Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Примітка до документа

Посібник користувача Olink® Explore, документ № 1153, застарів і був замінений такими документами:

• Olink® Explore Overview Посібник користувача, документ № 1187
• Посібник користувача Olink® Explore 384, документ № 1188
• Посібник користувача Olink® Explore 4 x 384, документ № 1189
• Посібник користувача Olink® Explore 1536 & Expansion, документ № 1190
• Посібник користувача Olink® Explore 3072, документ № 1191
• Olink® Explore Sequencing using NextSeq 550 User Manual, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing using NextSeq 2000 User Manual, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing using NovaSeq 6000 User Manual, doc nr 1194

вступ

Використання за призначенням

Olink® Explore — це мультиплексна платформа імунологічного аналізу для виявлення біомаркерів людського білка. Продукт призначений лише для дослідницького використання, а не для використання в діагностичних процедурах. Лабораторні роботи повинні проводитися лише навченим персоналом лабораторії. Обробку даних має виконувати лише навчений персонал. Результати призначені для використання дослідниками в поєднанні з іншими клінічними чи лабораторними результатами.

Про цей посібник

Цей посібник користувача містить інструкції, необхідні для послідовності бібліотек Olink® Explore на Illumina® NextSeq™ 2000. Інструкцій необхідно суворо та чітко дотримуватися. Будь-які відхилення під час лабораторних етапів можуть призвести до погіршення даних. Перед початком роботи в лабораторії зверніться до Olink® Explore Overview Посібник користувача для знайомства з платформою, включаючи інформацію про реагенти, необхідне обладнання та документацію, оглядview робочого процесу, а також лабораторні вказівки. Щоб отримати інструкції щодо запуску наборів реагентів Olink® Explore, зверніться до відповідного посібника користувача Olink® Explore. Для обробки даних і аналізу результатів послідовності Olink® Explore зверніться до посібника користувача Olink® MyData Cloud. Усі торгові марки та авторські права, що містяться в цьому матеріалі, є власністю Olink® Proteomics AB, якщо не зазначено інше.

Технічна підтримка

З питань технічної підтримки звертайтеся до Olink Proteomics за адресою: support@olink.com.

Лабораторні інструкції

У цьому розділі наведено інструкції щодо секвенування бібліотек Olink на NextSeq™ 2000 за допомогою реагентів NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 циклів) v3. Протокол, який використовується для секвенування, є адаптацією стандартного робочого процесу NGS Illumina® для Illumina® NextSeq™ 2000. Перш ніж приступити до секвенування, переконайтеся, що якість очищеної бібліотеки Olink перевірено. Зверніться до відповідного посібника користувача Olink Explore, щоб отримати інструкції щодо контролю якості.

Сплануйте цикл секвенування

Одну бібліотеку Olink можна секвенувати на кожну проточну кювету NextSeq™ 2000 P2 і на цикл. Кількість проточних кювет P2 і циклів, необхідних для послідовності різних наборів реагентів Olink Explore, описано в таблиці 1. Якщо потрібно більше одного циклу, повторіть інструкції, описані в цьому посібнику.

Таблиця 1. Планування циклу секвенування

Набір реагентів Olink® Explore	Кількість бібліотек Olink	Кількість проточних кювет(ів) і серій(ів)
Набір реагентів Olink® Explore 384	1	1
Набір реагентів Olink® Explore 4 x 384	4	4
Набір реагентів Olink® Explore 1536	4	4
Набір реагентів для розширення Olink® Explore	4	4
Набір реагентів Olink® Explore 3072	8	8

Встановіть спеціальний рецепт Olink®

Збережіть спеціальний рецепт Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 у відповідній папці приладу.

ПРИМІТКА: Індивідуальний рецепт Olink працюватиме лише з набором реагентів NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 циклів) v3 та контрольним програмним забезпеченням NextSeq™ 1000/2000 v1.2 або v1.4.

Підготуйте реагенти для секвенування

Під час цього етапу картридж з реагентами, що містить реагенти кластеризації та секвенування, розморожується, а проточна кювета готується.

УВАГА: Картридж з реагентом містить потенційно небезпечні хімічні речовини. Одягайте належне захисне спорядження та утилізуйте використані реагенти відповідно до чинних стандартів. Для отримання додаткової інформації зверніться до системного посібника Illumina NextSeq 1000 і 2000 (документ № 1000000109376).

Підготуйте картридж з реагентом

Розморозити нерозкритий картридж можна трьома різними способами: при кімнатній температурі, на контрольованій водяній бані або в холодильнику.

Підготуйте лавку

• 1 картридж з реагентами NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 циклів)

Інструкції

1. Розморозьте картридж з реагентом, як описано в таблиці 2.

Таблиця 2. Способи розморожування картриджа з реагентом

Спосіб розморожування	Інструкції
При кімнатній температурі	Не відкриваючи пакет із срібної фольги, помістіть заморожений картридж із реагентом на стіл і розморозьте його при кімнатній температурі протягом 9 годин. Не перевищувати 16 годин. Переконайтеся, що етикетка пакета спрямована догори, і повітря може циркулювати навколо картриджа.
На водяній бані	Не відкриваючи пакет із срібної фольги, помістіть заморожений картридж із реактивом наполовину зануреним у водяну баню з контрольованою температурою 25 °C і дайте йому відтанути протягом 6 годин. Не більше 8 годин. Переконайтеся, що етикетка на пакеті спрямована догори, а картридж не перевертається під час розморожування. Ретельно висушіть картридж паперовим рушником.
У холодильнику	Не відкриваючи пакет із срібної фольги, покладіть картридж на стіл і розморозьте його при кімнатній температурі протягом 6 годин. Переконайтеся, що етикетка пакета спрямована догори, і повітря може циркулювати навколо картриджа. Завершіть розморожування картриджа в холодильнику на 12 годин. Не перевищувати 72 години. Перед запуском вийміть розморожений нерозкритий картридж із холодильника та дайте йому досягти кімнатної температури принаймні 15 хвилин, але не більше 1 години.

ПРИМІТКА: Розморожені картриджі не можна повторно заморожувати, їх потрібно зберігати при температурі 4 °C протягом максимум 72 годин.

Підготуйте проточну кювету

Підготуйте лавку

• 1 проточна кювета NextSeq™ 1000/2000 P2

Інструкції

1. Доведіть охолоджену проточну камеру до кімнатної температури на 10-15 хвилин.

Підготуйте бібліотеку Olink® для секвенування

Під час цього етапу очищену та контрольовану якість бібліотеки Olink розбавляють до кінцевої концентрації завантаження. Зауважте, що денатурація бібліотеки виконується автоматично на борту приладу.

Підготуйте лавку

• Lib Tube, підготовлений відповідно до відповідного посібника користувача Olink Explore
• 1x RSB з Tween 20
• Вода MilliQ
• 2x мікроцентрифужні пробірки (1.5 мл)
• Ручна піпетка (10, 100 і 1000 мкл)
• Наконечники піпеток для фільтрів

Перш ніж почати

• Розморозьте Lib Tube, якщо він заморожений.
• Розморожуйте заморожений RSB за допомогою Tween 20 при кімнатній температурі протягом 10 хвилин. Зберігати при +4 °C до використання.
• Позначте дві нові мікроцентрифужні пробірки об’ємом 1.5 мл наступним чином:
  • Позначте одну пробірку «Dil» (для бібліотеки, розведеної 1:100)
  • Позначте одну пробірку «Seq» (для готової до завантаження бібліотеки)

Інструкції

1. Додайте 495 мкл води MilliQ до Dil Tube.
2. Вортексуйте Lib Tube і коротко обертайте його вниз.
3. Вручну перенесіть 5 мкл із пробірки Lib у пробірку Dil.
4. Зробіть вихрову трубку Dil Tube і ненадовго закрутіть її.
5. Додайте 20 мкл RBS з Tween 20 до Seq Tube.
6. Вручну перенесіть 20 мкл із пробірки Dil у пробірку Seq.
7. Збовтуйте Seq Tube і коротко обертайте його вниз.
8. Негайно перейдіть до 2.5. Завантажте проточну кювету та бібліотеку Olink® у картридж з реагентами.

ПРИМІТКА: Зберігайте пробірку (пробірки) Lib при -20 °C на випадок можливого повторного аналізу.

Завантажте проточну кювету та бібліотеку Olink® у картридж з реагентами

Під час цього кроку проточна кювета та розбавлена ​​бібліотека Olink завантажуються в картридж із розмороженим реагентом.

Підготуйте лавку

• 1x розморожений реагентний картридж NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 циклів), підготовлений на попередньому кроці
• 1x проточна кювета NextSeq™ 1000/2000 P2, підготовлена ​​на попередньому кроці
• Seq Tube (з готовою до завантаження розведеною бібліотекою Olink), підготовленою на попередньому кроці
• Ручна піпетка (100 мкл)
• Наконечник піпетки (1 мл)

Підготуйте картридж

1. Вийміть картридж із пакета зі срібної фольги.
2. Переверніть картридж десять разів, щоб ретельно перемішати розморожені реагенти.

ПРИМІТКА: Чути брязкіт внутрішніх компонентів – це нормально.

Завантажте проточну кювету в картридж

1. Коли будете готові завантажити проточну кювету в картридж, вийміть проточну кювету з упаковки. Тримайте проточну кювету за сірий язичок так, щоб етикетка на язичку була спрямована вгору. Використовуйте нові рукавички без пудри, щоб уникнути забруднення скляної поверхні проточної кювети.
2. Вставте проточну кювету в гніздо для проточної кювети в передній частині картриджа. Чутне клацання вказує на те, що проточна кювета розміщена правильно.
3. Зніміть сіру пластину, потягнувши її.

Завантажте бібліотеку Olink® у картридж

1. Проткніть резервуар Library чистим наконечником піпетки на 1 мл.
2. Завантажте 20 мкл бібліотеки Olink із Seq Tube на дно резервуара для бібліотеки.

Виконайте секвенування Olink®

Під час цього кроку буферний картридж із завантаженою проточною кюветою та бібліотекою Olink завантажується в NextSeq™ 2000, і запускається цикл секвенування за рецептом Olink.

Підготуйте лавку

• 1 картридж з реагентами NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 циклів), завантажений проточною кюветою NextSeq™ 1000/2000 P2 і розведеною бібліотекою Olink, підготовленою на попередньому кроці.

Налаштуйте режим запуску

1. У меню програмного забезпечення керування виберіть Налаштування.
2. У розділі BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support виберіть Local Run Setup.
3. Виберіть лише проактивну підтримку як додаткові налаштування. Ця функція вимагає підключення до Інтернету.
4. Виберіть місце розміщення для своїх даних. Розташування хостингу має бути у вашому регіоні або поблизу нього.
5. Встановіть розташування вихідної папки для поточних необроблених даних. Виберіть «Вибрати для навігації» та виберіть вихідну папку.
6. Установіть прапорець Denature and Dilute On Board, щоб автоматично денатурувати та розбавити бібліотеку на борту приладу.
7. Установіть прапорець Purge Reagent Cartridge, щоб автоматично видаляти невикористані реагенти у відсік для використаних реагентів картриджа.
8. Установіть прапорець «Автоперевірка оновлень програмного забезпечення», щоб автоматично перевіряти наявність оновлень програмного забезпечення (необов’язково). Ця функція вимагає підключення до Інтернету.
9. Виберіть Зберегти.

Налаштуйте параметри запуску

ПРИМІТКА: Ця інструкція стосується версії 1.4 керуючого програмного забезпечення NextSeq™ 1000/2000. Деякі кроки, описані нижче, можуть відрізнятися під час використання версії v1.2

1. У меню програмного забезпечення керування виберіть Пуск.
2. Виберіть Manually Set Up New Run і натисніть Setup.
3. На сторінці Run Setup налаштуйте параметри запуску таким чином:
   • У полі «Назва циклу» введіть унікальний ідентифікатор експерименту.
   • У розкривному списку «Тип читання» виберіть опцію «Одночасне читання».
   • Введіть кількість циклів таким чином:
     • Прочитати 1: 24
     • Індекс 1: 0
     • Індекс 2: 0
     • Прочитати 2: 0

ПРИМІТКА: Дуже важливо, щоб Read 1 було встановлено на 24, інакше весь запуск завершиться невдало. Ігноруйте попередження під час введення кількості циклів.

• У розкривному списку Custom Primer Wells виберіть Ні.
• У полі «Спеціальний рецепт» (необов’язково) виберіть «Вибрати для навігації» та виберіть XML-код спеціального рецепту file Olink_NSQ2K_P2_V1. Виберіть Відкрити.
• Не імпортуйте Sample аркуш.
• Переконайтеся, що вихідна папка є правильною. В іншому випадку виберіть Вибрати для навігації та виберіть потрібне розташування вихідної папки.
• У полі Denature and Dilute Onboard виберіть Enabled зі спадного списку.
• Виберіть Prep.

Завантажте заряджений картридж

1. Виберіть Завантажити. Козирок інструменту відкривається, і лоток висувається.
2. Помістіть завантажений картридж на лоток етикеткою догори, а проточна кювета — усередині приладу.
3. Виберіть Закрити.
4. Після правильного завантаження картриджа перевірте параметри запуску та виберіть «Послідовність». Прилад виконує передзапускові перевірки приладу та рідини.
   • ПРИМІТКА: Під час перевірки рідини очікується, що ви почуєте кілька звуків тріскання.
5. Переконайтеся, що запуск починається після завершення автоматичних перевірок перед запуском (~15 хвилин). Тривалість секвенування становить приблизно 10 годин 30 хвилин.
   • ПРИМІТКА: Для будь-яких помилок перевірки перед запуском зверніться до інструкцій виробника. Будьте обережні, щоб не наштовхнутися на NextSeq™ 2000 або іншим чином не заважати йому під час циклу секвенування. Прилад чутливий до вібрації.
6. Очистіть робочу зону.

Моніторинг виконання виконання

Olink використовує NGS як зчитування для кількісного визначення кількості відомої послідовності, щоб оцінити концентрацію певного білка в samples (відносно інших samples). Якість даних кожного циклу секвенування Explore в основному визначається параметрами контролю якості, унікальними для технології Olink. Отже, стандартні показники контролю якості, які використовуються в звичайних NGS, такі як Q-score, є менш критичними.

Витягніть і викиньте картридж після запуску

УВАГА: Цей набір реагентів містить потенційно небезпечні хімічні речовини. Одягайте належне захисне спорядження та утилізуйте використані реагенти відповідно до чинних стандартів. Для отримання додаткової інформації зверніться до системного посібника Illumina NextSeq 1000 і 2000 (документ № 1000000109376).

1. Після завершення циклу виберіть Витягнути картридж.
   • ПРИМІТКА: Використаний картридж із проточною кюветою можна залишити на місці до наступного запуску, але не більше ніж на 3 дні.
2. Вийміть картридж із лотка.
3. Утилізуйте реагенти відповідно до чинних стандартів.
4. Виберіть Закрити двері. Лоток перезавантажується.
5. Виберіть Головний, щоб повернутися на головний екран.
   • ПРИМІТКА: Оскільки картридж містить усі механізми для роботи системи, а також резервуар для збору використаних реагентів, немає необхідності промивати інструмент після циклу.

Історія переглядів

Версія	Дата	опис
1.0	2021-12-01	новий

www.olink.com

Тільки для дослідницького використання. Не для використання в діагностичних процедурах.

Цей продукт містить ліцензію на некомерційне використання продуктів Olink. Комерційним користувачам можуть знадобитися додаткові ліцензії. Будь ласка, зв’яжіться з Olink Proteomics AB для отримання деталей. Немає жодних гарантій, виражених або неявних, які виходять за межі цього опису. Olink Proteomics AB не несе відповідальності за пошкодження майна, тілесні ушкодження чи економічні збитки, спричинені цим продуктом. Наступна торгова марка належить Olink Proteomics AB: Olink®. Цей продукт захищено декількома патентами та патентними заявками, доступними за адресою https://www.olink.com/patents/.

© Olink Proteomics AB, 2021. Усі торгові марки третіх сторін є власністю відповідних власників.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Документи / Ресурси

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdfПосібник користувача NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Список літератури

• Посібник користувача