Olink NextSeq 2000 Eksplore Sistèm Sekans

Nòt dokiman

Olink® Explore Manyèl Itilizatè a, doc nr 1153, demode, epi yo te ranplase pa dokiman sa yo:

• Olink® Explore Overview Manyèl itilizatè, doc nr 1187
• Manyèl Itilizatè Olink® Explore 384, doc nr 1188
• Manyèl Itilizatè Olink® Explore 4 x 384, doc nr 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion Manyèl Itilizatè, doc nr 1190
• Manyèl Itilizatè Olink® Explore 3072, doc nr 1191
• Olink® Explore Sequencing lè l sèvi avèk NextSeq 550 Manyèl Itilizatè, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing lè l sèvi avèk NextSeq 2000 Manyèl Itilizatè, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing lè l sèvi avèk NovaSeq 6000 Manyèl Itilizatè, doc nr 1194

Entwodiksyon

Itilizasyon entansyonèl

Olink® Explore se yon platfòm imunoessai multiplex pou dekouvèt biomakè pwoteyin imen. Pwodwi a fèt pou itilize rechèch sèlman, epi li pa pou itilize nan pwosedi dyagnostik. Travay laboratwa a dwe fèt sèlman pa anplwaye laboratwa ki resevwa fòmasyon. Pwosesis done yo dwe fèt sèlman pa anplwaye ki resevwa fòmasyon. Rezilta yo vle di ke yo dwe itilize pa chèchè ansanm ak lòt rezilta klinik oswa laboratwa.

Konsènan manyèl sa a

Manyèl Itilizatè sa a bay enstriksyon ki nesesè pou sekans Bibliyotèk Olink® Explore sou Illumina® NextSeq™ 2000. Enstriksyon yo dwe swiv entèdi ak klèman. Nenpòt devyasyon atravè etap laboratwa yo ka lakòz done ki gen pwoblèm. Anvan w kòmanse workflow laboratwa a, konsilte Olink® Explore Overview Manyèl itilizatè pou yon entwodiksyon nan platfòm la, ki gen ladan enfòmasyon sou reyaktif, ekipman ak dokiman ki nesesè, yon souview nan workflow la, osi byen ke direktiv laboratwa. Pou jwenn enstriksyon sou kòman pou yo kouri Olink® Explore Reagent Kits, al gade nan Manyèl Itilizatè Olink® Explore ki aplikab la. Pou tretman done ak analiz rezilta sekans Olink® Explore, al gade nan Gid Itilizatè Olink® MyData Cloud la. Tout mak komèsyal ak copyright ki nan materyèl sa a se pwopriyete Olink® Proteomics AB, sof si yo di otreman.

Sipò teknik

Pou sipò teknik, kontakte Olink Proteomics nan: support@olink.com.

Enstriksyon laboratwa

Chapit sa a bay enstriksyon sou fason pou sekans Bibliyotèk Olink sou NextSeq™ 2000 lè l sèvi avèk NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3. Pwotokòl yo itilize pou sekans lan se yon adaptasyon flux travay NGS estanda Illumina® pou Illumina® NextSeq™ 2000. Anvan w kontinye nan sekans, asire w ke yo verifye kalite bibliyotèk Olink ki pirifye a. Ale nan Manyèl Itilizatè Olink Explore ki aplikab pou jwenn enstriksyon sou kontwòl kalite.

Planifye kouri nan sekans

Yon bibliyotèk Olink ka sekans pou chak selil koule NextSeq™ 2000 P2 ak pou chak kouri. Kantite selil koule P2 ak kous ki nesesè pou sekans diferan Twous reyaktif Olink Explore yo dekri nan Tablo 1. Si yo mande plis pase yon kous, repete enstriksyon ki dekri nan manyèl sa a.

Tablo 1. Planifikasyon kouri sekans

Olink® Explore Reagent Twous	Kantite bibliyotèk Olink	Kantite selil koule (yo) ak kouri (yo)
Olink® Explore 384 Twous reyaktif	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Twous reyaktif	4	4
Olink® Explore 1536 Twous reyaktif	4	4
Olink® Eksplore Twous Reyaktif Ekspansyon	4	4
Olink® Explore 3072 Twous reyaktif	8	8

Enstale resèt koutim Olink®

Sove resèt koutim Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 nan yon katab enstriman apwopriye.

REMAK: Resèt koutim Olink la pral travay sèlman avèk Twous v1000 NextSeq™ 2000/2 P100 Reagents (3 Cycles) ak lojisyèl kontwòl NextSeq™ 1000/2000 v1.2 oswa v1.4.

Prepare reyaktif sekans yo

Pandan etap sa a, katouch reyaktif la ki gen reyaktif gwoupman ak sekans yo dekonjle epi selil koule a prepare.

AVÈTISMAN: Katouch reyaktif la gen pwodui chimik ki kapab danjere. Mete bon jan ekipman pwoteksyon epi jete reyaktif itilize yo an akò ak estanda ki aplikab yo. Pou plis enfòmasyon, al gade nan Gid Sistèm Illumina NextSeq 1000 ak 2000 (dokiman #1000000109376).

Prepare katouch reyaktif

Dekonjle katouch ki pa louvri a ka fè ak twa metòd diferan: nan tanperati chanm, nan yon beny dlo kontwole, oswa nan frijidè a.

Prepare ban

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reyaktif katouch (100 sik)

Enstriksyon yo

1. Deglase katouch reyaktif la jan sa dekri nan Tablo 2.

Tablo 2. Metòd dekonjle katouch reyaktif

Metòd dekonjle	Enstriksyon yo
Nan tanperati chanm	San yo pa louvri sak papye an ajan, mete katouch reyaktif jele a sou ban an epi dekonjle li nan tanperati chanm pou 9 èdtan. Pa depase 16 èdtan. Asire w ke etikèt sak la fè fas a anlè e ke lè ka sikile nan katouch la.
Nan yon beny dlo	San yo pa louvri sak papye ajan an, mete katouch reyaktif jele a mwatye plonje nan yon beny dlo kontwole 25 °C epi kite l dekonjle pou 6 èdtan. Pa depase 8 èdtan. Asire w ke etikèt sak la fè fas a anlè e ke katouch la pa envèse pandan dekonjle. Seche katouch la byen ak yon sèvyèt papye.
Nan frijidè a	San yo pa louvri sak papye an ajan, mete katouch la sou ban an epi dekonjle li nan tanperati chanm pou 6 èdtan. Asire w ke etikèt sak la fè fas a anlè e ke lè ka sikile nan katouch la. Fini dekonjle katouch la nan frijidè a pou 12 èdtan. Pa depase 72 èdtan. Anvan kouri a, retire katouch ki pa louvri ki dekonjle a nan frijidè a epi pèmèt li rive nan tanperati chanm pandan omwen 15 minit, men pa plis pase 1 èdtan.

REMAK: Katouch ki dekonjle pa ka rejele epi yo dwe estoke nan 4 °C, pou yon tan maksimòm 72 èdtan.

Prepare selil koule

Prepare ban

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Enstriksyon yo

1. Pote selil koule nan frijidè nan tanperati chanm pou 10-15 minit.

Prepare Bibliyotèk Olink® pou sekans

Pandan etap sa a, pirifye ak bon jan kalite kontwole Olink Bibliyotèk la dilye nan konsantrasyon final la loading. Remake byen ke denaturasyon Bibliyotèk fèt otomatikman abò enstriman an.

Prepare ban

• Lib Tube, prepare dapre Olink Explore Manyèl Itilizatè ki aplikab la
• 1x RSB ak Tween 20
• MilliQ dlo
• 2x tib mikrosantrifij (1.5 mL)
• Pipèt manyèl (10, 100 ak 1000 μL)
• Filtre konsèy pipèt

Anvan ou kòmanse

• Deglase tib Lib la si li nan frizè.
• Deglase RSB nan frizè ak Tween 20 nan tanperati chanm pou 10 minit. Sere nan +4 °C jiskaske itilize.
• Make de nouvo tib mikrosantrifij 1.5 mL yo jan sa a:
  • Make yon tib "Dil" (pou Bibliyotèk la dilye 1:100)
  • Make yon tib "Seq" (pou pare pou chaje Bibliyotèk la)

Enstriksyon yo

1. Ajoute 495 μL dlo MilliQ nan Tib Dil la.
2. Toubiyon tib Lib la epi vire l desann yon ti tan.
3. Manyèlman transfere 5 μL soti nan Tib Lib la nan Tib Dil la.
4. Vortex Tib Dil la epi vire l desann yon ti tan.
5. Ajoute 20 μL RBS ak Tween 20 nan Tib Seq la.
6. Manyèlman transfere 20 μL soti nan Tib Dil la nan Tib Seq la.
7. Vortex Tib Seq la epi vire l desann yon ti tan.
8. Kontinye imedyatman 2.5 Chaje selil koule ak Olink® Library nan katouch reyaktif.

REMAK: Sere tib Lib (yo) nan -20 °C nan ka ta gen posiblite rerun (yo).

Chaje selil koule ak Olink® Library nan katouch reyaktif

Pandan etap sa a, selil koule a ak Bibliyotèk Olink ki dilye yo chaje nan katouch reyaktif dekonjle a.

Prepare ban

• 1x dekonjle NextSeq™ 1000/2000 P2 reyaktif katouch (100 sik), prepare nan etap anvan yo
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, prepare nan etap anvan yo
• Seq Tib (ak pare pou chaje Bibliyotèk Olink dilye), prepare nan etap anvan yo
• Pipèt manyèl (100 μL)
• Pwent pipèt (1 ml)

Prepare katouch la

1. Retire katouch la nan sak papye an ajan.
2. Envèse katouch la dis fwa pou byen melanje reyaktif ki dekonjle yo anndan an.

REMAK: Li nòmal pou tande konpozan entèn k ap tinten.

Chaje selil koule a nan katouch la

1. Lè w pare pou chaje selil koule a nan katouch la, retire selil koule a nan pake a. Kenbe selil koule a pa tab gri a, ak etikèt ki sou tab la fè fas a anlè. Sèvi ak nouvo gan poud pou evite kontamine sifas vè selil koule a.
2. Mete selil koule a nan plas selil koule nan devan katouch la. Yon klik ki tande endike ke selil koule a kòrèkteman plase.
3. Retire tab gri a lè w rale l.

Chaje Bibliyotèk Olink® la nan katouch la

1. Pèse rezèvwa Bibliyotèk la ak yon pwent pipèt pwòp 1 mL.
2. Chaje 20 μL Bibliyotèk Olink ki soti nan Tib Seq la nan pati anba rezèvwa bibliyotèk la.

Fè kouri sekans Olink®

Pandan etap sa a, katouch Tanpon ak selil koule chaje a ak Bibliyotèk Olink chaje nan NextSeq™ 2000, epi kouri sekans lan kòmanse lè l sèvi avèk resèt Olink la.

Prepare ban

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reyaktif Katouch (100 sik) chaje ak NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell ak dilye Olink Library a, ki te prepare nan etap anvan an.

Konfigure mòd nan kouri

1. Soti nan meni lojisyèl kontwòl la, chwazi Anviwònman.
2. Anba BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, chwazi Enstalasyon Kouri lokal yo.
3. Chwazi Sipò Proactive sèlman kòm paramèt adisyonèl. Fonksyon sa a mande pou yon koneksyon entènèt.
4. Chwazi Kote Hosting pou done ou yo. Hosting Kote yo ta dwe nan oswa tou pre rejyon ou an.
5. Fikse kote Dosye Sòti a pou done aktyèl aktyèl yo. Chwazi Chwazi navige epi chwazi Katab pwodiksyon an.
6. Chwazi kaz la Denatire ak Delye On Board pou otomatikman denatire ak delye Bibliyotèk la abò enstriman an.
7. Chwazi kaz Purge Reagent Cartridge la pou netwaye reyaktif ki pa itilize yo otomatikman nan lòj reyaktif ki depanse nan katouch la.
8. Chwazi kaz Autocheck pou mizajou lojisyèl pou tcheke otomatikman si gen mizajou lojisyèl (si ou vle). Fonksyon sa a mande pou yon koneksyon entènèt.
9. Chwazi Save.

Mete paramèt kouri yo

REMAK: Enstriksyon sa a aplike a vèsyon 1.4 nan lojisyèl kontwòl NextSeq™ 1000/2000. Gen kèk nan etap ki dekri anba a ka diferan lè w ap itilize vèsyon v1.2

1. Nan meni lojisyèl kontwòl la, chwazi Kòmanse.
2. Chwazi Manyèlman mete kanpe nouvo kouri epi peze konfigirasyon.
3. Nan paj Run Setup, mete paramèt kouri yo jan sa a:
   • Nan jaden Non Run, antre yon ID eksperyans inik.
   • Nan lis ki dewoule Kalite Lekti a, chwazi opsyon Single Read la.
   • Antre kantite sik yo jan sa a:
     • Li 1: 24
     • Endèks 1: 0
     • Endèks 2: 0
     • Li 2: 0

REMAK: Li enpòtan pou Li 1 mete sou 24, otreman tout kouri a ap echwe. Inyore mesaj avètisman yo lè w ap antre nan kantite sik.

• Nan lis deroulant Custom Primer Wells, chwazi Non.
• Nan jaden Custom Recipe (si ou vle), chwazi Chwazi pou navige epi chwazi XML resèt koutim lan file Olink_NSQ2K_P2_V1. Chwazi Louvri.
• Pa enpòte yon Sample Sheet.
• Asire w ke kote Dosye Sòti a kòrèk. Sinon, chwazi Chwazi pou navige epi chwazi kote katab pwodiksyon vle.
• Nan jaden Denature ak Delye Onboard, chwazi Pèmèt nan lis deroule a.
• Chwazi Prep.

Chaje katouch ki chaje a

1. Chwazi chaj. Visyèr enstriman an ouvri epi plato a soti.
2. Mete katouch ki chaje a sou plato a ak etikèt la fè fas a anlè epi selil koule a andedan enstriman an.
3. Chwazi Fèmen.
4. Yon fwa katouch la byen chaje, verifye paramèt kouri yo epi chwazi Sekans. Enstriman an fè chèk pre-kouri pou enstriman an ak fluidics yo.
   • REMAK: Pandan chèk likid la, li espere tande plizyè son eklate.
5. Asire w ke kouri a kòmanse apre chèk otomatik pre-kouri yo te fini (~15 minit). Tan an kouri sekans se apeprè 10h30 min.
   • REMAK: Pou nenpòt echèk chèk pre-kouri, al gade nan enstriksyon manifakti a. Fè atansyon pou pa frape NextSeq™ 2000 la oswa deranje NextSeq™ XNUMX pandan sekans lan. Enstriman an sansib a vibrasyon.
6. Netwaye zòn travay la.

Siveye Pwogrè Kouri

Olink itilize NGS kòm lekti pou quantifier kantite yon sekans li te ye pou ka estime konsantrasyon yon pwoteyin bay an s.amples (parapò ak lòt samples). Kalite done ki soti nan chak kouri sekans Explore se sitou detèmine pa paramèt QC inik nan teknoloji Olink. Pakonsekan, mezi kontwòl kalite estanda yo itilize nan NGS konvansyonèl yo, tankou Q-score, yo mwens kritik.

Eject epi jete katouch la apre kouri a

AVÈTISMAN: Ansanm reyaktif sa yo gen pwodui chimik ki kapab danjere. Mete bon jan ekipman pwoteksyon epi jete reyaktif itilize yo an akò ak estanda ki aplikab yo. Pou plis enfòmasyon, al gade nan Gid Sistèm Illumina NextSeq 1000 ak 2000 (dokiman #1000000109376).

1. Lè kouri a fini, chwazi Eject Cartridge.
   • REMAK: Katouch itilize a ki gen ladan selil koule ka rete an plas jiskaske pwochen kouri a, men pa plis pase 3 jou.
2. Retire katouch la nan plato a.
3. Jete reyaktif yo an akò ak estanda ki aplikab yo.
4. Chwazi Fèmen Pòt. Plato a rechaje.
5. Chwazi Kay pou retounen nan ekran Kay la.
   • REMAK: Depi katouch la gen tout mekanis pou kouri sistèm nan, osi byen ke yon rezèvwa pou kolekte reyaktif itilize yo, pa gen okenn nesesite pou yon lave enstriman apre kouri a.

Istwa revizyon

Version	Dat	Deskripsyon
1.0	2021-12-01	Nouvo

www.olink.com

Pou itilize rechèch sèlman. Pa pou itilize nan pwosedi dyagnostik.

Pwodwi sa a gen ladan li yon lisans pou itilizasyon ki pa komèsyal nan pwodwi Olink. Itilizatè komèsyal yo ka bezwen lisans adisyonèl. Tanpri kontakte Olink Proteomics AB pou plis detay. Pa gen okenn garanti, eksprime oswa enplisit, ki pwolonje pi lwen pase deskripsyon sa a. Olink Proteomics AB pa responsab pou domaj pwopriyete, blesi pèsonèl, oswa pèt ekonomik ki te koze pa pwodui sa a. Olink Proteomics AB posede mak sa a: Olink®. Pwodui sa a kouvri pa plizyè patant ak aplikasyon patant ki disponib nan https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Tout mak twazyèm pati yo se pwopriyete pwopriyetè respektif yo.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Upsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokiman / Resous

Olink NextSeq 2000 Eksplore Sistèm Sekans [pdfManyèl Itilizatè NextSeq 2000, Eksplore Sistèm Sekans, NextSeq 2000 Eksplore Sistèm Sekans

Referans

• Manyèl itilizatè