Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System
دستاويزي نوٽ
Olink® Explore User Manual، doc nr 1153، پراڻو آھي، ۽ ھيٺ ڏنل دستاويزن سان تبديل ڪيو ويو آھي:
- Olink® Explore Overview يوزر مينوئل، ڊي سي اين آر 1187
- Olink® Explore 384 User Manual، doc nr 1188
- Olink® Explore 4 x 384 User Manual, doc nr 1189
- Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
- Olink® Explore 3072 User Manual، doc nr 1191
- Olink® NextSeq 550 User Manual، doc nr 1192 استعمال ڪندي ترتيب جي ڳولا ڪريو
- Olink® NextSeq 2000 User Manual، doc nr 1193 استعمال ڪندي ترتيب جي ڳولا ڪريو
- Olink® NovaSeq 6000 User Manual، doc nr 1194 استعمال ڪندي ترتيب جي ڳولا ڪريو
تعارف
ارادو استعمال
Olink® Explore انساني پروٽين جي بايو مارڪر جي دريافت لاءِ هڪ ملٽي پلڪس اموناسائي پليٽ فارم آهي. پيداوار جو مقصد صرف تحقيق جي استعمال لاء آهي، ۽ تشخيصي طريقيڪار ۾ استعمال لاء نه. ليبارٽري جو ڪم صرف تربيت يافته ليبارٽري اسٽاف پاران هلائڻ گهرجي. ڊيٽا پروسيسنگ صرف تربيت يافته عملي طرفان ڪيو ويندو. نتيجن جو مطلب محققن پاران استعمال ڪيو وڃي ٿو ٻين ڪلينڪ يا ليبارٽري جي نتيجن سان گڏ.
هن دستور جي باري ۾
هي يوزر مينوئل Illumina® NextSeq™ 2000 تي Olink® Explore Libraries کي ترتيب ڏيڻ لاءِ گهربل هدايتون مهيا ڪري ٿو. هدايتن تي سختي سان ۽ واضح طور تي عمل ڪيو وڃي. ليبارٽري جي سمورن مرحلن ۾ ڪنهن به انحراف جي نتيجي ۾ ڊيٽا خراب ٿي سگھي ٿي. ليبارٽري جو ڪم فلو شروع ڪرڻ کان اڳ، صلاح ڪريو Olink® Explore Overview پليٽ فارم جي تعارف لاءِ يوزر مينوئل، بشمول ريجنٽس، سامان ۽ گهربل دستاويزن بابت معلومات، هڪ اوورview ڪم جي فلو جي، گڏوگڏ ليبارٽري جي هدايتن جي طور تي. Olink® Explore Reagent Kits کي ڪيئن هلائڻ جي هدايتن لاءِ، ڏسو لاڳو ٿيل Olink® Explore User Manual. Olink® Explore sequence نتيجن جي ڊيٽا پروسيسنگ ۽ تجزيو لاءِ، ڏانهن رجوع ڪريو Olink® MyData Cloud User Guide. هن مواد ۾ موجود سڀئي ٽريڊ مارڪ ۽ ڪاپي رائيٽ Olink® Proteomics AB جي ملڪيت آهن، جيستائين ٻي صورت ۾ بيان نه ڪيو وڃي.
ٽيڪنيڪل سپورٽ
ٽيڪنيڪل سپورٽ لاء، رابطو ڪريو Olink Proteomics تي: support@olink.com.
ليبارٽري هدايتون
هي باب هدايتون مهيا ڪري ٿو ته Olink لائبريرين کي ڪيئن ترتيب ڏيو NextSeq™ 2000 تي NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 استعمال ڪندي. ترتيب ڏيڻ لاءِ استعمال ٿيل پروٽوڪول Illumina® NextSeq™ 2000 لاءِ Illumina® معياري NGS ورڪ فلو جي موافقت آهي. ترتيب تي اڳتي وڌڻ کان اڳ، پڪ ڪريو ته صاف ٿيل Olink لائبريري جي معيار جي تصديق ڪئي وئي آهي. حوالي ڪريو قابل اطلاق Olink Explore User Manual معيار ڪنٽرول بابت هدايتون لاءِ.
رٿابندي ڪرڻ جي رٿابندي ڪريو
ھڪڙي Olink لائبريري کي ترتيب ڏئي سگھجي ٿو في NextSeq™ 2000 P2 فلو سيل ۽ في رن. مختلف Olink Explore Reagent Kits کي ترتيب ڏيڻ لاءِ P2 فلو سيلز ۽ رن جو تعداد جدول 1 ۾ بيان ڪيو ويو آھي. جيڪڏھن ھڪ کان وڌيڪ رن گھرجن، ھن دستور ۾ بيان ڪيل ھدايتن کي ورجايو.
جدول 1. ترتيب ڏيڻ واري رٿابندي
| Olink® Explore Reagent Kit | Olink لائبريرين جو تعداد | وهڪري جي سيلن جو تعداد ۽ رنن |
| Olink® Explore 384 Reagent Kit | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Explore 1536 Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Explore Expansion Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Explore 3072 Reagent Kit | 8 | 8 |
انسٽال ڪريو Olink® ڪسٽم ريسيپي
محفوظ ڪريو Olink ڪسٽم ريسيپي xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 هڪ مناسب اوزار فولڊر ۾.
نوٽ: Olink ڪسٽم ريسيپي صرف NextSeq™ 1000/2000 P2 ريجنٽس (100 Cycles) v3 ڪٽ ۽ NextSeq™ 1000/2000 ڪنٽرول سافٽ ويئر v1.2 يا v1.4 سان ڪم ڪندي.
ترتيب ڏيڻ واري ريجنٽ تيار ڪريو
هن مرحلي دوران، ريجنٽ ڪارٽريج جنهن ۾ ڪلسترنگ ۽ سيڪوئنسنگ ريگينٽس شامل آهن، گل ڪيو ويندو آهي ۽ فلو سيل تيار ڪيو ويندو آهي.
خبردار: ريگينٽ ڪارٽريج ۾ امڪاني طور تي خطرناڪ ڪيميائي شامل آهن. مناسب حفاظتي سامان پائڻ ۽ قابل اطلاق معيارن جي مطابق استعمال ٿيل ريجينٽ کي رد ڪريو. وڌيڪ معلومات لاءِ، ڏسو Illumina NextSeq 1000 ۽ 2000 سسٽم گائيڊ (دستاويز #1000000109376).
reagent ڪارٽريز تيار ڪريو
اڻ کليل ڪارٽريج کي ٿڪائڻ ٽن مختلف طريقن سان ڪري سگهجي ٿو: ڪمري جي حرارت تي، ڪنٽرول ٿيل پاڻي جي غسل ۾، يا فرج ۾.
بينچ تيار ڪريو
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ريجنٽ ڪارٽريج (100 چڪر)
هدايتون
- ريٽيجنٽ ڪارٽريج کي ٿڪايو جيئن ٽيبل 2 ۾ بيان ڪيو ويو آهي.
ٽيبل 2. ريگينٽ ڪارٽريج thawing طريقا
| ڪٽڻ جو طريقو | هدايتون |
| ڪمري جي حرارت تي |
|
| پاڻي جي غسل ۾ |
|
| فرج ۾ |
|
نوٽ: ٿلهي ٿيل ڪارٽريز کي ريفريز نه ٿو ڪري سگھجي ۽ 4 °C تي ذخيرو ٿيڻ گهرجي، وڌ ۾ وڌ 72 ڪلاڪن تائين.
فلو سيل تيار ڪريو
بينچ تيار ڪريو
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 فلو سيل
هدايتون
- 10-15 منٽن لاءِ ريفريجريٽڊ فلو سيل کي ڪمري جي حرارت تي آڻيو.
ترتيب ڏيڻ لاءِ Olink® لائبريري تيار ڪريو
هن قدم جي دوران، صاف ۽ معيار تي ڪنٽرول ٿيل Olink لائبريري کي آخري لوڊ ڪرڻ جي ڪنسنٽريشن تائين ملائي وئي آهي. ياد رهي ته لائبريري ڊينيچريشن خودڪار طريقي سان اوزار تي ڪيو ويندو آهي.
بينچ تيار ڪريو
- ليب ٽيوب، تيار ڪيل قابل اطلاق Olink Explore User Manual جي مطابق
- Tween 1 سان 20x RSB
- مليڪ پاڻي
- 2x Microcentrifuge ٽيوب (1.5 mL)
- دستي پائپٽ (10، 100 ۽ 1000 μL)
- فلٽر pipette ٽوٽڪا
توهان کان اڳ شروع
- ليب ٽيوب کي ٿڪايو جيڪڏهن منجهيل هجي.
- منجمد RSB کي ٽوين 20 سان ڪمري جي حرارت تي 10 منٽن لاءِ ٿڪايو. استعمال ڪرڻ تائين +4 ° C تي ذخيرو ڪريو.
- ٻن نئين 1.5 mL microcentrifuge ٽيوب کي ھيٺ ڏنل نشان لڳايو:
- ھڪڙي ٽيوب کي نشان لڳايو "دل" (1:100 ڊليٽ ٿيل لائبريري لاء)
- ھڪڙي ٽيوب کي نشان لڳايو "Seq" (لائبريري کي لوڊ ڪرڻ لاء تيار)
هدايتون
- ڊيل ٽيوب ۾ 495 μL ملي ق پاڻي شامل ڪريو.
- ليب ٽيوب کي وورتڪس ڪريو ۽ ان کي مختصر طور تي گھمايو.
- دستي طور تي 5 μL ليب ٽيوب کان دل ٽيوب ڏانهن منتقل ڪريو.
- دل ٽيوب کي وورتڪس ڪريو ۽ ان کي مختصر طور تي گھمايو.
- 20 μL آر بي ايس کي ٽوين 20 سان سيڪ ٽيوب ۾ شامل ڪريو.
- دستي طور تي 20 μL دل ٽيوب کان سيڪ ٽيوب ڏانهن منتقل ڪريو.
- سيڪ ٽيوب کي وورتڪس ڪريو ۽ ان کي مختصر طور تي گھمايو.
- فوري طور تي جاري رکو 2.5 لوڊ فلو سيل ۽ Olink® لائبريري کي ريگينٽ ڪارٽريج ۾.
نوٽ: ليب ٽيوب (ن) کي محفوظ ڪريو -20 ° سي تي امڪاني ٻيهر هلائڻ جي صورت ۾.
لوڊ فلو سيل ۽ Olink® لائبريري reagent ڪارٽريز ۾
هن قدم دوران، وهڪري جي سيل ۽ ٿلهي Olink لائبريري thawed reagent ڪارٽريز ۾ لوڊ ٿي ويا آهن.
بينچ تيار ڪريو
- 1x ٿڪيل NextSeq™ 1000/2000 P2 ريجنٽ ڪارٽريج (100 چڪر)، اڳئين مرحلي ۾ تيار ڪيل
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 فلو سيل، اڳئين مرحلي ۾ تيار ڪيل
- Seq Tube (ٺهيل ٿيل Olink لائبريري لوڊ ڪرڻ لاء تيار سان)، اڳئين قدم ۾ تيار ڪيل
- دستي پائپٽ (100 μL)
- پائپ ٽپ (1 ايم ايل)
ڪارٽريج تيار ڪريو
- چاندي جي ورق واري بيگ مان ڪارٽريج کي هٽايو.
- ڪارٽريج کي ڏهه ڀيرا ڦيرايو، چڱي طرح سان ٺهڪندڙ ريگينٽس کي گڏ ڪريو.
نوٽ: اندروني اجزاء جو آواز ٻڌڻ لاء اهو عام آهي.
فلو سيل کي ڪارٽريج ۾ لوڊ ڪريو
- جڏهن فلو سيل کي ڪارٽريج ۾ لوڊ ڪرڻ لاءِ تيار آهي، فلو سيل کي پيڪ مان هٽايو. فلو سيل کي گرين ٽيب جي ذريعي رکو، ٽيب تي ليبل کي سامهون رکي. فلو سيل جي شيشي جي مٿاڇري کي آلودگي کان بچڻ لاءِ نئون پاؤڊر مفت دستانا استعمال ڪريو.
- ڪارٽريج جي سامهون فلو سيل سلاٽ ۾ فلو سيل داخل ڪريو. هڪ ٻڌڻ وارو ڪلڪ ظاهر ڪري ٿو ته فلو سيل صحيح طور تي رکيل آهي.
- گرين ٽيب کي ڇڪڻ سان هٽايو.
لوڊ ڪريو Olink® لائبريري ڪارٽريج ۾
- لائبريري جي ذخيري کي صاف 1 ايم ايل پائيپٽ ٽپ سان سوراخ ڪريو.
- لوڊ ڪريو Olink لائبريري جو 20 μL Seq ٽيوب مان لائبريري ذخيري جي تري ۾.
Olink® تسلسل هلائڻ کي انجام ڏيو
هن قدم دوران، لوڊ ٿيل فلو سيل ۽ اولنڪ لائبريري سان گڏ بفر ڪارٽريز NextSeq ™ 2000 ۾ لوڊ ڪيو ويو آهي، ۽ ترتيب ڏيڻ شروع ڪيو ويو آهي Olink ريسيپي استعمال ڪندي.
بينچ تيار ڪريو
- 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 ريجنٽ ڪارٽريج (100 سائيڪل) NextSeq™ 1000/2000 P2 فلو سيل ۽ ٺهيل Olink لائبريري سان ڀريل، اڳئين مرحلي ۾ تيار ڪيل.
رن موڊ کي ترتيب ڏيو
- مان ڪنٽرول سافٽ ويئر مينيو، چونڊيو سيٽنگون.
- هيٺ BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support، چونڊيو Local Run Setup.
- منتخب ڪريو فعال سپورٽ صرف اضافي سيٽنگن جي طور تي. ھن فنڪشن کي انٽرنيٽ ڪنيڪشن جي ضرورت آھي.
- پنھنجي ڊيٽا لاء ھوسٽنگ جڳھ چونڊيو. ميزباني جو مقام توهان جي علائقي ۾ يا ان جي ويجهو هجڻ گهرجي.
- موجوده رن جي خام ڊيٽا لاء آئوٽ فولڊر جي جڳھ کي سيٽ ڪريو. منتخب ڪريو نيويگيٽ ڪرڻ لاء چونڊيو ۽ آئوٽ فولڊر چونڊيو.
- منتخب ڪريو Denature and Dilute On Board چيڪ باڪس پاڻمرادو ڊينيچر ڪرڻ لاءِ ۽ لئبرري کي آنبورڊ تي اوزار.
- پرج ريجنٽ ڪارٽريج چيڪ باڪس کي منتخب ڪريو خودڪار طور تي غير استعمال ٿيل ريجينٽ کي صاف ڪرڻ لاءِ ڪارٽريج جي خرچ ٿيل ريجينٽس ڪمپارٽمينٽ ۾.
- سافٽ ويئر اپڊيٽس لاءِ آٽو چيڪ چونڊيو چيڪ بڪس خودڪار طريقي سان سافٽ ويئر اپڊيٽس لاءِ چيڪ ڪرڻ لاءِ (اختياري). ھن فنڪشن کي انٽرنيٽ ڪنيڪشن جي ضرورت آھي.
- چونڊيو محفوظ ڪريو.
رن پيٽرولز کي سيٽ ڪريو
نوٽ: ھي ھدايت ورزن 1.4 تي لاڳو ٿئي ٿي NextSeq™ 1000/2000 ڪنٽرول سافٽ ويئر. ھيٺ ڏنل بيان ڪيل ڪجھ قدم مختلف ٿي سگھن ٿا جڏھن ورجن v1.2 استعمال ڪريو
- مان ڪنٽرول سافٽ ويئر مينيو، چونڊيو شروع ڪريو.
- منتخب ڪريو دستي طور تي سيٽ اپ نيو رن ۽ پريس سيٽ اپ.
- رن سيٽ اپ صفحي ۾، ھيٺ ڏنل رن پيٽرولن کي سيٽ ڪريو:
- رن نالو فيلڊ ۾، هڪ منفرد تجربو ID داخل ڪريو.
- پڙهڻ جي قسم جي ڊراپ-ڊائون لسٽ ۾، اڪيلو پڙهڻ اختيار چونڊيو.
- ھيٺ ڏنل سائيڪلن جو تعداد داخل ڪريو:
- پڙهو 1: 24
- انگ اکر 1: 0
- انگ اکر 2: 0
- پڙهو 2: 0
نوٽ: اهو انتهائي اهم آهي ته پڙهو 1 کي 24 تي مقرر ڪيو ويو آهي، ٻي صورت ۾ سڄو رن ناڪام ٿيندو. ڊيڄاريندڙ پيغامن کي نظرانداز ڪريو جڏهن سائيڪلن جو تعداد داخل ڪريو.
- ڪسٽم پرائمر ويلز ڊراپ ڊائون لسٽ ۾، منتخب ڪريو نمبر.
- ڪسٽم ريسيپي (اختياري) فيلڊ ۾، منتخب ڪريو نيويگيٽ ڪرڻ لاء چونڊيو ۽ ڪسٽم ريسيپي چونڊيو XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. چونڊيو اوپن.
- ايس درآمد نه ڪريوampلي شيٽ.
- پڪ ڪريو ته آئوٽ فولڊر جي جڳھ صحيح آھي. ٻي صورت ۾، چونڊيو نيويگيٽ ڪرڻ لاء چونڊيو ۽ مطلوب آئوٽ فولڊر جي جڳھ کي چونڊيو.
- ۾ Denature ۽ Dilete Onboard فيلڊ، منتخب ڪريو فعال ٿيل ڊراپ-ڊائون لسٽ مان.
- چونڊيو تياري.
لوڊ ٿيل ڪارٽريج لوڊ ڪريو
- چونڊيو لوڊ ڪريو. اوزار جو ويزر کوليندو آهي ۽ ٽري کي خارج ڪيو ويندو آهي.
- لوڊ ٿيل ڪارٽريج کي ٽري تي رکو جنهن سان ليبل سامهون هجي ۽ فلو سيل آلي جي اندر هجي.
- بند ڪريو چونڊيو.
- هڪ دفعو ڪارٽريج صحيح طور تي لوڊ ڪيو ويو آهي، رن پيٽرولر جي تصديق ڪريو ۽ ترتيب چونڊيو. اوزار اوزار ۽ fluidics لاء پري رن چيڪ انجام ڏئي ٿو.
- نوٽ: fluidics چيڪ دوران، ان کي ڪيترن ئي پاپنگ آواز ٻڌڻ جي اميد آهي.
- پڪ ڪريو ته رن شروع ٿئي ٿو خودڪار پري-رن جي چڪاس مڪمل ٿيڻ کان پوء (~ 15 منٽ). ترتيب ڏيڻ جو وقت لڳ ڀڳ 10h30 منٽ آهي.
- نوٽ: ڪنهن به اڳ-رن جي چڪاس جي ناڪامين لاء، صنعتڪار جي هدايتن جو حوالو ڏيو. محتاط رھو ته ھلڻ يا ٻي صورت ۾ بگاڙ نه ڪريو NextSeq™ 2000 کي ترتيب ڏيڻ دوران. اوزار vibrations لاء حساس آهي.
- ڪم واري علائقي کي صاف ڪريو.
مانيٽر رن جي ترقي
اولينڪ NGS استعمال ڪري ٿو ريڊ آئوٽ جي طور تي ڄاڻايل تسلسل جي مقدار کي اندازو ڪرڻ لاءِ ته جيئن s ۾ ڏنل پروٽين جي ڪنسنٽريشن جو اندازو لڳايو وڃي.amples (ٻين جي نسبت سانamples). ڊيٽا جي معيار هر ايڪسپلور جي ترتيب واري رن مان خاص طور تي طئي ڪيو ويندو آهي QC پيرا ميٽرز طرفان اولينڪ ٽيڪنالاجي لاءِ منفرد. انهيءَ ڪري، روايتي NGS ۾ استعمال ٿيندڙ معياري معيار ڪنٽرول ميٽرڪ، جهڙوڪ Q-score، گهٽ نازڪ آهن.
ڊوڙڻ کان پوء ڪارٽريج کي ڪڍيو ۽ رد ڪريو
خبردار: ريجينٽ جي هن سيٽ ۾ امڪاني طور تي خطرناڪ ڪيميائي شامل آهن. مناسب حفاظتي سامان پائڻ ۽ قابل اطلاق معيارن جي مطابق استعمال ٿيل ريجينٽ کي رد ڪريو. وڌيڪ معلومات لاءِ، ڏسو Illumina NextSeq 1000 ۽ 2000 سسٽم گائيڊ (دستاويز #1000000109376).
- جڏهن رن مڪمل ٿئي ٿي، چونڊيو ڪارٽريج ڪڍي ڇڏيو.
- نوٽ: فلو سيل سميت استعمال ٿيل ڪارٽريز کي ايندڙ رن تائين جاءِ تي رکي سگھجي ٿو، پر 3 ڏينهن کان وڌيڪ نه.
- ٽري مان ڪارٽريز کي هٽايو.
- قابل اطلاق معيارن جي مطابق ريجنٽ کي ختم ڪريو.
- چونڊيو دروازو بند ڪريو. ٽري وري لوڊ ڪئي وئي آهي.
- گھر جي اسڪرين ڏانھن واپس وڃڻ لاء گھر چونڊيو.
- نوٽ: جيئن ته ڪارٽريج سسٽم کي هلائڻ لاء سڀ ميڪانيزم تي مشتمل آهي، انهي سان گڏ استعمال ٿيل ريجنٽ گڏ ڪرڻ لاء هڪ ذخيره، هلائڻ کان پوء هڪ اوزار ڌوئڻ جي ڪا ضرورت ناهي.
نظرثاني جي تاريخ
| نسخو | تاريخ | وصف |
| 1.0 | 2021-12-01 | نئون |
صرف تحقيق لاء استعمال ڪريو. تشخيصي طريقيڪار ۾ استعمال لاءِ نه.
ھن پراڊڪٽ ۾ اولينڪ پروڊڪٽس جي غير تجارتي استعمال لاءِ لائسنس شامل آھي. تجارتي صارفين کي اضافي لائسنس جي ضرورت ٿي سگھي ٿي. مهرباني ڪري رابطو ڪريو Olink Proteomics AB تفصيل لاءِ. ڪابه ضمانت نه آهي، ظاهر ڪيل يا تقاضا، جيڪي هن وضاحت کان ٻاهر وڌندا آهن. Olink Proteomics AB هن پيداوار جي سبب ملڪيت جي نقصان، ذاتي زخم، يا معاشي نقصان لاء ذميوار نه آهي. هيٺ ڏنل ٽريڊ مارڪ Olink Proteomics AB جي ملڪيت آهي: Olink®. هي پراڊڪٽ ڍڪيل آهي ڪيترن ئي پيٽرن ۽ پيٽرن جي ايپليڪيشنن تي دستياب آهي https://www.olink.com/patents/.
© ڪاپي رائيٽ 2021 Olink Proteomics AB. سڀ ٽئين پارٽي ٽريڊ مارڪ انهن جي لاڳاپيل مالڪن جي ملڪيت آهن.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Uppsala, Sweden
1193, v1.0, 2021-12-01
دستاويز / وسيلا
 |
Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] استعمال ڪندڙ دستياب NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System |
