Olink Explore Sequencing gan ddefnyddio NextSeq 550
Rhagymadrodd
Defnydd bwriedig
Mae Olink® Explore yn blatfform imiwno-assay amlblecs ar gyfer darganfod biomarcwr protein dynol. Mae'r cynnyrch wedi'i fwriadu at Ddefnydd Ymchwil yn Unig, ac nid ar gyfer ei ddefnyddio mewn gweithdrefnau diagnostig. Dim ond staff labordy hyfforddedig fydd yn rhedeg y gwaith labordy. Dim ond staff hyfforddedig fydd yn prosesu data. Bwriedir i'r canlyniadau gael eu defnyddio gan ymchwilwyr ar y cyd â chanfyddiadau clinigol neu labordy eraill.
Am y llawlyfr hwn
Mae'r Llawlyfr Defnyddiwr hwn yn darparu'r cyfarwyddiadau sydd eu hangen i ddilyniannu Olink® Explore Libraries ar Illumina® NextSeq™ 550. Rhaid dilyn y cyfarwyddiadau yn llym ac yn benodol. Gall unrhyw wyriadau trwy gydol y camau labordy arwain at nam ar y data. Cyn dechrau llif gwaith y labordy, ymgynghorwch â'r Olink® Explore Overview Llawlyfr Defnyddiwr ar gyfer cyflwyniad i'r platfform, gan gynnwys gwybodaeth am adweithyddion, offer a dogfennaeth sydd eu hangen, drosoddview y llif gwaith, yn ogystal â chanllawiau labordy. I gael cyfarwyddiadau ar sut i redeg Pecynnau Adweithydd Olink® Explore, cyfeiriwch at y Llawlyfr Defnyddiwr Olink® Explore perthnasol. Ar gyfer prosesu data a dadansoddi canlyniadau dilyniant Olink® Explore, cyfeiriwch at Ganllaw Defnyddiwr Cwmwl Olink® MyData. Mae'r holl nodau masnach a hawlfraint a gynhwysir yn y deunydd hwn yn eiddo i Olink® Proteomics AB, oni nodir yn wahanol.
Cefnogaeth dechnegol
Am gymorth technegol, cysylltwch â Olink Proteomics yn cefnogaeth@olink.com.
Cyfarwyddiadau labordy
Mae'r bennod hon yn rhoi cyfarwyddiadau ar sut i ddilyniannu Olink Libraries ar NextSeq™ 550 gan ddefnyddio Pecyn Allbwn Uchel NextSeq™ 500/550 v2.5 (75 Cycles). Mae'r protocol a ddefnyddir ar gyfer dilyniannu yn addasiad o lif gwaith safonol Illumina® NGS ar gyfer Illumina® NextSeq™ 550. Cyn symud ymlaen i ddilyniannu, gwnewch yn siŵr bod ansawdd y Llyfrgell buro wedi'i wirio. Cyfeiriwch at y Llawlyfr Defnyddiwr Olink Explore perthnasol am gyfarwyddiadau ar reoli ansawdd.
Cynlluniwch y rhediad dilyniannu
Gellir dilyniannu un Llyfrgell Olink fesul cell llif Allbwn Uchel NextSeq™ 550 ac fesul rhediad. Disgrifir nifer y celloedd llif Allbwn Uchel a'r rhediadau sydd eu hangen i ddilyniannu'r gwahanol Becynnau Adweithydd Olink Explore yn Nhabl 1. Os oes angen mwy nag un rhediad, ailadroddwch y cyfarwyddiadau a ddisgrifir yn y llawlyfr hwn.
Tabl 1.Cynllunio rhediad dilyniannu:
| Pecyn Adweithydd Archwilio Olink® | Nifer y Llyfrgelloedd Olink | Nifer y cell(iau) llif a rhediad(au) |
| Pecyn Adweithydd Olink® Explore 384 | 1 | 1 |
| Pecyn Adweithydd Olink® Explore 4 x 384 | 4 | 4 |
| Pecyn Adweithydd Olink® Explore 1536 | 4 | 4 |
| Pecyn Adweithydd Ehangu Olink® Explore | 4 | 4 |
| Pecyn Adweithydd Olink® Explore 3072 | 8 | 8 |
Gosodwch rysáit arferiad Olink®
Yn ystod y cam hwn, gosodir rysáit arferiad Olink® ar NextSeq™ 550. Dim ond unwaith y mae angen cyflawni'r cam hwn, cyn i rediad dilyniannu Olink gael ei berfformio am y tro cyntaf.
NODYN: Bydd rysáit arferiad Olink ond yn gweithio gyda Phecynnau Allbwn Uchel NextSeq™ 500/550 a Meddalwedd Rheoli NextSeq™ 4.0
- Dadsipio a gosod y rysáit arferiad Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 yn y ffolder ganlynol o'r offeryn NextSeq™ 550: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Meddalwedd Rheoli\Rysáit\Custom\Uchel\.
- O dan Addasu System> Rheoli Offeryn, galluogi Ryseitiau Custom. Os na chaiff ei ddewis, ni fydd yr opsiwn rysáit arferol yn ymddangos yn ystod y gosodiad rhediad.
NODYN: Yn fersiwn meddalwedd NCS 4.0, dim ond ar ôl i'r cetris adweithydd gael ei lwytho y bydd yr opsiwn i ddewis rysáit wedi'i deilwra yn digwydd, nid ar y dudalen gosod cynharach.
NODYN: Rhaid gosod y rhediad yn y modd llaw i ganiatáu ryseitiau arferol.
Paratoi adweithyddion dilyniannu
Yn ystod y cam hwn, mae'r cetris adweithydd sy'n cynnwys adweithyddion clystyru a dilyniannu yn cael ei ddadmer ac mae'r gell llif yn cael ei pharatoi.
Paratoi cetris adweithydd
RHYBUDD: Mae cetris yr adweithydd yn cynnwys cemegau a allai fod yn beryglus. Gwisgwch offer amddiffynnol digonol a thaflwch adweithyddion a ddefnyddiwyd yn unol â safonau cymwys. Am ragor o wybodaeth, cyfeiriwch at Ganllaw System Illumina NextSeq 550 (dogfen #15069765).
Paratoi mainc
- Cetris Adweithydd Allbwn Uchel 1x NextSeq™ 500/550 v2 (75 cylch).
Cyfarwyddiadau
- Rhowch y cetris adweithydd wedi'i rewi wedi'i hanner- boddi mewn dŵr tymherus ystafell a gadewch iddo ddadmer am 1 awr. Gwnewch yn siŵr bod holl gronfeydd dŵr adweithydd y cetris wedi'u dadmer yn llwyr.
NODYN: Er hwylustod, dadmer y cetris y diwrnod cynt a'i storio dros nos ar 4 ° C. Ar y tymheredd hwn, mae adweithyddion yn sefydlog hyd at wythnos. - Sychwch waelod y cetris yn drylwyr gyda thywel papur a chwythwch y seliau ffoil yn sych gyda hances bapur heb lint os oes angen.
- Gwrthdroi'r cetris ddeg gwaith i gymysgu'n drylwyr yr adweithyddion dadmer oddi mewn.
- Tapiwch y cetris yn ysgafn ar y fainc i gael gwared ar swigod aer. Storiwch y cetris ar dymheredd ystafell os caiff ei ddefnyddio o fewn 4 awr.
Paratoi cell llif
Paratoi mainc
- 1x NextSeq™ 500/550 Cell Llif Allbwn Uchel v2.5.
Cyfarwyddiadau
- Dewch â'r gell llif oergell i dymheredd ystafell am 30 munud.
- Gwisgwch fenig newydd heb bowdr (i osgoi halogi wyneb gwydr y gell llif).
- Pan fydd yn barod i lwytho'r gell llif i'r offeryn, tynnwch y gell llif o'r pecyn a'r plisgyn plastig.
- Archwiliwch y gell llif. Os oes gronynnol neu lwch i'w gweld ar unrhyw un o'r arwynebau gwydr, glanhewch yr arwyneb perthnasol gyda sychwr alcohol isopropyl di-lint a'i sychu â hances bapur lint isel.
Paratoi Llyfrgell Olink® ar gyfer dilyniannu
Yn ystod y cam hwn, mae gwanediadau NaOH a Tris-HCl yn cael eu paratoi, ac mae'r Llyfrgell Olink wedi'i buro a'i reoli gan ansawdd yn cael ei wanhau a'i dadnatureiddio mewn camau dilyniannol.
Paratoi gwanhau NaOH
Defnyddir y gwanediad NaOH i ddadnatureiddio'r Llyfrgelloedd.
Paratoi mainc
- 1 N stoc NaOH
- MilliQ dwfr
- Tiwb microcentrifuge 1x (1.5 mL)
- Pibed â llaw (10-100 μL)
- Hidlo awgrymiadau pibed
Cyn i chi ddechrau
Marciwch y tiwb microcentrifuge “NaOH”.
Cyfarwyddiadau
- Paratowch wanediad NaOH 0.2 N yn y Tiwb NaOH yn ôl Tabl 2.
- Vortecsiwch y Tiwb NaOH yn drylwyr a throi i lawr. Defnyddiwch o fewn 12 awr.
Tabl 2. 0.2 N gwanhau NaOH
| Adweithydd | Cyfaint (μL) |
| MilliQ dwfr | 80 |
| 1 N stoc NaOH | 20 |
2.4.2 Paratoi gwanhau Tris-HCl
Defnyddir y gwanhau Tris-HCl i niwtraleiddio'r Llyfrgell annaturedig.
Paratoi mainc
- Stoc 1 M Tris-HCl pH 7.0 (hydoddiant hydroclorid Trizma®)
- MilliQ dwfr
- Tiwb microcentrifuge 1x (1.5 mL)
- Pibed â llaw (10-100 μL)
- Hidlo awgrymiadau pibed
Cyn i chi ddechrau
- Marciwch y tiwb microcentrifuge “Tris-HCl”
Cyfarwyddiadau
- Paratowch wanediad Tris-HCl 200 mM yn y Tiwb Tris-HCl yn ôl Tabl 3.
- Vortecsiwch y Tiwb Tris-HCl yn drylwyr a'i droelli i lawr.
Tabl 3. Gwaniad Tris-HCl 200 mM:
| Adweithydd | Cyfaint (μL) |
| MilliQ dwfr | 80 |
| Stoc 1M Tris-HCl pH 7.0 (hydoddiant hydroclorid Trizma®) | 20 |
Llyfrgelloedd Olink® gwanedig
Yn ystod y cam hwn, mae'r Llyfrgell Olink wedi'i buro a'i reoli gan ansawdd yn cael ei wanhau 1:33.
Paratoi mainc
- Lib Tube, a baratowyd yn unol â Llawlyfr Defnyddiwr Olink Explore perthnasol
- MilliQ dwfr
- Tiwb microcentrifuge 1x (1.5 mL)
- Pibedi â llaw (0.5-10 a 100-1000 μL)
- Hidlo awgrymiadau pibed
Cyn i chi ddechrau
- Dadmer y Lib Tube os yw wedi rhewi.
- Marciwch y tiwb microcentrifuge newydd: “Dil”.
Cyfarwyddiadau
- Ychwanegu 96 μL o ddŵr MilliQ i'r Tiwb Dil.
- Vortex y Lib Tube a'i droelli i lawr yn fyr.
- Trosglwyddo 3 μL o'r Lib Tube i'r Tiwb Dil.
- Vortecsiwch y Dil Tube a'i droelli i lawr yn fyr
Dadnatureiddio a gwanhau Llyfrgell Olink® i'r crynodiad llwytho terfynol
Yn ystod y cam hwn, mae'r Llyfrgell Olink gwanedig yn cael ei dadnatureiddio a'i wanhau ymhellach i'r crynodiad llwytho terfynol.
Paratoi mainc
- Dil Tube, a baratowyd yn y cam blaenorol
- 0.2 N gwanhau NaOH, wedi'i baratoi'n ffres yn y cam blaenorol
- 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) gwanhau, a baratowyd yn y cam blaenorol
- Clustog hybrideiddio 1 (HT1) wedi'i gynnwys ym Mlwch Affeithiwr NextSeq™ v2
- Tiwbiau microcentrifuge 2x (1.5 mL a 2 mL)
- Pibedi â llaw (0.5-10 a 100-1000 μL)
- Hidlo awgrymiadau pibed
Cyn i chi ddechrau
- Dadmer y byffer HT1 wedi'i rewi ar dymheredd ystafell. Storio ar +4 ° C nes ei ddefnyddio.
- Marciwch y tiwb microcentrifuge 1.5 mL newydd: “Den” (ar gyfer y Llyfrgell annaturedig).
- Marciwch y tiwb microcentrifuge 2 mL newydd: “Seq” (ar gyfer y Llyfrgell barod i'w llwytho).
Cyfarwyddiadau
- Trosglwyddwch 5 μL o'r Tiwb Dil i'r Tiwb Den.
- Ychwanegu 5 μL o 0.2 N NaOH i'r Tiwb Den.
- Vortex the Den Tube a'i droelli i lawr yn fyr.
- Deorwch y Tiwb Ffau am 5 munud ar dymheredd ystafell i ddadnatureiddio'r Llyfrgell.
- Ychwanegu 5 μL o 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) i'r Tiwb Den i niwtraleiddio'r adwaith.
- Vortex the Den Tube a'i droelli i lawr yn fyr.
- Ychwanegu 985 μL o HT1 wedi'i oeri ymlaen llaw i'r Tiwb Den.
- Vortex the Den Tube a'i droelli i lawr yn fyr. Gellir storio'r tiwb ar +4 ° C nes ei ddefnyddio (yr un diwrnod).
- Trosglwyddo 205 μL o'r Tiwb Den i'r Tiwb Seq.
- Ychwanegu 1095 μL o HT1 wedi'i oeri ymlaen llaw i'r Tiwb Seq.
- Gwrthdroi'r Tiwb Seq i gymysgu'r adweithyddion a'i droelli i lawr yn fyr. Y gyfaint llwytho terfynol yw 1.3 mL.
- Parhewch ar unwaith i 2.5 Perfformio rhediad dilyniannu Olink®.
Perfformio rhediad dilyniannu Olink®
Yn ystod y cam hwn, mae'r cetris byffer, y gell llif a'r cetris adweithydd parod sy'n cynnwys y Llyfrgell Olink yn cael eu llwytho i'r NextSeq 550, a dechreuir y rhediad dilyniannu gan ddefnyddio rysáit arferiad Olink.
Paratoi mainc
- Seq Tube (gyda Llyfrgell barod i'w llwytho), a baratowyd yn y cam blaenorol
- Cetris Adweithydd Allbwn Uchel 1x NextSeq™ 500/550 v2, a baratowyd yn y cam blaenorol
- Cell Llif Allbwn Uchel 1x NextSeq™ 500/550 v2.5, a baratowyd yn y cam blaenorol
- 1x NextSeq™ 500/550 Clustogi Cetris v2 (75 cylch), ar dymheredd ystafell
Sefydlu paramedrau rhediad dilyniannu
Yn ystod y cam hwn, dewisir paramedrau rhediad dilyniannu ar y NextSeq™ 550.
- Ar sgrin Cartref NextSeq™ 550, dewiswch Arbrofi.
- Ar y sgrin Dewis Assay, dewiswch Sequence.
- Yn y dudalen Run Setup, dewiswch Modd rhedeg â llaw ac yna Nesaf.
- Gosodwch y paramedrau rhedeg fel a ganlyn:
- Yn y maes Enw Rhedeg, rhowch ID arbrawf unigryw.
- Yn y maes ID Llyfrgell, rhowch ID y Llyfrgell rydych chi'n ei rhedeg (dewisol).
- Yn y maes Darllen Math, dewiswch yr opsiwn Darllen Sengl.
- Nodwch nifer y cylchoedd fel a ganlyn:
- Darllenwch 1:24
- Mynegai 1:0
- Mynegai 2:0
- Darllenwch 2:0
- Cadwch y blwch ticio ar gyfer paent preimio personol heb ei ddewis.
- Gosodwch leoliad y ffolder allbwn ar gyfer y data crai rhedeg cyfredol. Dewiswch Pori i newid lleoliad y ffolder allbwn.
- Peidiwch â sefydlu Sample Taflen.
- Dewiswch nwyddau traul Purge ar gyfer y rhediad hwn.
- Dewiswch Nesaf.
Llwytho cell llif i NextSeq™ 550
- Tynnwch y gell llif a ddefnyddiwyd o'r rhediad blaenorol.
- Rhowch y gell llif parod newydd ar yr stage.
- Dewiswch Llwyth. Mae'r drws ar gau yn awtomatig.
- Pan fydd ID y gell llif yn ymddangos ar y sgrin a'r synwyryddion yn cael eu gwirio mewn gwyrdd, dewiswch Nesaf
Gwagiwch y cynhwysydd adweithydd
RHYBUDD: Mae'r set hon o adweithyddion yn cynnwys cemegau a allai fod yn beryglus. Gwisgwch offer amddiffynnol digonol a thaflwch adweithyddion a ddefnyddiwyd yn unol â safonau cymwys. Am ragor o wybodaeth, cyfeiriwch at Ganllaw System Illumina NextSeq 550.
- Agorwch ddrws y compartment byffer, tynnwch y cynhwysydd adweithyddion wedi'i wario o'r adran isaf, a gwaredwch y cynnwys yn unol â safonau cymwys.
- Sleidiwch y cynhwysydd adweithydd gwag yn ôl i'r adran glustogi isaf. Mae clic clywadwy yn dangos bod y cynhwysydd wedi'i osod yn gywir.
Llwytho cetris byffer
- Tynnwch y cetris byffer a ddefnyddir o'r adran glustogi uchaf a gwaredwch y cynnwys yn unol â safonau cymwys.
- Llithro cetris glustogi newydd i'r adran glustogi uchaf. Mae clic clywadwy yn dangos bod y cetris wedi'i gosod yn gywir. Sicrhewch fod ID y cetris byffer yn ymddangos ar y sgrin a bod y synwyryddion yn cael eu gwirio mewn gwyrdd.
- Caewch ddrws y compartment byffer a dewiswch Next.
Llwytho cetris adweithydd
- Agorwch ddrws y compartment adweithydd, tynnwch y cetris adweithydd a ddefnyddir, a gwaredwch y cynnwys nas defnyddiwyd yn unol â safonau cymwys. Gellir symud y gronfa ddŵr yn safle 6 i hwyluso gwaredu diogel.
- Tyllu sêl y gronfa ddŵr #10 sydd wedi'i labelu fel “Llwytho Llyfrgell Yma” gyda blaen pibed glân 1 ml.
- Llwythwch 1.3 mL y Llyfrgell Olink o'r Seq Tube i gronfa ddŵr #10 wedi'i labelu fel “Llwytho Llyfrgell Yma”.
- Llithro'r cetris adweithydd newydd i mewn i'r adran adweithydd a chau drws y compartment adweithydd.
- Dewiswch Llwytho ac aros am ~30 eiliad nes bod ID cetris yr adweithydd yn ymddangos ar y sgrin a bod y synwyryddion yn cael eu gwirio mewn gwyrdd.
- O'r gwymplen Rysáit, dewiswch yr opsiwn rysáit [Custom] “Olink_NSQ550_HighOutput_V1”.
- Dewiswch Nesaf.
Dechrau dilyniannu rhediad
- Cadarnhewch y paramedrau rhedeg a ddangosir ar y Review sgrin. I olygu unrhyw baramedrau, pwyswch Back i ddychwelyd i'r sgrin Run Setup.
- Dewiswch Nesaf. Mae'r rhediad yn dechrau ar ôl gwiriad rhag-redeg awtomatig. Mae'r amser rhedeg dilyniannu tua 7h30 munud.
- Glanhewch yr ardal waith.
NODYN: Pan fydd y rhediad dilyniannu wedi'i gwblhau, mae'r meddalwedd yn cychwyn golchiad ôl-redeg awtomatig gan ddefnyddio'r toddiannau golchi a ddarperir yn y cetris byffer a'r NaOCl a ddarperir yn y cetris adweithydd. Mae'r golchiad hwn yn cymryd tua 90 munud. Daw'r botwm Cartref yn weithredol unwaith y bydd y golchi wedi'i gwblhau. Gellir gadael cetris wedi'u defnyddio a chetris llif yn eu lle tan y rhediad nesaf.
Monitro cynnydd y rhediad
Mae Olink yn defnyddio NGS fel allddarlleniad i fesur maint dilyniant hysbys er mwyn amcangyfrif crynodiad protein penodol mewn samples (o'i gymharu ag eraill samples). Mae ansawdd data o bob rhediad dilyniannu Explore yn cael ei bennu'n bennaf gan baramedrau QC sy'n unigryw i dechnoleg Olink. Felly, mae metrigau rheoli ansawdd safonol a ddefnyddir mewn NGS confensiynol, megis sgôr Q, yn llai hanfodol.
Hanes adolygu
| Fersiwn | Dyddiad | Disgrifiad |
| 1.1 | 2021-12-13 | Newidiadau golygyddol |
| 1.0 | 2021-12-01 | Newydd |
www.olink.com
At Ddefnydd Ymchwil yn Unig. Ddim i'w Ddefnyddio mewn Gweithdrefnau Diagnostig.
Mae'r cynnyrch hwn yn cynnwys trwydded ar gyfer defnydd anfasnachol o gynhyrchion Olink. Efallai y bydd angen trwyddedau ychwanegol ar ddefnyddwyr masnachol. Cysylltwch â Olink
Proteomeg AB am fanylion. Nid oes unrhyw warantau, wedi'u mynegi neu eu hawgrymu, sy'n ymestyn y tu hwnt i'r disgrifiad hwn. Nid yw Olink Proteomics AB yn atebol am ddifrod i eiddo, anaf personol, neu golled economaidd a achosir gan y cynnyrch hwn.
Mae'r nod masnach canlynol yn eiddo i Olink Proteomics AB: Olink®.
Mae'r cynnyrch hwn wedi'i gwmpasu gan nifer o batentau a cheisiadau patent sydd ar gael yn https://www.olink.com/patents/.
© Hawlfraint 2021 Olink Proteomics AB. Mae pob nod masnach trydydd parti yn eiddo i'w perchnogion priodol. Proteomeg Olink, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden
1192, v1.1, 2021-12-13
Dogfennau / Adnoddau
 |
Olink Explore Sequencing gan ddefnyddio NextSeq 550 [pdfLlawlyfr Defnyddiwr Archwiliwch Dilyniannu gan ddefnyddio NextSeq 550, Archwiliwch Dilyniannu, gan ddefnyddio NextSeq 550, NextSeq 550 |
