Olink NextSeq 2000 Jelajahi Urutan

Catatan dokumen
Panduan Pengguna Olink® Explore, doc nr 1153, sudah usang, dan telah diganti dengan dokumen berikut:

• Olink® Jelajahi Lebihview Panduan Pengguna, doc nr 1187
• Panduan Pengguna Olink® Explore 384, doc nr 1188
• Panduan Pengguna Olink® Explore 4 x 384, doc nr 1189
• Panduan Pengguna Olink® Explore 1536 & Ekspansi, doc nr 1190
• Panduan Pengguna Olink® Explore 3072, doc nr 1191
• Olink® Explore Sequencing menggunakan NextSeq 550 User Manual, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing menggunakan NextSeq 2000 User Manual, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing menggunakan NovaSeq 6000 User Manual, doc nr 1194

Perkenalan

Penggunaan yang dimaksudkan
Olink® Explore adalah platform immunoassay multipleks untuk penemuan biomarker protein manusia. Produk ini ditujukan hanya untuk Penggunaan Riset, dan bukan untuk digunakan dalam prosedur diagnostik. Pekerjaan laboratorium hanya boleh dijalankan oleh staf laboratorium terlatih. Pemrosesan data hanya boleh dilakukan oleh staf terlatih. Hasilnya dimaksudkan untuk digunakan oleh para peneliti dalam hubungannya dengan temuan klinis atau laboratorium lainnya.
Tentang manual ini
Panduan Pengguna ini memberikan instruksi yang diperlukan untuk mengurutkan Olink® Explore Libraries di Illumina® NextSeq™ 2000. Instruksi harus diikuti secara ketat dan eksplisit. Penyimpangan apa pun selama langkah-langkah laboratorium dapat mengakibatkan data yang rusak. Sebelum memulai alur kerja laboratorium, konsultasikan dengan Olink® Explore Overview Panduan Pengguna untuk pengenalan platform, termasuk informasi tentang reagen, peralatan, dan dokumentasi yang diperlukan, dan seterusnyaview alur kerja, serta pedoman laboratorium. Untuk instruksi tentang cara menjalankan Kit Reagen Olink® Explore, lihat Panduan Pengguna Olink® Explore yang berlaku. Untuk pemrosesan data dan analisis hasil urutan Olink® Explore, lihat Panduan Pengguna Olink® NPX Explore. Semua merek dagang dan hak cipta yang terkandung dalam materi ini adalah milik Olink® Proteomics AB, kecuali dinyatakan lain.
Dukungan teknis
Untuk dukungan teknis, hubungi Olink Proteomics di dukungan@olink.com.

instruksi laboratorium

Bab ini memberikan instruksi tentang cara mengurutkan Perpustakaan Olink di NextSeq™ 2000 menggunakan NextSeq™ 1000/2000 Reagen P2 (100 Siklus) v3. Protokol yang digunakan untuk pengurutan merupakan adaptasi dari alur kerja NGS standar Illumina® untuk Illumina® NextSeq™ 2000.
Sebelum melanjutkan ke pengurutan, pastikan kualitas Perpustakaan Olink yang dimurnikan telah diverifikasi. Lihat Panduan Pengguna Olink Explore yang berlaku untuk instruksi tentang kontrol kualitas.
Rencanakan proses pengurutan
Satu Perpustakaan Olink dapat diurutkan per sel aliran NextSeq™ 2000 P2 dan per proses. Jumlah sel aliran P2 dan proses yang diperlukan untuk mengurutkan Kit Reagen Olink Explore yang berbeda dijelaskan dalam Tabel 1.
Jika diperlukan lebih dari satu proses, ulangi instruksi yang dijelaskan dalam manual ini.
Tabel 1. Perencanaan run sequencing

Kit Reagen Olink® Explore	Jumlah Perpustakaan Olink	Jumlah sel aliran dan proses
Kit Reagen Olink® Explore 384	1	1
Kit Reagen Olink® Explore 4 x 384	4	4
Kit Reagen Olink® Explore 1536	4	4
Kit Reagen Ekspansi Olink® Explore	4	4
Kit Reagen Olink® Explore 3072	8	8

Siapkan resep Kustom Olink®
Selama langkah ini, resep khusus Olink® disiapkan di NextSeq™ 2000. Langkah ini hanya perlu dilakukan sekali, sebelum proses pengurutan Olink dilakukan untuk pertama kalinya.
Buka zip dan simpan XML resep khusus Olink-file Olink_NSQ2K_P2_V1 di folder instrumen yang sesuai.
CATATAN: Resep khusus Olink hanya akan berfungsi dengan kit NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 dan perangkat lunak kontrol NextSeq™ 1000/2000 v1.2 atau v1.4.

Siapkan reagen pengurutan
Selama langkah ini, kartrid reagen yang berisi reagen pengelompokan dan pengurutan dicairkan dan sel aliran disiapkan.

PERINGATAN: Kartrid reagen mengandung bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Kenakan alat pelindung yang memadai dan buang reagen bekas sesuai dengan standar yang berlaku. Untuk informasi selengkapnya, lihat Panduan Sistem Illumina NextSeq 1000 dan 2000 (dokumen #1000000109376).

Siapkan kartrid reagen
Mencairkan kartrid yang belum dibuka dapat dilakukan dengan menggunakan tiga metode berbeda: pada suhu kamar, dalam bak air terkontrol, atau dalam lemari es.

Siapkan bangku

• 1x Kartrid Reagen NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 siklus)

Instruksi
Cairkan kartrid reagen seperti yang dijelaskan pada Tabel 2.
Tabel 2. Metode pencairan kartrid reagen

Metode pencairan	Instruksi
Pada suhu ruangan	• Tanpa membuka kantong foil perak, tempatkan kartrid reagen beku di atas bangku dan cairkan pada suhu kamar selama 9 jam. Jangan melebihi 16 jam. • Pastikan label kantong menghadap ke atas dan udara dapat bersirkulasi di sekitar kartrid.
Di pemandian air	• Tanpa membuka kantong foil perak, tempatkan kartrij reagen beku setengah terendam dalam penangas air 25 °C yang terkontrol dan biarkan mencair selama 6 jam. Jangan melebihi 8 jam. • Pastikan label kantong menghadap ke atas dan kartrid tidak terbalik selama pencairan. • Keringkan kartrid secara menyeluruh dengan handuk kertas.
Di dalam lemari es	• Tanpa membuka kantong foil perak, tempatkan kartrid di bangku dan cairkan pada suhu kamar selama 6 jam. • Pastikan label kantong menghadap ke atas dan udara dapat bersirkulasi di sekitar kartrid. • Selesaikan pencairan kartrid di lemari es selama 12 jam. Jangan melebihi 72 jam. • Sebelum menjalankan, keluarkan kartrid yang belum dibuka dari lemari es dan biarkan mencapai suhu kamar selama minimal 15 menit, tetapi tidak lebih dari 1 jam.

CATATAN: Kartrid yang telah dicairkan tidak dapat dibekukan kembali dan harus disimpan pada suhu 4 °C, untuk waktu maksimum 72 jam.

Siapkan sel aliran Siapkan bangku

• 1x Sel Aliran NextSeq™ 1000/2000 P2

Instruksi

1. Bawa sel aliran yang didinginkan ke suhu kamar selama 10-15 menit.

Persiapkan Perpustakaan Olink® untuk pengurutan

Selama langkah ini, Olink Library yang dimurnikan dan dikontrol kualitasnya diencerkan ke konsentrasi muatan akhir. Perhatikan bahwa denaturasi Perpustakaan dilakukan secara otomatis di atas instrumen.
Siapkan bangku

• Lib Tube, disiapkan sesuai dengan Panduan Pengguna Olink Explore yang berlaku
• 1x RSB dengan Tween 20
• Air miliQ
• 2x tabung Microcentrifuge (1.5 mL)
• Pipet manual (10, 100 dan 1000 μL)
• Ujung pipet filter

Sebelum Anda memulai

• Cairkan Lib Tube jika membeku.
• Cairkan RSB beku dengan Tween 20 pada suhu kamar selama 10 menit. Simpan pada suhu +4 °C hingga digunakan.
• Tandai kedua tabung mikrosentrifus 1.5 mL yang baru sebagai berikut:
  • Tandai satu tabung "Dil" (untuk Perpustakaan encer 1:100)
  • Tandai satu tabung "Seq" (untuk Perpustakaan yang siap memuat)

Instruksi

1. Tambahkan 495 μL air MilliQ ke Tabung Dil.
2. Vortex the Lib Tube dan putar ke bawah sebentar.
3. Transfer 5 μL secara manual dari Tabung Lib ke Tabung Dil.
4. Vortex Tabung Dil dan putar sebentar.
5. Tambahkan 20 μL RBS dengan Tween 20 ke Seq Tube.
6. Transfer 20 μL secara manual dari Dil Tube ke Seq Tube.
7. Vortex Tabung Seq dan putar sebentar.
8. Segera lanjutkan ke 2.5 Load flow cell dan Olink® Library ke dalam cartridge reagen. CATATAN: Simpan Lib Tube(s) pada -20 °C jika berpotensi diputar ulang.

Muat flow cell dan Olink® Library ke dalam kartrid reagen
Selama langkah ini, flow cell dan Olink Library yang telah diencerkan dimuat ke dalam kartrid reagen yang telah dicairkan.
Siapkan bangku

• 1x Kartrid Reagen P1000 NextSeq™ 2000/2 P100 yang Dicairkan (XNUMX siklus), disiapkan pada langkah sebelumnya
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, disiapkan pada langkah sebelumnya
• Sex Tube (dengan Perpustakaan Olink encer yang siap dimuat), disiapkan pada langkah sebelumnya
• Pipet manual (100 μL)
• Ujung pipet (1 mL)

Siapkan kartrid

1. Keluarkan kartrid dari kantong foil perak.
2. Balikkan kartrid sepuluh kali untuk mencampur reagen yang telah dicairkan secara menyeluruh.

CATATAN: Mendengar gemerincing komponen internal adalah hal yang normal.

Masukkan sel aliran ke dalam kartrid

1. Saat siap memuat flow cell ke dalam kartrid, keluarkan flow cell dari kemasannya. Pegang flow cell pada tab abu-abu, dengan label pada tab menghadap ke atas. Gunakan sarung tangan bebas bedak baru untuk menghindari kontaminasi permukaan kaca sel aliran.
2. Masukkan sel aliran ke dalam slot sel aliran di bagian depan kartrid. Sebuah klik terdengar menunjukkan bahwa sel aliran ditempatkan dengan benar.
3. Hapus tab abu-abu dengan menariknya keluar.

Muat Perpustakaan Olink® ke dalam kartrid

1. Tusuk reservoir Perpustakaan dengan ujung pipet 1 mL yang bersih.
2. Muat 20 μL Perpustakaan Olink dari Seq Tube ke bagian bawah reservoir perpustakaan.

Lakukan proses pengurutan Olink®
Selama langkah ini, kartrid Buffer dengan sel aliran yang dimuat dan Perpustakaan Olink dimuat ke NextSeq™ 2000, dan proses pengurutan dimulai menggunakan resep Olink.
Siapkan bangku

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cycles) dimuat dengan NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell dan Olink Library yang telah diencerkan, disiapkan pada langkah sebelumnya.

Konfigurasikan Mode Jalankan

1. Dari menu perangkat lunak kontrol, pilih Pengaturan.
2. Di bawah Layanan BaseSpace Sequence Hub & Dukungan Proaktif, pilih Local Run Setup.
3. Pilih Hanya Dukungan Proaktif sebagai pengaturan tambahan. Fungsi ini membutuhkan koneksi internet.
4. Pilih Lokasi Hosting untuk data Anda. Lokasi Hosting harus berada di atau dekat dengan wilayah Anda.
5. Tetapkan lokasi Folder Keluaran untuk data mentah yang dijalankan saat ini. Pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih folder keluaran.
6. Pilih kotak centang Denature and Dilute On Board untuk mengubah sifat dan mengencerkan Library pada instrumen secara otomatis.
7. Pilih kotak centang Purge Reagent Cartridge untuk secara otomatis membuang reagen yang tidak terpakai ke kompartemen reagen yang sudah habis pada kartrid.
8. Pilih kotak centang Periksa otomatis untuk pembaruan perangkat lunak untuk memeriksa pembaruan perangkat lunak secara otomatis (opsional). Fungsi ini membutuhkan koneksi internet.
9. Pilih Simpan.

Siapkan parameter operasi

CATATAN: Instruksi ini berlaku untuk perangkat lunak kontrol NextSeq™ 1.4/1000 versi 2000. Beberapa langkah yang dijelaskan di bawah ini mungkin berbeda saat menggunakan versi v1.2

1. Dari menu perangkat lunak kontrol, pilih Mulai.
2. Pilih Manually Set Up New Run dan tekan Setup.
3. Di halaman Run Setup, atur parameter run sebagai berikut:

• Di kolom Run Name, masukkan ID eksperimen unik.
• Di daftar drop-down Jenis Baca, pilih opsi Baca Tunggal.

Masukkan jumlah siklus sebagai berikut:

• • Baca 1: 24
  • Indeks 1: 0
  • Indeks 2: 0
  • Baca 2: 0

CATATAN: Sangat penting bahwa Baca 1 disetel ke 24, jika tidak, seluruh proses akan gagal.
CATATAN: Abaikan pesan peringatan saat memasukkan jumlah siklus.

• Di daftar drop-down Custom Primer Wells, pilih No.
• Di bidang Resep Khusus (opsional), pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih XML resep khusus file Olink_NSQ2K_P2_V1. Pilih Buka.
• Jangan impor SampLembar.
• Pastikan lokasi Folder Keluaran sudah benar. Jika tidak, pilih Pilih untuk menavigasi dan pilih lokasi folder keluaran yang diinginkan.
• Di bidang Denature and Dilute Onboard, pilih Enabled dari daftar drop-down.
• Pilih Persiapan.

Muat kartrid yang dimuat

1. Pilih Muat. Visor instrumen terbuka dan baki dikeluarkan.
2. Tempatkan kartrid yang dimuat ke dalam baki dengan label menghadap ke atas dan sel aliran di dalam instrumen.
3. Pilih Tutup.
4. Setelah kartrid dimuat dengan benar, verifikasikan parameter proses dan pilih Urutan. Instrumen melakukan pemeriksaan pra-jalan untuk instrumen dan fluidik.
   CATATAN: Selama pemeriksaan fluidics, diharapkan akan terdengar beberapa suara letupan.
5. Pastikan proses dimulai setelah pemeriksaan pra-operasi otomatis selesai (~15 menit). Waktu proses pengurutan adalah sekitar 10 jam 30 menit.
   CATATAN: Untuk setiap kegagalan pemeriksaan sebelum dijalankan, rujuk ke petunjuk pabrikan.
   CATATAN: Berhati-hatilah agar tidak menabrak atau mengganggu NextSeq™ 2000 selama proses pengurutan. Instrumen ini sensitif terhadap getaran.
6. Bersihkan area kerja.

Pantau Kemajuan Lari
Olink menggunakan NGS sebagai pembacaan untuk mengukur jumlah urutan yang diketahui untuk memperkirakan konsentrasi protein yang diberikan dalam sample (relatif terhadap sampfile). Kualitas data dari setiap proses pengurutan Explore ditentukan terutama oleh parameter QC yang unik untuk teknologi Olink. Oleh karena itu, metrik kontrol kualitas standar yang digunakan dalam NGS konvensional, seperti Q-score, kurang kritis.
Keluarkan dan buang kartrid setelah dijalankan

PERINGATAN: Set reagen ini mengandung bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Kenakan alat pelindung yang memadai dan buang reagen bekas sesuai dengan standar yang berlaku. Untuk informasi selengkapnya, lihat Panduan Sistem Illumina NextSeq 1000 dan 2000 (dokumen #1000000109376).

1. Saat proses selesai, pilih Eject Cartridge.
   CATATAN: Kartrid bekas termasuk sel aliran dapat dibiarkan di tempatnya hingga proses berikutnya, tetapi tidak lebih dari 3 hari.
2. Keluarkan kartrid dari baki.
3. Buang reagen sesuai dengan standar yang berlaku.
4. Pilih Tutup Pintu. Baki dimuat ulang.
5. Pilih Beranda untuk kembali ke layar Beranda.
   CATATAN: Karena kartrid berisi semua mekanisme untuk menjalankan sistem, serta reservoir untuk mengumpulkan reagen bekas, tidak perlu mencuci instrumen setelah dijalankan.

Riwayat revisi

Versi	Tanggal	Keterangan
1.1	Telepon: 2022-11-01	1.2 Mengganti Olink® Mydata dengan Olink® NPX Explore. 2.2 Diedit.
1.0	Telepon: 2021-12-01	Baru

www.olink.com
Hanya Untuk Penelitian. Tidak untuk Digunakan dalam Prosedur Diagnostik.
Produk ini termasuk lisensi untuk penggunaan produk Olink non-komersial. Pengguna komersial mungkin memerlukan lisensi tambahan. Silakan hubungi Olink Proteomics AB untuk detailnya. Tidak ada jaminan, tersurat maupun tersirat, yang melampaui deskripsi ini. Olink Proteomics AB tidak bertanggung jawab atas kerusakan properti, cedera pribadi, atau kerugian ekonomi yang disebabkan oleh produk ini.

Merek dagang berikut dimiliki oleh Olink Proteomics AB: Olink®.
Produk ini dicakup oleh beberapa paten dan permohonan paten yang tersedia di https://www.olink.com/patents/.

© Hak Cipta 2021 Olink Proteomik AB. Semua merek dagang pihak ketiga adalah milik dari pemiliknya masing-masing. Proteomik Olink, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Swedia 1193, v1.1, 2022-11-01

Dokumen / Sumber Daya

Olink NextSeq 2000 Jelajahi Urutan [Bahasa Indonesia:] Panduan Pengguna NextSeq 2000 Jelajahi Urutan, NextSeq 2000, Jelajahi Urutan, Urutan

Referensi

• Panduan Pengguna