Olink NextSeq 2000 Sequencing System Explore

Документ жазуу

Olink® Explore Колдонуучунун колдонмосу, doc nr 1153, эскирген жана төмөнкү документтер менен алмаштырылган:

• Olink® Explore Overview Колдонуучунун колдонмосу, doc nr 1187
• Olink® Explore 384 User Manual, doc nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 Колдонуучунун колдонмосу, doc nr 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
• Olink® Explore 3072 User Manual, doc nr 1191
• Olink® Explore Sequencing NextSeq 550 User Manual, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing NextSeq 2000 User Manual, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing NovaSeq 6000 User Manual, doc nr 1194

Introduction

Максаттуу колдонуу

Olink® Explore – адамдын протеининин биомаркеринин ачылышы үчүн мультиплекстик иммуно анализ платформасы. Продукт диагностикалык процедураларда колдонуу үчүн эмес, изилдөө үчүн гана арналган. Лабораториялык иштерди окуудан өткөн лаборатория кызматкерлери гана жүргүзөт. Маалыматтарды иштетүүнү үйрөтүлгөн кызматкерлер гана жүргүзүшү керек. Натыйжалар башка клиникалык же лабораториялык табылгалар менен бирге изилдөөчүлөр тарабынан колдонулушу керек.

Бул колдонмо жөнүндө

Бул Колдонуучу Колдонмо Illumina® NextSeq™ 2000деги Olink® Explore Libraries ырааттуулугу үчүн керектүү нускамаларды берет. Көрсөтмөлөрдү так жана так аткаруу керек. Лабораториялык кадамдардагы ар кандай четтөөлөр маалыматтардын бузулушуна алып келиши мүмкүн. Лабораториялык ишти баштоодон мурун Olink® Explore Over менен кеңешиңизview Платформага киришүү үчүн Колдонуучунун колдонмосу, анын ичинде реагенттер, жабдуулар жана керектүү документтер жөнүндө маалымат.view иш процесси, ошондой эле лабораториялык көрсөтмөлөр. Olink® Explore Reagent Kits'ти кантип иштетүү боюнча нускамаларды алуу үчүн, тиешелүү Olink® Explore Колдонуучу Колдонмосун караңыз. Маалыматтарды иштетүү жана Olink® Explore ырааттуулугун талдоо үчүн Olink® MyData Cloud Колдонуучу колдонмосун караңыз. Бул материалда камтылган бардык соода белгилери жана автордук укуктар, эгерде башкасы айтылбаса, Olink® Proteomics AB компаниясынын менчиги болуп саналат.

Техникалык колдоо

Техникалык колдоо үчүн Olink Proteomics менен байланышыңыз: support@olink.com.

Лабораториялык көрсөтмөлөр

Бул бөлүм NextSeq™ 2000/1000 P2000 Reagents (2 Cycles) v100 колдонуу менен NextSeq™ 3 боюнча Olink китепканаларын ырааттуулукка кантип салуу керектиги боюнча көрсөтмөлөрдү берет. Ырааттоо үчүн колдонулган протокол Illumina® NextSeq™ 2000 үчүн Illumina® стандарттык NGS иш процессинин адаптациясы болуп саналат. Ырааттуулукка өтүүдөн мурун, тазаланган Olink китепканасынын сапаты текшерилгенин текшериңиз. Сапатты көзөмөлдөө боюнча нускамаларды алуу үчүн тиешелүү Olink Explore Колдонуучу куралын караңыз.

Ырааттуулукту пландаштырыңыз

Бир Olink китепканасы NextSeq™ 2000 P2 агымынын уячасына жана ар бир ишке тизилиши мүмкүн. Ар кандай Olink Explore Reagent Kits ырааттуулугу үчүн талап кылынган P2 агымынын клеткаларынын жана чуркоолордун саны 1-таблицада сүрөттөлгөн. Эгер бирден ашык иштетүү талап кылынса, бул колдонмодо сүрөттөлгөн нускамаларды кайталаңыз.

Таблица 1. Ишти пландоо ырааттуулугу

Olink® Explore Reagent Kit	Olink китепканаларынын саны	Агым уячаларынын жана агымдардын саны
Olink® Explore 384 реагент комплекти	1	1
Olink® Explore 4 x 384 реагент комплекти	4	4
Olink® Explore 1536 реагент комплекти	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 реагент комплекти	8	8

Olink® ыңгайлаштырылган рецептти орнотуңуз

Olink ыңгайлаштырылган рецептин xml- сактаңызfile Olink_NSQ2K_P2_V1 ылайыктуу аспап папкасында.

ЭСКЕРТҮҮ: Olink ыңгайлаштырылган рецепти NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 комплекти жана NextSeq™ 1000/2000 башкаруу программасы v1.2 же v1.4 менен гана иштейт.

секвенирлөө реагенттерин даярдоо

Бул кадамдын жүрүшүндө кластердик жана секвенирлөөчү реагенттерди камтыган реагент картридж эритип, агым клеткасы даярдалат.

ЭСКЕРТҮҮ: Реагенттин картриджинде потенциалдуу кооптуу химиялык заттар бар. Адекваттуу коргоочу шаймандарды кийиңиз жана колдонулган реагенттерди тиешелүү стандарттарга ылайык таштаңыз. Көбүрөөк маалымат алуу үчүн, Illumina NextSeq 1000 жана 2000 тутумунун колдонмосун караңыз (документ #1000000109376).

Реагент картриджди даярдаңыз

Ачыла элек картриджди эритүү үч түрдүү ыкманы колдонуу менен жүргүзүлүшү мүмкүн: бөлмө температурасында, көзөмөлдөнүүчү суу мончосунда же муздаткычта.

отургуч даярда

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 реагенттик картридж (100 цикл)

Instructions

1. Реагент картриджин 2-таблицада сүрөттөлгөндөй эритип алыңыз.

Таблица 2. Реагенттин картридждерин эритүү ыкмалары

Эритүү ыкмасы	Instructions
бөлмө температурасында	Күмүш фольга баштыкчасын ачпастан, тоңдурулган реагент картриджди отургучка коюп, бөлмө температурасында 9 саатка эритүү керек. 16 сааттан ашпаңыз. Баштыктын этикеткасын каратып, картридждин айланасында аба айланып турушун текшериңиз.
Суу ваннасында	Күмүш фольга баштыкчасын ачпастан, тоңдурулган реагент картриджди жарым-жартылай сууга чөктүрүлгөн абалда башкарылуучу 25 °C суу мончосуна салып, аны 6 саатка эритип туруңуз. 8 сааттан ашпаңыз. Баштыктын этикеткасы өйдө каратылганын жана картридж эрүү учурунда төңкөрүлбөшүн текшериңиз. Картриджди кагаз сүлгү менен жакшылап кургатып алыңыз.
Муздаткычта	Күмүш фольга баштыкчасын ачпастан, картриджди отургучка коюп, бөлмө температурасында 6 саатка эритиңиз. Баштыктын этикеткасын каратып, картридждин айланасында аба айланып турушун текшериңиз. Картриджди муздаткычта 12 саат эритип бүтүрүңүз. 72 сааттан ашпаңыз. Чуркоонун алдында муздаткычтан эриген ачыла элек картриджди чыгарып, бөлмө температурасына кеминде 15 мүнөт, бирок 1 сааттан ашпаган убакытка чейин жеткириңиз.

ЭСКЕРТҮҮ: Эриген картридждерди кайра тоңдоого болбойт жана 4 °C температурада, максималдуу 72 саатка чейин сакталышы керек.

Агым клеткасын даярдаңыз

отургуч даярда

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Instructions

1. Муздатылган агым клеткасын 10-15 мүнөт бөлмө температурасына жеткириңиз.

Olink® китепканасын секвенирлөө үчүн даярдаңыз

Бул кадамдын жүрүшүндө, тазаланган жана сапаты көзөмөлдөнгөн Olink китепканасы акыркы жүктөө концентрациясына чейин суюлтулган. Китепкананын денатурациясы инструменттин бортунда автоматтык түрдө аткарыларын эске алыңыз.

отургуч даярда

• Lib Tube, тиешелүү Olink Explore Колдонуучу колдонмосуна ылайык даярдалган
• Tween 1 менен 20x RSB
• MilliQ суу
• 2x Микроцентрифуга түтүктөрү (1.5 мл)
• Кол пипетка (10, 100 жана 1000 мкл)
• Пипетка учтарын чыпкалоо

Баштоодон мурун

• Эгерде тоңуп калса, Lib түтүгүн эритип алыңыз.
• Тоңдурулган RSBди Tween 20 менен бөлмө температурасында 10 мүнөт эритет. Колдонмого чейин +4 °C температурада сактаңыз.
• Эки жаңы 1.5 мл микроцентрифуга түтүктөрүн төмөнкүдөй белгилеңиз:
  • Бир түтүктү "Dil" деп белгилеңиз (1:100 суюлтулган китепкана үчүн)
  • Бир түтүктү "Seq" деп белгилеңиз (китепкананы жүктөө үчүн)

Instructions

1. Дил түтүкчөсүнө 495 мкл MilliQ суу кошуңуз.
2. Либ түтүгүн сүзүп, аны кыскача айлантыңыз.
3. Lib түтүкчөсүнөн 5 мкл кол менен Дил түтүкчөсүнө өткөрүңүз.
4. Дил түтүгүн айлантып, кыскача ылдый айлантыңыз.
5. Seq Tube үчүн Tween 20 менен 20 мкл RBS кошуңуз.
6. Дил түтүкчөсүнөн 20 мклди кол менен Seq түтүкчөсүнө өткөрүңүз.
7. Seq Tube'ду айландырып, аны кыскача айлантыңыз.
8. Ошол замат 2.5 Жүктөө агымы клеткасын жана Olink® китепканасын реагент картриджине улантыңыз.

ЭСКЕРТҮҮ: Потенциалдуу кайра иштетүү (лар) учурда Lib түтүктөрүн -20 °C температурада сактаңыз.

Агым клеткасын жана Olink® китепканасын реагенттин картриджине жүктөңүз

Бул кадамдын жүрүшүндө агым клеткасы жана суюлтулган Olink китепканасы эриген реагенттин картриджине жүктөлөт.

отургуч даярда

• 1x эритилген NextSeq™ 1000/2000 P2 реагент картридж (100 цикл), мурунку кадамда даярдалган
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, мурунку кадамда даярдалган
• Мурунку кадамда даярдалган Seq Tube (суюлтулган Olink китепканасын жүктөөгө даяр).
• Кол пипетка (100 мкл)
• Пипетка учу (1 мл)

Картриджди даярдаңыз

1. Картриджди күмүш фольга баштыктан чыгарыңыз.
2. Ичиндеги эриген реагенттерди жакшылап аралаштыруу үчүн картриджди он жолу которуңуз.

ЭСКЕРТҮҮ: Ички компоненттердин үнүн угуу нормалдуу көрүнүш.

Агым клеткасын картриджге жүктөңүз

1. Агым уячасын картриджге жүктөөгө даяр болгондо, агым клеткасын таңгактан чыгарыңыз. Агым уячасын боз өтмөктөн кармап, өтмөктөгү энбелгисин өйдө каратыңыз. Агым клеткасынын айнек бетин булгабоо үчүн жаңы порошоксуз кол каптарды колдонуңуз.
2. Агым уячасын картридждин алдындагы агым уячасынын уясына салыңыз. Укулган чыкылдатуу агым уячасынын туура жайгаштырылгандыгын көрсөтөт.
3. Боз тилкени чыгарып, аны алып салыңыз.

Olink® китепканасын картриджге жүктөңүз

1. Китепкананын резервуарын таза 1 мл пипетка учу менен тешип коюңуз.
2. Seq Tube тартып Olink китепканасынын 20 мкЛин китепкана резервуарынын түбүнө жүктөңүз.

Olink® секвенирлөө иштетиңиз

Бул кадамдын жүрүшүндө, жүктөлгөн агым уячасы жана Olink китепканасы бар буфердик картридж NextSeq™ 2000ге жүктөлөт жана Olink рецепти аркылуу секвенирлөө иштетилип баштайт.

отургуч даярда

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 реагенттик картридж (100 цикл) NextSeq™ 1000/2000 P2 агым клеткасы жана мурунку кадамда даярдалган суюлтулган Olink китепканасы жүктөлгөн.

Иштөө режимин конфигурациялаңыз

1. Башкаруу программалык менюсунан Орнотууларды тандаңыз.
2. BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support астында, Local Run Setup тандаңыз.
3. Кошумча орнотуулар катары Проактивдүү колдоону гана тандаңыз. Бул функция интернет байланышын талап кылат.
4. Сиздин маалымат үчүн Хостинг жайгашкан тандоо. Хостинг жайгашкан жери сиздин аймакта же ага жакын болушу керек.
5. Учурдагы иштетилип жаткан чийки маалыматтар үчүн Чыгуу папкасынын ордун коюңуз. Чабыттоо үчүн тандаңыз жана чыгаруу папкасын тандаңыз.
6. Аспаптын бортундагы китепкананы автоматтык түрдө денатураттоо жана суюлтуу үчүн денатура жана бортто эритүү кутучасын тандаңыз.
7. Колдонулбаган реагенттерди картридждин сарпталган реагенттер бөлүмүнө автоматтык түрдө тазалоо үчүн Reagent Cartridgeди тазалоо кутучасын тандаңыз.
8. Программалык камсыздоонун жаңыртууларын автоматтык түрдө текшерүү үчүн (милдеттүү эмес) кутучаны тандаңыз. Бул функция интернет байланышын талап кылат.
9. Сактоо тандаңыз.

Иштөө параметрлерин орнотуу

ЭСКЕРТҮҮ: Бул нускама NextSeq™ 1.4/1000 башкаруу программасынын 2000 версиясына тиешелүү. Төмөндө сүрөттөлгөн кадамдардын айрымдары v1.2 версиясын колдонууда башкача болушу мүмкүн

1. Башкаруу программалык менюсунан Баштоо тандаңыз.
2. Жаңы ишке кол менен орнотууну тандап, Орнотуу баскычын басыңыз.
3. Run Setup бетинде иштетүү параметрлерин төмөнкүдөй орнотуңуз:
   • Run Name талаасына уникалдуу эксперимент ID киргизиңиз.
   • Окуу түрү ылдый түшүүчү тизмеден Single Read опциясын тандаңыз.
   • Циклдердин санын төмөнкүдөй киргизиңиз:
     • 1 окуу: 24
     • Индекс 1: 0
     • Индекс 2: 0
     • 2 окуу: 0

ЭСКЕРТҮҮ: Окуу 1 24кө коюлганы абдан маанилүү, антпесе бүт чуркоо ишке ашпай калат. Циклдердин санын киргизүүдө эскертүү билдирүүлөрүнө көңүл бурбаңыз.

• Ыңгайлаштырылган Primer Wells ачылуучу тизмеден Жокту тандаңыз.
• Ыңгайлаштырылган рецепт (милдеттүү эмес) талаасында Чабыттоо үчүн тандаңыз жана ыңгайлаштырылган рецепт XML тандаңыз file Olink_NSQ2K_P2_V1. Ачуу тандаңыз.
• S импорттоого болбойтample Sheet.
• Чыгуу папкасынын жайгашкан жери туура экенин текшериңиз. Болбосо, чабыттоо үчүн тандаңыз жана керектүү чыгаруу папкасынын ордун тандаңыз.
• Денатура жана суюлтуу бортунда ылдый түшүүчү тизмеден Иштетилгенди тандаңыз.
• Даярдоону тандаңыз.

Жүктөлгөн картриджди салыңыз

1. Жүктөөнү тандаңыз. Аспаптын визору ачылып, лоток чыгарылат.
2. Жүктөлгөн картриджди этикеткасын өйдө каратып, агым клеткасын аспаптын ичиндеги лотоктун үстүнө салыңыз.
3. Жабуу тандаңыз.
4. Картридж туура жүктөлгөндөн кийин, иштетүү параметрлерин текшерип, Ырааттуулукту тандаңыз. Аспап инструментти жана суюктуктарды алдын ала текшерүүнү жүргүзөт.
   • ЭСКЕРТҮҮ: Суюктуктарды текшерүү учурунда бир нече үндөрдү угушу күтүлүүдө.
5. Автоматтык алдын ала текшерүүлөр аяктагандан кийин чуркоо башталарын текшериңиз (~15 мүнөт). ырааттуу иштетүү убактысы болжол менен 10h30 мүнөт.
   • ЭСКЕРТҮҮ: Кандайдыр бир алдын ала текшерүү каталары үчүн, өндүрүүчүнүн нускамаларын караңыз. Секвенирлөө учурунда NextSeq™ 2000ге урунуп же башка жол менен бузуп алуудан сак болуңуз. Аспап термелүүлөргө сезгич.
6. Жумуш аймагын тазалаңыз.

Иштин жүрүшүнө мониторинг жүргүзүү

Olink белгилүү ырааттуулуктун көлөмүн аныктоо үчүн NGSти окуу куралы катары колдонот.amples (башкаларга салыштырмалууamples). Ар бир Explore ырааттуулугунун берилиштеринин сапаты негизинен Olink технологиясына уникалдуу QC параметрлери менен аныкталат. Демек, кадимки NGSде колдонулган стандарттык сапатты көзөмөлдөө көрсөткүчтөрү, мисалы, Q-упайы анча маанилүү эмес.

Иштегенден кийин картриджди чыгарып салыңыз

ЭСКЕРТҮҮ: Бул реагенттер топтому потенциалдуу кооптуу химиялык заттарды камтыйт. Адекваттуу коргоочу шаймандарды кийиңиз жана колдонулган реагенттерди тиешелүү стандарттарга ылайык таштаңыз. Көбүрөөк маалымат алуу үчүн, Illumina NextSeq 1000 жана 2000 тутумунун колдонмосун караңыз (документ #1000000109376).

1. Иштөө аяктагандан кийин, Картриджди чыгарууну тандаңыз.
   • ЭСКЕРТҮҮ: Колдонулган картридж, анын ичинде агым клеткасы кийинки иштетилгенге чейин ордунда калтырылышы мүмкүн, бирок 3 күндөн ашык эмес.
2. Картриджди лотоктон чыгарыңыз.
3. Реагенттерди колдонуудагы стандарттарга ылайык жок кылыңыз.
4. Жабуу тандаңыз. Табага кайра жүктөлдү.
5. Башкы экранга кайтуу үчүн Башкы тандаңыз.
   • ЭСКЕРТҮҮ: Картриджде системаны иштетүү үчүн бардык механизмдер, ошондой эле колдонулган реагенттерди чогултуу үчүн резервуар камтылгандыктан, иштетилгенден кийин шайманды жууунун кереги жок.

Ревизия тарыхы

Версия	Дата	Description
1.0	2021-12-01	Жаңы

www.olink.com

Изилдөө үчүн гана. Диагностикалык процедураларда колдонуу үчүн эмес.

Бул продукт Olink өнүмдөрүн коммерциялык эмес колдонууга лицензияны камтыйт. Коммерциялык колдонуучулар кошумча лицензияларды талап кылышы мүмкүн. Сураныч, чоо-жайын билүү үчүн Olink Proteomics AB менен байланышыңыз. Бул сүрөттөмөнүн чегинен ашкан ачык же кыйыр түрдө эч кандай кепилдиктер жок. Olink Proteomics AB бул продукт келтирген мүлктүк зыян, жеке жаракат же экономикалык жоготуу үчүн жоопкерчилик тартпайт. Төмөнкү соода белгиси Olink Proteomics AB компаниясына таандык: Olink®. Бул продукт бир нече патенттер жана патенттик өтүнмөлөр менен камтылган https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Бардык үчүнчү тараптын соода белгилери тиешелүү ээлеринин менчиги болуп саналат.

Olink Proteomics, Dag Hammarsjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Документтер / Ресурстар

Olink NextSeq 2000 Sequencing System Explore [pdf] Колдонуучунун колдонмосу NextSeq 2000, Sequencing System Explore, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Шилтемелер

• User Manual