Olink NextSeq 2000 Explore シーケンシング システム
ドキュメントノート
Olink® Explore ユーザー マニュアル、doc nr 1153 は廃止され、次のドキュメントに置き換えられました。
- Olink® エクスプロアオーバーview ユーザーマニュアル、doc nr 1187
- Olink® Explore 384 ユーザーマニュアル、doc nr 1188
- Olink® Explore 4 x 384 ユーザーマニュアル、doc nr 1189
- Olink® Explore 1536 & Expansion ユーザーマニュアル、doc nr 1190
- Olink® Explore 3072 ユーザーマニュアル、doc nr 1191
- Olink® Explore Sequencing using NextSeq 550 ユーザーマニュアル、doc nr 1192
- Olink® Explore Sequencing using NextSeq 2000 ユーザーマニュアル、doc nr 1193
- Olink® Explore Sequencing using NovaSeq 6000 ユーザーマニュアル、doc nr 1194
導入
使用目的
Olink® Explore は、ヒトタンパク質バイオマーカー発見のためのマルチプレックス イムノアッセイ プラットフォームです。 この製品は研究目的でのみ使用することを目的としており、診断手順での使用は意図していません。 実験室での作業は、訓練を受けた実験室スタッフのみが行うものとします。 データ処理は、訓練を受けたスタッフのみが実行するものとします。 この結果は、研究者が他の臨床または検査所見と併せて使用することを意図しています。
このマニュアルについて
このユーザーマニュアルは、Illumina® NextSeq™ 2000 で Olink® Explore Libraries をシーケンスするために必要な指示を提供します。指示には厳密かつ明示的に従わなければなりません。 実験室の手順全体で逸脱すると、データが損なわれる可能性があります。 ラボのワークフローを開始する前に、Olink® Explore Over を参照してください。view 必要な試薬、機器、およびドキュメントに関する情報を含む、プラットフォームの紹介のためのユーザーマニュアルview ラボのガイドラインだけでなく、ワークフローの。 Olink® Explore 試薬キットの実行方法については、該当する Olink® Explore ユーザー マニュアルを参照してください。 Olink® Explore シーケンス結果のデータ処理と分析については、Olink® MyData Cloud ユーザー ガイドを参照してください。 この資料に含まれるすべての商標および著作権は、特に明記されていない限り、Olink® Proteomics AB の所有物です。
テクニカルサポート
技術サポートについては、Olink Proteomics までお問い合わせください。 support@olink.com.
実験室の指示
この章では、NextSeq™ 2000/1000 P2000 試薬 (2 サイクル) v100 を使用して、NextSeq™ 3 で Olink ライブラリをシーケンスする方法について説明します。シーケンスに使用されるプロトコルは、Illumina® NextSeq™ 2000 用の Illumina® 標準 NGS ワークフローを適応させたものです。シーケンスに進む前に、精製された Olink ライブラリの品質が検証されていることを確認してください。品質管理の手順については、該当する Olink Explore ユーザー マニュアルを参照してください。
シーケンス実行を計画する
2000 つの Olink ライブラリを、NextSeq™ 2 P2 フローセルおよび実行ごとにシーケンスできます。さまざまな Olink Explore 試薬キットをシーケンスするために必要な P1 フローセルと実行の数は、表 XNUMX に記載されています。複数の実行が必要な場合は、このマニュアルに記載されている手順を繰り返します。
表 1. シーケンス実行計画
| Olink® Explore 試薬キット | Olink ライブラリの数 | フローセルとランの数 |
| Olink® Explore 384 試薬キット | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 試薬キット | 4 | 4 |
| Olink® Explore 1536 試薬キット | 4 | 4 |
| Olink® Explore 拡張試薬キット | 4 | 4 |
| Olink® Explore 3072 試薬キット | 8 | 8 |
Olink®カスタムレシピをインストール
Olinkカスタムレシピxmlを保存します。file Olink_NSQ2K_P2_V1 を適切な機器フォルダーに保存します。
注記： Olink カスタム レシピは、NextSeq™ 1000/2000 P2 試薬 (100 サイクル) v3 キットおよび NextSeq™ 1000/2000 コントロール ソフトウェア v1.2 または v1.4 でのみ機能します。
シーケンス試薬の準備
このステップでは、クラスタリング試薬とシーケンス試薬を含む試薬カートリッジが解凍され、フローセルが準備されます。
警告： 試薬カートリッジには潜在的に危険な化学物質が含まれています。 適切な保護具を着用し、適用される基準に従って使用済み試薬を廃棄してください。 詳細については、Illumina NextSeq 1000 and 2000 System Guide (ドキュメント #1000000109376) を参照してください。
試薬カートリッジの準備
未開封のカートリッジの解凍は、室温、制御されたウォーターバス、冷蔵庫の XNUMX つの方法で行うことができます。
ベンチの準備
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 試薬カートリッジ (100 サイクル)
説明書
- 表 2 の説明に従って、試薬カートリッジを解凍します。
表 2. 試薬カートリッジの解凍方法
| 解凍方法 | 説明書 |
| 室温で |
|
| 湯煎で |
|
| 冷蔵庫の中 |
|
注記： 解凍したカートリッジは再凍結できず、4 °C で最大 72 時間保管する必要があります。
フローセルの準備
ベンチの準備
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 フローセル
説明書
- 冷蔵したフローセルを室温に 10 ～ 15 分間置きます。
シーケンシング用に Olink® Library を準備する
このステップでは、精製され品質管理された Olink ライブラリが最終的なローディング濃度に希釈されます。ライブラリの変性は装置上で自動的に実行されることに注意してください。
ベンチの準備
- 適切な Olink Explore ユーザー マニュアルに従って準備されたリブ チューブ
- Tween 1 を使用した 20x RSB
- ミリキューウォーター
- 2x マイクロ遠心チューブ (1.5 mL)
- 手動ピペット (10、100、1000 μL)
- フィルターピペットチップ
始める前に
- Lib Tube が凍結している場合は解凍してください。
- 凍結した RSB を Tween 20 で室温で 10 分間解凍します。 使用するまで +4 ° C で保存します。
- 次のように、1.5 つの新しい XNUMX mL マイクロ遠心チューブに印を付けます。
- 1 本のチューブに「Dil」とマークを付けます (100:XNUMX 希釈ライブラリ用)。
- XNUMX つのチューブに「Seq」とマークを付けます (ライブラリをロードする準備ができているため)。
説明書
- 495 μL の MilliQ 水を Dil Tube に追加します。
- Lib Tube をボルテックスし、短時間スピンダウンします。
- Lib Tube から 5 μL を手動で Dil Tube に移します。
- Dil Tube をボルテックスし、短時間スピンダウンします。
- Tween 20 を含む 20 μL の RBS を Seq Tube に追加します。
- Dil Tube から 20 μL を手動で Seq Tube に移します。
- Seq Tube をボルテックスし、短時間スピンダウンします。
- すぐに 2.5 フローセルと Olink® ライブラリを試薬カートリッジにロードします。
注記： 再実行の可能性がある場合は、Lib Tube を -20 °C で保管してください。
フローセルと Olink® Library を試薬カートリッジにロードする
このステップでは、フローセルと希釈された Olink ライブラリが解凍された試薬カートリッジにロードされます。
ベンチの準備
- 前の手順で準備した解凍済みのNextSeq™ 1/1000 P2000試薬カートリッジ（2サイクル）100個
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 フローセル（前の手順で準備）
- 前のステップで準備したSeqチューブ（希釈したOlinkライブラリをロードする準備が整っている）
- 手動ピペット (100 μL)
- ピペットチップ (1 mL)
カートリッジの準備
- 銀箔の袋からカートリッジを取り出します。
- カートリッジを XNUMX 回逆さにして、解凍した試薬を完全に混合します。
注記： 内部コンポーネントのジャラジャラ音がするのは正常です。
フローセルをカートリッジにロードします
- フローセルをカートリッジにロードする準備ができたら、パッケージからフローセルを取り出します。 フローセルのグレーのタブを持ち、タブのラベルを上に向けます。 フローセルのガラス面の汚染を避けるために、新しいパウダーフリーの手袋を使用してください。
- フローセルをカートリッジ前面のフローセルスロットに挿入します。 カチッという音がして、フローセルが正しく配置されたことを示します。
- 灰色のタブを引っ張って取り外します。
Olink® Library をカートリッジにロードする
- きれいな 1 mL ピペット チップでライブラリ リザーバーに穴を開けます。
- ライブラリ リザーバーの底に Seq チューブから Olink ライブラリの 20 μ L をロードします。
Olink® シーケンスランを実行する
このステップでは、フローセルと Olink ライブラリがロードされたバッファーカートリッジが NextSeq™ 2000 にロードされ、Olink レシピを使用してシーケンスランが開始されます。
ベンチの準備
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 試薬カートリッジ (100 サイクル) に、NextSeq™ 1000/2000 P2 フロー セルと、前の手順で準備した希釈 Olink ライブラリをロードします。
実行モードの構成
- コントロール ソフトウェアのメニューから、[設定] を選択します。
- BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support の下で、Local Run Setup を選択します。
- 追加設定としてプロアクティブ サポートのみを選択します。 この機能にはインターネット接続が必要です。
- データのホスティング場所を選択します。 ホスティングの場所は、地域内または地域に近い必要があります。
- 現在の実行生データの出力フォルダーの場所を設定します。 [選択] を選択して移動し、出力フォルダーを選択します。
- 装置上でライブラリーを自動的に変性および希釈するには、[Denature and Dilute On Board] チェックボックスを選択します。
- Purge Reagent Cartridge チェックボックスを選択して、未使用の試薬をカートリッジの使用済み試薬コンパートメントに自動的にパージします。
- ソフトウェア アップデートの自動チェック チェックボックスを選択して、ソフトウェア アップデートを自動的にチェックします（オプション）。 この機能にはインターネット接続が必要です。
- [保存]を選択します。
実行パラメーターの設定
注記： この説明は、NextSeq™ 1.4/1000 コントロール ソフトウェアのバージョン 2000 に適用されます。 バージョン v1.2 を使用する場合、以下で説明する手順の一部が異なる場合があります。
- コントロール ソフトウェアのメニューから、[開始] を選択します。
- [新しい実行を手動でセットアップ] を選択し、[セットアップ] を押します。
- [実行の設定] ページで、次のように実行パラメーターを設定します。
- [実行名] フィールドに、一意の実験 ID を入力します。
- [読み取りタイプ] ドロップダウン リストで、[単一読み取り] オプションを選択します。
- 次のようにサイクル数を入力します。
- 読む 1: 24
- 索引 1: 0
- 索引 2: 0
- 読む 2: 0
注記： Read 1 を 24 に設定することは非常に重要です。そうしないと、実行全体が失敗します。サイクル数を入力するときは、警告メッセージを無視してください。
- [カスタム プライマー ウェル] ドロップダウン リストで、[いいえ] を選択します。
- [カスタム レシピ (オプション)] フィールドで、[選択] を選択してナビゲートし、カスタム レシピ XML を選択します。 file Olink_NSQ2K_P2_V1. [開く] を選択します。
- S をインポートしないでくださいampルシート。
- 出力フォルダの場所が正しいことを確認してください。 それ以外の場合は、[選択] を選択して移動し、目的の出力フォルダーの場所を選択します。
- Denature and Dilute Onboard フィールドで、ドロップダウン リストから Enabled を選択します。
- [準備] を選択します。
装填済みカートリッジを装填する
- [読み込み] を選択します。 計器バイザーが開き、トレイが排出されます。
- 装填されたカートリッジを、ラベルを上向きにしてフローセルを装置内に置いてトレイに置きます。
- [閉じる]を選択します。
- カートリッジが正しくロードされたら、実行パラメーターを確認し、[シーケンス] を選択します。 装置は、装置とフルイディクスの実行前チェックを実行します。
- 注記： 流体工学のチェック中に、いくつかの破裂音が聞こえることが予想されます。
- 自動実行前チェックが完了した後 (~15 分) に実行が開始されることを確認してください。 シーケンス実行時間は約 10 時間 30 分です。
- 注記： 実行前チェックの失敗については、製造元のマニュアルを参照してください。シーケンス実行中は、NextSeq™ 2000 にぶつかったり、その他の方法で装置を妨害したりしないように注意してください。この装置は振動に敏感です。
- 作業エリアを清掃してください。
実行の進行状況を監視する
Olink は既知の配列の量を定量化するための読み出しとして NGS を使用して、特定のタンパク質の濃度を s で推定します。amples (他の sampレ）。 各Exploreシーケンシングランからのデータ品質は、主にOlinkテクノロジーに固有のQCパラメーターによって決定されます。 したがって、Q スコアなど、従来の NGS で使用される標準的な品質管理指標はそれほど重要ではありません。
実行後にカートリッジを取り出して廃棄する
警告： この試薬セットには、潜在的に危険な化学物質が含まれています。 適切な保護具を着用し、適用される基準に従って使用済み試薬を廃棄してください。 詳細については、Illumina NextSeq 1000 and 2000 System Guide (ドキュメント #1000000109376) を参照してください。
- 実行が完了したら、カートリッジの取り出しを選択します。
- 注記： フローセルを含む使用済みカートリッジは、次の実行までそのままにしておくことができますが、3 日間以内です。
- カートリッジをトレイから取り外します。
- 該当する基準に従って試薬を廃棄してください。
- [ドアを閉じる] を選択します。 トレイがリロードされます。
- [ホーム] を選択してホーム画面に戻ります。
- 注記： カートリッジには、システムを実行するためのすべてのメカニズムと、使用済み試薬を収集するためのリザーバーが含まれているため、実行後に機器を洗浄する必要はありません。
改訂履歴
| バージョン | 日付 | 説明 |
| 1.0 | 2021-12-01 | 新しい |
研究目的のみ。 診断手順には使用しないでください。
この製品には、Olink 製品の非商用使用ライセンスが含まれています。商用ユーザーは追加のライセンスが必要になる場合があります。詳細については、Olink Proteomics AB にお問い合わせください。明示的または黙示的を問わず、この説明を超える保証はありません。Olink Proteomics AB は、この製品によって生じた物的損害、人身傷害、または経済的損失について責任を負いません。次の商標は、Olink Proteomics AB が所有しています: Olink®。この製品は、次の場所で入手可能な複数の特許および特許出願の対象となっています。 https://www.olink.com/patents/.
© Copyright 2021 Olink Proteomics AB。すべてのサードパーティの商標は、それぞれの所有者に帰属します。
Olink Proteomics、Dag Hammarskjölds väg 52B、SE-752 37 ウプサラ、スウェーデン
1193, v1.0, 2021-12-01
ドキュメント / リソース
 |
Olink NextSeq 2000 Explore シーケンシング システム [pdf] ユーザーマニュアル NextSeq 2000、Explore シーケンス システム、NextSeq 2000 Explore シーケンス システム |
