kandungan bersembunyi
1 Olink NextSeq 550 Explore Sequencing
2 Nota dokumen
3 pengenalan
4 Arahan makmal
4.1 Sediakan kartrij reagen
4.2 Sediakan sel aliran
5 Sebelum anda bermula
5.1 Cairkan Perpustakaan Olink®
5.2 Denatur dan cairkan Perpustakaan Olink® kepada kepekatan pemuatan akhir
6 Lakukan larian penjujukan Olink®
6.1 Kosongkan bekas reagen
7 Sejarah semakan
8 Dokumen / Sumber
8.1 Rujukan
9 Catatan Berkaitan

Olink-lo0go

Olink NextSeq 550 Explore Sequencing

Olink-NextSeq-550-Explore-Sequencing-product

Nota dokumen

Manual Pengguna Olink® Explore, doc nr 1153, sudah lapuk dan telah digantikan dengan dokumen berikut:

  • Olink® Explore Overview Manual Pengguna, dokumen nr 1187
  • Manual Pengguna Olink® Explore 384, dokumen nr 1188
  • Manual Pengguna Olink® Explore 4 x 384, dokumen nr 1189
  • Manual Pengguna Olink® Explore 1536 & Expansion, dokumen nr 1190
  • Manual Pengguna Olink® Explore 3072, dokumen nr 1191
  • Olink® Explore Sequencing menggunakan Manual Pengguna NextSeq 550, dokumen nr 1192
  • Olink® Explore Sequencing menggunakan Manual Pengguna NextSeq 2000, dokumen nr 1193
  • Olink® Explore Sequencing menggunakan Manual Pengguna NovaSeq 6000, dokumen nr 1194

pengenalan

Penggunaan yang dimaksudkan

Olink® Explore ialah platform immunoassay multipleks untuk penemuan biomarker protein manusia. Produk ini bertujuan untuk Penggunaan Penyelidikan Sahaja, dan bukan untuk digunakan dalam prosedur diagnostik. Kerja makmal hendaklah hanya dikendalikan oleh kakitangan makmal terlatih. Pemprosesan data hanya boleh dilakukan oleh kakitangan terlatih. Hasilnya dimaksudkan untuk digunakan oleh penyelidik bersama-sama dengan penemuan klinikal atau makmal lain.

Mengenai manual ini

Manual Pengguna ini menyediakan arahan yang diperlukan untuk menyusun Olink® Explore Libraries pada Illumina® NextSeq™ 550. Arahan mesti dipatuhi dengan tegas dan jelas. Sebarang penyelewengan sepanjang langkah makmal boleh mengakibatkan data terjejas. Sebelum memulakan aliran kerja makmal, rujuk Olink® Explore Overview Manual Pengguna untuk pengenalan kepada platform, termasuk maklumat tentang reagen, peralatan dan dokumentasi yang diperlukan, tamatview aliran kerja, serta garis panduan makmal. Untuk arahan tentang cara menjalankan Kit Reagen Olink® Explore, rujuk Manual Pengguna Olink® Explore yang berkenaan. Untuk pemprosesan data dan analisis hasil jujukan Olink® Explore, rujuk Manual Pengguna Olink® NPX Explore. Semua tanda dagangan dan hak cipta yang terkandung dalam bahan ini adalah hak milik Olink® Proteomics AB, melainkan dinyatakan sebaliknya.

Sokongan teknikal

Untuk sokongan teknikal, hubungi Olink Proteomics di support@olink.com.

Arahan makmal

Bab ini menyediakan arahan tentang cara menyusun Perpustakaan Olink pada NextSeq™ 550 menggunakan Kit Output Tinggi NextSeq™ 500/550 v2.5 (75 Kitaran). Protokol yang digunakan untuk penjujukan ialah penyesuaian aliran kerja NGS standard Illumina® untuk Illumina® NextSeq™ 550. Sebelum meneruskan ke penjujukan, pastikan kualiti Perpustakaan yang telah dimurnikan telah disahkan. Rujuk Manual Pengguna Olink Explore yang berkenaan untuk arahan tentang kawalan kualiti.

Rancang larian penjujukan

Satu Pustaka Olink boleh disusun mengikut sel aliran Output Tinggi NextSeq™ 550 dan setiap larian. Bilangan sel aliran Output Tinggi dan larian yang diperlukan untuk menyusun Kit Reagen Olink Explore yang berbeza diterangkan dalam Jadual 1. Jika lebih daripada satu larian diperlukan, ulangi arahan yang diterangkan dalam manual ini.

Jadual 1. Perancangan larian urutan

Kit Reagen Teroka Olink® Bilangan Perpustakaan Olink Bilangan sel aliran dan larian
Kit Reagen Olink® Explore 384 1 1
Olink® Explore 4 x 384 Reagen Kit 4 4
Kit Reagen Olink® Explore 1536 4 4
Kit Reagen Pengembangan Olink® Explore 4 4
Kit Reagen Olink® Explore 3072 8 8

Pasang resipi tersuai Olink®

Semasa langkah ini, resipi tersuai Olink® dipasang pada NextSeq™ 550. Langkah ini hanya perlu dilakukan sekali, sebelum larian penjujukan Olink dilakukan buat kali pertama.

NOTA: Resipi tersuai Olink hanya akan berfungsi dengan Kit Output Tinggi NextSeq™ 500/550 dan Perisian Kawalan NextSeq™ 4.0.

  1. Nyahzip dan letakkan resipi tersuai Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 dalam folder berikut instrumen NextSeq™ 550: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
  2. Di bawah Penyesuaian Sistem > Urus Instrumen, dayakan Resipi Tersuai. Jika tidak dipilih, pilihan resipi tersuai tidak akan muncul semasa persediaan dijalankan.

NOTA

  • Dalam versi perisian NCS 4.0, pilihan untuk memilih resipi tersuai hanya akan berlaku selepas kartrij reagen dimuatkan, bukan dalam halaman persediaan awal.
  • Larian mesti ditetapkan dalam mod manual untuk membenarkan resipi tersuai.

Sediakan reagen penjujukan

Semasa langkah ini, kartrij reagen yang mengandungi reagen pengelompokan dan penjujukan dicairkan dan sel aliran disediakan.

Sediakan kartrij reagen

AMARAN: Kartrij reagen mengandungi bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Pakai peralatan perlindungan yang mencukupi dan buang reagen terpakai mengikut piawaian yang berkenaan. Untuk maklumat lanjut, rujuk Panduan Sistem Illumina NextSeq 550 (dokumen #15069765).

Sediakan bangku

  • 1x NextSeq™ 500/550 Katrij Reagen Keluaran Tinggi v2 (75 kitaran).

Arahan

  1. Letakkan kartrij reagen beku separuh terendam dalam air terbaja bilik dan biarkan ia cair selama 1 jam. Pastikan semua takungan reagen kartrij telah dicairkan sepenuhnya.
    • NOTA: Untuk kemudahan, cairkan kartrij sehari sebelumnya dan simpan sepanjang malam pada suhu 4 °C. Pada suhu ini, reagen stabil sehingga satu minggu.
  2. Keringkan asas kartrij dengan teliti dengan tuala kertas dan lapkan kedap foil kering dengan tisu bebas lin jika perlu.
  3. Terbalikkan kartrij sepuluh kali untuk mencampurkan reagen yang telah dicairkan di dalamnya.
  4. Ketik kartrij perlahan-lahan di atas bangku untuk mengeluarkan buih udara. Simpan kartrij pada suhu bilik jika ia akan digunakan dalam masa 4 jam.
Sediakan sel aliran

Sediakan bangku

  • 1x NextSeq™ 500/550 Sel Aliran Output Tinggi v2.5.

Arahan

  1. Bawa sel aliran sejuk ke suhu bilik selama 30 minit.
  2. Pakai sarung tangan bebas serbuk baharu (untuk mengelakkan pencemaran permukaan kaca sel aliran).
  3. Apabila bersedia untuk memuatkan sel aliran ke dalam instrumen, keluarkan sel aliran daripada bungkusan dan kulit kerang plastik.
  4. Periksa sel aliran. Jika zarah atau habuk kelihatan pada mana-mana permukaan kaca, bersihkan permukaan yang berkenaan dengan lap alkohol isopropil bebas lin dan keringkan dengan tisu makmal yang rendah lin.

Sediakan Perpustakaan Olink® untuk penjujukan

Semasa langkah ini, pencairan NaOH dan Tris-HCl disediakan, dan Perpustakaan Olink yang dimurnikan dan dikawal kualiti dicairkan dan didenaturasikan dalam langkah berurutan.

Sediakan pencairan NaOH

  • Pencairan NaOH digunakan untuk denaturasi Perpustakaan.

Sediakan bangku

  • Stok NaOH 1 N
  • air MilliQ
  • 1x tiub Microcentrifuge (1.5 mL)
  • Pipet manual (10–100 μL)
  • Petua pipet penapis

Sebelum anda bermula

  • Tandakan tiub microcentrifuge “0.2 N NaOH”.

Arahan

  1. Sediakan pencairan NaOH 0.2 N dalam Tiub NaOH 0.2 N mengikut Jadual 2.
  2. Pusarkan Tiub NaOH 0.2 N dengan teliti dan putar ke bawah. Gunakan dalam masa 12 jam.

Jadual 2. Pencairan NaOH 0.2 N

Reagen Isipadu (μL)
air MilliQ 80
Stok NaOH 1 N 20

Sediakan pencairan Tris-HCl

  • Pencairan Tris-HCl digunakan untuk meneutralkan Perpustakaan yang didenaturasi.

Sediakan bangku

  • Stok 1 M Tris-HCl pH 7.0 (larutan hidroklorida Trizma®)
  • air MilliQ
  • 1x tiub Microcentrifuge (1.5 mL)
  • Pipet manual (10–100 μL)
  • Petua pipet penapis

Sebelum anda bermula

  • Tandakan tiub microcentrifuge "Tris-HCl"

Arahan

  1. Sediakan pencairan Tris-HCl 200 mM dalam Tiub Tris-HCl mengikut Jadual 3.
  2. Putar Tiub Tris-HCl dengan teliti dan putar ke bawah.

Jadual 3. Pencairan Tris-HCl 200 mM

Reagen Isipadu (μL)
air MilliQ 80
Stok pH 1 Tris-HCl 7.0M (larutan hidroklorida Trizma®) 20
Cairkan Perpustakaan Olink®
  • Semasa langkah ini, Perpustakaan Olink yang dimurnikan dan dikawal kualiti dicairkan 1:33.

Sediakan bangku

  • Lib Tube, disediakan mengikut Manual Pengguna Olink Explore yang berkenaan
  • air MilliQ
  • 1x tiub Microcentrifuge (1.5 mL)
  • Pipet manual (0.5–10 dan 100–1000 μL)
  • Petua pipet penapis

Sebelum anda bermula

  • Cairkan Lib Tube jika beku.
  • Tandai tiub microcentrifuge baru: "Dil".

Arahan

  1. Tambah 96 μL air MilliQ ke Tiub Dil.
  2. Putar Tiub Lib dan putarkannya ke bawah sebentar.
  3. Pindahkan 3 μL dari Tiub Lib ke Tiub Dil.
  4. Putar Tiub Dil dan putarkannya ke bawah sebentar.

NOTA: Simpan Lib Tube(s) pada -20 °C sekiranya kemungkinan tayangan semula.

Denatur dan cairkan Perpustakaan Olink® kepada kepekatan pemuatan akhir

Semasa langkah ini, Perpustakaan Olink yang dicairkan didenaturasi dan seterusnya dicairkan kepada kepekatan pemuatan akhir.

Sediakan bangku

  • Tiub Dil, disediakan dalam langkah sebelumnya
  • Pencairan NaOH 0.2 N, baru disediakan dalam langkah sebelumnya
  • Pencairan 200 mM Tris-HCl (pH 7.0), disediakan dalam langkah sebelumnya
  • Penampan hibridisasi 1 (HT1) disertakan dalam Kotak Aksesori NextSeq™ v2
  • 2x tiub Microcentrifuge (1.5 mL dan 2 mL)
  • Pipet manual (0.5–10 dan 100–1000 μL)
  • Petua pipet penapis

Sebelum anda bermula

  • Cairkan penimbal HT1 beku pada suhu bilik. Simpan pada +4 °C sehingga digunakan.
  • Tandai tiub mikrosentrifuge 1.5 mL baharu: “Den” (untuk Perpustakaan yang didenaturasi).
  • Tandai tiub microcentrifuge 2 mL baharu: “Seq” (untuk Perpustakaan sedia untuk dimuatkan).

Arahan

  1. Pindahkan 5 μL dari Tiub Dil ke Tiub Den.
  2. Tambah 5 μL NaOH 0.2 N ke dalam Tiub Den.
  3. Pusarkan Tiub Den dan putarkannya ke bawah sebentar.
  4. Inkubasi Den Tube selama 5 minit pada suhu bilik untuk denaturasi Perpustakaan.
  5. Tambah 5 μL 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) ke dalam Tiub Den untuk meneutralkan tindak balas.
  6. Pusarkan Tiub Den dan putarkannya ke bawah sebentar.
  7. Tambah 985 μL HT1 prasejuk ke Tiub Den.
  8. Pusarkan Tiub Den dan putarkannya ke bawah sebentar. Tiub boleh disimpan pada +4 °C sehingga digunakan (hari yang sama).
  9. Pindahkan 205 μL dari Tiub Den ke Tiub Seq.
  10. Tambah 1095 μL HT1 yang telah disejukkan ke dalam Tiub Seq.
  11. Terbalikkan Tiub Seq untuk mencampurkan reagen dan putarkannya ke bawah sebentar. Isipadu pemuatan akhir ialah 1.3 mL.
  12. Teruskan serta-merta ke 2.5 Lakukan larian penjujukan Olink®.

Lakukan larian penjujukan Olink®

Semasa langkah ini, kartrij penimbal, sel aliran dan kartrij reagen yang disediakan yang mengandungi Perpustakaan Olink dimuatkan ke dalam NextSeq 550, dan larian penjujukan dimulakan menggunakan resipi tersuai Olink.

Sediakan bangku

  • Seq Tube (dengan sedia untuk memuatkan Perpustakaan), disediakan dalam langkah sebelumnya
  • 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2, disediakan dalam langkah sebelumnya
  • 1x NextSeq™ 500/550 Sel Aliran Output Tinggi v2.5, disediakan dalam langkah sebelumnya
  • 1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 kitaran), pada suhu bilik

Sediakan parameter larian penjujukan

Semasa langkah ini, parameter larian penjujukan dipilih pada NextSeq™ 550.

  1. Pada skrin Utama NextSeq™ 550, pilih Eksperimen.
  2. Pada skrin Select Assay, pilih Sequence.
  3. Dalam halaman Run Setup, pilih Mod run Manual dan kemudian Next.
  4. Sediakan parameter larian seperti berikut:
    • Dalam medan Run Name, masukkan ID percubaan unik.
    • Dalam medan ID Perpustakaan, masukkan ID Perpustakaan yang anda jalankan (pilihan).
    • Dalam medan Jenis Baca, pilih pilihan Baca Tunggal.
    • Masukkan bilangan kitaran seperti berikut:
      • Baca 1: 24
      • Indeks 1: 0
      • Indeks 2: 0
      • Baca 2: 0
      • PENTING: Adalah penting bahawa Baca 1 ditetapkan kepada 24, jika tidak, keseluruhan larian akan gagal.
    • Pastikan kotak pilihan untuk primer tersuai tidak dipilih.
    • Tetapkan lokasi folder output untuk data mentah yang dijalankan semasa. Pilih Semak imbas untuk menukar lokasi folder output.
  5. Jangan sediakan Sample Sheet.
  6. Pilih Bersihkan bahan habis pakai untuk larian ini.
  7. Pilih Seterusnya.

Muatkan sel aliran ke dalam NextSeq™ 550

  1. Keluarkan sel aliran yang digunakan daripada larian sebelumnya.
  2. Letakkan sel aliran baru yang disediakan pada stage.
  3. Pilih Muatkan. Pintu ditutup secara automatik.
  4. Apabila ID sel aliran muncul pada skrin dan penderia ditandakan dalam warna hijau, pilih Seterusnya.
Kosongkan bekas reagen

AMARAN: Set reagen ini mengandungi bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Pakai peralatan perlindungan yang mencukupi dan buang reagen terpakai mengikut piawaian yang berkenaan. Untuk maklumat lanjut, rujuk Panduan Sistem Illumina NextSeq 550.

  1. Buka pintu petak penimbal, keluarkan bekas reagen terpakai dari petak bawah, dan buang kandungan mengikut piawaian yang berkenaan.
  2. Luncurkan bekas reagen kosong kembali ke dalam petak penimbal bawah. Satu klik yang boleh didengar menunjukkan bahawa bekas itu diletakkan dengan betul.

Muatkan kartrij penimbal

  1. Keluarkan kartrij penimbal terpakai dari petak penimbal atas dan buang kandungannya mengikut piawaian yang berkenaan.
  2. Luncurkan kartrij penimbal baharu ke dalam petak penimbal atas. Satu klik yang boleh didengar menunjukkan bahawa kartrij diletakkan dengan betul. Pastikan ID kartrij penimbal muncul pada skrin dan penderia ditandakan dalam warna hijau.
  3. Tutup pintu petak penimbal dan pilih Seterusnya.

Muatkan kartrij reagen

  1. Buka pintu petak reagen, keluarkan kartrij reagen terpakai, dan buang kandungan yang tidak digunakan mengikut piawaian yang berkenaan. Takungan di kedudukan 6 boleh ditanggalkan untuk memudahkan pelupusan yang selamat.
  2. Tebuk meterai takungan #10 yang dilabelkan sebagai "Muat Perpustakaan Di Sini" dengan hujung pipet bersih 1 mL.
  3. Muatkan 1.3 mL Perpustakaan Olink dari Tiub Seq ke dalam takungan #10 yang dilabelkan sebagai "Muat Perpustakaan Di Sini".
  4. Luncurkan kartrij reagen baru ke dalam petak reagen dan tutup pintu petak reagen.
  5. Pilih Muatkan dan tunggu selama ~30 saat sehingga ID kartrij reagen muncul pada skrin dan penderia ditandakan dalam warna hijau.
  6. Daripada senarai juntai bawah Resipi, pilih pilihan resipi "Olink_NSQ550_HighOutput_V1" [Tersuai].
    • PENTING: Pastikan resipi tersuai telah dipasang sebelum ini dalam instrumen. Rujuk kepada 2.2 Pasang resipi tersuai Olink®.
  7. Pilih Seterusnya.
Mulakan larian penjujukan
  1. Sahkan parameter larian yang dipaparkan pada Review skrin. Untuk mengedit sebarang parameter, tekan Kembali untuk kembali ke skrin Run Setup.
  2. Pilih Seterusnya. Larian bermula selepas semakan pra-lari automatik. Masa larian penjujukan adalah lebih kurang 7j30 min.
  3. PENTING: Pastikan larian bermula apabila semakan pra-lari automatik telah selesai (~5 minit).
    1. NOTAUntuk sebarang kegagalan semakan pra-jalanan, rujuk kepada arahan pengilang.
    2. NOTA: Berhati-hati agar tidak terserempak atau mengganggu NextSeq™ 550 semasa larian penjujukan. Alat ini sensitif kepada getaran.
  4. Bersihkan kawasan kerja.
    1. NOTA: Apabila larian penjujukan selesai, perisian memulakan cucian selepas larian automatik menggunakan penyelesaian pencucian yang disediakan dalam kartrij penimbal dan NaOCl yang disediakan dalam kartrij reagen. Pencucian ini mengambil masa lebih kurang 90 minit. Butang Laman Utama menjadi aktif setelah cucian selesai. Kartrij terpakai dan sel aliran boleh dibiarkan di tempatnya sehingga larian seterusnya.

Pantau kemajuan larian

Olink menggunakan NGS sebagai bacaan untuk mengukur jumlah urutan yang diketahui untuk menganggarkan kepekatan protein tertentu dalam samples (relatif kepada samples). Kualiti data daripada setiap larian penjujukan Explore ditentukan terutamanya oleh parameter QC yang unik kepada teknologi Olink. Oleh itu, metrik kawalan kualiti standard yang digunakan dalam NGS konvensional, seperti skor Q, adalah kurang kritikal.

Sejarah semakan

Versi tarikh Penerangan
1.2 2022-11-01 1.2 Menggantikan Olink® Mydata dengan Olink® NPX Explore.

2.4 Ditambah 0.2 N pada Sebelum anda bermula.
1.1 2021-12-13 Perubahan editorial
1.0 2021-12-01 baru

www.olink.com

Untuk Kegunaan Penyelidikan Sahaja. Bukan untuk Digunakan dalam Prosedur Diagnostik.

Produk ini termasuk lesen untuk penggunaan bukan komersial produk Olink. Pengguna komersial mungkin memerlukan lesen tambahan. Sila hubungi Olink Proteomics AB untuk butiran. Tiada jaminan, tersurat atau tersirat, yang melangkaui perihalan ini. Olink Proteomics AB tidak bertanggungjawab untuk kerosakan harta benda, kecederaan diri atau kerugian ekonomi yang disebabkan oleh produk ini. Tanda dagangan berikut dimiliki oleh Olink Proteomics AB: Olink®. Produk ini dilindungi oleh beberapa paten dan aplikasi paten yang terdapat di https://www.olink.com/patents/.

© Hak Cipta 2021 Olink Proteomics AB. Semua tanda dagangan pihak ketiga adalah hak milik pemilik masing-masing.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden
1192, v1.2, 2022-11-01

Dokumen / Sumber

Olink NextSeq 550 Explore Sequencing [pdf] Manual Pengguna
NextSeq 550 Explore Sequencing, NextSeq 550, Explore Sequencing, Sequencing

Rujukan

Catatan Berkaitan

Tinggalkan komen

Alamat e-mel anda tidak akan diterbitkan. Medan yang diperlukan ditanda *