Olink NextSeq 2000 탐색 시퀀싱 시스템 사용 설명서

Olink® Explore는 인간 단백질 바이오마커 발견을 위한 다중 면역분석 플랫폼입니다. 이 제품은 연구 전용이며 진단 절차에 사용할 수 없습니다. 실험실 작업은 교육을 받은 실험실 직원만 수행해야 합니다. 데이터 처리는 교육을 받은 직원만 수행해야 합니다. 결과는 연구자가 다른 임상 또는 실험실 결과와 함께 사용하기 위한 것입니다.

이 매뉴얼에 대하여

이 사용자 매뉴얼은 Illumina® NextSeq™ 2000에서 Olink® 탐색 라이브러리를 시퀀싱하는 데 필요한 지침을 제공합니다. 지침을 엄격하고 명시적으로 따라야 합니다. 실험실 단계 전체에서 편차가 있으면 데이터가 손상될 수 있습니다. 실험실 워크플로우를 시작하기 전에 Olink® Explore Over를 참조하십시오.view 시약, 장비 및 필요한 문서에 대한 정보를 포함하여 플랫폼 소개를 위한 사용자 설명서, 이상view 작업 흐름뿐만 아니라 실험실 지침. Olink® 탐색 시약 키트를 실행하는 방법에 대한 지침은 해당 Olink® 탐색 사용자 설명서를 참조하십시오. Olink® 탐색 시퀀스 결과의 데이터 처리 및 분석에 대해서는 Olink® MyData Cloud 사용자 가이드를 참조하십시오. 달리 명시되지 않는 한 이 자료에 포함된 모든 상표 및 저작권은 Olink® Proteomics AB의 재산입니다.

기술 지원

기술 지원을 받으려면 다음 주소로 Olink Proteomics에 문의하세요. support@olink.com.

실험실 지침

이 장에서는 NextSeq™ 2000/1000 P2000 시약(2 사이클) v100을 사용하여 NextSeq™ 3에서 Olink 라이브러리를 시퀀싱하는 방법에 대한 지침을 제공합니다. 시퀀싱에 사용되는 프로토콜은 Illumina® NextSeq™ 2000에 대한 Illumina® 표준 NGS 작업 흐름을 적용한 것입니다. 시퀀싱을 진행하기 전에 정제된 Olink 라이브러리의 품질이 검증되었는지 확인하십시오. 품질 관리에 대한 지침은 해당 Olink Explore 사용자 설명서를 참조하세요.

시퀀싱 실행 계획

NextSeq™ 2000 P2 플로우 셀당 및 실행당 하나의 Olink 라이브러리를 시퀀싱할 수 있습니다. 다양한 Olink Explore 시약 키트의 시퀀싱에 필요한 P2 플로우 셀 및 실행 수는 표 1에 설명되어 있습니다. 두 번 이상의 실행이 필요한 경우 이 설명서에 설명된 지침을 반복하십시오.

표 1. 시퀀싱 실행 계획

Olink® 탐색 시약 키트	Olink 라이브러리 수	플로우 셀 및 실행 수
Olink® 탐색 384 시약 키트	1	1
Olink® 탐색 4 x 384 시약 키트	4	4
Olink® 탐색 1536 시약 키트	4	4
Olink® 탐색 확장 시약 키트	4	4
Olink® 탐색 3072 시약 키트	8	8

Olink® 사용자 지정 레시피 설치

Olink 사용자 정의 레시피 xml을 저장합니다.file 적절한 기기 폴더의 Olink_NSQ2K_P2_V1.

메모: Olink 맞춤형 레시피는 NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents(100 Cycles) v3 키트 및 NextSeq™ 1000/2000 제어 소프트웨어 v1.2 또는 v1.4에서만 작동합니다.

시퀀싱 시약 준비

이 단계에서는 클러스터링 및 시퀀싱 시약이 들어 있는 시약 카트리지가 해동되고 플로우 셀이 준비됩니다.

경고: 시약 카트리지에는 잠재적으로 위험한 화학 물질이 포함되어 있습니다. 적절한 보호 장비를 착용하고 해당 표준에 따라 사용한 시약을 폐기하십시오. 자세한 내용은 Illumina NextSeq 1000 및 2000 시스템 안내서(문서 번호 1000000109376)를 참조하십시오.

시약 카트리지 준비

개봉하지 않은 카트리지를 해동하는 방법은 실온, 통제된 수조 또는 냉장고의 세 가지 방법을 사용하여 수행할 수 있습니다.

벤치 준비

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 시약 카트리지(100주기)

지침

표 2에 설명된 대로 시약 카트리지를 해동합니다.

표 2. 시약 카트리지 해동 방법

해동 방법	지침
실온에서	은박백을 개봉하지 않은 상태로 냉동된 시약 카트리지를 벤치 위에 올려놓고 실온에서 9시간 동안 해동하세요. 16시간을 초과하지 마십시오. 백 라벨이 위를 향하고 카트리지 주변에 공기가 순환할 수 있는지 확인하십시오.
수욕에서	은박 백을 열지 않은 상태에서 냉동 시약 카트리지를 25°C로 조절되는 수조에 반쯤 담그고 6시간 동안 해동시킵니다. 8시간을 초과하지 마십시오. 봉지 라벨이 위를 향하고 해동 중에 카트리지가 뒤집히지 않는지 확인하세요. 종이 타월로 카트리지를 완전히 말리십시오.
냉장고에	은박백을 개봉하지 않은 상태로 카트리지를 벤치 위에 올려놓고 실온에서 6시간 동안 해동하세요. 백 라벨이 위를 향하고 카트리지 주변에 공기가 순환할 수 있는지 확인하십시오. 카트리지를 냉장고에서 12시간 동안 해동하면 끝입니다. 72시간을 초과하지 마십시오. 실행 전에 해동되고 개봉하지 않은 카트리지를 냉장고에서 꺼내 최소 15분, 최대 1시간 동안 실온에 도달하도록 하십시오.

메모: 해동된 카트리지는 다시 얼릴 수 없으며 최대 4시간 동안 72 °C에서 보관해야 합니다.

플로우 셀 준비

벤치 준비

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 플로우 셀

지침

냉장된 플로우 셀을 10-15분 동안 실온으로 가져옵니다.

시퀀싱을 위한 Olink® 라이브러리 준비

이 단계에서 정제되고 품질이 관리되는 Olink Library는 최종 로딩 농도로 희석됩니다. 라이브러리 변성은 기기 온보드에서 자동으로 수행됩니다.

벤치 준비

해당 Olink Explore 사용 설명서에 따라 준비된 Lib Tube

트윈 1이 포함된 20x RSB
밀리큐 워터
2x 미세원심분리기 튜브(1.5mL)
수동 피펫(10, 100 및 1000μL)
필터 피펫 팁

시작하기 전에

동결된 경우 Lib Tube를 해동하십시오.
냉동 RSB를 Tween 20으로 실온에서 10분 동안 해동합니다. 사용할 때까지 +4 °C에서 보관하십시오.
다음과 같이 1.5개의 새로운 XNUMXmL 미세원심분리기 튜브를 표시합니다.
- 하나의 튜브 "Dil" 표시(1:100 희석 라이브러리의 경우)
- 하나의 튜브 "Seq" 표시(라이브러리 로드 준비)

지침

495μL의 MilliQ 물을 Dil 튜브에 추가합니다.

Lib Tube를 소용돌이치게 하고 아래로 짧게 회전시킵니다.
Lib Tube에서 Dil Tube로 5 μL를 수동으로 옮깁니다.
Dil Tube를 소용돌이치게 하고 짧게 회전시킵니다.
Tween 20이 포함된 RBS 20μL를 Seq 튜브에 추가합니다.

Dil Tube에서 Seq Tube로 20μL를 수동으로 옮깁니다.
Seq Tube를 소용돌이치게 하고 아래로 짧게 회전시킵니다.
즉시 계속해서 2.5 플로우 셀과 Olink® 라이브러리를 시약 카트리지에 장착합니다.

메모: 잠재적인 재실행의 경우 Lib Tube를 -20 °C에 보관하십시오.

시약 카트리지에 플로우 셀 및 Olink® 라이브러리 로드

이 단계에서 플로우 셀과 희석된 Olink 라이브러리가 해동된 시약 카트리지에 로드됩니다.

벤치 준비

이전 단계에서 준비된 해동된 NextSeq™ 1/1000 P2000 시약 카트리지(2주기) 100개
이전 단계에서 준비된 NextSeq™ 1/1000 P2000 플로우 셀 2개

이전 단계에서 준비된 Seq Tube(희석된 Olink 라이브러리를 로드할 준비가 됨)
수동 피펫(100μL)
피펫 팁(1mL)

카트리지 준비

은박지 백에서 카트리지를 꺼냅니다.
해동된 시약이 완전히 혼합되도록 카트리지를 XNUMX회 뒤집습니다.

메모: 내부 구성 요소가 딸랑거리는 소리가 들리는 것은 정상입니다.

카트리지에 플로우 셀 로드

플로우 셀을 카트리지에 장착할 준비가 되면 패키지에서 플로우 셀을 꺼냅니다. 탭의 라벨이 위를 향하도록 플로우 셀의 회색 탭을 잡습니다. 플로우 셀의 유리 표면이 오염되지 않도록 새 가루 방지 장갑을 사용하십시오.
카트리지 전면에 있는 플로우 셀 슬롯에 플로우 셀을 삽입합니다. 찰칵 소리가 나면 플로우 셀이 올바르게 배치되었음을 나타냅니다.
회색 탭을 잡아당겨 제거합니다.

카트리지에 Olink® 라이브러리 로드

깨끗한 1mL 피펫 팁으로 라이브러리 저장소를 뚫습니다.
Seq 튜브의 Olink 라이브러리 20μL를 라이브러리 저장소 바닥에 로드합니다.

Olink® 시퀀싱 실행 수행

이 단계에서 로드된 플로우 셀과 Olink 라이브러리가 있는 버퍼 카트리지를 NextSeq™ 2000에 로드하고 Olink 레시피를 사용하여 시퀀싱 실행을 시작합니다.

벤치 준비

이전 단계에서 준비한 NextSeq™ 1/1000 P2000 플로우 셀 및 희석된 Olink 라이브러리가 로드된 NextSeq™ 2/100 P1000 시약 카트리지(2000주기) 2개.

실행 모드 구성

제어 소프트웨어 메뉴에서 설정을 선택합니다.
BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support에서 Local Run Setup을 선택합니다.
추가 설정으로 Proactive Support Only를 선택합니다. 이 기능은 인터넷 연결이 필요합니다.
데이터의 호스팅 위치를 선택합니다. 호스팅 위치는 귀하의 지역 또는 가까운 지역이어야 합니다.
현재 실행 원시 데이터의 출력 폴더 위치를 설정합니다. 선택을 선택하여 출력 폴더를 탐색하고 선택합니다.
Denature and Dilute On Board 확인란을 선택하여 기기 내장 라이브러리를 자동으로 변성 및 희석합니다.
Purge Reagent Cartridge 확인란을 선택하여 사용하지 않은 시약을 카트리지의 사용한 시약 부분으로 자동으로 제거합니다.
소프트웨어 업데이트 자동 확인 확인란을 선택하여 소프트웨어 업데이트를 자동으로 확인합니다(선택 사항). 이 기능은 인터넷 연결이 필요합니다.
저장을 선택하세요.

실행 매개변수 설정

메모: 이 지침은 NextSeq™ 1.4/1000 제어 소프트웨어 버전 2000에 적용됩니다. v1.2 버전을 사용하는 경우 아래 설명된 단계 중 일부가 다를 수 있습니다.

제어 소프트웨어 메뉴에서 시작을 선택합니다.
수동으로 새 실행 설정을 선택하고 설정을 누릅니다.
Run Setup 페이지에서 다음과 같이 실행 매개변수를 설정합니다.
- 실행 이름 필드에 고유한 실험 ID를 입력합니다.
- 읽기 유형 드롭다운 목록에서 단일 읽기 옵션을 선택합니다.
- 다음과 같이 주기 수를 입력합니다.
  - 읽기 1: 24
  - 색인 1: 0
  - 색인 2: 0
  - 읽기 2: 0

메모: 읽기 1을 24로 설정하는 것이 중요합니다. 그렇지 않으면 전체 실행이 실패합니다. 사이클 수를 입력할 때 경고 메시지를 무시하십시오.

Custom Primer Wells 드롭다운 목록에서 아니요를 선택합니다.
사용자 지정 레시피(선택 사항) 필드에서 선택을 선택하여 탐색하고 사용자 지정 레시피 XML을 선택합니다. file Olink_NSQ2K_P2_V1. 열기를 선택합니다.
S를 가져오지 마십시오amp르 시트.
출력 폴더 위치가 올바른지 확인하십시오. 그렇지 않으면 선택을 선택하여 탐색하고 원하는 출력 폴더 위치를 선택합니다.

Denature and Dilute Onboard 필드의 드롭다운 목록에서 Enabled를 선택합니다.
준비를 선택합니다.

로드된 카트리지 로드

로드를 선택합니다. 기기 바이저가 열리고 트레이가 배출됩니다.
라벨이 위를 향하고 플로우 셀이 기기 내부에 있는 상태로 로드된 카트리지를 트레이에 놓습니다.

닫기를 선택하세요.
카트리지가 제대로 로드되면 실행 매개변수를 확인하고 시퀀스를 선택합니다. 기기는 기기 및 플루이딕에 대한 실행 전 검사를 수행합니다.
- 메모: 플루이딕 검사 중에 몇 번의 펑하는 소리가 들릴 것으로 예상됩니다.
자동 사전 실행 확인이 완료된 후 실행이 시작되는지 확인합니다(~15분). 시퀀싱 실행 시간은 약 10h30분입니다.
- 메모: 실행 전 검사에 실패한 경우 제조업체의 지침을 참조하세요. 시퀀싱 실행 중에 NextSeq™ 2000에 부딪치거나 방해하지 않도록 주의하십시오. 장비는 진동에 민감합니다.
작업 공간을 청소하십시오.

실행 진행률 모니터링

Olink는 s에서 주어진 단백질의 농도를 추정하기 위해 알려진 서열의 양을 정량화하는 판독값으로 NGS를 사용합니다.amples (다른 s에 비해amp레). 각 탐색 시퀀싱 실행의 데이터 품질은 주로 Olink 기술 고유의 QC 매개변수에 의해 결정됩니다. 따라서 Q-점수와 같은 기존 NGS에 사용되는 표준 품질 관리 메트릭은 덜 중요합니다.

실행 후 카트리지 꺼내기 및 폐기

경고: 이 시약 세트에는 잠재적으로 위험한 화학 물질이 포함되어 있습니다. 적절한 보호 장비를 착용하고 해당 표준에 따라 사용한 시약을 폐기하십시오. 자세한 내용은 Illumina NextSeq 1000 및 2000 시스템 안내서(문서 번호 1000000109376)를 참조하십시오.

실행이 완료되면 Eject Cartridge를 선택합니다.
- 메모: 플로우 셀을 포함하여 사용한 카트리지는 다음 실행까지 제자리에 둘 수 있지만 3일을 넘지 않아야 합니다.
트레이에서 카트리지를 제거합니다.
해당 표준에 따라 시약을 폐기하십시오.
도어 닫기를 선택합니다. 트레이가 다시 로드됩니다.
홈 화면으로 돌아가려면 홈을 선택합니다.
- 메모: 카트리지에는 시스템을 실행하기 위한 모든 메커니즘과 사용한 시약을 수집하기 위한 저장소가 포함되어 있으므로 실행 후 기기를 세척할 필요가 없습니다.

개정 내역

버전	날짜	설명
1.0	2021-12-01	새로운

www.olink.com

연구 전용. 진단 절차에 사용하지 마십시오.

이 제품에는 Olink 제품의 비상업적 사용에 대한 라이센스가 포함되어 있습니다. 상업용 사용자에게는 추가 라이센스가 필요할 수 있습니다. 자세한 내용은 Olink Proteomics AB에 문의하세요. 이 설명을 넘어서는 어떠한 명시적 또는 묵시적 보증도 없습니다. Olink Proteomics AB는 본 제품으로 인한 재산 피해, 개인 부상 또는 경제적 손실에 대해 책임을 지지 않습니다. 다음 상표는 Olink Proteomics AB의 소유입니다: Olink®. 이 제품은 다음에서 제공하는 여러 특허 및 특허 출원에 의해 보호됩니다. https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, 스웨덴

1193, v1.0, 2021-12-01

문서 / 리소스

Olink NextSeq 2000 시퀀싱 시스템 탐색 [PDF 파일] 사용자 매뉴얼
NextSeq 2000, 시퀀싱 시스템 살펴보기, NextSeq 2000 시퀀싱 시스템 살펴보기

참고문헌

사용자 설명서

Olink NextSeq 2000 시퀀싱 시스템 탐색

문서 메모

소개

기술 지원

실험실 지침

시퀀싱 시약 준비

시약 카트리지 준비

플로우 셀 준비

시퀀싱을 위한 Olink® 라이브러리 준비

시약 카트리지에 플로우 셀 및 Olink® 라이브러리 로드

카트리지에 플로우 셀 로드

Olink® 시퀀싱 실행 수행

실행 매개변수 설정

실행 후 카트리지 꺼내기 및 폐기

개정 내역

문서 / 리소스

참고문헌

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