Olink NextSeq 550 Esplora Manwal għall-Utent tas-Sekwenzar

Olink® Explore hija pjattaforma immunoassay multiplex għall-iskoperta tal-bijomarkaturi tal-proteini umani. Il-prodott huwa maħsub għall-Użu tar-Riċerka biss, u mhux għall-użu fi proċeduri dijanjostiċi. Ix-xogħol tal-laboratorju għandu jitmexxa biss minn persunal tal-laboratorju mħarreġ. L-ipproċessar tad-dejta għandu jsir biss minn persunal imħarreġ. Ir-riżultati huma maħsuba biex jintużaw mir-riċerkaturi flimkien ma 'sejbiet kliniċi jew tal-laboratorju oħra.

Dwar dan il-manwal

Dan il-Manwal għall-Utent jipprovdi l-istruzzjonijiet meħtieġa għas-sekwenza tal-Libreriji Olink® Esplora fuq Illumina® NextSeq™ 550. L-istruzzjonijiet għandhom jiġu segwiti b'mod strett u espliċitu. Kwalunkwe devjazzjoni matul il-passi tal-laboratorju tista' tirriżulta f'dejta indebolita. Qabel ma tibda l-fluss tax-xogħol tal-laboratorju, ikkonsulta l-Olink® Explore Overview Manwal għall-Utent għal introduzzjoni għall-pjattaforma, inkluża informazzjoni dwar reaġenti, tagħmir u dokumentazzjoni meħtieġa, u fuqview tal-fluss tax-xogħol, kif ukoll linji gwida tal-laboratorju. Għal struzzjonijiet dwar kif tħaddem il-Kits tar-Reaġenti Olink® Explore, irreferi għall-Manwal tal-Utent Olink® Explore applikabbli. Għall-ipproċessar tad-dejta u l-analiżi tar-riżultati tas-sekwenza Olink® Explore, irreferi għall-Manwal tal-Utent Olink® NPX Explore. It-trademarks u d-drittijiet tal-awtur kollha li jinsabu f'dan il-materjal huma proprjetà ta 'Olink® Proteomics AB, sakemm ma jkunx iddikjarat mod ieħor.

Appoġġ tekniku

Għal appoġġ tekniku, ikkuntattja lil Olink Proteomics fuq support@olink.com.

Struzzjonijiet tal-laboratorju

Dan il-kapitlu jipprovdi struzzjonijiet dwar kif issekwenzja l-Libreriji Olink fuq NextSeq™ 550 billi tuża NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Ċiklu). Il-protokoll użat għas-sekwenzjar huwa adattament tal-fluss tax-xogħol standard Illumina® NGS għal Illumina® NextSeq™ 550. Qabel ma tipproċedi għas-sekwenzjar, kun żgur li l-kwalità tal-Librerija purifikata tkun ġiet ivverifikata. Irreferi għall-Manwal tal-Utent Olink Explore applikabbli għal struzzjonijiet dwar il-kontroll tal-kwalità.

Ippjana l-ġirja tas-sekwenzjar

Librerija Olink waħda tista' tiġi sekwenzata għal kull ċellula tal-fluss NextSeq™ 550 High Output u għal kull ġirja. In-numru ta' ċelluli tal-fluss ta' Produzzjoni Għolja u ġirjiet meħtieġa għas-sekwenza tal-Kits tar-Reaġent Olink Explore differenti huwa deskritt f'Tabella 1. Jekk tkun meħtieġa aktar minn ġirja waħda, irrepeti l-istruzzjonijiet deskritti f'dan il-manwal.

Tabella 1. Ippjanar tal-ġirja tas-sekwenzjar

Olink® Esplora Kit Reaġent	Numru ta' Libreriji Olink	Numru ta' ċelluli tal-fluss u run(s)
Olink® Esplora 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Esplora 4 x 384 Kit Reaġent	4	4
Olink® Esplora 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Esplora Kit Reaġent ta' Espansjoni	4	4
Olink® Esplora 3072 Reagent Kit	8	8

Installa riċetta personalizzata Olink®

Matul dan il-pass, ir-riċetta tad-dwana Olink® hija installata fuq NextSeq™ 550. Dan il-pass jeħtieġ li jsir darba biss, qabel ma titwettaq ġirja ta' sekwenza Olink għall-ewwel darba.

NOTA: Ir-riċetta tad-dwana Olink taħdem biss mal-Kits ta' Output Għoli NextSeq™ 500/550 u s-Software ta' Kontroll NextSeq™ 4.0.

Unzip u poġġi r-riċetta personalizzata Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 fil-folder li ġej tal-istrument NextSeq™ 550: C:\Programm Files\Illumina\NextSeq Control Software\Riċetta\Custom\High\.
Taħt Personalizzazzjoni tas-Sistema > Immaniġġja l-Istrument, ippermetti Riċetti Custom. Jekk ma tkunx magħżula, l-għażla tar-riċetta tad-dwana ma tidhirx waqt is-setup tal-ġirja.

NOTA

Fil-verżjoni tas-softwer NCS 4.0, l-għażla li tagħżel riċetta tad-dwana se sseħħ biss wara li jitgħabba l-iskartoċċ tar-reaġent, mhux fil-paġna tas-setup preċedenti.

Il-ġirja għandha tkun issettjata fil-mod manwali biex tippermetti riċetti personalizzati.

Ipprepara reaġenti tas-sekwenzjar

Matul dan il-pass, l-iskartoċċ tar-reaġent li jkun fih reaġenti ta 'raggruppament u sekwenzar jinħall u ċ-ċellula tal-fluss tiġi ppreparata.

Ipprepara skartoċċ tar-reaġent

TWISSIJA: L-iskartoċċ tar-reaġent fih kimiċi potenzjalment perikolużi. Ilbes tagħmir protettiv adegwat u armi r-reaġenti użati skont l-istandards applikabbli. Għal aktar informazzjoni, irreferi għall-Gwida tas-Sistema Illumina NextSeq 550 (dokument #15069765).

Ipprepara bank

1x NextSeq™ 500/550 Skartoċċ tar-Reaġent ta' Produzzjoni Għolja v2 (75 ċiklu).

Istruzzjonijiet

Poġġi l-iskartoċċ tar-reaġent iffriżat nofsu mgħaddas f'ilma ittemprat tal-kamra u ħallih jinħall għal siegħa. Kun żgur li l-ġibjuni kollha tar-reaġent tal-iskrataċ huma kompletament imdewweb.
- NOTA: Għall-konvenjenza, ħoll l-iskartoċċ il-ġurnata ta’ qabel u aħżen matul il-lejl f’4 °C. F'din it-temperatura, ir-reaġenti huma stabbli sa ġimgħa.
Nixxef il-bażi tal-iskartoċċ sewwa b'xugaman tal-karti u nixxef is-siġilli tal-fojl b'tissu mingħajr lint jekk meħtieġ.
Aqleb l-iskartoċċ għaxar darbiet biex tħallat sewwa r-reaġenti imdewweb ġewwa.
Tektek l-iskartoċċ bil-mod fuq il-bank biex tneħħi l-bżieżaq tal-arja. Aħżen l-iskartoċċ f'temperatura ambjentali jekk se jintuża fi żmien 4 sigħat.

Ipprepara ċellola tal-fluss

Ipprepara bank

1x NextSeq™ 500/550 Ċellula ta' Fluss ta' Produzzjoni Għolja v2.5.

Istruzzjonijiet

Ġib iċ-ċellula tal-fluss refriġerata għat-temperatura tal-kamra għal 30 minuta.
Qiegħed ingwanti ġodda ħielsa mit-trab (biex tevita li tikkontamina l-wiċċ tal-ħġieġ taċ-ċellula tal-fluss).
Meta tkun lesta biex tgħabbi ċ-ċellula tal-fluss fl-istrument, neħħi ċ-ċellula tal-fluss mill-pakkett u l-qoxra tal-plastik.
Spezzjona ċ-ċellula tal-fluss. Jekk il-partikuli jew it-trab huma viżibbli fuq kwalunkwe uċuħ tal-ħġieġ, naddaf il-wiċċ applikabbli b'imsaħ tal-alkoħol isopropil mingħajr lint u nixxfu b'tessut tal-laboratorju b'lint baxx.

Ipprepara Olink® Librerija għas-sekwenzjar

Matul dan il-pass, dilwizzjonijiet ta 'NaOH u Tris-HCl huma ppreparati, u l-Librerija Olink purifikata u kkontrollata ta' kwalità hija dilwita u żnaturata f'passi sekwenzjali.

Ipprepara dilwizzjoni ta' NaOH

Id-dilwizzjoni tan-NaOH tintuża biex tiżnatura l-Libreriji.

Ipprepara bank

Stokk ta' NaOH 1 N
MilliQ ilma
1x Tubu mikroċentrifugu (1.5 mL)

Pipetta manwali (10–100 μL)
Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda

Immarka t-tubu tal-mikroċentrifuga "0.2 N NaOH".

Istruzzjonijiet

Ipprepara dilwizzjoni ta’ NaOH 0.2 N fit-Tubu ta’ NaOH 0.2 N skont it-Tabella 2.
Vortex it-Tube NaOH 0.2 N sewwa u dawwar 'l isfel. Uża fi żmien 12-il siegħa.

Tabella 2. Dilwizzjoni ta '0.2 N NaOH

Reaġent	Volum (μL)
MilliQ ilma	80
Stokk ta' NaOH 1 N	20

Ipprepara dilwizzjoni Tris-HCl

Id-dilwizzjoni Tris-HCl tintuża biex tinnewtralizza l-Librerija denaturata.

Ipprepara bank

Stokk 1 M Tris-HCl pH 7.0 (soluzzjoni ta' idroklorur Trizma®)
MilliQ ilma

1x Tubu mikroċentrifugu (1.5 mL)
Pipetta manwali (10–100 μL)
Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda

Immarka t-tubu tal-mikroċentrifuga “Tris-HCl”

Istruzzjonijiet

Ipprepara dilwizzjoni ta' 200 mM Tris-HCl fit-Tubu Tris-HCl skont it-Tabella 3.
Vortex it-Tubu Tris-HCl sewwa u dawwar 'l isfel.

Tabella 3. Dilwizzjoni ta '200 mM Tris-HCl

Reaġent	Volum (μL)
MilliQ ilma	80
Stokk 1M Tris-HCl pH 7.0 (soluzzjoni ta' idroklorur Trizma®)	20

Iddilwa Libreriji Olink®

Matul dan il-pass, il-Librerija Olink purifikata u kkontrollata ta 'kwalità hija dilwita 1:33.

Ipprepara bank

Lib Tube, ippreparat skont il-Manwal tal-Utent Olink Explore applikabbli

MilliQ ilma
1x Tubu mikroċentrifugu (1.5 mL)
Pipetti manwali (0.5–10 u 100–1000 μL)

Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda

Ħoll il-Lib Tube jekk iffriżat.

Immarka t-tubu tal-mikroċentrifuga l-ġdid: "Dil".

Istruzzjonijiet

Żid 96 μL ta' ilma MilliQ mat-Tubu Dil.

Vortex it-Tubu Lib u dawwar 'l isfel fil-qosor.
Ittrasferixxi 3 μL mit-Tubu Lib għat-Tubu Dil.
Vortex it-Tubu Dil u dawwar 'l isfel fil-qosor.

NOTA: Aħżen it-Tubu(i) Lib f'-20 °C f'każ ta' rerun(i) potenzjali.

Żnatura u ddilwixxi l-Librerija Olink® sal-konċentrazzjoni finali tat-tagħbija

Matul dan il-pass, il-Librerija Olink dilwita tiġi żnaturata u aktar dilwita sal-konċentrazzjoni tat-tagħbija finali.

Ipprepara bank

Dil Tube, ippreparat fil-pass preċedenti
0.2 N NaOH dilwizzjoni, ippreparat frisk fil-pass preċedenti
200 mM Tris-HCl (pH 7.0) dilwizzjoni, ippreparat fil-pass preċedenti

Buffer ta' ibridizzazzjoni 1 (HT1) inkluż fil-Kaxxa tal-Aċċessorji NextSeq™ v2
2x Tubi Mikroċentrifuga (1.5 mL u 2 mL)
Pipetti manwali (0.5–10 u 100–1000 μL)

Iffiltra l-ponot tal-pipetta

Qabel ma tibda

Ħoll il-buffer HT1 iffriżat f'temperatura ambjentali. Aħżen f'+4 °C sakemm tuża.

Immarka t-tubu mikroċentrifugu ġdid ta' 1.5 mL: "Den" (għall-Librerija denaturata).
Immarka t-tubu mikroċentrifugu ġdid ta’ 2 mL: “Seq” (għall-Librerija lesta biex titgħabba).

Istruzzjonijiet

Ittrasferixxi 5 μL mit-Tube Dil għad-Den Tube.
Żid 5 μL ta' 0.2 N NaOH mad-Den Tube.
Vortex id-Den Tube u dawwar 'l isfel fil-qosor.

Inkuba d-Den Tube għal 5 minuti f'temperatura tal-kamra biex tiżnatura l-Librerija.
Żid 5 μL ta' 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) mad-Den Tube biex tinnewtralizza r-reazzjoni.
Vortex id-Den Tube u dawwar 'l isfel fil-qosor.

Żid 985 μL ta' HT1 imkessaħ minn qabel mad-Den Tube.
Vortex id-Den Tube u dawwar 'l isfel fil-qosor. It-tubu jista' jinħażen f'+4 °C sakemm jintuża (l-istess jum).
Ittrasferixxi 205 μL mid-Den Tube għas-Seq Tube.

Żid 1095 μL ta' HT1 imkessaħ minn qabel mas-Seq Tube.
Aqleb is-Seq Tube biex tħallat ir-reaġenti u dawwarha għal ftit żmien. Il-volum tat-tagħbija finali huwa 1.3 mL.
Immedjatament kompli 2.5 Wettaq ġirja tas-sekwenzjar Olink®.

Wettaq ġirja ta' sekwenzar Olink®

Matul dan il-pass, l-iskartoċċ tal-buffer, iċ-ċellula tal-fluss u l-iskartoċċ tar-reaġent ippreparat li fih il-Librerija Olink huma mgħobbija fil-NextSeq 550, u l-ġirja tas-sekwenzjar tinbeda bl-użu tar-riċetta personalizzata Olink.

Ipprepara bank

Seq Tube (bil-Librerija lesta għat-tagħbija), ippreparat fil-pass preċedenti

1x NextSeq™ 500/550 Skartoċċ tar-Reaġent ta' Produzzjoni Għolja v2, ippreparat fil-pass preċedenti
1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, ippreparat fil-pass preċedenti
1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 ċiklu), f'temperatura tal-kamra

Issettja l-parametri tal-ġirja tas-sekwenzjar

Matul dan il-pass, il-parametri tal-ġirja tas-sekwenzjar jintgħażlu fuq NextSeq™ 550.

Fuq l-iskrin Home NextSeq™ 550, agħżel Esperiment.

Fuq l-iskrin Select Assay, agħżel Sequence.
Fil-paġna Run Setup, agħżel Manwal run mode u mbagħad Next.
Issettja l-parametri tal-ġirja kif ġej:
- Fil-qasam Run Name, daħħal ID uniku tal-esperiment.
- Fil-field ID tal-Librerija, daħħal l-ID tal-Librerija li qed tħaddem (mhux obbligatorju).
- Fil-qasam tat-Tip ta 'Aqra, agħżel l-għażla Qari Uniku.
- Daħħal in-numru ta' ċikli kif ġej:
  - Aqra 1: 24
  - Indiċi 1: 0
  - Indiċi 2: 0
  - Aqra 2: 0
  - IMPORTANTI: Huwa kruċjali li Read 1 huwa ssettjat għal 24, inkella l-ġirja kollha tfalli.
- Żomm il-kaxxa ta' kontroll għal primers personalizzati mhux magħżula.
- Issettja l-post tal-folder tal-output għad-dejta mhux ipproċessata tal-ġirja kurrenti. Agħżel Ibbrawżja biex tibdel il-post tal-fowlder tal-produzzjoni.
Twaqqafx Sample Sheet.

Agħżel Purge konsumabbli għal din il-ġirja.
Agħżel Li jmiss.

Tagħbija ċ-ċellula tal-fluss f'NextSeq™ 550

Neħħi ċ-ċellula tal-fluss użata mill-ġirja preċedenti.
Poġġi ċ-ċellula tal-fluss ippreparata l-ġdida fuq is-stage.
Agħżel Tagħbija. Il-bieb jingħalaq awtomatikament.

Meta l-ID taċ-ċellula tal-fluss tidher fuq l-iskrin u s-sensuri jiġu kkontrollati bl-aħdar, agħżel Li jmiss.

Battal il-kontenitur tar-reaġent

TWISSIJA: Dan is-sett ta' reaġenti fih kimiċi potenzjalment perikolużi. Ilbes tagħmir protettiv adegwat u armi r-reaġenti użati skont l-istandards applikabbli. Għal aktar informazzjoni, irreferi għall-Gwida tas-Sistema Illumina NextSeq 550.

Iftaħ il-bieb tal-kompartiment tal-buffer, neħħi l-kontenitur tar-reaġenti eżawriti mill-kompartiment t'isfel, u armi l-kontenut skont l-istandards applikabbli.

Żerżaq il-kontenitur vojt tar-reaġent lura fil-kompartiment tal-buffer t'isfel. Klikk li tinstema' tindika li l-kontenitur huwa mqiegħed sew.

Tagħbija buffer cartridge

Neħħi l-iskartoċċ tal-buffer użat mill-kompartiment tal-buffer ta' fuq u armi l-kontenut skont l-istandards applikabbli.

Żerżaq skartoċċ buffer ġdid fil-kompartiment tal-buffer ta' fuq. Klikk li tinstema' tindika li l-iskartoċċ huwa mqiegħed sew. Kun żgur li l-ID tal-kartuċċa tal-buffer tidher fuq l-iskrin u li s-sensuri huma kkontrollati bl-aħdar.
Agħlaq il-bieb tal-kompartiment tal-buffer u agħżel Li jmiss.

Tagħbija skartoċċ tar-reaġent

Iftaħ il-bieb tal-kompartiment tar-reaġent, neħħi l-iskartoċċ tar-reaġent użat, u armi l-kontenut mhux użat skont l-istandards applikabbli. Il-ġibjun fil-pożizzjoni 6 jista 'jitneħħa biex jiffaċilita r-rimi sikur.
Ittaqqab is-siġill tal-ġibjun #10 ittikkettat bħala “Load Library Here” b’ponta nadifa ta’ pipetta ta’ 1 mL.
Tagħbija 1.3 mL il-Librerija Olink mis-Seq Tube fil-ġibjun #10 immarkat bħala "Load Library Here".
Żerżaq l-iskartoċċ tar-reaġent il-ġdid fil-kompartiment tar-reaġent u agħlaq il-bieba tal-kompartiment tar-reaġent.
Agħżel Tagħbija u stenna għal ~30 sekonda sakemm l-ID tal-iskartoċċ tar-reaġent jidher fuq l-iskrin u s-sensuri jiġu ċċekkjati bl-aħdar.
Mil-lista drop-down tar-Riċetta, agħżel l-għażla tar-riċetta [Custom] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1".
- IMPORTANTI: Kun żgur li r-riċetta tad-dwana kienet installata qabel fl-istrument. Irreferi għal 2.2 Installa riċetta personalizzata Olink®.
Agħżel Li jmiss.

Ibda l-ġirja tas-sekwenzjar

Ikkonferma l-parametri tal-ġirja murija fuq ir-Review skrin. Biex teditja kwalunkwe parametru, agħfas Back biex terġa' lura għall-iskrin Run Setup.
Agħżel Li jmiss. Il-ġirja tibda wara kontroll awtomatiku ta' qabel il-ġirja. Il-ħin tal-ġirja tas-sekwenzjar huwa ta' madwar 7h30 min.
IMPORTANTI: Kun żgur li l-ġirja tibda meta l-kontroll awtomatiku ta 'qabel il-ġirja jkun tlesta (~5 minuti).
1. NOTAGħal kwalunkwe fallimenti ta' kontroll ta' qabel it-tħaddim, irreferi għall-istruzzjonijiet tal-manifattur.
2. NOTA: Oqgħod attent li ma tħabbatx jew inkella tfixkel il-NextSeq™ 550 waqt il-ġirja tas-sekwenzjar. L-istrument huwa sensittiv għall-vibrazzjonijiet.
Naddaf iż-żona tax-xogħol.
1. NOTA: Meta titlesta l-ġirja tas-sekwenzjar, is-softwer jibda ħasla awtomatika ta' wara t-tħaddim billi juża s-soluzzjonijiet tal-ħasil ipprovduti fl-iskartoċċ buffer u n-NaOCl ipprovdut fl-iskartoċċ tar-reaġent. Din il-ħasla tieħu madwar 90 minuta. Il-buttuna Home ssir attiva ladarba titlesta l-ħasil. Skrataċ użati u ċellola tal-fluss jistgħu jitħallew f'posthom sal-run li jmiss.

Monitora l-progress tal-ġirja

Olink juża NGS bħala qari biex jikkwantifika l-ammont ta 'sekwenza magħrufa sabiex jistma l-konċentrazzjoni ta' proteina partikolari f'samples (relattiv għal samples). Il-kwalità tad-dejta minn kull ġirja tas-sekwenzjar Esplora hija ddeterminata prinċipalment minn parametri QC uniċi għat-teknoloġija Olink. Għalhekk, metriċi standard ta 'kontroll tal-kwalità użati fl-NGS konvenzjonali, bħal Q-score, huma inqas kritiċi.

Storja tar-reviżjoni

Verżjoni	Data	Deskrizzjoni
1.2	2022-11-01	1.2 Inbidel Olink® Mydata b'Olink® NPX Explore. 2.4 Miżjud 0.2 N ma Qabel ma tibda.
1.1	2021-12-13	Bidliet editorjali
1.0	2021-12-01	Ġdid

www.olink.com

Għal Użu ta' Riċerka Biss. Mhux għall-Użu fi Proċeduri Dijanjostiċi.

Dan il-prodott jinkludi liċenzja għall-użu mhux kummerċjali tal-prodotti Olink. L-utenti kummerċjali jistgħu jeħtieġu liċenzji addizzjonali. Jekk jogħġbok ikkuntattja lil Olink Proteomics AB għad-dettalji. M'hemm l-ebda garanziji, espressi jew impliċiti, li jestendu lil hinn minn din id-deskrizzjoni. Olink Proteomics AB mhix responsabbli għal ħsara lill-proprjetà, korriment personali, jew telf ekonomiku kkawżat minn dan il-prodott. It-trademark li ġejja hija proprjetà ta' Olink Proteomics AB: Olink®. Dan il-prodott huwa kopert minn diversi privattivi u applikazzjonijiet għal privattivi disponibbli fuq https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. It-trademarks kollha ta' partijiet terzi huma l-proprjetà tas-sidien rispettivi tagħhom.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, l-Isvezja
1192, v1.2, 2022-11-01

Dokumenti / Riżorsi

Olink NextSeq 550 Esplora Sekwenzar [pdfManwal tal-Utent
NextSeq 550 Esplora Sekwenzar, NextSeq 550, Esplora Sekwenzar, Sekwenzar

Referenzi

Manwal għall-Utent

Olink NextSeq 550 Esplora Sekwenzar

Nota tad-dokument

Introduzzjoni

Struzzjonijiet tal-laboratorju

Ipprepara skartoċċ tar-reaġent

Ipprepara ċellola tal-fluss

Qabel ma tibda

Iddilwa Libreriji Olink®

Żnatura u ddilwixxi l-Librerija Olink® sal-konċentrazzjoni finali tat-tagħbija

Wettaq ġirja ta' sekwenzar Olink®

Battal il-kontenitur tar-reaġent

Storja tar-reviżjoni

Dokumenti / Riżorsi

Referenzi

Ħalli kumment

Ikkanċella tweġiba