Olink NextSeq 2000 Esplora Manwal għall-Utent tas-Sistema ta' Sekwenzar

Olink® Explore hija pjattaforma immunoassay multiplex għall-iskoperta tal-bijomarkaturi tal-proteini umani. Il-prodott huwa maħsub għall-Użu tar-Riċerka biss, u mhux għall-użu fi proċeduri dijanjostiċi. Ix-xogħol tal-laboratorju għandu jitmexxa biss minn persunal tal-laboratorju mħarreġ. L-ipproċessar tad-dejta għandu jsir biss minn persunal imħarreġ. Ir-riżultati huma maħsuba biex jintużaw mir-riċerkaturi flimkien ma 'sejbiet kliniċi jew tal-laboratorju oħra.

Dwar dan il-manwal

Dan il-Manwal għall-Utent jipprovdi l-istruzzjonijiet meħtieġa għas-sekwenza tal-Libreriji Olink® Esplora fuq Illumina® NextSeq™ 2000. L-istruzzjonijiet għandhom jiġu segwiti b'mod strett u espliċitu. Kwalunkwe devjazzjoni matul il-passi tal-laboratorju tista' tirriżulta f'dejta indebolita. Qabel ma tibda l-fluss tax-xogħol tal-laboratorju, ikkonsulta l-Olink® Explore Overview Manwal għall-Utent għal introduzzjoni għall-pjattaforma, inkluża informazzjoni dwar reaġenti, tagħmir u dokumentazzjoni meħtieġa, u fuqview tal-fluss tax-xogħol, kif ukoll linji gwida tal-laboratorju. Għal struzzjonijiet dwar kif tħaddem il-Kits tar-Reaġenti Olink® Explore, irreferi għall-Manwal tal-Utent Olink® Explore applikabbli. Għall-ipproċessar tad-dejta u l-analiżi tar-riżultati tas-sekwenza Olink® Esplora, irreferi għall-Gwida tal-Utent tal-Olink® MyData Cloud. It-trademarks u d-drittijiet tal-awtur kollha li jinsabu f'dan il-materjal huma proprjetà ta 'Olink® Proteomics AB, sakemm ma jkunx iddikjarat mod ieħor.

Appoġġ tekniku

Għal appoġġ tekniku, ikkuntattja lil Olink Proteomics fuq: support@olink.com.

Struzzjonijiet tal-laboratorju

Dan il-kapitlu jipprovdi istruzzjonijiet dwar kif issekwenzja l-Libreriji Olink fuq NextSeq™ 2000 bl-użu tar-Reaġenti NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 Ċiklu) v3. Il-protokoll użat għas-sekwenzjar huwa adattament tal-fluss tax-xogħol standard Illumina® NGS għal Illumina® NextSeq™ 2000. Qabel ma tipproċedi għas-sekwenza, kun żgur li l-kwalità tal-Librerija Olink purifikata tkun ġiet ivverifikata. Irreferi għall-Manwal tal-Utent Olink Explore applikabbli għal struzzjonijiet dwar il-kontroll tal-kwalità.

Ippjana l-ġirja tas-sekwenzjar

Librerija Olink waħda tista' tiġi sekwenzata għal kull ċellula tal-fluss NextSeq™ 2000 P2 u għal kull ġirja. In-numru ta' ċelluli tal-fluss P2 u ġirjiet meħtieġa għas-sekwenza tal-Kits tar-Reaġent Olink Explore differenti huwa deskritt f'Tabella 1. Jekk tkun meħtieġa aktar minn ġirja waħda, irrepeti l-istruzzjonijiet deskritti f'dan il-manwal.

Tabella 1. Ippjanar tal-ġirja tas-sekwenzjar

Olink® Esplora Kit Reaġent	Numru ta' Libreriji Olink	Numru ta' ċelluli tal-fluss u run(s)
Olink® Esplora 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Esplora 4 x 384 Kit Reaġent	4	4
Olink® Esplora 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Esplora Kit Reaġent ta' Espansjoni	4	4
Olink® Esplora 3072 Reagent Kit	8	8

Installa riċetta personalizzata Olink®

Issejvja r-riċetta personalizzata Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 f'folder tal-istrument xieraq.

NOTA: Ir-riċetta personalizzata Olink se taħdem biss mal-kitt v1000 NextSeq™ 2000/2 P100 Reagents (3 Cycles) u s-softwer tal-kontroll NextSeq™ 1000/2000 v1.2 jew v1.4.

Ipprepara reaġenti tas-sekwenzjar

Matul dan il-pass, l-iskartoċċ tar-reaġent li jkun fih reaġenti ta 'raggruppament u sekwenzar jinħall u ċ-ċellula tal-fluss titħejja.

TWISSIJA: L-iskartoċċ tar-reaġent fih kimiċi potenzjalment perikolużi. Ilbes tagħmir protettiv adegwat u armi r-reaġenti użati skont l-istandards applikabbli. Għal aktar informazzjoni, irreferi għall-Gwida tas-Sistema Illumina NextSeq 1000 u 2000 (dokument #1000000109376).

Ipprepara skartoċċ tar-reaġent

It-tidwib tal-iskartoċċ mhux miftuħ jista 'jsir bl-użu ta' tliet metodi differenti: f'temperatura tal-kamra, f'banju bl-ilma kkontrollat, jew fil-friġġ.

Ipprepara bank

1x Skartoċċ tar-Reaġent NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 ċiklu)

Istruzzjonijiet

Ħoll l-iskartoċċ tar-reaġent kif deskritt fit-Tabella 2.

Tabella 2. Metodi ta' tidwib tal-iskartoċċ tar-reaġenti

Metodu tat-tidwib	Istruzzjonijiet
F'temperatura tal-kamra	Mingħajr ma tiftaħ il-borża tal-fojl tal-fidda, poġġi l-iskartoċċ tar-reaġent iffriżat fuq il-bank u ħollha f'temperatura ambjentali għal 9 sigħat. Taqbiżx is-16-il siegħa. Kun żgur li t-tikketta tal-borża tħares 'il fuq u li l-arja tista' tiċċirkola madwar l-iskartoċċ.
F'banju ta' l-ilma	Mingħajr ma tiftaħ il-borża tal-fojl tal-fidda, poġġi l-iskartoċċ tar-reaġent iffriżat nofsu mgħaddas f'banju ta' l-ilma kkontrollat ta' 25 °C u ħallih jinħall għal 6 sigħat. Taqbiżx it-8 sigħat. Kun żgur li t-tikketta tal-borża tħares 'il fuq u li l-iskartoċċ ma jinqalebx waqt it-tidwib. Nixxef l-iskartoċċ sewwa b'xugaman tal-karti.
Fil-friġġ	Mingħajr ma tiftaħ il-borża tal-fojl tal-fidda, poġġi l-iskartoċċ fuq il-bank u ħollha f'temperatura ambjentali għal 6 sigħat. Kun żgur li t-tikketta tal-borża tħares 'il fuq u li l-arja tista' tiċċirkola madwar l-iskartoċċ. Lesti ħoll l-iskartoċċ fil-friġġ għal 12-il siegħa. Taqbiżx 72 siegħa. Qabel il-ġirja, neħħi l-iskartoċċ maħlul mhux miftuħ mill-friġġ u ħallih jilħaq it-temperatura tal-kamra għal mill-inqas 15-il minuta, iżda mhux aktar minn siegħa.

NOTA: Skrataċ imdewweb ma jistgħux jerġgħu jiġu ffriżati u għandhom jinħażnu f'4 °C, għal żmien massimu ta' 72 siegħa.

Ipprepara ċellola tal-fluss

Ipprepara bank

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Istruzzjonijiet

Ġib iċ-ċellula tal-fluss refriġerata għat-temperatura tal-kamra għal 10-15-il minuta.

Ipprepara Olink® Librerija għas-sekwenzjar

Matul dan il-pass, il-Librerija Olink purifikata u kkontrollata ta 'kwalità hija dilwita sal-konċentrazzjoni finali tat-tagħbija. Innota li d-denaturazzjoni tal-Librerija titwettaq awtomatikament abbord l-istrument.

Ipprepara bank

Lib Tube, ippreparat skont il-Manwal tal-Utent Olink Explore applikabbli
1x RSB b'Tween 20
MilliQ ilma
2x tubi mikroċentrifuga (1.5 mL)
Pipetta manwali (10, 100 u 1000 μL)
Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda

Ħoll il-Lib Tube jekk iffriżat.
Ħoll l-RSB iffriżat b'Tween 20 f'temperatura tal-kamra għal 10 minuti. Aħżen f'+4 °C sakemm tuża.
Immarka ż-żewġ tubi mikroċentrifuga ġodda ta' 1.5 mL kif ġej:
- Immarka tubu wieħed “Dil” (għall-Librerija dilwita 1:100)
- Immarka tubu wieħed "Seq" (għall-Librerija lesta għat-tagħbija)

Istruzzjonijiet

Żid 495 μL ta' ilma MilliQ mat-Tubu Dil.

Vortex it-Tubu Lib u dawwar 'l isfel fil-qosor.
Ittrasferixxi manwalment 5 μL mit-Tubu Lib għat-Tubu Dil.
Vortex it-Tubu Dil u dawwar 'l isfel fil-qosor.

Żid 20 μL ta' RBS b'Tween 20 mas-Seq Tube.
Ittrasferixxi manwalment 20 μL mit-Tubu Dil għas-Seq Tube.
Vortex is-Seq Tube u dawwar 'l isfel fil-qosor.

Immedjatament kompli 2.5 Tagħbija ċ-ċellula tal-fluss u l-Librerija Olink® fl-iskartoċċ tar-reaġent.

NOTA: Aħżen it-Tubu(i) Lib f'-20 °C f'każ ta' rerun(i) potenzjali.

Tagħbija ċ-ċellula tal-fluss u l-Librerija Olink® fl-iskartoċċ tar-reaġent

Matul dan il-pass, iċ-ċellula tal-fluss u l-Librerija Olink dilwita huma mgħobbija fl-iskartoċċ tar-reaġent imdewweb.

Ipprepara bank

1x Skartoċċ tar-Reaġent NextSeq™ 1000/2000 P2 imdewweb (100 ċiklu), ippreparat fil-pass preċedenti
1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, ippreparat fil-pass preċedenti

Seq Tube (bil-Librerija Olink dilwita lesta għat-tagħbija), ippreparat fil-pass preċedenti
Pipetta manwali (100 μL)
Ponta tal-pipetta (1 mL)

Ipprepara l-iskartoċċ

Neħħi l-iskartoċċ mill-borża tal-fojl tal-fidda.
Aqleb l-iskartoċċ għaxar darbiet biex tħallat sewwa r-reaġenti imdewweb ġewwa.

NOTA: Huwa normali li tisma' komponenti interni jingling.

Tagħbija ċ-ċellula tal-fluss fl-iskartoċċ

Meta tkun lesta biex tgħabbi ċ-ċellula tal-fluss fl-iskartoċċ, neħħi ċ-ċellula tal-fluss mill-pakkett. Żomm iċ-ċellula tal-fluss mit-tab griża, bit-tikketta fuq it-tab tħares 'il fuq. Uża ingwanti ġodda ħielsa mit-trab biex tevita li tikkontamina l-wiċċ tal-ħġieġ taċ-ċellula tal-fluss.
Daħħal iċ-ċellula tal-fluss fl-islott taċ-ċellula tal-fluss fuq quddiem tal-iskartoċċ. Klikk li tinstema' tindika li ċ-ċellula tal-fluss hija mqiegħda b'mod korrett.

Neħħi t-tab griża billi tiġbedha 'l barra.

Tgħabbi l-Librerija Olink® fl-iskartoċċ

Ittaqqab il-ġibjun tal-Librerija b'ponta nadifa ta' pipetta ta' 1 mL.

Tagħbija 20 μL tal-Librerija Olink mis-Seq Tube fil-qiegħ tal-ġibjun tal-librerija.

Wettaq ġirja ta' sekwenzar Olink®

Matul dan il-pass, l-iskartoċċ Buffer biċ-ċellula tal-fluss mgħobbija u l-Librerija Olink jitgħabba fil-NextSeq™ 2000, u l-ġirja tas-sekwenzjar tinbeda bl-użu tar-riċetta Olink.

Ipprepara bank

1x Skartoċċ tar-Reaġent NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 ċiklu) mgħobbi biċ-Ċellula tal-Fluss NextSeq™ 1000/2000 P2 u l-Librerija Olink dilwita, ippreparata fil-pass preċedenti.

Ikkonfigura l-Modalità Run

Mill-menu tas-softwer tal-kontroll, agħżel Settings.

Taħt BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, agħżel Local Run Setup.
Agħżel Appoġġ Proattiv Biss bħala settings addizzjonali. Din il-funzjoni teħtieġ konnessjoni tal-internet.
Agħżel il-Post ta' Hosting għad-dejta tiegħek. Il-Post tal-Hosting għandu jkun fir-reġjun tiegħek jew viċin tiegħu.

Issettja l-post tal-Folder tal-Output għad-dejta mhux ipproċessata tal-ġirja kurrenti. Agħżel Agħżel biex tinnaviga u agħżel il-fowlder tal-produzzjoni.
Agħżel il-kaxxa ta' kontroll Denatura u Dilwixxi Abbord biex awtomatikament tiddenatura u ddilwixxi l-Librerija abbord l-istrument.
Agħżel il-kaxxa ta' kontroll Purge Reagent Cartridge biex tnaddaf awtomatikament ir-reaġenti mhux użati fil-kompartiment tar-reaġenti eżawriti tal-iskartoċċ.

Agħżel il-kaxxa Awtomatika għall-aġġornamenti tas-softwer biex tiċċekkja awtomatikament għal aġġornamenti tas-softwer (mhux obbligatorju). Din il-funzjoni teħtieġ konnessjoni tal-internet.
Agħżel Save.

Issettja l-parametri tal-ġirja

NOTA: Din l-istruzzjoni tapplika għall-verżjoni 1.4 tas-softwer tal-kontroll NextSeq™ 1000/2000. Xi wħud mill-passi deskritti hawn taħt jistgħu jkunu differenti meta tuża l-verżjoni v1.2

Mill-menu tas-softwer tal-kontroll, agħżel Ibda.
Agħżel Manwalment Set Up New Run u agħfas Setup.
Fil-paġna Run Setup, waqqaf il-parametri tal-ġirja kif ġej:
- Fil-qasam Run Name, daħħal ID uniku tal-esperiment.
- Fil-lista drop-down Tip ta 'Aqra, agħżel l-għażla Qari Uniku.
- Daħħal in-numru ta' ċikli kif ġej:
  - Aqra 1: 24
  - Indiċi 1: 0
  - Indiċi 2: 0
  - Aqra 2: 0

NOTA: Huwa kruċjali li Read 1 huwa ssettjat għal 24, inkella l-ġirja kollha tfalli. Injora l-messaġġi ta 'twissija meta ddaħħal in-numru ta' ċikli.

Fil-lista drop-down Custom Primer Wells, agħżel Nru.

Fil-qasam Custom Recipe (mhux obbligatorju), agħżel Agħżel biex tinnaviga u agħżel l-XML tar-riċetta tad-dwana file Olink_NSQ2K_P2_V1. Agħżel Miftuħ.
Timportax Sample Sheet.
Kun żgur li l-post tal-Folder tal-Output huwa korrett. Inkella, agħżel Agħżel biex tinnaviga u agħżel il-post tal-fowlder tal-output mixtieq.

Fil-qasam Denatura u Dilwita Abbord, agħżel Ippermettiet mil-lista drop-down.
Agħżel Prep.

Tagħbija l-iskartoċċ mgħobbi

Agħżel Tagħbija. Il-viżiera tal-istrument tinfetaħ u t-trej jiġi ejected.
Poġġi l-iskartoċċ mgħobbi fuq it-trej bit-tikketta tħares 'il fuq u ċ-ċellula tal-fluss ġewwa l-istrument.
Agħżel Agħlaq.

Ladarba l-iskartoċċ ikun mgħobbi sew, ivverifika l-parametri tal-ġirja u agħżel Sekwenza. L-istrument iwettaq kontrolli minn qabel għall-istrument u l-fluwidi.
- NOTA: Waqt il-kontroll tal-fluwidi, huwa mistenni li tisma 'diversi ħsejjes popping.
Kun żgur li l-ġirja tibda wara li jkunu tlestew il-kontrolli awtomatiċi ta' qabel il-ġirja (~15-il minuta). Il-ħin tal-ġirja tas-sekwenzjar huwa ta' madwar 10h30 min.
- NOTA: Għal kwalunkwe fallimenti ta' kontroll ta' qabel it-tħaddim, irreferi għall-istruzzjonijiet tal-manifattur. Oqgħod attent li ma tħabbatx jew inkella tfixkel il-NextSeq™ 2000 waqt il-ġirja tas-sekwenzjar. L-istrument huwa sensittiv għall-vibrazzjonijiet.
Naddaf iż-żona tax-xogħol.

Monitor Run Progress

Olink juża NGS bħala qari biex jikkwantifika l-ammont ta 'sekwenza magħrufa sabiex jistma l-konċentrazzjoni ta' proteina partikolari f'samples (relattiv għal samples). Il-kwalità tad-dejta minn kull ġirja tas-sekwenzjar Esplora hija ddeterminata prinċipalment minn parametri QC uniċi għat-teknoloġija Olink. Għalhekk, metriċi standard ta 'kontroll tal-kwalità użati fl-NGS konvenzjonali, bħal Q-score, huma inqas kritiċi.

Eject u armi l-iskartoċċ wara l-ġirja

TWISSIJA: Dan is-sett ta' reaġenti fih kimiċi potenzjalment perikolużi. Ilbes tagħmir protettiv adegwat u armi r-reaġenti użati skont l-istandards applikabbli. Għal aktar informazzjoni, irreferi għall-Gwida tas-Sistema Illumina NextSeq 1000 u 2000 (dokument #1000000109376).

Meta l-ġirja tkun lesta, agħżel Eject Cartridge.
- NOTA: L-iskartoċċ użat inkluż iċ-ċellula tal-fluss jista' jitħalla f'posthom sal-ġirja li jmiss, iżda mhux aktar minn 3 ijiem.
Neħħi l-iskartoċċ mit-trej.
Armi r-reaġenti skont l-istandards applikabbli.

Agħżel Agħlaq Bieb. It-trej jiġi mgħobbi mill-ġdid.
Agħżel Home biex terġa' lura għall-iskrin Home.
- NOTA: Peress li l-iskartoċċ fih il-mekkaniżmi kollha biex imexxu s-sistema, kif ukoll ġibjun biex jiġbru reaġenti użati, m'hemmx bżonn ta 'ħasil tal-istrumenti wara l-ġirja.

Storja tar-reviżjoni

Verżjoni	Data	Deskrizzjoni
1.0	2021-12-01	Ġdid

www.olink.com

Għal Użu ta' Riċerka Biss. Mhux għall-Użu fi Proċeduri Dijanjostiċi.

Dan il-prodott jinkludi liċenzja għall-użu mhux kummerċjali tal-prodotti Olink. L-utenti kummerċjali jistgħu jeħtieġu liċenzji addizzjonali. Jekk jogħġbok ikkuntattja lil Olink Proteomics AB għad-dettalji. M'hemm l-ebda garanziji, espressi jew impliċiti, li jestendu lil hinn minn din id-deskrizzjoni. Olink Proteomics AB mhix responsabbli għal ħsara lill-proprjetà, korriment personali, jew telf ekonomiku kkawżat minn dan il-prodott. It-trademark li ġejja hija proprjetà ta' Olink Proteomics AB: Olink®. Dan il-prodott huwa kopert minn diversi privattivi u applikazzjonijiet għal privattivi disponibbli fuq https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, l-Isvezja

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokumenti / Riżorsi

Olink NextSeq 2000 Esplora Sistema ta' Sekwenzar [pdfManwal tal-Utent
NextSeq 2000, Esplora Sistema ta' Sekwenzar, NextSeq 2000 Esplora Sistema ta' Sekwenzar

Referenzi

Manwal għall-Utent

Olink NextSeq 2000 Esplora Sistema ta' Sekwenzar

Nota tad-dokument

Introduzzjoni

Appoġġ tekniku

Struzzjonijiet tal-laboratorju

Ipprepara reaġenti tas-sekwenzjar

Ipprepara skartoċċ tar-reaġent

Ipprepara ċellola tal-fluss

Ipprepara Olink® Librerija għas-sekwenzjar

Tagħbija ċ-ċellula tal-fluss u l-Librerija Olink® fl-iskartoċċ tar-reaġent

Tagħbija ċ-ċellula tal-fluss fl-iskartoċċ

Wettaq ġirja ta' sekwenzar Olink®

Issettja l-parametri tal-ġirja

Eject u armi l-iskartoċċ wara l-ġirja

Storja tar-reviżjoni

Dokumenti / Riżorsi

Referenzi

Ħalli kumment

Ikkanċella tweġiba