Olink NextSeq 550 Ṣawari Afọwọṣe Olumulo Ṣiṣe-tẹle

Olink® Explore jẹ pẹpẹ imunoassay multiplex fun iṣawari biomarker amuaradagba eniyan. Ọja naa jẹ ipinnu fun Lilo Iwadi Nikan, kii ṣe fun lilo ninu awọn ilana iwadii aisan. Iṣẹ ile-iyẹwu yoo jẹ ṣiṣe nipasẹ awọn oṣiṣẹ ile-iṣẹ ti oṣiṣẹ nikan. Ṣiṣẹ data yoo ṣee ṣe nipasẹ oṣiṣẹ oṣiṣẹ nikan. Awọn abajade jẹ itumọ lati jẹ lilo nipasẹ awọn oniwadi ni apapo pẹlu awọn iwadii ile-iwosan miiran tabi yàrá.

Nipa yi Afowoyi

Itọsọna Olumulo yii n pese awọn ilana ti o nilo lati tẹle Olink® Ṣawari Awọn ile-ikawe lori Illumina® NextSeq™ 550. Awọn ilana gbọdọ wa ni muna ati tẹle ni gbangba. Eyikeyi iyapa jakejado awọn igbesẹ yàrá le ja si data ailagbara. Ṣaaju ki o to bẹrẹ iṣan-iṣẹ yàrá, kan si Olink® Explore Overview Itọsọna olumulo fun ifihan si pẹpẹ, pẹlu alaye nipa awọn reagents, itanna ati iwe ti nilo, ohun pariview ti iṣan-iṣẹ, bi daradara bi awọn itọnisọna yàrá. Fun awọn ilana lori bi o ṣe le ṣiṣẹ Olink® Explore Reagent Kits, tọka si Itọsọna olumulo Olink® Ṣawari ti o wulo. Fun sisẹ data ati itupalẹ awọn abajade ti o tẹle Olink® Ṣawari, tọka si Olink® NPX Ṣawari Itọsọna olumulo. Gbogbo awọn aami-išowo ati awọn aṣẹ lori ara ti o wa ninu ohun elo yii jẹ ohun-ini ti Olink® Proteomics AB, ayafi bibẹẹkọ ti sọ.

Oluranlowo lati tun nkan se

Fun atilẹyin imọ-ẹrọ, kan si Olink Proteomics ni support@olink.com.

Awọn ilana yàrá

Ipin yii n pese awọn itọnisọna lori bi o ṣe le tẹle awọn ile-ikawe Olink lori NextSeq™ 550 ni lilo NextSeq™ 500/550 Ohun elo Ijade giga v2.5 (Awọn Yiyi 75). Ilana ti a lo fun tito-tẹle jẹ aṣamubadọgba ti iṣan-iṣẹ iṣan-iṣẹ Illumina® boṣewa NGS fun Illumina® NextSeq™ 550. Ṣaaju ki o to tẹsiwaju si tito-tẹle, rii daju pe didara Ile-ikawe mimọ ti jẹri. Tọkasi Itọsọna Olumulo Olink Ṣawari ti o wulo fun awọn itọnisọna nipa iṣakoso didara.

Gbero ṣiṣe ṣiṣe atẹle naa

Ile-ikawe Olink kan le ṣe lẹsẹsẹ fun NextSeq ™ 550 sẹẹli ṣiṣan Ijade giga ati fun ṣiṣe. Nọmba awọn sẹẹli ṣiṣan ti o ga julọ ati awọn ṣiṣe ti o nilo lati tẹle awọn oriṣiriṣi Olink Explore Reagent Kits ti wa ni apejuwe ninu Tabili 1. Ti o ba nilo ṣiṣe ju ọkan lọ, tun awọn ilana ti a ṣalaye ninu iwe afọwọkọ yii ṣe.

Table 1. Sequencing run igbogun

Olink® Ye Reagent Apo	Nọmba ti Olink Library	Nọmba awọn sẹẹli ṣiṣan ati ṣiṣe (s)
Olink® Ye 384 Reagent Apo	1	1
Olink® Ye 4 x 384 Reagent Kit	4	4
Olink® Ye 1536 Reagent Apo	4	4
Olink® Ye Imugboroosi Reagent Apo	4	4
Olink® Ye 3072 Reagent Apo	8	8

Fi sori ẹrọ ilana aṣa aṣa Olink

Lakoko igbesẹ yii, ohunelo aṣa Olink® ti fi sori ẹrọ lori NextSeq™ 550. Igbesẹ yii nilo lati ṣe ni ẹẹkan, ṣaaju ṣiṣe ṣiṣe ṣiṣe Olink kan fun igba akọkọ.

AKIYESI: Ohunelo aṣa Olink yoo ṣiṣẹ nikan pẹlu NextSeq ™ 500/550 Awọn ohun elo Ijade giga ati NextSeq ™ Software Iṣakoso Iṣakoso 4.0.

Yọọ kuro ki o si fi ilana aṣa aṣa Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 sinu folda atẹle ti NextSeq™ 550 irinse: C:\Eto Files \ Illumina \ NextSeq Iṣakoso Software \ Ohunelo \ Aṣa \ High \.
Labẹ isọdi Eto> Ṣakoso Irinṣẹ, mu Awọn Ilana Aṣa ṣiṣẹ. Ti ko ba yan, aṣayan ohunelo aṣa kii yoo han lakoko iṣeto ṣiṣe.

AKIYESI

Ninu ẹya sọfitiwia NCS 4.0, aṣayan lati yan ohunelo aṣa yoo waye nikan lẹhin ti kojọpọ katiriji reagent, kii ṣe ni oju-iwe iṣeto iṣaaju.

Ṣiṣe gbọdọ wa ni ṣeto ni ipo afọwọṣe lati gba awọn ilana aṣa laaye.

Mura lesese reagents

Lakoko igbesẹ yii, katiriji reagent ti o ni iṣupọ ati awọn reagents tito lẹsẹsẹ jẹ yo ati pe a ti pese sẹẹli sisan naa.

Mura reagent katiriji

IKILO: Katiriji reagent ni awọn kemikali ti o lewu ninu. Wọ ohun elo aabo to pe ki o sọ awọn reagenti ti a lo ni ibamu pẹlu awọn iṣedede to wulo. Fun alaye diẹ sii, tọka si Itọsọna Eto Illumina NextSeq 550 (iwe #15069765).

Mura ibujoko

1x NextSeq™ 500/550 Ijade Reagent Katiriji v2 (awọn iyipo 75).

Awọn ilana

Gbe katiriji reagent tio tutunini ti a fi silẹ ni idaji ninu omi tutu ki o jẹ ki o yo fun wakati kan. Rii daju wipe gbogbo reagent reservoirs ti awọn katiriji ti wa ni thawed patapata.
- AKIYESI: Fun irọrun, tu katiriji naa ni ọjọ ṣaaju ki o tọju rẹ ni alẹ ni 4 °C. Ni iwọn otutu yii, awọn reagents jẹ iduroṣinṣin to ọsẹ kan.
Gbẹ ipilẹ katiriji daradara pẹlu toweli iwe ki o si pa awọn edidi bankanje naa gbẹ pẹlu àsopọ ti ko ni lint ti o ba nilo.
Yi katiriji pada ni igba mẹwa lati dapọ awọn reagents thawed daradara laarin.
Fọwọ ba katiriji rọra lori ibujoko lati yọ awọn nyoju afẹfẹ kuro. Tọju katiriji ni iwọn otutu yara ti yoo ṣee lo laarin awọn wakati mẹrin.

Mura sisan sẹẹli

Mura ibujoko

1x NextSeq™ 500/550 Sisanwọle Sisanjade Gaga v2.5.

Awọn ilana

Mu sẹẹli sisan ti o tutu si iwọn otutu yara fun ọgbọn išẹju 30.
Fi lori titun lulú free ibọwọ (lati yago fun contaminating awọn gilasi dada ti awọn sisan cell).
Nigbati o ba ṣetan lati fifuye sẹẹli sisan sinu ohun elo, yọ sẹẹli sisan kuro ninu package ati kilamu ṣiṣu.
Ṣayẹwo sẹẹli sisan. Ti particulate tabi eruku ba han lori eyikeyi awọn aaye gilasi, nu dada ti o wulo pẹlu mu ese ọti isopropyl ti ko ni lint ki o gbẹ pẹlu àsopọ laabu kekere-lint.

Mura Ile-ikawe Olink® fun tito lẹsẹsẹ

Lakoko igbesẹ yii, awọn itọpo NaOH ati Tris-HCl ti pese silẹ, ati mimọ ati ile-ikawe Olink ti o ni agbara ti a ti fomi ati denatured ni awọn igbesẹ lẹsẹsẹ.

Mura Dilution NaOH

Dilution NaOH jẹ lilo lati denature Awọn ile-ikawe naa.

Mura ibujoko

1 NOH ọja iṣura
MiliQ omi
1 x tube Microcentrifuge (1.5 milimita)

Pipette afọwọṣe (10-100 μL)
Filter pipette awọn italolobo

Ṣaaju ki o to bẹrẹ

Samisi tube microcentrifuge "0.2 N NaOH".

Awọn ilana

Mura dilution 0.2 N NaOH ni 0.2 N NaOH Tube ni ibamu si Tabili 2.
Vortex 0.2 N NaOH Tube daradara ki o yi lọ si isalẹ. Lo laarin awọn wakati 12.

Table 2. 0.2 N NaOH dilution

Reagent	Iwọn didun (μL)
MiliQ omi	80
1 NOH ọja iṣura	20

Mura Tris-HCl fomipo

Dilution Tris-HCl ni a lo lati yomi ile-ikawe denaturated.

Mura ibujoko

1 M Tris-HCl pH 7.0 ọja (ojutu Trizma® hydrochloride)
MiliQ omi

1 x tube Microcentrifuge (1.5 milimita)
Pipette afọwọṣe (10-100 μL)
Filter pipette awọn italolobo

Ṣaaju ki o to bẹrẹ

Samisi tube microcentrifuge "Tris-HCl"

Awọn ilana

Mura 200 mM Tris-HCl dilution ni Tris-HCl Tube ni ibamu si Tabili 3.
Vortex Tris-HCl Tube daradara ki o yi pada si isalẹ.

Table 3. 200 mM Tris-HCl dilution

Reagent	Iwọn didun (μL)
MiliQ omi	80
Iṣura 1M Tris-HCl pH 7.0 (ojutu Trizma® hydrochloride)	20

Dilute Olink® Library

Lakoko igbesẹ yii, ile-ikawe Olink ti a sọ di mimọ ati didara jẹ ti fomi 1:33.

Mura ibujoko

Lib Tube, ti a pese sile ni ibamu si Ilana Olumulo Olink Ṣawari

MiliQ omi
1 x tube Microcentrifuge (1.5 milimita)
Awọn pipette ti afọwọṣe (0.5-10 ati 100-1000 μL)

Filter pipette awọn italolobo

Ṣaaju ki o to bẹrẹ

Thaw awọn Lib Tube ti o ba ti di aotoju.

Samisi tube microcentrifuge tuntun: “Dil”.

Awọn ilana

Fi 96 μL ti omi MilliQ si Dil Tube.

Vortex awọn Lib Tube ki o si yi lọ si isalẹ ni soki.
Gbigbe 3 μL lati Lib Tube si Dil Tube.
Vortex awọn Dil Tube ati yiyi o si isalẹ ni soki.

AKIYESI: Tọju tube (s) Lib ni -20 °C ni ọran ti awọn atunwi ti o pọju.

Denature ati dilute Olink® Library to ik ikojọpọ fojusi

Lakoko igbesẹ yii, Ile-ikawe Olink ti o fomi ti jẹ kiko ati fomi yo siwaju si ifọkansi ikojọpọ ikẹhin.

Mura ibujoko

Dil Tube, pese sile ni išaaju igbese
0.2 N NaOH dilution, ti a pese sile ni igbesẹ ti tẹlẹ
200 mM Tris-HCl (pH 7.0) dilution, pese sile ni išaaju igbese

Ifipamọ arabara 1 (HT1) ti o wa ninu NextSeq ™ Apoti Ohun elo v2
2x Awọn tubes Microcentrifuge (1.5 milimita ati 2 milimita)
Awọn pipette ti afọwọṣe (0.5-10 ati 100-1000 μL)

Filter pipette awọn italolobo

Ṣaaju ki o to bẹrẹ

Mu ifipamọ HT1 tio tutunini ni iwọn otutu yara. Fipamọ ni +4 °C titi ti lilo.

Samisi tube microcentrifuge 1.5 milimita tuntun: “Den” (fun Ile-ikawe denaturated).
Samisi titun 2 milimita microcentrifuge tube: "Seq" (fun awọn setan lati fifuye Library).

Awọn ilana

Gbigbe 5 μL lati Dil Tube si Den Tube.
Fi 5 μL ti 0.2 N NaOH kun si tube Den.
Vortex awọn Den Tube ati yiyi o si isalẹ ni soki.

Ṣe agbewọle iho iho fun iṣẹju 5 ni iwọn otutu yara lati denature Ile-ikawe naa.
Ṣafikun 5 μL ti 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) si Den Tube lati yomi iṣesi naa kuro.
Vortex awọn Den Tube ati yiyi o si isalẹ ni soki.

Fi 985 μL ti HT1 ti a ti ṣaju si Den Tube.
Vortex awọn Den Tube ati yiyi o si isalẹ ni soki. A le fi tube pamọ si +4 °C titi ti lilo (ọjọ kanna).
Gbigbe 205 μL lati Den Tube si Seq Tube.

Ṣafikun 1095 μL ti HT1 ti a ti ṣaju si Seq Tube.
Yipada Tube Seq lati dapọ awọn reagents ki o yi pada si isalẹ ni ṣoki. Iwọn ikojọpọ ikẹhin jẹ 1.3 milimita.
Lẹsẹkẹsẹ tẹsiwaju lati 2.5 Ṣe Olink® ṣiṣe ṣiṣe.

Ṣe Olink® ṣiṣe ṣiṣe

Lakoko igbesẹ yii, katiriji ifipamọ, sẹẹli sisan ati katiriji reagent ti a pese silẹ ti o ni Ile-ikawe Olink ti wa ni ikojọpọ sinu NextSeq 550, ati ṣiṣe ṣiṣe atẹle ti bẹrẹ ni lilo ohunelo aṣa Olink.

Mura ibujoko

Seq Tube (pẹlu setan lati fifuye Library), pese sile ni išaaju igbese

1x NextSeq ™ 500/550 Reagent Cartridge ti o ga julọ, ti pese sile ni igbesẹ iṣaaju
1x NextSeq ™ 500/550 Sisan ṣiṣan ti o ga julọ Cell v2.5, ti pese sile ni igbesẹ iṣaaju
1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (awọn iyipo 75), ni iwọn otutu yara

Ṣeto awọn paramita ṣiṣe ṣiṣe ṣiṣe lesese

Lakoko igbesẹ yii, awọn igbelewọn ṣiṣe ṣiṣe-tẹle ni a yan lori NextSeq™ 550.

Lori NextSeq™ 550 Iboju ile, yan Idanwo.

Lori iboju Yan Assay, yan Ọkọọkan.
Ni oju-iwe Ṣiṣe Ṣiṣe, yan Ipo ṣiṣe Afowoyi ati lẹhinna Next.
Ṣeto awọn paramita ṣiṣe bi atẹle:
- Ni awọn Run Name aaye, tẹ a oto ṣàdánwò ID.
- Ni aaye ID Library, tẹ ID ti Ile-ikawe ti o nṣiṣẹ (iyan).
- Ni awọn Ka Iru aaye, yan awọn Nikan Ka aṣayan.
- Tẹ nọmba awọn iyika sii bi atẹle:
  - Ka 1: 24
  - Atọka 1: 0
  - Atọka 2: 0
  - Ka 2: 0
  - PATAKI: O ṣe pataki pe Ka 1 ti ṣeto si 24, bibẹẹkọ gbogbo ṣiṣe yoo kuna.
- Jeki apoti ayẹwo fun awọn alakoko aṣa ko yan.
- Ṣeto awọn wu folda ipo fun awọn ti isiyi run aise data. Yan Lọ kiri ayelujara lati yi ipo folda ti o wu jade pada.
Maṣe ṣeto Sample Sheet.

Yan Awọn ohun elo Imukuro fun ṣiṣe yii.
Yan Next.

Ṣe fifuye sẹẹli sisan sinu NextSeq™ 550

Yọ sẹẹli sisan ti a lo kuro ni ṣiṣe iṣaaju.
Gbe titun pese sile sisan sẹẹli lori awọn stage.
Yan Fifuye. Ilekun ti wa ni pipade laifọwọyi.

Nigbati ID sẹẹli sisan ba han loju iboju ati ṣayẹwo awọn sensọ ni alawọ ewe, yan Itele.

Ṣofo eiyan reagenti naa

IKILO: Eto ti awọn reagents ni awọn kemikali ti o lewu ninu. Wọ ohun elo aabo to pe ki o sọ awọn reagenti ti a lo ni ibamu pẹlu awọn iṣedede to wulo. Fun alaye diẹ sii, tọka si Itọsọna Eto Illumina NextSeq 550.

Ṣii ilẹkun ti iyẹwu ifipamọ, yọkuro awọn ohun elo reagents ti o lo lati iyẹwu isalẹ, ki o sọ akoonu naa ni ibamu pẹlu awọn iṣedede iwulo.

Gbe eiyan reagenti ti o ṣofo pada sẹhin sinu yara ifipamọ isalẹ. Tẹ ohun ti o gbọ n tọka si pe a gbe eiyan naa daradara.

Fifuye saarin katiriji

Yọ katiriji ifipamọ ti a lo kuro ni iyẹwu ifipamọ oke ati sọ akoonu naa ni ibamu pẹlu awọn iṣedede iwulo.

Gbe katiriji ifipamọ tuntun sinu yara ifipamọ oke. Titẹ ti ngbọ tọkasi pe a ti gbe katiriji naa daradara. Rii daju pe ID katiriji ifipamọ han loju iboju ati pe a ṣayẹwo awọn sensọ ni alawọ ewe.
Pa ẹnu-ọna ibi ipamọ ko si yan Itele.

Fifuye reagent katiriji

Ṣii ilẹkun iyẹwu reagent, yọ katiriji reagent kuro, ki o sọ akoonu ti ko lo ni ibamu pẹlu awọn iṣedede iwulo. Awọn ifiomipamo ni ipo 6 jẹ yiyọ kuro lati dẹrọ isọnu ailewu.
Gún edidi ti ifiomipamo #10 ti a samisi bi “Ile-ikawe Fifuye Nibi” pẹlu sample pipette milimita 1 mimọ.
Fifuye 1.3 milimita ile-ikawe Olink lati Seq Tube sinu ifiomipamo #10 ti a samisi bi “Ikawe Fifuye Nibi”.
Gbe katiriji reagent tuntun sinu yara reagent ki o pa ẹnu-ọna iyẹwu reagent naa.
Yan Fifuye ki o duro fun ~ 30 iṣẹju-aaya titi ID katiriji reagent yoo han loju iboju ati pe awọn sensosi ti ṣayẹwo ni alawọ ewe.
Lati atokọ jabọ-silẹ Ohunelo, yan aṣayan ohunelo [Aṣa] “Olink_NSQ550_HighOutput_V1”.
- PATAKI: Rii daju pe ohunelo aṣa ti fi sori ẹrọ tẹlẹ ninu ohun elo naa. Tọkasi 2.2 Fi ohunelo aṣa Olink® sori ẹrọ.
Yan Next.

Bẹrẹ ṣiṣe ṣiṣe lẹsẹsẹ

Jẹrisi awọn aye ṣiṣe ti o han lori Review iboju. Lati ṣatunkọ eyikeyi awọn paramita, tẹ Pada lati pada si iboju Ṣiṣe Ṣiṣe.
Yan Next. Ṣiṣe naa bẹrẹ lẹhin iṣayẹwo iṣaaju-ṣiṣe laifọwọyi. Akoko ṣiṣe ṣiṣe ilana jẹ isunmọ 7h30 min.
PATAKI: Rii daju pe ṣiṣe bẹrẹ nigbati a ti pari ayẹwo iṣaju-ṣiṣe laifọwọyi (~ iṣẹju 5).
1. AKIYESIFun eyikeyi awọn ikuna ayẹwo iṣaaju-ṣiṣe, tọka si awọn itọnisọna olupese.
2. AKIYESI: Ṣọra ki o maṣe kọlu tabi bibẹẹkọ ṣe idamu NextSeq™ 550 lakoko ṣiṣe ṣiṣe-tẹle. Ohun elo naa jẹ ifarabalẹ si awọn gbigbọn.
Mọ agbegbe iṣẹ.
1. AKIYESI: Nigbati ṣiṣe ṣiṣe atẹle ba ti pari, sọfitiwia naa bẹrẹ iwẹ-ifiweranṣẹ adaṣe adaṣe ni lilo awọn ojutu iwẹ ti a pese ninu katiriji ifipamọ ati NaOCl ti a pese ni katiriji reagent. Wẹ yii gba to iṣẹju 90. Bọtini ile yoo ṣiṣẹ ni kete ti fifọ ba ti pari. Awọn katiriji ti a lo ati sẹẹli sisan ni a le fi silẹ ni aaye titi di igba ti o tẹle.

Bojuto ṣiṣe ilọsiwaju

Olink nlo NGS gẹgẹbi kika kika lati ṣe iwọn iye ti ọna ti a mọ lati le ṣe iṣiro ifọkansi ti amuaradagba ti a fun ni s.amples (i ibatan si awọn samples). Didara data lati ọkọọkan Ṣawari ṣiṣe ṣiṣe atẹle jẹ ipinnu nipataki nipasẹ awọn aye QC alailẹgbẹ si imọ-ẹrọ Olink. Nitorinaa, awọn metiriki iṣakoso didara boṣewa ti a lo ni NGS ti aṣa, gẹgẹbi Q-score, ko ṣe pataki.

Àtúnyẹwò itan

Ẹya	Ọjọ	Apejuwe
1.2	2022-11-01	1.2 Olink® Mydata rọpo pẹlu Olink® NPX Ye. 2.4 Fi kun 0.2 N si Ṣaaju ki o to bẹrẹ.
1.1	2021-12-13	Ayipada Olootu
1.0	2021-12-01	Tuntun

www.olink.com

Fun Lilo Iwadi Nikan. Kii ṣe fun Lilo ninu Awọn ilana Aisan.

Ọja yii pẹlu iwe-aṣẹ fun lilo ti kii ṣe ti owo ti awọn ọja Olink. Awọn olumulo ti iṣowo le nilo awọn iwe-aṣẹ afikun. Jọwọ kan si Olink Proteomics AB fun awọn alaye. Ko si awọn atilẹyin ọja, ti a fihan tabi mimọ, eyiti o fa kọja apejuwe yii. Olink Proteomics AB ko ṣe oniduro fun ibajẹ ohun-ini, ipalara ti ara ẹni, tabi ipadanu eto-ọrọ aje ti o ṣẹlẹ nipasẹ ọja yii. Aami-iṣowo atẹle jẹ ohun ini nipasẹ Olink Proteomics AB: Olink®. Ọja yii ni aabo nipasẹ ọpọlọpọ awọn itọsi ati awọn ohun elo itọsi ti o wa ni https://www.olink.com/patents/.

Awọn iwe aṣẹ / Awọn orisun

Olink NextSeq 550 Ye Sequence [pdf] Afowoyi olumulo
IteleAseq 550 Ṣewadii Tito-tẹle, NextSeq 550, Ṣewadii Tito-tẹle, Tito lẹsẹsẹ

Awọn itọkasi

Itọsọna olumulo

Olink NextSeq 550 Ye Sequence

Akọsilẹ iwe

Ọrọ Iṣaaju

Awọn ilana yàrá

Mura reagent katiriji

Mura sisan sẹẹli

Ṣaaju ki o to bẹrẹ

Dilute Olink® Library

Denature ati dilute Olink® Library to ik ikojọpọ fojusi

Ṣe Olink® ṣiṣe ṣiṣe

Ṣofo eiyan reagenti naa

Àtúnyẹwò itan

Awọn iwe aṣẹ / Awọn orisun

Awọn itọkasi

Fi ọrọìwòye

Fagilee esi