Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System User Manual

Ang Olink® Explore ay isang multiplex immunoassay platform para sa pagtuklas ng biomarker ng protina ng tao. Ang produkto ay inilaan para sa Paggamit Lamang sa Pananaliksik, at hindi para sa paggamit sa mga diagnostic procedure. Ang gawaing laboratoryo ay dapat lamang patakbuhin ng mga sinanay na kawani ng laboratoryo. Ang pagproseso ng data ay isasagawa lamang ng mga sinanay na kawani. Ang mga resulta ay nilalayong gamitin ng mga mananaliksik kasabay ng iba pang klinikal o laboratoryo na natuklasan.

Tungkol sa manwal na ito

Ang Manwal ng Gumagamit na ito ay nagbibigay ng mga tagubiling kailangan para i-sequence ang Olink® Explore Libraries sa Illumina® NextSeq™ 2000. Ang mga tagubilin ay dapat na mahigpit at tahasang sundin. Ang anumang mga paglihis sa buong mga hakbang sa laboratoryo ay maaaring magresulta sa pagkasira ng data. Bago simulan ang daloy ng trabaho sa laboratoryo, kumonsulta sa Olink® Explore Overview User Manual para sa isang pagpapakilala sa platform, kabilang ang impormasyon tungkol sa mga reagents, kagamitan at dokumentasyong kailangan, tapos naview ng daloy ng trabaho, pati na rin ang mga alituntunin sa laboratoryo. Para sa mga tagubilin kung paano patakbuhin ang Olink® Explore Reagent Kits, sumangguni sa naaangkop na Olink® Explore User Manual. Para sa pagpoproseso ng data at pagsusuri ng mga resulta ng pagkakasunud-sunod ng Olink® Explore, sumangguni sa Olink® MyData Cloud User Guide. Ang lahat ng mga trademark at copyright na nilalaman sa materyal na ito ay pag-aari ng Olink® Proteomics AB, maliban kung iba ang nakasaad.

Teknikal na suporta

Para sa teknikal na suporta, makipag-ugnayan sa Olink proteomics sa: support@olink.com.

Mga tagubilin sa laboratoryo

Ang kabanatang ito ay nagbibigay ng mga tagubilin kung paano i-sequence ang Olink Libraries sa NextSeq™ 2000 gamit ang NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3. Ang protocol na ginamit para sa sequencing ay isang adaptasyon ng Illumina® standard NGS workflow para sa Illumina® NextSeq™ 2000. Bago magpatuloy sa sequence, tiyaking na-verify na ang kalidad ng purified Olink Library. Sumangguni sa naaangkop na Olink Explore User Manual para sa mga tagubilin tungkol sa kontrol sa kalidad.

Planuhin ang sequencing run

Ang isang Olink Library ay maaaring sequenced sa bawat NextSeq™ 2000 P2 flow cell at bawat run. Ang bilang ng mga P2 flow cell at run na kinakailangan upang masunod-sunod ang iba't ibang Olink Explore Reagent Kits ay inilarawan sa Talahanayan 1. Kung higit sa isang run ang kinakailangan, ulitin ang mga tagubiling inilarawan sa manwal na ito.

Talahanayan 1. Pagpaplano ng sequencing run

Olink® Explore Reagent Kit	Bilang ng Olink Libraries	Bilang ng (mga) flow cell at (mga) run
Olink® Explore 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 Reagent Kit	8	8

I-install ang custom na recipe ng Olink®

I-save ang custom na recipe ng Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 sa isang naaangkop na folder ng instrumento.

TANDAAN: Ang custom na recipe ng Olink ay gagana lamang sa NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 kit at ang NextSeq™ 1000/2000 control software v1.2 o v1.4.

Maghanda ng mga sequencing reagents

Sa hakbang na ito, ang reagent cartridge na naglalaman ng clustering at sequencing reagents ay lasaw at ang flow cell ay inihahanda.

BABALA: Ang reagent cartridge ay naglalaman ng mga potensyal na mapanganib na kemikal. Magsuot ng sapat na kagamitang proteksiyon at itapon ang mga ginamit na reagents alinsunod sa mga naaangkop na pamantayan. Para sa karagdagang impormasyon, sumangguni sa Illumina NextSeq 1000 at 2000 System Guide (dokumento #1000000109376).

Maghanda ng reagent cartridge

Ang pagtunaw ng hindi pa nabubuksang kartutso ay maaaring gawin gamit ang tatlong magkakaibang pamamaraan: sa temperatura ng silid, sa isang kinokontrol na paliguan ng tubig, o sa refrigerator.

Maghanda ng bangko

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cycle)

Mga tagubilin

I-thaw ang reagent cartridge tulad ng inilarawan sa Talahanayan 2.

Talahanayan 2. Mga pamamaraan ng pagtunaw ng reagent cartridge

Paraan ng lasaw	Mga tagubilin
Sa temperatura ng silid	Nang hindi binubuksan ang silver foil bag, ilagay ang frozen reagent cartridge sa bangko at lasawin ito sa temperatura ng kuwarto sa loob ng 9 na oras. Huwag lumampas sa 16 na oras. Siguraduhin na ang label ng bag ay nakaharap sa itaas at ang hangin ay maaaring umikot sa paligid ng cartridge.
Sa isang paliguan ng tubig	Nang hindi binubuksan ang silver foil bag, ilagay ang frozen reagent cartridge na kalahating lubog sa isang kinokontrol na 25 °C water bath at hayaan itong matunaw sa loob ng 6 na oras. Huwag lumampas sa 8 oras. Siguraduhin na ang label ng bag ay nakaharap sa itaas at ang cartridge ay hindi bumabaligtad sa panahon ng lasaw. Patuyuin nang lubusan ang kartutso gamit ang isang tuwalya ng papel.
Sa refrigerator	Nang hindi binubuksan ang silver foil bag, ilagay ang cartridge sa bangko at lasawin ito sa temperatura ng kuwarto sa loob ng 6 na oras. Siguraduhin na ang label ng bag ay nakaharap sa itaas at ang hangin ay maaaring umikot sa paligid ng cartridge. Tapusin ang lasaw ng kartutso sa refrigerator sa loob ng 12 oras. Huwag lumampas sa 72 oras. Bago ang pagtakbo, alisin ang natunaw na hindi pa nabubuksang cartridge mula sa refrigerator at hayaan itong maabot ang temperatura ng silid sa loob ng hindi bababa sa 15 minuto, ngunit hindi hihigit sa 1 oras.

TANDAAN: Ang mga natunaw na cartridge ay hindi maaaring i-refrozen at dapat na nakaimbak sa 4 °C, para sa maximum na oras na 72 oras.

Ihanda ang flow cell

Maghanda ng bangko

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Mga tagubilin

Dalhin ang refrigerated flow cell sa temperatura ng silid sa loob ng 10-15 minuto.

Ihanda ang Olink® Library para sa sequencing

Sa hakbang na ito, ang nalinis at kinokontrol na kalidad na Olink Library ay natunaw sa panghuling konsentrasyon ng pag-load. Tandaan na ang denaturation ng Library ay awtomatikong ginagawa onboard ang instrumento.

Maghanda ng bangko

Lib Tube, na inihanda ayon sa naaangkop na Olink Explore User Manual

1x RSB na may Tween 20
MilliQ na tubig
2x Microcentrifuge tubes (1.5 mL)
Manu-manong pipette (10, 100 at 1000 μL)
I-filter ang mga tip sa pipette

Bago ka magsimula

I-thaw ang Lib Tube kung nagyelo.
I-thaw ang frozen RSB na may Tween 20 sa room temperature sa loob ng 10 minuto. Mag-imbak sa +4 °C hanggang gamitin.
Markahan ang dalawang bagong 1.5 mL microcentrifuge tubes tulad ng sumusunod:
- Markahan ang isang tubo na "Dil" (para sa 1:100 na diluted na Library)
- Markahan ang isang tubo na "Seq" (para sa handa nang i-load ang Library)

Mga tagubilin

Magdagdag ng 495 μL ng MilliQ na tubig sa Dil Tube.

Vortex ang Lib Tube at paikutin ito saglit.
Manu-manong ilipat ang 5 μL mula sa Lib Tube papunta sa Dil Tube.
Vortex ang Dil Tube at paikutin ito saglit.
Magdagdag ng 20 μL ng RBS na may Tween 20 sa Seq Tube.

Manu-manong ilipat ang 20 μL mula sa Dil Tube papunta sa Seq Tube.
I-Vortex ang Seq Tube at paikutin ito saglit.
Kaagad na magpatuloy sa 2.5 I-load ang flow cell at Olink® Library sa reagent cartridge.

TANDAAN: Itago ang (mga) Lib Tube sa -20 °C kung sakaling may (mga) muling pagpapalabas.

I-load ang flow cell at Olink® Library sa reagent cartridge

Sa hakbang na ito, ang flow cell at ang diluted na Olink Library ay inilalagay sa natunaw na reagent cartridge.

Maghanda ng bangko

1x na lasaw sa NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cycle), na inihanda sa nakaraang hakbang
1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, na inihanda sa nakaraang hakbang

Seq Tube (na may handang i-load ang diluted na Olink Library), na inihanda sa nakaraang hakbang
Manu-manong pipette (100 μL)
Tip ng pipette (1 mL)

Ihanda ang kartutso

Alisin ang kartutso mula sa silver foil bag.
Baliktarin ang cartridge ng sampung beses upang maihalo nang husto ang mga natunaw na reagents sa loob.

TANDAAN: Normal na makarinig ng mga panloob na sangkap na kumikiling.

I-load ang flow cell sa cartridge

Kapag handa nang i-load ang flow cell sa cartridge, alisin ang flow cell mula sa package. Hawakan ang flow cell sa tabi ng gray na tab, na ang label sa tab ay nakaharap sa itaas. Gumamit ng bagong guwantes na walang pulbos upang maiwasang makontamina ang salamin na ibabaw ng flow cell.
Ipasok ang flow cell sa flow cell slot sa harap ng cartridge. Ang isang naririnig na pag-click ay nagpapahiwatig na ang daloy ng cell ay nailagay nang tama.
Alisin ang gray na tab sa pamamagitan ng paghila dito.

I-load ang Olink® Library sa cartridge

Tusukin ang reservoir ng Library gamit ang malinis na 1 mL pipette tip.
Mag-load ng 20 μL ng Olink Library mula sa Seq Tube papunta sa ilalim ng reservoir ng library.

Magsagawa ng Olink® sequencing run

Sa hakbang na ito, ang Buffer cartridge na may load na flow cell at Olink Library ay na-load sa NextSeq™ 2000, at sinimulan ang sequencing run gamit ang recipe ng Olink.

Maghanda ng bangko

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cycle) na ni-load ng NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell at ang diluted na Olink Library, na inihanda sa nakaraang hakbang.

I-configure ang Run Mode

Mula sa control software menu, piliin ang Mga Setting.
Sa ilalim ng BaseSpace Sequence Hub Services at Proactive Support, piliin ang Local Run Setup.
Piliin ang Proactive Support Only bilang mga karagdagang setting. Ang function na ito ay nangangailangan ng koneksyon sa internet.
Piliin ang Hosting Location para sa iyong data. Ang Lokasyon ng Pagho-host ay dapat nasa o malapit sa iyong rehiyon.
Itakda ang lokasyon ng Output Folder para sa kasalukuyang run raw data. Piliin ang Piliin upang mag-navigate at piliin ang output folder.
Piliin ang checkbox na Denature at Dilute On Board para awtomatikong i-denature at palabnawin ang Library onboard ang instrumento.
Piliin ang checkbox ng Purge Reagent Cartridge upang awtomatikong i-purge ang mga hindi nagamit na reagents sa nagamit na reagents compartment ng cartridge.
Piliin ang checkbox ng Autocheck para sa mga update ng software upang awtomatikong suriin ang mga update ng software (opsyonal). Ang function na ito ay nangangailangan ng koneksyon sa internet.
Piliin ang I-save.

I-set up ang mga parameter ng pagtakbo

TANDAAN: Nalalapat ang tagubiling ito sa bersyon 1.4 ng NextSeq™ 1000/2000 control software. Maaaring iba ang ilan sa mga hakbang na inilarawan sa ibaba kapag gumagamit ng bersyon v1.2

Mula sa control software menu, piliin ang Start.
Piliin ang Manually Set Up New Run at pindutin ang Setup.
Sa pahina ng Run Setup, i-set up ang mga parameter ng run gaya ng sumusunod:
- Sa field ng Run Name, maglagay ng natatanging ID ng eksperimento.
- Sa drop-down na listahan ng Uri ng Pagbasa, piliin ang opsyong Single Read.
- Ipasok ang bilang ng mga cycle tulad ng sumusunod:
  - Basahin ang 1: 24
  - Index 1: 0
  - Index 2: 0
  - Basahin ang 2: 0

TANDAAN: Napakahalaga na ang Read 1 ay nakatakda sa 24, kung hindi ay mabibigo ang buong run. Huwag pansinin ang mga mensahe ng babala kapag ipinapasok ang bilang ng mga cycle.

Sa drop-down na listahan ng Custom Primer Wells, piliin ang Hindi.
Sa field na Custom Recipe (opsyonal), piliin ang Piliin upang mag-navigate at piliin ang custom na recipe XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Piliin ang Buksan.
Huwag mag-import ng Sample Sheet.
Tiyaking tama ang lokasyon ng Output Folder. Kung hindi, piliin ang Piliin upang mag-navigate at piliin ang nais na lokasyon ng folder ng output.

Sa field na Denature at Dilute Onboard, piliin ang Pinagana mula sa drop-down na listahan.
Piliin ang Prep.

I-load ang na-load na kartutso

Piliin ang I-load. Bumukas ang instrument visor at na-eject ang tray.
Ilagay ang na-load na cartridge sa tray na ang label ay nakaharap sa itaas at ang flow cell sa loob ng instrumento.

Piliin ang Isara.
Kapag maayos na na-load ang cartridge, i-verify ang run parameters at piliin ang Sequence. Ang instrumento ay nagsasagawa ng mga pre-run na pagsusuri para sa instrumento at ang fluidics.
- TANDAAN: Sa panahon ng pagsusuri ng fluidics, inaasahang makakarinig ito ng ilang mga popping sound.
Tiyaking magsisimula ang pagtakbo pagkatapos makumpleto ang mga awtomatikong pre-run na pagsusuri (~15 minuto). Ang sequencing run time ay humigit-kumulang 10h30 min.
- TANDAAN: Para sa anumang mga pagkabigo sa pre-run check, sumangguni sa mga tagubilin ng tagagawa. Mag-ingat na huwag mabangga o kung hindi man ay makaistorbo sa NextSeq™ 2000 sa panahon ng sequencing run. Ang instrumento ay sensitibo sa mga vibrations.
Linisin ang lugar ng trabaho.

Subaybayan ang Run Progress

Gumagamit ang Olink ng NGS bilang readout upang mabilang ang dami ng isang kilalang sequence upang matantya ang konsentrasyon ng isang ibinigay na protina sa samples (kamag-anak sa iba pang mga samples). Ang kalidad ng data mula sa bawat Explore sequencing run ay pangunahing tinutukoy ng mga parameter ng QC na natatangi sa teknolohiya ng Olink. Samakatuwid, ang mga karaniwang sukatan ng kontrol sa kalidad na ginagamit sa kumbensyonal na NGS, gaya ng Q-score, ay hindi gaanong kritikal.

I-eject at itapon ang cartridge pagkatapos tumakbo

BABALA: Ang hanay ng mga reagents na ito ay naglalaman ng mga potensyal na mapanganib na kemikal. Magsuot ng sapat na kagamitan sa proteksyon at itapon ang mga ginamit na reagents alinsunod sa mga naaangkop na pamantayan. Para sa karagdagang impormasyon, sumangguni sa Illumina NextSeq 1000 at 2000 System Guide (dokumento #1000000109376).

Kapag kumpleto na ang pagtakbo, piliin ang Eject Cartridge.
- TANDAAN: Ang ginamit na cartridge kasama ang flow cell ay maaaring iwanang nasa lugar hanggang sa susunod na pagtakbo, ngunit hindi hihigit sa 3 araw.
Alisin ang kartutso mula sa tray.
Itapon ang mga reagents alinsunod sa mga naaangkop na pamantayan.
Piliin ang Isara ang Pinto. Ni-reload ang tray.
Piliin ang Home upang bumalik sa Home screen.
- TANDAAN: Dahil ang kartutso ay naglalaman ng lahat ng mga mekanismo upang patakbuhin ang system, pati na rin ang isang reservoir upang mangolekta ng mga ginamit na reagents, hindi na kailangan ng isang paghuhugas ng instrumento pagkatapos ng pagtakbo.

Kasaysayan ng rebisyon

Bersyon	Petsa	Paglalarawan
1.0	2021-12-01	Bago

www.olink.com

Para sa Gamit ng Pananaliksik Lamang. Hindi para sa Paggamit sa Diagnostic Procedures.

Kasama sa produktong ito ang lisensya para sa di-komersyal na paggamit ng mga produkto ng Olink. Maaaring mangailangan ng mga karagdagang lisensya ang mga komersyal na user. Mangyaring makipag-ugnayan sa Olink Proteomics AB para sa mga detalye. Walang mga warranty, ipinahayag o ipinahiwatig, na lumalampas sa paglalarawang ito. Ang Olink Proteomics AB ay hindi mananagot para sa pinsala sa ari-arian, personal na pinsala, o pagkawala ng ekonomiya na dulot ng produktong ito. Ang sumusunod na trademark ay pagmamay-ari ng Olink Proteomics AB: Olink®. Ang produktong ito ay sakop ng ilang patent at patent application na available sa https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Mga Dokumento / Mga Mapagkukunan

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] User Manual
NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Mga sanggunian

User Manual

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Tala ng dokumento

Panimula

Teknikal na suporta

Mga tagubilin sa laboratoryo

Maghanda ng mga sequencing reagents

Maghanda ng reagent cartridge

Ihanda ang flow cell

Ihanda ang Olink® Library para sa sequencing

I-load ang flow cell at Olink® Library sa reagent cartridge

I-load ang flow cell sa cartridge

Magsagawa ng Olink® sequencing run

I-set up ang mga parameter ng pagtakbo

I-eject at itapon ang cartridge pagkatapos tumakbo

Kasaysayan ng rebisyon

Mga Dokumento / Mga Mapagkukunan

Mga sanggunian

Mag-iwan ng komento

Kanselahin ang tugon