Olink NextSeq 2000 Dèan sgrùdadh air an t-siostam sreathachaidh

Nota sgrìobhainn

Tha leabhar-làimhe cleachdaiche Olink® Explore, doc nr 1153, air a dhol à bith, agus chaidh na sgrìobhainnean a leanas a chuir na àite:

• Olink® Dèan sgrùdadh thairis airview Leabhar-làimhe Cleachdaiche, doc faisg air 1187
• Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink® Explore 384, doc faisg air 1188
• Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink® Explore 4 x 384, doc faisg air 1189
• Olink® Explore 1536 & Leabhar-làimhe Cleachdaiche Leudachaidh, doc faisg air 1190
• Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink® Explore 3072, doc faisg air 1191
• Olink® Rannsaich Seicheamhachadh a’ cleachdadh Leabhar-làimhe Cleachdaiche NextSeq 550, doc faisg air 1192
• Olink® Rannsaich Seicheamhachadh a’ cleachdadh Leabhar-làimhe Cleachdaiche NextSeq 2000, doc faisg air 1193
• Olink® Explore Sequencing a’ cleachdadh Leabhar-làimhe Cleachdaiche NovaSeq 6000, doc faisg air 1194

Ro-ràdh

Cleachdadh an dùil

Tha Olink® Explore na àrd-ùrlar immunoassay ioma-fhillte airson lorg biomarker pròtain daonna. Tha an toradh an dùil airson Rannsachadh a-mhàin, agus chan ann airson a chleachdadh ann am modhan sgrùdaidh. Cha tèid obair an obair-lann a ruith ach le luchd-obrach obair-lann le trèanadh. Cha tèid giullachd dàta a dhèanamh ach le luchd-obrach le trèanadh. Tha dùil gum bi na toraidhean air an cleachdadh le luchd-rannsachaidh ann an co-bhonn ri toraidhean clionaigeach no obair-lann eile.

Mu dheidhinn an leabhar-làimhe seo

Tha an Leabhar-làimhe Cleachdaiche seo a' toirt seachad an stiùireadh a dh'fheumar airson Olink® Explore Libraries a chur an òrdugh air Illumina® NextSeq™ 2000. Feumar an stiùireadh a leantainn gu teann agus gu soilleir. Faodaidh gluasad sam bith tro cheumannan an obair-lann leantainn gu dàta lag. Mus tòisich thu air sruth-obrach an obair-lann, bruidhinn ris an Olink® Explore Overview Leabhar-làimhe Cleachdaiche airson ro-ràdh don àrd-ùrlar, a’ toirt a-steach fiosrachadh mu ath-bheachdan, uidheamachd agus sgrìobhainnean a dh’ fheumar, rud eileview den t-sruth-obrach, a bharrachd air stiùireadh obair-lann. Airson stiùireadh air mar a ruitheas tu na goireasan Olink® Explore Reagent, thoir sùil air an Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink® Explore iomchaidh. Airson giullachd dàta agus mion-sgrùdadh air toraidhean sreath Olink® Explore, thoir sùil air an Olink® MyData Cloud User Guide. Is ann le Olink® Proteomics AB a tha a h-uile comharra-malairt agus dlighe-sgrìobhaidh a tha san stuth seo, mura h-eilear ag ràdh a chaochladh.

Taic theicnigeach

Airson taic theicnigeach, cuir fios gu Olink Proteomics aig: taic@olink.com.

Stiùireadh obair-lann

Tha a’ chaibideil seo a’ toirt seachad stiùireadh air mar as urrainn dhut Leabharlannan Olink a chuir an òrdugh air NextSeq ™ 2000 a’ cleachdadh an NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3. Is e am pròtacal a thathar a’ cleachdadh airson seicheamhan atharrachadh air sruth-obrach àbhaisteach Illumina® NGS airson Illumina® NextSeq™ 2000. Mus tèid thu air adhart gu sreath, dèan cinnteach gu bheil càileachd Leabharlann Olink ghlan air a dhearbhadh. Thoir sùil air an Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink Explore iomchaidh airson stiùireadh mu smachd càileachd.

Dealbhaich an t-sreath ruith

Faodar aon Leabharlann Olink a chuir ann an òrdugh a rèir cealla sruthadh NextSeq ™ 2000 P2 agus gach ruith. Tha an àireamh de cheallan sruthadh P2 agus ruith a dh 'fheumar gus na diofar innealan Olink Explore Reagent a leantainn air a mhìneachadh ann an Clàr 1. Ma tha feum air barrachd air aon ruith, cuir a-rithist an stiùireadh a tha air a mhìneachadh san leabhar-làimhe seo.

Clàr 1. Dealbhadh ruith sreathach

Olink® Explore Reagent Kit	Àireamh de Leabharlannan Olink	An àireamh de chealla(an) srutha agus ruith(ean)
Olink® Dèan sgrùdadh air 384 reactant Kit	1	1
Olink® Dèan sgrùdadh air Kit Reagent 4 x 384	4	4
Olink® Dèan sgrùdadh air 1536 reactant Kit	4	4
Olink® Dèan sgrùdadh air Kit Reagent Leudachadh	4	4
Olink® Dèan sgrùdadh air 3072 reactant Kit	8	8

Stàlaich reasabaidh àbhaisteach Olink®

Sàbhail an reasabaidh àbhaisteach Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 ann am pasgan ionnstramaid iomchaidh.

NOTA: Chan obraich an reasabaidh àbhaisteach Olink ach leis an inneal NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 agus am bathar-bog smachd NextSeq ™ 1000/2000 v1.2 no v1.4.

Ullaich ath-bheachdan sreathach

Rè a ’cheum seo, tha a’ chairt ath-ghnìomhach anns a bheil cruinneachadh agus ath-bheachdan sreathach air a leaghadh agus tha an cealla sruthadh ag ullachadh.

RABHADH: Tha ceimigean a dh'fhaodadh a bhith cunnartach a' toirt a-steach a' chairt-imrich. Cleachd uidheamachd dìon iomchaidh agus cuir air falbh ath-bheachdan cleachdte a rèir inbhean iomchaidh. Airson tuilleadh fiosrachaidh, thoir sùil air an Illumina NextSeq 1000 agus 2000 System Guide (sgrìobhainn #1000000109376).

Ullaich cartridge reagent

Faodar a ’chairt gun fhosgladh a leaghadh le bhith a’ cleachdadh trì dòighean eadar-dhealaichte: aig teòthachd an t-seòmair, ann an amar uisge fo smachd, no san fhrigeradair.

Ullaich beinn

• 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cearcall)

Stiùiridhean

1. Leudaich a’ chairt reagent mar a tha air a mhìneachadh ann an Clàr 2.

Clàr 2. Modhan leaghaidh cartridge reactant

Modh leaghaidh	Stiùiridhean
Aig teòthachd an t-seòmair	Gun a bhith a 'fosgladh a' phoca foil airgid, cuir a 'chairt ath-ghnìomhach reòta air a' bheing agus cuir às dha aig teòthachd an t-seòmair airson 9 uairean. Na bi nas fhaide na 16 uairean. Dèan cinnteach gu bheil leubail a’ bhaga a’ coimhead suas agus gum faod an èadhar cuairteachadh timcheall a’ chairt.
Ann an amar uisge	Gun a bhith a ’fosgladh a’ bhaga foil airgid, cuir a ’chairt ath-ghnìomhach reòta leth-uisge ann an amar uisge fo smachd 25 ° C agus leig leis leaghadh airson 6 uairean. Na bi nas fhaide na 8 uairean. Dèan cinnteach gu bheil leubail a’ bhaga a’ coimhead suas agus nach tionndaidh a’ chairt nuair a tha thu a’ leaghadh. Tiormaich a 'chairt gu math le searbhadair pàipeir.
Anns an fhuaradair	Gun a bhith a 'fosgladh a' phoca foil airgid, cuir a 'chairt air a' bheing agus ga leaghadh aig teòthachd an t-seòmair airson 6 uairean. Dèan cinnteach gu bheil leubail a’ bhaga a’ coimhead suas agus gum faod an èadhar cuairteachadh timcheall a’ chairt. Crìochnaich le bhith a 'leaghadh a' chairt anns an fhrigeradair airson 12 uair a thìde. Na bi nas fhaide na 72 uair a thìde. Mus ruith thu, thoir air falbh a ’chairt gun fhosgladh bhon fhrigeradair agus leig leis teòthachd an t-seòmair a ruighinn airson co-dhiù 15 mionaidean, ach gun a bhith nas fhaide na 1 uair a thìde.

NOTA: Chan urrainnear cartridan leaghte ath-reothadh agus feumaidh iad a bhith air an stòradh aig 4 ° C, airson ùine as àirde de 72 uair.

Ullaich cealla sruth

Ullaich beinn

• 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Stiùiridhean

1. Thoir an cealla sruthadh fuarachaidh gu teòthachd an t-seòmair airson 10-15 mionaidean.

Ullaich Leabharlann Olink® airson sreath

Rè a ’cheum seo, tha an Leabharlann Olink fìor-ghlan agus fo smachd càileachd air a lagachadh chun dùmhlachd luchdachadh mu dheireadh. Thoir an aire gu bheil dì-nàdarachadh an Leabharlainn air a dhèanamh gu fèin-ghluasadach air bòrd an ionnstramaid.

Ullaich beinn

• Lib Tube, air ullachadh a rèir Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink Explore iomchaidh
• 1x RSB le Tween 20
• MilliQ uisge
• Tiùban microcentrifuge 2x (1.5 mL)
• Pìob làimhe (10, 100 agus 1000 μL)
• Criathraich molaidhean pìobaireachd

Mus tòisich thu

• Leag an Lib Tube ma bhios e reòta.
• Leudaich an RSB reòta le Tween 20 aig teòthachd an t-seòmair airson 10 mionaidean. Bùth aig +4 ° C gus an tèid a chleachdadh.
• Comharraich an dà phìob microcentrifuge 1.5 mL ùr mar a leanas:
  • Comharraich aon phìob “Dil” (airson an Leabharlann caolaichte 1:100)
  • Comharraich aon phìob “Seq” (airson an Leabharlann deiseil airson luchdachadh)

Stiùiridhean

1. Cuir 495 μL de uisge MilliQ ris an Dil Tube.
2. Vortex an Lib Tube agus snìomh sìos e goirid.
3. Gluais le làimh 5 μL bhon Lib Tube chun an Dil Tube.
4. Vortex an Dil Tube agus snìomh sìos e goirid.
5. Cuir 20 μL de RBS le Tween 20 ris an Seq Tube.
6. Gluais le làimh 20 μL bhon Dil Tube chun an Seq Tube.
7. Vortex an Seq Tube agus snìomh sìos e goirid.
8. Lean air adhart sa bhad gu cealla sruthadh 2.5 Load agus Leabharlann Olink® a-steach do chairt ath-ghnìomhach.

NOTA: Glèidh an Tube(s) Lib aig -20 ° C air eagal ’s gum bi ath-ruith(ean) ann.

Luchdaich cealla sruthadh agus Leabharlann Olink® a-steach do chairt ath-ghnìomhach

Rè a ’cheum seo, tha an cealla sruthadh agus an Leabharlann Olink caolaichte air an luchdachadh a-steach don chairt ath-ghnìomhach air a leaghadh.

Ullaich beinn

• 1x air a leaghadh NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cearcall), air ullachadh sa cheum roimhe
• 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2 Flow Cell, air ullachadh sa cheum roimhe
• Seq Tube (le Leabharlann Olink caolaichte deiseil airson a luchdachadh), air ullachadh sa cheum roimhe
• Pìob làimhe (100 μL)
• Tip pìoba (1 mL)

Ullaich an cartridge

1. Thoir air falbh a 'chairt bhon phoca foil airgid.
2. Cuir a-steach a’ chairt deich tursan gus na h-ath-bheachdan a chaidh a leaghadh a-staigh a mheasgachadh gu mionaideach.

NOTA: Tha e àbhaisteach a bhith a’ cluinntinn co-phàirtean a-staigh ag èigheach.

Luchdaich an cealla sruthadh a-steach don cartridge

1. Nuair a bhios tu deiseil airson an cealla sruthadh a luchdachadh a-steach don chairt, thoir air falbh an cealla sruthadh bhon phacaid. Cùm an cealla sruth ri taobh an taba glas, leis an leubail air an taba a’ coimhead suas. Cleachd miotagan ùra gun phùdar gus nach truailleadh thu uachdar glainne na cealla sruthadh.
2. Cuir a-steach an cealla sruthadh a-steach don t-slot cealla sruthadh air beulaibh a’ chairt. Tha cliog a chluinnear a’ nochdadh gu bheil an cealla sruth air a shuidheachadh ceart.
3. Thoir air falbh an taba glas le bhith ga tharraing a-mach.

Luchdaich Leabharlann Olink® a-steach don chairt

1. Cuir a-steach loch tasgaidh an Leabharlainn le tip pìoba glan 1 mL.
2. Luchdaich 20 μL de Leabharlann Olink bhon Seq Tube gu bonn loch tasgaidh an leabharlainn.

Dèan ruith sreath Olink®

Rè a ’cheum seo, tha a’ chairt Buffer leis a ’chill sruthadh luchdaichte agus Leabharlann Olink air a luchdachadh a-steach don NextSeq ™ 2000, agus thathas a’ tòiseachadh air an t-sreath sreath a ’cleachdadh reasabaidh Olink.

Ullaich beinn

• 1x NextSeq ™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cearcallan) air a luchdachadh leis an NextSeq ™ 1000/2000 P2 Flow Cell agus an Leabharlann Olink lag, air ullachadh sa cheum roimhe.

Dèan rèiteachadh air modh ruith

1. Bho chlàr-taice bathar-bog smachd, tagh Settings.
2. Fo Seirbheisean Hub Sequence BaseSpace & Taic For-ghnìomhach, tagh Setup Run Ionadail.
3. Tagh Taic For-ghnìomhach a-mhàin mar shuidheachaidhean a bharrachd. Feumaidh an gnìomh seo ceangal eadar-lìn.
4. Tagh an Hosting Àite airson dàta agad. Bu chòir àite aoigheachd a bhith taobh a-staigh no faisg air an sgìre agad.
5. Suidhich an t-àite Folder Toraidh airson an dàta amh ruith làithreach. Tagh Tagh airson seòladh agus tagh am pasgan toraidh.
6. Tagh am bogsa sgrùdaidh Denature and Dilute On Board gus an Leabharlann air bòrd an ionnstramaid a dhì-dhealbhadh agus a lagachadh gu fèin-ghluasadach.
7. Tagh bogsa-dearbhaidh Cartridge Reagent Purge gus ath-bheachdan nach deach a chleachdadh a ghlanadh gu fèin-ghluasadach gu roinn ath-bheachdan caithte na cartridge.
8. Tagh am bogsa sgrùdaidh Autocheck airson ùrachaidhean bathar-bog gus sgrùdadh a dhèanamh gu fèin-ghluasadach airson ùrachadh bathar-bog (roghainneil). Feumaidh an gnìomh seo ceangal eadar-lìn.
9. Tagh Sàbhail.

Stèidhich paramadairean ruith

NOTA: Tha an stiùireadh seo a’ buntainn ri dreach 1.4 de bhathar-bog smachd NextSeq ™ 1000/2000. Faodaidh cuid de na ceumannan a tha air am mìneachadh gu h-ìosal a bhith eadar-dhealaichte nuair a bhios tu a’ cleachdadh dreach v1.2

1. Bho chlàr-taice bathar-bog smachd, tagh Start.
2. Tagh Suidhich New Run le làimh agus brùth air Setup.
3. Anns an Run Setup duilleag, cuir air dòigh na paramadairean ruith mar a leanas:
   • Anns an raon Run Name, cuir a-steach ID deuchainn sònraichte.
   • Anns an liosta a-nuas Read Type, tagh an roghainn Singilte Leugh.
   • Cuir a-steach an àireamh de chuairtean mar a leanas:
     • Leugh 1: 24
     • Clàr-innse 1: 0
     • Clàr-innse 2: 0
     • Leugh 2: 0

NOTA: Tha e deatamach gu bheil Leugh 1 air a shuidheachadh gu 24, air neo bidh an ruith gu lèir a’ fàiligeadh. Na seachain na teachdaireachdan rabhaidh nuair a thèid thu a-steach don àireamh de chuairtean.

• Anns an liosta tuiteam-sìos Custom Primer Wells, tagh Àir.
• Anns an raon Custom Recipe (roghainneil), tagh Tagh gus seòladh agus tagh an reasabaidh àbhaisteach XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Tagh Open.
• Na cuir a-steach Sample Duilleag.
• Dèan cinnteach gu bheil an t-àite ann am pasgan toraidh ceart. Air neo, tagh Tagh gus seòladh agus tagh am pasgan toraidh a tha thu ag iarraidh àite.
• Anns an raon Denature and Dilute Onboard, tagh Dèan comas bhon liosta tuiteam-sìos.
• Tagh Prep.

Luchdaich a-nuas an cartridge air a lìonadh

1. Tagh Load. Bidh visor an ionnstramaid a’ fosgladh agus tha an treidhe air a chuir a-mach.
2. Cuir a’ chairt luchdaichte air an treidhe leis an leubail a’ coimhead suas agus an cealla sruthadh am broinn an ionnstramaid.
3. Tagh Dùin.
4. Aon uair ‘s gu bheil a’ chairt air a luchdachadh gu ceart, dearbhaich na paramadairean ruith agus tagh Seicheamh. Bidh an ionnstramaid a’ dèanamh sgrùdaidhean ro-ruith airson an ionnstramaid agus na lionntan.
   • NOTA: Rè an sgrùdadh fluidics, thathar an dùil grunn fhuaimean popping a chluinntinn.
5. Dèan cinnteach gun tòisich an ruith às deidh na sgrùdaidhean ro-ruith fèin-ghluasadach a chrìochnachadh (~ 15 mionaidean). Tha an ùine ruith sreathachaidh timcheall air 10h30 min.
   • NOTA: Airson fàilligidhean sgrùdaidh ro-ruith, thoir sùil air stiùireadh an neach-dèanamh. Bi faiceallach nach buail thu a-steach no dragh a chuir air an NextSeq ™ 2000 rè an t-sreath sreathachaidh. Tha an inneal mothachail air crith.
6. Glan an raon obrach.

Cum sùil air adhartas ruith

Bidh Olink a’ cleachdadh NGS mar leughadh a-mach gus tomhas de shreath aithnichte gus tuairmse a dhèanamh air dùmhlachd pròtain ainmichte ann an s.amples (an coimeas ri feadhainn eile samples). Tha càileachd dàta bho gach ruith seicheamh Explore air a dhearbhadh sa mhòr-chuid le paramadairean QC a tha sònraichte do theicneòlas Olink. Mar sin, chan eil na tomhasan smachd càileachd àbhaisteach a thathas a’ cleachdadh ann an NGS àbhaisteach, leithid sgòr Q, cho deatamach.

Cuir a-mach agus cuir às don chairt às deidh an ruith

RABHADH: Anns an t-seata ath-bheachdan seo tha ceimigean a dh’ fhaodadh a bhith cunnartach. Cleachd uidheamachd dìon iomchaidh agus cuir air falbh ath-bheachdan cleachdte a rèir inbhean iomchaidh. Airson tuilleadh fiosrachaidh, thoir sùil air an Illumina NextSeq 1000 agus 2000 System Guide (sgrìobhainn #1000000109376).

1. Nuair a bhios an ruith deiseil, tagh Eject Cartridge.
   • NOTA: Faodar a’ chairt cleachdte a’ toirt a-steach cealla sruthadh fhàgail na àite gus an ath ruith, ach gun a bhith nas fhaide na 3 latha.
2. Thoir air falbh a 'chairt bhon chlàr.
3. Cuir às do na h-ath-bheachdan a rèir inbhean iomchaidh.
4. Tagh Dùin an Doras. Tha an clàr air a luchdadh a-nuas.
5. Tagh Dachaigh gus tilleadh chun sgrion Dachaigh.
   • NOTA: Leis gu bheil a h-uile inneal anns a ’chairt airson an siostam a ruith, a bharrachd air loch-tasgaidh gus ath-bheachdan cleachdte a chruinneachadh, chan eil feum air inneal nighe às deidh an ruith.

Eachdraidh ath-sgrùdaidhean

Tionndadh	Ceann-latha	Tuairisgeul
1.0	2021-12-01	Ùr

www.olink.com

Airson Rannsachadh a-mhàin. Chan ann airson a chleachdadh ann am modhan dearbhaidh.

Tha an toradh seo a’ toirt a-steach cead airson cleachdadh neo-mhalairteach de thoraidhean Olink. Is dòcha gu feum luchd-cleachdaidh malairteach ceadan a bharrachd. Cuir fios gu Olink Proteomics AB airson mion-fhiosrachadh. Chan eil barantas sam bith ann, air a chuir an cèill no air a thuigsinn, a tha a’ leudachadh nas fhaide na an tuairisgeul seo. Chan eil Olink Proteomics AB cunntachail airson milleadh seilbh, dochann pearsanta, no call eaconamach a dh’ adhbhraich an toradh seo. Is ann le Olink Proteomics AB a tha an comharra-malairt a leanas: Olink®. Tha an toradh seo air a chòmhdach le grunn phaitinnean agus tagraidhean peutant a tha rim faighinn aig https://www.olink.com/patents/.

© Dlighe-sgrìobhaidh 2021 Olink Proteomics AB. Is ann leis an luchd-seilbh aca a tha a h-uile comharra-malairt treas-phàrtaidh.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Uppsala, An t-Suain

1193, v1.0, 2021-12-01

Sgrìobhainnean/Goireasan

Olink NextSeq 2000 Dèan sgrùdadh air an t-siostam sreathachaidh [pdfLeabhar-làimhe an neach-cleachdaidh NextSeq 2000, Dèan sgrùdadh air an t-siostam seicheamhachaidh, NextSeq 2000 Dèan sgrùdadh air siostam seicheamhachaidh

Iomraidhean

• Leabhar-làimhe cleachdaiche