Olink NextSeq 2000 Sequencing System Explore
Sənəd qeydi
Olink® Explore İstifadəçi təlimatı, sənəd nr 1153, köhnəlmişdir və aşağıdakı sənədlərlə əvəz edilmişdir:
- Olink® Explore Overview İstifadəçi təlimatı, sənəd № 1187
- Olink® Explore 384 İstifadəçi Təlimatı, sənəd nr 1188
- Olink® Explore 4 x 384 İstifadəçi Təlimatı, sənəd nr 1189
- Olink® Explore 1536 və Genişləndirmə İstifadəçi Təlimatı, sənəd nr 1190
- Olink® Explore 3072 İstifadəçi Təlimatı, sənəd nr 1191
- NextSeq 550 İstifadəçi Təlimatı, sənəd nr 1192 istifadə edərək Olink® Ardıcıllığı araşdırın
- NextSeq 2000 İstifadəçi Təlimatı, sənəd nr 1193 istifadə edərək Olink® Ardıcıllığı araşdırın
- Olink® NovaSeq 6000 İstifadəçi Təlimatından istifadə edərək Ardıcıllığı Araşdırın, sənəd nr 1194
Giriş
Nəzərdə tutulan istifadə
Olink® Explore insan zülalının biomarkerinin kəşfi üçün multipleks immunoassay platformasıdır. Məhsul diaqnostik prosedurlarda istifadə üçün deyil, Yalnız Tədqiqat İstifadəsi üçün nəzərdə tutulub. Laboratoriya işləri yalnız təlim keçmiş laboratoriya işçiləri tərəfindən aparılmalıdır. Məlumatların işlənməsi yalnız təlim keçmiş işçilər tərəfindən həyata keçirilməlidir. Nəticələrin tədqiqatçılar tərəfindən digər klinik və ya laboratoriya tapıntıları ilə birlikdə istifadə edilməsi nəzərdə tutulur.
Bu təlimat haqqında
Bu İstifadəçi Təlimatı Illumina® NextSeq™ 2000-də Olink® Explore Libraries-in ardıcıllığı üçün lazım olan təlimatları təqdim edir. Təlimatlara ciddi və açıq şəkildə əməl edilməlidir. Laboratoriya addımları boyunca hər hansı sapma məlumatların pozulmasına səbəb ola bilər. Laboratoriya iş prosesinə başlamazdan əvvəl Olink® Explore Over ilə məsləhətləşinview Reagentlər, avadanlıq və tələb olunan sənədlər haqqında məlumat daxil olmaqla platformaya giriş üçün İstifadəçi Təlimatı,view iş prosesi, eləcə də laboratoriya təlimatları. Olink® Explore Reagent Dəstlərini necə işə salmaq barədə təlimatlar üçün müvafiq Olink® Explore İstifadəçi Təlimatına baxın. Məlumatların işlənməsi və Olink® Explore ardıcıllığının nəticələrinin təhlili üçün Olink® MyData Cloud İstifadəçi Təlimatına baxın. Bu materialda olan bütün ticarət nişanları və müəllif hüquqları, başqa cür göstərilmədiyi təqdirdə, Olink® Proteomics AB-nin mülkiyyətidir.
Texniki dəstək
Texniki dəstək üçün Olink Proteomics ilə əlaqə saxlayın: support@link.com.
Laboratoriya təlimatları
Bu fəsildə NextSeq™ 2000/1000 P2000 Reagentləri (2 Dövr) v100 istifadə edərək NextSeq™ 3-də Olink Kitabxanalarının ardıcıllığına dair təlimatlar verilir. Ardıcıllıq üçün istifadə olunan protokol Illumina® NextSeq™ 2000 üçün Illumina® standart NGS iş axınının uyğunlaşdırılmasıdır. Ardıcıllığa keçməzdən əvvəl təmizlənmiş Olink Kitabxanasının keyfiyyətinin yoxlanıldığından əmin olun. Keyfiyyətə nəzarət haqqında təlimatlar üçün müvafiq Olink Explore İstifadəçi Təlimatına baxın.
Ardıcıllığı planlaşdırın
Bir Olink Kitabxanası NextSeq™ 2000 P2 axın hüceyrəsi və hər qaçış üçün ardıcıllıqla sıralana bilər. Müxtəlif Olink Explore Reagent Dəstlərinin ardıcıllığı üçün tələb olunan P2 axın hüceyrələrinin və qaçışların sayı Cədvəl 1-də təsvir edilmişdir. Əgər birdən çox qaçış tələb olunursa, bu təlimatda təsvir olunan təlimatları təkrarlayın.
Cədvəl 1. Ardıcıllıq üzrə işlərin planlaşdırılması
| Olink® Explore Reagent Kit | Olink Kitabxanalarının sayı | Axın xana(lar)ı və hərəkət(lər)in sayı |
| Olink® Explore 384 Reagent Dəsti | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 reagent dəsti | 4 | 4 |
| Olink® Explore 1536 Reagent Dəsti | 4 | 4 |
| Olink® Explore Genişləndirici Reagent Dəsti | 4 | 4 |
| Olink® Explore 3072 Reagent Dəsti | 8 | 8 |
Olink® xüsusi reseptini quraşdırın
Olink xüsusi reseptini saxla xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 müvafiq alət qovluğunda.
QEYD: Olink fərdi resepti yalnız NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagentləri (100 Dövr) v3 dəsti və NextSeq™ 1000/2000 nəzarət proqramı v1.2 və ya v1.4 ilə işləyəcək.
Sıralama reagentlərini hazırlayın
Bu addım zamanı qruplaşma və ardıcıllıq reagentləri olan reagent patronu əridilir və axın hüceyrəsi hazırlanır.
XƏBƏRDARLIQ: Reagent kartuşunda potensial təhlükəli kimyəvi maddələr var. Müvafiq qoruyucu vasitələrdən istifadə edin və istifadə olunan reagentləri müvafiq standartlara uyğun olaraq atın. Əlavə məlumat üçün Illumina NextSeq 1000 və 2000 Sistem Təlimatına baxın (sənəd #1000000109376).
Reagent kartuşunu hazırlayın
Açılmamış kartuşun əriməsi üç müxtəlif üsulla həyata keçirilə bilər: otaq temperaturunda, idarə olunan su banyosunda və ya soyuducuda.
Dəzgah hazırlayın
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Kartuşu (100 dövr)
Təlimatlar
- Reagent kartricini Cədvəl 2-də göstərildiyi kimi əridin.
Cədvəl 2. Reagent kartuşunun əridilməsi üsulları
| Əzdirmə üsulu | Təlimatlar |
| Otaq temperaturunda |
|
| Su banyosunda |
|
| Soyuducuda |
|
QEYD: Ərimiş kartriclər yenidən dondurula bilməz və 4 °C temperaturda, maksimum 72 saat saxlanılmalıdır.
Axın hüceyrəsini hazırlayın
Dəzgah hazırlayın
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell
Təlimatlar
- Soyudulmuş axın hüceyrəsini 10-15 dəqiqə otaq temperaturuna gətirin.
Olink® Kitabxanasını ardıcıllıq üçün hazırlayın
Bu addım zamanı təmizlənmiş və keyfiyyətə nəzarət edilən Olink Kitabxanası son yükləmə konsentrasiyasına qədər seyreltilir. Qeyd edək ki, Kitabxananın denaturasiyası alətdə avtomatik olaraq həyata keçirilir.
Dəzgah hazırlayın
- Tətbiq olunan Olink Explore İstifadəçi Təlimatına uyğun olaraq hazırlanmış Lib Tube
- Tween 1 ilə 20x RSB
- MilliQ su
- 2x Mikrosentrifuqa boruları (1.5 mL)
- Manual pipet (10, 100 və 1000 μL)
- Pipet uclarını süzün
Başlamazdan əvvəl
- Dondurulmuşsa Lib Borunu əridin.
- Dondurulmuş RSB-ni Tween 20 ilə otaq temperaturunda 10 dəqiqə əridin. İstifadə olunana qədər +4 °C temperaturda saxlayın.
- İki yeni 1.5 ml mikrosentrifuqa borusunu aşağıdakı kimi qeyd edin:
- Bir boru "Dil" qeyd edin (1:100 seyreltilmiş Kitabxana üçün)
- Bir boru "Seq" qeyd edin (Kitabxananı yükləməyə hazır olmaq üçün)
Təlimatlar
- Dil borusuna 495 μL MilliQ suyu əlavə edin.
- Lib borusunu burulğan edin və qısa müddətə aşağı çevirin.
- Lib borusundan Dil borusuna 5 μL əl ilə köçürün.
- Dil borusunu burulğan edin və qısa müddətə aşağı çevirin.
- Seq Tube-a 20 μL Tween 20 ilə RBS əlavə edin.
- Dil borusundan 20 μL əl ilə Seq borusuna köçürün.
- Seq Tube-u burulğan edin və qısa müddətə aşağı çevirin.
- Dərhal davam edin 2.5 Akış hüceyrəsini və Olink® Kitabxanasını reagent kartuşuna yükləyin.
QEYD: Potensial təkrar işləmə halında Lib Boru(lar)ı -20 °C-də saxlayın.
Reagent kartricinə axın hüceyrəsini və Olink® Kitabxanasını yükləyin
Bu addım zamanı axın hüceyrəsi və seyreltilmiş Olink Kitabxanası ərimiş reagent kartricinə yüklənir.
Dəzgah hazırlayın
- 1x əridilmiş NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Kartuşu (100 dövr), əvvəlki addımda hazırlanmışdır
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, əvvəlki addımda hazırlanmışdır
- Əvvəlki addımda hazırlanmış Seq Tube (seyreltilmiş Olink Kitabxanasını yükləməyə hazırdır).
- Manual pipet (100 μL)
- Pipet ucu (1 ml)
Kartuşu hazırlayın
- Kartrici gümüş folqa çantasından çıxarın.
- İçindəki ərimiş reagentləri yaxşıca qarışdırmaq üçün kartuşu on dəfə çevirin.
QEYD: Daxili komponentlərin cingiltisini eşitmək normaldır.
Akış hüceyrəsini kartuşa yükləyin
- Akış hüceyrəsini kartuşa yükləməyə hazır olduqda, axın hüceyrəsini paketdən çıxarın. Nişandakı etiket yuxarıya baxaraq axın xanasını boz nişandan tutun. Axın hüceyrəsinin şüşə səthini çirkləndirməmək üçün yeni tozsuz əlcəklərdən istifadə edin.
- Akış hüceyrəsini kartuşun ön hissəsindəki axın hüceyrəsi yuvasına daxil edin. Səsli klik axın hüceyrəsinin düzgün yerləşdirildiyini göstərir.
- Boz lövhəni çəkərək çıxarın.
Olink® Kitabxanasını kartuşa yükləyin
- Təmiz 1 ml pipet ucu ilə Kitabxana rezervuarını deşin.
- Seq borusundan 20 μL Olink Kitabxanasını kitabxana rezervuarının dibinə yükləyin.
Olink® ardıcıllığı icra edin
Bu addım zamanı, yüklənmiş axın hüceyrəsi və Olink Kitabxanası olan Bufer kartuşu NextSeq™ 2000-ə yüklənir və Olink reseptindən istifadə edərək ardıcıllıqla işləməyə başlanır.
Dəzgah hazırlayın
- Əvvəlki addımda hazırlanmış NextSeq™ 1/1000 P2000 Axın Hüceyrəsi və seyreltilmiş Olink Kitabxanası ilə yüklənmiş 2x NextSeq™ 100/1000 P2000 Reagent Kartuşu (2 dövrə).
Run rejimini konfiqurasiya edin
- Nəzarət proqramı menyusundan Parametrlər seçin.
- BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support altında Local Run Setup seçin.
- Əlavə parametrlər kimi Yalnız Proaktiv Dəstəyi seçin. Bu funksiya internet bağlantısı tələb edir.
- Məlumatlarınız üçün Hostinq Yerini seçin. Hostinq yeri bölgənizdə və ya ona yaxın olmalıdır.
- Cari işləyən xam data üçün Çıxış Qovluğu yerini təyin edin. Naviqasiya etmək üçün Seç seçin və çıxış qovluğunu seçin.
- Alətin göyərtəsindəki Kitabxananı avtomatik olaraq denatürasiya etmək və seyreltmək üçün Denaturasiya və Bortda Seyreltmə qutusunu seçin.
- İstifadə olunmamış reagentləri kartuşun sərf olunmuş reagentlər bölməsinə avtomatik təmizləmək üçün Reagent Kartricini Təmizləyin onay qutusunu seçin.
- Proqram yeniləmələrini avtomatik yoxlamaq üçün proqram yeniləmələrinin avtomatik yoxlanılması qutusunu seçin (istəyə görə). Bu funksiya internet bağlantısı tələb edir.
- Saxla seçin.
Çalıştırma parametrlərini qurun
QEYD: Bu təlimat NextSeq™ 1.4/1000 idarəetmə proqramının 2000 versiyasına aiddir. v1.2 versiyasını istifadə edərkən aşağıda təsvir edilən addımlardan bəziləri fərqli ola bilər
- Nəzarət proqramı menyusundan Start seçin.
- Yeni Run Əllə Quraşdır seçin və Quraşdırma düyməsini basın.
- Run Setup səhifəsində işləmə parametrlərini aşağıdakı kimi qurun:
- Run Name sahəsində unikal sınaq ID-sini daxil edin.
- Oxuma Növü açılan siyahıda Tək Oxu seçimini seçin.
- Dövrlərin sayını aşağıdakı kimi daxil edin:
- 1-i oxuyun: 24
- İndeks 1: 0
- İndeks 2: 0
- 2-i oxuyun: 0
QEYD: Oxu 1-in 24-ə təyin edilməsi çox vacibdir, əks halda bütün qaçış uğursuz olacaq. Dövrlərin sayını daxil edərkən xəbərdarlıq mesajlarına məhəl qoymayın.
- Xüsusi Primer Quyuları açılan siyahıda Xeyr seçin.
- Xüsusi resept (isteğe bağlı) sahəsində naviqasiya etmək üçün Seç seçin və xüsusi resept XML seçin file Olink_NSQ2K_P2_V1. Aç seçin.
- S idxal etməyinample Vərəq.
- Çıxış Qovluğu yerinin düzgün olduğundan əmin olun. Əks halda naviqasiya etmək üçün Seç seçin və istədiyiniz çıxış qovluğunun yerini seçin.
- Onboard Denature və Seyreltmə sahəsində, açılan siyahıdan Enabled seçin.
- Hazırlıq seçin.
Yüklənmiş kartuşu yükləyin
- Yüklə seçin. Alətin vizörü açılır və nimçə çıxarılır.
- Doldurulmuş patronu etiketi yuxarı və alətin içindəki axın hüceyrəsi ilə qabın üzərinə qoyun.
- Bağla seçin.
- Kartric düzgün yükləndikdən sonra işləmə parametrlərini yoxlayın və Sequence seçin. Alət alətin və mayenin işləməsindən əvvəl yoxlamalar aparır.
- QEYD: Maye yoxlanışı zamanı bir neçə cızıltı səsinin eşidilməsi gözlənilir.
- Avtomatik qabaqcadan yoxlamalar tamamlandıqdan sonra qaçışın başladığına əmin olun (~15 dəqiqə). Ardıcıllığın icra müddəti təxminən 10 saat 30 dəqiqədir.
- QEYD: Hər hansı bir işdən əvvəl yoxlama uğursuzluğu üçün istehsalçının təlimatlarına baxın. Ardıcıllıq əməliyyatı zamanı NextSeq™ 2000-ə çarpmamaq və ya başqa şəkildə narahat etməmək üçün diqqətli olun. Alət vibrasiyaya həssasdır.
- İş sahəsini təmizləyin.
Run Progress monitorinqi
Olink, müəyyən bir zülalın s-də konsentrasiyasını qiymətləndirmək üçün məlum ardıcıllığın miqdarını ölçmək üçün NGS-dən istifadə edir.amples (digər s ilə müqayisədəamples). Hər Explore sekvensləmə əməliyyatından verilənlərin keyfiyyəti əsasən Olink texnologiyasına xas olan QC parametrləri ilə müəyyən edilir. Beləliklə, Q-balı kimi adi NGS-də istifadə olunan standart keyfiyyətə nəzarət ölçüləri daha az kritikdir.
İşdən sonra kartuşu çıxarın və atın
XƏBƏRDARLIQ: Bu reagentlər dəsti potensial təhlükəli kimyəvi maddələrdən ibarətdir. Müvafiq qoruyucu vasitələrdən istifadə edin və istifadə olunan reagentləri müvafiq standartlara uyğun olaraq atın. Əlavə məlumat üçün Illumina NextSeq 1000 və 2000 Sistem Təlimatına baxın (sənəd #1000000109376).
- İş başa çatdıqda, Kartuşu çıxart seçin.
- QEYD: İstifadə olunmuş kartuş, o cümlədən axın hüceyrəsi növbəti işə qədər, lakin 3 gündən çox olmamaqla yerində qala bilər.
- Kartuşu qabdan çıxarın.
- Reagentləri müvafiq standartlara uyğun atın.
- Qapını Bağla seçin. Tabla yenidən yüklənir.
- Əsas ekrana qayıtmaq üçün Əsas səhifəni seçin.
- QEYD: Kartricdə sistemi işə salmaq üçün bütün mexanizmlər, eləcə də istifadə olunmuş reagentləri toplamaq üçün rezervuar olduğundan, qaçışdan sonra alətin yuyulmasına ehtiyac yoxdur.
Təftiş tarixi
| Versiya | Tarix | Təsvir |
| 1.0 | 2021-12-01 | Yeni |
Yalnız Tədqiqat İstifadəsi Üçün. Diaqnostik Prosedurlarda İstifadə olunmur.
Bu məhsula Olink məhsullarının qeyri-kommersiya istifadəsi üçün lisenziya daxildir. Kommersiya istifadəçiləri əlavə lisenziyalar tələb edə bilər. Ətraflı məlumat üçün Olink Proteomics AB ilə əlaqə saxlayın. Bu təsvirdən kənara çıxan açıq və ya nəzərdə tutulan heç bir zəmanət yoxdur. Olink Proteomics AB bu məhsulun səbəb olduğu əmlak ziyanı, şəxsi zədə və ya iqtisadi itkiyə görə məsuliyyət daşımır. Aşağıdakı ticarət nişanı Olink Proteomics AB şirkətinə məxsusdur: Olink®. Bu məhsul bir neçə patent və patent müraciəti ilə əhatə olunur https://www.olink.com/patents/.
© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Bütün üçüncü tərəf ticarət nişanları müvafiq sahiblərinin mülkiyyətidir.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds və 52B, SE-752 37 Uppsala, İsveç
1193, v1.0, 2021-12-01
Sənədlər / Resurslar
 |
Olink NextSeq 2000 Sequencing System Explore [pdf] İstifadəçi Təlimatı NextSeq 2000, Ardıcıllıq Sistemini araşdırın, NextSeq 2000 Ardıcıllıq Sistemini araşdırın |
