სახელმძღვანელოს მიხედვით
- 1x RSB Tween 20-ით
- MilliQ წყალი
- 2x მიკროცენტრიფუგის მილები (1.5 მლ)
- მექანიკური პიპეტი (10, 100 და 1000 მკლ)
- ფილტრის პიპეტების რჩევები
სანამ დაიწყებ
- გაყინეთ Lib მილის გალღობა.
- გაყინული RSB გაყინეთ Tween 20-ით ოთახის ტემპერატურაზე 10 წუთის განმავლობაში. გამოყენებამდე ინახება +4°C ტემპერატურაზე.
- მონიშნეთ ორი ახალი 1.5 მლ მიკროცენტრიფუგის მილი შემდეგნაირად:
- მონიშნეთ ერთი ტუბი "Dil" (1:100 განზავებული ბიბლიოთეკისთვის)
- მონიშნეთ ერთი ტუბი „Seq“ (ბიბლიოთეკის ჩასატვირთად მზად)
ინსტრუქციები
- დაამატეთ 495 μL MilliQ წყალი Dil Tube-ში.
- მოტრიალეთ Lib Tube და დაატრიალეთ იგი მოკლედ.
- ხელით გადაიტანეთ 5 μL Lib Tube-დან Dil Tube-ში.
- ატრიალეთ Dil Tube და დაატრიალეთ იგი მოკლედ.
- დაამატეთ 20 μL RBS Tween 20-ით Seq Tube-ში.
- ხელით გადაიტანეთ 20 μL Dil Tube-დან Seq Tube-ში.
- ატრიალეთ Seq Tube და დაატრიალეთ იგი მოკლედ.
- დაუყოვნებლივ გააგრძელეთ 2.5 ჩატვირთეთ ნაკადის უჯრედი და Olink® ბიბლიოთეკა რეაგენტის კარტრიჯში.
შენიშვნა: შეინახეთ Lib Tube(ები) -20 °C-ზე პოტენციური ხელახალი გაშვების შემთხვევაში.
ჩატვირთეთ ნაკადის უჯრედი და Olink® ბიბლიოთეკა რეაგენტის კარტრიჯში
ამ ნაბიჯის განმავლობაში, ნაკადის უჯრედი და განზავებული Olink ბიბლიოთეკა იტვირთება გალღობილი რეაგენტის კარტრიჯში.
მოამზადეთ სკამი
- 1x გალღობილი NextSeq™ 1000/2000 P2 რეაგენტის კარტრიჯი (100 ციკლი), მომზადებული წინა ეტაპზე
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, მომზადებული წინა ეტაპზე
- Seq Tube (განზავებული Olink ბიბლიოთეკის ჩასატვირთად), მომზადებული წინა ეტაპზე
- მექანიკური პიპეტი (100 მკლ)
- პიპეტის წვერი (1 მლ)
მოამზადეთ კარტრიჯი
- ამოიღეთ კარტრიჯი ვერცხლის ფოლგის ჩანთიდან.
- გადააბრუნეთ კარტრიჯი ათჯერ, რათა კარგად შეურიოთ გალღობილი რეაგენტები შიგნით.
შენიშვნა: ნორმალურია შინაგანი კომპონენტების ხმაურის მოსმენა.
ჩატვირთეთ ნაკადის უჯრედი კარტრიჯში
- როდესაც მზად ხართ ნაკადის უჯრედის ჩასატვირთად კარტრიჯში, ამოიღეთ ნაკადის უჯრედი პაკეტიდან. გეჭიროთ ნაკადის უჯრედი ნაცრისფერ ჩანართთან, ჩანართზე ეტიკეტით ზემოთ. გამოიყენეთ ახალი ფხვნილისგან თავისუფალი ხელთათმანები, რათა თავიდან აიცილოთ ნაკადის უჯრედის შუშის ზედაპირის დაბინძურება.
- ჩადეთ ნაკადის უჯრედი კარტრიჯის წინა მხარეს ნაკადის უჯრედის ჭრილში. ხმოვანი დაწკაპუნება მიუთითებს, რომ ნაკადის უჯრედი სწორად არის განთავსებული.
- ამოიღეთ ნაცრისფერი ჩანართი მისი ამოღებით.
ჩატვირთეთ Olink® ბიბლიოთეკა კარტრიჯში
- გახეხეთ ბიბლიოთეკის რეზერვუარი სუფთა 1 მლ პიპეტის წვერით.
- ჩატვირთეთ 20 μL Olink Library Seq Tube-დან ბიბლიოთეკის რეზერვუარის ბოლოში.
შეასრულეთ Olink® თანმიმდევრობის გაშვება
ამ ნაბიჯის დროს ბუფერული კარტრიჯი ჩატვირთული ნაკადის უჯრედით და Olink ბიბლიოთეკით იტვირთება NextSeq™ 2000-ში და თანმიმდევრობის გაშვება იწყება Olink რეცეპტის გამოყენებით.
მოამზადეთ სკამი
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 რეაგენტის კარტრიჯი (100 ციკლი) დატვირთული NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell-ით და განზავებული Olink ბიბლიოთეკით, მომზადებული წინა ეტაპზე.
გაშვების რეჟიმის კონფიგურაცია
- საკონტროლო პროგრამის მენიუდან აირჩიეთ პარამეტრები.
- BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support-ში აირჩიეთ Local Run Setup.
- დამატებითი პარამეტრების სახით აირჩიეთ მხოლოდ პროაქტიული მხარდაჭერა. ეს ფუნქცია მოითხოვს ინტერნეტ კავშირს.
- აირჩიეთ ჰოსტინგის ადგილმდებარეობა თქვენი მონაცემებისთვის. ჰოსტინგის მდებარეობა უნდა იყოს თქვენს რეგიონში ან ახლოს.
- დააყენეთ Output Folder მდებარეობა მიმდინარე გაშვებული ნედლი მონაცემებისთვის. აირჩიეთ არჩევა ნავიგაციისთვის და აირჩიეთ გამომავალი საქაღალდე.
- აირჩიეთ Denature and Dilute On Board ჩამრთველი, რათა ავტომატურად დენატურა და განზავდეს ბიბლიოთეკა ინსტრუმენტის ბორტზე.
- აირჩიეთ Purge Reagent Cartridge ჩამრთველი გამოუყენებელი რეაგენტების ავტომატურად გაწმენდისთვის კარტრიჯის დახარჯული რეაგენტების განყოფილებაში.
- აირჩიეთ ავტომატური შემოწმება პროგრამული უზრუნველყოფის განახლებისთვის, რათა ავტომატურად შეამოწმოთ პროგრამული უზრუნველყოფის განახლებები (არასავალდებულო). ეს ფუნქცია მოითხოვს ინტერნეტ კავშირს.
- აირჩიეთ შენახვა.
გაშვების პარამეტრების დაყენება
შენიშვნა: ეს ინსტრუქცია ეხება NextSeq™ 1.4/1000 საკონტროლო პროგრამის 2000 ვერსიას. ქვემოთ აღწერილი ზოგიერთი ნაბიჯი შეიძლება განსხვავებული იყოს v1.2 ვერსიის გამოყენებისას
- საკონტროლო პროგრამული უზრუნველყოფის მენიუდან აირჩიეთ დაწყება.
- აირჩიეთ Manually Set Up New Run და დააჭირეთ Setup.
- Run Setup გვერდზე, დააყენეთ გაშვების პარამეტრები შემდეგნაირად:
- Run Name ველში შეიყვანეთ უნიკალური ექსპერიმენტის ID.
- წაკითხვის ტიპი ჩამოსაშლელ სიაში აირჩიეთ ერთჯერადი წაკითხვის ვარიანტი.
- შეიყვანეთ ციკლების რაოდენობა შემდეგნაირად:
- წაიკითხეთ 1: 24
- ინდექსი 1: 0
- ინდექსი 2: 0
- წაიკითხეთ 2: 0
შენიშვნა: მნიშვნელოვანია, რომ წაკითხვა 1 დაყენებული იყოს 24-ზე, წინააღმდეგ შემთხვევაში მთელი გაშვება ვერ მოხერხდება. უგულებელყოთ გამაფრთხილებელი შეტყობინებები ციკლების რაოდენობის შეყვანისას.
- Custom Primer Wells-ის ჩამოსაშლელ სიაში აირჩიეთ No.
- მორგებული რეცეპტის (არასავალდებულო) ველში აირჩიეთ არჩევა ნავიგაციისთვის და აირჩიეთ მორგებული რეცეპტი XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. აირჩიეთ გახსნა.
- არ შემოიტანოთ Sampლე ფურცელი.
- დარწმუნდით, რომ გამომავალი საქაღალდის მდებარეობა სწორია. წინააღმდეგ შემთხვევაში, აირჩიეთ არჩევა ნავიგაციისთვის და აირჩიეთ სასურველი გამომავალი საქაღალდის მდებარეობა.
- Denature and Dilute Onboard ველში აირჩიეთ ჩართული ჩამოსაშლელი სიიდან.
- აირჩიეთ მოსამზადებელი.
ჩატვირთეთ დატენილი ვაზნა
- აირჩიეთ ჩატვირთვა. ინსტრუმენტების ვიზორი იხსნება და უჯრა ამოდის.
- მოათავსეთ დატენილი კარტრიჯი უჯრაზე ეტიკეტით ზემოთ და ნაკადის უჯრედი ხელსაწყოს შიგნით.
- აირჩიეთ დახურვა.
- მას შემდეგ რაც კარტრიჯი სწორად ჩაიტვირთება, გადაამოწმეთ გაშვების პარამეტრები და აირჩიეთ Sequence. ხელსაწყო ახორციელებს ინსტრუმენტსა და სითხის წინასწარ გაშვების შემოწმებას.
- შენიშვნა: სითხის შემოწმების დროს, მოსალოდნელია, რომ მოისმინოს რამდენიმე ხმაური.
- დარწმუნდით, რომ გაშვება იწყება ავტომატური წინასწარი შემოწმების დასრულების შემდეგ (~ 15 წუთი). თანმიმდევრობის გაშვების დრო დაახლოებით 10:30 წუთია.
- შენიშვნა: ნებისმიერი წინასწარი შემოწმების წარუმატებლობისთვის, იხილეთ მწარმოებლის ინსტრუქციები. ფრთხილად იყავით, რომ არ შეეჯახოთ ან სხვაგვარად არ შეაწუხოთ NextSeq™ 2000 თანმიმდევრობის გაშვების დროს. ინსტრუმენტი მგრძნობიარეა ვიბრაციის მიმართ.
- გაასუფთავეთ სამუშაო ადგილი.
აკონტროლეთ გაშვების პროგრესი
ოლინკი იყენებს NGS-ს, როგორც წაკითხვას, რათა დაადგინოს ცნობილი თანმიმდევრობის რაოდენობა, რათა შეაფასოს მოცემული ცილის კონცენტრაცია s-ში.amples (სხვა ს-ებთან შედარებითamples). მონაცემთა ხარისხი თითოეული Explore თანმიმდევრობის გაშვებიდან ძირითადად განისაზღვრება Olink ტექნოლოგიისთვის უნიკალური QC პარამეტრებით. აქედან გამომდინარე, სტანდარტული ხარისხის კონტროლის მეტრიკა, რომელიც გამოიყენება ჩვეულებრივ NGS-ში, როგორიცაა Q-score, ნაკლებად კრიტიკულია.
ამოიღეთ და გადააგდეთ ვაზნა გაშვების შემდეგ
გაფრთხილება: რეაგენტების ეს ნაკრები შეიცავს პოტენციურად საშიშ ქიმიურ ნივთიერებებს. ატარეთ ადეკვატური დამცავი აღჭურვილობა და გადაყარეთ გამოყენებული რეაგენტები მოქმედი სტანდარტების შესაბამისად. დამატებითი ინფორმაციისთვის იხილეთ Illumina NextSeq 1000 და 2000 სისტემის სახელმძღვანელო (დოკუმენტი #1000000109376).
- როდესაც გაშვება დასრულდება, აირჩიეთ კარტრიჯის ამოღება.
- შენიშვნა: გამოყენებული ვაზნა ნაკადის უჯრედის ჩათვლით შეიძლება დარჩეს ადგილზე მომდევნო გაშვებამდე, მაგრამ არა უმეტეს 3 დღისა.
- ამოიღეთ კარტრიჯი უჯრიდან.
- გადაყარეთ რეაგენტები მოქმედი სტანდარტების შესაბამისად.
- აირჩიეთ კარის დახურვა. უჯრა გადატვირთულია.
- მთავარ ეკრანზე დასაბრუნებლად აირჩიეთ საწყისი.
- შენიშვნა: ვინაიდან კარტრიჯი შეიცავს სისტემის მუშაობის ყველა მექანიზმს, ასევე რეზერვუარს გამოყენებული რეაგენტების შესაგროვებლად, არ არის საჭირო ინსტრუმენტების რეცხვა გაშვების შემდეგ.
გადასინჯვის ისტორია
ვერსია | თარიღი | აღწერა |
1.0 | 2021-12-01 | ახალი |
მხოლოდ კვლევის გამოყენებისთვის. არ გამოიყენება სადიაგნოსტიკო პროცედურებში.
ეს პროდუქტი შეიცავს ლიცენზიას Olink-ის პროდუქტების არაკომერციული გამოყენებისთვის. კომერციულ მომხმარებლებს შეიძლება მოითხოვონ დამატებითი ლიცენზიები. გთხოვთ დაუკავშირდეთ Olink Proteomics AB-ს დეტალებისთვის. არ არსებობს გარანტიები, გამოხატული ან ნაგულისხმევი, რომელიც სცილდება ამ აღწერილობას. Olink Proteomics AB არ არის პასუხისმგებელი ამ პროდუქტით გამოწვეული ქონებრივი ზიანის, პირადი დაზიანების ან ეკონომიკური ზარალისთვის. შემდეგი სავაჭრო ნიშანი ეკუთვნის Olink Proteomics AB-ს: Olink®. ეს პროდუქტი დაფარულია რამდენიმე პატენტითა და საპატენტო განაცხადებით, რომლებიც ხელმისაწვდომია საიტზე https://www.olink.com/patents/.
© საავტორო უფლება 2021 Olink Proteomics AB. მესამე მხარის ყველა სავაჭრო ნიშანი არის მათი შესაბამისი მფლობელების საკუთრება.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden
1193, v1.0, 2021-12-01
დოკუმენტები / რესურსები
![]() |
Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] მომხმარებლის სახელმძღვანელო NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System |