Olink NextSeq 2000 Esplora u Sistema di Sequenza

Nota di documentu

U Olink® Explore User Manual, doc nr 1153, hè obsoletu, è hè statu rimpiazzatu da i seguenti documenti:

• Olink® Explore Overview Manuale d'uso, doc nr 1187
• Olink® Explore 384 User Manual, doc nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 User Manual, doc nr 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
• Olink® Explore 3072 User Manual, doc nr 1191
• Olink® Explore Sequencing using NextSeq 550 User Manual, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing using NextSeq 2000 User Manual, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing using NovaSeq 6000 User Manual, doc nr 1194

Introduzione

Usu destinatu

Olink® Explore hè una piattaforma di immunoassay multiplex per a scuperta di biomarcatori di proteine ​​​​umani. U pruduttu hè destinatu solu per l'usu di ricerca, è micca per l'usu in prucessi di diagnostichi. U travagliu di u laboratoriu deve esse realizatu solu da u persunale di laboratoriu furmatu. U trattamentu di e dati deve esse realizatu solu da u persunale furmatu. I risultati sò destinati à esse aduprati da i circadori in cunghjunzione cù altre scuperte cliniche o di laboratori.

Circa stu manuale

Stu Manuale d'Usuariu furnisce l'istruzzioni necessarii per sequenzià l'Olink® Explore Libraries nantu à Illumina® NextSeq™ 2000. L'istruzzioni devenu esse strettamente è esplicitamente seguitu. Qualchese deviazioni in tutte e fasi di u laboratoriu pò esse risultatu in dati deteriorati. Prima di inizià u flussu di travagliu di u laboratoriu, cunsultate l'Olink® Explore Overview User Manual per una introduzione à a piattaforma, cumprese l'infurmazioni nantu à i reagenti, l'equipaggiu è a documentazione necessaria, è sopraview di u flussu di travagliu, è ancu e linee guida di u laboratoriu. Per struzzioni nantu à cumu eseguisce i Kit di Reagenti Olink® Explore, riferite à u Manuale d'Usuariu Olink® Explore applicabile. Per l'elaborazione di dati è l'analisi di i risultati di a sequenza Olink® Explore, riferite à a Guida d'Usuariu di Olink® MyData Cloud. Tutti i marchi è i diritti d'autore cuntenuti in stu materiale sò a pruprietà di Olink® Proteomics AB, salvu s'ellu ùn hè micca dettu altrimenti.

Supportu tecnicu

Per assistenza tecnica, cuntattate Olink Proteomics à: support@olink.com.

Istruzzioni di u laboratoriu

Stu capitulu furnisce struzzioni nantu à a sequenza di Biblioteche Olink nantu à NextSeq™ 2000 utilizendu i Reagenti NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 Cicli) v3. U protokollu utilizatu per a sequenza hè una adattazione di u flussu di travagliu standard NGS Illumina® per Illumina® NextSeq™ 2000. Prima di prucede à a sequenza, assicuratevi chì a qualità di a biblioteca Olink purificata hè stata verificata. Riferite à u Manuale d'Usuariu Olink Explore applicabile per struzzioni nantu à u cuntrollu di qualità.

Pianu a corsa di sequenza

Una libreria Olink pò esse sequenziata per cella di flussu NextSeq™ 2000 P2 è per corsa. U nùmeru di cellule di flussu P2 è eseguite necessarii per sequenzià e diverse Olink Explore Reagent Kits hè descrittu in a Tabella 1. Se più di una corsa hè necessariu, ripetite l'istruzzioni descritti in stu manuale.

Table 1. Sequencing run planning

Olink® Explore Reagent Kit	Numero di Biblioteche Olink	Numero di cellule di flusso e di corsa
Olink® Explore 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 Reagent Kit	8	8

Installa a ricetta persunalizata Olink®

Salvà a ricetta persunalizata Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 in un cartulare di strumentu adattatu.

NOTA: A ricetta persunalizata Olink funzionerà solu cù u kit NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 è u software di cuntrollu NextSeq™ 1000/2000 v1.2 o v1.4.

Preparate reagenti di sequenza

Duranti stu passu, a cartuccia di reagenti chì cuntene i reagenti di clustering è sequencing hè scongelatu è a cellula di flussu hè preparata.

ATTENZIONE: A cartuccia di reagenti cuntene sustanzi chimichi potenzialmente periculosi. Purtate l'equipaggiu protettivu adattatu è scartate i reagenti usati in cunfurmità cù e norme applicabili. Per più infurmazione, riferite à a Guida di Sistema Illumina NextSeq 1000 è 2000 (document #1000000109376).

Preparate cartuccia di reagenti

U scongelu di u cartucciu micca apertu pò esse fattu cù trè metudi diffirenti: à a temperatura di l'ambienti, in un bagnu d'acqua cuntrullata, o in a frigorifera.

Preparate u bancu

• 1x Cartuccia di reagenti NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cicli)

Istruzzioni

1. Scongelare a cartuccia di reagenti cum'è descritta in a Tabella 2.

Table 2. Metodi di scongelu di cartuccia di reagenti

Metudu di scongelu	Istruzzioni
À a temperatura di l'ambienti	Senza apre u saccu di foglia d'argentu, mette u cartucciu di reagenti congelatu nantu à u bancu è scongelu à a temperatura di l'ambienti per 9 ore. Ùn trapassà 16 ore. Assicuratevi chì l'etichetta di a borsa sia rivolta è chì l'aria pò circulà intornu à a cartuccia.
In un bagnu d'acqua	Senza apre u saccu di foglia d'argentu, mette a cartuccia di reagenti congelata à mità sommersa in un bagnu d'acqua cuntrullatu à 25 ° C è lasciate scongelu per 6 ore. Ùn trapassa 8 ore. Assicuratevi chì l'etichetta di a borsa sia rivolta è chì a cartuccia ùn si inverte micca durante u scongelu. Asciugà a cartuccia bè cù una spugna di carta.
In u frigorifero	Senza apre u saccu di foil d'argentu, mette u cartucciu nantu à u bancu è scongelu à a temperatura di l'ambienti durante 6 ore. Assicuratevi chì l'etichetta di a borsa sia rivolta è chì l'aria pò circulà intornu à a cartuccia. Finisci di scongelà a cartuccia in a frigorifera per 12 ore. Ùn trapassa 72 ore. Prima di a corsa, sguassate u cartucciu senza apertura da a frigorifera è permettenu di ghjunghje à a temperatura di l'ambienti durante almenu 15 minuti, ma micca più di 1 ora.

NOTA: I cartucci scongelati ùn ponu micca esse rinfriscati è devenu esse guardati à 4 °C, per un tempu massimu di 72 ore.

Preparate a cellula di flussu

Preparate u bancu

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Istruzzioni

1. Purtate a cellula di flussu refrigerata à a temperatura di l'ambienti per 10-15 minuti.

Preparate Olink® Library per a sequenza

Duranti stu passu, a Biblioteca Olink purificata è cuntrullata di qualità hè diluita à a cuncentrazione finale di carica. Nota chì a denaturazione di a Biblioteca hè fatta automaticamente à bordu di u strumentu.

Preparate u bancu

• Lib Tube, preparatu secondu u Manuale d'Usuariu Olink Explore applicabile
• 1x RSB cù Tween 20
• MilliQ acqua
• 2 provette per microcentrifuga (1.5 ml)
• Pipetta manuale (10, 100 e 1000 μL)
• Filtri puntali di pipette

Prima di principià

• Scongelate u Lib Tube se congelate.
• Scongete u RSB congelatu cù Tween 20 à a temperatura di l'ambienti per 10 minuti. Mantene à + 4 ° C finu à l'usu.
• Marcate i dui novi tubi di microcentrifuga da 1.5 mL cum'è seguente:
  • Marca un tubu "Dil" (per a Biblioteca diluita 1:100)
  • Marca un tubu "Seq" (per a biblioteca pronta per carica)

Istruzzioni

1. Aghjunghjite 495 μL di acqua MilliQ à u Dil Tube.
2. Vortex the Lib Tube è girallu brevemente.
3. Trasferisce manualmente 5 μL da u Tubu Lib à u Tubu Dil.
4. Vortex the Dil Tube è spin it down brevemente.
5. Aghjunghjite 20 μL di RBS cù Tween 20 à u Seq Tube.
6. Trasferisce manualmente 20 μL da u Dil Tube à u Seq Tube.
7. Vortex the Seq Tube è girallu brevemente.
8. Cuntinuà immediatamente à 2.5 Carica a cella di flussu è a biblioteca Olink® in a cartuccia di reagenti.

NOTA: Conservate i Tubi Lib a -20 °C in caso di potenziale ripetizione.

Caricà a cella di flussu è a biblioteca Olink® in a cartuccia di reagenti

Duranti stu passu, a cellula di flussu è a Biblioteca Olink diluita sò caricate in u cartucciu di reagenti scongelu.

Preparate u bancu

• 1 cartuccia di reagenti NextSeq™ 1000/2000 P2 scongelata (100 cicli), preparata in u passu precedente
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, preparatu in u passu precedente
• Seq Tube (cù prontu per carricà a Biblioteca Olink diluita), preparatu in u passu precedente
• Pipetta manuale (100 μL)
• Punta di pipette (1 ml)

Preparate a cartuccia

1. Eliminate a cartuccia da u saccu di foglia d'argentu.
2. Invertite a cartuccia dece volte per mischjà bè i reagenti scongelati.

NOTA: Hè normale à sente cumpunenti interni tintinnà.

Caricà a cellula di flussu in a cartuccia

1. Quandu hè pronta per carricà a cellula di flussu in a cartuccia, sguassate a cellula di flussu da u pacchettu. Mantene a cellula di flussu da a tabulazione grisa, cù l'etichetta nantu à a tabulazione rivolta. Aduprate guanti novi senza polvere per evità di contaminazione di a superficia di vetru di a cellula di flussu.
2. Inserite a cellula di flussu in u slot di a cellula di flussu à a fronte di a cartuccia. Un clic audible indica chì a cellula di flussu hè pusata currettamente.
3. Eliminate a tabulazione grisa tirà fora.

Caricate l'Olink® Library in a cartuccia

1. Perforà u reservoir Library cù una punta di pipette pulita da 1 mL.
2. Caricà 20 μL di a Biblioteca Olink da u Seq Tube in u fondu di u reservoir di a biblioteca.

Eseguite una corsa di sequenza Olink®

Duranti stu passu, a cartuccia Buffer cù a cellula di flussu caricata è a Biblioteca Olink hè caricata in NextSeq™ 2000, è a sequenza di sequenza hè iniziata cù a ricetta Olink.

Preparate u bancu

• 1x Cartuccia di Reagenti NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cicli) caricata cù a Cella di Flussu NextSeq™ 1000/2000 P2 è a Libreria Olink diluita, preparata in u passu precedente.

Configurate u Modu Run

1. Da u menù di u software di cuntrollu, selezziunate Settings.
2. Sottu BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, selezziunate Local Run Setup.
3. Selezziunà Supportu Proattivu Solu cum'è paràmetri supplementari. Sta funzione richiede una cunnessione Internet.
4. Selezziunate u Locu Hosting per i vostri dati. Locu d'ospitu deve esse in o vicinu à a vostra regione.
5. Definite u locu di u Cartulare di Output per i dati crudi di l'esecuzione attuale. Selezziunà Sceglie à navigà è sceglie u cartulare pruduzzioni.
6. Selezziunate a casella di spunta Denature and Dilute On Board per denature è dilute automaticamente a Biblioteca à bordu di u strumentu.
7. Selezziunà a casella di spunta Purge Reagent Cartridge per purgà automaticamente i reagenti inutilizati in u compartimentu di reagenti spesi di a cartuccia.
8. Selezziunate a casella di verificazione Autocheck for software updates per verificà automaticamente l'aghjurnamenti di software (opcional). Sta funzione richiede una cunnessione Internet.
9. Selezziunà Salvà.

Configurate i paràmetri di corsa

NOTA: Questa struzzione si applica à a versione 1.4 di u software di cuntrollu NextSeq™ 1000/2000. Certi di i passi discrittu sottu pò esse differente quandu aduprà a versione v1.2

1. Da u menù di u software di cuntrollu, selezziunate Start.
2. Selezziunà Manually Set Up New Run è appughjà Setup.
3. In a pagina Run Setup, cunfigurate i paràmetri di run cum'è seguente:
   • In u campu Run Name, inserite un ID esperimentu unicu.
   • In a lista di u Tipu di Lettura, selezziunate l'opzione Lettura Singulu.
   • Inserite u numeru di ciculi cum'è seguitu:
     • Leghjite 1: 24
     • Indice 1: 0
     • Indice 2: 0
     • Leghjite 2: 0

NOTA: Hè cruciale chì Read 1 hè stabilitu à 24, altrimenti tutta a corsa falla. Ignore i missaghji avvirtimenti quandu entre u numeru di ciculi.

• In u listinu a tendina Custom Primer Wells, selezziunate No.
• In u campu di Ricetta Personalizata (opcional), selezziunate Sceglite per navigà è selezziunate l'XML di ricetta persunalizata file Olink_NSQ2K_P2_V1. Selezziunà Open.
• Ùn importate micca un Sample Sheet.
• Assicuratevi chì u locu di u cartulare di output hè currettu. Altrimenti, sceglite Sceglie per navigà è selezziunate u locu di u cartulare di output desideratu.
• In u campu Denature and Dilute Onboard, sceglite Abilitatu da a lista a tendina.
• Selezziunà Prep.

Caricà a cartuccia caricata

1. Selezziunà Load. A visiera di l'instrumentu si apre è a tavula hè espulsa.
2. Pone a cartuccia caricata nantu à u vassou cù l'etichetta rivolta in sopra è a cellula di flussu in l'instrumentu.
3. Sceglie Close.
4. Una volta chì a cartuccia hè caricata bè, verificate i paràmetri di run è selezziunate Sequence. U strumentu esegue cuntrolli pre-run per u strumentu è i fluidi.
   • NOTA: Durante a verificazione di fluidi, hè previstu di sente parechji soni popping.
5. Assicuratevi chì a corsa principia dopu chì i cuntrolli automatichi pre-run sò stati cumpletati (~ 15 minuti). U tempu di esecuzione di sequenza hè di circa 10h30 min.
   • NOTA: Per qualsiasi fallimentu di verificazione pre-run, riferite à l'istruzzioni di u fabricatore. Fate attenzione à ùn sbattà o altrimenti disturbà u NextSeq™ 2000 durante a corsa di sequenza. L'instrumentu hè sensibile à e vibrazioni.
6. Pulite l'area di travagliu.

Monitorà u prugressu di a corsa

Olink usa NGS cum'è lettura per quantificà a quantità di una sequenza cunnisciuta per stimà a cuncentrazione di una data proteina in s.amples (par rapportu à l'altri samples). A qualità di dati da ogni corsa di sequenza di Esplora hè principalmente determinata da parametri QC unichi à a tecnulugia Olink. Dunque, e metriche standard di cuntrollu di qualità aduprate in NGS convenzionali, cum'è Q-score, sò menu critichi.

Eject è scartà a cartuccia dopu a corsa

ATTENZIONE: Stu gruppu di reagenti cuntene sustanzi chimichi potenzialmente periculosi. Purtate l'equipaggiu protettivu adattatu è scartate i reagenti usati in cunfurmità cù e norme applicabili. Per più infurmazione, riferite à a Guida di Sistema Illumina NextSeq 1000 è 2000 (document #1000000109376).

1. Quandu a corsa hè cumpleta, selezziunate Eject Cartridge.
   • NOTA: U cartucciu utilizatu, cumprese a cellula di flussu, pò esse lasciatu in u locu finu à a prossima corsa, ma micca più di 3 ghjorni.
2. Eliminate a cartuccia da a tavula.
3. Eliminate i reagenti in cunfurmità cù e norme applicabili.
4. Selezziunà Close Door. A tavula hè ricaricata.
5. Selezziunate Home per vultà à u screnu Home.
   • NOTA: Siccomu a cartuccia cuntene tutti i meccanismi per eseguisce u sistema, è ancu un reservoir per cullà i reagenti usati, ùn ci hè micca bisognu di lavà l'instrumentu dopu a corsa.

Storia di rivisione

Versione	Data	Descrizzione
1.0	2021-12-01	Novu

www.olink.com

Solu per usu di ricerca. Ùn hè micca per aduprà in i prucessi di diagnostichi.

Stu pruduttu include una licenza per l'usu micca cummerciale di i prudutti Olink. L'utilizatori cummirciali puderanu dumandà licenze supplementari. Per piacè cuntattate Olink Proteomics AB per i dettagli. Ùn ci sò micca garanzie, espresse o implicite, chì si estendenu oltre sta descrizzione. Olink Proteomics AB ùn hè micca rispunsevuli di danni à a pruprietà, ferite persunale, o pèrdite economiche causate da stu pruduttu. A seguente marca hè di proprietà di Olink Proteomics AB: Olink®. Stu pruduttu hè cupartu da parechji brevetti è applicazioni di patenti dispunibili à https://www.olink.com/patents/.

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1193, v1.0, 2021-12-01

Documenti / Risorse

Olink NextSeq 2000 Esplora u Sistema di Sequenza [pdfManuale d'usu NextSeq 2000, Esplora u Sistema di Sequenza, NextSeq 2000 Esplora u Sistema di Sequenza

Referenze

• Manuale d'usu