Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System User Manual

Olink® Explore is in multiplex immunoassay-platfoarm foar ûntdekking fan minsklike proteïnebiomarkers. It produkt is allinich bedoeld foar ûndersyksgebrûk, en net foar gebrûk yn diagnostyske prosedueres. It laboratoariumwurk sil allinich útfierd wurde troch oplaat laboratoariumpersoniel. Gegevensferwurking sil allinich wurde útfierd troch oplaat personiel. De resultaten binne bedoeld om te brûken troch ûndersikers yn kombinaasje mei oare klinyske of laboratoariumbefiningen.

Oer dizze hânlieding

Dizze brûkershantlieding jout de ynstruksjes dy't nedich binne om Olink® Explore Libraries te foltôgjen op Illumina® NextSeq™ 2000. De ynstruksjes moatte strikt en eksplisyt wurde folge. Elke ôfwiking yn 'e laboratoariumstappen kin resultearje yn beheinde gegevens. Foardat jo de laboratoariumworkflow begjinne, rieplachtsje de Olink® Explore Overview Brûkershânlieding foar in yntroduksje ta it platfoarm, ynklusyf ynformaasje oer reagents, apparatuer en dokumintaasje nedich, in oerview fan 'e workflow, lykas laboratoariumrjochtlinen. Foar ynstruksjes oer hoe't jo de Olink® Explore Reagent Kits útfiere, ferwize nei it fan tapassing Olink® Explore User Manual. Foar gegevensferwurking en analyze fan 'e Olink® Explore-sekwinsjeresultaten, ferwize nei de Olink® MyData Cloud User Guide. Alle hannelsmerken en auteursrjochten yn dit materiaal binne it eigendom fan Olink® Proteomics AB, útsein as oars oanjûn.

Technyske stipe

Foar technyske stipe, nim dan kontakt op mei Olink Proteomics op: support@olink.com.

Laboratoarium ynstruksjes

Dit haadstik jout ynstruksjes oer hoe't jo Olink-biblioteken op NextSeq™ 2000 folje kinne mei de NextSeq™ 1000/2000 P2-reagenzjes (100 syklusen) v3. It protokol dat brûkt wurdt foar sequencing is in oanpassing fan 'e Illumina® standert NGS workflow foar Illumina® NextSeq ™ 2000. Foardat jo trochgean mei sekwinsje, soargje derfoar dat de kwaliteit fan 'e suvere Olink Library is ferifiearre. Ferwize nei it tapaslike Olink Explore Brûkershânlieding foar ynstruksjes oer kwaliteitskontrôle.

Plan de sequencing run

Ien Olink-bibleteek kin wurde opfolge per NextSeq™ 2000 P2-flowsel en per run. It oantal P2 flow sellen en rint nedich foar in sequence de ferskillende Olink Explore Reagent Kits wurdt beskreaun yn Tabel 1. As mear as ien run is nedich, werhelje de ynstruksjes beskreaun yn dizze hantlieding.

Tabel 1. Sequencing run planning

Olink® Explore Reagent Kit	Oantal Olink biblioteken	Oantal streamsel(s) en run(s)
Olink® Explore 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 reagenskit	4	4
Olink® Explore 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 Reagent Kit	8	8

Ynstallearje Olink® oanpaste resept

Bewarje it Olink oanpaste resept xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 yn in passende ynstrumint map.

NOAT: It oanpaste resept fan Olink sil allinich wurkje mei de NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3-kit en de NextSeq™ 1000/2000 kontrôlesoftware v1.2 of v1.4.

Bereid sequencing reagents

Tidens dizze stap wurdt de reagenscartridge dy't clustering- en sequencing-reagenzjes befettet, ûntdutsen en wurdt de streamsel taret.

WARSKÔGING: De reagenscartridge befettet potinsjeel gefaarlike gemikaliën. Draach adekwate beskermjende apparatuer en smyt brûkte reagents yn oerienstimming mei tapassing noarmen. Foar mear ynformaasje, ferwize nei de Illumina NextSeq 1000 en 2000 System Guide (dokumint #1000000109376).

Prepare reagent cartridge

It ûntjaan fan de net iepene cartridge kin dien wurde mei trije ferskillende metoaden: by keamertemperatuer, yn in kontrolearre wetterbad, of yn 'e kuolkast.

Bereid bank

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reagenscartridge (100 syklusen)

Ynstruksjes

Taai de reagenscartridge lykas beskreaun yn Tabel 2.

Tabel 2. Reagent cartridge thawing metoaden

Taai metoade	Ynstruksjes
By keamertemperatuer	Sûnder de sulveren folie tas te iepenjen, set de beferzen reagenspatroan op 'e bank en ûntdooije it by keamertemperatuer foar 9 oeren. Net mear as 16 oeren. Soargje derfoar dat it taslabel nei boppen leit en dat lucht om 'e cartridge kin sirkulearje.
Yn in wetterbad	Sûnder it iepenjen fan de sulveren folie tas, pleats de beferzen reagenspatroan heal ûnderdompele yn in kontrolearre 25 °C wetterbad en lit it 6 oeren ûntjaan. Net mear as 8 oeren. Soargje derfoar dat it taslabel nei boppen leit en dat de cartridge net omkeart by it ûntjaan. Droog de cartridge goed mei in papieren handdoek.
Yn 'e kuolkast	Sûnder it iepenjen fan de sulveren folie tas, set de cartridge op 'e bank en ûntdooi it by keamertemperatuer foar 6 oeren. Soargje derfoar dat it taslabel nei boppen leit en dat lucht om 'e cartridge kin sirkulearje. Finishje de cartridge yn 'e kuolkast foar 12 oeren. Net mear as 72 oeren. Foardat de run, ferwiderje de ûntdutsen net iepene cartridge út 'e kuolkast en lit it op syn minst 15 minuten, mar net mear as 1 oere, keamertemperatuer berikke.

NOAT: Ontdooide cartridges kinne net opnij beferzen wurde en moatte wurde opslein by 4 °C, foar in maksimum tiid fan 72 oeren.

Tariede flow sel

Bereid bank

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Ynstruksjes

Bring de gekoelde streamsel nei keamertemperatuer foar 10-15 minuten.

Olink®-bibleteek tariede op sequencing

Tidens dizze stap wurdt de suvere en kwaliteitskontrolearre Olink-bibleteek ferwettere oant de definitive ladenkonsintraasje. Tink derom dat biblioteekdenaturaasje automatysk oan board fan it ynstrumint wurdt útfierd.

Bereid bank

Lib Tube, taret neffens de tapassing Olink Explore User Manual

1x RSB mei Tween 20
MilliQ wetter
2x Microcentrifuge buizen (1.5 ml)
Hânlieding pipet (10, 100 en 1000 μL)
Filter pipet tips

Foardat jo begjinne

Thaw de Lib Tube as beferzen.
Thaw de beferzen RSB mei Tween 20 by keamertemperatuer foar 10 minuten. Bewarje by +4 ° C oant gebrûk.
Markearje de twa nije 1.5 mL mikrocentrifuge buizen as folget:
- Markearje ien buis "Dil" (foar de 1:100 verdunde bibleteek)
- Markearje ien buis "Seq" (foar de bibleteek klear om te laden)

Ynstruksjes

Foegje 495 μL MilliQ wetter ta oan 'e Dil Tube.

Vortex de Lib Tube en spin it koart del.
Transfer 5 μL mei de hân fan 'e Lib Tube nei de Dil Tube.
Vortex de Dil Tube en spin it koart del.
Foegje 20 μL RBS ta mei Tween 20 oan de Seq Tube.

Ferpleatse 20 μL mei de hân fan 'e Dil Tube nei de Seq Tube.
Vortex de Seq Tube en spin it koart del.
Fuort fuortdaliks nei 2.5 Load flow sel en Olink® Library yn reagent cartridge.

NOAT: Bewarje de Lib Tube(s) by -20 °C yn gefal fan mooglike werhelling(s).

Laad flow sel en Olink® Library yn reagent cartridge

Tidens dizze stap wurde de trochstreamsel en de verdunde Olink-bibleteek yn 'e ûntduide reagenspatroan laden.

Bereid bank

1x ûntdikke NextSeq™ 1000/2000 P2 reagenscartridge (100 syklusen), taret yn foarige stap
1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, taret yn foarige stap

Seq Tube (mei klear te laden verdunde Olink Library), taret yn foarige stap
Hânlieding pipet (100 μL)
Pipettip (1 ml)

Tariede de cartridge

Fuortsmite de cartridge út 'e sulveren folie tas.
Ynvertearje de cartridge tsien kear om de ûntduide reagenzjes yngeand te mingjen.

NOAT: It is normaal om ynterne komponinten te jingeljen.

Laad de streamsel yn 'e cartridge

As jo klear binne om de streamsel yn 'e cartridge te laden, ferwiderje de streamsel út it pakket. Hâld de streamsel by de grize ljepper, mei it label op 'e ljepper nei boppen. Brûk nije poederfrije wanten om foar te kommen dat it glêzen oerflak fan 'e streamsel kontaminearret.
Foegje de flow sel yn de flow sel slot oan de foarkant fan de cartridge. In te hearren klik jout oan dat de streamsel korrekt pleatst is.
Ferwiderje de grize ljepper troch it út te lûken.

Laad de Olink® Library yn 'e cartridge

Pierce de Library reservoir mei in skjinne 1 mL pipet tip.
Laad 20 μL fan 'e Olink-bibleteek fan' e Seq-buis yn 'e boaiem fan it biblioteekreservoir.

Utfiere Olink® sequencing run

Tidens dizze stap wurdt de buffercartridge mei de laden streamsel en Olink-bibleteek yn 'e NextSeq ™ 2000 laden, en wurdt de sequencing-run begon mei it Olink-resept.

Bereid bank

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 syklusen) laden mei de NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell en de verdunde Olink Library, taret yn 'e foarige stap.

Konfigurearje de Run Mode

Selektearje Ynstellings út it kontrôlesoftwaremenu.
Under BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, selektearje Local Run Setup.
Selektearje allinich proaktive stipe as ekstra ynstellings. Dizze funksje fereasket in ynternetferbining.
Selektearje de hostinglokaasje foar jo gegevens. Hostinglokaasje moat yn of tichtby jo regio wêze.
Stel de lokaasje fan de útfiermap yn foar de aktuele rûge gegevens. Selektearje Kies om te navigearjen en selektearje de útfiermap.
Selektearje it karfakje Denature and Dilute On Board om automatysk de bibleteek oan board fan it ynstrumint te denaturearjen en te ferwetterjen.
Selektearje it karfakje Purge Reagent Cartridge om net-brûkte reagenzjes automatysk te reinigjen nei it trochbrocht reagens-kompartiment fan 'e cartridge.
Selektearje it karfakje Autocheck for software updates om automatysk te kontrolearjen op software updates (opsjoneel). Dizze funksje fereasket in ynternetferbining.
Selektearje Bewarje.

Set run parameters

NOAT: Dizze ynstruksje jildt foar ferzje 1.4 fan 'e NextSeq™ 1000/2000 kontrôlesoftware. Guon fan 'e hjirûnder beskreaune stappen kinne oars wêze as jo ferzje v1.2 brûke

Selektearje Start út it kontrôlesoftwaremenu.
Selektearje Manually Set Up New Run en druk op Setup.
Stel op 'e Run Setup-side de runparameters as folget yn:
- Fier yn it Run Name fjild in unyk eksperimint ID yn.
- Selektearje yn de drop-down list Lêstype de opsje Single Read.
- Fier it oantal syklusen as folget yn:
  - Lêze 1: 24
  - Yndeks 1: 0
  - Yndeks 2: 0
  - Lêze 2: 0

NOAT: It is krúsjaal dat Read 1 is ynsteld op 24, oars sil de hiele run mislearje. Negearje de warskôgingsberjochten by it ynfieren fan it oantal syklusen.

Selektearje yn 'e dellûklist Custom Primer Wells Nee.
Yn it fjild Custom Recipe (opsjoneel) selektearje Kies om te navigearjen en selektearje it oanpaste resept XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Selektearje Iepenje.
Net ymportearje in Sample blêd.
Soargje derfoar dat de lokaasje fan de útfiermap korrekt is. Oars, selektearje Kies om te navigearjen en selektearje de winske lokaasje fan de útfiermap.

Selektearje yn it fjild Denature and Dilute Onboard Ynskeakele út it útklapmenu.
Selektearje Prep.

Laad de laden cartridge

Selektearje Load. It ynstrumintfizier iepenet en de bak wurdt útstutsen.
Plak de laden cartridge op 'e lade mei it label nei boppen en de streamsel yn it ynstrumint.

Selektearje slute.
Sadree't de cartridge goed is laden, ferifiearje de run parameters en selektearje Sequence. It ynstrumint fiert pre-run kontrôles foar it ynstrumint en de fluidics.
- NOAT: Tidens de floeistofkontrôle wurdt ferwachte dat se ferskate knallende lûden hearre.
Soargje derfoar dat de run begjint nei't de automatyske pre-runkontrôles foltôge binne (~ 15 minuten). De sekwinsjele runtiid is sawat 10h30 min.
- NOAT: Foar alle pre-run kontrôle mislearrings, ferwize nei de fabrikant syn ynstruksjes. Wês foarsichtich dat jo de NextSeq ™ 2000 net botste of oars fersteure tidens de sequencing run. It ynstrumint is gefoelich foar trillingen.
Reinigje it wurkgebiet.

Monitor Run Progress

Olink brûkt NGS as readout om it bedrach fan in bekende folchoarder te kwantifisearjen om de konsintraasje fan in opjûne proteïne yn s te skattenamples (relatyf oan oare samples). Gegevenskwaliteit fan elke Explore-sequencing-run wurdt benammen bepaald troch QC-parameters unyk foar Olink-technology. Hjirtroch binne standertmetriken foar kwaliteitskontrôle brûkt yn konvinsjonele NGS, lykas Q-score, minder kritysk.

Utsmite en smyt de cartridge nei de run

WARSKÔGING: Dizze set reagentia befettet potinsjeel gefaarlike gemikaliën. Draach adekwate beskermjende apparatuer en smyt brûkte reagents yn oerienstimming mei tapassing noarmen. Foar mear ynformaasje, ferwize nei de Illumina NextSeq 1000 en 2000 System Guide (dokumint #1000000109376).

As de run is foltôge, selektearje Eject Cartridge.
- NOAT: De brûkte cartridge ynklusyf flow sel kin bliuwe yn plak oant de folgjende run, mar net mear as 3 dagen.
Fuortsmite de cartridge út 'e lade.
Ferwiderje de reagenzjes yn oerienstimming mei jildende noarmen.
Selektearje doar slute. De bak wurdt opnij laden.
Selektearje Thús om werom te gean nei it Thússkerm.
- NOAT: Sûnt de cartridge befettet alle meganismen te rinne it systeem, likegoed as in reservoir te sammeljen brûkt reagents, der is gjin ferlet fan in ynstrumint waskje nei de run.

Revision skiednis

Ferzje	Datum	Beskriuwing
1.0	2021-12-01	Nij

www.olink.com

Allinnich foar ûndersyksgebrûk. Net foar gebrûk yn diagnostyske prosedueres.

Dit produkt befettet in lisinsje foar it net-kommersjeel gebrûk fan Olink-produkten. Kommersjele brûkers kinne ekstra lisinsjes fereaskje. Nim dan kontakt op mei Olink Proteomics AB foar details. D'r binne gjin garânsjes, útdrukt of ymplisearre, dy't útwreidzje boppe dizze beskriuwing. Olink Proteomics AB is net oanspraaklik foar skea oan eigendom, persoanlik ferwûnings, of ekonomysk ferlies feroarsake troch dit produkt. It folgjende hannelsmerk is eigendom fan Olink Proteomics AB: Olink®. Dit produkt wurdt bedutsen troch ferskate oktroaien en oktroai applikaasjes beskikber by https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokuminten / Resources

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] Brûkershânlieding
NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Referinsjes

User Manual

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Dokumint notysje

Ynlieding

Technyske stipe

Laboratoarium ynstruksjes

Bereid sequencing reagents

Prepare reagent cartridge

Tariede flow sel

Olink®-bibleteek tariede op sequencing

Laad flow sel en Olink® Library yn reagent cartridge

Laad de streamsel yn 'e cartridge

Utfiere Olink® sequencing run

Set run parameters

Utsmite en smyt de cartridge nei de run

Revision skiednis

Dokuminten / Resources

Referinsjes

Lit in reaksje efter

Antwurd annulearje