Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System
Nota dokumen
Manual Pengguna Olink® Explore, doc nr 1153, sudah lapuk dan telah digantikan dengan dokumen berikut:
- Olink® Explore Overview Manual Pengguna, dokumen nr 1187
- Manual Pengguna Olink® Explore 384, dokumen nr 1188
- Manual Pengguna Olink® Explore 4 x 384, dokumen nr 1189
- Manual Pengguna Olink® Explore 1536 & Expansion, dokumen nr 1190
- Manual Pengguna Olink® Explore 3072, dokumen nr 1191
- Olink® Explore Sequencing menggunakan Manual Pengguna NextSeq 550, dokumen nr 1192
- Olink® Explore Sequencing menggunakan Manual Pengguna NextSeq 2000, dokumen nr 1193
- Olink® Explore Sequencing menggunakan Manual Pengguna NovaSeq 6000, dokumen nr 1194
pengenalan
Penggunaan yang dimaksudkan
Olink® Explore ialah platform immunoassay multipleks untuk penemuan biomarker protein manusia. Produk ini bertujuan untuk Penggunaan Penyelidikan Sahaja, dan bukan untuk digunakan dalam prosedur diagnostik. Kerja makmal hendaklah hanya dikendalikan oleh kakitangan makmal terlatih. Pemprosesan data hanya boleh dilakukan oleh kakitangan terlatih. Hasilnya dimaksudkan untuk digunakan oleh penyelidik bersama-sama dengan penemuan klinikal atau makmal lain.
Mengenai manual ini
Manual Pengguna ini menyediakan arahan yang diperlukan untuk menyusun Olink® Explore Libraries pada Illumina® NextSeq™ 2000. Arahan mesti dipatuhi dengan tegas dan jelas. Sebarang penyelewengan sepanjang langkah makmal boleh mengakibatkan data terjejas. Sebelum memulakan aliran kerja makmal, rujuk Olink® Explore Overview Manual Pengguna untuk pengenalan kepada platform, termasuk maklumat tentang reagen, peralatan dan dokumentasi yang diperlukan, tamatview aliran kerja, serta garis panduan makmal. Untuk arahan tentang cara menjalankan Kit Reagen Olink® Explore, rujuk Manual Pengguna Olink® Explore yang berkenaan. Untuk pemprosesan data dan analisis hasil jujukan Olink® Explore, rujuk Panduan Pengguna Awan MyData Olink®. Semua tanda dagangan dan hak cipta yang terkandung dalam bahan ini adalah hak milik Olink® Proteomics AB, melainkan dinyatakan sebaliknya.
Sokongan teknikal
Untuk sokongan teknikal, hubungi Olink Proteomics di: support@olink.com.
Arahan makmal
Bab ini menyediakan arahan tentang cara menyusun Perpustakaan Olink pada NextSeq™ 2000 menggunakan Reagen NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 Kitaran) v3. Protokol yang digunakan untuk penjujukan ialah penyesuaian aliran kerja NGS standard Illumina® untuk Illumina® NextSeq™ 2000. Sebelum meneruskan ke urutan, pastikan kualiti Perpustakaan Olink yang telah dimurnikan telah disahkan. Rujuk Manual Pengguna Olink Explore yang berkenaan untuk arahan tentang kawalan kualiti.
Rancang larian penjujukan
Satu Pustaka Olink boleh disusun mengikut sel aliran NextSeq™ 2000 P2 dan setiap larian. Bilangan sel aliran P2 dan larian yang diperlukan untuk menyusun Kit Reagen Olink Explore yang berbeza diterangkan dalam Jadual 1. Jika lebih daripada satu larian diperlukan, ulangi arahan yang diterangkan dalam manual ini.
Jadual 1. Perancangan larian urutan
| Kit Reagen Teroka Olink® | Bilangan Perpustakaan Olink | Bilangan sel aliran dan larian |
| Kit Reagen Olink® Explore 384 | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 Reagen Kit | 4 | 4 |
| Kit Reagen Olink® Explore 1536 | 4 | 4 |
| Kit Reagen Pengembangan Olink® Explore | 4 | 4 |
| Kit Reagen Olink® Explore 3072 | 8 | 8 |
Pasang resipi tersuai Olink®
Simpan resipi tersuai Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 dalam folder instrumen yang sesuai.
NOTA: Resipi tersuai Olink hanya akan berfungsi dengan kit NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Kitaran) v3 dan perisian kawalan NextSeq™ 1000/2000 v1.2 atau v1.4.
Sediakan reagen penjujukan
Semasa langkah ini, kartrij reagen yang mengandungi reagen pengelompokan dan penjujukan dicairkan dan sel aliran disediakan.
AMARAN: Kartrij reagen mengandungi bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Pakai peralatan perlindungan yang mencukupi dan buang reagen terpakai mengikut piawaian yang berkenaan. Untuk maklumat lanjut, rujuk Panduan Sistem Illumina NextSeq 1000 dan 2000 (dokumen #1000000109376).
Sediakan kartrij reagen
Pencairan kartrij yang belum dibuka boleh dilakukan menggunakan tiga kaedah berbeza: pada suhu bilik, dalam mandi air terkawal, atau dalam peti sejuk.
Sediakan bangku
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 kitaran)
Arahan
- Cairkan kartrij reagen seperti yang diterangkan dalam Jadual 2.
Jadual 2. Kaedah pencairan kartrij reagen
| Kaedah pencairan | Arahan |
| Pada suhu bilik |
|
| Dalam mandi air |
|
| Dalam peti ais |
|
NOTA: Kartrij yang dicairkan tidak boleh dibekukan semula dan mesti disimpan pada suhu 4 °C, untuk masa maksimum 72 jam.
Sediakan sel aliran
Sediakan bangku
- 1x Sel Aliran P1000 NextSeq™ 2000/2
Arahan
- Bawa sel aliran yang disejukkan ke suhu bilik selama 10-15 minit.
Sediakan Perpustakaan Olink® untuk penjujukan
Semasa langkah ini, Perpustakaan Olink yang dimurnikan dan dikawal kualiti dicairkan kepada kepekatan pemuatan akhir. Ambil perhatian bahawa denaturasi Perpustakaan dilakukan secara automatik pada instrumen.
Sediakan bangku
- Lib Tube, disediakan mengikut Manual Pengguna Olink Explore yang berkenaan
- 1x RSB dengan Tween 20
- air MilliQ
- 2x tiub Microcentrifuge (1.5 mL)
- Pipet manual (10, 100 dan 1000 μL)
- Petua pipet penapis
Sebelum anda bermula
- Cairkan Lib Tube jika beku.
- Cairkan RSB beku dengan Tween 20 pada suhu bilik selama 10 minit. Simpan pada +4 °C sehingga digunakan.
- Tandakan dua tiub mikrosentrifuge 1.5 mL baharu seperti berikut:
- Tandakan satu tiub "Dil" (untuk Perpustakaan dicairkan 1:100)
- Tandakan satu tiub "Seq" (untuk sedia untuk memuatkan Perpustakaan)
Arahan
- Tambah 495 μL air MilliQ ke Tiub Dil.
- Putar Tiub Lib dan putarkannya ke bawah sebentar.
- Pindahkan 5 μL secara manual dari Tiub Lib ke Tiub Dil.
- Putar Tiub Dil dan putarkannya ke bawah sebentar.
- Tambah 20 μL RBS dengan Tween 20 ke Tiub Seq.
- Pindahkan 20 μL secara manual dari Tiub Dil ke Tiub Seq.
- Putar Tiub Seq dan putarkannya ke bawah sebentar.
- Teruskan terus ke 2.5 Muatkan sel aliran dan Perpustakaan Olink® ke dalam kartrij reagen.
NOTA: Simpan Lib Tube(s) pada -20 °C sekiranya kemungkinan tayangan semula.
Muatkan sel aliran dan Perpustakaan Olink® ke dalam kartrij reagen
Semasa langkah ini, sel aliran dan Perpustakaan Olink yang dicairkan dimuatkan ke dalam kartrij reagen yang dicairkan.
Sediakan bangku
- 1x dicairkan NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 kitaran), disediakan dalam langkah sebelumnya
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, disediakan dalam langkah sebelumnya
- Seq Tube (dengan sedia untuk memuatkan Perpustakaan Olink yang dicairkan), disediakan dalam langkah sebelumnya
- Pipet manual (100 μL)
- Hujung pipet (1 mL)
Sediakan kartrij
- Keluarkan kartrij dari beg kerajang perak.
- Terbalikkan kartrij sepuluh kali untuk mencampurkan reagen yang telah dicairkan di dalamnya.
NOTA: Adalah perkara biasa untuk mendengar komponen dalaman berdenting.
Muatkan sel aliran ke dalam kartrij
- Apabila bersedia untuk memuatkan sel aliran ke dalam kartrij, keluarkan sel aliran daripada bungkusan. Pegang sel aliran pada tab kelabu, dengan label pada tab menghadap ke atas. Gunakan sarung tangan bebas serbuk baharu untuk mengelakkan pencemaran permukaan kaca sel aliran.
- Masukkan sel aliran ke dalam slot sel aliran di hadapan kartrij. Satu klik yang boleh didengar menunjukkan bahawa sel aliran diletakkan dengan betul.
- Keluarkan tab kelabu dengan menariknya keluar.
Muatkan Perpustakaan Olink® ke dalam kartrij
- Tebuk takungan Perpustakaan dengan hujung pipet bersih 1 mL.
- Muatkan 20 μL Perpustakaan Olink dari Seq Tube ke bahagian bawah takungan perpustakaan.
Lakukan larian penjujukan Olink®
Semasa langkah ini, kartrij Penampan dengan sel aliran dimuatkan dan Perpustakaan Olink dimuatkan ke dalam NextSeq™ 2000, dan larian penjujukan dimulakan menggunakan resipi Olink.
Sediakan bangku
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 kitaran) dimuatkan dengan NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell dan Perpustakaan Olink yang dicairkan, disediakan dalam langkah sebelumnya.
Konfigurasikan Mod Larian
- Daripada menu perisian kawalan, pilih Tetapan.
- Di bawah Perkhidmatan Hab Jujukan BaseSpace & Sokongan Proaktif, pilih Persediaan Jalankan Tempatan.
- Pilih Sokongan Proaktif Sahaja sebagai tetapan tambahan. Fungsi ini memerlukan sambungan internet.
- Pilih Lokasi Pengehosan untuk data anda. Lokasi Pengehosan hendaklah berada di dalam atau berdekatan dengan wilayah anda.
- Tetapkan lokasi Folder Output untuk data mentah yang dijalankan semasa. Pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih folder output.
- Pilih kotak semak Denatur dan Dilute On Board untuk menyahtukar dan mencairkan Perpustakaan secara automatik pada instrumen.
- Pilih kotak semak Purge Reagent Cartridge untuk membersihkan reagen yang tidak digunakan secara automatik ke petak reagen terpakai kartrij.
- Pilih kotak semak Autocheck untuk kemas kini perisian untuk menyemak kemas kini perisian secara automatik (pilihan). Fungsi ini memerlukan sambungan internet.
- Pilih Simpan.
Sediakan parameter larian
NOTA: Arahan ini digunakan untuk versi 1.4 perisian kawalan NextSeq™ 1000/2000. Beberapa langkah yang diterangkan di bawah mungkin berbeza apabila menggunakan versi v1.2
- Daripada menu perisian kawalan, pilih Mula.
- Pilih Manually Set Up New Run dan tekan Setup.
- Dalam halaman Run Setup, sediakan parameter run seperti berikut:
- Dalam medan Run Name, masukkan ID percubaan unik.
- Dalam senarai juntai bawah Jenis Baca, pilih pilihan Baca Tunggal.
- Masukkan bilangan kitaran seperti berikut:
- Baca 1: 24
- Indeks 1: 0
- Indeks 2: 0
- Baca 2: 0
NOTA: Adalah penting bahawa Baca 1 ditetapkan kepada 24, jika tidak, keseluruhan larian akan gagal. Abaikan mesej amaran apabila memasukkan bilangan kitaran.
- Dalam senarai juntai bawah Perigi Primer Tersuai, pilih Tidak.
- Dalam medan Resipi Tersuai (pilihan), pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih XML resipi tersuai file Olink_NSQ2K_P2_V1. Pilih Buka.
- Jangan import Sample Sheet.
- Pastikan lokasi Folder Output adalah betul. Jika tidak, pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih lokasi folder output yang dikehendaki.
- Dalam medan Denatur dan Dilute Onboard, pilih Didayakan daripada senarai juntai bawah.
- Pilih Prep.
Muatkan kartrij yang dimuatkan
- Pilih Muatkan. Visor instrumen terbuka dan dulang dikeluarkan.
- Letakkan kartrij yang dimuatkan pada dulang dengan label menghadap ke atas dan sel aliran di dalam instrumen.
- Pilih Tutup.
- Setelah kartrij dimuatkan dengan betul, sahkan parameter jalankan dan pilih Jujukan. Instrumen melakukan semakan pra-lari untuk instrumen dan bendalir.
- NOTA: Semasa pemeriksaan fluidics, ia dijangka mendengar beberapa bunyi meletus.
- Pastikan larian bermula selepas semakan pra-lari automatik telah selesai (~15 minit). Masa larian penjujukan adalah lebih kurang 10j30 min.
- NOTA: Untuk sebarang kegagalan semakan pra-jalanan, rujuk kepada arahan pengilang. Berhati-hati agar tidak terserempak atau mengganggu NextSeq™ 2000 semasa larian penjujukan. Alat ini sensitif kepada getaran.
- Bersihkan kawasan kerja.
Pantau Kemajuan Larian
Olink menggunakan NGS sebagai bacaan untuk mengukur jumlah urutan yang diketahui untuk menganggarkan kepekatan protein tertentu dalam samples (relatif kepada samples). Kualiti data daripada setiap larian penjujukan Explore ditentukan terutamanya oleh parameter QC yang unik kepada teknologi Olink. Oleh itu, metrik kawalan kualiti standard yang digunakan dalam NGS konvensional, seperti skor Q, adalah kurang kritikal.
Keluarkan dan buang kartrij selepas larian
AMARAN: Set reagen ini mengandungi bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Pakai peralatan perlindungan yang mencukupi dan buang reagen terpakai mengikut piawaian yang berkenaan. Untuk maklumat lanjut, rujuk Panduan Sistem Illumina NextSeq 1000 dan 2000 (dokumen #1000000109376).
- Apabila larian selesai, pilih Eject Cartridge.
- NOTA: Kartrij terpakai termasuk sel aliran boleh dibiarkan di tempat sehingga larian seterusnya, tetapi tidak lebih daripada 3 hari.
- Keluarkan kartrij dari dulang.
- Buang reagen mengikut piawaian yang berkenaan.
- Pilih Tutup Pintu. Dulang dimuatkan semula.
- Pilih Laman Utama untuk kembali ke skrin Utama.
- NOTA: Memandangkan kartrij mengandungi semua mekanisme untuk menjalankan sistem, serta takungan untuk mengumpul reagen terpakai, tidak ada keperluan untuk mencuci instrumen selepas larian.
Sejarah semakan
| Versi | tarikh | Penerangan |
| 1.0 | 2021-12-01 | baru |
Untuk Kegunaan Penyelidikan Sahaja. Bukan untuk Digunakan dalam Prosedur Diagnostik.
Produk ini termasuk lesen untuk penggunaan bukan komersial produk Olink. Pengguna komersial mungkin memerlukan lesen tambahan. Sila hubungi Olink Proteomics AB untuk butiran. Tiada jaminan, tersurat atau tersirat, yang melangkaui perihalan ini. Olink Proteomics AB tidak bertanggungjawab untuk kerosakan harta benda, kecederaan diri atau kerugian ekonomi yang disebabkan oleh produk ini. Tanda dagangan berikut dimiliki oleh Olink Proteomics AB: Olink®. Produk ini dilindungi oleh beberapa paten dan aplikasi paten yang terdapat di https://www.olink.com/patents/.
© Hak Cipta 2021 Olink Proteomics AB. Semua tanda dagangan pihak ketiga adalah hak milik pemilik masing-masing.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden
1193, v1.0, 2021-12-01
Dokumen / Sumber
 |
Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] Manual Pengguna NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System |
