Olink Esplora Sekwenzar billi tuża NextSeq 550

Introduzzjoni

Użu maħsub
Olink® Explore hija pjattaforma immunoassay multiplex għall-iskoperta tal-bijomarkaturi tal-proteini umani. Il-prodott huwa maħsub għall-Użu tar-Riċerka biss, u mhux għall-użu fi proċeduri dijanjostiċi. Ix-xogħol tal-laboratorju għandu jitmexxa biss minn persunal tal-laboratorju mħarreġ. L-ipproċessar tad-dejta għandu jsir biss minn persunal imħarreġ. Ir-riżultati huma maħsuba biex jintużaw mir-riċerkaturi flimkien ma 'sejbiet kliniċi jew tal-laboratorju oħra.

Dwar dan il-manwal
Dan il-Manwal għall-Utent jipprovdi l-istruzzjonijiet meħtieġa għas-sekwenza tal-Libreriji Olink® Esplora fuq Illumina® NextSeq™ 550. L-istruzzjonijiet għandhom jiġu segwiti b'mod strett u espliċitu. Kwalunkwe devjazzjoni matul il-passi tal-laboratorju tista' tirriżulta f'dejta indebolita. Qabel ma tibda l-fluss tax-xogħol tal-laboratorju, ikkonsulta l-Olink® Explore Overview Manwal għall-Utent għal introduzzjoni għall-pjattaforma, inkluża informazzjoni dwar reaġenti, tagħmir u dokumentazzjoni meħtieġa, u fuqview tal-fluss tax-xogħol, kif ukoll linji gwida tal-laboratorju. Għal struzzjonijiet dwar kif tħaddem il-Kits tar-Reaġenti Olink® Explore, irreferi għall-Manwal tal-Utent Olink® Explore applikabbli. Għall-ipproċessar tad-dejta u l-analiżi tar-riżultati tas-sekwenza Olink® Esplora, irreferi għall-Gwida tal-Utent tal-Olink® MyData Cloud. It-trademarks u d-drittijiet tal-awtur kollha li jinsabu f'dan il-materjal huma proprjetà ta 'Olink® Proteomics AB, sakemm ma jkunx iddikjarat mod ieħor.

Appoġġ tekniku
Għal appoġġ tekniku, ikkuntattja lil Olink Proteomics fuq support@olink.com.

Struzzjonijiet tal-laboratorju

Dan il-kapitlu jipprovdi struzzjonijiet dwar kif issekwenzja l-Libreriji Olink fuq NextSeq™ 550 billi tuża NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Ċiklu). Il-protokoll użat għas-sekwenzjar huwa adattament tal-fluss tax-xogħol standard Illumina® NGS għal Illumina® NextSeq™ 550. Qabel ma tipproċedi għas-sekwenzjar, kun żgur li l-kwalità tal-Librerija purifikata tkun ġiet ivverifikata. Irreferi għall-Manwal tal-Utent Olink Explore applikabbli għal struzzjonijiet dwar il-kontroll tal-kwalità.

Ippjana l-ġirja tas-sekwenzjar
Librerija Olink waħda tista' tiġi sekwenzata għal kull ċellula tal-fluss NextSeq™ 550 High Output u għal kull ġirja. In-numru ta' ċelluli tal-fluss ta' Produzzjoni Għolja u ġirjiet meħtieġa għas-sekwenza tal-Kits tar-Reaġent Olink Explore differenti huwa deskritt f'Tabella 1. Jekk tkun meħtieġa aktar minn ġirja waħda, irrepeti l-istruzzjonijiet deskritti f'dan il-manwal.

Tabella 1.Ippjanar tal-ġirja tas-sekwenzjar:

Olink® Esplora Kit Reaġent	Numru ta' Libreriji Olink	Numru ta' ċelluli tal-fluss u run(s)
Olink® Esplora 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Esplora 4 x 384 Kit Reaġent	4	4
Olink® Esplora 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Esplora Kit Reaġent ta' Espansjoni	4	4
Olink® Esplora 3072 Reagent Kit	8	8

Installa riċetta personalizzata Olink®
Matul dan il-pass, ir-riċetta tad-dwana Olink® hija installata fuq NextSeq™ 550. Dan il-pass jeħtieġ li jsir darba biss, qabel ma titwettaq ġirja ta' sekwenza Olink għall-ewwel darba.
NOTA: Ir-riċetta tad-dwana Olink taħdem biss mal-Kits ta' Output Għoli NextSeq™ 500/550 u s-Software ta' Kontroll NextSeq™ 4.0

1. Unzip u poġġi r-riċetta personalizzata Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 fil-folder li ġej tal-istrument NextSeq™ 550: C:\Programm Files\Illumina\NextSeq Control Software\Riċetta\Custom\High\.
2. Taħt Personalizzazzjoni tas-Sistema > Immaniġġja l-Istrument, ippermetti Riċetti Custom. Jekk ma tkunx magħżula, l-għażla tar-riċetta tad-dwana ma tidhirx waqt is-setup tal-ġirja.

NOTA: Fil-verżjoni tas-softwer NCS 4.0, l-għażla li tagħżel riċetta tad-dwana se sseħħ biss wara li jitgħabba l-iskartoċċ tar-reaġent, mhux fil-paġna tas-setup preċedenti.
NOTA: Il-ġirja għandha tkun issettjata fil-mod manwali biex tippermetti riċetti personalizzati.

Ipprepara reaġenti tas-sekwenzjar

Matul dan il-pass, l-iskartoċċ tar-reaġent li jkun fih reaġenti ta 'raggruppament u sekwenzar jinħall u ċ-ċellula tal-fluss tiġi ppreparata.

Ipprepara skartoċċ tar-reaġent
TWISSIJA: L-iskartoċċ tar-reaġent fih kimiċi potenzjalment perikolużi. Ilbes tagħmir protettiv adegwat u armi r-reaġenti użati skont l-istandards applikabbli. Għal aktar informazzjoni, irreferi għall-Gwida tas-Sistema Illumina NextSeq 550 (dokument #15069765).

Ipprepara bank

• 1x NextSeq™ 500/550 Skartoċċ tar-Reaġent ta' Produzzjoni Għolja v2 (75 ċiklu).

Istruzzjonijiet

1. Poġġi l-iskartoċċ tar-reaġent iffriżat nofsu mgħaddas f'ilma ittemprat tal-kamra u ħallih jinħall għal siegħa. Kun żgur li l-ġibjuni kollha tar-reaġent tal-iskrataċ huma kompletament imdewweb.
   NOTA: Għall-konvenjenza, ħoll l-iskartoċċ il-ġurnata ta’ qabel u aħżen matul il-lejl f’4 °C. F'din it-temperatura, ir-reaġenti huma stabbli sa ġimgħa.
2. Nixxef il-bażi tal-iskartoċċ sewwa b'xugaman tal-karti u nixxef is-siġilli tal-fojl b'tissu mingħajr lint jekk meħtieġ.
3. Aqleb l-iskartoċċ għaxar darbiet biex tħallat sewwa r-reaġenti imdewweb ġewwa.
4. Tektek l-iskartoċċ bil-mod fuq il-bank biex tneħħi l-bżieżaq tal-arja. Aħżen l-iskartoċċ f'temperatura ambjentali jekk se jintuża fi żmien 4 sigħat.

Ipprepara ċellola tal-fluss

Ipprepara bank

• 1x NextSeq™ 500/550 Ċellula ta' Fluss ta' Produzzjoni Għolja v2.5.

Istruzzjonijiet

1.  Ġib iċ-ċellula tal-fluss refriġerata għat-temperatura tal-kamra għal 30 minuta.
2.  Qiegħed ingwanti ġodda ħielsa mit-trab (biex tevita li tikkontamina l-wiċċ tal-ħġieġ taċ-ċellula tal-fluss).
3.  Meta tkun lesta biex tgħabbi ċ-ċellula tal-fluss fl-istrument, neħħi ċ-ċellula tal-fluss mill-pakkett u l-qoxra tal-plastik.
4.  Spezzjona ċ-ċellula tal-fluss. Jekk il-partikuli jew it-trab huma viżibbli fuq kwalunkwe uċuħ tal-ħġieġ, naddaf il-wiċċ applikabbli b'imsaħ tal-alkoħol isopropil mingħajr lint u nixxfu b'tessut tal-laboratorju b'lint baxx.

Ipprepara Olink® Librerija għas-sekwenzjar

Matul dan il-pass, dilwizzjonijiet ta 'NaOH u Tris-HCl huma ppreparati, u l-Librerija Olink purifikata u kkontrollata ta' kwalità hija dilwita u żnaturata f'passi sekwenzjali.

Ipprepara dilwizzjoni ta' NaOH
Id-dilwizzjoni tan-NaOH tintuża biex tiżnatura l-Libreriji.

Ipprepara bank

• Stokk ta' NaOH 1 N
• MilliQ ilma
• 1x Tubu mikroċentrifugu (1.5 mL)
• Pipetta manwali (10-100 μL)
• Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda
Immarka t-tubu tal-mikroċentrifuga "NaOH".

Istruzzjonijiet

1. Ipprepara dilwizzjoni ta’ NaOH 0.2 N fit-Tubu tan-NaOH skont it-Tabella 2.
2. Vortex it-Tubu NaOH sewwa u dawwar 'l isfel. Uża fi żmien 12-il siegħa.

Tabella 2. Dilwizzjoni ta '0.2 N NaOH

Reaġent	Volum (μL)
MilliQ ilma	80
Stokk ta' NaOH 1 N	20

2.4.2 Ipprepara dilwizzjoni Tris-HCl
Id-dilwizzjoni Tris-HCl tintuża biex tinnewtralizza l-Librerija denaturata.

Ipprepara bank

• Stokk 1 M Tris-HCl pH 7.0 (soluzzjoni ta' idroklorur Trizma®)
• MilliQ ilma
• 1x Tubu mikroċentrifugu (1.5 mL)
• Pipetta manwali (10-100 μL)
• Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda

• Immarka t-tubu tal-mikroċentrifuga “Tris-HCl”

Istruzzjonijiet

1. Ipprepara dilwizzjoni ta' 200 mM Tris-HCl fit-Tubu Tris-HCl skont it-Tabella 3.
2. Vortex it-Tubu Tris-HCl sewwa u dawwar 'l isfel.

Tabella 3. Dilwizzjoni ta' 200 mM Tris-HCl:

Reaġent	Volum (μL)
MilliQ ilma	80
Stokk 1M Tris-HCl pH 7.0 (soluzzjoni ta' idroklorur Trizma®)	20

Iddilwa Libreriji Olink®
Matul dan il-pass, il-Librerija Olink purifikata u kkontrollata ta 'kwalità hija dilwita 1:33.

Ipprepara bank

• Lib Tube, ippreparat skont il-Manwal tal-Utent Olink Explore applikabbli
• MilliQ ilma
• 1x Tubu mikroċentrifugu (1.5 mL)
• Pipetti manwali (0.5-10 u 100-1000 μL)
• Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda

• Ħoll il-Lib Tube jekk iffriżat.
• Immarka t-tubu tal-mikroċentrifuga l-ġdid: "Dil".

Istruzzjonijiet

1. Żid 96 μL ta' ilma MilliQ mat-Tubu Dil.
2. Vortex it-Tubu Lib u dawwar 'l isfel fil-qosor.
3. Ittrasferixxi 3 μL mit-Tubu Lib għat-Tubu Dil.
4. Vortex it-Tubu Dil u dawwar 'l isfel fil-qosor

Żnatura u ddilwixxi l-Librerija Olink® sal-konċentrazzjoni finali tat-tagħbija
Matul dan il-pass, il-Librerija Olink dilwita tiġi żnaturata u aktar dilwita sal-konċentrazzjoni tat-tagħbija finali.

Ipprepara bank

• Dil Tube, ippreparat fil-pass preċedenti
• 0.2 N NaOH dilwizzjoni, ippreparat frisk fil-pass preċedenti
• 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) dilwizzjoni, ippreparat fil-pass preċedenti
• Buffer ta' ibridizzazzjoni 1 (HT1) inkluż fil-Kaxxa tal-Aċċessorji NextSeq™ v2
• 2x Tubi Mikroċentrifuga (1.5 mL u 2 mL)
• Pipetti manwali (0.5-10 u 100-1000 μL)
• Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda

• Ħoll il-buffer HT1 iffriżat f'temperatura ambjentali. Aħżen f'+4 °C sakemm tuża.
• Immarka t-tubu mikroċentrifugu ġdid ta' 1.5 mL: "Den" (għall-Librerija denaturata).
• Immarka t-tubu mikroċentrifugu ġdid ta’ 2 mL: “Seq” (għall-Librerija lesta biex titgħabba).

Istruzzjonijiet

1. Ittrasferixxi 5 μL mit-Tube Dil għad-Den Tube.
2. Żid 5 μL ta' 0.2 N NaOH mad-Den Tube.
3. Vortex id-Den Tube u dawwar 'l isfel fil-qosor.
4. Inkuba d-Den Tube għal 5 minuti f'temperatura tal-kamra biex tiżnatura l-Librerija.
5. Żid 5 μL ta' 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) mad-Den Tube biex tinnewtralizza r-reazzjoni.
6. Vortex id-Den Tube u dawwar 'l isfel fil-qosor.
7. Żid 985 μL ta' HT1 imkessaħ minn qabel mad-Den Tube.
8. Vortex id-Den Tube u dawwar 'l isfel fil-qosor. It-tubu jista' jinħażen f'+4 °C sakemm jintuża (l-istess jum).
9. Ittrasferixxi 205 μL mid-Den Tube għas-Seq Tube.
10. Żid 1095 μL ta' HT1 imkessaħ minn qabel mas-Seq Tube.
11. Aqleb is-Seq Tube biex tħallat ir-reaġenti u dawwarha għal ftit żmien. Il-volum tat-tagħbija finali huwa 1.3 mL.
12. Immedjatament kompli 2.5 Wettaq ġirja tas-sekwenzjar Olink®.

Wettaq ġirja ta' sekwenzar Olink®

Matul dan il-pass, l-iskartoċċ tal-buffer, iċ-ċellula tal-fluss u l-iskartoċċ tar-reaġent ippreparat li fih il-Librerija Olink huma mgħobbija fil-NextSeq 550, u l-ġirja tas-sekwenzjar tinbeda bl-użu tar-riċetta personalizzata Olink.

Ipprepara bank

• Seq Tube (bil-Librerija lesta għat-tagħbija), ippreparat fil-pass preċedenti
• 1x NextSeq™ 500/550 Skartoċċ tar-Reaġent ta' Produzzjoni Għolja v2, ippreparat fil-pass preċedenti
• 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, ippreparat fil-pass preċedenti
• 1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 ċiklu), f'temperatura tal-kamra

Issettja l-parametri tal-ġirja tas-sekwenzjar
Matul dan il-pass, il-parametri tal-ġirja tas-sekwenzjar jintgħażlu fuq NextSeq™ 550.

1. Fuq l-iskrin Home NextSeq™ 550, agħżel Esperiment.
2. Fuq l-iskrin Select Assay, agħżel Sequence.
3. Fil-paġna Run Setup, agħżel Manwal run mode u mbagħad Next.
4. Issettja l-parametri tal-ġirja kif ġej:
   • Fil-qasam Run Name, daħħal ID uniku tal-esperiment.
   • Fil-field ID tal-Librerija, daħħal l-ID tal-Librerija li qed tħaddem (mhux obbligatorju).
   • Fil-qasam tat-Tip ta 'Aqra, agħżel l-għażla Qari Uniku.
   • Daħħal in-numru ta' ċikli kif ġej:
     • Aqra 1:24
     • Indiċi 1: 0
     • Indiċi 2: 0
     • Aqra 2:0
   • Żomm il-kaxxa ta' kontroll għal primers personalizzati mhux magħżula.
   • Issettja l-post tal-folder tal-output għad-dejta mhux ipproċessata tal-ġirja kurrenti. Agħżel Ibbrawżja biex tibdel il-post tal-fowlder tal-produzzjoni.
5. Twaqqafx Sample Sheet.
6. Agħżel Purge konsumabbli għal din il-ġirja.
7. Agħżel Li jmiss.

Tagħbija ċ-ċellula tal-fluss f'NextSeq™ 550

1. Neħħi ċ-ċellula tal-fluss użata mill-ġirja preċedenti.
2. Poġġi ċ-ċellula tal-fluss ippreparata l-ġdida fuq is-stage.
3. Agħżel Tagħbija. Il-bieb jingħalaq awtomatikament.
4. Meta l-ID taċ-ċellula tal-fluss tidher fuq l-iskrin u s-sensuri jiġu kkontrollati bl-aħdar, agħżel Li jmiss

Battal il-kontenitur tar-reaġent
TWISSIJA: Dan is-sett ta' reaġenti fih kimiċi potenzjalment perikolużi. Ilbes tagħmir protettiv adegwat u armi r-reaġenti użati skont l-istandards applikabbli. Għal aktar informazzjoni, irreferi għall-Gwida tas-Sistema Illumina NextSeq 550.

1. Iftaħ il-bieb tal-kompartiment tal-buffer, neħħi l-kontenitur tar-reaġenti eżawriti mill-kompartiment t'isfel, u armi l-kontenut skont l-istandards applikabbli.
2. Żerżaq il-kontenitur vojt tar-reaġent lura fil-kompartiment tal-buffer t'isfel. Klikk li tinstema' tindika li l-kontenitur huwa mqiegħed sew.

Tagħbija buffer cartridge

1. Neħħi l-iskartoċċ tal-buffer użat mill-kompartiment tal-buffer ta' fuq u armi l-kontenut skont l-istandards applikabbli.
2. Żerżaq skartoċċ buffer ġdid fil-kompartiment tal-buffer ta' fuq. Klikk li tinstema' tindika li l-iskartoċċ huwa mqiegħed sew. Kun żgur li l-ID tal-kartuċċa tal-buffer tidher fuq l-iskrin u li s-sensuri huma kkontrollati bl-aħdar.
3. Agħlaq il-bieb tal-kompartiment tal-buffer u agħżel Li jmiss.

Tagħbija skartoċċ tar-reaġent

1. Iftaħ il-bieb tal-kompartiment tar-reaġent, neħħi l-iskartoċċ tar-reaġent użat, u armi l-kontenut mhux użat skont l-istandards applikabbli. Il-ġibjun fil-pożizzjoni 6 jista 'jitneħħa biex jiffaċilita r-rimi sikur.
2. Ittaqqab is-siġill tal-ġibjun #10 ittikkettat bħala “Load Library Here” b’ponta nadifa ta’ pipetta ta’ 1 mL.
3. Tagħbija 1.3 mL il-Librerija Olink mis-Seq Tube fil-ġibjun #10 immarkat bħala "Load Library Here".
4. Żerżaq l-iskartoċċ tar-reaġent il-ġdid fil-kompartiment tar-reaġent u agħlaq il-bieba tal-kompartiment tar-reaġent.
5. Agħżel Tagħbija u stenna għal ~30 sekonda sakemm l-ID tal-iskartoċċ tar-reaġent jidher fuq l-iskrin u s-sensuri jiġu ċċekkjati bl-aħdar.
6. Mil-lista drop-down tar-Riċetta, agħżel l-għażla tar-riċetta [Custom] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1".
7. Agħżel Li jmiss.

Ibda l-ġirja tas-sekwenzjar

1. Ikkonferma l-parametri tal-ġirja murija fuq ir-Review skrin. Biex teditja kwalunkwe parametru, agħfas Back biex terġa' lura għall-iskrin Run Setup.
2. Agħżel Li jmiss. Il-ġirja tibda wara kontroll awtomatiku ta' qabel il-ġirja. Il-ħin tal-ġirja tas-sekwenzjar huwa ta' madwar 7h30 min.
3. Naddaf iż-żona tax-xogħol.

NOTA: Meta titlesta l-ġirja tas-sekwenzjar, is-softwer jibda ħasla awtomatika ta' wara t-tħaddim billi juża s-soluzzjonijiet tal-ħasil ipprovduti fl-iskartoċċ buffer u n-NaOCl ipprovdut fl-iskartoċċ tar-reaġent. Din il-ħasla tieħu madwar 90 minuta. Il-buttuna Home ssir attiva ladarba titlesta l-ħasil. Skrataċ użati u ċellola tal-fluss jistgħu jitħallew f'posthom sal-run li jmiss.

Monitora l-progress tal-ġirja
Olink juża NGS bħala qari biex jikkwantifika l-ammont ta 'sekwenza magħrufa sabiex jistma l-konċentrazzjoni ta' proteina partikolari f'samples (relattiv għal samples). Il-kwalità tad-dejta minn kull ġirja tas-sekwenzjar Esplora hija ddeterminata prinċipalment minn parametri QC uniċi għat-teknoloġija Olink. Għalhekk, metriċi standard ta 'kontroll tal-kwalità użati fl-NGS konvenzjonali, bħal Q-score, huma inqas kritiċi.

Storja tar-reviżjoni

Verżjoni	Data	Deskrizzjoni
1.1	2021-12-13	Bidliet editorjali
1.0	2021-12-01	Ġdid

www.olink.com
Għal Użu ta' Riċerka Biss. Mhux għall-Użu fi Proċeduri Dijanjostiċi.
Dan il-prodott jinkludi liċenzja għall-użu mhux kummerċjali tal-prodotti Olink. L-utenti kummerċjali jistgħu jeħtieġu liċenzji addizzjonali. Jekk jogħġbok ikkuntattja lil Olink
Proteomics AB għad-dettalji. M'hemm l-ebda garanziji, espressi jew impliċiti, li jestendu lil hinn minn din id-deskrizzjoni. Olink Proteomics AB mhix responsabbli għal ħsara lill-proprjetà, korriment personali, jew telf ekonomiku kkawżat minn dan il-prodott.
It-trademark li ġejja hija proprjetà ta' Olink Proteomics AB: Olink®.
Dan il-prodott huwa kopert minn diversi privattivi u applikazzjonijiet għal privattivi disponibbli fuq https://www.olink.com/patents/.
© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. It-trademarks kollha ta' partijiet terzi huma l-proprjetà tas-sidien rispettivi tagħhom. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, l-Isvezja
1192, v1.1, 2021-12-13

Dokumenti / Riżorsi

Olink Esplora Sekwenzar billi tuża NextSeq 550 [pdfManwal tal-Utent Esplora Sekwenzar billi tuża NextSeq 550, Esplora Sekwenzar, billi tuża NextSeq 550, NextSeq 550

Referenzi

• Manwal għall-Utent