Olink NextSeq 2000 Explore sekos nustatymo sistema

Dokumento pastaba

Olink® Explore vartotojo vadovas, dok. Nr. 1153, yra pasenęs ir buvo pakeistas šiais dokumentais:

• Olink® Explore Overview Vartotojo vadovas, dok. Nr. 1187
• Olink® Explore 384 vartotojo vadovas, dok. Nr. 1188
• Olink® Explore 4 x 384 vartotojo vadovas, dok. Nr. 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion vartotojo vadovas, doc nr 1190
• Olink® Explore 3072 vartotojo vadovas, dok. Nr. 1191
• Olink® Explore Sequencing naudojant NextSeq 550 vartotojo vadovą, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing naudojant NextSeq 2000 vartotojo vadovą, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing naudojant NovaSeq 6000 vartotojo vadovą, doc nr 1194

Įvadas

Naudojimas pagal paskirtį

Olink® Explore yra daugialypė imuninio tyrimo platforma, skirta žmogaus baltymų biomarkerių atradimui. Produktas skirtas naudoti tik moksliniams tyrimams, o ne diagnostikos procedūroms. Laboratorinius darbus gali atlikti tik apmokytas laboratorijos personalas. Duomenis tvarkyti gali tik apmokyti darbuotojai. Rezultatai skirti tyrėjams naudoti kartu su kitais klinikiniais ar laboratoriniais duomenimis.

Apie šį vadovą

Šiame naudotojo vadove pateikiamos instrukcijos, reikalingos „Olink® Explore Libraries“ tvarkyti „Illumina® NextSeq™ 2000“. Instrukcijų turi būti griežtai ir aiškiai laikomasi. Bet kokie nukrypimai atliekant laboratorinius veiksmus gali pabloginti duomenis. Prieš pradėdami laboratorijos darbo eigą, pasitarkite su Olink® Explore Overview Naudotojo vadovas, skirtas supažindinti su platforma, įskaitant informaciją apie reagentus, įrangą ir reikalingą dokumentacijąview darbo eigos, taip pat laboratorinių nurodymų. Instrukcijų, kaip paleisti Olink® Explore reagentų rinkinius, rasite atitinkamame Olink® Explore vartotojo vadove. Duomenų apdorojimo ir Olink® Explore sekos rezultatų analizės ieškokite Olink® MyData Cloud vartotojo vadove. Visi šioje medžiagoje esantys prekių ženklai ir autorių teisės yra Olink® Proteomics AB nuosavybė, jei nenurodyta kitaip.

Techninė pagalba

Dėl techninės pagalbos kreipkitės į Olink Proteomics adresu: support@olink.com.

Laboratorinės instrukcijos

Šiame skyriuje pateikiamos instrukcijos, kaip nustatyti Olink bibliotekų seką NextSeq™ 2000 naudojant NextSeq™ 1000/2000 P2 reagentus (100 ciklų) v3. Sekvenavimui naudojamas protokolas yra Illumina® standartinės NGS darbo eigos, skirtos Illumina® NextSeq™ 2000, pritaikymas. Prieš pradėdami sekti, įsitikinkite, kad išgrynintos Olink bibliotekos kokybė buvo patikrinta. Kokybės kontrolės instrukcijas rasite atitinkamame Olink Explore vartotojo vadove.

Suplanuokite sekos eigą

Vienai „Olink“ bibliotekai galima nustatyti seką „NextSeq™ 2000 P2“ srauto elementui ir per vieną paleidimą. P2 srauto elementų ir važiavimų skaičius, reikalingas skirtingų Olink Explore Reagent Kits sekai atlikti, aprašytas 1 lentelėje. Jei reikia daugiau nei vieno paleidimo, pakartokite šiame vadove aprašytas instrukcijas.

1 lentelė. Sekos eigos planavimas

Olink® Explore Reagent Kit	Olinko bibliotekų skaičius	Srauto (-ių) elementų ir paleidimo (-ių) skaičius
Olink® Explore 384 reagentų rinkinys	1	1
Olink® Explore 4 x 384 reagentų rinkinys	4	4
Olink® Explore 1536 reagentų rinkinys	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 reagentų rinkinys	8	8

Įdiekite tinkintą Olink® receptą

Išsaugokite tinkintą Olink receptą xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 atitinkamame instrumento aplanke.

PASTABA: Pasirinktinis Olink receptas veiks tik su NextSeq™ 1000/2000 P2 reagentų (100 ciklų) v3 rinkiniu ir NextSeq™ 1000/2000 valdymo programine įranga v1.2 arba v1.4.

Paruoškite sekos nustatymo reagentus

Šio etapo metu atšildoma reagentų kasetė, kurioje yra grupavimo ir sekos nustatymo reagentai, ir paruošiama srauto ląstelė.

ĮSPĖJIMAS: Reagento kasetėje yra potencialiai pavojingų cheminių medžiagų. Dėvėkite tinkamą apsauginę įrangą ir išmeskite panaudotus reagentus pagal galiojančius standartus. Daugiau informacijos rasite Illumina NextSeq 1000 ir 2000 sistemos vadove (dokumentas Nr. 1000000109376).

Paruoškite reagento kasetę

Neatidarytą kasetę atšildyti galima trimis skirtingais būdais: kambario temperatūroje, kontroliuojamoje vandens vonelėje arba šaldytuve.

Paruoškite suolą

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reagento kasetė (100 ciklų)

Instrukcijos

1. Atšildykite reagento kasetę, kaip aprašyta 2 lentelėje.

2 lentelė. Reagentų kasetės atšildymo metodai

Atšildymo būdas	Instrukcijos
Kambario temperatūroje	Neatidarius sidabrinės folijos maišelio, užšaldytą reagento kasetę padėkite ant stendo ir atšildykite kambario temperatūroje 9 valandas. Neviršykite 16 valandų. Įsitikinkite, kad maišelio etiketė nukreipta į viršų ir oras gali cirkuliuoti aplink kasetę.
Vandens vonioje	Neatidarydami sidabro folijos maišelio, sušaldytą reagento kasetę įdėkite pusiau panardintą į kontroliuojamą 25 °C vandens vonią ir leiskite atitirpti 6 valandas. Neviršykite 8 valandų. Įsitikinkite, kad maišelio etiketė yra nukreipta į viršų ir kad atitirpinant kasetė neapvirsta. Gerai išdžiovinkite kasetę popieriniu rankšluosčiu.
Šaldytuve	Neatidarydami sidabrinio folijos maišelio, padėkite kasetę ant stalo ir atšildykite kambario temperatūroje 6 valandas. Įsitikinkite, kad maišelio etiketė nukreipta į viršų ir oras gali cirkuliuoti aplink kasetę. Užbaikite atšildyti kasetę šaldytuve 12 valandų. Neviršykite 72 valandų. Prieš bėgimą atšildytą neatidarytą užtaisą išimkite iš šaldytuvo ir leiskite sušilti kambario temperatūroje mažiausiai 15 minučių, bet ne ilgiau kaip 1 valandą.

PASTABA: Atšildytų užtaisų pakartotinai užšaldyti negalima, juos reikia laikyti 4 °C temperatūroje ne ilgiau kaip 72 valandas.

Paruoškite srauto ląstelę

Paruoškite suolą

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 srauto elementas

Instrukcijos

1. Atšaldytą srauto elementą pašildykite iki kambario temperatūros 10–15 minučių.

Paruoškite Olink® biblioteką sekos nustatymui

Šio etapo metu išgryninta ir kontroliuojama kokybė Olink biblioteka praskiedžiama iki galutinės įkrovos koncentracijos. Atminkite, kad bibliotekos denatūravimas atliekamas automatiškai prietaise.

Paruoškite suolą

• Lib Tube, paruoštas pagal taikomą Olink Explore vartotojo vadovą
• 1x RSB su Tween 20
• MilliQ vanduo
• 2x mikrocentrifugos mėgintuvėliai (1.5 ml)
• Rankinė pipetė (10, 100 ir 1000 μL)
• Filtruoti pipetės antgaliai

Prieš pradėdami

• Atšildykite Lib Tube, jei jis užšaldytas.
• Sušaldytą RSB su Tween 20 atitirpinkite kambario temperatūroje 10 minučių. Iki naudojimo laikykite +4 °C temperatūroje.
• Pažymėkite du naujus 1.5 ml mikrocentrifugos mėgintuvėlius taip:
  • Pažymėkite vieną mėgintuvėlį „Dil“ (1:100 praskiestai bibliotekai)
  • Pažymėkite vieną vamzdelį „Seq“ (kad būtų paruošta įkelti biblioteką)

Instrukcijos

1. Į Dil vamzdelį įpilkite 495 μL MilliQ vandens.
2. Sumaišykite Lib Tube ir trumpai pasukite žemyn.
3. Rankiniu būdu perkelkite 5 μL iš Lib vamzdelio į Dil vamzdelį.
4. Sumaišykite Dil Tube ir trumpai pasukite žemyn.
5. Į Seq mėgintuvėlį įpilkite 20 μL RBS su Tween 20.
6. Rankiniu būdu perkelkite 20 μL iš Dil mėgintuvėlio į Seq mėgintuvėlį.
7. Sumaišykite Seq Tube ir trumpai pasukite žemyn.
8. Nedelsdami tęskite 2.5 Įdėkite srauto elementą ir Olink® biblioteką į reagento kasetę.

PASTABA: Lib mėgintuvėlį (-ius) laikykite -20 °C temperatūroje, jei būtų galima pakartotinai.

Įdėkite srauto elementą ir Olink® biblioteką į reagento kasetę

Šio etapo metu srauto elementas ir praskiesta Olink biblioteka įkeliami į atšildyto reagento kasetę.

Paruoškite suolą

• 1x atšildyta NextSeq™ 1000/2000 P2 reagento kasetė (100 ciklų), paruošta ankstesniame žingsnyje
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 srauto elementas, paruoštas ankstesniame žingsnyje
• Seq Tube (su paruošta įkelti atskiesta Olink biblioteka), paruošta ankstesniame žingsnyje
• Rankinė pipetė (100 μL)
• Pipetės antgalis (1 ml)

Paruoškite kasetę

1. Išimkite kasetę iš sidabro folijos maišelio.
2. Apverskite kasetę dešimt kartų, kad gerai susimaišytų atšildyti reagentai.

PASTABA: Normalu girdėti vidinių komponentų žvangėjimą.

Įdėkite srauto elementą į kasetę

1. Kai būsite pasiruošę dėti srauto elementą į kasetę, išimkite srauto elementą iš pakuotės. Laikykite srauto langelį už pilkos spalvos skirtuko taip, kad etiketė ant skirtuko būtų nukreipta į viršų. Naudokite naujas pirštines be pudros, kad neužterštumėte srauto elemento stiklo paviršiaus.
2. Įkiškite srauto elementą į srauto elemento angą kasetės priekyje. Garsinis spragtelėjimas rodo, kad srauto elementas yra tinkamai įdėtas.
3. Nuimkite pilką skirtuką ištraukdami jį.

Įdėkite Olink® biblioteką į kasetę

1. Pradurkite bibliotekos rezervuarą švariu 1 ml pipetės antgaliu.
2. Įdėkite 20 μL Olink bibliotekos iš Seq Tube į bibliotekos rezervuaro dugną.

Atlikite Olink® sekos nustatymą

Atliekant šį veiksmą, buferio kasetė su įkrauta srauto ląstele ir Olink biblioteka įkeliama į NextSeq™ 2000, o sekos nustatymas pradedamas naudojant Olink receptą.

Paruoškite suolą

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reagento kasetė (100 ciklų), įdėta su NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell ir praskiesta Olink biblioteka, paruošta ankstesniame žingsnyje.

Konfigūruokite paleidimo režimą

1. Valdymo programinės įrangos meniu pasirinkite Nustatymai.
2. Dalyje „BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support“ pasirinkite „Local Run Setup“.
3. Kaip papildomus nustatymus pasirinkite Tik proaktyvus palaikymas. Šiai funkcijai reikalingas interneto ryšys.
4. Pasirinkite savo duomenų prieglobos vietą. Prieglobos vieta turėtų būti jūsų regione arba netoli jo.
5. Nustatykite dabartinių neapdorotų duomenų išvesties aplanko vietą. Norėdami naršyti, pasirinkite Pasirinkti ir pasirinkite išvesties aplanką.
6. Pažymėkite žymės langelį Denatūruoti ir skiesti, kad prietaise esanti biblioteka būtų automatiškai denatūruota ir praskiesta.
7. Pažymėkite žymės langelį Išvalyti reagentų kasetę, kad nepanaudoti reagentai būtų automatiškai išvalomi į panaudotų kasetės reagentų skyrių.
8. Pažymėkite žymės langelį Automatiškai tikrinti programinės įrangos naujinimus, kad automatiškai patikrintumėte, ar nėra programinės įrangos naujinimų (pasirenkama). Šiai funkcijai reikalingas interneto ryšys.
9. Pasirinkite Išsaugoti.

Nustatykite paleidimo parametrus

PASTABA: Ši instrukcija taikoma „NextSeq™ 1.4/1000“ valdymo programinės įrangos 2000 versijai. Kai kurie toliau aprašyti veiksmai gali skirtis naudojant 1.2 versiją

1. Valdymo programinės įrangos meniu pasirinkite Pradėti.
2. Pasirinkite Rankiniu būdu nustatyti naują paleidimą ir paspauskite Setup.
3. Puslapyje Vykdyti sąranką nustatykite paleidimo parametrus taip:
   • Lauke Vykdymo pavadinimas įveskite unikalų eksperimento ID.
   • Išskleidžiamajame sąraše Skaitymo tipas pasirinkite parinktį Single Read.
   • Įveskite ciklų skaičių taip:
     • Skaityti 1: 24
     • 1 indeksas: 0
     • 2 indeksas: 0
     • Skaityti 2: 0

PASTABA: Labai svarbu, kad Read 1 būtų nustatytas į 24, kitaip visas paleidimas nepavyks. Įvesdami ciklų skaičių nekreipkite dėmesio į įspėjamuosius pranešimus.

• Išskleidžiamajame sąraše Custom Primer Wells pasirinkite No.
• Lauke Pasirinktinis receptas (pasirenkamas) pasirinkite Pasirinkti, kad naršytumėte, ir pasirinkite tinkintą recepto XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Pasirinkite Atidaryti.
• Neimportuokite Sample lapas.
• Įsitikinkite, kad išvesties aplanko vieta yra teisinga. Kitu atveju pasirinkite Pasirinkti, kad naršytumėte ir pasirinkite norimą išvesties aplanko vietą.
• Lauke Denature and Dilute Onboard pasirinkite Įgalinta iš išskleidžiamojo sąrašo.
• Pasirinkite Paruošimas.

Įdėkite įdėtą kasetę

1. Pasirinkite Įkelti. Atsidaro instrumento skydelis ir dėklas išstumiamas.
2. Įdėkite įdėtą kasetę ant dėklo taip, kad etiketė būtų nukreipta į viršų, o srauto elementas būtų prietaiso viduje.
3. Pasirinkite Uždaryti.
4. Kai kasetė bus tinkamai įdėta, patikrinkite veikimo parametrus ir pasirinkite Sequence. Prietaisas atlieka prietaiso ir skysčių patikrinimus prieš paleidimą.
   • PASTABA: Tikimasi, kad skysčių tikrinimo metu išgirsite kelis spragtelėjimus.
5. Įsitikinkite, kad važiavimas prasidės po to, kai bus baigti automatiniai patikrinimai prieš paleidimą (~15 minučių). Sekos vykdymo laikas yra maždaug 10h30 min.
   • PASTABA: Dėl bet kokių patikrinimo prieš paleidimą klaidų ieškokite gamintojo instrukcijose. Būkite atsargūs, kad neatsitrenktumėte į NextSeq™ 2000 ir jokiu būdu nesutrikdytumėte sekos nustatymo metu. Prietaisas jautrus vibracijai.
6. Išvalykite darbo vietą.

Stebėkite vykdymo eigą

Olinkas naudoja NGS kaip rodmenį, norėdamas kiekybiškai įvertinti žinomos sekos kiekį, kad įvertintų tam tikro baltymo koncentraciją samples (palyginti su kitais samples). Duomenų kokybę iš kiekvienos „Explore“ sekos paleidimo daugiausia lemia „Olink“ technologijai unikalūs QC parametrai. Taigi standartinės kokybės kontrolės metrikos, naudojamos įprastose NGS, tokios kaip Q balas, yra mažiau svarbios.

Išmeskite ir išmeskite kasetę po paleidimo

ĮSPĖJIMAS: Šiame reagentų rinkinyje yra potencialiai pavojingų cheminių medžiagų. Dėvėkite tinkamą apsauginę įrangą ir išmeskite panaudotus reagentus pagal galiojančius standartus. Daugiau informacijos rasite Illumina NextSeq 1000 ir 2000 sistemos vadove (dokumentas Nr. 1000000109376).

1. Kai paleidimas bus baigtas, pasirinkite Eject Cartridge.
   • PASTABA: Panaudotą kasetę su srauto elementu galima palikti vietoje iki kito paleidimo, bet ne ilgiau kaip 3 dienas.
2. Išimkite kasetę iš dėklo.
3. Išmeskite reagentus pagal galiojančius standartus.
4. Pasirinkite Uždaryti duris. Dėklas įkeliamas iš naujo.
5. Norėdami grįžti į pagrindinį ekraną, pasirinkite Pagrindinis.
   • PASTABA: Kadangi kasetėje yra visi sistemos veikimo mechanizmai, taip pat rezervuaras panaudotiems reagentams surinkti, po veikimo instrumento plauti nereikia.

Revizijų istorija

Versija	Data	Aprašymas
1.0	2021-12-01	Nauja

www.olink.com

Tik tyrimams. Nenaudoti diagnostikos procedūroms.

Šiame gaminyje yra licencija nekomerciniam Olink produktų naudojimui. Komerciniams vartotojams gali prireikti papildomų licencijų. Norėdami gauti daugiau informacijos, susisiekite su Olink Proteomics AB. Nėra jokių išreikštų ar numanomų garantijų, kurios viršytų šį aprašymą. Olink Proteomics AB neatsako už turtinę žalą, kūno sužalojimą ar ekonominius nuostolius, kuriuos sukėlė šis gaminys. Šis prekės ženklas priklauso Olink Proteomics AB: Olink®. Šiam gaminiui taikomi keli patentai ir patentų paraiškos, kurias galima rasti adresu https://www.olink.com/patents/.

© Autorių teisės 2021 Olink Proteomics AB. Visi trečiųjų šalių prekių ženklai yra atitinkamų savininkų nuosavybė.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Upsala, Švedija

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokumentai / Ištekliai

Olink NextSeq 2000 Explore sekos nustatymo sistema [pdf] Naudotojo vadovas NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Nuorodos

• Vartotojo vadovas