Olink NextSeq 550 Gundua Mwongozo wa Mtumiaji Mpangilio

Olink® Gundua Mfuatano kwa kutumia Mwongozo wa Mtumiaji wa NextSeq 550, hati nr 1192
Olink® Gundua Mfuatano kwa kutumia Mwongozo wa Mtumiaji wa NextSeq 2000, hati nr 1193

Olink® Gundua Mfuatano kwa kutumia Mwongozo wa Mtumiaji wa NovaSeq 6000, hati nr 1194

Utangulizi

Matumizi yaliyokusudiwa

Olink® Gundua ni jukwaa la upimaji kinga maradufu kwa ugunduzi wa alama za kibayolojia za protini za binadamu. Bidhaa imekusudiwa kwa Matumizi ya Utafiti Pekee, na sio kutumika katika taratibu za uchunguzi. Kazi ya maabara itaendeshwa tu na wafanyikazi waliofunzwa wa maabara. Usindikaji wa data utafanywa tu na wafanyikazi waliofunzwa. Matokeo yanakusudiwa kutumiwa na watafiti kwa kushirikiana na matokeo mengine ya kliniki au maabara.

Kuhusu mwongozo huu

Mwongozo huu wa Mtumiaji unatoa maagizo yanayohitajika ili kupanga Olink® Gundua Maktaba kwenye Illumina® NextSeq™ 550. Maagizo lazima yafuatwe kwa uthabiti na kwa uwazi. Mkengeuko wowote katika hatua zote za maabara unaweza kusababisha data kuharibika. Kabla ya kuanza mtiririko wa kazi wa maabara, wasiliana na Olink® Explore Overview Mwongozo wa Mtumiaji kwa ajili ya utangulizi wa jukwaa, ikiwa ni pamoja na taarifa kuhusu vitendanishi, vifaa na nyaraka zinazohitajikaview ya mtiririko wa kazi, pamoja na miongozo ya maabara. Kwa maagizo kuhusu jinsi ya kutumia Vifaa vya Kuchunguza Vitendanishi vya Olink®, rejelea Mwongozo wa Mtumiaji wa Olink® unaotumika. Kwa usindikaji na uchambuzi wa data ya matokeo ya mfuatano wa Olink® Gundua, rejelea Mwongozo wa Mtumiaji wa Olink® NPX Gundua. Alama zote za biashara na hakimiliki zilizo katika nyenzo hii ni mali ya Olink® Proteomics AB, isipokuwa kama itaelezwa vinginevyo.

Usaidizi wa kiufundi

Kwa usaidizi wa kiufundi, wasiliana na Olink Proteomics kwa support@olink.com.

Maagizo ya maabara

Sura hii inatoa maelekezo ya jinsi ya kupanga Maktaba za Olink kwenye NextSeq™ 550 kwa kutumia NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (Mizunguko 75). Itifaki inayotumika kupanga mpangilio ni urekebishaji wa mtiririko wa kazi wa Illumina® NGS wa Illumina® NextSeq™ 550. Kabla ya kuendelea na mpangilio, hakikisha kwamba ubora wa Maktaba iliyosafishwa umethibitishwa. Rejelea Mwongozo wa Mtumiaji wa Olink unaotumika kwa maagizo kuhusu udhibiti wa ubora.

Panga kukimbia kwa mpangilio

Maktaba moja ya Olink inaweza kupangwa kwa kila seli ya NextSeq™ 550 ya High Output na kwa kila kukimbia. Idadi ya seli za mtiririko wa matokeo ya juu na uendeshaji unaohitajika ili kupanga Mifumo tofauti ya Vitendanishi vya Olink Explore imefafanuliwa katika Jedwali la 1. Ikiwa zaidi ya kukimbia moja inahitajika, rudia maagizo yaliyofafanuliwa katika mwongozo huu.

Jedwali 1. Mpangilio wa mipango ya kukimbia

Olink® Gundua Regent Kit	Idadi ya Maktaba za Olink	Idadi ya seli za mtiririko na endesha (s)
Olink® Gundua 384 Regent Kit	1	1
Olink® Gundua 4 x 384 Regent Kit	4	4
Olink® Gundua 1536 Regent Kit	4	4
Olink® Gundua Kitendanishi cha Upanuzi	4	4
Olink® Gundua 3072 Regent Kit	8	8

Sakinisha kichocheo maalum cha Olink®

Katika hatua hii, kichocheo maalum cha Olink® kinasakinishwa kwenye NextSeq™ 550. Hatua hii inahitaji kufanywa mara moja pekee, kabla ya utekelezaji wa mfuatano wa Olink kwa mara ya kwanza.

KUMBUKA: Kichocheo maalum cha Olink kitafanya kazi tu na NextSeq™ 500/550 High Output Kits na NextSeq™ Control Software 4.0.

Fungua uzipu na uweke kichocheo maalum cha Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 kwenye folda ifuatayo ya ala ya NextSeq™ 550: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
Chini ya Kuweka Mapendeleo ya Mfumo > Dhibiti Ala, washa Mapishi Maalum. Ikiwa haijachaguliwa, chaguo la mapishi ya desturi haitaonekana wakati wa usanidi wa kukimbia.

KUMBUKA

Katika toleo la programu ya NCS 4.0, chaguo la kuchagua kichocheo maalum kitatokea tu baada ya katriji ya kitendanishi kupakiwa, si katika ukurasa wa usanidi wa awali.

Uendeshaji lazima uwekwe katika hali ya mwongozo ili kuruhusu mapishi maalum.

Tayarisha vitendanishi vya mpangilio

Wakati wa hatua hii, cartridge ya reagent iliyo na vitendanishi vya kuunganisha na kupanga hupunguzwa na kiini cha mtiririko kinatayarishwa.

Kuandaa cartridge ya reagent

ONYO: Cartridge ya reagent ina kemikali zinazoweza kuwa hatari. Vaa vifaa vya kutosha vya kujikinga na utupe vitendanishi vilivyotumika kwa mujibu wa viwango vinavyotumika. Kwa habari zaidi, rejelea Mwongozo wa Mfumo wa Illumina NextSeq 550 (hati #15069765).

Kuandaa benchi

1x NextSeq™ 500/550 Katriji ya Kitendaji cha Juu cha Pato v2 (mizunguko 75).

Maagizo

Weka cartridge ya kitendanishi iliyogandishwa iliyozamishwa nusu kwenye maji ya chumba na uiruhusu kuyeyuka kwa saa 1. Hakikisha kwamba hifadhi zote za reagent ya cartridges ni thawed kabisa.
- KUMBUKA: Kwa urahisi, kuyeyusha cartridge siku moja kabla na uihifadhi usiku kucha kwa 4 °C. Kwa joto hili, reagents ni imara hadi wiki moja.
Kausha msingi wa cartridge vizuri kwa kitambaa cha karatasi na uifuta mihuri ya karatasi na kitambaa kisicho na pamba ikiwa inahitajika.
Geuza cartridge mara kumi ili kuchanganya vizuri vitendanishi vya thawed ndani.
Piga cartridge kwa upole kwenye benchi ili kuondoa Bubbles za hewa. Hifadhi cartridge kwenye joto la kawaida ikiwa itatumika ndani ya masaa 4.

Tayarisha seli ya mtiririko

Kuandaa benchi

1x NextSeq™ 500/550 Seli ya Mtiririko wa Juu wa Pato v2.5.

Maagizo

Kuleta kiini cha mtiririko kilichohifadhiwa kwenye joto la kawaida kwa dakika 30.
Weka glavu mpya zisizo na poda (ili kuzuia kuchafua uso wa glasi wa seli ya mtiririko).
Ukiwa tayari kupakia kiini cha mtiririko kwenye chombo, ondoa seli ya mtiririko kutoka kwa kifurushi na ganda la plastiki.
Kagua seli ya mtiririko. Iwapo chembe au vumbi linaonekana kwenye nyuso zozote za glasi, safisha uso unaotumika kwa kifuta kileo cha isopropili kisicho na pamba na uikaushe kwa kitambaa cha maabara chenye pamba kidogo.

Tayarisha Maktaba ya Olink® kwa mpangilio

Wakati wa hatua hii, michanganyiko ya NaOH na Tris-HCl hutayarishwa, na Maktaba ya Olink iliyosafishwa na kudhibitiwa ubora hupunguzwa na kubadilishwa kwa hatua zinazofuatana.

Tayarisha dilution ya NaOH

Mchanganuo wa NaOH unatumika kuashiria Maktaba.

Kuandaa benchi

1 N NaOH hisa
Maji ya MilliQ
1x bomba la Microcentrifuge (1.5 mL)

Bomba la mikono (10–100 μL)
Chuja vidokezo vya pipette

Kabla ya kuanza

Weka alama kwenye bomba la microcentrifuge "0.2 N NaOH".

Maagizo

Tayarisha kiyeyusho cha 0.2 N NaOH katika Mirija ya 0.2 N NaOH kulingana na Jedwali 2.
Futa Tube ya 0.2 N NaOH vizuri na usogeze chini. Tumia ndani ya masaa 12.

Jedwali 2. 0.2 N NaOH dilution

Kitendanishi	Kiasi (μL)
Maji ya MilliQ	80
1 N NaOH hisa	20

Tayarisha dilution ya Tris-HCl

Mchanganuo wa Tris-HCl unatumika kubadilisha maktaba iliyobadilishwa.

Kuandaa benchi

1 M Tris-HCl pH 7.0 hisa (Trizma® hydrochloride solution)
Maji ya MilliQ

1x bomba la Microcentrifuge (1.5 mL)
Bomba la mikono (10–100 μL)
Chuja vidokezo vya pipette

Kabla ya kuanza

Weka alama kwenye bomba la microcentrifuge "Tris-HCl"

Maagizo

Tayarisha kiyeyusho cha 200 mM Tris-HCl kwenye Mirija ya Tris-HCl kulingana na Jedwali 3.
Vuta Tube ya Tris-HCl vizuri na uinamishe chini.

Jedwali 3. dilution ya 200 mm ya Tris-HCl

Kitendanishi	Kiasi (μL)
Maji ya MilliQ	80
1M Tris-HCl pH 7.0 hisa (Trizma® hydrochloride solution)	20

Punguza Maktaba za Olink®

Katika hatua hii, Maktaba ya Olink iliyosafishwa na kudhibitiwa ubora hupunguzwa kwa 1:33.

Kuandaa benchi

Lib Tube, iliyotayarishwa kulingana na Mwongozo wa Mtumiaji wa Olink Explore husika

Maji ya MilliQ
1x bomba la Microcentrifuge (1.5 mL)
Pipette za mwongozo (0.5-10 na 100-1000 μL)

Chuja vidokezo vya pipette

Kabla ya kuanza

Safisha Lib Tube ikiwa imeganda.

Weka alama kwenye tube mpya ya microcentrifuge: "Dil".

Maagizo

Ongeza 96 μL ya maji ya MilliQ kwenye Dil Tube.

Vortex Lib Tube na uinamishe chini kwa muda mfupi.
Hamisha 3 μL kutoka Lib Tube hadi Dil Tube.
Vuta Tube ya Dil na uizungushe chini kwa muda mfupi.

KUMBUKA: Hifadhi Lib Tube kwa -20 °C ikiwa kuna uwezekano wa kurudia.

Tengeneza na punguza Maktaba ya Olink® hadi mkusanyiko wa mwisho wa upakiaji

Wakati wa hatua hii, Maktaba ya Olink iliyopunguzwa inabadilishwa na kupunguzwa zaidi kwa mkusanyiko wa mwisho wa upakiaji.

Kuandaa benchi

Dil Tube, iliyoandaliwa katika hatua ya awali
0.2 N NaOH dilution, iliyoandaliwa upya katika hatua ya awali
200 mm Tris-HCl (pH 7.0) dilution, iliyoandaliwa katika hatua ya awali

Bafa ya mseto 1 (HT1) iliyojumuishwa kwenye Kisanduku cha Nyenzo cha NextSeq™ v2
mirija 2x ya Microcentrifuge (1.5 mL na 2 mL)
Pipette za mwongozo (0.5-10 na 100-1000 μL)

Chuja vidokezo vya pipette

Kabla ya kuanza

Yeyusha bafa ya HT1 iliyogandishwa kwenye joto la kawaida. Hifadhi kwa +4 °C hadi utumike.

Weka alama kwenye tube mpya ya mililita 1.5 ya microcentrifuge: "Tundu" (kwa Maktaba iliyobadilishwa).
Weka alama kwenye tube mpya ya mililita 2 ya microcentrifuge: "Seq" (ili iwe tayari kupakia Maktaba).

Maagizo

Hamisha 5 μL kutoka kwa Dil Tube hadi kwenye Tube ya Shingo.
Ongeza 5 μL ya 0.2 N NaOH kwenye Tube ya Tube.
Zungusha Tube ya Tundu na uinamishe chini kwa muda mfupi.

Ingiza Tube ya Tundu kwa dakika 5 kwenye joto la kawaida ili kubadilisha maktaba.
Ongeza 5 μL ya 200 mm Tris-HCl (pH 7.0) kwenye Tube ya Tube ili kugeuza majibu.
Zungusha Tube ya Tundu na uinamishe chini kwa muda mfupi.

Ongeza 985 μL ya HT1 iliyochapwa tayari kwenye Tube ya Tungo.
Zungusha Tube ya Tundu na uinamishe chini kwa muda mfupi. Bomba linaweza kuhifadhiwa kwa +4 ° C hadi litumike (siku hiyo hiyo).
Hamisha 205 μL kutoka Tube ya Tube hadi Seq Tube.

Ongeza 1095 μL ya HT1 iliyochapwa tayari kwenye Seq Tube.
Geuza Seq Tube ili kuchanganya vitendanishi na kuisogeza chini kwa muda mfupi. Kiasi cha mwisho cha upakiaji ni 1.3 ml.
Endelea mara moja hadi 2.5 Tekeleza mfuatano wa Olink®.

Tekeleza utekelezaji wa mpangilio wa Olink®

Wakati wa hatua hii, katriji ya bafa, seli ya mtiririko na katriji ya kitendanishi iliyotayarishwa iliyo na Maktaba ya Olink hupakiwa kwenye NextSeq 550, na utekelezaji wa mpangilio unaanza kwa kutumia kichocheo maalum cha Olink.

Kuandaa benchi

Seq Tube (iliyo tayari kupakia Maktaba), iliyoandaliwa katika hatua ya awali

1x NextSeq™ 500/550 Cartridge v2 ya Kiajenti cha Pato la Juu, iliyoandaliwa katika hatua ya awali
1x NextSeq™ 500/550 Seli ya Juu ya Mtiririko wa Pato v2.5, iliyotayarishwa katika hatua ya awali
1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (mizunguko 75), kwenye joto la kawaida

Sanidi vigezo vya uendeshaji wa mpangilio

Wakati wa hatua hii, ufuataji wa vigezo vya kukimbia huchaguliwa kwenye NextSeq™ 550.

Kwenye skrini ya Nyumbani ya NextSeq™ 550, chagua Jaribio.

Kwenye skrini ya Chagua Uchunguzi, chagua Mfuatano.
Katika ukurasa wa Run Setup, chagua Modi ya Kuendesha Mwongozo na kisha Ijayo.
Weka vigezo vya kukimbia kama ifuatavyo:
- Katika sehemu ya Run Name, weka kitambulisho cha kipekee cha majaribio.
- Katika sehemu ya Kitambulisho cha Maktaba, weka kitambulisho cha Maktaba unayoendesha (hiari).
- Katika sehemu ya Aina ya Soma, chagua chaguo la Kusoma Moja.
- Ingiza idadi ya mizunguko kama ifuatavyo:
  - Soma 1: 24
  - Kielezo cha 1: 0
  - Kielezo cha 2: 0
  - Soma 2: 0
  - MUHIMU: Ni muhimu kwamba Soma 1 imewekwa hadi 24, vinginevyo utendakazi wote utashindwa.
- Usichague kisanduku cha kuteua cha viasili maalum.
- Weka eneo la folda ya towe kwa data mbichi ya sasa. Teua Vinjari ili kubadilisha eneo la folda ya towe.
Usiweke Sample Karatasi.

Chagua Futa vifaa vya matumizi kwa uendeshaji huu.
Chagua Inayofuata.

Pakia kisanduku cha mtiririko kwenye NextSeq™ 550

Ondoa seli ya mtiririko iliyotumiwa kutoka kwa kukimbia hapo awali.
Weka seli mpya ya mtiririko iliyoandaliwa kwenye stage.
Chagua Mzigo. Mlango umefungwa kiatomati.

Wakati kitambulisho cha seli ya mtiririko kinapoonekana kwenye skrini na vitambuzi vinaangaliwa kwa kijani, chagua Ijayo.

Futa chombo cha kitendanishi

ONYO: Seti hii ya vitendanishi ina kemikali zinazoweza kuwa hatari. Vaa vifaa vya kutosha vya kujikinga na utupe vitendanishi vilivyotumika kwa mujibu wa viwango vinavyotumika. Kwa habari zaidi, rejelea Mwongozo wa Mfumo wa Illumina NextSeq 550.

Fungua mlango wa sehemu ya akiba, ondoa kontena la vitendanishi vilivyotumika kutoka sehemu ya chini, na utupe maudhui kwa mujibu wa viwango vinavyotumika.

Telezesha kontena tupu ya kitendanishi nyuma kwenye sehemu ya chini ya bafa. Mbofyo unaosikika unaonyesha kuwa chombo kimewekwa kwa usahihi.

Pakia cartridge ya bafa

Ondoa katriji ya bafa iliyotumika kwenye sehemu ya juu ya akiba na utupe maudhui kwa mujibu wa viwango vinavyotumika.

Telezesha katriji mpya ya bafa kwenye sehemu ya juu ya bafa. Kubonyeza kwa sauti kunaonyesha kuwa cartridge imewekwa kwa usahihi. Hakikisha kwamba kitambulisho cha katriji ya bafa kinaonekana kwenye skrini na kwamba vitambuzi vimeangaliwa kwa kijani.
Funga mlango wa sehemu ya bafa na uchague Inayofuata.

Pakia cartridge ya reagent

Fungua mlango wa sehemu ya kitendanishi, ondoa katriji ya kitendanishi kilichotumika, na utupe maudhui ambayo hayajatumika kwa mujibu wa viwango vinavyotumika. Hifadhi katika nafasi ya 6 inaweza kutolewa ili kuwezesha utupaji salama.
Toboa muhuri wa hifadhi #10 ulioandikwa kama "Pakia Maktaba Hapa" kwa ncha safi ya mililita 1 ya pipette.
Pakia mililita 1.3 za Maktaba ya Olink kutoka kwa Seq Tube hadi kwenye hifadhi #10 iliyoandikwa kama "Pakia Maktaba Hapa".
Telezesha cartridge mpya ya kitendanishi kwenye chumba cha kitendanishi na ufunge mlango wa chumba cha kitendanishi.
Chagua Pakia na usubiri kwa ~ sekunde 30 hadi kitambulisho cha katriji ya kitendanishi kionekane kwenye skrini na vitambuzi vikaangaliwe kwa kijani.
Kutoka kwa orodha kunjuzi ya Mapishi, chagua chaguo la mapishi ya [Custom] “Olink_NSQ550_HighOutput_V1”.
- MUHIMU: Hakikisha kuwa kichocheo cha kawaida kiliwekwa hapo awali kwenye chombo. Rejelea 2.2 Sakinisha kichocheo maalum cha Olink®.
Chagua Inayofuata.

Anza kukimbia kwa mpangilio

Thibitisha vigezo vya kukimbia vilivyoonyeshwa kwenye Review skrini. Ili kuhariri vigezo vyovyote, bonyeza Rudi ili urudi kwenye skrini ya Run Setup.
Chagua Inayofuata. Uendeshaji huanza baada ya ukaguzi wa otomatiki wa kukimbia mapema. Muda wa utekelezaji wa mpangilio ni takriban dakika 7h30.
MUHIMU: Hakikisha kwamba kukimbia kunaanza wakati ukaguzi wa otomatiki wa kukimbia umekamilika (~dakika 5).
1. KUMBUKAKwa hitilafu zozote za ukaguzi wa kabla ya kukimbia, rejelea maagizo ya mtengenezaji.
2. KUMBUKA: Kuwa mwangalifu usigonge au kusumbua NextSeq™ 550 wakati wa utekelezaji wa mpangilio. Chombo ni nyeti kwa vibrations.
Safisha eneo la kazi.
1. KUMBUKA: Uendeshaji wa mpangilio unapokamilika, programu huanzisha safisha ya kiotomatiki baada ya kukimbia kwa kutumia miyezo ya safisha iliyotolewa kwenye katriji ya bafa na NaOCl iliyotolewa kwenye katriji ya kitendanishi. Usafishaji huu unachukua takriban dakika 90. Kitufe cha Mwanzo huanza kutumika baada ya kuosha kukamilika. Cartridges zilizotumiwa na kiini cha mtiririko zinaweza kushoto mahali mpaka kukimbia ijayo.

Fuatilia maendeleo ya uendeshaji

Olink hutumia NGS kama usomaji kukadiria kiwango cha mlolongo unaojulikana ili kukadiria mkusanyiko wa protini fulani katika s.amples (kuhusiana na sampchini). Ubora wa data kutoka kwa kila utekelezaji wa mpangilio wa Chunguza hubainishwa zaidi na vigezo vya QC vilivyo kipekee kwa teknolojia ya Olink. Kwa hivyo, vipimo vya udhibiti wa ubora vinavyotumika katika NGS za kawaida, kama vile alama ya Q, sio muhimu sana.

Historia ya marekebisho

Toleo	Tarehe	Maelezo
1.2	2022-11-01	1.2 Ilibadilishwa Olink® Mydata na Olink® NPX Gundua. 2.4 Imeongezwa 0.2 N hadi Kabla ya kuanza.
1.1	2021-12-13	Mabadiliko ya uhariri
1.0	2021-12-01	Mpya

www.olink.com

Kwa Matumizi ya Utafiti Pekee. Haitumiki katika Taratibu za Uchunguzi.

Bidhaa hii inajumuisha leseni ya matumizi yasiyo ya kibiashara ya bidhaa za Olink. Watumiaji wa kibiashara wanaweza kuhitaji leseni za ziada. Tafadhali wasiliana na Olink Proteomics AB kwa maelezo. Hakuna dhamana, zilizoonyeshwa au kudokezwa, ambazo zinaenea zaidi ya maelezo haya. Olink Proteomics AB haiwajibikiwi kwa uharibifu wa mali, majeraha ya kibinafsi au hasara ya kiuchumi inayosababishwa na bidhaa hii. Alama ya biashara ifuatayo inamilikiwa na Olink Proteomics AB: Olink®. Bidhaa hii inafunikwa na hataza kadhaa na programu za hataza zinazopatikana https://www.olink.com/patents/.

© Hakimiliki 2021 Olink Proteomics AB. Alama zote za biashara za wahusika wengine ni mali ya wamiliki husika.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Uswidi
1192, v1.2, 2022-11-01

Nyaraka / Rasilimali

Olink NextSeq 550 Gundua Mfuatano [pdf] Mwongozo wa Mtumiaji
NextSeq 550 Gundua Mfuatano, NextSeq 550, Gundua Mfuatano, Upangaji

Marejeleo

Mwongozo wa Mtumiaji

Olink NextSeq 550 Gundua Mfuatano

Dokezo la hati

Utangulizi

Maagizo ya maabara

Kuandaa cartridge ya reagent

Tayarisha seli ya mtiririko

Kabla ya kuanza

Punguza Maktaba za Olink®

Tengeneza na punguza Maktaba ya Olink® hadi mkusanyiko wa mwisho wa upakiaji

Tekeleza utekelezaji wa mpangilio wa Olink®

Futa chombo cha kitendanishi

Historia ya marekebisho

Nyaraka / Rasilimali

Marejeleo

Acha maoni

Ghairi jibu