Olink NextSeq 2000 Pag-usisa sa Pagsunodsunod nga Manwal sa Gumagamit sa Sistema

Ang Olink® Explore usa ka multiplex immunoassay nga plataporma alang sa pagdiskobre sa biomarker sa protina sa tawo. Ang produkto gituyo alang lamang sa Paggamit sa Pagpanukiduki, ug dili alang sa paggamit sa mga pamaagi sa pagdayagnos. Ang buluhaton sa laboratoryo pagadumalaon lamang sa mga nabansay nga kawani sa laboratoryo. Ang pagproseso sa datos himoon lamang sa nabansay nga mga kawani. Ang mga resulta gituyo nga gamiton sa mga tigdukiduki inubanan sa uban pang mga klinikal o laboratoryo nga mga nahibal-an.

Mahitungod niini nga manwal

Kini nga Manwal sa Gumagamit naghatag sa mga instruksyon nga gikinahanglan aron masunod-sunod ang Olink® Explore Libraries sa Illumina® NextSeq™ 2000. Ang mga instruksyon kinahanglang estrikto ug klarong sundon. Ang bisan unsang mga pagtipas sa tibuuk nga mga lakang sa laboratoryo mahimong moresulta sa pagkadaot sa datos. Sa dili pa magsugod ang laboratory workflow, konsultaha ang Olink® Explore Overview Manwal sa Gumagamit alang sa usa ka pasiuna sa plataporma, lakip ang kasayuran bahin sa mga reagents, kagamitan ug dokumentasyon nga gikinahanglan, usa ka katapusanview sa dagan sa trabaho, ingon man mga panudlo sa laboratoryo. Para sa mga instruksyon kon unsaon pagpadagan ang Olink® Explore Reagent Kits, tan-awa ang magamit nga Olink® Explore User Manual. Para sa pagproseso sa datos ug pagtuki sa mga resulta sa han-ay sa Olink® Explore, tan-awa ang Olink® MyData Cloud User Guide. Ang tanan nga mga marka sa pamatigayon ug mga copyright nga naa sa kini nga materyal mao ang kabtangan sa Olink® Proteomics AB, gawas kung gipahayag.

Teknikal nga suporta

Para sa teknikal nga suporta, kontaka ang Olink Proteomics sa: support@olink.com.

Mga panudlo sa laboratoryo

Kini nga kapitulo naghatag mga instruksyon kung giunsa ang pagsunud sa Olink Libraries sa NextSeq™ 2000 gamit ang NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3. Ang protocol nga gigamit para sa sequencing kay usa ka adaptation sa Illumina® standard NGS workflow para sa Illumina® NextSeq™ 2000. Sa dili pa mopadayon sa sequence, siguroha nga ang kalidad sa giputli nga Olink Library napamatud-an na. Tan-awa ang magamit nga Olink Explore User Manual alang sa mga panudlo bahin sa pagkontrol sa kalidad.

Planoha ang sequencing run

Ang usa ka Olink Library mahimong masunod-sunod kada NextSeq™ 2000 P2 flow cell ug kada run. Ang gidaghanon sa P2 flow cells ug run nga gikinahanglan aron masunod-sunod ang lain-laing Olink Explore Reagent Kits gihulagway sa Table 1. Kung labaw pa sa usa ka run ang gikinahanglan, balika ang mga instruksyon nga gihulagway niini nga manwal.

Talaan 1. Sequencing run nga pagplano

Olink® Explore Reagent Kit	Gidaghanon sa Olink Libraries	Gidaghanon sa flow cell(s) ug run(s)
Olink® Pag-usisa sa 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Reagent Kit	4	4
Olink® Pag-usisa sa 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Pag-usisa sa 3072 Reagent Kit	8	8

I-install ang custom nga resipe sa Olink®

I-save ang custom nga resipe sa Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 sa usa ka angay nga folder sa instrumento.

NOTA: Ang custom nga resipe sa Olink magamit lamang sa NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 kit ug ang NextSeq™ 1000/2000 control software v1.2 o v1.4.

Pag-andam sa sequencing reagents

Atol niini nga lakang, ang reagent cartridge nga adunay clustering ug sequencing reagents natunaw ug ang flow cell giandam.

WARNING: Ang reagent cartridge adunay mga makadaot nga kemikal. Pagsul-ob og igo nga kagamitan sa pagpanalipod ug isalikway ang gigamit nga mga reagents subay sa magamit nga mga sumbanan. Para sa dugang nga impormasyon, tan-awa ang Illumina NextSeq 1000 ug 2000 System Guide (dokumento #1000000109376).

Pag-andam sa reagent cartridge

Ang pagtunaw sa wala maablihi nga karton mahimo gamit ang tulo ka lainlaing mga pamaagi: sa temperatura sa kwarto, sa usa ka kontrolado nga kaligoanan sa tubig, o sa refrigerator.

Pag-andam sa bangko

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 ka mga siklo)

Mga instruksyon

Ibubo ang reagent cartridge sama sa gihulagway sa Table 2.

Talaan 2. Mga pamaagi sa pagtunaw sa reagent cartridge

Pamaagi sa pagtunaw	Mga instruksyon
Sa temperatura sa kwarto	Sa walay pag-abli sa silver foil nga bag, ibutang ang frozen reagent cartridge sa bangko ug tunawon kini sa temperatura sa lawak sulod sa 9 ka oras. Dili molapas sa 16 ka oras. Siguruha nga ang label sa bag nag-atubang ug ang hangin makalibot sa cartridge.
Sa usa ka kaligoanan sa tubig	Sa walay pag-abli sa silver foil nga bag, ibutang ang frozen reagent cartridge nga katunga nga nalubog sa kontroladong 25 °C nga kaligoanan sa tubig ug pasagdi kini nga matunaw sulod sa 6 ka oras. Dili molapas sa 8 ka oras. Siguruha nga ang label sa bag nag-atubang ug nga ang cartridge dili mabali sa panahon sa pagtunaw. Hugasi pag-ayo ang karton gamit ang tualya sa papel.
Sa refrigerator	Kung wala’y pag-abli sa bag nga pilak nga foil, ibutang ang karton sa bangko ug tunawon kini sa temperatura sa kwarto sulod sa 6 ka oras. Siguruha nga ang label sa bag nag-atubang ug ang hangin makalibot sa cartridge. Tapuson ang pagtunaw sa karton sa refrigerator sulod sa 12 ka oras. Dili molapas sa 72 ka oras. Sa wala pa ang pagdagan, kuhaa ang natunaw nga wala maabli nga karton gikan sa refrigerator ug tugoti kini nga makaabut sa temperatura sa kwarto sulod sa labing menos 15 minuto, apan dili molapas sa 1 ka oras.

NOTA: Ang natunaw nga mga kartrid dili ma-refrozen ug kinahanglang tipigan sa 4 °C, sulod sa labing taas nga panahon nga 72 ka oras.

Pag-andam sa flow cell

Pag-andam sa bangko

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Mga instruksyon

Dad-a ang refrigerated flow cell sa temperatura sa kwarto sulod sa 10-15 ka minuto.

Pag-andam sa Olink® Library alang sa pagkasunodsunod

Atol niini nga lakang, ang giputli ug kalidad nga kontrolado nga Olink Library lasaw ngadto sa katapusan nga loading konsentrasyon. Timan-i nga ang Library denaturation awtomatikong gihimo sa ibabaw sa instrumento.

Pag-andam sa bangko

Lib Tube, giandam sumala sa magamit nga Olink Explore User Manual
1x RSB nga adunay Tween 20
MilliQ nga tubig
2x Microcentrifuge nga mga tubo (1.5 mL)
Manwal nga pipette (10, 100 ug 1000 μL)
Mga tip sa pagsala sa pipette

Sa dili ka pa magsugod

Lutoa ang Lib Tube kung nagyelo.
Lutoa ang frozen nga RSB nga adunay Tween 20 sa temperatura sa lawak sulod sa 10 minutos. Tipigi ang +4 °C hangtod magamit.
Markahi ang duha ka bag-ong 1.5 mL microcentrifuge tubes ingon sa mosunod:
- Markahi ang usa ka tubo nga "Dil" (alang sa 1:100 nga lasaw nga Library)
- Markahi ang usa ka tubo nga "Seq" (para sa andam na nga i-load ang Library)

Mga instruksyon

Idugang ang 495 μL nga MilliQ nga tubig sa Dil Tube.

I-Vortex ang Lib Tube ug ituyok kini kadiyot.
Kamot nga ibalhin ang 5 μL gikan sa Lib Tube ngadto sa Dil Tube.
I-Vortex ang Dil Tube ug ituyok kini sa makadiyot.

Idugang ang 20 μL sa RBS nga adunay Tween 20 sa Seq Tube.
Manwal nga ibalhin ang 20 μL gikan sa Dil Tube ngadto sa Seq Tube.
I-Vortex ang Seq Tube ug ituyok kini kadiyot.

Ipadayon dayon ang 2.5 I-load ang flow cell ug Olink® Library sa reagent cartridge.

NOTA: Itago ang (mga) Lib Tube sa -20 °C kung adunay (mga) potensyal nga pagpadagan.

I-load ang flow cell ug Olink® Library ngadto sa reagent cartridge

Atol niini nga lakang, ang flow cell ug ang lasaw nga Olink Library gikarga sa natunaw nga reagent cartridge.

Pag-andam sa bangko

1x natunaw sa NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 ka mga siklo), giandam sa miaging lakang
1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, giandam sa miaging lakang

Seq Tube (nga adunay andam nga i-load ang lasaw nga Olink Library), giandam sa miaging lakang
Manwal nga pipette (100 μL)
Tip sa pipette (1 mL)

Pag-andam sa cartridge

Kuhaa ang cartridge gikan sa silver foil bag.
Balita ang cartridge sa napulo ka beses aron hingpit nga isagol ang natunaw nga mga reagents sa sulod.

NOTA: Normal nga makadungog sa internal nga mga sangkap nga nag-jingling.

I-load ang flow cell sa cartridge

Kung andam na nga i-load ang flow cell sa cartridge, kuhaa ang flow cell gikan sa package. Kupti ang flow cell sa gray nga tab, nga ang label sa tab nag-atubang sa taas. Gamit ug bag-ong powder free gloves para malikayan nga mahugawan ang bildo nga nawong sa flow cell.
Isulod ang flow cell ngadto sa flow cell slot sa atubangan sa cartridge. Ang usa ka madungog nga pag-klik nagpakita nga ang flow cell husto nga gibutang.

Kuhaa ang gray nga tab pinaagi sa pagbira niini.

Ikarga ang Olink® Library sa cartridge

Tusok ang reservoir sa Library gamit ang limpyo nga 1 mL pipette tip.

Ikarga ang 20 μL sa Olink Library gikan sa Seq Tube ngadto sa ubos sa library reservoir.

Buhata ang Olink® sequencing run

Atol niini nga lakang, ang Buffer cartridge nga adunay loaded flow cell ug Olink Library gikarga sa NextSeq™ 2000, ug ang sequencing run gisugdan gamit ang Olink recipe.

Pag-andam sa bangko

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cycles) nga puno sa NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell ug ang lasaw nga Olink Library, nga giandam sa miaging lakang.

I-configure ang Run Mode

Gikan sa control software menu, pilia ang Settings.

Ubos sa BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, pilia ang Local Run Setup.
Pilia ang Proactive Support Only isip dugang nga mga setting. Kini nga function nanginahanglan usa ka koneksyon sa internet.
Pilia ang Hosting Location para sa imong data. Ang Lokasyon sa Pag-host kinahanglan naa o duol sa imong rehiyon.

Ibutang ang Output Folder nga lokasyon alang sa kasamtangan nga run raw data. Pilia Pilia ang pag-navigate ug pilia ang output folder.
Pilia ang Denature ug Dilute On Board nga checkbox aron awtomatiko nga ma-denatur ug matunaw ang Library onboard sa instrumento.
Pilia ang checkbox sa Purge Reagent Cartridge aron awtomatiko nga malimpyohan ang wala magamit nga mga reagents sa gigasto nga kompartamento sa reagents sa cartridge.

Pilia ang Autocheck para sa software updates checkbox aron awtomatikong masusi ang software updates (opsyonal). Kini nga function nanginahanglan usa ka koneksyon sa internet.
Pilia ang Save.

I-set up ang run parameters

NOTA: Kini nga panudlo magamit sa bersyon 1.4 sa NextSeq™ 1000/2000 control software. Ang pipila sa mga lakang nga gihulagway sa ubos mahimong lahi kung gamiton ang bersyon v1.2

Gikan sa control software menu, pilia ang Start.
Pilia ang Manually Set Up New Run ug pindota ang Setup.
Diha sa Run Setup page, i-set up ang run parameters sama sa mosunod:
- Sa Run Name field, pagsulod ug talagsaon nga experiment ID.
- Sa Read Type drop-down list, pilia ang Single Read option.
- Pagsulod sa gidaghanon sa mga siklo sama sa mosunod:
  - Basaha ang 1: 24
  - Index 1: 0
  - Index 2: 0
  - Basaha ang 2: 0

NOTA: Importante nga ang Read 1 mabutang sa 24, kung dili ang tibuok run mapakyas. Ibaliwala ang mga mensahe sa pasidaan kung mosulod sa gidaghanon sa mga siklo.

Sa drop-down nga listahan sa Custom Primer Wells, pilia ang No.

Diha sa Custom Recipe (opsyonal) field, pilia ang Pilia nga mag-navigate ug pilia ang custom recipe XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Pilia ang Open.
Ayaw import ug Sample Sheet.
Siguruha nga ang lokasyon sa Output Folder husto. Kung dili, pilia Pilia ang pag-navigate ug pilia ang gusto nga lokasyon sa folder sa output.

Sa Denature ug Dilute Onboard field, pilia ang Enabled gikan sa drop-down list.
Pilia ang Prep.

I-load ang gikarga nga cartridge

Pilia ang Load. Ang visor sa instrumento moabli ug ang tray gipalagpot.
Ibutang ang gikarga nga cartridge sa tray nga ang label nag-atubang ug ang flow cell sulod sa instrumento.
Pilia ang Close.

Sa higayon nga ang cartridge husto nga na-load, susiha ang run parameters ug pilia ang Sequence. Ang instrumento naghimo sa pre-run nga mga pagsusi alang sa instrumento ug sa fluidics.
- NOTA: Atol sa pagsusi sa fluidics, gilauman nga makadungog kini og daghang mga popping sound.
Siguruha nga ang pagdagan magsugod pagkahuman sa awtomatik nga pre-run nga mga pagsusi makompleto (~15 minuto). Ang sequencing run nga oras mga 10h30 min.
- NOTA: Para sa bisan unsa nga pre-run check failures, tan-awa ang mga instruksyon sa tiggama. Pag-amping nga dili mabangga o kung dili makadisturbo sa NextSeq™ 2000 sa panahon sa sequencing run. Ang instrumento sensitibo sa mga vibrations.
Limpyohi ang lugar sa trabahoan.

Monitor Pag-uswag sa Run

Ang Olink naggamit sa NGS isip readout aron ma-ihap ang gidaghanon sa usa ka nahibal-an nga han-ay aron mabanabana ang konsentrasyon sa usa ka gihatag nga protina sa samples (relasyon sa ubang mga samples). Ang kalidad sa datos gikan sa matag Explore sequencing run kasagarang gitino sa mga parameter sa QC nga talagsaon sa teknolohiya sa Olink. Busa, ang standard quality control metrics nga gigamit sa conventional NGS, sama sa Q-score, dili kaayo kritikal.

Ipagawas ug ilabay ang cartridge human sa pagdagan

WARNING: Kini nga hugpong sa mga reagents adunay mga peligroso nga kemikal. Pagsul-ob og igo nga kagamitan sa pagpanalipod ug isalikway ang gigamit nga mga reagents subay sa magamit nga mga sumbanan. Para sa dugang nga impormasyon, tan-awa ang Illumina NextSeq 1000 ug 2000 System Guide (dokumento #1000000109376).

Kung kompleto na ang pagdagan, pilia ang Eject Cartridge.
- NOTA: Ang gigamit nga cartridge lakip ang flow cell mahimong ibilin sa lugar hangtod sa sunod nga pagdagan, apan dili molapas sa 3 ka adlaw.
Kuhaa ang cartridge gikan sa tray.
Isalikway ang mga reagents subay sa magamit nga mga sumbanan.

Pilia ang Close Door. Ang tray gikarga pag-usab.
Pilia ang Balay aron makabalik sa Home screen.
- NOTA: Tungod kay ang cartridge naglangkob sa tanan nga mga mekanismo sa pagpadagan sa sistema, ingon man usa ka reservoir aron makolekta ang gigamit nga mga reagents, dili kinahanglan ang paghugas sa instrumento pagkahuman sa pagdagan.

Kasaysayan sa rebisyon

Bersyon	Petsa	Deskripsyon
1.0	2021-12-01	Bag-o

www.olink.com

Alang lamang sa Paggamit sa Panukiduki. Dili para sa Paggamit sa Diagnostic Procedures.

Kini nga produkto naglakip sa usa ka lisensya alang sa dili-komersyal nga paggamit sa mga produkto sa Olink. Ang mga komersyal nga tiggamit mahimong magkinahanglan dugang nga mga lisensya. Palihog kontaka ang Olink Proteomics AB para sa mga detalye. Wala’y mga garantiya, gipahayag o gipasabut, nga labaw pa sa kini nga paghulagway. Ang Olink Proteomics AB dili manubag sa kadaot sa kabtangan, personal nga kadaot, o pagkawala sa ekonomiya tungod niini nga produkto. Ang mosunod nga marka sa pamatigayon gipanag-iya sa Olink Proteomics AB: Olink®. Kini nga produkto nasakup sa daghang mga patente ug mga aplikasyon sa patent nga magamit sa https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden

1193, v1.0, 2021-12-01

Mga Dokumento / Mga Kapanguhaan

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] Manwal sa Gumagamit
NextSeq 2000, Susihon ang Sequencing System, NextSeq 2000 Susihon ang Sequencing System

Mga pakisayran

Manwal sa Gumagamit

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Pahinumdom sa dokumento

Pasiuna

Teknikal nga suporta

Mga panudlo sa laboratoryo

Pag-andam sa sequencing reagents

Pag-andam sa reagent cartridge

Pag-andam sa flow cell

Pag-andam sa Olink® Library alang sa pagkasunodsunod

I-load ang flow cell ug Olink® Library ngadto sa reagent cartridge

I-load ang flow cell sa cartridge

Buhata ang Olink® sequencing run

I-set up ang run parameters

Ipagawas ug ilabay ang cartridge human sa pagdagan

Kasaysayan sa rebisyon

Mga Dokumento / Mga Kapanguhaan

Mga pakisayran

Pagbilin ug komento

Cancel reply