Олинк Екплоре Секуенцинг користећи НектСек 550
Увод
Наменска употреба
Олинк® Екплоре је мултиплексна платформа за имунотестирање за откривање биомаркера хуманих протеина. Производ је намењен само за истраживачку употребу, а не за употребу у дијагностичким процедурама. Лабораторијски рад може да води само обучено лабораторијско особље. Обраду података врши само обучено особље. Резултате треба да користе истраживачи у комбинацији са другим клиничким или лабораторијским налазима.
О овом приручнику
Овај кориснички приручник пружа упутства потребна за секвенционирање Олинк® Екплоре библиотека на Иллумина® НектСек™ 550. Упутства се морају стриктно и експлицитно поштовати. Било каква одступања током лабораторијских корака могу довести до умањених података. Пре него што започнете ток рада у лабораторији, консултујте Олинк® Екплоре Оверview Кориснички приручник за увод у платформу, укључујући информације о реагенсима, опреми и потребној документацији, прекоview тока посла, као и лабораторијске смернице. За упутства о томе како да покренете Олинк® Екплоре комплете реагенса, погледајте одговарајући Олинк® Екплоре кориснички приручник. За обраду података и анализу резултата секвенце Олинк® Екплоре, погледајте Олинк® МиДата Цлоуд кориснички водич. Сви заштитни знакови и ауторска права садржана у овом материјалу су власништво Олинк® Протеомицс АБ, осим ако није другачије наведено.
Техничка подршка
За техничку подршку контактирајте Олинк Протеомицс на суппорт@олинк.цом.
Лабораторијска упутства
Ово поглавље пружа упутства о томе како да секвенцирате Олинк библиотеке на НектСек™ 550 користећи НектСек™ 500/550 Хигх Оутпут Кит в2.5 (75 циклуса). Протокол који се користи за секвенцирање је адаптација Иллумина® стандардног НГС радног тока за Иллумина® НектСек™ 550. Пре него што наставите са секвенцирањем, уверите се да је квалитет пречишћене библиотеке верификован. Погледајте одговарајући приручник за кориснике Олинк Екплоре за упутства о контроли квалитета.
Планирајте секвенцирање
Једна Олинк библиотека може да се секвенцира по НектСек™ 550 Хигх Оутпут проточној ћелији и по трчењу. Број проточних ћелија високог излаза и циклуса потребних за секвенцирање различитих комплета реагенса Олинк Екплоре описан је у табели 1. Ако је потребно више од једног циклуса, поновите упутства описана у овом приручнику.
Табела 1. Планирање секвенцирања:
| Олинк® Екплоре комплет реагенса | Број Олинк библиотека | Број проточних ћелија и циклуса |
| Комплет реагенса Олинк® Екплоре 384 | 1 | 1 |
| Олинк® Екплоре 4 к 384 комплет реагенса | 4 | 4 |
| Комплет реагенса Олинк® Екплоре 1536 | 4 | 4 |
| Олинк® Екплоре комплет реагенса за проширење | 4 | 4 |
| Комплет реагенса Олинк® Екплоре 3072 | 8 | 8 |
Инсталирајте Олинк® прилагођени рецепт
Током овог корака, Олинк® прилагођени рецепт је инсталиран на НектСек™ 550. Овај корак треба да се изведе само једном, пре него што се Олинк секвенцирање изврши по први пут.
НАПОМЕНА: Олинк прилагођени рецепт ће радити само са НектСек™ 500/550 Хигх Оутпут комплетима и НектСек™ Цонтрол Софтваре 4.0
- Распакујте и ставите Олинк прилагођени рецепт Олинк_НСК550_ХигхОутпут_В1 у следећу фасциклу НектСек™ 550 инструмента: Ц:\Програм Fileс\Иллумина\НектСек Цонтрол Софтваре\Реципе\Цустом\Хигх\.
- У оквиру Прилагођавање система > Управљање инструментом омогућите прилагођене рецепте. Ако није изабрана, опција прилагођеног рецепта се неће појавити током подешавања покретања.
НАПОМЕНА: У верзији софтвера НЦС 4.0, опција за избор прилагођеног рецепта ће се појавити тек након што се кертриџ са реагенсом учита, а не на ранијој страници за подешавање.
НАПОМЕНА: Рад мора бити подешен у ручном режиму да би се омогућили прилагођени рецепти.
Припремите реагенсе за секвенцирање
Током овог корака, кертриџ реагенса који садржи реагенсе за груписање и секвенционирање се одмрзава и припрема се проточна ћелија.
Припремите кертриџ за реагенс
УПОЗОРЕЊЕ: Картриџ за реагенс садржи потенцијално опасне хемикалије. Носите адекватну заштитну опрему и одбаците коришћене реагенсе у складу са важећим стандардима. За више информација погледајте Системски водич за Иллумина НектСек 550 (документ #15069765).
Припремите клупу
- 1к НектСек™ 500/550 Хигх Оутпут Реагент Цартридге в2 (75 циклуса).
Упутства
- Ставите замрзнути кертриџ за реагенс до пола потопљен у собну температуру и оставите да се одмрзне 1 сат. Уверите се да су сви резервоари реагенса у кертриџима потпуно одмрзнути.
НАПОМЕНА: Ради лакшег сналажења, одмрзните кертриџ дан раније и чувајте га преко ноћи на 4 °Ц. На овој температури, реагенси су стабилни до једне недеље. - Темељно осушите базу кертриџа папирним убрусом и по потреби осушите заптивке од фолије марамицом која не оставља длачице.
- Окрените кертриџ десет пута да бисте добро измешали одмрзнути реагенси унутра.
- Нежно куцните кертриџом о клупу да бисте уклонили мехуриће ваздуха. Чувајте кертриџ на собној температури ако се користи у року од 4 сата.
Припремите проточну ћелију
Припремите клупу
- 1к НектСек™ 500/550 Хигх Оутпут Флов Целл в2.5.
Упутства
- Охлађену проточну ћелију ставити на собну температуру 30 минута.
- Ставите нове рукавице без пудера (да бисте избегли контаминацију стаклене површине проточне ћелије).
- Када сте спремни да уметнете проточну ћелију у инструмент, уклоните ћелију за проток из паковања и пластичне преклопне шкољке.
- Прегледајте проточну ћелију. Ако су честице или прашина видљиви на било којој од стаклених површина, очистите одговарајућу површину крпом изопропил алкохола која не оставља длачице и осушите је лабораторијском марамицом са мало влакана.
Припремите Олинк® библиотеку за секвенцирање
Током овог корака припремају се разблажења НаОХ и Трис-ХЦл, а пречишћена и контролисана Олинк библиотека се разблажи и денатурише у узастопним корацима.
Припремити НаОХ разблаживање
Разблаживање НаОХ се користи за денатурацију библиотека.
Припремите клупу
- 1 Н раствор НаОХ
- МиллиК вода
- 1к епрувета за микроцентрифугу (1.5 мЛ)
- Ручна пипета (10-100 μЛ)
- Врхови пипете за филтер
Пре него што почнете
Означите епрувету за микроцентрифугу „НаОХ“.
Упутства
- Припремите 0.2 Н НаОХ раствор у НаОХ епрувети према табели 2.
- Темељно протресите НаОХ епрувету и окрените надоле. Користите у року од 12 сати.
Табела 2. Разблаживање 0.2 Н НаОХ
| Реагенс | Запремина (μЛ) |
| МиллиК вода | 80 |
| 1 Н раствор НаОХ | 20 |
2.4.2 Припремити Трис-ХЦл разблаживање
Разблаживање Трис-ХЦл се користи за неутрализацију денатурисане библиотеке.
Припремите клупу
- 1 М Трис-ХЦл пХ 7.0 (Тризма® раствор хидрохлорида)
- МиллиК вода
- 1к епрувета за микроцентрифугу (1.5 мЛ)
- Ручна пипета (10-100 μЛ)
- Врхови пипете за филтер
Пре него што почнете
- Означите епрувету за микроцентрифугу „Трис-ХЦл“
Упутства
- Припремите 200 мМ Трис-ХЦл разблаживање у Трис-ХЦл епрувети према табели 3.
- Темељно протресите Трис-ХЦл епрувету и окрените је.
Табела 3. 200 мМ Трис-ХЦл разблаживање:
| Реагенс | Запремина (μЛ) |
| МиллиК вода | 80 |
| 1М Трис-ХЦл пХ 7.0 (Тризма® раствор хидрохлорида) | 20 |
Разблажите Олинк® библиотеке
Током овог корака, пречишћена и квалитетно контролисана Олинк библиотека се разблажи 1:33.
Припремите клупу
- Либ цев, припремљена у складу са важећим упутством за употребу Олинк Екплоре
- МиллиК вода
- 1к епрувета за микроцентрифугу (1.5 мЛ)
- Ручне пипете (0.5-10 и 100-1000 μЛ)
- Врхови пипете за филтер
Пре него што почнете
- Одмрзните Либ Тубе ако је замрзнута.
- Означите нову епрувету за микроцентрифугу: „Дил“.
Упутства
- Додајте 96 μЛ МиллиК воде у Дил епрувету.
- Вортек тхе Либ Тубе и накратко је завртите.
- Пренесите 3 μЛ из Либ епрувете у Дил епрувету.
- Завртите Дил цев и накратко је завртите
Денатурирајте и разблажите Олинк® Либрари до коначне концентрације пуњења
Током овог корака, разблажена Олинк библиотека се денатурира и даље разблажи до коначне концентрације пуњења.
Припремите клупу
- Дил цев, припремљена у претходном кораку
- Разблаживање 0.2 Н НаОХ, свеже припремљено у претходном кораку
- 200 мМ Трис-ХЦл (пХ 7.0) разблаживање, припремљено у претходном кораку
- Хибридизациони бафер 1 (ХТ1) укључен у НектСек™ Аццессори Бок в2
- 2к епрувете за микроцентрифугу (1.5 мЛ и 2 мЛ)
- Ручне пипете (0.5-10 и 100-1000 μЛ)
- Врхови пипете за филтер
Пре него што почнете
- Одмрзните замрзнути ХТ1 пуфер на собној температури. Чувати на +4 °Ц до употребе.
- Означите нову епрувету за микроцентрифугу од 1.5 мЛ: „Ден“ (за денатурисану библиотеку).
- Означите нову епрувету за микроцентрифугу од 2 мЛ: „Сек“ (за библиотеку спремну за пуњење).
Упутства
- Пренесите 5 μЛ из Дил епрувете у епрувету Ден.
- Додајте 5 μЛ 0.2 Н НаОХ у Ден епрувету.
- Вортек тхе Ден Тубе и накратко је завртите.
- Инкубирајте Ден Тубе 5 минута на собној температури да бисте денатурирали библиотеку.
- Додајте 5 μЛ 200 мМ Трис-ХЦл (пХ 7.0) у Ден епрувету да неутралишете реакцију.
- Вортек тхе Ден Тубе и накратко је завртите.
- Додајте 985 μЛ претходно охлађеног ХТ1 у Ден епрувету.
- Вортек тхе Ден Тубе и накратко је завртите. Туба се може чувати на +4 °Ц до употребе (исти дан).
- Пренесите 205 μЛ из Ден епрувете у Сек епрувету.
- Додајте 1095 μЛ претходно охлађеног ХТ1 у Сек епрувету.
- Окрените Сек епрувету да помешате реагенсе и накратко је завртите. Коначна запремина пуњења је 1.3 мЛ.
- Одмах наставите на 2.5 Извршите Олинк® секвенцирање.
Извршите Олинк® секвенцирање
Током овог корака, пуфер кертриџ, проточна ћелија и припремљени реагенс кертриџ који садржи Олинк библиотеку се учитавају у НектСек 550, а секвенцирање почиње коришћењем Олинк прилагођеног рецепта.
Припремите клупу
- Сек Тубе (са библиотеком спремном за учитавање), припремљеном у претходном кораку
- 1к НектСек™ 500/550 Хигх Оутпут Реагент Цартридге в2, припремљен у претходном кораку
- 1к НектСек™ 500/550 Хигх Оутпут Флов Целл в2.5, припремљена у претходном кораку
- 1к НектСек™ 500/550 пуфер картриџ в2 (75 циклуса), на собној температури
Подесите параметре секвенцирања
Током овог корака, параметри секвенцирања се бирају на НектСек™ 550.
- На почетном екрану НектСек™ 550 изаберите Експеримент.
- На екрану Селецт Ассаи, изаберите Секуенце.
- На страници Рун Сетуп изаберите Мануал рун моде, а затим Нект.
- Подесите параметре покретања на следећи начин:
- У поље Назив покретања унесите јединствени ИД експеримента.
- У поље ИД библиотеке унесите ИД библиотеке коју користите (опционо).
- У пољу Тип читања изаберите опцију Појединачно читање.
- Унесите број циклуса на следећи начин:
- Прочитајте 1:24
- Индекс 1: 0
- Индекс 2: 0
- Прочитајте 2:0
- Оставите поништено поље за потврду за прилагођене прајмере.
- Подесите локацију излазне фасцикле за тренутне необрађене податке. Изаберите Прегледај да бисте променили локацију излазне фасцикле.
- Не постављајте Сampле Схеет.
- Изаберите Пурге потрошни материјал за ово трчање.
- Изаберите Следеће.
Учитајте проточну ћелију у НектСек™ 550
- Уклоните коришћену проточну ћелију из претходног покретања.
- Поставите нову припремљену проточну ћелију на сtage.
- Изаберите Учитај. Врата се аутоматски затварају.
- Када се ИД проточне ћелије појави на екрану и сензори су означени зеленом бојом, изаберите Следеће
Испразните посуду за реагенс
УПОЗОРЕЊЕ: Овај сет реагенаса садржи потенцијално опасне хемикалије. Носите адекватну заштитну опрему и одбаците коришћене реагенсе у складу са важећим стандардима. За више информација погледајте Системски водич за Иллумина НектСек 550.
- Отворите врата одељка за пуфер, извадите контејнер за истрошене реагенсе из доњег одељка и одложите садржај у складу са важећим стандардима.
- Гурните празну посуду за реагенс назад у доњи одељак за пуфер. Звучни клик означава да је контејнер правилно постављен.
Учитајте бафер кертриџ
- Уклоните искоришћени пуфер кертриџ из горњег одељка за пуфер и одложите садржај у складу са важећим стандардима.
- Гурните нови пуфер кертриџ у горњи одељак за тампон. Звучни клик означава да је кертриџ правилно постављен. Уверите се да се ИД бафер кертриџа појављује на екрану и да ли су сензори означени зеленом бојом.
- Затворите врата одељка за тампон и изаберите Следеће.
Напуните кертриџ са реагенсом
- Отворите врата одељка за реагенс, уклоните коришћени кертриџ за реагенс и одложите неискоришћени садржај у складу са важећим стандардима. Резервоар на позицији 6 се може уклонити како би се олакшало безбедно одлагање.
- Пробушите заптивку резервоара #10 са ознаком „Овде учитајте библиотеку“ чистим врхом пипете од 1 мЛ.
- Убаците 1.3 мЛ Олинк библиотеке из Сек епрувете у резервоар #10 означен као „Овде учитајте библиотеку“.
- Гурните нови кертриџ за реагенс у одељак за реагенс и затворите врата одељка за реагенс.
- Изаберите Учитај и сачекајте ~30 секунди док се ИД кертриџа за реагенс не појави на екрану и сензори не буду означени зеленом бојом.
- Са падајуће листе Рецепт изаберите опцију [Цустом] „Олинк_НСК550_ХигхОутпут_В1“ рецепт.
- Изаберите Следеће.
Започните секвенцирање
- Потврдите параметре рада приказане на Реview екран. Да бисте изменили било које параметре, притисните Назад да бисте се вратили на екран Рун Сетуп.
- Изаберите Следеће. Рад почиње након аутоматске провере пре покретања. Трајање секвенцирања је приближно 7х30 мин.
- Очистите радно подручје.
НАПОМЕНА: Када се секвенционирање заврши, софтвер покреће аутоматско прање након покретања користећи растворе за прање који се налазе у пуфер кертриџу и НаОЦл који се налази у кертриџу за реагенс. Ово прање траје око 90 минута. Дугме Почетак постаје активно када се прање заврши. Коришћени кертриџи и проточна ћелија могу се оставити на месту до следећег рада.
Пратите напредак покретања
Олинк користи НГС као очитавање да квантификује количину познате секвенце како би проценио концентрацију датог протеина у сampлес (у односу на друге сampлес). Квалитет података из сваког циклуса Екплоре секвенцирања углавном је одређен параметрима КЦ јединственим за Олинк технологију. Стога су стандардне метрике контроле квалитета које се користе у конвенционалним НГС, као што је К-сцоре, мање критичне.
Историја ревизија
| Версион | Датум | Опис |
| 1.1 | 2021-12-13 | Уредничке измене |
| 1.0 | 2021-12-01 | Ново |
ввв.олинк.цом
Само за истраживачку употребу. Није за употребу у дијагностичким процедурама.
Овај производ укључује лиценцу за некомерцијалну употребу Олинк производа. Комерцијалним корисницима могу бити потребне додатне лиценце. Молимо контактирајте Олинк
Протеомицс АБ за детаље. Не постоје никакве гаранције, изражене или подразумеване, које се протежу даље од овог описа. Олинк Протеомицс АБ није одговоран за штету на имовини, личне повреде или економски губитак изазван овим производом.
Следећи заштитни знак је у власништву Олинк Протеомицс АБ: Олинк®.
Овај производ је покривен са неколико патената и патентних пријава доступних на https://www.olink.com/patents/.
© Цопиригхт 2021 Олинк Протеомицс АБ. Сви заштитни знакови трећих страна власништво су њихових власника. Олинк Протеомицс, Даг Хаммарскјолдс ваг 52Б , СЕ-752 37 Упсала, Шведска
1192, v1.1, 2021-12-13
Документи / Ресурси
 |
Олинк Екплоре Секуенцинг користећи НектСек 550 [пдф] Упутство за употребу Истражите секвенцирање користећи НектСек 550, истражите секвенцирање користећи НектСек 550, НектСек 550 |
